Sei sulla pagina 1di 56

Flusso informazione genetica:

piu comunemente DNA > RNA > Proteina


1) Trascrizione = sintesi RNA mediante RNA polimerasi
DNA dipendente (avviene nel nucleo e nei mitocondri)
in
2) Traduzione informazione genetica (mRNA)
proteina (avviene nel citoplasma e nei mitocondri a livello
dei ribosomi)
> a
Principio di corrispondenza e di co-linearita
sequenza lineare di nucleotidi nel DNA corrisponde
sequenza lineare di nucleotidi nel mRNA e infine
corrisponde sequenza lineare di aminoacidi nella proteina

Nelle cellule eucariotiche solo una piccola frazione di


DNA viene trascritta
Solo una piccola porzione del DNA trascritto viene
trascritto in tutte le cellule e in maniera continua
Il DNA viene trascritto dalle cellule a seconda dei loro
compiti e delle loro esigenze
Solo una porzione del DNA trascritto (RNA) viene
tradotto in proteina

Le 3 funzioni chiave dell RNA nella sintesi proteica:


1) L mRNA porta linformazione genetica copiata dal
DNA sotto forma di un codice specificato da sequenze
lineari di 3 basi (codon). Ciascuna tripletta specifica un
determinato aminoacido
2) Il tRNA e fondamentale per decifare il codice
contenuto a livello dell mRNA. Ciascun aminoacido ha il
suo tRNA che a sua volta contiene una sequenza di 3 basi
complementare al codon del mRNA.
3) L rRNA associato ad un set di proteine forma i
ribosomi, che si muovono lungo lmRNA e catalizzano
lassemblaggio degli amino-acidi trasportati dal tRNA a
formare polipeptidi

Nelle cellule identico contenuto in DNA ma diverso


espressione differenziata (differente contenuto in
RNA)
Funzioni comune a tutte le cellule vengono svolte da
geni house-keeping
Espressione di altri geni ristretta a specifici tipi
cellulari > espressione tessuto specifica

ENZMI= Catalizzatori di natura proteica


Accelerano la velocita delle reazioni chimiche
Agiscono in quantita piccolissime
Alla fine della reazione possono essere nuovamente
utilizzati
Catalizzano reazioni termodinamicamente possibili.
Spesso richiedono energia che deve essere fornita nella
foma e quantita adatta
Catalizzano un numero ristretto di reazioni, spesso una
sola

SINTESI RNA
RNA polimerasi
Stampo DNA e rNTP (ATP, CTP, GTP, UTP)
Trascrizione 5 > 3 di un singolo filamento
Aggiunta di AMP, CMP, GMP e UMP
Primo nucleotide avra 3 fosfati in 5
Lultimo nucleotide avra gruppo ossidrilico libero in 3

SINTESI RNA
Uno dei due filamenti di DNA funge da
(antisenso)

stampo

Il neo-filamento di RNA risultera identico (con


leccezione della U al posto della T e del ribosio al posto
del d-ribosio) allaltro frammento di DNA (con senso)
3 diverse classi di RNA polimerasi

Eventi che precedono la sintesi del RNA eucariotico:


Legame fattori trascrizionali sequenza promotore DNA
Dopo che un certo numero di fattori trascrizionali lega
il promotore l RNA polimerasi si lega al complesso di
fattori trascrizionali e inizia sintesi RNA
Fattori trascrizionali in trans
Elementi del promotore in cis

chiave
del
promotore
=
sequenze
Elementi
nucleotidiche
che
rappresentano
fattori
di
riconoscimento per fattori trascrizionali
TATA box (TATAAA) ~ -25bp sito dinizio trascrizione
in geni house-keeping e in genere sostituito da GC box
in geni house-keeping e in genere sostituito da GC box
CAAT box (CCAAT) ~ -80bp sito dinizio trascrizione
CAC box (CCACACCCN)
trascrizione

