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Biodiversità zootecnica e tracciabilità dei prodotti animali

di Denis Squizzato
Appunti relativi all'esame di biodiversità: definite le dimensioni della biodiversità
animale, i concetti di estinzione e di conservazione delle specie, con le tecniche
per effettuare la conservazione, basate sull'analisi genetica.
Descritte le modalità di tracciabilità dei prodotti animali e la legislazione in
materia, per garantire la possibilità di risalire la filiera.

Università:Università degli Studi di Padova


Facoltà: Agraria
Corso: Scienze e Tecnologie delle Produzioni Animali
Esame: Biodiversità zootecnica e tracciabilità dei prodotti
animali
Docente: Cassandro Martino
Denis Squizzato Sezione Appunti

1. Definizione di biodiversità animale


Alcune associazioni mondiali come il WWF, hanno definito la diversità biologica come la varietà in tutte le
sue forme (micro e macro), le sue forme e combinazioni (incroci). Secondo l’etologo Mainardi la
biodiversità significa coevoluzione (l’uomo fa infatti inciso poco sulla selezione selvatica ma non la natura);
queste specie si sono influenzate reciprocamente in un processo dove ciascuna ha fatto la parte della
selezione nei confronti degli altri. Nessun paese può astenersi dall’essere selezionatore. Dal 1972 si inizia a
parlare di biodiversità tramite la FAO. Le ragioni che motivano l’interesse per lo studio della Biodiversità
sono tre: il potenziale economico (oggi mi serve un animale che produce di più, domani che aiuta a fare
qualcosa all’uomo per esempio il zebù), l’utilizzo scientifico (avere un animale con il ciuffo come la
padovana oppure un bovino con la doppia coscia come la piemontese, rientrano gli aspetti biologici,
tolleranze climatiche, possono aiutare per l’identificazione di geni specifici coinvolti nelle malattie
ambientali, oppure utilizzati per la ricerca in altri animali), e l’interesse culturale (molte specie hanno
giocato un ruolo importante in specifici periodi storici come il bovino Texas Longhorn nella colonizzazione
degli USA, altri come i lama venivano utilizzati dagli inca peruviani per la fibra, altri invece sono importanti
come portatori di specifici caratteri estetici). Possiamo ampliare la lista prendendo in considerazione
l’utilizzazione di animali aventi riserve genetiche diverse atte all’attività sportiva od hobbistica; le razze
autoctone resistono maggiormente negli ambienti estremi quindi ci potremmo assicura contro futuri
cambiamenti nelle circostanze produttive, ambientali, salvaguardando inoltre i costi per la tutela
dell’ambiente; infine consideriamo anche il valore ecologico e quindi l’interazione tra razze locali, ambiente
e prodotti. Esistono tre forme di biodiversità: ecologica (n di differenti ecosistemi in un dato ambiente-
tempo), di specie (n differenti di specie in un dato ambiente-tempo) e genetica (entro specie). Aumentando
la media diminuisce la variabilità e parleremo di variabilità, mentre la conservazione sarà soddisfatta quando
le medie e le variabilità saranno pressoché uguali.

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2. Dimensione della biodiversità animale


L’agrobiodiversità è una componente della biodiversità globale; più del 75% dei prodotti agricoli ed
alimentari sono ottenuti da meno del 25 specie di piante ed animali domestici. Secondo una stima, nel
mondo abbiamo 2-100 milioni di specie viventi di organismi viventi (probabilmente sono 10 e in realtà ne
conosciamo circa 1,6 milioni), di questi 1,6 milioni 50000 sono mammiferi e uccelli e in realtà ne
conosciamo 14350.

GRUPPO N. SPECIE GRUPPO N. SPECIE GRUPPO N. SPECIE


Mammiferi 4600 Molluschi 70000 Nematodi 12000
Rettili 8000 Artropodi 123150 Anellidi 12000
Uccelli 9750 Celenterati 9000 Protozoi 30800
Anfibi 4950 Echinodermi 6100 Piante 250000
Pesci 25000 Poriferi 5000 Funghi 72000
Insetti 963000 (58%) Platelminti 12200 Alghe 26900

Di questi 14000 abbiamo addomesticato 40 specie e di queste solo 14 contribuiscono per più del 90% della
produzione alimentare ed agricola mondiale; per 9 di queste 14 specie (bovin, bufalini, suini, cavalli, asini,
ovini, caprini, polli e anatre) ci sono circa 4000 razze nel mondo, pari al totale numero di specie di
mammiferi presenti nel mondo, e rappresentano quelle maggiormente utlizzate. L’enorme genetica è frutto
della selezione dell’ambiente naturale sN, della selezione antropica sA e della loro interazione.
Dal 1961 al 2003 la consistenza di manzi e vitelli in Europa nel 2003 è diminuita mentre la produzione è
salita, lo stesso si può dire per il latte bovino, per il suino sono aumentate entrambe fino ad assumere eguali
valori, mentre per la carne avicola sono aumentati ma nel 1994 vediamo una maggior produzione di carne
con meno capi. Attualmente il 30% delle razze esistenti sono a rischio e si stima che ogni anno da 1500 a
10000 specie di animali e vegetali si estinguono, rischio che varia da zona a zona; per esempio in Rep. Ceca
e Ungheria non esistono i fondi per mantenere la biodiversità perciò il 45% di avicoli e mammiferi sono a
rischio. Ogni razza è frutto: della cultura della popolazione che l’ha selezionata, riassume una storia
millenaria e l’evoluzione culturale, rappresenta un patrimonio da conservare come le grandi opere d’arte
quali combinazioni uniche di geni irriproducibili. In Italia la biodiversità è elevata perché ha un’elevata
varietà di ambienti (Alpi, Appennini, Pianure, Coste, Isole) utilizzata come zona rifugio dopo l’ultima
glaciazione e perché le appartiene una storia ricca di migrazioni di popolazioni umane ed animali. Altri
ambienti naturali che presentano un’elevata biodiversità sono la foresta amazzonica e le barriere coralline.
La maggior parte degli alimenti di origine animale, prodotta da pochissime specie, la sostituzione di
popolazioni locali con poche razze cosmopolite e l’elevata pressione selettiva spostano l’interesse verso
all’elevato rischio di erosione genetica. Delle circa 3800 razze di bovini, ovi-caprini, suini, equini e asinini
che esistevano nel XX secolo il 16% è estinto ed il 15% è a rischio di estinzione, questo perché nelle razze
bovine altamente selezionate esistono poche linee di riproduttori usate intensamente, mentre nel settore
suinicolo e avicolo poche razze dominano la produzione mondiale. Il declino delle razze locali è spesso

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legato ad una scarsa competitività economica, pertanto: per la salvaguardia è indispensabile individuare e
migliorare geneticamente alcuni caratteri. La valorizzazione economicamente le produzioni di queste razze
può contribuire ad aumentare la loro competitività per interrompere il loro declino.

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3. Classi di conservazione della biodiversità


La FAO ha definito 7 categorie di conservazione:
CLASSE F M
1 Estinta - -
2 Critica <=100 <=5
3 Critica-Salvaguardia
4 Pericolo 100-1000 5-20
5 Pericolo- Salvaguardia
6 Non a Rischio >1000 >20
7 Sconosciuta ? ?

Lo stato di rischio di una popolazione si può stimare con la dimensione effettiva o Ne:

La consanguineità di una popolazione è una misura della diversità genetica e della classe di rischio. La
biodiversità promuove l’eterosi: se una razza ha un più elevato grado di omozigosi, bisognerà dare la
precedenza a questa per conservarla; tutti i maschi devono essere geneticamente diversi l’uno dall’altro per
poter applicare la formula soprascritta, ci devono essere accoppiamenti casuali e tutti devono avere la stessa
probabilità di avere prole femminile e maschile.
La Ne è tanto più bassa quanto più sbilanciati sono gli individui dei due sesse, se hanno lo stesso numero di
F e M allora la Ne sarà uguale a quella totale dei capi. Nella Frisona, in questo caso aumenta la
consanguineità dello 0,04% per generazione (quindi ci vorranno 120 generazioni per arrivare al 5% quindi
generazione x soglia = anni); chi supera l’1% a generazione è a rischio scomparsa mentre chi supera il 5% in
50 anni è a rischio. Maggiore è il cambio generazionale di una specie e maggiore sarà il coeff. Di
consanguineità. In questo caso 600/120= 5 ci vorranno 5 anni per il cambio generazionale. Aumentando la
popolazione , rallento il tasso di consanguineità; quando abbiamo variabilità zero abbiamo perso variabilità
entro razza quindi aumentano gli omozigoti (diminuisce la deviazione standard). La Frisona Italiana
aumenta del 2% in consanguineità e diminuisce del 5% la sua variabilità in un anno. Generalmente il MG è
legato alle grandi popolazioni mentre la conservazione genetica è legata alle piccole popolazioni; la
biodiversità si può misurare a livello fenotipico (caratteri morfologici e produttivi), e a livello
genotipico(utilizzando marcatori biochimici come i gruppi sanguigni, proteine del latte o marcatori
molecolari).

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4. Cambiamenti nei sistemi d’allevamento e conservazione in


Europa
La direzione è verso un’agricoltura industriale. Le evoluzioni economiche e demografiche hanno causato
cambiamenti nei sistemi di produzione animale molto intensi e sensibili. Queste evoluzioni hanno favorito
l’intensificazione dei sistemi produttivi. Nonostante il regolamento 2078/92 (introduzione degli incentivi
finanziari per l’estensificazione dei sistemi produttivi animali), l’evoluzione dei sistemi produttivi animali è
stato indirizzato verso l’incremento dell’intensività produttiva. Un indicatore di tale evoluzione può essere
quantificato comparando l’annuale tasso di crescita del numero di animali sulla quantità prodotta. Per bovini
da carne è aumentato 3 volte il numero di animali mentre l’output di latte è aumentato di 2 volte il numero
degli animali. La domanda per un aumento della produzione alimentare è stata realizzata con MG e
gestionale-ambientale e maggior terreno coltivabile. In futuro gli input possono aumentare ancora come pure
il terreno coltivabile, tuttavia, si dovranno recuperare aree marginali per produzioni a low-input, con razze a
low-output, localmente adatte e sviluppate. Il trand di popolazione vede un aumento della popolazione fino
a 7,7 mld; la richiesta calorica giornaliera di un uomo è di 2200 Kcal/d e 30 paesi sono al disotto di questo
parametro. Negli anni 50 sono iniziate le prime conservazioni di materiale genetico animale, negli anni 60
iniziò l’abbandono delle razze a basso low-output in favore di quelle cosmopolite portando negli anni 70 alla
prima riunione contro l’inquinamento a Stoccolma. Negli 80 la FAO avvia le prime attività per la gestione
delle risorse per poi negli 90 creare il primo database di risorse genetiche animali.

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5. Variabilità genetica nelle produzioni zootecniche


Le produzioni zootecniche sono tutte dei caratteri quantitativi e come tali presentano una variabilità
fenotipica che è determinata dagli effetti dell’insieme di tutti i geni relativi al carattere in questione
(variabilità genetica), dagli effetti ambientali che condizionano la manifestazione fenotipica del carattere
quantitativo (variabilità ambientale) e dall’effetto interazione tra il patrimonio ereditario e l’ambiente di
allevamento. La variabilità di una popolazione avente distribuzione normale può essere misurata dalla
devianza, dalla varianza e dalla deviazione standard.

Moda valore massimo nella curva


Mediana divide in due la popolazione
Media somma di tutti i valori diviso la somma degli individui
Devianza Dev= (Xi – Xmedio)2
Varianza Dev/(N-1)
d.s. Var

La varianza è una misura della variabilità di un fenomeno quantificabile come la somma degli scarti al
quadrato diviso i gradi di libertà, in generale il 50% della variabilità genetica totale entro una specie è
dovuta alla variabilità tra razze. Pertanto, la perdita di razze provoca una perdita della variabilità genetica
totale di una specie. La variabilità genetica può essere definita come varianza tra ed entro razze. La
variabilità può essere calcolata calcolando la varianza degli indici genetici, stimando le componenti di
varianza di una serie di dati mediante l’uso di informazioni fenotipiche e di parentela oppure nel caso in cui
non siano disponibili informazioni fenotipiche , parentale e indici genetici è quello di stimarla a partire da
analisi del DNA, mediante marcatori molecolari. Lo sviluppo di tecniche di biologia molecolare ha
consentito di stimare la variabilità genetica a livello dei marcatori del DNA. E’ possibile stimare la
variabilità genetica senza ricorrere a misure fenotipiche depurate da effetti ambientali. L’eterozigosità
osservata può essere assunta come una stima di variabilità genetica per mezzo di marcatori molecolari.

