La variabilita', introdotta dalle mutazioni, e' il materiale su cui la selezione
lavora. Questo e' il succo della selezione naturale e dell'evoluzione. Di mutazioni ne esistono vari tipi. Uno di questi consiste nella duplicazione di un tratto di DNA (che puo' andare da poche migliaia di basi a qualche milione di paia di basi), che prende il nome di duplicazione segmentale (vedi anche Toccare l'evoluzione con gli occhi). Il sequenziamento del genoma umano ci ha mostrato che circa il 5% del nostro genoma e' costituito da duplicazioni segmentali. Queste, pero', sono quelle comuni a tutti gli individui. Nel 2005 si e' trovato, inaspettatamente, che le duplicazioni sono presseti in maniera massiccia anche come varianti nella popolazione umana (i ricercatori le chiamano Copy Number Variation, CNV, variazione del numero di copie). Cioe' alcuni individui ne hanno alcune, altri ne hanno altre. Queste duplicazioni, per dirla in altra maniera, sono polimorfiche nella popolazione. A questo punto un preambolo per capire l'importanza delle duplicazioni. Evolution by gene duplication (1970) e' un famoso libro di Ohno (chi non l'ha letto da ragazzo?) che attribusce alle duplicazioni un ruolo molto importante nell'evoluzione. Il concetto e' semplice. Una regione genomica, contenente uno o piu' geni, viene duplicata (sempre per caso; da non dimenticare mai). Nella maggior parte dei casi uno dei due geni viene inattivato dalle mutazioni, tanto c'e' l'altro. I geni spenti i genetisti li chiamano pseudogeni. Qualche volta, pero', il destino di uno dei due puo' esere diverso. Per lo stesso ragionamento (tanto c'e' l'altro) il gene duplicato puo' trovare una sua strada evolutiva: si mette in proprio per una nuova funzione*. Di esempi del genere in biologia ce ne sono tantissimi. E se la duplicazione non e' troppo antica, la relazione con il gene originale risulta molto chiara se si analizza la sequenza della proteina o del DNA. Talvolta i geni duplicati formano una grossa famiglia. Gia' menzionata quella enorme dei geni per i recettori olfattivi. * Questo parlare un po' antropomorfo potrebbe far pensare alla presenza di una finalita'. Sottintesa c'e' sempre la selezione Darwiniana... Ancora. Comparando la sequenza genomica di varie specie, si e' visto che alcuni genomi si sono duplicati per intero in epoche molto remote. Nelle piante, del resto, sono molto frequenti i fenomeni di poliploidia: il genoma si raddoppia, triplica... A causa del genoma ingrassato la pianta (e i frutti) aumentano di volume ed e' per questo che tali tipi di piante le si ritrovano spesso tra quelle di interesse economico (grano, fiori, ecc... gli esempi sono tantissimi). Vedi, qui sotto, la rosellina selvatica (genoma normale) e la rosa coltivata (poliploide). Page 1 of 5 Arriviamo ora al punto. Lo sforzo fatto per il sequenziamento del genoma umano e' stato enorme. Pero' (semplificando forse un po' troppo il discorso) la sequenza e' di un solo individuo. E' questa la sequenza dell'Uomo? Quella che Platone avrebbe collocata nella banca dati dell'Iperuranio anziche' in banca dati dell'NCBI? Se sequenziamo un altro individuo, che differenze troveremmo? Che le differenze ci siano e' ovvio. Non siamo dei cloni. Conoscevamo molto bene le differenze dovute a mutazioni puntiformi (piccolissime variazioni della sequenza). Il sequenziamento di altri individui, quindi, sarebbe stato molto interessante, ma era troppo dispendioso. Ora questo e' possibile con le nuove tecnologie di sequenziamento massivo, che pero' non sono molto precise e comunque erano solo agli albori nel 2005, quando due gruppi di ricercatori, indipendentemente, hanno pensato di usare una tecnica alternativa: i microarray (non c'e' spazio per presentarla, ma non e' importante ai fini del discorso; viene solo riportata una figura perche' di molto effetto grafico). Lo scopo del lavoro