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Enzimi

Scuola Europea s6ita - bi4ita

Monday, October 8, 12

enzima
agisce da catalizzatore agente chimico che accelera la velocit di
una reazione chimica senza essere consumato

proteine RNA (ribozimi)


Monday, October 8, 12

reazioni chimiche
esotermiche endotermiche vuole energia per rompere i legami
covalenti

quando nuovi composti sono formati,


energia liberata
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reazioni esotermiche

reazioni endotermiche

stato di energia nale pi basso di quello inziale

stato di energia nale pi alto di quello iniziale

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reazioni chimiche
exo endo i f r1 a S P t reazione esotermica reazione endotermica livelli di energia livello di energia iniziale (per la reazione esotermica) livello di energia finale (per la reazione esotermica) energia di reazione, livello 1 (assenza di catalizzatore) energia di attivazione bilancio energetico netto della reazione substrato prodotto finale tempo di reazione

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termodinamica
studio dell trasformazioni dellenergia sistema vs. ambiente sistema aperto sistema isolato
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sistema aperto
organismi sono sistemi aperti liberano nellambiente calore e riuti
metabolici (CO2)

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prima legge della termodinamica


energia delluniverso e costante pu essere trasferita o trasformata non pu essere creata o distrutta conservazione dellenergia piante sono trasformatori, non creatori
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la seconda legge della termodinamica


qualsiasi trasferimento o trasformazione di in ogni trasferimento o traformazione di
energia una parte dellenergia diviene inutilizzabile per compiere lavoro energia porta a un aumento dellentropia

calore = movimento caotico delle molecole calore = mozione molecolare


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entropia
la perdita di energia utilizzabile porta alla
logica consequenza che tali eventi rende luniverso un po pi disordinato

entropia = disordine, entropia in un sistema lordine pu aumentare, pero


esiste uninarrestabile tendenza verso il disordine delluniverso

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entropia
reazioni / processi spontanei spontaneo = processo che avviene senza
apporto di energia esterna

non implica velocit, pu essere lento certi eventi sono spontanei, altri no processo spontaneo deve aumentare
lentropia delluniverso (2LT)
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disordine biologico

organismo assume dallambiente materia organizzata sostanze meno ordinate CO2 e H2O hanno contenuto di energia meno alto di quello degli alimenti entra luce parte calore (ecosistema) organismo organizato aumenta lentropia universale organismi sono isole di bassa energia in un universo sempre pi disordinato

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biochimica
reazioni chimiche della vita energia dallesterno

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cambiamenti di energia llibera (G)


sistema chiuso energia libera di Gibbs = G porzione di energia di un sistema che pu
essere utilizzata

G = H - TS
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G = H-TS

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H = entalpia (quantit totale di energia) T = temperatura assoluta (K) S = cambiamento di entropia G negativo = reazione spontanea H deve diminuire S deve aumentare processo spontaneo diminuisce lenergia libera di un sistema

energia libera in biologia


-G G = G >G G negativo se G massima stabilit = equilibrio reazioni reversibili sistemi non si spostano mai
stato nale stato iniziale stato iniziale stato nale

spontaneamente da una condizione di equilibrio

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energia libera in biologia


reazioni esoergoniche reazioni endoergoniche

liberazione di energia libera reazione spontanea in discesa respirazione cellulare

assorbe energia libera deposita energia nelle molecole dei prodotti in salita fotosintesi

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equilibrio chimico e metabolismo



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quando una reazione trova lequilibrio, non pu pi compiere lavoro il metabolismo, nel suo complesso, si trova costantemente in una condizione lontana dallequilibrio usso di cibo e riuti impedisce alle vie metaboliche di trovare lequilibrio cos la cellula continua a lavorare per tutta sua vita

equilibrio
il prodotto di una reazione diventa il
reagente della reazione successiva espulsi dalla cellula

alla ne, i prodotti di scarto vengono glucosio - alto della via metabolica CO e H O - basso
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lavoro della cellula


lavoro chimico (reazioni endoergoniche,
sintesi di polimeri)

lavoro di trasporto (passaggio di sostanze


attraverso le membrane) trasporto vescicolare)

lavoro meccanico (contrazioni muscolari,

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accoppiamento energetico
due reazioni una reazione rilascia energia che un altra
reazione prende