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6. Esempio di calcolo della varianza entro e fra razza


Calcolare la media e la varianza totale con le 3 razze e successivamente togliendo la razza autoctona.

n-1 Dev Var Dev/Dev tot


Totale 5 376 75,2 -
Fra razze 2 349 174,5 93%
Entro razze 3 27 9 7%

n-1 fra razze = 3 razze – 1= 2


n-1 entro razze = per ogni razza ci sono due individui quindi 2-1=1
= le razze sono 3 quindi saranno 1 x 3=3

media = 23 kg/d
Utilizzando la media totale quindi 23, trovo gli scarti totali, calcolo poi la devianza (somma degli scarti al
quadrato) che è 376 e dividendo per i gradi di libertà che sono 5 otteniamo 75,2 kg2/d2 la quale risulta
essere molto elevata. Facciamo lo stesso per calcolare la varianza fra ed entro, calcolando inoltre il rapporto
tra la loro devianza e il totale (nell’entro razze è molto basso perché ho solo 2 individui), osservando che la
varianza entro razze è decisamente inferiore rispetto a quella fra razze. L’ideale sarebbe 50% fra razze e
50% entro razze.

Caso 1 teniamo solo la Frisona


Media= 31,5
Var= (32-31,5)2(31-31,5)2/1 = 0.25+0,25= 0,50 kg2/d2
La varianza diminuisce, tuttavia abbiamo perso 2 razze

Caso 2 scartiamo la Burlina

n-1 Dev Var Dev/Dev tot


Totale 3 74 24,67 -
Fra razze 1 49 24,5 66%
Entro razze 2 25 12,5 34%

C’è maggiore equilibrio tra fra razze e entro razze, ma abbiamo perso varianza (circa 1/3), è meglio
massimizzare la varianza totale.
L’obiettivo è quello di massimizzare la varianza totale e a parità di varianza seguire l’equazione : Var
(entro)=Var (fra)
In una gaussiana la Burlina è a sinistra, la Bruna al centro e la Frisona a sinistra, mantenendo la Frisona e la

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Burlina per il latte, quindi gli estremi, possiamo riottenere gli intermedi quindi la Bruna. Più bassa è la
variazione marginale e migliore è, lo scenario è cambiato di poco. Per la selezione , naturalmente scarteremo
la Burlina. La Devianza marginale rappresenta la perdita quindi sarà data dalla Devianza totale – quella della
razza; se i fattori ambientali sono gli stessi per tutti gli animali allora ok, altrimenti si guarderanno gli indici
genetici (se ci sono), i componenti di varianza utilizzando informazioni fenotipiche e parentali, oppure il
DNA. La varianza non può essere sommata quindi non viene osservata.
La conservazione della Variabilità Genetica Ambientale VGA consente quindi di soddisfare le richieste
future in funzione alle variazioni di mercato, utilizzare razze più autoctone quindi più resistenti agli
ambienti estremi, riducendo in questo modo i costi di tutela ambientali, conservando le peculiarità delle
razze, il valore ecologico esistente tra razza, ambiente e territorio, seguendo alcune ragioni storico-cultorali.

Per conservare il VGA, bisogna : minimizzare la consanguineità (minimizzare F %= ½ Ne), fare attenzione
al numero di fondatori e alle loro parentele, utilizzare schemi di conservazione con una Ne adeguata
definendo in oltre la conservazione in situ, ex situ e ex situ live.

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7. Esempio DOP: il Formaggio Beaufort


Il Beaufort è un formaggio DOP prodotto nell’alta valle della Savoia utilizzando, dal 1986, solo bovine di
razza Tarentaise e Abondance; le aziende sono collocate a 1000-1200 m mentre gli alpeggi sono a 2000m.
Un ulteriore vincolo è stato posto nel 1993 secondo l quale questo tipo di formaggio può essere prodotto a
partire dal latte di solo bovine di razza Tarentaise e Abondance con produzione < 50q. sicuramente si
potrebbe produrre il Beaufort a partire da qualsiasi razza, ma si spezzerebbe quel legame razza-prodotto che
ha scopi di natura storico-cultorale, socio-economico e zootecnico-promozionale. I primi cenni al Beaufort
risalgono all’epoca gallo-romanica: la razza Tarentaise deriva dalla razza Bruna presente nei tempi antichi,
mentre l’Abondance deriva da popolazioni di Pezzata Rossa. La produzione di questo formaggio ha
consentito una sorta di civilizzazione dell’allevamento di queste vallate e da qui il forte legame culturale. La
popolazione rurale dell’alta Savoia è diminuita drasticamente negli anni 60 e con essa la produzione di
questo formaggio (500 tori). Grazie ad un gruppo di allevatori responsabili che ha avviato un progetto
economico serio, si è riavviata l’agricoltura nelle alte valli consentendo di realizzare la situazione attuale che
vede una produzione di 3000 t di formaggio DOP. Il sopraggiungere di razze specializzate da latte come la
Frisona, ha rischiato di compromettere quel legame. I vincoli posti dal disciplinare garantiscono la
produzione di 3000t di formaggio con solo 7-8000 vacche consentendo una carico ottimale dei pascoli in
Savoia di 0,7 UBA/ha. Il formaggio B. ha saputo creare la propria immagine di prodotto di alta qualità
legandola all’alta montagna, alla bellezza delle zone in cui viene prodotto e quindi al turismo; un successo
ottenuto con un’operazione di marketing non prodotto a tavolino ma creata con una vera attività nel corso
degli anni. Per promuovere il B. si identifica un paesaggio (alta Savoia), una razza (Tarentaise) e un
prodotto.

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8. Diversità genetica: possibili cause


Esistono due ipotesi su come possa essersi creata la diversità genetica: gli animali potrebbero aver ricercato
nuove fonti di cibo, dove fosse minore la competizione con altre specie e facilitando la possibilità di nutrirsi;
o potrebbero aver ricercato nuovi luoghi per riprodursi, deporre le uova o partorire la propria prole al riparo
dai predatori.
L’indice Pedigree si riferisce al valore genetico di un individuo stimato a partire dal valore genetico di
ascendenti; è possibile utilizzarlo quando sono disponibili i valori genetici stimati per individui che sono
ascendenti dell’individuo oggetto di valutazione. Il tempo per la valutazione è breve tuttavia l’accuratezza è
bassa. E’ possibile calcolare l’IP solo tra linea paterna e materna non intra linea, quindi per esempio tra
madre e padre, tra padre e nonno materno.
Qui accanto è riportato il Pedigree, i trattini nelle due linee parentali rappresentano l’assenza di dati; bisogna
mettere il nome sapendo il paese di nascita e l’anno per esempio IT50. Più buchi ci sono e maggiormente
inciderà sulla parentela finale. Ovviamente bisogna osservare se attribuire agli animali la razza. In questa
tabella ci sono alcuni errori: B, E, D fungono sia da padre che da madre per i soggetti E, G ed H quindi non
vengono considerati. Per l’ordine, bisogna seguire queste linee guida:
-dal più vecchio al più giovane quindi i primi saranno quelli che non hanno genitori
-tutti quelli che hanno come solo genitori quelli sopra
-tutti quelli che hanno come solo genitori del 1° e del 2° gruppo
-tutti quelli che hanno come solo genitori del 1° e del 3° gruppo
-tutti quelli che hanno come solo genitori del 2° e del 3° gruppo
-tutti quelli che hanno come solo genitori del 3° e del 4° gruppo
a AC = ½ (a AA + a AB) = ½ (1+0)= 1/2
Per trovare la consanguineità si utilizza equazione Fx =1/2 a Px-Mx
A = non ha genitori quindi 0
B = non ha genitori quindi 0
C = tra A e B è 0 quindi Fx = ½ * 0 = 0 quindi sulla diagonale rimane 1
D = tra A e B è 0 quindi Fx = ½ * 0 = 0 quindi sulla diagonale rimane 1
E = manca la madre quindi 0
F = tra C e D è ½ quindi Fx = ½ * ½ = ¼ quindi sulla diagonale scriverò 1 + 1/4
G = tra D e E è ¼ quindi Fx = ½ * ¼ = 1/8 quindi sulla diagonale scriverò 1+ 1/8
H = manca la madre quindi è 0
I = tra F e G è ½ quindi Fx = ½ * ½ = ¼ quindi sulla diagonale scriverò 1 + ¼

Le combinazioni totali di parentela sono n*(n-1)/2 = 9*8/2=36


Parentela genetica additiva media = 41,75%
Faccio la somma di tutte le parentele additive che è 15, 03125 dividendola per 36 che sono le combinazioni
possibili ottengo 41,75%
Consanguineità media = 6,944% in questo caso sommo la consanguineità degli individui con se stessi

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ovvero ¼ + ¼ + 1/8 = 0,625 e poi divido per i 9 individui quindi risulta 0,06944.
Per salvare la razza bisogna incrociare animali con parentela 0 ma non fittizia (quindi non tra A e B),
prendere animali con genitori sconosciuti con la parentela additiva più bassa, prendere animali distanti tra
loro.

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9. Differenze tra parentela - relationship - e consanguineità -


inbreeding
La parentela definisce la relazione tra due individui e ne misura la somiglianza dovuta a effetti genetici che
questi hanno in comune. Gli effetti genetici più importanti nelle produzioni animali sono gli effetti genetici
additivi e di conseguenza la parentela genetica additiva aXY che indica la proporzione di effetti genetici
additivi in comune tra X e Y, è la misura più importante della somiglianza genetica tra individui.
La consanguineità è una caratteristica permanente del singolo individuo. Si stabilisce nella progenie di due
individui parenti e indica la proporzione di geni omozigoti dovuti alla parentela dei due genitori. La
consanguineità è misurata con il coef. di consanguineità Fz = ½ aXY posti X e Y genitori di Z.
Animali che hanno genitori imparentati hanno maggiori possibilità di avere 2 alleli che sono identici per
discendenza (coefficiente di consanguineità). Individui congeniti hanno maggiori possibilità di esprimere
difetti genetici; l’eterozigosità ha spesso effetti positivi sui fenotipi e quindi la consanguineità e
l’omozigosità hanno effetti negativi, quindi le popolazioni congenite hanno meno varianza genetica
(abbassamento dell’inbreeding).
Se aumenta la F, aumentano le frequenze alleliche degli omozigoti e quindi (osservando la seconda tabella)
anche la probabilità che si manifesti un difetto genetico. In questo caso con una F del 50% diminuisce
l’eterozigosità del 25%.
L’abbassamento dell’inbreeding è dovuto all’incremento dell’omozigosità in relazione ai tratti che si
mostrano dominanti; il maggior effetto notabile è sulla fitness di riproduzione. L’abbassamento
dell’inbreeding è tipicamente maggiore negli animali selvatici rispetto a quelli in cattività. Quando gli
individui diventano molto simili tra di loro, all’interno della popolazione la varianza genetica diminuisce.
Va è la varianza genetica additiva quindi Va(con inbreeding)=(1-F)Va(senza inbreeding).
Qui accanto possiamo notare che all’aumentare della Ne aumenta la consanguineità in quanto gli individui si
accoppiano con animali sempre più parenti tra di loro.
In questo caso se vogliamo aumentare il merito genetico per forza dobbiamo aumentare l’inbreeding quindi
selezionando gli individui migliori; tuttavia esiste un punto intermedio che ci permette di fare selezione
senza aumentare troppo la consanguineità cioè a circa il 50%.
La prima conseguenza dell’inbreeding è l’aumento dell’omozigosi. Tuttavia il COI non è una misura diretta
dell’omozigosi, dato che due alleli trasmessi da parenti diversi, possono comunque funzionare allo stesso
modo. L’omozigosi inoltre può essere la conseguenza di geni ad un solo allele. Il COI indica quale
proporzione restante, è stata resa omozigote dall’incrocio di consanguinei.Il coefficiente di inbreeding è
legato al numero e alla posizione degli antenati in comune in un pedigree e non al fatto che i genitori siano o
meno inbred. Dunque, anche accoppiando due individui altamente inbred, con pochi avi in comune,
produrremo una cucciolata con un COI molto basso. (Dal momento che il numero degli ascendenti
raddoppia ogni generazione indietro, alla fine si arriverà ad un punto dove il numero degli antenati supera
quello dei cani attuali. E’ quindi scontato il fatto di trovare antenati in comune se andremo a guardare
sufficientemente indietro). Viceversa, è possibile accoppiare due cani altamente consanguinei, entrambi con
un COI basso, e ottenere un COI molto più alto.

