APPUNTI BIOLOGIA

Il possesso di un genoma è necessario ma non sufficiente affinché si parli di

organismo. Esso necessita delle strutture necessarie affinché l’informazione
possa essere trascritta sottoforma di proteoma.

A noi interessano le patologie degenerative, quelle neoplastiche

Per qualunque rna (prima seconda e terza classe) valgono gli stessi principi
regolatori della trascrizione.

Il dna è a doppio filamento e i filamenti sono antiparallelo. Sulla base di segnali

molecolari provenienti dalla cellula viene scelto uno dei due per avviare la
trascrizione. A questo punto avviene la denaturazione e l’inizio della
trascrizione.

Avvenuta la sintesi, l’rna verrà rielaborato (splicing etc)

Gli enzimi utilizzati sono rna polimerasi dna dipendenti della prima seconda e
terza classe dipendentemente dalla classe a cui il gene trascritto apparterrà.

I classe: trascritti nel nucleolo (non è un organulo) e rielaborati

II classe: nucleoplasma. sintesi dell rna messaggero

III classe: nucleoplasma, rna di trasporto

Il trascritto primario maturerà nel nucleoplasma e poi migrerà verso il

citoplasma. La maturazione prevede il capping guanosina 5’ - 5’ col primo
nucleotide dell’rna, che elimina l’estremità 5’ del rna perché è l’estremità più
esposta all’attività delle esonucleasi;

Al cap 5’ segue una regione non tradotta (UTR) di una trentina di nucleotidi e il
codone di inizio aug (più raramente gug sempre metionina) che codifica per la
metionina che normalmente è in posizione 1 ammino-terminale, ma ci sono
svariati casi in cui viene rimossa/sostituita. La sequenza di triplette che segue
sarà la regione codificande (circa 150 nucleotidi) e precede il segnale di
termine (uag uga uaa) (importantissimo perché un’alterazione del segnale
stravolgerebbe il normale decorso del processo) a cui fa seguito una UTR 3’ e al
termine vi sarà la coda poliadenilazione preceduto dal segnale di
poliadenilazione (aauaaa). La coda possiede circa 200 adenine che proteggono
dall’attività di esoribonucleasi a polarità 3’5’. La degradazione di parte di
questa coda potrebbe comportare compromissioni della sequenza codificante
e quindi l’inattivazione del gene.

Alcune molecole di rna messaggero non possiedono la coda poliA come le

proteine istoniche perché sono avide di interazione con gli acidi nucleici e ciò è
dannoso perché è vero che esse sono indispensabili per il nucleosoma, ma una
cosa è l’interazione dell’rna con le ssbp e un’altra è con gli istoni che
creerebbero legami forti con esso e non permetterebbero l’avvenire della
sintesi proteica perché la proteina non si staccherebbe dall’rna

Il complesso di preinizio chiamato PIC anglosassone (pre initiation complex)

viene formato a partire da una molecola alla volta, i fattori di trascrizione. Sono
complessi eteromultimerici localizzati sul promotore (molto spesso TATA nei
geni della II classe, in particolare i luxury genes, cioè quelli che non vengono
espressi in ogni momento del ciclo cellulare di ogni cellula, come i geni
dell’insulina: essenziali, ma non dev’essere espresso in tutti i tipi cellulari e in
ogni momento). Il pic deve agganciarsi al promotore, interagire con quella cosa
nera che inizia o arresta (vedi slide rna trascrizione. Edit: attivatore o
enhancer), in particolare il tbp (tata box binding proteins, ma è un rigurgito del
passato, quando si credeva che la tatabox fosse indispensabile per tutto. Ad
esempio, gli housekeeping non la hanno)

La trascrizione ha inizio quando il complesso di inizio forma il complesso

eteromultimerico e si associa alla rna polimerasi, che viene indirizzata verso il
segmento di gene che deve essere trascritto.

