I pony di Equestria si preparano per il loro primo Festival dell'Amicizia, che è

supervisionato da Twilight Sparkle a Canterlot. I festeggiamenti sono interrotti

dall'invasione di mostruose creature temporalesche comandate dall'unicorno Tempest
Shadow. Princess Celestia esorta senza successo Princess Luna a cercare aiuto a sud
di Equestria, pronunciando solo "La regina degli Ippo" prima di essere pietrificata
da Tempest Shadow con dei globi di ossidiana. Twilight fugge dalla città insieme
alle sue amiche e al suo assistente, Spike. Tempest viene contattata dal suo
superiore, il malvagio stregone Re Tornado, che le ha ordinato di riunire tutte le
principesse di Equestria per attivare il suo bastone mistico con la loro magia,
promettendo in cambio di ripristinare il suo corno spezzato.

I sette amici si recano nella città deserta di Klugetown, alla ricerca dei suddetti
"ippopotami" (interpretando le ultime parole di Celestia), dove incontrano Capper,
un gatto umanoide che si offre di aiutarli, mentre le sue intenzioni sono quelle di
venderli per saldare un debito con un criminale locale alla ricerca di pony per il
suo circo. Tuttavia, stringe una vera amicizia con loro dopo che Rarity ripara
generosamente il suo cappotto. Consultando alcuni testi, Twilight scopre che la
Principessa si riferiva agli Ippogrifi, che abitano la cima del Monte Aris. Tempest
arriva a Klugetown alla ricerca di Twilight, costringendo i sette amici a
nascondersi a bordo di un dirigibile di consegna. Tempest interroga Capper su dove
si trovi Twilight, che però cerca a sua volta di proteggere la principessa.

Il gruppo di volatili a bordo del dirigibile, comandati dal Capitano Caeleno, sono
servitori di Re Tornado e vorrebbero lanciare i sette passeggeri giù dalla nave.
Dopo aver rivelato di essere ex pirati, costretti a prestare servizio a Re Tornado,
Rainbow Dash convince i pirati a non seguire più gli ordini e di portare lei ed i
suoi amici nel regno dei ippogrifi, sul Monte Aris, eseguendo però un arcoboom
sonico che inavvertitamente dà la loro posizione a Tempest. Sconcertata dalla
noncuranza dei suoi amici, Twilight organizza una fuga a bordo di una mongolfiera
improvvisata.

I sette protagonisti raggiungono il Monte Aris dove poi trovano il regno

apparentemente deserto. Seguendo un canto, vengono risucchiati in una voragine
sottomarina, dove la cantante, la principessa Skystar, dà loro degli elmetti a
bolla d'aria e li porta nella sua casa sottomarina di Seaquestria. In realtà
Skystar appartiene alla specie degli ippogrifi, trasformati in seaponies da una
perla magica usata da sua madre, la regina Novo, per nascondersi da Re Tornado;
Novo dà loro una dimostrazione trasformando le pony in seaponies e Spike in un
pesce palla. Quando Novo nega loro la perla da usare contro Re Tornado, Twilight
tenta disperatamente di rubare la perla mentre lascia che i suoi ignari amici
distraggano i seaponies. Proprio quando Pinkie Pie riesce quasi a convincere Novo,
Twilight fa scattare l'allarme e viene catturata dalla regina indignata, che
bandisce l'intero gruppo in superficie.

Quando le sue amiche chiedono spiegazioni per le sue azioni e per averle ingannate,
Twilight reagisce accusandole di non aver preso seriamente la missione, arrivando a
rinnegare la loro stessa amicizia, in uno scatto d'ira, che si conclude con la sua
separazione dal resto del gruppo e il suo rapimento da parte di Tempest. Twilight
viene portata davanti a Re Tornado a Canterlot; Tempest guadagna la simpatia di
Twilight dopo averle confidato la propria storia: i suoi stessi amici l'hanno
evitata per la sua magia pericolosamente instabile, causata dalla perdita del corno
da puledrina. Nel frattempo, dopo che Spike avvisa le amiche di Twilight del suo
rapimento, Capper, i pirati e Skystar tornano per aiutarli ad infiltrarsi a
Canterlot e salvare Equestria.

Re Tornado si vendica evocando una gigantesco tornado con il suo bastone ora
intriso della magia delle principesse, tradendo anche Tempest (che lo aveva aiutato
in cambio della riparazione del suo corno), Twilight la salva dal tornado e poi si
riconcilia con le sue amiche. Dopo che Twilight grazie alle sue amiche ha ottenuto
a fatica il bastone riappare Re Tornado che scaglia un globo di ossidiana ai sette
amici per riprendersi il bastone, ma Tempest si frappone fra loro, così sia lei che
il Re vengono pietrificati. Il corpo di Re Tornado cade dalla balconata del palazzo
e si frantuma, mentre Twilight e le sue amiche usano la magia del bastone per
salvare Tempest e liberare lei e gli altri pony pietrificati, ricostruendo la città
in rovina.