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10. Come controllare la biodiversità genetica


Per analizzare e conservare la biodiversità genetica, è possibile servirsi del pedigree, tuttavia limitando
l’accuratezza in quanto è di tipo quantitativo, o dell’analisi del DNA.
Le attività di ricerca che risultano essere prioritarie sono: lo studio del ciclo completo della vita produttiva;
lo studio del genoma ; la crioconservazione ; gli obiettivi di selezione ; il tasso di evoluzione tra specie
domestiche e selvatiche e le interazioni fra fattori condizionanti la popolazione. Per avere progresso genetico
dobbiamo avere poca parentela, per la conservazione teniamo alto l’intervallo di generazione mentre sarà
basso per il G.

LE SPECIE DA CONSERVARE
La specie rappresenta l’insieme degli organismi viventi che hanno in comune caratteri fisiologici, etologici,
morfologici, ecologici e riproduttivi; in generale un organismo appartiene ad una specie quando viene
garantita la fecondità reciproca o interfecondità. Il bardotto (cavallo+asina) e il mulo (asino+cavalla) sono
esempi di riproduzione interspecie.
La razza è l’insieme degli organismi viventi della stessa specie che presentano caratteristiche proprie e
trasmissibili di tipo somatico e funzionale.
La famiglia è l’insieme di organismi viventi della stessa specie e razza che discendono da una coppia di
antenati fino a includere il 10° grado di parentela o 5^ generazione di discendenti da un antenato comune.
La diversità genetica esiste a 3 livelli: tra specie, tra razze entro specie e tra individui entro razze. La
diversità genetica animale viene accumulata nel tempo per effetto di 4 processi:
- selezione(naturale o antropica, l’uomo seleziona animali sempre più parenti tra loro; per esempio la
selezione del suino mira all’omogeneità del prosciutto per standardizzare il processo. Quando alcuni
individui contribuiscono alla generazione successiva con un numero maggiore di progenie rispetto ad altri,
allora le frequenze alleliche della popolazione cambiano in modo tale da adattare gli individui all’ambiente
che ha influito sul loro successo, il contributo riproduttivo di un fenotipo alle generazioni successive,
relativamente a quello fornito da altri fenotipi viene indicato come fitness = 1-s);
- migrazione (è l’ingresso di una popolazione in equilibrio di un gruppo di individui di un’altra
popolazione e che ad essa si mescola e si accoppia casualmente; se i valori di eterozigosità osservati e attesi
è diversa, allora c’è stato un errore di campionamento oppure una delle 4 leve ha agio sull’equilibrio.
L’introduzione di animali da altri paesi è un esempio di migrazione antropica);
- mutazione (è la più importante e rara, è un reale processo di nuova variabilità mentre le altre modificano
una variabilità che già esiste; hanno una frequenza molto bassa 10-4 -10-6 , un esempio di mutazione è la
doppia coscia come errore durante la meiosi);
- deriva genetica (o generic drift, è la conseguenza dell’errore di campionamento dei geni che andranno a
formare la generazione successiva, può essere limitata con la migrazione; è la perdita casuale di individui e
quindi degli alleli da essi posseduti, può produrre notevoli cambiamenti nelle frequenze alleliche da una
generazione all’altre)

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La FAO per esempio ha scelto 12 popolazioni per un programma di conservazione di razze indigene di cui 5
bovine, 1 caprina, 1 suina, 0 avicoli (perché è semplice conservarle), 3 ovine, 1 bufalina e 1 camelide.

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11. Criteri per la scelta di razze da conservare


1. Grado di rischio di scomparsa
Rappresenta il criterio più importante di tutti. Da un punto di vista dei conservazionisti il mantenere più
razze possibili sarebbe l’ideale. La variabilità genetica si ottimizza mantenendo molte razze pure con
dimensioni medie di popolazione (conserviamo la variabilità; per esempio su 1000 individui la strategia
migliore è quella di mantenere 4 razze d 250 individui ciascuna) piuttosto che poche razze con una
dimensione elevata. La razza è un’unità chiave nella conservazione delle risorse genetiche animali. Wickam
e Banos nel 1998 hanno dimostrato che l’uso di una singola e ampia popolazione non è necessariamente la
giusta via per la conservazione della variabilità genetica. Il rischio di scomparsa di una razza è elevato se: la
dimensione di popolazione diminuisce; il grado di incrocio della popolazione aumenta; il grado di
organizzazione degli allevatori è scarso ; la distribuzione degli animali negli allevamenti è sbilanciata.
Inoltre, razze con una dimensione effettiva elevata della popolazione non risultano prioritarie nella
conservazione, per contro razze con Ne già compromessa (<20 soggetti) costerebbe troppo.

2. Adattabilità a specifici ambienti


I bovini di razza Kuri sono adattati ad un ambiente acquatico nelle zone delle isole del lago CHAD, mentre
le pecore Soay scozzesi, si sono adattate ad un clima molto rigido. Razze con un’adattabilità a specifici
ambienti dovrebbero essere preferite per la conservazione rispetto ad altre, soprattutto se anche l’ambiente
stesso risulta da conservare.
L’indice di adattabilità di una risorsa genetica può essere calcolato come la regressione lineare delle
prestazioni medie di ciascuna razza B in ciascun ambiente E sulla media generale delle prestazioni di tutte le
razze B nell’ambiente E considerato.
Ambiente Razza 1 Razza 2
1 70q latte 35q latte
2 75q latte 95q latte
Esempio
In questo caso, la razza 1, che potrebbe essere la pezzata rossa , è più adattabile rispetto alla razza 2 che
potrebbe essere la Frisona.
Esempio
Le specie di pollo analizzate sono: Ermellinata di Rovigo PER (n schiuse =85), Pepoi PPP (n schiuse = 83),
Robusta lionata PRL (n schiuse = 87) e la Robusta Maculata PRM(n schiuse = 83). E’ stata analizzata la %
di pulcini nati vivi alla schiusa: su 338 schiuse rilevate in 3 ambienti, 106 sono in ambiente montano, 181 in
ambiente collinare e 51 in pianura. Più gli animali si spostano sulla bisettrice e verso il vertice e più
adattabile sarà la razza; in questo caso la PER risulta essere quella più adattabile.
Esempio
A1 A2 A3 A4
In questo caso, G1 non è adattabile, anche se produce di più; se le due rette fossero parallele, G! è migliore
in quanto Gmedio è rappresentato da diverse razze.

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3. Caratteri di importanza economica


Le razze che risultano di speciale interesse per la conservazione sono quelle che presentano: 1 o più caratteri
economicamente importanti ad oggi (ad esempio la fertilità, l’efficienza di conversione alimentare, l’elevata
qualità dei prodotti, resistenza alle malattie); 1 o più caratteri economicamente importanti per un domani
(per esempio potremmo allevare monogastrici invece dei poligastrici, in quanto sono stoccati facilmente e
necessitano di meno input).

4. Unicità nei caratteri


Alcune razze potrebbero essere da preferire in una scelta per la conservazione in funzione di loro peculiarità
fisiologiche, comportamentali o fenotipiche; tali peculiarità dipendono da singoli geni o da effetti poligenici.
L’elevata fertilità del suino Meishan, la muscolosità dei bovini Bianco-Blu del Belgio, l’elevata tolleranza
salina degli ovini del nord Ronaldsay (alta efficienza di assorbimento del rame dalle alghe), l’elevata
resistenza a parassiti interni degli ovini di razza Gulf Coast Native e l’elevata resistenza alle mosche tse-tse
dei bovini N’dama sono alcuni esempi di unicità nei caratteri.

5. Unicità genetica della razza


La unicità genetica di una razza è di valore quando la stessa razza possiede combinazioni di alleli e geni tali
per cui i caratteri da essi controllati possono risultare importanti per l’adattabilità futura, la produzione
ambientale e scopi di ricerca. La conservazione di razze geneticamente differenti è un ottima strategia per
assicurare una sufficiente variazione genetica in futuro. Dove non esistono documenti storici comprovanti la
unicità genetica della razza si possono usare le analisi del DNA.

6. Valore storico-culturale
E’ un criterio difficile da quantificare, dipende da quanto risale l’esistenza della razza in un determinato
territorio, e l’importanza dei suoi prodotti; generalmente può generare profitto in direttamente mediante
attività turistica (Valdostana e fontina). Il peso di questo criterio dovrebbe comunque essere più elevato in
paesi sviluppati che non in paesi in via di sviluppo. E’ necessario condurre un analisi per fase: il primo step
è quello di ordinare le razze per il rischio di scomparsa mentre il secondo step raccoglie gli altri 5 criteri che
dovrebbero essere considerati in funzione degli obiettivi attuali e/o previsti (razze con caratteri
economicamente importanti per un mercato temporaneo non dovrebbero essere considerati).

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12. Come scegliere i fondatori di una razza da conservare


La prima decisione di come definire un piano di conservazione prevede: la scelta degli animali fondatori che
contribuiranno alla fornitura di gameti sia per la crioconservazione sia per la prima generazione di animali
vivi. Questi fondatori devono, come regola generale, garantire la massima variabilità genetica della razza
oggetto di conservazione. Questi fondatori dovranno avere: massima diversità allelica (n. alleli esistenti
nella popolazione ad un dato tempo), massima eterozigosità osservata Hoss (% individui eterozigoti) e
massima eterozigosità attesa Hatt (% individui eterozigoti nelle condizioni di equilibrio Hardy e Weinberg
ovvero 1 – Sp2i dove p2i è la frequenza dell’allele i ad un dato locus). In letteratura, secondo Caballero e
Toro, tra i 3 parametri, l’Hatt è quella da preferire e quindi da massimizzare. In condizioni di Hardy-
Weinberg, in una popolazione infinitamente ampia, le frequenze genotipiche sono definite dallo sviluppo del
binomio (p+q)2 dove p e q sono le frequenze dei 2 alleli. Secondo questa legge, le frequenze geniche e di
conseguenza quelle genotipiche non cambiano da una generazione ad un’altra quando la popolazione è
sufficientemente ampia e gli animali si accoppiano casualmente.
Prendendo in considerazione un locus con alleli A1 e A2, in equilibrio di HW, le frequenze genotipiche
saranno A12 +2A1A2 + A22 = 1.
Hatt = 2pq
Hoss = 2pq(1-F) dove F è la consanguineità
Da questa possiamo ricavarci quindi la consanguineità che sarà data (Hatt-Hoss)/Hatt.

CONSANGUINEITA’ LIMITE
Fx =1/2Ne Ci basiamo su un solo carattere
Fx = ½ a P-M Potrei non avere il pedigree
Fx = (Hatt-Hoss)/Hatt Completa le lacune, ma è costoso

CUna popolazione che si trova in equilibrio deve soddisfare: accoppiamenti casuali, popolazioni molto
grandi, assenza di fenomeni di migrazione, assenza di mutazioni e selezione naturale non operante sugli
alleli in questione.
Ci sono diverse possibilità per scegliere i fondatori, utilizzando diverse informazioni quali:
• Pedigree (il coefficiente di parentela riflette l’attesa omozigosità per discendenza; si dovrebbero usare
come fondatori quelli che minimizzano la parentela media di gruppo includendo la parentela tra i soggetti
stessi. La parentela media k di un gruppo di animali può essere stimata con l’equazione K = 0,25Ks +
0,50Kd + 0,25Ksd dove Ks è la parentela media padri, Kd è la parentela media madri e Ksd è la parentela
media tra madri e padri. Minimizzare la Kexp equivale minimizzare la parentela )
• Marcatori (quando l’informazione del pedigree è assente, la parentela può essere stimata da marcatori
molecolari; questi possono influenzare la parentela stimata che è definita come un indice di similarità
genetica)
• Pedigree e marcatori (quando si dispone sia del pedigree che dei marcatori per minimizzare la parentela è
possibile utilizzare la ottimale selezione entro famiglia dove ciascun padre contribuisce per un figlio e tra le

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r madri accoppiate con ciascun padre, una è selezionata per contribuire a un solo figlio e le rimanenti madri
r-1 madri per una figlia ciascuna; in questo caso i marcatori servono per selezionare entro famiglia )
• Fenotipo (possono essere utilizzate le informazioni relative alla variabilità fenotipica di caratteri esteriori
come le differenze nella colorazione e/o conformazione, la presenza/assenza delle corna e di ernia cerebrale
che potrebbero interessare le o garantire lo schema i conservazione)
• Altre informazioni (ci potrebbero essere informazioni sulla struttura della razza o sulla storia e
localizzazione geografica per capire se alcuni allevamenti sono stati mantenuti isolati. Molte razze
tradizionali sono state suddivise in varietà che hanno mantenute isolate caratteristiche morfologiche; queste
caratteristiche dovrebbero essere valutate quando si scelgono i fondatori per uno schema di conservazione
come la gallina padovana)

