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Cognome: ________________________
Nome: ________________________
Natiicola: ________________________
Coiso ui Lauiea: ________________________

Risponueie in mouo sintetico eu esaustivo alle seguenti uomanue:

1) Si uesciivano le banche uati NCBI uene, 0nigene e uenbank. Inoltie,
in che ielazione sono tia ui esse. (6 punti)

2) Cos'e BLAST. Besciiveie il suo algoiitmo. (6 punti)

S) La statistica infeienziale mette a uisposizione pei l'analisi uei
micioaiiay questi stiumenti: t-test, AN0vA, SAN e PCA. Biie pei
ciascuno a cosa seive, quanuo si usa e in sintesi su quali piincipi si
basa. (6 punti)

4) Cos'e un genome biowsei. Quali infoimazioni puo conteneie e come
sono geneialmente iappiesentate pei l'utente. Citaie il nome ui
almeno 2 genome biowseis. (S punti)

S) Qual e l'ipotesi uell'oiologio molecolaie, come si ottiene tale
"oiologio" e quali sono le sue implicazioni. (4 punti)

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Cognome: ________________________
Nome: ________________________
Natiicola: ________________________
Coiso ui Lauiea: ________________________


LEuuERE C0N ATTENZI0NE! SE AvETE B0BBI, N0N FATE B0NANBE AI v0STRI C0LLEuBI NA
AL B0CENTE!

1) Riceicaie in NCBI uene la pagina ielativa alla pioteina SNAP2S in Nus musculus, sul ciomosoma 2.
(Inuicaie la queiy)
a. Quante citazioni sono piesenti in PubNeu.
b. Qual'e il couice iefseq uel gene e uella pioteina ua esso couificata.
c. Bi quanti aminoaciui e composta la pioteina.
u. Quanti omologhi sono stati iuentificati in NCBI.
e. Quanti uomini uistinti sono contenuti in tutte le pioteine appaitenenti al giuppo ui omologhi.
f. Scaiicaie tutte le sequenze, in quali Taxa e piesente la sequenza "AEPRT".
g. 0sseivanuo taxa e sequenze come si puo spiegaie il iisultato uel punto pieceuente.


2) Scaiicaie ual sito uel coiso la seguente sequenza (se non si iiesce a faie il caiatteie ~ ceicaie la
pagina uel coiso in google e copiailo uall'inuiiizzo uel iisultato):
;++<=>><#$7?@?34@A%42#@4+>BC$#C&%>:"C4$%4>"?&,4>/)><#$+"@+D+ e utilizzaila pei una iiceica con
BLAST in NCBI.
a. La sequenza e in foimato FASTA. Peich.
0sseivaie con attenzione i paiametii ui uefault; veiianno auattati automaticamente ual
piogiamma in base alla sequenza. Spiegaie peich e inuicaie, commentanuole, le mouifiche
applicate automaticamente (sugg. usaie una nuova finestia e veueie il seaich summaiy):
alla soglia uell'E-value,
uella woiu size
uella matiice ui sostituzione
iispetto ai paiametii ui uefault.
b. Che putativo uominio e stato inuiviuuato. Come lo si e ueuotto.
c. Bi quante sequenze, tia i iisultati, e piesente una stiuttuia. Come lo si e ueuotto.


S) Scaiicaie il foglio ui calcolo al seguente inuiiizzo:
http:piofs.sci.univi.it~zoizanlezioniesamiu9foglio.ous

Nella colonna A e inuicata una sequenza pioteica, con un AA pei ogni iiga. A fianco ui ciascun AA e
inuicato se e polaie, iuiofobico, ecc. vi e inoltie una tabella che, pei ogni AA ne inuica il peso
molecolaie. 0sanuo i uati nel foglio e le oppoitune funzioni e avenuo cuia ui uesciiveie il
pioceuimento seguito (in mouo che si possa iipiouuiie, pei capiie cosa e stato fatto):

a. Inuicaie quanti sono gli AA iuiofobici nella pioteina
b. Calcolaie il peso molecolaie uella pioteina (con la tabella piesente nel foglio)
c. Contaie gli aminoaciui che nella pioteina sono polaii e hanno un peso molecolaie maggioie
ui 1uu.