26/10/2021 Urbanelli ALTRE VARIAZIONI NELLE POPOLAZIONI NATURALI

Oltre all’inbreeding, un altro fenomeno che può portare a una variazione dall’equilibrio di H-W è il linkage. Sullo
stesso cromosoma ci sono loci + vicini rispetto ad altri, loci estremamente vicini hanno una probabilità bassa di
crossing-over (di ricombinarsi).
Si parla di linkage disequilibrium quando c’è l’associazione di alleli che hanno 2 o + locus, che si ritrova con la
frequenza prevista sulla base delle frequenze individuali dei singoli alleli (non c’è squilibrio, stesse frequenze
previste da H-W).

Linkage disequilibrium: può capitare che, quando ci sono 2 loci strettamente linked (molto vicini sullo stesso
cromosoma), si osservi una frequenza allelica maggiore rispetto a quella attesa sulla base dell’equilibrio di H-W.
Vedremo dei cambiamenti nelle frequenze alleliche correlati con le frequenze nei loci associati.

Qui abbiamo i nostri 2 loci (A e B), noi dovremmo avere una frequenza di A1B2 molto
simile a A2B2, a A1B2, A2B1 etc..
Se i 2 loci si trovano su cromosomi diversi avremo una distribuzione eguale (CASO
A).
Se i 2 loci si trovano sullo stesso cromosoma, ma non c’è associazione avremo una
distribuzione simile di tutti gli accoppiamenti (CASO B).
Nel CASO C A1B1 e A2B2 hanno una frequenza molto + alta rispetto a A2B1 e
A1B2, questo ci porta a pensare che ci sia un linkage disequilibrium (i 2 loci si trovano
sullo stesso cromosoma e sono strettamente linked).

Un’altra possibilità è che i 2 loci si trovino su cromosomi diversi, non sono in

associazione diretta ma sono lo stesso in linkage disequilibrium.

Qui abbiamo 2 genotipi tutti omozigoti per la combinazione A1A1B1B1

oppure A2A2B2B2. Questi 2 loci sono in linkage equilibrium o linkage
disequilibrium?
Per rispondere, basta incrociare queste 2 linee. Nella F1 troveremo la
presenza dei 2 genotipi omozigoti accoppiati ai 2 loci e un’alta frequenza
del genotipo eterozigote. Nella F2 sono presenti tutte le varie combinazioni
genotipiche. Allora sono strettamente associati i 2 loci? No, non sappiamo
se sono sullo stesso o su un cromosoma diverso, ma qualora fossero sullo
stesso cromosoma sono lontani.

Caso di linkage disequilibrium

Abbiamo 2 loci (locus G e A), il locus A influenza l’altezza
delle antere, mentre il G l’altezza dello stilo. Hanno 2 alleli
(Aa e Gg). In natura le frequenze genotipiche di gA e ga
sono bassissime, quindi si pensa che ci sia un linkage
disequilibrium.
Questo avviene perché i 2 loci sono associati? No, avviene
perché in natura il genotipo Pin (stilo + alto delle antere) e
il genotipo Thrum (antere + alte dello stilo) sono
avvantagiati in quanto l’impollinazione è favorita. È
sfavorita l’impollinazione in individui in cui l’altezza dello
stilo e delle antere è la stessa.

Quindi non dipende da un’associazione, il linkage

disequilibrium può essere anche connesso a un vantaggio
presente in natura (vantaggio riproduttivo).
La variabilità in N-individui di una popolazione è fondamentale per reagire agli stimoli ambientali
abiotici/biotici (saper reagire vuol dire sopravvivenza).
Ogni individuo di una specie, che si riproduce sessualmente, è geneticamente unico (Lewontin 1974).