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13. Requisiti minimi per un piano di conservazione delle specie


Animale Allev. A Allev. B Xa Xb
1 2,5 kg 2 kg -0,5 kg 0 kg
2 3 kg 1,5 kg 0 kg -0,5 kg
3 3,5 kg 2,5 kg +0,5 kg +0,5 kg
Media 3 kg 2 kg

I requisiti minimi per realizzare un piano di conservazione sono: sistema di identificazione degli animali
(marcatura individuale che dovrebbe essere unica e progressiva nel tempo), schema di raccolta dati (per
valutare l’esatta differenza tra animali ed associarla ad un pedigree è necessario registrare il codice
dell’animale, la data di arrivo, il sesso dell’animale, il carattere misurato e le note), schema di indicizzazione
genetica (gli animali possono essere classificati dal migliore al peggiore utilizzando l’indice blup I=h2 X
dove h2 rappresenta l’ereditarietà mentre X è la deviazione fenotipica del carattere corretta per le Fdv) ,
piano di accoppiamento e selezione (è la fase in cui si scelgono i riproduttori per creare la generazione
futura, in questa fase bisogna tener conto della loro parentela e della loro superiorità genetica), schema di
crio-conservazione(la disponibilità di materiale genetico crioconservato può migliorare l’efficienza del
piano di conservazione , l’IA consente di aumentare l’intensità di selezione, la produzione di embrioni può
aumentare l’efficienza riproduttiva della linea femminile , mentre lo stoccaggio di materiale genetico può
conservare una razza), infrastrutture (per la registrazione e analisi dei dati, per la riproduzione e per controlli
sanitari) e popolazione vivente(gli schemi di conservazione che prevedono gli animali in vita senza alcun
scopo produttivi sono i più costosi; dimensionare al minimo sufficiente la popolazione scegliendo un
numero di fondatori, senza creare rischio di scomparsa della stessa è indispensabile. Assumendo che i
fondatori siano non parenti e non consanguinei possiamo utilizzare la formula % diversità genetica
preservata = (1- 1/(2*Ne))*100% ).

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14. Tipi e strategie di conservazione delle specie


La conservazione di specie in pericolo può essere svolta con due schemi che prevedono razze separate (più
costosa per la necessità di gestire più soggetti e più definita in termini di caratteristiche e parametri di tipo
morfologico, comportamentale, produttivo, genetico) o con pool di geni o razze composite (è più economica
per la riduzione dei soggetti necessari, più difficile da gestire per caratteri poco associati con il fenotipo, più
efficace per razze simili con caratteri economicamente importanti con caratteristiche fisiologiche e di
adattabilità simili per esempio popolazioni singole con Ne compromessa con colorazioni diverse, sino a 2-3
diverse popolazioni al massimo).
Generalmente utilizziamo 3 tipi di conservazione: ex situ (crio-conservazione di materiale genetico come
cellule aploidi, cellule diploidi, DNA; a queste fanno parte le ex situ live che mantengono gli animali vivi
non nell’ambiente di origine come gli zoo), in situ (mantenimento delle razze nei loro sistemi produttivi) e
misto (combinazione dei tipi precedenti). La conservazione in situ si pone come obiettivi quello di
soddisfare le richieste di un futuro mercato, opportunità per la ricerca, mantenere dei valori socio-economici,
valore storico-culturale ed ecologico; mentre la conservazione ex situ garantisce la soddisfazione delle
richieste future e da opportunità alla ricerca.
Generalmente il declino di una popolazione avviene per la mancanza di profitto per chi la alleva, la
mancanza di un programma o schema di selezione, la diminuzione dell’entusiasmo tra gli allevatori, la
riduzione del numero di animali e allevamenti e l’eccessiva competizione del mercato momentaneo. Per
diminuire, o meglio prevenire il declino di una popolazione animale bisogna stabilire le prestazioni
economiche della razza(spesso non si conoscono le informazioni sull’interazione tra genotipo ed ambiente,
le prestazioni di caratteri funzionali come la fertilità, le prestazioni di incroci tra razze selezionate con le
locali), migliorare le infrastrutture e l’assistenza tecnica(per esempio macelli, caseifici, punti vendita),
effettuare il MG (generalmente le razze locali non beneficiano di moderne tecniche e schemi di
miglioramento genetico che possono aiutare a migliorare la economicità e produttività della razza, spesso
non vi sono schemi che permettono di conservare variabilità genetica e miglioramento), ottimizzare il
sistema produttivo (riorganizzare il sistema di produzione mediante la pianificazione della stagionalità delle
produzioni, la modificazione dell’età ed il peso alla macellazione, l’introduzione degli incroci con razze più
remunerative usando la razza locale come popolazione femminile, gli incroci distinguibili per evitare rischio
di u’involontaria sostituzione e la garanzia del mantenimento in purezza), sviluppare un’attività per
aumentare il valore di mercato dei prodotti della razza(associare razza e prodotti alimentari, creare prodotti
DOP e IGP, associare razza con tutela ambientale, turismo e cultura locale) e sviluppare degli incentivi(da
impegarsi fin tanto che non si crea un’economia in grado di fornire reddito; il regolamento comunitario
2078/92 prevede incentivi per allevatori che allevano razze in via di estinzione; il regolamento del Consiglio
Europeo 1467/94 provvede premi agli stati membri che si adoperano per la conservazione in agricoltura. Nei
possibili sostegni rientrano i sostegni per l’acquisto di quote latte per favorire l’aumento della dimensione
aziendale di allevatori che allevano razze a limitata diffusione, i sostegni per l’acquisto di quote latte per
allevatori che non allevano razze a rischio, i sostegni per vacche nutrici per razze a limitata diffusione, il
permesso di stoccare materiale seminale ed embrioni di razza a limitata diffusione, includere nel

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regolamento 2078/92 anche i suini).

Se siamo nelle condizioni di non poter aumentare il numero di riproduttori, esistono 5 strategie di controllo
della consanguineità:
1. Massimizzare il rapporto Ne/N
Il numero di riproduttori maschi deve essere il più alto possibile, idealmente il più vicino possibile a quelle
delle femmine tale per cui il rapporto Ne/N tende a 1; il numero delle progenie deve essere idealmente
uguale per ciascun riproduttore in modo che la varianza nel numero della progenie è nulla e Ne/N è
massimizzato, se i maschi sono uguali alle femmine e le varianze sono nulle allora Ne=2N. per raggiungere
tale scopo, o contenere nelle popolazioni la varianza della progenie è sufficiente che ogni maschio lasci un
numero circa uguale di figli riproduttori maschi che i maschi fecondino un numero circa uguale di femmine.

2. Minimizzare la parentela tra i riproduttori


Si basa sulla minimizzazione della varianza del processo riproduttivo che deve però essere svolta da ogni
generazione se si desidera risulti efficace: il successo riproduttivo disomogeneo tra i riproduttori della
generazione n crea un incremento di consanguineità nella popolazione della generazione n+1; è sufficiente
scegliere ad ogni generazione i riproduttori sulla base della minimizzazione dei rapporti di parentela K tra di
loro.

3. Minimizzare la parentela di accoppiamento


Si basa sulla minimizzazione della parentela tra padre e madre. E’ una strategia che ritarda la consanguineità
piuttosto che diminuire il tasso di incremento generazionale; non sostituisce le precedenti strategie ma aiuta
a contenere la consanguineità in piccole popolazioni con soggetti molto parenti tra di loro. Generalmente è
efficace in popolazioni dislocate tra diversi allevamenti che mantengono la popolazione femminile e usano
tra di loro in rotazione i maschi.

4. Modificare l’intervallo di generazione


Si intende l’età media dei genitori alla nascita della loro progenie. Si può modificare entro i limiti biologici
(età alla maturità sessuale, interparto, lunghezza carriera produttiva), si possono superare i limiti di questi
con le biotecnologie riproduttive (superovulazione, congelamento materiale seminale). Allungando L,
dovremmo diminuire la consanguineità Fx=1/2Ne

5. In caso di selezione, selezionare in base a indici composti parentale-indici genetici.


Si tratta di bilanciare il PG e l’incremento di F di una popolazione mediante indici genetici corretti per la
parentela. Si tratta di definire un indice composto di F e G ed il loro peso relativo Vn. Se uno dei due V è
uguale a zero allora la scelta dei riproduttori ricade o sulla massima di F o del G. Per esempio : M =
V1*EBVmedio – V2*(0,25*Ks + 0,5*Ksd + 0,25*Kd) dove EBV medio è l’indice genetico medio dei
riproduttori scelti

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15. Operatività di uno schema di conservazione


Lynch ha definito che una popolazione dovrebbe eccedere i 500 animali per evitare rischi di conservabilità,
assumendo un tasso di mutazione per genoma per generazione di 0,5. Recentemente tale tasso di mutazione
è stato dimostrato essere più ridotto e pari a 0,03 mutazioni per genoma per generazione. Meuwiessen e
Woolliams hanno dimostrato che una popolazione per evitare rischi di conservabilità dovrebbe garantire
almeno 50 (è in funzione del rapporto M/F e del tipo di selezione infatti F=1/2*50=0,01 =1%) soggetti per
generazione, per garantire un tasso di inbreeding dell’1% per generazione. Qui sotto è riportata una tabella
con il numero di padri e di madri necessari a garantire una popolazione effettiva di 50 e un tasso di
inbreeding per generazione del’1%. La casuale è tipica degli avicoli veneti, nella fenotipica la Ne diminuisce
mentre nell’entro famiglia bisogna utilizzare il pedigree e i marcatori.
Bisogna evitare gli accoppiamenti tra parenti, ma se non possiamo, allora evitiamo di accoppiare tra genitori
e figli, meglio se tra nonni e nipoti. Se la dimensione dell’animale diminuisce, il ciclo riproduttivo aumenta,
quindi dovremmo aumentare il Ne di 50.

Si possono prevedere 2 tipi di schemi integrati:


- crio-backup schema di conservazione in vivo (si utilizza materiale crio conservato per ricostruire una
razza quasi estinta)
- crio-aided schema di conservazione in vivo (per prolungale L mediante l’uso di materiale crio
conservato. In caso di disastri fisici, con una popolazione parzialmente scomparsa è sufficiente utilizzare il
materiale crioconservato, con popolazione totalmente scomparsa, l’ideale è disporre di embrioni
crioconservati che usare materiale seminale crio conservato seguendo il seguente modello: all’inizio dello
schema conservare embrioni dei fondatori, conservare materiale seminale dei padri usati in ogni
generazione, per produrre il numero di padri conservare solo quelli non parenti, ripetere il primo punto ogni
5 con selezione o 20 anni senza selezione, la crio conservazione dovrebbe essere garantita con 1 replica in 2
diversi posti per evitare rischi di perdita del materiale conservato)

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16. Misure di unicità e diversità genetica


Una misura di unicità e diversità genetica può essere calcolata mediante la stima della distanza genetica;
matematicamente una distanza d ha 2 proprietà: la d tra una popolazione X con se stessa deve essere uguale
a 0 e la d tra due popolazioni X e Y deve essere simmetrica
Se vengono soddisfatti i primi due punti allora la distanza è semi metrica, se viene soddisfatta anche la
proprietà della diseguaglianza triangolare allora è definita metrica. Da un punto di vista biologico, le
distanze genetiche tra popolazioni devono avere anche altre proprietà e dipendono dalla storia e sviluppo
delle popolazioni considerate. Le forze che modificano le distanze genetiche sono la deriva genetica, la
mutazione, la selezione e la migrazione. In biologia animale si assume che le popolazioni derivano ad una
popolazione ancestrale comune da cui poi sono evolute le popolazioni successive.
Per valutare divergenze nel breve periodo dovute soprattutto al random drift (o deriva casuale è la
fluttuazione casuale delle frequenze alleliche dovute a processi di campionamento casuale in una
popolazione a numerosità limitata) è preferibile usare la Dm e la DRey, mentre per valutare divergenze nel
medio lungo periodo dovute a mutazioni e drift è preferibile usare la Da e la Dc. Un minimo di 25 soggetti
per popolazione è il suggerimento FAO per stimare adeguate distanze genetiche tra popolazioni.

