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Prof. Renato Fani
Cosa sono gli SNPs?
• Questo termine è principalmente
legato alla genetica eucariotica e si
riferisce alla differenza di sequenza
in una sola base tra due alleli
A T C G
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Come ogni mutazione
puntiforme lo SNP può essere:
Questo tipo di mutazione è presente
• Silente soprattutto nelle regioni non
codificantiÆ ma è presente anche in
quelle codificanti (terza base del
codone..)
• Non senso
Sono le mutazioni più evidenti
perché portano all’alterazione di
• Missenso una proteina.
Possibile cambiamento
fenotipico
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COME PUO’ ESSERE INDIVIDUATO
UN POLIMORFISMO PUNTIFORME?
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1. RFLP (Restriction fragment lenght polymorphism)
Il sistema permette di evidenziare SNP localizzati
internamente ad un sito di restrizione. Il diverso pattern
di restrizione può essere visualizzato su gel d’agarosio.
In questo esempio lo
stesso frammento di 275 sogg1 sogg2
bp proveniente da due
diversi soggetti è stato HaeIII TaqI MwoI HaeIII TaqI MwoI
trattato separatamente
con tre enzimi di
restrizione, due dei quali
hanno evidenziato la
presenza di un
polimorfismo.
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2. Individuazione
dello SNP
con trattamento
chimico
IdrossilamminaÆmodifica la
citosina
Tretraossido di
osmioÆmodifica le timine
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3. SSCPs
(single-strand
conformation
polymorphisms)
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A COSA PUO’ SERVIRE INDIVIDUARE UNO SNP?
MALATTIA GENETICA
LOCALIZZAZIONE
DI UNA MUTAZIONE
PUNTIFORME CARATTERISTICA
DIAGNOSI PRECOCE
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ESEMPIO: Fibrosi cistica
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Caccia al gene responsabile della malattia
•Come prima cosa sono state studiate un ampio numero di
famiglie affette da fibrosi cistica.
•Tramite RFLP sono state individuate regioni associate alla
malattia che per ibridazione in situ sono state localizzate sul
braccio lungo del cromosoma 7.
• Clonaggio della regione di interesse e screening dei cloni
mediante sonde
•Isolamento dell’intera regione codificante il gene
CFÆ6000bp
• Una volta ottenuta la sequenza questa è stata confrontata
con quella wild type…
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68% dei pazienti
una delezione di 3 pb
con la perdita di una fenilalanina
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Come evidenziare velocemente tali mutazioni?
Screening prenatale
Attualmente lo screening prenatale viene effettuato con
varie tecniche che coinvolgono analisi basate sulla PCR e
l’ibridazione di sonde\mutazione specifiche che vanno a
ricercare un set di mutazioni (31-200) tipiche della regione
geografica o legate alla familiarità
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SNuPE (Single Nucleotide Primer extension)
• Conoscere la sequenza esatta del sito in cui è localizzato
lo SNP
• La tecnica si basa su una reazione di primer extension
modificata
Template Primer
CCATGACTGATTCC
NNNNAGCCTGGTACTGACTAAGGANNN
Interrogation target
ddGTP + ddCTP +
ddUTP + ddATP Reazione di primer extension
dd
CCATGACTGATTCCU
NNAGCCTGGTACTGACTAAGGANNNNNNN
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I nucleotidi impiegati nella reazione di estensione del
primer sono dideossinucleotidiÆ questo determina
l’incorporazione di un solo nucleotide data l’assenza dell’OH
libero in posizione 3’
Inoltre i nucleotidi sono marcati con 4 differenti
fluorocromi. Un quinto fluorocromo è impiegato per marcare
un size-standard
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ELETTROFORESI CAPILLARE
Il campione di DNA, miscelato con una soluzione
tampone con sostanze denaturanti, per un evento di
iniezione penetra in un capillare. Durante il percorso
il flusso è investito da un raggio la cui lunghezza
d’onda eccita i fluorocromi (che devono essere stati
precedentemente legati ai frammenti di DNA)
permettendo di individuare i frammenti.
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ELETTROFORESI CAPILLARE
• Impiega microcapillare in silice fusa, con diametro interno
compreso fra 10 e 100 micron (sottilissimi), con lunghezza tra i 30 e
i 50 cm.
•Il capillare è riempito da una sostanza che funge da setaccio
molecolare (simile al gel), che può essere poliacrilammide,
dimetilacrilammide o altri polimeri lineari.
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FLUSSO ELETTROSMOTICO
- - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - -
ANODO(+)
CATODO(-)
+ +++++ + + + + + + +++++ + + + + +
- - - -
- -
- -
+ +++ ++ + + + + + + +++++ + + + + +
- - - - - -- - - - - - - - - - - - - - - -
-
Ioni negativi del capillare
Sali positivi del buffer
+
-
Molecole di DNA di diversa grandezza
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Laser light source
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Vantaggi:
•Il tempo necessario per la corsa si riduce fino a 14 volte.
•Il caricamento è sempre automatico (caricamento elettrocinetico)
il campione viene aspirato dalla provetta che lo contiene e portato
velocemente dentro la matrice. L’efficienza di caricamento permette
di utilizzare pure minor q.tà di campione.