basato su macroarray era quello di valutare quale fosse l'impatto delle duplicazioni segmentali nella popolazione umana. Attenzione. Come gia' detto, qui non si parla di quelle comuni a tutti gli individui (il 5% di cui sopra), ma di quelle che alcuni individui hanno e altri no. Che sono cioe' eterozigoti nella popolazione. Con grossa sorpresa, ne furono trovante tantissime e l'impatto nel mondo scientifico di queste due pubblicazioni fu enorme. A seguito di questi primi lavori pionieristici, altri ricercatori, spremendo le meningi, affrontarono l'argomento con approcci diversi, piu' sofisticati. Scese poi in campo il Sanger Centre (vicino a Cambridge; uno dei piu' grossi centri di genomica del mondo; vedi la publicazione che ne e' venuta fuori su Nature 444:444-454, 2006). Nel complesso, i risultati possono essere riassunti cosi': se paragoniamo il genoma di due individui, troveremo una differenza media di duplicazioni segmentali per circa 20 milioni di paia di basi, che risultano cioe' presenti nel primo e assenti nel secondo o viceversa. Una bomba. Era cosi' aperto il capitolo, cui sono dedicati dei database specifici, della variazione del numero di copie. Essendo noi diploidi (meta' del genoma ci viene dal padre e meta' dalla madre), di ogni tratto di DNA o di ogni gene abbiamo sempre un numero di copie pari a 2. Se ne abbiamo 3, 4, 5 (1, 2 3 copie in piu', rispettivamente), o 1 o zero (1 o 2 copie in meno), allora abbiamo, per quella regione (per quel locus direbbero i genetisti), una rosa selvatica rosa coltivata Page 2 of 5 variazione del numero di copie. Questa variabilita' insospettata della popolazione umana e' stata giudicata come uno dei "breakthrough" (notizia bomba) del 2007 da parte di Science. E le conseguenze di queste duplicazioni? Essendo state trovate in individui normali, molte di queste sembrano neutre. Pian piano, pero', ha preso corpo una lunga lista di malattie o predisposizioni a malattie, tumori compresi. Ma il punto piu' interessante, ovviamente, e' quello evolutivo, sempre perche' "niente in biologia ha senso se non alla luce dell'evoluzione". Il concetto dovrebbe essere ormai chiaro: tutto quello che porta variabilita' e' un'occasione per l'evoluzione, anche se il prezzo da pagare e' alto. Purtroppo c'e' sempre questo conflitto di interessi tra i problemi degli individui (mutazioni deleterie) e quello della specie, che sopporta tutto pur di approfittare di qualche mutazione vantaggiosa. E sono cominciati a venir fuori esempi di questi vantaggi. Si e trovato, per esempio, che il numero di copie del gene CCL3L1 e' importante per la resistenza allHIV: piu' se ne hanno, meglio e' (Science 307:1434-1440, 2005). Ma lesempio per me piu carino riguarda il gene dellamilasi. Quelli del Sanger lavevano trovato tra i geni presenti in numero di copie variabili nella popolazione. E hanno lavorato per scoprire se il filo logico che sospettavano fosse vero. Riassumendo al massimo. Il gene per lamilasi e presente nella saliva dove inizia la digestione dellamido. L'amido era sicuramente presente nella dieta di cacciatori/raccoglitori in zone aride. Seguendo la loro intuizione, i ricercatori sono andati a vedere se il numero di copie fosse da correlare appunto alle abitudini alimentari nelle varie popolazioni. Quale era lipotesi? Che le duplicazioni avessero rappresentato un vantaggio per le popolazioni di cacciatori/raccoglitori, con diete in cui l'amido era ben presente. Posso immaginare la loro soddisfazione quando trovarono che lipotesi era non corretta, ma correttissima! Poter spremere dallamido lo spremibile era un gran vantaggio perche, nel lontano passato, labbondanza di cibo non credo sia mai stata la regola, men che meno per popolazioni di regioni semi-desertiche, quali quelle dei cacciatori/racoglitori. Riflessione: non dimenticarsi mai che le duplicazioni insorgono