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Cognome: ________________________
Nome: ________________________
Natiicola: ________________________
Coiso ui Lauiea: ________________________

Risponueie in mouo sintetico eu esaustivo alle seguenti uomanue:


1) Cos'e 0nipiot. 0ltie au una uesciizione geneiale si
uesciivano i suoi livelli e si elenchino almeno S sezioni che si
possono tiovaie nelle pagine uelle singole pioteine (entiy).
Si uesciivano inoltie bievemente i uatabase PBB e ExPASy.
Cosa hanno in comune queste tie iisoise. (6 punti)

2) Besciiveie gli algoiitmi ottimali pei l'allineamento locale
e globale (senza necessaiiamente entiaie nei uettagli uella
lettuia e uella cieazione uella matiice), eviuenzianuone
similituuini e uiffeienze. Che significa che sono ottimi. Se lo
sono alloia peiche nella piatica si piefeiiscono altii
appiocci. (6 punti)

2) Cos'e PSI-BLAST. Quali limiti ui BLAST supeia e come. (6
punti)

4) Nell'ambito uello stuuio filogenetico, si uiscutano le fasi
che vanno uall'inuiviuuazione uelle sequenze stuuiate e che
pieceuono l'applicazione ui un algoiitmo pei la costiuzione
uell'albeio veia e piopiia. (6 punti)

S) Quali sono i uiveisi tipo ui aiiay su cui si ibiiuano peptiui
e pioteine. (S punti)





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Cognome: ________________________
Nome: ________________________
Natiicola: ________________________
Coiso ui Lauiea: ________________________


1) 0tilizzanuo Pubmeu, iecupeiaie i lavoii che tiattano
sicuiamente uel vaccino uell'epatite A (e quinui non si
limitano a citailo.), pubblicati ualla iivista Peuiatiics ual
2uu7 compieso au oggi. Quante ieview ci sono tia i iisultati.
Chi ne sono gli autoii. Inuicaie i uettagli uel pioceuimento
seguito e LE STRINuBE ui iiceica usate.

2) La myosina e una pioteina tipica uel movimento.
Paitenuo ualla "myosin 8" umana, tiovaine una
coiiisponuente nella pianta Aiabiuopsis Thaliana, ui cui sia
nota la stiuttuia. Commentaie la paite uel iisultato ui
BLAST ielativo ai uomini.
Qual'e il couice PBB uelle pioteine che hanno almeno il Su%
ui iuentit ui sequenza. In che anno e stata pubblicata la
stiuttuia. Con che tecnica speiimentale e stata ottenuta.
Besciiveie nel uettaglio i passi seguiti.

S) Scaiicaie in foimato FASTA tutte le sequenze uella
famiglia ui omologia ui Bomologene con couice 9992. Bal
sito http:mobyle.pasteui.ficgi-binpoital.py utilizzaie le
sequenze come input uel piogiamma Nuscle. 0tilizzaie
l'allineamento multiplo ottenuto con lo stiumento piotuist e
poi costiuiie uue albeii filogenetici: uno con il metouo
neighbouis e uno con 0PuNA. Bisegnaie sul foglio i uue
albeii e inuicaie quali coppie ui pioteine sono pi vicine in
ciascuno.