Giovedi prima di s.

lucia (fuori dal programma almeno a detta del profe dunque n on fidarsi): DOCKING DELLE PROTEINE: Quali sono le forze che guidano le interazioni proteina-proteina? le proteine si attraggono per la presenza di forze elettrostatiche (in gran part e), una volta che l'interazione e' indirizzata si ha la formazione di una strutt ura quaternaria attraverso interazioni idrofobiche (che sono piu' specifiche). P er avere una prima idea del campo elettrostatico possiamo calcolare il suo poten ziale sulla superficie. C'e' un server che aiuta in questo calcolo: CHARMM-GUI e ci permette diverse operazioni.Possiamo calcolare il potenziale elettrostatico del nostro modello per esempio e ci servira' per poter fare il docking. Carichiamo il lavoro fatto con hhpred cioe' il file che ha un nome di soli-numer i.pdb(il sito non funziona) Possiamo fare la stessa cosa con swisspdbwiever (CHE POI E' QUEL CHE ABBIAMO FAT TO OGGI): apriamo il solito file numeri.pdb ci permette di utilizzare sia coulomb che pois son-boltzmann. Per prima dobbiamo fare un Compute Molecular Surface alla voce To ols... poi calcoliamo il potenziale con Compute Molecolar Potential Ci lascia scegliere diverse opzioni. la costante dielettrica del solvente, che a mminoacidi usare (tutti quelli carichi oppure una carica parziale) se tenere la mappa, se vogliamo mappare il potenziale sulla superficie, il metodo di calcolo, la costante dielettrica per la proteina. Se vogliamo capire il suo potenziale SULLA proteina, togliamo tutto quello che n on e' stato mappato sulla proteina: FILE---> Discard---> Electrostatic Potential Per avere una vista migliore andiamo su prefs----> surfaces ---> fill triangles Il risultato sara' una schifezza graficamente parlando. E' molto difficile fare un docking cosi e per questo si sono degli algoritmi. Il problema e' che c'e' ancora molto da lavorare ma si hanno gia' dei buoni risult ati. Un algoritmo e' quello di Katchalski-Katzir Ricerca di complementarieta' di superficie e' quel che faremo (vedfi slides sul docking) L'algoritmo discretizza le due molecole: devo stabilire la proteina che si muove e quella che resta fissa perche' il programma lavora su tutte le conformazioni possibili muovendone una sola sull'altra per trovare una complementarieta' di su perficie. Questa riguarda sola la forma indipendentemente dal resto. Una volta s tabilito chi si muove e chi no, vengono inserite in una matrice (discretizzate) e sulla proteina fissa viene definito il core (che non verra' mai toccato), la s uperficie e la regione di interazione. Poi funziona a punteggio in base alle zon e che sono migliori. Dopo aver valutato tutte le conformazioni prendo i punteggi migliori in base alla metodologia scelta (filtro biologico, minimizzazione dell 'energia ecc). Quandoi la proteina mobile non trova la superficie ho punti 0 alt rimenti 1 se trovo superficie, se la proteina entra dove non deve (es: core) ho un -15. Un altro punteggio e' dato in base agli amminoacidi che interagiscono sulle supe rfici e uno per il filtro biologico che utilizzo(per es un amminoacido della pro teina mobile che ha un'interazione importante con l'altra (che pero' non so com' e fatta) ci applico un filtro per prendere solo le configurazioni che mettono in contatto questo amminoacido con l'altra supeficie). Posso modellare delle conformazioni dei loop dei canali ionici in presenza di to ssina compattata per evitare che la tossina entri nel canale per esempio. Ci sono nuove alternative per il docking: bisogna stare attenti perche' nelle proteine che interagiscono ci sono dei cambi amenti conformazionali anche importanti. (Esperimento CAPRI che valuta i program

mi predittori di interazioni) Rosetta Dock e' un programma per esempio. Nelle configurazioni migliori bisogna stare attenti alle catene laterali guardan do le possibili configurazioni di un determinato amminoacido (rotameri) per inse rire flessibilita' nelle catene laterali. Di solito si parla di backbone ma sono importanti anche le catene laterali. Per inserire flessibilita' nelle catene la terali posso usare la dinamica molecolare. La cosa principale e' far si che il b ackbone si muova. Utilizzando l'energetica in un certo periodo di tempo riesco a vedere i cambiamenti nella proteina (detta appunto dinamica molecolare). Una vo lta visto come evolve prendo i vari stati e su queste conformazioni posso fare i l docking. Ci sono diversi docking che posso fare: - ligando-proteina (puo' servire se conosco proteina e ligando ma non conosco le loro possibili interazioni) - proteina-proteina - .... (Quali sono i termini energetici da ottimizzare? Distanze di legame, energia di Van Der Waals per es) (Gli amminoacidi carichi sono quelli che meglio ci aiutano a capire le possibili interazioni.) Ci sono anche ottimi programmi da installare pero' come APBS (ho anche un'interf accia per preparare il files cioe' funziona interattivamente) o Delphi usano tut ti il server di charmm utilizzando anche un algoritmo detto di Poisson-Boltzmann non Coulomb perche' utilizza una costante dielettrica nel vuoto ed e' difficile capire dove inizia e dove finisce (c'e' la costante in acqua, nel vuoto ecc) ed e' un sistema molto approssimativo. Con Poisson-Boltzamm a livello elettrostati co sono piu' accurati