ATP fornisce questa energia

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ATP
adenina legami di alta energia

fosfati ribosio
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ATP

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adenosina trifosato fosfato - fosfato - fosfato - ribosio - base azotata anche utilizzato nella sintesi di acidi nucleici reazione di idrolisi (+H2O, legame si rompe) ATP ADP libera 7,3 kcal/mol ATP

ATP
ATP + H2O ADP + PO4
2-

G = -7,3 kcal/mol (-30,5 kJ/mol) nelle cellule G = -13 kcal/mol peso molecolare ATP = 507,18 g/mol 507,18 g / 13 kcal 5,07 kg / 130 kcal 50,7 kg / 1300 kcal ??????
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ATP
liberazione di energia legata allidrolisi
dellATP non dipende dal contenuto energetico dei legami cui partecipa il fosfato

cambiamento chimico del sistema stato alto uno stato di minore energia
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fosfati
gruppi fosfati sono carichi negativamente cariche dello stesso segno sono molto
vicine

mutua repulsione instabile


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lavoro dellATP
idrolisi rilascia energia con laiuto di enzimi, energia utilizzata
direttamente per attuare processi endoergonici

trasferimento del gruppo fosfato fosforilazione


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fosforilazione
intermedio fosforilato molto reattivo cambiamento di forma della molecola
fosforilata

cambiamento della capacit di legare


unaltra molecola
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rigenerazione dellATP
ATP viene utilizzato in modo continuo ATP rinnovabile ADP + PO ATP + H O energia per formare ATP viene dalle
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reazioni cataboliche accoppiate

ciclo del ATP molto rapide


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rigenerazione dellATP
10 milioni ATP/s per cellula endoergonico, non spontaneo respirazione cellulare energia catalizzato da enzimi
ADP + PO42- ATP + H2O G = +7,3 kcal/mol (-30,5 kJ/mol) nelle cellule G = +13 kcal/mol
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enzima
agisce da catalizzatore agente chimico che accelera la velocit di
una reazione chimica senza essere consumato

proteine RNA (ribozimi)


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energia di attivazione
reazione chimica implica la rottura di certi
legami e la formazione di legami nuovi

distorsione molecolare stato di transizione (altamente instabile) assorbimento di energia energia di attivazione E
A
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stato di transizione

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enzima catalizzatore
r2 E ES energia di reazione, livello 2 (presenza di catalizzatore) enzima complesso enzima-substrato

stato di transizione e pi basso energia di attivazione ridotta


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equivalente meccanico
energia di reazione, livello 1 (passaggio sulla vetta della montagna) r2 energia di reazione, livello 2 (passaggio attraverso la galleria) a1 energia di attivazione 1 (necessaria per giungere sulla vetta della montagna) a2 energia di attivazione 2 (necessaria per raggiungere la galleria) bilancio energetico netto A altitudine iniziale B altitudine finale r1

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barriera dellEA
calore accelera le reazioni soluzione inappropriata per un sistema
biologico

entrano i enzimi enzima non cambia G non rende esoergonica un a reazione


endoergonica

abbassa soltanto E
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enzimi
reagente = substrato complesso enzima-substrato

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dissociazione enzimatica
catabolismo

trasformazione enzimatica

associazione enzimatica
anabolismo

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specicit
altamente specico enzima pu distinguere tra molecole molto
simili (isomeri)

una regione dellenzima lega il substrato sito attivo non rigido, dinamico
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adattamento indotto
substrato si avvicina al enzima enzima cambia forma aumenta la capacit della catalisi

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enzima-substrato
legami deboli, non covalenti velocissimo (1000 reazioni / secondo) pu catalizzare nelle due direzioni dipende delle concentrazioni relative
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sito attivo
1. fornisce una supercie stampa (surface
mold)