~-90-100bp

sito

dinizio

Silencers si trovano a distanza piu


Enhancers e
variabile dal sito dinizio trascrizione

Metilazione DNA = generica repressione trascrizione

Isole CpG prevalgono in prossimita dei geni


Rappresentano uno strumento (attraverso metilazione
e demetilazione) di regolazione della trascrizione
Metilazione su residuo 5 della citosina

DISTINZIONE FRA DNA ATTIVO E INATTIVO DA


UN PUNTO DI VISTA TRASCRIZIONALE
Cromatina inattiva:
Struttura condensata
Associata istone H1
Replicazione tardiva fase S ciclo cellulare
Cromatina attiva:
Conformazione aperta
Legame debole istone H1
Acetilazione istoni nucleosomici
Replicazione precoce fase S ciclo cellulare

MATURAZIONE TRASCRITTO PRIMARIO


1) SPLICING= Rimozione frammenti DNA che non
devono essere tradotti (introni)
e assemblaggio
frammenti rimanenti (esoni)

2) CAP = aggiunta molecola nucleotidica (7-metil


ganosina trifosfato in 5
3) POLIADENILAZIONE = aggiunta di residui di acido
adenilico (AMP) o coda di poliA allestremita 3

SPLICING:
Le sequenze codificanti denominate ESONI sono
interposte da sequenze non codificanti denominate
INTRONI
Splicing = quel processo di maturazione del mRNA
attraverso il quale vengono eliminati i frammenti di
mRNA corrispondenti agli gli introni e vengono riuniti i
frammenti corrispondenti agli esoni
Il frammento di mRNA maturo risultera piu corto
Lo splicing dipende da specifiche sequenze
riconoscimento al confine esone/introne:
Sito donatore o GU
Sito accettore o AG
Sequenze adiacenti o sequenze consenso
Sito di biforcazione ~ 40 nucleotidi prima AG

di

SPLICING:

Taglio estremita 5 sito donatore (GU)


Attacco G del sito donatore con A del sito di
biforcazione e formazione di cappio
Taglio estermita 3 sito accettore (AG)
Riunione frammenti esonici

CAP (formazione del cappuccio in 5):

Al primo nucleotide in 5 trascritto viene attaccato un


nucleotide metilato (7-metilguanosina -trifosfato) con
legame 5-5 fosfodiesterico
Funzioni:
Protegge trascritto primario da enzimi inattivatori
(esonucleasi 5-3)
Facilita il trasporto dal nucleo al citoplasma
Facilita lo splicing
Svolge un ruolo attacco unita 40s ribosomi

POLIADENILAZIONE (in 3):


Aggiunta da parte dellenzima PoliA-polimerasi di una
sequenza di ~200 residui di acido adenilico (AMP) con
formazione di coda di poliA
Avviene in 3 , 15-30 nucleotidi a valle dello stop codon
a livello di una sequenza di riconoscimento AAUAAA
Funzioni:
Facilita il trasporto dal nucleo al citoplasma
Stablizza molecole mRNA citoplasma
Facilita traduzione mRNA con migliore riconoscimento
da parte dellapparato ribosomale

TRADUZIONE
Processo attraverso il quale lmRNA maturo viene
traslato in polipeptidi (proteine)
dopo maturazione post-trascrizionale mRNA migra da
nucleo al citoplasma dove avverra la sintesi proteica
Solo la porzione centrale del mRNA maturo viene
traslata in proteine
Sequenze 5 e 3 che non vengono tradotte (5 e 3
untraslated regions)
Sito chiave della traduzione sono i ribosomi (rRNA +
proteine) con lintevento del tRNA

TRADUZIONE
I ribosomi sono complessi RNA-proteici costituiti da
due sub-unita:
Sub-unita maggiore da 60s e sub-unita minore da 40s
rRNA 28s
Sub-unita
maggiore (60s)

rRNA 5.8s

+ 50 Proteine

rRNA 5s

Sub-unita
minore (40s)

rRNA 18s

+ 30 Proteine

TRADUZIONE
Processo di decodifica da codice a triplette (mRNA)
A specifiche sequenze amino-acidiche
interviene uno specifico RNA il tRNA
A ciascuna tripletta di mRNA corrisponde uno specifico
tRNA a cui lenzima amino-acil sintetasi (uno per ciascun
amino-acido) ha attaccato uno specifico amino-acido(a.a)
Il tRNA ha una struttura complessa a quattro braccia
con l a.a. legato al braccio accettore e una tripletta
complementare al codon sul braccio dell anticodon