Quali fattori possono essere responsabili per un livello di variazione così alto? Una causa sono le
mutazioni, può verificarsi l’origine di diversità in diversi step (trascrizione, post-trascrizione, traduzione). La
variazione può essere dovuta a caratteristiche intrinsiche di diverse popolazioni appartenenti a specie
diverse (inbreeding) o a caratteristiche strutturali dei loci (linkage).

Variazione a livello di DNA

Sequenza del locus dell’alcol

deidrogenasi. Presenta 2 alleli, le
frecce indicano le delezioni e le
inserzioni mentre le stanghette
indicano le mutazioni sinonime e non
sinonime.
Un’unica mutazione non sinonima in
natura si verifica con una
distribuzione diverse dei 2 alleli.

Evidentemente l’allele F (fast) ha un vantaggio,

alle alte latitudini abbiamo una maggior
frequenza dell’allele F mentre a basse latitudini
è maggiore la frequenza dell’altro.
L’ipotesi era che l’enzima codificato dal locus
genico che presenta l’allele F ha un’attività
cinetica + elevata alle basse T mentre l’altro
presenta un’attività + bassa alle alte T.

La variazione genetica in una popolazione sarà mantenuta nel tempo se non agiranno forze
che possano perturbarla
Le forze che possono perturbarla sono le cosiddette fonti di variabilità (sono 5):

- Mutazione;
- Ricombinazione;

Non hanno una frequenza così elevata da poter giustificare tutta la variazione che osserviamo. Bisogna quindi prendere
atto dell’esistenza di altre forze micro-evolutive:

- Migrazione di geni (flusso genico);

- Deriva genetica;
- Selezione naturale;

Sono processi non orientati verso l’adattamento. Cambiano le frequenze geniche indipendentemente dal
conferire una maggiore o minore capacità di adattamento degli individui ai loro habitat.
NB: le prime 4 forze sono del tutto casuali, l’unica forza evolutiva che ha una direzione è la selezione naturale. La
direzione si concretizza con il fatto che in un certo ambiente, in un certo tempo si ha la riproduzione differenziale dei
genotipi presenti.
1. La DERIVA GENETICA; gran parte delle differenze nelle sequenze del DNA tra una specie e l’altra sono
spiegate dall’effetto della deriva genetica. Quando parliamo di deriva, parliamo di un processo dettato dal
CASO (casuale). L’effetto della deriva sulle popolazioni naturali fa fluttuare le frequenze alleliche con
un’eventuale sostituzione di un allele.

L’azione della deriva genetica è costante. Immaginiamo cosa succede quando avviene l’accoppiamento tra 2
individui diploidi (animali, vegetali o alcune specie fungine). Quando avviene l’accoppiamento si mettono in
gioco tutta una serie di gameti maschili/femminili, ma solo un gamete maschile riesce a fecondare un
gamete femminile mentre tutti gli altri si eliminano in quel momento. C’è quindi un evento di deriva
enorme.

Es. partiamo da 10 individui parentali con 10 genotipi. A questi

genotipi corrispondono delle frequenze alleliche. Tra tutti i genotipi
ne vengono selezionate un piccolo numero, la progenie darà origine a
questi genotipi (Offspring).
C’è una deriva (un’eliminazione di molti gameti) che può portare a un
cambiamento delle frequenze alleliche.

Si parte da una popolazione iniziale (N infinito = una delle assunzioni

dell’equilibrio di H-W). La popolazione sarà costituita da 2N gameti
ma di questi ce ne sono N che si riproducono.

Nell’esempio abbiamo 3 campioni che partono con le stesse frequenze

alleliche p = 0.70 e q = 0.30. I gameti messi in gioco sono 5.6 * 10^8
(questi gameti corrispondono al 2N), Di questi, solo 20 sono i gameti
che entrano in gioco, e 10 gli individui che si riproducono (N). A
questi 20 corrispondono 10 individui che metteranno in campo sempre
5.6*10ì8 gameti ma sempre 20 saranno i gameti che prendo e 10 gli
individui che si riproducono.

