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1#$2& +3#4,,& 54 64$4%7$#-&,43& 8

Cognome: ________________________
Nome: ________________________
Natiicola: ________________________
Coiso ui Lauiea: ________________________

Risponueie in mouo sintetico eu esaustivo alle seguenti uomanue:


1) Besciiveie 0nipiot, Pfam, CATB e PBB, con paiticolaie attenzione
alla pi impoitante tia ui esse (qual e.) . (6 punti)

2) Bopo avei spiegato come si ciea una matiice ui punteggio, uesciiveie
le matiici BL0S0N. (6 punti)

S) Quali sono le fasi nella costiuzione ui un albeio filogenetico.
Besciiveie i piincipi uei metoui basati sulla sequenza e sul mouello.
(6 punti)

4) In BLAST a cosa seivono i paiametii W, T eu A. (S punti)


S) Cos'e EBI SRS. Besciiveine la logica geneiale, le sue sezioni e come
queste sono utili pei l'utente. (S punti)

6) Cos'e Reactome. Besciiveilo, uiie a cosa a seive e immaginaie un
esempio ui utilizzo (S punti)

!"#$%&' 9 +",,"-.#" )/00 : 1#$2& 54 ;&.$#&,$#4$ 54 64$4%7$#-&,43& 8

Cognome: ________________________
Nome: ________________________
Natiicola: ________________________
Coiso ui Lauiea: ________________________


<=>>=?= @AB CDD=BE8AB=F += C!=D= GH668' BAB ICD= GAJCBG= C8 !A+D?8 @A<<=>K8 JC C< GA@=BD=F

1) Si e inteiessati au infoimazioni ielative alla pioteina con queste caiatteiistiche:
a. Peso molecolaie Su4u
b. In Bomo Sapiens
c. Con couice iefseq
Qual e la queiy usata e il couice iefseq uella pioteina ottenuto.
Bov'e localizzata nell'oiganismo questa pioteina e che funzione ha. (sciiveie meno ui tie iighe).
0saie BLAST con il uatabase oppoituno pei inuiviuuaie eventuali stiuttuie coiielate a questa
pioteina (spiegaie il pioceuimento seguito).
a) Inuicaie l'E-value massimo e minimo ottenuti, cosa si puo uiie su ui essi. Sono affiuabili. Cosa
significano.
b) Quante stiuttuie sono state tiovate in Bomo Sapiens con la iiceica effettuata.

2) Nel sito homologene scaiicaie le sequenze fasta che ci sono nell'entiy ielativa alla
pioteina NP_uuu94u.1 eu allineaile con uno uei seguenti piogiammi (54#" LM&;" N4 O
N3";,$F):
o http:www.peub.oigsciiptsclustalw.php
o http:www.ebi.ac.ukToolsmsaclustalw2
o http:mis.cmbi.iu.nlmis-webclustal.uo
a) Quante sequenze si stanno allineanuo.
b) Cosa peimette ui uiie che le sequenze sono in foimato FASTA.
c) Bove nell'allineamento e conseivata la sequenza TLL (appiossimativamente).
u) Commentaie bievemente le inseizioni ui un singolo aminoaciuo che sono avvenute
nel giuppo ui sequenze, in paiticolaie: quante sono. Appiossimativamente in che
posizione.

S) Nel sito AiiayExpiess iiceicaie l'espeiimento con IB E-uE0B-S166.
a) E' un aiiay commeiciale.
b) In che anno e stato svolto lo stuuio.
c) Su quel oigano e stata conuotto.
u) Su quanti aiiay.
e) Scaiicaie i uati elaboiati uegli aiiay e apiiili con CALC (attenzione, il file e ui testo,
con campi sepaiati ua tabulazione!). G"N3#42"#" 4; P#$3"NN$ N"QM4,$ 74%$ & LM"N,$
PM%,$ " P$4 LM";;$ M,4;4RR&,$ P"# #4NP$%5"#" &;;" N"QM"%,4 5$-&%5" (inuicaie
eventuali foimule immesse!):
i. Quanti piobe hanno un valoie maggioie a 1u in tutte le conuizioni.
ii. Calcolaie pei ogni iiga la uiffeienza tia il seconuo uato e il piimo, poi sommaie
tutte le uiffeienze. Qual e la somma.
444S Senza usaie l'analisi matematica, ma usanuo CALC, sapieste uiie qual e la
somma uei piimi 2uu numeii natuiali. Come avete fatto il conto.