TRADUZIONE
Lunita ribosomale 40s riconosce il CAP in 5 e scorre
fino al primo codono (in genere AUG per a.a. metionina)
a.a. si assemblano a formare
nei ribosomi gli
polipeptdidi con legame fra gruppo aminico (NH2) e
gruppo carbossilico (COOH) attraverso unattivita
peptidil transferasica
30 tipi di tRNA nucleari e 22 tRNA mitocondriali
Proteina inizia con gruppo NH2 libero e termina con
gruppo COOH libero

MODIFICHE POST-TRASLAZIONALI PROTEINE


Aggiunta di gruppi chimici
ossidrilazione, deaminazione)

(catene

formazione
glicosilaizone

con

di

glico-proteine

laterali,

reazioni

di

Taglio post-traslazionale da parte di peptidasi:


Rimozione peptide-leader (proteine che vengono
secrete o trasportate attraverso le membrane
intracellulari)
Maturazione proteine

IL CODICE GENETICO
Il codice e a triplette
Il codice non ha sovrapposizioni
Il codice e quasi planetario
Il codice e ridondante
Il codice ha dei segnali di inizio e di fine
Il codice vacilla
Il codice genetico e essenzialmente privo di ambiguita

fcucca@uniss.it

LA TRADUZIONE
La sintesi proteica ha luogo sui ribosomi
La molecola di mRNA viene tradotta in direzione 5-3
ed il polipeptide e fatto a partire dallestremita N
verso lestremita C
Gli aminoacidi arrivano al ribosoma legati a molecole di
tRNA
La sequenza corretta di aminoacidi si ottiene come
risultato di: 1) il legame specifico tra il codone
dellmRNA e lanticodone complementare sul tRNA e di
2) il legame specifico di ciascun aminoacido al proprio
tRNA specifico
La specificita di riconoscimento del codone risiede
nella molecola di tRNA e non nellaminoacido da essa
portato

Laminoacido corretto viene legato al tRNA da un


enzima detto aminoacil-tRNA-sintetasi
Un aminoacido viene legato ad una molecola di tRNA a
produrre un aminoacil-tRNA
Laminoacido si lega al 3 terminale del tRNA mediante
un legame tra il gruppo carbossilico dellaminoacido ed il
gruppo 3-OH o 2-OH del ribosio delladenina che si
trova alla fine di ogni tRNA.
Laggiunta dellaminoacido al tRNA e chiamata
caricamento e ci si riferisce comunemente al prodotto
come tRNA carico, o aminoacil-tRNA
Sia nei procarioti che negli eucarioti la traduzione
comincia dal segnale dinizio AUG sullmRNA, che
codifica per metionina

PROCARIOTI
Nei procarioti la metionina iniziale e modificata
(formil-metionina), ovvero le e stato aggiunto un
gruppo formilico
La subunita ribosomale 30S si blocca sullmRNA al sito
di attacco del ribosoma
La maggior parte dei siti dattacco possiede una
sequenza ricca in purine, complementare ad una regione
ricca in pirimidine al 3 terminale dellrRNA 16S
La regione dellmRNA che si lega in questo modo e
divenuta nota come la sequenza di Shine-Dalgarno
Questa complementarieta consente al ribosoma di di
localizzare sullmRNA la sequenza corretta per linizio
della sintesi proteica

La traduzione in E.Coli comincia con la formazione di un


complesso dinizio 30S (riconoscimento dellAUG
dinizio da parte della subunita minore)
I fattori dinizio IF1, IF2 ed IF3 si legano alla
subunita ribosomale 30S insieme con una molecola di
GTP
fmet-tRNA.fmet ed mRNA si associano al complesso
30S-IF-GTP a formare il complesso dinizio 30S
IF3 viene rilasciato, la subunita 50S si lega al
complesso di inizio, con conseguente idrolisi di GTP e
rilascio di IF1 ed IF2. Il complesso finale e detto
complesso dinizio 70s
Il ribosoma 70S possiede un sito per gli aminoaciltRNA (sito A) ed il sito peptidilico (sito P), dove lfMet-tRNA.fMet si lega allmRNA

