(S6ita - Bi4ita) Presentazione: Introduzione Al Metabolismo

Enzimi
Scuola Europea s6ita - bi4ita
Monday, October 8, 12
enzima
agisce da catalizzatore agente chimico che accelera la velocit di
una reazione chimica senza essere consumato
proteine RNA (ribozimi)

reazioni chimiche
esotermiche endotermiche vuole energia per rompere i legami
covalenti
quando nuovi composti sono formati,

energia liberata
reazioni esotermiche
reazioni endotermiche
stato di energia nale pi basso di quello inziale
stato di energia nale pi alto di quello iniziale
reazioni chimiche
exo endo i f r1 a S P t reazione esotermica reazione endotermica livelli di energia livello di energia iniziale (per la reazione esotermica) livello di energia finale (per la reazione esotermica) energia di reazione, livello 1 (assenza di catalizzatore) energia di attivazione bilancio energetico netto della reazione substrato prodotto finale tempo di reazione
termodinamica
studio dell trasformazioni dellenergia sistema vs. ambiente sistema aperto sistema isolato
sistema aperto
organismi sono sistemi aperti liberano nellambiente calore e riuti
metabolici (CO2)
prima legge della termodinamica

energia delluniverso e costante pu essere trasferita o trasformata non pu essere creata o distrutta conservazione dellenergia piante sono trasformatori, non creatori
la seconda legge della termodinamica

qualsiasi trasferimento o trasformazione di in ogni trasferimento o traformazione di
energia una parte dellenergia diviene inutilizzabile per compiere lavoro energia porta a un aumento dellentropia
calore = movimento caotico delle molecole calore = mozione molecolare

entropia
la perdita di energia utilizzabile porta alla
logica consequenza che tali eventi rende luniverso un po pi disordinato
entropia = disordine, entropia in un sistema lordine pu aumentare, pero

esiste uninarrestabile tendenza verso il disordine delluniverso
entropia
reazioni / processi spontanei spontaneo = processo che avviene senza
apporto di energia esterna
non implica velocit, pu essere lento certi eventi sono spontanei, altri no processo spontaneo deve aumentare
lentropia delluniverso (2LT)
disordine biologico

organismo assume dallambiente materia organizzata sostanze meno ordinate CO2 e H2O hanno contenuto di energia meno alto di quello degli alimenti entra luce parte calore (ecosistema) organismo organizato aumenta lentropia universale organismi sono isole di bassa energia in un universo sempre pi disordinato
biochimica
reazioni chimiche della vita energia dallesterno
cambiamenti di energia llibera (G)

sistema chiuso energia libera di Gibbs = G porzione di energia di un sistema che pu
essere utilizzata
G = H - TS
G = H-TS

H = entalpia (quantit totale di energia) T = temperatura assoluta (K) S = cambiamento di entropia G negativo = reazione spontanea H deve diminuire S deve aumentare processo spontaneo diminuisce lenergia libera di un sistema
energia libera in biologia

-G G = G >G G negativo se G massima stabilit = equilibrio reazioni reversibili sistemi non si spostano mai
stato nale stato iniziale stato iniziale stato nale
spontaneamente da una condizione di equilibrio
energia libera in biologia

reazioni esoergoniche reazioni endoergoniche
liberazione di energia libera reazione spontanea in discesa respirazione cellulare
assorbe energia libera deposita energia nelle molecole dei prodotti in salita fotosintesi
equilibrio chimico e metabolismo

quando una reazione trova lequilibrio, non pu pi compiere lavoro il metabolismo, nel suo complesso, si trova costantemente in una condizione lontana dallequilibrio usso di cibo e riuti impedisce alle vie metaboliche di trovare lequilibrio cos la cellula continua a lavorare per tutta sua vita
equilibrio
il prodotto di una reazione diventa il
reagente della reazione successiva espulsi dalla cellula
alla ne, i prodotti di scarto vengono glucosio - alto della via metabolica CO e H O - basso
2 2
lavoro della cellula

lavoro chimico (reazioni endoergoniche,
sintesi di polimeri)
lavoro di trasporto (passaggio di sostanze

attraverso le membrane) trasporto vescicolare)
lavoro meccanico (contrazioni muscolari,
accoppiamento energetico
due reazioni una reazione rilascia energia che un altra
reazione prende
ATP fornisce questa energia
ATP
adenina legami di alta energia
fosfati ribosio
ATP