Esempio di calcolo delle distanze genetiche Da con 1 locus e 2 alleli A e B con 4 popolazioni x, y, z, w.
Usiamo le frequenze alleliche quindi per esempio se vogliamo calcolare la distanza genetica tra x e w farò:

Dxw = 1 - (Xa x Wa)+( Xb x Wb)


Dxw = 1 - (1 x 0,5)+(0 x0,5) = 1 -0,71 = 0,29

Guardo nella tabella, per Xa guardo nella colonna dell’allele A e la riga della popolazione X e così via.

Dxz = 1 - (1 x 0)+(0 x 1) = 1

In questo caso teniamo W perché è la meno vicina con le altre 3, e poi scegliamo una tra X e Y perché le
frequenze sono uguali e Z è troppo vicino con X e Y.
Le distanze genetiche stimano la diversità o somiglianza tra coppie e entro popolazioni (n x (n-1))/2 che in
questo caso sono : 4 x (3)/2 = 6 , infatti abbiamo XY, XZ, XW, YZ, YW, ZW. Queste distanze le utilizzo
per ottenere l’albero genetico.
Ci sono vari metodi per disegnare un albero delle distanze : neighbour-joining e il metodo UPMGA.

METODO UPGMA
1)si cercano le popolazioni più simili
In questo caso sono B e C perché la distanza è di 0,1
2) Si raggruppano
3)Si calcolano le distanze tra le popolazioni ed il gruppo AD utilizzando la media aritmetica per esempio

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Dist(A-BD)=Dist(AB) + Dist(AD)/2
4)Si riparte con un nuovo ciclo dal punto 1
A BD C
A 0
BD 0,3 0
C 0,8 0,35 0
Per calcolare la distanza tra A e BD utilizzeremo i dati della prima tabella quindi sarà :
Dist (A-BD) = ( 0,2 + 0,4 )/2 = 0,3
Dist (C-BD) = ( 0,2 + 0,5 )/2 = 0,35
Poiché tra i due A con BD presenta una distanza inferiore lo schema continuerà in questo modo:

A questo punto costruiremo un’altra tabella con ABD e C


ABD C
ABD 0
C 0
In questo caso la Dist (ABD-C) sarà uguale a Dist(C-A) + Dist(C-BD)/2 = (0,8 + 0,35)/2 = 0,575 quindi lo
schema sarà:

Specie 2n
Uomo 46
Bovino 60
Suino 36
Ovino 54
Cavallo 64
Cane 78

Terminato l’esercizio possiamo osservare che l’individuo C è lontano all’incrocio AB.

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17. I marcatori molecolari


A livello biologico la cellula animale è di tipo eucariote, costituita da una membrana cellulare, un nucleo
separato e ben distinto contenente DNA e da un insieme di organelli fra cui i mitocondri. Il numero di
cromosomi varia da specie a specie ma è sempre pari (numero diploide = 2n). Il cariotipo è l’insieme delle
caratteristiche dei cromosomi di una specie: numero, forma, tipologia di cromosomi sessuali,eventuali
anomalie. I cromosomi sessuali definiscono il sesso di un individuo nei mammiferi il maschio è XY e la
femmina è XX, mentre negli uccelli il maschio è ZZ e la femmina è ZW. Lo zigote è la prima cellula
dell’organismo, totipotente, generata dalla fusione di 2 gameti, cellula uovo e spermatozoo, ogni gamete
possiede un corredo cromosomico aploide n. N cromosomi di origine materna si uniscono a N cromosomi di
origine paterna a formare l’assetto cromosomico completo 2N. Il DNA o acido desossiribonucleico, è
rappresentato da una doppia elica costituita due catene antiparallele di nucleotidi. Il nucleotide è formato da
una base azotata (A,C,G,T), una molecola di zucchero e un gruppo fosfato; le basi azotate si affiancano
all’interno della doppia elica e si legano con legami idrogeno con una precisa specificità: A con T (2 legami)
e C con G (3 legami). Tale specificità rende le catene complementari: la sequenza di basi di una catena
determina automaticamente la sequenza dell’altra. Il DNA è dunque capace di duplicarsi. Il DNA contiene
l’informazione necessaria per la nascita, lo sviluppo e il mantenimento degli organismi viventi, tale
informazione è contenuta nei geni, segmenti di DNA di varia lunghezza che, nella maggior parte dei casi,
codificano per proteine le quali realizzano l’informazione contenuta nel genoma. Ogni cellula possiede il
corredo genetico completo ma, a seconda del tessuto a cui appartiene, parti diverse del genoma si attivano e
vengono tradotti in proteine. Di ogni gene ma anche di ogni alra sequenza di DNA sono dunque presenti due
copie che possono essere uguali o diverse. L’allele rappresenta una delle varie forme alternative di un gene o
di una sequenza di DNA in una specifica localizzazione cromosomica (locus). Il locus è la localizzazione
genomica unica all’interno di un cromosoma che permette di definire la posizione di un gene o di una
qualsiasi sequenza di DNA. Se in un individuo i due alleli di un determinato gene sono uguali l’individuo è
omozigote per tale gene; se le due copie sono diverse allora è eterozigote.

Se l’allele A codifica il nero di un mantello e l’allele a il rosso, quale sarà il fenotipi dell’individuo
eterozigote Aa? In questo caso dovremmo parlare di diversi tipi di dominanza fenotipica. Se in fase
eterozigote :
- uno dei due alleli (dominante) nasconde l’altro che è recessivo (se A è dominante su a, il colore del
mantello è nero) parleremo di Dominanza/recessione
- entrambi gli alleli so esprimono e sono riconoscibili nel fenotipo (il colore delle macchie del mantello
sarà sia rosso che nero) allora parliamo di Codominanza
- entrambi gli alleli si esprimono ma il loro effetto si somma (il colore delle macchie del mantello sarà di
colore intermedio fra rosso e nero) allora parliamo di Dominanza incompleta
Esempio gruppi sanguigni
Padre/madre A B 0
A AA AB A0

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B AB BB B0
0 A0 B0 0

Genotipi AA,A0 BB,B0 AB 0


Fenotipi A B AB 0
I diversi gruppi sanguigni sono determinati nell’uomo da tre alleli che combinandosi a coppie danno origine
a 6 diversi gruppi. Nel fenotipo se ne manifestano però solo 4 : due gruppi (AO/AA e BO/BB) infatti si
comportano nello stesso modo. I geni responsabili dei gruppi sanguigni controllano anche la produzione di
proteine localizzate nella membrana dei globuli rossi (antigeni). Se il sangue viene iniettato in un uomo di
diverso gruppo, gli antigeni stimolano da parte del ricevente la produzione di anticorpi , i quali privocano
una reazione di agglutinazione, cioè i globuli rossi si attaccano gli uni con gli altri e formano grumi. Gli
antigeni dei gruppi sanguigni sono A, B e 0 i quali si incrociano secondo le leggi di Mendel : A e B
dominano su 0, mentre A e B sono codominanti tra loro. I soggetti 0 sono donatori universali (non
contengono antigeni), ma possono ricevere solo dal proprio gruppo, in quanto possono produrre anti A e B. I
soggetti A e B possono ricevere sangue dal corrispettivo gruppo e dal gruppo 0, mentre i soggetti AB non
producono anticorpi quindi sono recettori universali ma possono donarlo solo ad AB. L’antigene Rh, non è
altro che un altro antigene presente nei globuli rossi, e sarà positivo Rh+ se è presente, mentre sarà Rh- se
assente (il positivo è dominante).

I caratteri qualitativi sono controllati in maniera semplice da uno o pochi geni per esempio la presenza delle
corna o il colore del guscio dell’uovo. Relativamente a tali caratteri gli individui di una data popolazione
possono essere assegnati ad una categoria o ad un’altra. La variabilità è di tipo discontinuo. Finora abbiamo
supposto che il controllo genetico sia totale ovvero che fenotipo=genotipo; in realtà nella maggior parte dei
casi il fenotipo è condizionato dall’ambiente e quindi si considera fenotipo=fenotipo+ambiente. L’ambiente
influenzerà sostanzialmente i caratteri quantitativi rispetto a quelli qualitativi. I caratteri quantitativi
presentano quindi una variabilità continua come la produzione di latte e lo spessore del grasso; sono quindi
caratteri la cui espressione dipende dall’azione di più geni che presentano più varianti ciascuno.

Se gli alleli sono molti ma tutti tranne uno (es:A) hanno una frequenza molo bassa nella popolazione sarà
molto probabile trovare individui omozigoti per l’allele più frequente (AA) anziché trovare individui
eterozigoti

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18. I marcatori genetici


Sono sequenze polimorfiche di DNA (presentano quindi più varianti alleliche) che si trovano in un locus
specifico all’interno del cromosoma; si comportano in modo mendeliano e sono di facile rilevazione. Poiché
sono polimorfici, possono essere utilizzati per valutare la variabilità genetica presente nelle specie e nelle
popolazioni. Sono neutrali e rappresentativi del polimorfismo genomico (identificano in modo semplice le
mutazioni che si sono accumulate nel corso della storia evolutiva delle popolazioni). Se due geni si trovano
molto vicini su un cromosoma, allora la possibilità che tra essi avvenga una ricombinazione è piuttosto
bassa. In questo caso i loci si dicono associati, cioè tra essi esiste quello che in inglese si chiama linkage (in
italiano associazione). Le combinazioni alleliche che si trovano nei cromosomi parentali sono dette fasi di
linkage. La conseguenza del linkage è che all’atto della meiosi, la trasmissione degli alleli di due geni
associati non avviene in maniera indipendente ma le combinazione alleliche presenti nei cromosomi
parentali le ritroviamo anche nei cromosmi presenti nei gameti. Quando tra due geni esiste una stretto
linkage, la seconda legge di Mendel sull’assortimento indipendente degli alleli nei gameti non è più valida:
si parla infatti di disequilibrio di associazione (o di linkage).
Il linkage sta alla base dell’utilizzazione dei marcatori genetici. Spesso i geni oggetto di studio sono di
difficile identificazione: non si conosce quale realmente sia il gene che regola l’espressione del carattere che
stiamo studiando; oppure non è possibile determinare il genotipo degli animali sulla base della
manifestazione fenotipica del carattere; non si conosce la localizzazione cromosomica del gene e così via. In
questi casi lo studio del gene viene condotto indirettamente attraverso l’impiego di un altro gene ad esso
strettamente associato, cioè si ricorre all’uso di un marcatore genetico.
L’impiego di un marcatore genetico si basa sul fatto che, esistendo una forte associazione tra esso ed il gene
oggetto di studio, la segregazione degli alleli dei due loci non è indipendente (esiste il disequilibrio di
associazione).

Esempio
Se A e B sono due loci associati su un cromosoma, ciascuno con due alleli (A1 e A2; B1 e B2), e il toro
Gelsomino ha su un cromosoma la combinazione allelica A1 B1 e sul cromosoma omologo quella A2 B2,
all’atto della formazione dei gameti l’allele A1 andrà a finire nel nemasperma che contiene anche l’allele B1
(tranne il caso in cui si verifichino dei fenomeni di crossing-over, tanto più rari quanto più i due geni sono
vicini fra loro). In questo modo i figli che hanno ereditato l’allele A1 da Gelsomino, avranno ricevuto anche
l’allele B1. Lo stesso discorso vale per A2 e B2. Quindi in questo caso è possibile conoscere l’allele
presente al locus B sulla base dell’allele che è presente al locus A; il locus A è un marcatore genetico del
locus B. Va però tenuto ben presente il fatto che se si considera un altro toro, non parente di Gelsomino, non
è detto che anche in questo animale l’allele A1 si trovi associato a quello B1 e l’A2 al B2. Cioè la fase di
associazione allele marcatore-allele gene di interesse cambia da famiglia a famiglia e, entro la stessa
famiglia, può cambiare con il passare delle generazioni (possibilità che si verifichino crossing over).
Sulla base di quanto detto in precedenza, possiamo definire un marcatore genetico come gene che presenta
le seguenti caratteristiche:

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a) deve essere strettamente associato con il gene oggetto di studio, poiché più i due loci sono vicini, minore
è la probabilità che tra essi si verifichi una ricombinazione. I risultati di numerose indicano che la distanza
massima tra marcatore genetico e gene non dovrebbe superare i 20 cM.
b) deve presentare un elevato polimorfismo (cioè avere più alleli). Il polimorfismo consente di stabilire
l’origine di un allele: se l’allele portato da un individuo è presente nel padre e non nella madre, ovviamente
l’individuo lo avrà ricevuto dal padre. E’ chiaro quindi che tanto maggiore sarà il polimorfismo di un locus
marcatore, tanto maggiore sarà la possibilità che i genitori abbiano genotipo differente e maggiore sarà la
probabilità di individuare l’origine dell’allele. Una delle ragioni della grande diffusione dei marcatori a
livello del DNA, ed in particolare dei microsatelliti, deriva proprio dall’elevatissimo polimorfismo che essi
presentano.
c) deve avere una sicura e facile identificazione genotipica. Cioè il genotipo al locus marcatore deve essere
facilmente ed inequivocabilmente determinato. Sino a qualche tempo fa tale determinazione veniva fatta a
livello fenotipico, ora grazie all’avvento dell’analisi genetica molecolare, la determinazione del genotipo o
tipizzazione, viene fatta a livello di DNA. Tra i vantaggi di quest’ultima tecnica, va ricordato il fatto che
essa consente di tipizzare gli animali indipendentemente dalla manifestazione fenotipica del carattere e
quindi il più precocemente possibile.
d) deve avere un meccanismo ereditario di tipo mendeliano semplice, in modo che la identificazione
dell’origine degli alleli posseduti da un individuo sia il più agevole possibile. Ovviamente, un marcatore
codominante sarà più informativo di uno i cui alleli presentano fenomeni di dominanza e recessività.