2. alterazione strutturale 3. fornisce microambiente pi idoneo alla


reazione

alla ne, sito attivo ha la stessa


conformazione che allinizio
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cinetica enzimatica
velocit dipende dalle concentrazioni
relative dei substrati e degli enzimi

esiste un limite saturazione =v v


reazione
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sito attivo

saturazione

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ambiente chimico-sico
temperatura e pH enzima struttura 3D sensitivo allambiente enzimi hanno condizioni ottimali in bio. e chim. struttura = funzione !!! sempre !!!
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pH
valori pH ottimali entro 6 e 8 pero ci sono enzimi acidi e basici pepsina, pH = 2 tripsina, pH = 8
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effetti del pH

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pH acido aggiunge H+ pH basico toglie H+ NH2 + H+ NH3+ COO- + H+ COOH pKa = pH che cambia la carica dei a.a.

amminoacido alanina (Ala, A) arginina (Arg, R) asparagina (Asn, N) acido aspartico (Asp, D) cisteina (Cys, C) acido glutammico (Glu, E) glutamina (Gln, Q) glicina (Gly, G) istidina (His, H) isoleucina (Ile, I) leucina (Leu, L) lisina (Lys, K) metionina (Met, M) fenilalanina (Phe, F) prolina (Pro, P) serina (Ser, S) treonina (Thr, T) triptofano (Trp, W) tirosina (Tyr,Y) valina (Val,V)
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carbossile 2.35 2.01 2.02 2.10 2.05 2.10 2.17 2.35 1.77 2.32 2.33 2.18 2.28 2.58 2.00 2.21 2.09 2.38 2.20 2.29

amino 9.87 9.04 8.80 9.82 10.25 9.47 9.13 9.78 9.18 9.76 9.74 8.95 9.21 9.24 10.60 9.15 9.10 9.39 9.11 9.72

g/mol 89.09

12.48

174.20 132.12

3.86 8.00 4.07

133.10 121.16 147.13 146.15 75.07

6.10

155.16 131.17 131.17

10.53

146.19 149.21 165.19 115.13 105.09 119.12 204.23

10.07

181.19 117.15

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temperatura
temperatura = agitazione molecolare legami deboli dei enzimi vanno destrutti denaturazione maggior parte entro 35 -40 batteri termoli
o o
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cofattori
enzimi richiedono molecole non proteiche legati permanente o reversibilmente inorganico cofattore organico = coenzima
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denaturazione

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inibitori enzimatici
inibizione selettiva pu essere legato permanentemente sul
sito attivo

legami deboli reversibile essenziale per il controllo del metabolismo


nel corpo
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inibizione
competitivo non competitivo

inibitore si lega al sito attivo formare complesso

non vengono in
un altra parte

substrato non pu

contatto con il sito attivo

legano il enzima da deformazione

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inbizione selettiva
molecole naturalmente presenti nelle
cellulare cellule regolano lattivit di molti enzimi agendo come inibitori

essenziale per il controllo del metabolismo

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inibizione

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regolazione metabolica
non tutte vie metaboliche possono essere
attiva tutto il tempo

caos attivazione selettiva di enzimi trascrizione, traduzione, proteina


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regolazione allosterica
quando una funzione di un sito di una non-competitivo spesso: proteina a due o pi subunit,
con il proprio sito attivo
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proteina inuenzata dal legame di una molecola regolatrice in un sito diverso

regolazione allosterica

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attivazione allosterica
attivatore stabilizza la conformazione
funzionante inattiva

inibitore stabilizza la conformazione cambiamento di conformazione


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uttuazioni della concentrazione


ATP funzione come regolatore allosterico ATP inibisce enzimi catabolici ADP funziona da attivatore catabolico ATP viene generato da respirazione
cellulare, il catabolismo di glucosio
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cooperativit
tipo di attivazione allosterica il cambiamento di conformazione in una amplica la risposta di certi enzimi alla
presenza dei substrati

subunit mena al cambiamento di tutte le subunit

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emoglobina
4 subunit sito di legame per lossigeno una molecola di ossigeno aumenta lafnit
dei rimanenti siti

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negative feedback
inibizione per retroazione via metabolica bloccata dal prodotto
terminale

prodotto lega a uno dei primi enzimi della


via metabolica stessa

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localizzazione
cellula non una grande zuppa altamente compartimentalizzata citoscheletro complessi multienzimatici localizzazione intracellulare
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