I 3 campioni alla fine presenteranno delle frequenze diverse. Nel primo P0 diminuisce, nel secondo
diminuisce ma non troppo mentre nel terzo aumenta enormemente. Quindi con la deriva genetica si hanno
delle fluttuazioni enormi del tutto casuali, perché la deriva in principio si basa sui gameti che vengono messi
in gioco in quell’evento riproduttivo e che daranno origine alla progenie.

NB: Se partiamo da N molto grandi (equilibrio di H-W) e quindi ho un N infinito di gameti, anche se fluttuano la
probabilità che la frequenza di un allele con frequenza altissima rimanga alta nella generazione successiva è alta.
Nell’esempio prendevamo in considerazione 20 gameti, quindi l’effetto della deriva dipende dalle dimensioni della
popolazione.

Un altro modo attraverso cui vedere la deriva è pensare a un errore di campionamento. Se ad esempio
dovessimo campionare in un sito con 500 individui e ne prendiamo 3 dicendo che la stragrande
maggioranza degli individui è di colore giallo. Quando si osserva l’effetto di deriva è stato commesso un
errore di campionamento, non sono stati campionati il numero giusto di individui per valutare la variazione.

A = 0.40
a = 0.60

Se la deriva ha effetto la frequenza di A nella generazione successiva potrà essere 0>0.40<.

Simulazione al computer che dimostra come cambiano le frequenze alleliche in seguito a deriva genica

Ci sono 4 popolazioni (2 hanno N = 25 e 2 hanno N = 250).

Questi campioni partono dall’avere la stessa frequenza
dell’allele A e a. Nel giro di 20-30 generazioni una
popolazione raggiunge la fissazione per un allele. L’altra
popolazione in 30 generazioni perde l’allele. Essendo gli
effetti della deriva casuale si può andare in 2 direzioni: fino
a portare la frequenza di un allele a 0 (perdita) o a 1
(fissazione).
Questo si osserva nelle popolazioni di 25 individui. Nelle
popolazioni di 250 individui (un numero maggiore)
sicuramente cambiano le frequenze degli alleli, ma alla
100esima generazione non si osserva ancora fissazione. Questo metta l’accento sull’importanza dell’N della
popolazione per valutare gli effetti della deriva.

Mentre quelle erano simulazioni, Buri fece lo stesso

effettuando un vero e proprio esperimento.
Ha preso 107 popolazioni di Dhrosopila, ognuna con 8
femmine e 8 maschi (N = 16) , eterozigoti per l’allele selvatico
e una mutazione (BW65) che conferisce gli occhi marroni.
Lui fa accoppiare ogni popolazione e già nella F1 vede che le
progenie presentano frequenze completamente diverse. Alla
decima generazione vediamo delle popolazioni fissate per uno
per l’altro allele. Alla 19 generazione l’effetto della deriva è
ancor + evidente.
Quando l’N è basso non c’è nessuna forza micro-evolutiva
+ potente della deriva genetica.

Essendo un processo casuale potrebbe portare all’aumento della frequenza di un qualsiasi allele (neutrale, vantaggioso o
deleterio). Inoltre, portando a un aumento della frequenza di un allele rispetto a un altro, porta a un progressivo aumento
degli individui omozigoti rispetto agli individui eterozigoti.
È diverso dall’inbreeding dove gli eterozigoti spariscono ma vengono favoriti entrambi gli omozigoti AA e aa.

EFFETTI DELLA DERIVA GENETICA

IMPATTO SULLE FREQUENZE

- Determina cambiamenti nelle frequenze alleliche di una popolazione nel tempo;

- Riduce la variabilità genetica in una popolazione;
- Determina sempre il raggiungimento della omogeneità, fissazione casuale di uno degli alleli;
- Non determina propensione verso l’aumento di uno specifico tipo genetico rispetto a un altro (allele
vantaggioso, neutro o deleterio);
- + è grande il numero degli individui, maggiore sarà il numero di generazione necessario per ottenere
l’omogeneità.