Un tempo si pensava che le proteine giungessero al promotore una alla volta

per poi costituire il complesso che una volta assemblato determinava la
ripiegatura del dna interessato e ciò permetteva alla polimerasi di individuare
la sequenza

Il complesso di preinizio interagisce con l’attivatore, che evvettua l’attivazione

e aumenta la frequenza con cui un certo promotore viene usato per avviare la
trascrizione
Una volta che il trascritto primario è pronto, devono avvenire delle cose strane.
Intanto deve interagire con le rna binding proteins (ma alla fine tutti gli acidi
nucleici sono spesso associati a proteine perché assumano specifiche
conformazioni tridimensionali per le funzioni che andrà a subire).

Queste proteine sono necessarie allo svolgimento dello splicing, modifica post
trascrizionale (talvolta co-trascrizionale) e consiste nella rimozione degli
introni, che non codificano o talvolta presentano segnali di interruzione della
traduzione della proteina, accumulatesi lì col trascorrere del tempo evolutivo.
Anche l’avvenire dello splicing è determinato dalla presenza di segnali.

Il filamento usato come stampo del dna è quello antisenso (per l’rna
messaggero), cosicché l mrna sia uguale al filamento senso al netto della
timina-uracile.

PARENTESI SUI GENI

Gene: segmento del genoma che viene trascritto. Quelli della seconda classe
viene usato per guidare la sintesi di una proteina.

Di esso fanno parte anche tutti gli elementi coinvolti nell’espressione spazio
temporale del gene stesso, perché significa che se devo cercare mutazioni nel
genoma di un tizio che ha una malattia genetica, non basta soltanto cercare
allinterno del gene candidato: infatti le mutazioni possono essere in altre
sequenze geniche (famiglie geniche) o all’esterno in un segmento non
analizzato. Il futuro prevede che di routine si faccia il sequenziamento totale
del genoma, che sarebbe molto utile per patologie degenerative e neoplasie

Ritorniamo allo splicing...

Dopo il taglio dell’introne si ricostituisce la molecola completa: cappuccio 5’,

con legame 5’-5’ col primo nucleotide del esone a valle (talvolta avviene
durante la trascrizione, talvolta no. Non c’è una regola, dipende dal contesto
biomolecolare a cui appartiene); segue la regione 5’ utr, poi il segnale di inizio,
la sequenza codificante priva di interruzioni, fino all’estremità 3’, segnale di
stop, regione 3’ utr

Spesso nell’esone ci sono delle sequenze di dinucleotidi che demarcano la fine

e l’inizio della sequenza, in modo tale che lo splicing avvenga in corrispondenza
di questi dinucleotidi. Chiaramente se muta una sequenza del genere il
meccanismo di splicing risulta alterato. In particolare esistono segnali che
definiscono l’estremità 5’ e l’estremità 3’ cosicché lo spliceosoma possa agire.
La reazione è una doppia transesterificazione spontante (??????).

La coda poliA viene fatta dalla poliA polimerasi. La sua funzione è troppo impo:
la sua lunghezza (200 nm) decresce finché non esiste più e l’rna non può più
funzionare e verrà degradata.

[splicing di nuovo]

Al blanch point, una adenina attacca mediante azione esonucleolitica il legame

che unisce il primo nucleotide dell’introne con l’ultimo nucleotide dell’esone A
MONTE. Si rompe il legame tra i due con formazione di quell’ansa che
caratterizza l’introne spliceato; avviene la stessa cosa tra introne e esone a
valle. Infine, tra esone a monte (estremità 3’ libera) ed esone a valle (estremità
5’ libera) avviene la formazione di un legame covalente. Il fenomeno avviene
spontaneamente perché le varie sequenze sono giustapposte spazialmente.

Esistono più siti che possano svolgere la funzione di promotore. La cellula

stabilizzerà quale è più opportuno a quel momento, affinché ci sia una certa
versatilità adattativa da parte del trascritto

THE END