I marcatori sono rilevabili a vari livelli : morfologico (la variabilità è espressa a livello fenotipico come i
caratteri mendeliani qualitativi), biochimico (la variabilità è espressa ma non totalmente osservabile,
servono analisi biochimiche come per il sangue, isoenzimi e proteine nel latte), e DNA (la variabilità è
osservabile solo a livello genotipico, non è tradotta in proteine come le SNP, micro satelliti, RFLP, AFLP,
RAPD). I marcatori molecolari non sono influenzati dall’ambiente, sono neutrali, stabili, numerosi,
polimorfici, generalmente codominanti, facili da monitorare, si possono campionare qualsiasi tipo di tessuto
indipendentemente dal sesso ed età per mezzo di analisi automatizzabili.

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19. Marcatori: SNPs


Lo SNPs è un polimorfismo a livello di singoli nucleotidi nella sequenza di DNA esistente in alcuni
individui della stessa specie. Il loro numero varia notevolmente a seconda della specie: nell’uomo ce ne uno
ogni 300 nucleotidi distribuiti casualmente, abbondanti con frequenze elevate. Affinchè una variazione nella
sequenza nucleotidica sia considerata uno SNP, deve essere presente in almeno l’1% della popolazione per
cui l’inserzione/delezione di una singola base non deve essere considerata uno SNP.
A differenza dei micro satelliti , gli SNPs non sono sequenze ripetute e possono trovarsi sia nelle regioni
codificanti che non-codificanti del genoma. Attualmente sono i marcatori molecolari più utilizzati perché il
grande vantaggio nell’utilizzarli è dato dall’elevato numero di polimorfismi che possono essere genotipizzati
e dalla loro elevata densità lungo tutto il genoma. Costituiscono circa il 90% di tutti i polimorfismi presenti
nel genoma umano.
Gli SNPs hanno un’alta riproducibilità e accuratezza tuttavia richiedono un lungo lavoro di messa a punto
per l’individuazione del marcatore e del metodo per la sua rilevazione, inoltre attualmente sono poco
conosciute le distribuzioni degli SNP all’interno di diverse popolazioni. Non essendo uguali tutti gli
SNP,per capire il loro effetto sarà importante eseguire un’analisi computazionale prima di eseguire uno
studio relativo al loro eventuale coinvolgimento in una patologia. Prevalgono le transizioni A---G e C---T.

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20. Marcatori: microsatelliti


I microsatelliti sono marcatori molecolari di loci costituiti da unità di ripetizione molto corte (1-5 bp
esempio (CACACACA)n oppure (GATAGATA)n). Nel caso in cui siano note le sequenze nelle regioni
fiancheggianti i microsatelliti, è possibile disegnare primers specifici in grado di amplificare, tramite PCR, il
locus microsatellite. Un marcatore molecolare può essere definito come quel locus genomico, rilevabile con
sonde (=probe) o inneschi (=primer)
specifici che, in virtù della sua presenza, contraddistingue in modo caratteristico ed inequivocabile il tratto
cromosomico con il quale si identifica e le regioni che lo circondano alle estremità 5‘ e 3‘.
I microsatelliti possono essere rivelati attraverso la costruzione di una biblioteca genomica a piccoli inserti.
Alternativamente possono essere usati primers disegnati per specie affini. La principale fonte di variazione
nel numero di unità ripetute sembra essere lo slittamento della polimerasi durante il processo di replicazione
del DNA. Ciò risulta in polimorfismi di lunghezza che possono essere determinati attraverso elettroforesi su
gel d’agarosio.
I microsatelliti presentano un alto livello di polimorfismo e sono marcatori informativi negli studi di
genetica di popolazione comprendenti approfondimenti dal livello individuale a quello di specie strettamente
affini.
La tecnica utilizzata per la loro rilevazione è la PCR. Il sequenziamento attraverso PCR porta alla
determinazione della sequenza nucleotidica all’interno di un frammento di DNA amplificato attraverso la
Polymerase Chain Reaction (PCR), utilizzando primers (lunghi 15-35 bp) specifici per un particolare sito
genomico. Il metodo più comunemente usato per determinare le sequenze nucleotidiche è basato sulla
terminazione di una replicazione di DNA in vitro. La procedura inizia con il legame del primer ad un
frammento di DNA amplificato, seguito dalla divisione della reazione in quattro sotto- campioni. Ad ogni
sotto-campione vengono aggiunti i quattro deossinucleotidi costituenti il DNA (dA, dC, dG e dT), un
singolo dideossinucleotide (ddA, ddC, ddG o ddT) e l’enzima DNA polimerasi. Il prolungamento della
sequenza avviene attraverso l’incorporazione dei deossinucleotidi nel nuovo filamento di DNA; quando
viene incorporato un dideossinucleotide, la replicazione del DNA viene terminata. Poiché ogni reazione
contiene molte molecole di DNA e l’incorporazione dei dideossinucleotidi può avvenire in posizioni
differenti sul filamento, ognuno dei quattro sotto-campioni contiene frammenti di varia lunghezza
terminanti con una particolare base. Tali frammenti presenti in ognuno dei quattro sottocampioni vengono
separati attraverso elettroforesi su gel di policrilammide. Il sequenziamento tramite PCR fornisce la misura
più precisa di variazione genetica in quanto possono essere risolte tutte le possibili differenze fra gli
individui esaminati. Coppie di primers universali utili per amplificare e sequenziare sequenze specifiche
sono disponibili per il genoma cloropastico, mitocondriale e ribosomiale. Il sequenziamento è una tecnica
lunga e molto costosa. La maggior parte degli studi è focalizzata su uno o pochi loci. A causa di questo e del
fatto che geni diversi possono evolvere con tassi differenti, la misura in cui la diversità genetica stimata
rifletta la diversità genetica totale è discutibile. Generalmente al di sotto del livello di specie viene rivelata
variazione nucleotidica molto bassa e, quindi, il sequenziamento attraverso PCR è particolarmente utile in
studi a livelli tassonomici più alti, per esempio nelle ricostruzioni filogenetiche.

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21. Marcatori: PCR


Consente di sintetizzare ripetutamente (amplificare) per via enzimatica uno specifico segmento di DNA
situato tra due regioni di sequenza nucleotidica nota, producendone un numero elevato di copie attraverso
una serie di reazioni di:
-denaturazione (95°C) -appaiamento degli inneschi (primer) (40-68°C) -polimerizzazione dei nuovi
frammenti ad opera della Taq Polimerasi (72 °C). Ci sono milioni di diversi geni o sequenze all’interno di
un campione di DNA.
Viene selezionata una sequenza specifica da amplificare (quella rossa nello schema).Questa sequenza può
essere un qualsiasi gene o una zona non codificante del DNA.
Per copiare un particolare gene è necessario conoscere la sequenza fiancheggiante (in genere questa è una
sequenza corta) su ogni lato della zona che deve essere amplificata.
Questa regione (quella blue nello schema) permetterà al primer di attaccarsi. Sarà quindi possibile l’inizio di
copiatura del segmento di DNA scelto.
Piccole sequenze di DNA, disegnate per accoppiarsi con il DNA genomico in uno specifico sito di attacco,
in modo da coadiuvare il legame della DNA polimerasi nella zona desiderata.
In assenza del primer che si attacca al sito specifico, la DNA polimerasi non è in grado di copiare il
filamento di DNA
Per costruire il nuovo blocco di DNA, sono necessari anche i nucleotidi trifosfato, ognuno dei quali è
costituito da: una base (adenina, timina, citosina o guanina) uno zucchero e tre fosfati. La PCR richiede
diversi cicli di amplificazione. Ogni ciclo consiste di tre diverse temperature: la temperatura iniziale (94°C)
permette ai due filamenti di DNA di separarsi; la temperatura intermedia (50-60°C), o di annealing,
permette al primer di legarsi alla sequenza complementare sul DNA mentre la temperatura finale (72°C), o
di estensione permette alla DNA polimerasi di attaccarsi al primer e quindi di copiare i filamenti di DNA.
Dopo aver estratto il DNA e effettuato la PCR facciamo l’elettroforesi, una Tecnica che permette di
visualizzare e separare acidi nucleici e proteine
I frammenti di DNA migrano attraverso un materiale selettivo (es. gel di agarosio) che li separa in base alle
dimensioni (peso molecolare/lunghezza); frammenti più piccoli migrano attraverso le maglie del gel più
velocemente, quelli più grandi si muovono più lentamente. Per l’elettroforesi capillare Il principio è lo stesso
dell’elettroforesi “classica”: i frammenti di DNA migrano attraverso una resina selettiva all’interno di un
capillare che li separa in base alle dimensioni (peso molecolare/lunghezza); frammenti più piccoli migrano
attraverso le maglie della resina più velocemente, escono prima dal capillare e vengono intercettati per primi
dal sistema di rivelazione.
Tale dispositivo emette un raggio luminoso che colpisce i frammenti di DNA che, se marcati con molecole
fluorescenti, a loro volta emettono un segnale in uscita che viene registrato. Il risultato è un
elettroferogramma. L’intensità del segnale dipende dalla quantità di frammento e determina l’area e l’altezza
dei picchi

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22. Altri marcatori


I primi marcatori molecolari ad essere studiati furono gli RFLP (Restriction Fragment Lenght
Polymorphism):particolari tratti di DNA presenti nella popolazione e trasmessi in modo ereditario.
La regione del genoma di interesse viene amplificata tramite PCR e i prodotti ottenuti vengono incubati con
un enzima di restrizione in grado di riconoscere una sequenza specifica e di catalizzare una reazione di
taglio al suo interno. Questi enzimi di restrizione sono proteine che riconoscono e tagliano una precisa
sequenza di basi sul DNA; tali sequenze sono dette sequenze consenso e sono lunghe dalle 4 alle 8 basi.
L’enzima taglia entrambi i filamenti di DNA, riconoscendo su entrambi la sequenza di basi consenso,
pertanto tali sequenze sono polidrome. Mediante elettroforesi su gel di agarosio si è in grado di determinare
se il frammento amplificato è stato tagliato o meno, cioè se la sequenza specifica riconosciuta dall’enzima è
presente inalterata oppure no. I frammenti possono avere lunghezza diversa nei diversi individui ma anche
tra i due cromosomi di uno stesso individuo, ciò è possibile se tra due siti di restrizione è presente una
sequenza che può variare in lunghezza (VNTR)o se esiste una variante polimorfa che introduce o elimina un
altro sito di restrizione per lo stesso enzima modificando la grandezza dei frammenti ottenuti per digestione.
Uno svantaggio di questo tipo di marcatori è dato dalla loro bassa informatività. Infatti gli RFLP presentano
solo due alleli possibili: il sito di restrizione può essere intatto oppure no. L’impiego di questi marcatori per
eseguire la mappa genetica di patologie è poco attuabile in quanto troppo spesso delle meiosi chiave in una
famiglia risultano non informative. Occorre un pedigree completo con entrambi genitori e un precedente
figlio e trovare un enzima di restrizione che nel genitore affetto frammenti il DNA in modo tale da creare
una situazione di eterozigosi. Altri marcatori sono gli AFLP (amplified fragment lenght polymorphism) i
quali non richiedono conoscenza a priori di sequenze genomiche per la costruzione dei primer, con messa a
punto rapida, presentano tempi di analisi più lunghi rispetto ai microsatelliti.