IMPATTO SULLE POPOLAZIONI

- Causa divergenza genetica tra le popolazioni;

- L’influenza dipende dall’N della popolazione, in popolazioni di piccole dimensioni ha un impatto enorme.
EVOLUZIONE PER DERIVA GENETICA (come avviene il cambiamento evolutivo per effetto della deriva
genetica)

1. Le frequenze degli alleli fluttuano casualmente all’interno di una popolazione ed alla fine un allele viene
fissato;
2. La variazione genetica ad un locus viene di conseguenza perduta. La frequenza degli eterozigoti, H, diminuisce
nella misura in cui une delle 2 frequenze si avvicina a 1 e l’altra a 0. H = 2p(1-p)
3. In ogni momento, la probabilità di fissazione per un allele è equivalente alla sua presenza in quel momento.
Questa probabilità non è né determinata né influenzata da una storia precedente.
4. Le frequenze alleliche di popolazioni con la stessa frequenza allelica iniziale (p) tendono a divergere.

Es. le 2 popolazioni della specie sono separate da una strada. Le

condizioni ambientali in cui si trovano sono le stesse ma le 2
popolazioni possono presentare nel locus differenze di
frequenze (nella seconda uno dei 2 alleli, il blu, ha una
frequenza minima).
Questa differenza è dettata dalla deriva genetica.

5. Se un allele è appena comparso per mutazione, ed è rappresentato in una sola delle 2 copie 2N del gene nella
popolazione, la sua frequenza è in una frazione della popolazione 1/2N.
Pt = 1/2N (è la probabilità che ha l’allele di raggiungere 1 in frequenza, essere fissato).
6. L’evoluzione per deriva procede + velocemente in piccole popolazioni;
7. Se tra demi identici di una popolazione, la frequenza allelica media p non cambia, ma poiché cambia la
frequenza di ciascun deme (da 0 a 1) diminuisce la frequenza degli eterozigoti nella metapopolazione.

Cosa vuol dire la popolazione INFINITAMENTE GRANDE? Le popolazioni non sono infinite, ma di solito sono
sufficientemente grandi da vanificare gli effetti casuali della deriva genetico.
Al contrario il numero ridotto di progenie è una delle cause principali della deriva genetica, si verifica un errore di
campionamento.

Per evitare di commettere questo errore è importante valutare di ogni popolazione la sua grandezza effettiva.
Innanzitutto nelle popolazioni a riproduzione sessuata è importante considerare il rapporto femmine/maschi (entrambi
contribuiscono al 50% del pool genetico della generazione successiva) Se il rapporto non è di 1 è come se la
popolazione fosse molto + piccola e quindi esposta alle fluttuazioni casuali.
Non sempre questo rapporto si osserva quindi bisogna considerare alcune assunzioni:

- Rapporto sessi = 1
- Selezione sessuale e naturale assenti;
- Le sottopopolazioni rimangono della stessa dimensione di generazione in generazione.

Se il rapporto dei sessi non è corretto per valutare la dimensione della popolazione devo applicare la formula di
riduzione taglia della popolazione

Il numero di individui maschi + il numero di individui femmine deve essere pari all’N
totale.

Ne = numero maschi x numero di femmine x 4 / numero di maschi + numero di femmine

Se viene violata la seconda assunzione (nella specie si accoppiano solo individui dominanti es. lupi, cervi): in
questo caso, Ne è legata alla varianza della prole determinata da alcuni maschi.

VIOLAZIONE ASSUNZIONE 3

Caso di popolazioni che attraversano dei periodi di diminuzione molto forte seguiti da aumenti (es. terremoto). In
questo caso si applica la media armonica.

 Nel momento in cui calcoliamo le dimensioni effettive di una popolazione, dobbiamo tener conto delle
violazioni.