• La risoluzione è migliore rispetto all’elettroforesi classica
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Allele wt Allele mut
A C
T G
A C
T G
T G
A C
T G
T G
I I
pm pm
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SANO
T
A I
T
A
T pm
ETEROZIGOTE
A T G
T I
C
G
pm
Mutante
OMOZIGOTE G
C I
G
C
G pm
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APPLICAZIONI
Questa tecnica ha avuto ampia applicazione nel campo della
diagnostica
ESEMPIOÆ lo screening delle mutazioni coinvolte in una
malattia genetica può essere effettuato con questo metodo.
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Gene CFTR
Esone 17b
R1066C 3328 L1077P 3362
TA C
R1066H 3329
T(C)A(G) C(T) +
A(G)T(C) G(A)
-
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nTTT
T(C)A(G) C(T) +
A(G)T(C) G(A)
TTT -
pm
TTT
nTTT pm
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R1066H R1066C L1077P
Wt het mut
Wt het mut
TECNICA SNuPE
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PROBLEMATICA
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SOLUZIONI PROPOSTE
LIMITI :
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RECUPERO DAL DATABASE DI TUTTE LE SEQUENZE
DISPONIBILI DEL GENE cytb APPARTENENTI ALLE QUATTRO
SPECIE DI INTERESSE
Allineamento multiplo
(ClustalW) delle 63
sequenze del cyt b
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INDIVIDUAZIONE DEI PRIMER UNIVERSALI
confrontata con le
gAF034730 TTAATTTTACAGATTCTAACAGGCCTATTCCTAGCAATACACTATACACCTGACACAACA 180
gD34635 CTAATCCTACAAATCCTCACAGGCCTATTCCTAGCAATACACTACACATCCGACACAACA 179
Questi primer
** ************** ** ***** ** ** ****** *** ** ** * ******
consentono di
gD84201 GGTCTATATTATGGATCATATACCTTTCTAGAAACATGAAACATTGGAGTAATCCTCCTG 360
gAF034730 GGCCTATACTATGGATCATATACCTTCCTAGAAACATGAAACATCGGAGTAATCCTCCTA 360
amplificare un
gD34635 GGCTTATATTATGGGTCTTACACTTTTCTAGAAACATGAAATATCGGAGTAATCCTTCTG 359
gD88629 GGCATATACTACGGATCATATACCTTTCTAGAAACATGAAACATCGGAGTAATTCTATTA 360
** **** ** ** ** ** ** ** ************** ** ******** ** *
frammento di 275
bp a partire da gD84201
gAF034730
CTCGCGACAATGGCCACAGCATTCATAGGCTATGTCCTACCATGAGGACAAATATCATTT
TTTGCGACAATAGCCACAGCATTCATAGGCTATGTTTTACCATGAGGACAAATATCATTC
420
420
ogni specie gD34635.
gD88629
CTCACAGTAATAGCCACAGCATTCATAGGATACGTCCTACCATGAGGACAAATATCATTC
TTCGCAGTAATAGCCACAGCATTTATAGGATACGTACTGCCATGAGGACAAATATCATTC
419
420
considerata * * *** *********** ***** ** ** * ********************
DNA di DNA di
DNA di CAPRA MUCCA DNA di
BUFALO PECORA
PCR con i
primer
universali
elettroforesi su gel
d’agarosio
B G C S - m
275 bp
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SNuPE
9 Rapida esecuzione
amplificazione con
i primer universali
Elettroforesi capillare
T G
I I
pm pm
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FORWARD
G giD84201 CTCCCAACCCCATCAAACATCTCATCATGATGAAACTTTGGATCCCTCCTAGGAATTTGC 120
S giAF034730 CTCCCAGCTCCATCAAATATTTCATCATGATGAAACTTTGGCTCTCTCCTAGGCATTTGC 120
C giD34635. CTTCCAGCCCCATCGAACATTTCATCATGATGGAATTTCGGTTCCCTCCTGGGAATCTGC 119
B giD88629 CTCCCTGCTCCATCAAATATCTCATCATGATGAAACTTTGGCTCTCTCCTAGGCATCTGC 120
***** ** ** *********** ** ** ** ** ***** ** ** ***
giD84201 CTAATCTTACAAATCCTGACAGGCCTATTCCTAGCAATACACTATACATCCGACACAATA 180
G
giAF034730 TTAATTTTACAGATTCTAACAGGCCTATTCCTAGCAATACACTATACACCTGACACAACA 180
S
giD34635. CTAATCCTACAAATCCTCACAGGCCTATTCCTAGCAATACACTACACATCCGACACAACA 179
C
giD88629 CTAATTCTGCAAATCCTCACCGGCCTATTCCTAGCAATACACTACACATCCGACACAACA 180
B
**** * ** ** ** * ******** ******** ** ** *** * ** *** *
giD84201 ACAGCATTTTCCTCTGTAACTCACATTTGTCGAGATGTAAATTATGGCTGAATCATCCGA 240
G
giAF034730 ACAGCATTCTCCTCTGTAACCCACATTTGCCGAGACGTGAACTATGGCTGAATTATCCGA 240
S
giD34635. ACAGCATTCTCCTCTGTTACCCATATCTGCCGAGACGTGAACTACGGCTGAATCATCCGA 239
C
giD88629 ACAGCATTCTCCTCCGTCGCCCACATCTGCCGAGACGTGAACTATGGATGAATTATTCGA 240
B
****** * **** ** * ** ** ** ** ** ** ** ** ** ***** ** ***
REVERSE Prof.