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23. Mappe genetiche


I marcatori permettono di costruire mappe genomiche dette mappe di linkare, definite in base alla frequenza
di ricombinazione dei marcatori stessi. Le 4 combinazioni hanno tutte la stessa probabilità perché
l’assortimento è indipendente: i loci sono su cromosomi diversi. Durante la meiosi però può verificarsi uno
scambio di materiale genetico fra cromatidi appartenenti a omologhi diversi; tale fenomeno è detto crossing-
over e determina la ricombinazione genetica. Tale fenomeno influenza la segregazione di
loci/geni/marcatori posti sullo stesso cromosoma. Se i due loci sono molto vicini fra loro la probabilità di
cross over è minore. La frequenza di gameti di tipo parentale è dunque maggiore di quella dei gameti di tipo
ricombinante. La distanza fra i due loci è proporzionale alla frequenza di ricombinazione. Osservando le
frequenze dei gameti ricombinati è dunque possibile risalire alla frequenza di ricombinazione e quindi alla
distanza fra loci. Stimando le distanze reciproche di un numero molto grande di marcatori è possibile
stabilire la loro posizione reciproca lungo il cromosoma e costituire le cosiddette mappe genetiche, messe
poi in relazione alle mappe fisiche.
Di fatto, per stimare la distanza fra loci si utilizza l’incrocio fra ibridi e omozigoti recessivi a entrambi i loci.
Se i loci sono su cromosomi diversi o sono sullo stesso ma molto distinti i 4 genotipi hanno la stessa
frequenza (0,25). Se i genotipi parentali sono più frequenti c’è associazione o linkare.
Le mappe genetiche costruite con l’ausilio dei marcatori molecolari sono fondamentali per stabilire la
disposizione dei geni sui cromosomi. Se si trovano uno o più marcatori strettamente associati ad un gene di
nostro interesse sarà possibile stabilirne la posizione relativamente a quei loci e quindi posizionarlo anche
nella mappa fisica. In pratica, se c’è stretta associazione, sarà possibile individuare quale allele del
marcatore A è in linkare con una delle varianti del gene di interesse. Idem per il marcatore B. Tale
associazione è particolarmente utile nel caso si abbia a che fare con geni che determinano patologie. Un test
con marcatori molecolari che individui l’allele del marcatore associato con la variante del gene che causa la
malattia può risultare particolarmente utile per la diagnosi. La mappatura di QTLs (quantitative trait locus) è
òa sequenza genomica che ha un ruolo nell’espressione di un carattere quantitativo, è associata alla
manifestazione di un carattere produttivo; probabilmente contiene un gene che è coinvolto nell’espressione
di quel carattere. Se si individua un marcatore ad essa contiguo/associato si può selezionare per il carattere
desiderato semplicemente valutando la presenza/assenza di determinate varianti alleliche del marcatore.

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24. Analisi di paternità


Questo tipo di analisi, eseguita con marcatori micro satelliti da 9 a 15, può essere esclusa in modo
deterministico (il figlio ha un allele diverso da quello dei genitori o il figlio non ha almeno un allele di
ciascun genitore) o provata solo in modo probabilistico. Viene utilizzata per stimare gli indici genetici con il
metodo BLUP, per i piani di accoppiamento, per il calcolo dell’ereditabilità e i controlli genealogici.
In corrispondenza di ogni marcatore ogni individuo avrà uno solo (omozigosi) o due degli alleli possibili
(eterozigosi) la probabilità che due individui abbiano la stessa combinazione di alleli in un locus può essere
alta se aumentiamo il numero dei marcatori la probabilità che due individui presentino la stessa
combinazione di alleli per tutti i loci diventa piccolissima.
Numerosi gruppi di ricerca sono attualmente impegnati nella ricerca di un metodo che consenta di
identificare la razza utilizzando un numero di marcatori microsatellite ancora più elevato (da 20 in su).
Approccio deterministico
E’ un metodo che consente di assegnare la razza ad un determinato soggetto con sicurezza assoluta
(probabilità=1). Possibile solo se per ogni razza si individuano degli alleli esclusivi per la stessa (trovo
l’allele A per il locus INRA23: la razza del soggetto è la Piemontese perché solo la Piemontese ha
quell’allele).
Approccio probabilistico
E’ un metodo basato su frequenze alleliche, su distanze genetiche es. metodi frequenze alleliche.
Consentono di assegnare la razza ad un determinato soggetto con una certa probabilità (che io scelgo). Si
basa sull’individuazione di microsatelliti per i quali la frequenza dei diversi alleli sia una caratteristica
propria della razza; l’insieme delle frequenze di tutti gli alleli costituisce “l’impronta” che permette di
discriminare una razza dall’altra.
I metodi maximum likelihood individuano la probabilità che un determinato genotipo provenga da una data
popolazione (razza). Le fasi sono: calcolo delle frequenze alleliche di tutti i marcatori in tutte le popolazioni
candidate ; probabilità di un dato genotipo viene calcolata, per ogni razza,
come il prodotto delle frequenze (in quella razza) degli alleli
presenti funzioni di maximum likelihood; l’individuo viene assegnato alla popolazione in cui la probabilità
del suo genotipo è massima.
Nei metodi Bayesiani le funzioni di maximum likelihood sono sostituite da funzioni di densità di probabilità
delle frequenze alleliche.

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25. Metodi basati sulle distanze genetiche


Si calcolano le distanze genetiche tra tutte le possibili coppie di individui da analizzare, si calcola poi, per
ogni individuo la media delle distanze fra l’individuo stesso e tutti gli individui di una data razza. Questo
procedimento è ripetuto per ogni razza da testare. L’individuo viene attribuito alla razza a cui è associata la
distanza media minore rilevata
Questi metodi risentono molto del tipo di distanza utilizzata e del metodo scelto per la rappresentazione
delle distanze; non sono però basati sull’assunto di Hardy-Weinberg a differenza invece dei metodi che
utilizzano le frequenze alleliche. I metodi basati sulle frequenze alleliche dimostrano efficienza migliore
rispetto a quelli basati sulle distanze genetiche.
L’origine del polimorfismo deriva da mutazione, ed è l’unica ce crea variabilità mentre la ricombinazione e
la trasposizione la diffondono. I trasfusori sono pezzi di DNA che possono spostarsi da una zona ad un’altra
sul genoma e questi trasporti sono negativi. Molti tumori sono causati da questi; sul lungo termine
aumentano la variabilità modificando il DNA. La variabilità non si misura in un singolo locus. Un allele che
ha una frequenza molto alta è detto monomorfico quindi la variabilità è maggiore negli individui
polimorfici; questi individui vengono studiati per la genetica della popolazione anche perché non mutano.
La variabilità viene misurata utilizzando l’eterozigosità e la diversità allelica. Se l’equilibrio di HW è
rispettato allora le frequenze attese ed osservate sono uguali.
Het oss < Het attesa esistenza di semi isolati nella popolazione, livello di inbreeding e presenza alleli nulli.
Fst Hattesa totale –Hmedia sottop /Ht
Fis misura l’eccesso di omozigoti nella popolazione = Hs-Ht/Hs
Fit eccesso di omozigosità nella popolazione.

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26. Tracciabilità: definizione


La tracciabilità è la capacità di risalire alla storia e all’uso o alla collocazione di un prodotto o di un’attività
attraverso identificazioni documentale (ISO 8402/1992). Secondo il regolamento Europeo 178/2002 è la
capacità di ricostruire e seguire il percorso di un alimento , di un mangime, di un animale destinato alla
produzione alimentare o di una sostanza destinata o atta ad entrare a far parte di un alimento o di un
mangime attraverso tutte le fasi della produzione, della trasformazione e della distribuzione. La capacità di
mantenere il controllo dell’origine dei prodotti e dell’identità degli animali lungo i diversi passaggi della
catena alimentare, all’allevatore alla vendita al dettaglio. L’introduzione di un sistema di tracciabilità da
fiducia al consumatore che chiede trasparenza sulla BSE, sui polli alla diossina e influenza aviaria,
contaminazione microbiche, OGM, tematiche ambientali e benessere animale, globalizzazione. Inoltre
all’aumentare delle entrate i consumatori chiedono, oltre a prodotti di qualità, anche una maggior attenzione
alle tematiche ambientali e di benessere animale. A seguito della globalizzazione i consumatori che vivono
più lontani dai luoghi di produzione chiedono maggiori certificazioni di qualità e sicurezza per gli alimenti.
Il primo messaggio della tracciabilità è quello di dare trasparenza e documentazione, mentre il secondo
messaggio è che chi ha realizzato il prodotto è responsabile di ciò che ha fatto.

La tracciabilità di per se non garantisce la sicurezza degli alimenti: rappresenta uno strumento di gestione
dei rischi utilizzato al fine di contenere un problema di sicurezza alimentare. In pratica, gli operatori devono:
disporre di un sistema che consenta di identificare i fornitori e i clienti dei prodotti; stabilire un
collegamento fornitore- prodotto (quali prodotti sono forniti da quali fornitori);stabilire un collegamento
consumatore –prodotto (quali prodotti sono forniti a quali clienti). Per gli alimenti e mangimi importati
dall’UE le prescrizioni riguardanti la tracciabilità riguardano tutte le fasi della produzione, trasformazione e
distribuzione nell’UE, ovvero dall’importatore alla vendita al dettaglio. L’importatore deve dunque essere in
grado di identificare la provenienza del prodotto nel paese terzo.

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27. Legislazione in materia di tracciabilità


La Legislazione Comunitaria sulla tracciabilità nel settore alimentare vede l’uso di alcuni libri quali:
- Libro Verde (1997) della Commissione sui “Principi generali della legislazione in materia alimentare
dell’Unione Europea” (è un documento di discussione inteso a stimolare un dibattito e a lanciare un
processo di consultazione su un particolare argomento.presenta alcune idee e invita individui e
organizzazioni interessate all’argomento a contribuire al loro sviluppo, è costituito da 6 capitoli su diversi
aspetti della sicurezza alimentare);
- il libro Bianco (2000) sulla sicurezza alimentare introduce il concetto di tracciabilità (è il seguito del
Libro Verde, consiste in una serie di proposte ufficiali ed è usato come veicolo per svilupparle facendole
diventare leggi.);
- l’utilizzo del regolamento Europeo 178/2002 (in vigore dal 1 gennaio 2005). Introduce a livello legislativo
l’obbligo per tutti gli Stati membri della Comunità Europea di definire un sistema di tracciabilità nel settore
alimentare in modo da “garantire un livello elevato di tutela della vita e della salute umana nell'esecuzione
delle politiche comunitarie”. L’esperienza ha dimostrato che l’impossibilità di ricostruire il percorso
compiuto da alimenti e mangimi può mettere in pericolo il funzionamento del mercato interno di tali
prodotti. Occorre dunque predisporre un sistema per la rintracciabilità dei prodotti onde poter procedere a
ritiri mirati e precisi o fornire informazioni ai consumatori o ai responsabili dei controlli.

La tracciabilità nella legislazione Italiana


La legislatura nazionale ha emanato una serie di leggi specifiche per ogni settore in materia di tracciabilità:
- carne bovina (D.M. 30 agosto 2000, D.M. 13 dicembre 2001),
- prodotti della pesca e dell’acquacoltura (D.M. 27 marzo 2002),
- latte (D.M. 27 maggio 2004),
- uova (D.M. 4 marzo 2005)

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28. Sistema di etichettatura degli alimenti


Gli organismi legislatori hanno previsto per ogni categoria di alimenti l’introduzione di un sistema di
tracciabilità e di etichettatura adeguato.

Il sistema di etichettatura delle carni bovine utilizza i regolamenti CE 1760/2000 e CE 1825/2000 i quali
danno una linea guida su:
- sistema di registrazione e identificazione dei bovini (Apposizione di 2 marche auricolari entro 20 giorni
dalla nascita, per animali importati dopo i controlli sanitari; passaporto che accompagna l’animale fino al
macello; registri aggiornati con movimenti e decessi in ogni azienda e accessibili all’autorità competente);
- etichettatura obbligatoria (Obbligatoria in tutte le fasi della commercializzazione e in ogni taglio, codice
identificativo animale, codice identificativo macello , codice identificativo laboratorio sezionamento, stato
di nascita, stato in cui è avvenuto l’ingrasso e stato di macellazione);
- etichettatura facoltativa (Tutte le altre informazioni che possono essere utili per caratterizzare o valorizzare
il prodotto come età, razza, sistema di allevamento).

Per etichettare i prodotti della pesca bisogna scrivere il nome commerciale e nome scientifico, il prodotto
della pesca (se pescato in mare, in acqua dolce o prodotto di acquacoltura), la zona di cattura o paese di
allevamento e la categoria di freschezza.