EUCARIOTI
Un fattore dinizio degli eucarioti, eIF4A, multimero
di numerose proteine fra cui la cap binding protein, si
lega al cap, allestremita 5 dellmRNA
Si aggiunge poi un complesso formato dalla subunita
ribosomale 40S con il Met-tRNA.Met dinizio, diversi eIF
e GTP, e migra lungo lmRNA alla ricerca del codone
dinizio AUG (modello detto a scansione per linizio della
traduzione)
Dopo che la subunita 40S si e legata allAUG, anche la
subunita 60S si aggiunge spiazzando gli eIF, a formare il
complesso dinizio 80S
Il ribosoma 80S possiede un sito P ed uno A. Il MettRNA.Met dinizio si lega allmRNA al sito P

Allungamento della catena polipeptidica:


1. Legame dellaminoacil-tRNA (tRNA carico) al
ribosoma;
2. Formazione di un legame peptidico
3. Movimento (traslocazione) del ribosoma lungo
lmRNA, un codone alla volta
1: Inizialmente il Met-tRNA.Met e unito al codone AUG
nel sito P, il codone successivo e esposto sul sito A
Laminoacil-tRNA appropriato si lega al codone esposto
nel sito A
Questo aminoacil-tRNA viene trasportato al ribosoma
che forma un complesso con il fattore di allungamento
(EF-Tu) ed una molecola di GTP
Quando laminoacil-tRNA si lega al codone, il GTP viene
idrolizzato e lEF-Tu rilasciato legato al GDP.

Un secondo fattore di allungamento (EF-Ts) si lega ad


EF-Tu spostando il GDP
Del GTP si lega al complesso EF-Tu-EF-Ts, formando
EF-Tu-GTP con rilascio di EF-Ts
Un nuovo aminoacil-tRNA appropriato si lega allEF-TuGTP per formare il complesso che si leghera al sito A del
ribosoma
2. La formazione del legame peptidico avviene in due
passaggi: a) rottura del legame tra il gruppo carbossilico
dellaminoacido ed il tRNA nel sito P; b) formazione del
legame peptidico fra la Met, ormai libera, ed il
successivo aminoacil-tRNA, che si trova nel sito A

3. Lultimo evento nellallungamento e la traslocazione:


quando il legame peptidico si e formato e la catena
polipeptidica nascente si trova sul t-RNA al sito A, il
ribosoma si sposta lungo lmRNA di un codone in direzione
3
Nei procarioti la traslocazione richiede lintervento di
un altro fattore di allungamento, EF-G.
Un complesso EF-G-GTP si associa al ribosoma; ne
conseguono traslocazione ed allontanamento del t-RNA
scarico dal sito P.
Il t-RNA scarico si sposterebbe dal sito P ad un sito E
(Exit), bloccando il legame del prossimo aminoacil-tRNA
finche la traslocazione sia completata ed il peptidiltRNA correttamente legato al sito P
Lidrolisi del GTP causa poi il rilascio di EF-G

Sia nei procarioti che negli eucarioti il sito dinizio resta


disponibile per altri eventi di inizio, cosicche molti
ribosomi possono tradurre simultaneamente lo stesso
RNA (poliribosoma o polisoma)
Il completamento di una catena polipeptidica e
segnalato da uno dei tre codoni di stop (UAG, UAA,
UGA), sia nei procarioti che negli eucarioti
I codoni di stop non codificano per alcun aminoacido,
pertanto non esistono t-RNA con I relativi anticodoni
Nel riconoscimento dei codoni di stop il ribosoma viene
aiutato dai fattori di terminazione (RF, releasing
factors)
Nei procarioti esistono vari RF, mentre negli eucarioti
solo uno (eRF) che riconosce tutti e tre I codoni di stop