a caso. E' il vantaggio selettivo che le propaga poi nella popolazione, poiche' i portatori hanno maggiore probabilita' di arrivare all'eta' adulta e quindi di fare figli. La loro fitness e' piu' alta. E per sottolineare come il vantaggio sia sempre relativo ad un dato ambiente, veniamo ai nostri giorni. Ora il vantaggio forse si e' ribaltato! Se il cibo, abbondante, viene sfruttato fino in fondo, c'e' il rischio di ingrassarsi, di perdere appealing, e quindi... la fitness si abbassa (forse ho detto una stupidaggine, pero' ho reso l'idea). Le immagini qui sotto mostrano il numero di copie del gene dellamilasi su un cromosoma che ne porta 10! Nello scimpanze, preso come controllo perche non si e mai dato seriamente alle coltivazioni, lamilasi e presente in singola copia. Page 3 of 5 Mettiamo ora l'argomento in un contesto evolutivo piu' ampio. Nello stesso anno, 2005, era stato sequenziato il genoma dello scimpanze' (Nature 437:69-87, 2005), e le sue duplicazioni segmentali paragonate a quelle dell'uomo (Nature 437:88-93, 2005). Riassuntino: le duplicazioni segmentali rappresentano circa il 5% del genoma umano. Altrettanto, piu o meno, nello scimpanze. Andando ad analizzare queste duplicazioni, si e trovato che il 66% circa di queste duplicazioni sono in comune. Sono cioe avvenute prima della separazione tra uomo e scimpanze. Il restante 33% (26 e piu' milioni di paia di basi) sono uomo-specifiche. Sono avvenute cioe' dopo la separazione dell'uomo dallo scimpanze' (5-7 milioni di anni fa). Attenzione, pero', queste sono quelle che, dopo essere insorte in un individuo (come evento occasionale) si sono poi propagate a tutta la popolazione. I genetisti direbbero che si sono fissate. Possiamo pero facilmente supporre che solo poche hanno avuto, diciamo cosi, questa storia a lieto fine. Molte altre si sono perse per strada o sono rimaste a mezza strada, presenti solo in alcuni individui della popolazione. Che e' quello che ora e' ben documentato. Insegnamento 1 Abbiamo scoperto una forma di variabilita', quella del numero di copie, che credevamo avesse agito nel corso dell'evoluzione solo occasionalmente. Ora sappiamo che puo' intervenire in tempi relativamente brevi. L'inizio dell'espansione delle copie dell'amilasi risale a circa 200.000 anni fa. E ancora: la natura ha risorse insospettabili che mette rapidamente in gioco in caso di necessita'. Ripeto: da sempre i genetisti hanno considerato le duplicazioni come fattori di evoluzione. Non si pensava pero' che fossero un attore cosi' importante. Insegnamento 2 Prima una premessa. Le mutazioni introducono variabilita'. Questa poi viene Esempi di cromosomi umani con 10 (sopra) e 4 (centro) geni per l'amilasi. I due colori rosso (il gene) e verde (una regione adiacente) sono stati utilizzati per distinguere meglio il numero di copie. Lo scimpanze' ha solo una copia per cromosoma. Immagini prese dal lavoro originale (Nat Genet 39:1256- 1260, 2007). Page 4 of 5 rimescolata abbondantemente attraverso la riproduzione sessuata. Ognuno di noi trasmette ai figli una mescolanza di varianti di geni (alleli) di origine paterna e materna. Mescolanza accresciuta ancor piu' dagli scambi meiotici (non e' importante cosa significhi; e' un meccanismo ulteriore di rimescolamento). Tutto questo crea un numero di cambinazioni veramente incredibile. Per la selezione naturale (che, si badi bene, l'ha selezionata) la riproduzione sessuata e' una goduria. Messa cosi' la cosa, e' ancora piu' facile capire il problema che tanti biologi si ponevano: ma come hanno fatto alcuni organismi senza sesso? Nel senso, preciso subito: da dove hanno preso la variabilita' che ha assicurato loro un futuro evolutivo? Un recente articolo (Science 318:268-271, 2007) ha proposto: le duplicazioni segmentali! Questa valida alternativa al sesso e' da tener presente... Alla home page Page 5 of 5