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INDIVIDUAZIONE DI DIFFERNZE PUNTIFORMI CARATTERIZZANTI
CIASCUNA SPECIE
CAPRA
PECORA
MUCCA e BUFALO
C giD84201 G
CTAATCTTACAAATCCTGACAGGCCTATTCCTAGCAATACACTATACATCCGACACAATA 180
P giAF034730 A
TTAATTTTACAGATTCTAACAGGCCTATTCCTAGCAATACACTATACACCTGACACAACA 180
M giD34635.
C
CTAATCCTACAAATCCTCACAGGCCTATTCCTAGCAATACACTACACATCCGACACAACA 179
B giD88629 CTAATTCTGCAAATCCTCACCGGCCTATTCCTAGCAATACACTACACATCCGACACAACA 180
**** * ** ** ** C * ******** ******** ** ** *** * ** *** *
MUCCA BUFALO
CAPRA, PECORA, CAPRA, PECORA,
BUFALO MUCCA
C giD84201 C C
ACAGCATTTTCCTCTGTAACTCACATTTGTCGAGATGTAAATTATGGCTGAATCATCCGA 240
P giAF034730 C C
ACAGCATTCTCCTCTGTAACCCACATTTGCCGAGACGTGAACTATGGCTGAATTATCCGA 240
M
B
giD34635.
giD88629
T C
ACAGCATTCTCCTCTGTTACCCATATCTGCCGAGACGTGAACTACGGCTGAATCATCCGA
ACAGCATTCTCCTCCGTCGCCCACATCTGCCGAGACGTGAACTATGGATGAATTATTCGA
239
240
****** * **** ** * **C** ** ** ** ** ** ** **A***** ** ***
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PROGETTAZIONE DEI PRIMER
CAPRA
PECORA
Primer A
C/T
G giD84201 G
CTAATCTTACAAATCCTGACAGGCCTATTCCTAGCAATACACTATACATCCGACACAATA 180
S giAF034730 A
TTAATTTTACAGATTCTAACAGGCCTATTCCTAGCAATACACTATACACCTGACACAACA 180
CW giD34635.
C
CTAATCCTACAAATCCTCACAGGCCTATTCCTAGCAATACACTACACATCCGACACAACA 179
B giD88629 CTAATTCTGCAAATCCTCACCGGCCTATTCCTAGCAATACACTACACATCCGACACAACA 180
**** * ** ** ** C * ******** ******** ** ** *** * ** *** *
MUCCA BUFALO
Primer B T Primer C
A
G giD84201 C C
ACAGCATTTTCCTCTGTAACTCACATTTGTCGAGATGTAAATTATGGCTGAATCATCCGA 240
P giAF034730 C C
ACAGCATTCTCCTCTGTAACCCACATTTGCCGAGACGTGAACTATGGCTGAATTATCCGA 240
CW
B
giD34635.
giD88629
T C
ACAGCATTCTCCTCTGTTACCCATATCTGCCGAGACGTGAACTACGGCTGAATCATCCGA
ACAGCATTCTCCTCCGTCGCCCACATCTGCCGAGACGTGAACTATGGATGAATTATTCGA
239
240
****** * **** ** * **C** ** ** ** ** ** ** **A***** ** ***
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STEP SPERIMENTALI:
1. Amplificazione con i primer universali primers (previa
estrazione del DNA da formaggio)
2. Reazione di primer extension sul prodotto di
amplificazione con ddNTP marcati T A
G C
ELETTROFORESI CAPILLARE
Rivela quale ddNTP è stato incorporato e quindi
quale specie è stata analizzata
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ANALISI SNuPE di MUCCA
SPECIE BASE
INCORPORATA
Primer A: G
MUCCA Primer B: A
Primer C: G
A
Primer B
G
Primer C
G
Primer A
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ANALISI SNuPE di PECORA
SPECIE BASE
INCORPORATA
Primer A: T
PECORA Primer B: G
Primer C: G
Primer B G
G
Primer C
Primer A
T
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ANALISI SNuPE di CAPRA
SPECIE BASE
INCORPORATA
Primer A: C
CAPRA Primer B: G
Primer C: G
Primer B
G
Primer C
Primer A C
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ANALISI SNuPE di BUFALO
SPECIES INCORPORATED
BASE
Primer A: G
BUFALO Primer B: G
Primer C: T
Primer B G
T
Primer C
Primer A
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SPECIES BASE
IDENTIFICATIVA
SHEET Primer A: T
SPECIES BASE
IDENTIFICATIVA
SPECIES BASE
IDENTIFICATIVA
BUFFALO Primer C: T
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