Etichettatura delle uova


Sistema di etichettatura del latte e derivati
Secondo il Decreto Ministeriale 27 maggio 2004 il sistema di tracciabilità obbligatorio deve essere adottato
da: titolari degli allevamenti, primi acquirenti, titolari dei centri di raccolta, titolari dei centri di
standardizzazione, trasportatori e responsabili delle aziende di trattamento del latte per consentire
l'identificazione dell'origine del latte crudo impiegato in ogni lotto di prodotto ottenuto nelle medesime
circostanze.Per il latte fresco obbligatorio dichiarare “zona di mungitura” o “provenienza del latte”. Per i
formaggi non sono previste disposizioni di legge per quanto riguarda il sistema di etichettatura dei formaggi
se non quelle previste per prodotti DOP.

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29. La tracciabilità aromatica


Si basa sul concetto di aroma (flavour). L’aroma comprende due caratteristiche sensoriali, l’odore e il gusto;
è la caratteristica sensoriale legata alla presenza di sostanze volatili (a basso peso molecolare) e non volatili
(peso molecolare + elevato). I fattori determinanti l’aroma del latte sono : alimentazione(verde, secca e
insilati), pascoli (+ graminacee + solfuri -> “cavolo” ), lo stato fisiologico (ciclo estrale), l’ attività
enzimatica (endogena/microbica) e i trattamenti termici (UHT). I composti determinanti l’aroma dei
formaggi possono essere : NEUTRI (Alcoli: funghi Aldeidi: fieno Chetoni: erbaceo -> Camebert e Brie ->
Ragusano -> Gorgonzola),
ALCALINI (Terpeni: floreale alpino -> Formaggi alpini Solforati: pungente -> Caprino),
ACIDI (Ac.grassi liberi: “butirrico” -> Grana padano), e composti Fenolici (cowy barny note”-> British
cheddar). In particolare i TERPENI sono presenti in alcune specie erbacee (Asteraceae, Umbelliferae)
tipiche dei pascoli alpini; sono responsabili dell’aroma “floreale” e vengono utilizzati come possibili
“marcatori” per distinguere formaggi prodotti in montagna da quelli prodotti in pianura.

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30. La tracciabilità geografica


Si basa sul concetto di individuare la composizione batterica di colture di siero naturale per la produzione
dei prodotti caseari. Alcuni rapporti isotopici riescono a caratterizzare geograficamente i prodotti alimentari
(formaggi, miele, carne, olio di oliva...). Il rapporto
13C/12C nelle prt. del formaggio fornisce informazioni sul tipo di foraggio dato agli animali (Mais più
elevato rispetto a foraggi e erba), mentre il rapporto
18O/16O nel latte dipende dalla proporzione tra mangime secco e freso. Estate: animali alimentati con erba
verde, rapporto più elevato.

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31. La tracciabilità genetica


E' basata sull’identificazione degli animali e dei loro prodotti tramite analisi del DNA
Il DNA è: inalterabile, stabile ai trattamenti subiti nel corso delle trasformazioni e
presente in ciascuna cellula dell’organismo. L’analisi del DNA viene effettuata tramite l’uso di marcatori
molecolari. Utilizzando contemporaneamente più marcatori si ottengono profili allelici in grado di
identificare in modo univoco gli individui impronte digitali del DNA (fingerprinting). Se il profilo
dell’individuo è unico o è altamente probabile che lo sia, posso riconoscere l’individuo stesso a partire da
campioni di tessuto (sangue, pelo, carne, latte) dai quali ottengo il DNA da sottoporre all’analisi dei
marcatori (tracciabilità). Se si dispone dell’informazione genetica dell’individuo alla nascita è possibile
controllare sempre l’origine dell’animale e dei prodotti derivati lungo tutta la filiera. L’impronta genetica è
unica e costante.
I prodotti tipici e quelli “monorazza” riscuotono un interesse sempre maggiore nei consumatori che sono
particolarmente attenti all’origine, alla storia e alla tradizione da cui derivano i prodotti alimentary. La
tracciabilità di razza permette di attribuire un prodotto ad una determinata razza e si offre come strumento di
tutela e di valorizzazione di tali prodotti.
Gli studi sono condotti principalmente nei paesi mediterranei (Italia, Francia e Spagna) che hanno un
maggior numero di prodotti protetti da marchi DOP e IGP.
Concludendo la tracciabilità è uno strumento importante per assicurare la sicurezza alimentare e per
valorizzare le produzioni; la tracciabilità convenzionale (etichettatura) è regolata per legge per tutti i prodotti
alimentary, mentre la tracciabilità geografica e genetica possono fungere da strumenti di valorizzazione e/o
di verifica delle informazioni riportate in etichetta.

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32. Indici di fissazione


Gli indici di fissazione Fis, Fit e Fst, introdotti da Wright nei primi anni ’50, offrono un modo conveniente
di rappresentare la struttura di una popolazione e la sua suddivisione in sottopopolazioni. I tre indici possono
essere visti come la suddivisione in tre componenti della varianza allelica di un dato gene nell’intera
popolazione. Mentre Fis (usato per misurare l'eventuale eccesso di omozigoti all'interno delle popolazioni,
causato per esempio da inbreeding) e Fit rappresentano la correlazione tra due alleli prelevati da una
popolazione in relazione rispettivamente ad una sottopopolazione e all’intera popolazione, Fst rappresenta la
probabilità di estrarre casualmente da una sottopopolazione due alleli diversi rispetto alla stessa probabilità
sull’intera popolazione. Il parametro Fst, è un indice di distanza genetica fra le popolazioni (più le
popolazioni sono differenziate, maggiore sarà l'FST) e di flusso genico (maggior flusso genico implica un
più basso FST).

I tre indici sono collegati dall’espressione Fis = (Fit – Fst) / (1 –Fst)


Qualora la popolazione totale non abbia una reale suddivisione in sottopopolazioni chiaramente
Fst=0 => Fis=Fit
Per i coefficienti Fis e Fit, valori positivi indicano un difetto di eterozigosi e valori negati un eccesso. Fst è
sempre positivo.
Fst = (H t – H attesa media)/H t dove H t è l’eterozigosi attesa nell’ipotesi di accoppiamento casuale
nell’intera metapoplazione.
Fis = (H attesa – H osservata)/H attesa
Fit = (Ht – H osservata )/Ht

Popolazione Fis Inbreeding


1 0
2 0,341 Aumenta
3 -0,099 Diminuisce

Popolazione 2 Fis = (0,455 – 0,3)/0,455 = 0,341


p totale = (125 x 2) +250 +( 50 x 2) +30 +(100 x 2) +500 / (500 + 100 +1000) x 2 = 0,4156
q totale = 1 – p = 1 – 0,4156 = 0,584
H attesa popolazione totale = 2pq = 2 x 0,4156 x 0,584 = 0,4858
H osservata media popolazione = (0,5 x 500) + (0,3 x 100) + (0,5 x 1000)/1600 = 0,4875
H attesa media popolazione = (0,5 x 500) + (0,455 x 100) + (0,455 x 1000)/1600 = 0,4691

Fis totale= (0,4691 – 0,4875)/0,4691 = -0,0393 non c’è inbreeding


Fst totale= (0,4858 – 0,4691)/0,4858 = 0,0344 la popolazione totale è suddivisa in gruppi ma i valori sono
bassi
Fit totale = (0,4858 – 0,4875)/0,4858 = -0,0036 nella popolazione totale non c’è un eccesso di omozigoti

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Indice Minimo Massimo Note


Fis -1 1 Misura l’inbreeding
Fst 0 1 1 = popolazione divisa in gruppi
Fit -1 1 +1 = ci sono omoz nella popolazione

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33. Progetto Cova


Veneto agricoltura ha attivato per conto della Regione Veneto un progetto avicolo mirato alla salvaguardia
di razze autoctone venete. L’intervento denominato CO.VA. (Conservazione e Valorizzazione di razze
avicole Venete) prende in considerazione alcune delle razze che per aspetti storici, socio-culturali e
potenzialità produttive, sono state giudicate interessanti e meritevoli di tutela e valorizzazione. Tra le cause
dell’attuale limitata diffusione di queste razze, si possono citare la esasperante offerta di prodotti
standardizzati e il diffuso impiego di incroci in grado di raggiungere elevate performance produttive.
Tuttavia, lo sviluppo di micro filiere locali e di nicchi, quali strategie da contrapporre ai processi di
globalizzazione dei mercati, sono oggi degli interventi particolarmente interessanti anche nel settore avicolo,
con l’impiego di razze locali che per certi caratteri sono superiori agli ibridi commerciali. Anche in aree
marinali tali caratteri possono dare risultati economici di tutto rispetto a testimonianza di un patrimonio
genetico che non può essere assolutamente disperso. La realizzazione del progetto oltre al coinvolgimento
del Dipartimento di SZ di Padova e dell’istituto Zooprofilattico delle Venezie , coinvolge l’azienda
sperimentale Sasse Rami e alcuni Istituti professionali e agrari veneti. Questo progetto coinvolge 4 specie :
pollo, tacchino, anatra e faraona e per ogni specie sono state prese in considerazione alcune razze quali la
razza Pepoi, Padovana (caratterizzata da ernia craniale), Polverara, Robusta Lionata, Robusta Maculata ed
Ermellinata di Rovigo per il pollo; Camosciata per la faraona; Mignon e Germanata Veneta per l’anatra ed
Ermellinato di Rovigo, Castano Precoce e Comune Bronzato per il tacchino. La realizzazione di un piano di
conservazione di razze a limitata diffusione deve prevedere in primo luogo la definizione dell’obiettivo, la
registrazione ed analisi dei dati ed un uso responsabile dei riproduttori. Lo scopo principale di un piano di
conservazione di una razza a limitata diffusione è rappresentato in primo luogo dal mantenimento della
risorsa genetica più che alla ricerca di un immediato incremento di efficienza produttiva ed economica della
stessa. Quando la popolazione da conservare non risulta in produzione, il programma di conservazione può
risultare costoso, pertanto il principale fattore di costo è rappresentato dalla dimensione effettiva della
popolazione, ossia dell’effettivo numero di maschi e femmine geneticamente diversi tra loro. Generalmente
in una popolazione selezionata casualmente, per non superare la soglia dell’1% di Inbreeding per
generazione, si stima che il numero minimo consentito di soggetti non dovrebbe risultare inferiore a 50
individui, dei quali 50% maschi, numerosità che può essere modificata utilizzando diversi rapporti tra M e F.
Per le razze avicole venete si è scelta un’ipotesi creando nuclei di selezione con 20 M e 34 F. Gli animali
che vengono scelti per la riproduzione devono da un lato garantire la conservazione degli std morfologici di
razza e dall’altro evitare una diminuzione della variabilità genetica che incrementa i rischi di depressione a
consanguineità. In questo caso i maschi di tacchini e polli sono divisi dalle femmine, mentre per le anatre(il
M Mignon presenta un ciuffo di penne nel posteriore) e faraone non vengono separati.

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Indice
1. Definizione di biodiversità animale 1
2. Dimensione della biodiversità animale 2
3. Classi di conservazione della biodiversità 4
4. Cambiamenti nei sistemi d’allevamento e conservazione in Europa 5
5. Variabilità genetica nelle produzioni zootecniche 6
6. Esempio di calcolo della varianza entro e fra razza 7
7. Esempio DOP: il Formaggio Beaufort 9
8. Diversità genetica: possibili cause 10
9. Differenze tra parentela - relationship - e consanguineità - inbreeding 12
10. Come controllare la biodiversità genetica 13
11. Criteri per la scelta di razze da conservare 15
12. Come scegliere i fondatori di una razza da conservare 17
13. Requisiti minimi per un piano di conservazione delle specie 19
14. Tipi e strategie di conservazione delle specie 20
15. Operatività di uno schema di conservazione 22
16. Misure di unicità e diversità genetica 23
17. I marcatori molecolari 25
18. I marcatori genetici 27
19. Marcatori: SNPs 29
20. Marcatori: microsatelliti 30
21. Marcatori: PCR 31
22. Altri marcatori 32
23. Mappe genetiche 33
24. Analisi di paternità 34
25. Metodi basati sulle distanze genetiche 35
26. Tracciabilità: definizione 36
27. Legislazione in materia di tracciabilità 37
28. Sistema di etichettatura degli alimenti 38
29. La tracciabilità aromatica 39
30. La tracciabilità geografica 40
31. La tracciabilità genetica 41
32. Indici di fissazione 42
33. Progetto Cova 44