adenosina trifosato fosfato - fosfato - fosfato - ribosio - base azotata anche utilizzato nella sintesi di acidi nucleici reazione di idrolisi (+H2O, legame si rompe) ATP ADP libera 7,3 kcal/mol ATP
ATP
ATP + H2O ADP + PO4
2-
G = -7,3 kcal/mol (-30,5 kJ/mol) nelle cellule G = -13 kcal/mol peso molecolare ATP = 507,18 g/mol 507,18 g / 13 kcal 5,07 kg / 130 kcal 50,7 kg / 1300 kcal ??????
ATP
liberazione di energia legata allidrolisi
dellATP non dipende dal contenuto energetico dei legami cui partecipa il fosfato
cambiamento chimico del sistema stato alto uno stato di minore energia
fosfati
gruppi fosfati sono carichi negativamente cariche dello stesso segno sono molto
vicine
mutua repulsione instabile

lavoro dellATP
idrolisi rilascia energia con laiuto di enzimi, energia utilizzata
direttamente per attuare processi endoergonici
trasferimento del gruppo fosfato fosforilazione

fosforilazione
intermedio fosforilato molto reattivo cambiamento di forma della molecola
fosforilata
cambiamento della capacit di legare

unaltra molecola
rigenerazione dellATP
ATP viene utilizzato in modo continuo ATP rinnovabile ADP + PO ATP + H O energia per formare ATP viene dalle
4 22
reazioni cataboliche accoppiate
ciclo del ATP molto rapide

rigenerazione dellATP
10 milioni ATP/s per cellula endoergonico, non spontaneo respirazione cellulare energia catalizzato da enzimi
ADP + PO42- ATP + H2O G = +7,3 kcal/mol (-30,5 kJ/mol) nelle cellule G = +13 kcal/mol
enzima
agisce da catalizzatore agente chimico che accelera la velocit di
una reazione chimica senza essere consumato
proteine RNA (ribozimi)

energia di attivazione
reazione chimica implica la rottura di certi
legami e la formazione di legami nuovi
distorsione molecolare stato di transizione (altamente instabile) assorbimento di energia energia di attivazione E
A
stato di transizione
enzima catalizzatore
r2 E ES energia di reazione, livello 2 (presenza di catalizzatore) enzima complesso enzima-substrato
stato di transizione e pi basso energia di attivazione ridotta

equivalente meccanico
energia di reazione, livello 1 (passaggio sulla vetta della montagna) r2 energia di reazione, livello 2 (passaggio attraverso la galleria) a1 energia di attivazione 1 (necessaria per giungere sulla vetta della montagna) a2 energia di attivazione 2 (necessaria per raggiungere la galleria) bilancio energetico netto A altitudine iniziale B altitudine finale r1
barriera dellEA
calore accelera le reazioni soluzione inappropriata per un sistema
biologico
entrano i enzimi enzima non cambia G non rende esoergonica un a reazione

endoergonica
abbassa soltanto E
enzimi
reagente = substrato complesso enzima-substrato
dissociazione enzimatica
catabolismo
trasformazione enzimatica
associazione enzimatica
anabolismo
specicit
altamente specico enzima pu distinguere tra molecole molto
simili (isomeri)
una regione dellenzima lega il substrato sito attivo non rigido, dinamico
adattamento indotto
substrato si avvicina al enzima enzima cambia forma aumenta la capacit della catalisi
enzima-substrato
legami deboli, non covalenti velocissimo (1000 reazioni / secondo) pu catalizzare nelle due direzioni dipende delle concentrazioni relative
sito attivo
1. fornisce una supercie stampa (surface
mold)
2. alterazione strutturale 3. fornisce microambiente pi idoneo alla

reazione
alla ne, sito attivo ha la stessa

conformazione che allinizio
cinetica enzimatica
velocit dipende dalle concentrazioni
relative dei substrati e degli enzimi
esiste un limite saturazione =v v

reazione
sito attivo
saturazione
ambiente chimico-sico
temperatura e pH enzima struttura 3D sensitivo allambiente enzimi hanno condizioni ottimali in bio. e chim. struttura = funzione !!! sempre !!!
pH
valori pH ottimali entro 6 e 8 pero ci sono enzimi acidi e basici pepsina, pH = 2 tripsina, pH = 8
effetti del pH

pH acido aggiunge H+ pH basico toglie H+ NH2 + H+ NH3+ COO- + H+ COOH pKa = pH che cambia la carica dei a.a.
amminoacido alanina (Ala, A) arginina (Arg, R) asparagina (Asn, N) acido aspartico (Asp, D) cisteina (Cys, C) acido glutammico (Glu, E) glutamina (Gln, Q) glicina (Gly, G) istidina (His, H) isoleucina (Ile, I) leucina (Leu, L) lisina (Lys, K) metionina (Met, M) fenilalanina (Phe, F) prolina (Pro, P) serina (Ser, S) treonina (Thr, T) triptofano (Trp, W) tirosina (Tyr,Y) valina (Val,V)
carbossile 2.35 2.01 2.02 2.10 2.05 2.10 2.17 2.35 1.77 2.32 2.33 2.18 2.28 2.58 2.00 2.21 2.09 2.38 2.20 2.29
amino 9.87 9.04 8.80 9.82 10.25 9.47 9.13 9.78 9.18 9.76 9.74 8.95 9.21 9.24 10.60 9.15 9.10 9.39 9.11 9.72
g/mol 89.09
12.48
174.20 132.12
3.86 8.00 4.07
133.10 121.16 147.13 146.15 75.07
6.10
155.16 131.17 131.17
10.53
146.19 149.21 165.19 115.13 105.09 119.12 204.23
10.07
181.19 117.15
temperatura
temperatura = agitazione molecolare legami deboli dei enzimi vanno destrutti denaturazione maggior parte entro 35 -40 batteri termoli
o o
cofattori
enzimi richiedono molecole non proteiche legati permanente o reversibilmente inorganico cofattore organico = coenzima
denaturazione
inibitori enzimatici
inibizione selettiva pu essere legato permanentemente sul
sito attivo
legami deboli reversibile essenziale per il controllo del metabolismo

nel corpo
inibizione
competitivo non competitivo
inibitore si lega al sito attivo formare complesso
non vengono in
un altra parte
substrato non pu
contatto con il sito attivo
legano il enzima da deformazione
inbizione selettiva
molecole naturalmente presenti nelle
cellulare cellule regolano lattivit di molti enzimi agendo come inibitori
essenziale per il controllo del metabolismo
inibizione
regolazione metabolica
non tutte vie metaboliche possono essere
attiva tutto il tempo
caos attivazione selettiva di enzimi trascrizione, traduzione, proteina

regolazione allosterica
quando una funzione di un sito di una non-competitivo spesso: proteina a due o pi subunit,
con il proprio sito attivo
proteina inuenzata dal legame di una molecola regolatrice in un sito diverso
regolazione allosterica
attivazione allosterica
attivatore stabilizza la conformazione
funzionante inattiva
inibitore stabilizza la conformazione cambiamento di conformazione

uttuazioni della concentrazione

ATP funzione come regolatore allosterico ATP inibisce enzimi catabolici ADP funziona da attivatore catabolico ATP viene generato da respirazione
cellulare, il catabolismo di glucosio
cooperativit
tipo di attivazione allosterica il cambiamento di conformazione in una amplica la risposta di certi enzimi alla
presenza dei substrati
subunit mena al cambiamento di tutte le subunit
emoglobina
4 subunit sito di legame per lossigeno una molecola di ossigeno aumenta lafnit
dei rimanenti siti
negative feedback
inibizione per retroazione via metabolica bloccata dal prodotto
terminale
prodotto lega a uno dei primi enzimi della

via metabolica stessa
localizzazione
cellula non una grande zuppa altamente compartimentalizzata citoscheletro complessi multienzimatici localizzazione intracellulare

(S6ita - Bi4ita) Presentazione: Introduzione Al Metabolismo

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proteine RNA (ribozimi)

quando nuovi composti sono formati,

stato di energia nale pi basso di quello inziale

stato di energia nale pi alto di quello iniziale

prima legge della termodinamica

la seconda legge della termodinamica

calore = movimento caotico delle molecole calore = mozione molecolare

entropia = disordine, entropia in un sistema lordine pu aumentare, pero

cambiamenti di energia llibera (G)

energia libera in biologia

spontaneamente da una condizione di equilibrio

energia libera in biologia

liberazione di energia libera reazione spontanea in discesa respirazione cellulare

equilibrio chimico e metabolismo

lavoro della cellula

lavoro di trasporto (passaggio di sostanze

lavoro meccanico (contrazioni muscolari,

ATP fornisce questa energia

mutua repulsione instabile

trasferimento del gruppo fosfato fosforilazione

cambiamento della capacit di legare

reazioni cataboliche accoppiate

ciclo del ATP molto rapide

proteine RNA (ribozimi)

stato di transizione e pi basso energia di attivazione ridotta

entrano i enzimi enzima non cambia G non rende esoergonica un a reazione

2. alterazione strutturale 3. fornisce microambiente pi idoneo alla

alla ne, sito attivo ha la stessa

esiste un limite saturazione =v v

3.86 8.00 4.07

133.10 121.16 147.13 146.15 75.07

155.16 131.17 131.17

146.19 149.21 165.19 115.13 105.09 119.12 204.23

legami deboli reversibile essenziale per il controllo del metabolismo

inibitore si lega al sito attivo formare complesso

contatto con il sito attivo

legano il enzima da deformazione

essenziale per il controllo del metabolismo

caos attivazione selettiva di enzimi trascrizione, traduzione, proteina

proteina inuenzata dal legame di una molecola regolatrice in un sito diverso

inibitore stabilizza la conformazione cambiamento di conformazione

uttuazioni della concentrazione

subunit mena al cambiamento di tutte le subunit

prodotto lega a uno dei primi enzimi della

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