BIOLOGIA 06/03

SCHEMA DELLA LEZIONE B – REGOLAZIONE GENICA NEI PROCARIOTI

Tutti i mammiferi hanno più o meno lo stesso numero di geni. Ad esempio il topo ha lo
stesso numero di geni dell’essere umano, tuttavia non possono fare le stesse cose. Quindi
non conta solo il numero dei geni. Analogamente i geni della Drosophila sono un po’ meno
di quelli dei mammiferi (circa 19 000 contro circa 21 000) ma la differenza evolutiva è
notevole. Un batterio può arrivare attorno ai 4000/5000 geni, soprattutto quelli che vivono
come endoparassiti hanno perso molti geni perchè utilizzano molti prodotti prodotti dalla
cellula ospite, che quindi non necessitano più di produrre. Quindi nei batteri il numero dei
geni varia da circa 500 a circa 5000, fino ad arrivare a circa 25000 nei mammiferi. La
quantità totale di DNA per genoma aploide viene detta valore C (C value) (C per
contenuto). La mancanza di un rapporto preciso tra Valore C e complessità di un
organismo prende il nome di “paradosso del valore C” [Questo non significa che il numero
dei geni sia funzionale!!].

Un organismo non utilizza tutti i geni con la stessa intensità: la parte trascritta (proteine)
del genoma è una parte molto modesta, sotto il 5%. Un altro 50% circa è DNA che viene
trascritto senza che formi proteine. I geni che trascrivono per proteine sono quindi una
minoranza del DNA soprattutto negli eucarioti superiori, tutti gli altri sono coinvolti nella
regolazione. Anche poi tra quelli che trascrivono per proteine non si ha la trascrizione nello
stesso momento (ad esempio l’albumina viene prodotta dal fegato ma non da altri tessuti,
nonostante i geni per produrla siano comunque presenti!). Quindi fra tutti i geni presenti
nella cellula, non tutti vengono espressi e alcuni sono espressi ma a livelli diversi. Quindi
regolare un gene significa regolare la tipologia di gene che deve essere espresso e la
quantità finale del prodotto genico, costituito dalle proteine per quanto riguarda i geni che
trascrivono per proteine (RNA messaggero), o dall’RNA transfer/ribosomiale/regolativo per
quelli che vengono solo trascritti ma non tradotti.

Tuttavia le modalità di regolazione genica che troviamo nei procarioti sono numerose e
varie e vanno molto al di là dello schema dell’operone descritto nel 1961 da Jacob e
Monod, che ha valso loro il premio Nobel.

A proposito, si segnala che tra i materiali addizionali messi nel sito vi è un power point con
tutti i collegamenti con le motivazioni per il conferimento dei premi Nobel di interesse per il
nostro corso. Si tratta di materiale molto utile. L’inglese usato è molto semplice, rigoroso e
descrittivo.
Sempre tra i materiali addizionali si segnalano due articoli sulla comunicazione tra batteri,
che fanno cenno del “quorum sensing” (http://en.wikipedia.org/wiki/Quorum_sensing)
Oltre all’interesse oggettivo che la regolazione genica dei procarioti riveste per la
biomedicina, noi la studiamo anche come esempio, un po’ semplificato, di meccanismi di
regolazione che troveremo anche negli eucarioti, anche se negli eucarioti spesso troviamo
più meccanismi associati tra loro nella regolazione di un singolo gene.
Quello che invece NON troveremo negli eucarioti sono i geni policistronici in senso stretto,
anche se vi sono alcuni geni eucariotici codificanti per poli-proteine
(http://bioinfosu.okstate.edu/MG/MGW2/MG2511.html).

- Quando si parla di regolazione genica nei procarioti bisogna considerare che gli
stessi hanno una vita media molto breve (meno di 1h, tra 20 e 30 minuti). E’ per questo
che il batterio deve velocemente far fronte ai cambiamenti ambientali.
- Tuttavia la maggioranza dei geni di un batterio viene espressa sempre: espressi in
maniera costitutiva (opposta di regolata; gene regolato Vs gene costitutivo). La
regolazione riguarda circa il 5% di tutti i geni, ognuno con un meccanismo individuale, di
induzione o di repressione. Ogni meccanismo è quindi ritagliato, disegnato, su quel dato
gene. Per esempio la regolazione dell’operone del lattosio è molto specifica. Questo non
avrebbe senso in cellule dove i geni da regolare sono la maggioranza come ad esempio
quelle eucariotiche.
- Inoltre nei batteri, essendo cellule con vita molto breve, le risorse sono molto
limitate e quindi la logica è quella del “risparmiare” energia. Viene sintetizzato solo quello
che serve subito, che è immediatamente utile.
- Nei batteri non c’è un involucro nucleare, quindi quando il messaggero comincia ad
uscire dal DNA, nel corso ancora della trascrizione, viene riconosciuto dai ribosomi ed
inizia subito la traduzione. Questo implica due fatti: (1) si hanno geni regolati in modo
cotrascrizionale, (2) non c’è tempo di modificare il messaggero perchè viene
immediatamente tradotto (ha vita breve) e poi degradato con una certa rapidità.

Il fatto che un gene sia costitutivamente espresso non significa che due geni costitutivi
siano espressi allo stesso livello. Ci sono geni espressi molto o poco anche se non sono
regolati.

Come avviene questa regolazione?

1) controllo epigenetico: sta “al di sopra” del controllo genetico; si sovrappone a quello
del DNA. Avviene tramite modificazioni reversibili ed ereditarie delle proteine istoniche,
che vanno a controllare i tratti di DNA sotto controllo epigenetico.
Nel caso dei procarioti si ha la metilazione del DNA sulla base adenina (citosina x
eucarioti). In particolare se la metilazione avviene all’interno di alcuni siti (es. GANTC;
GATC, ecc) funge da segnale di inizio della replicazione.
Queste metilazioni delle adenine nei batteri hanno anche un significato non regolativo;
infatti i batteri producono enzimi di restrizione (diversi da un batterio all’altro, che
consentono al batterio di tagliare il DNA dei virus che li vanno ad infettare) che potrebbero
attaccare sequenze presenti sul batterio stesso perchè uguali a quelle del batteriofago.
Allora le sequenze proprie del batterio sono metilate per essere protette, perchè
inattaccabili dagli enzimi di restrizione.
E’ un tipo di regolazione sporadica, non sempre presente.

2) controllo dell’inizio della trascrizione e scelta della subunità sigma .

Promotore: tratto di DNA a monte del tratto che deve essere trascritto ed al quale si deve
attaccare la RNA polimerasi, per poi andare a trascrivere a valle. Ovviamente il promotore
non può essere palindromico (simmetrico) perchè deve indicare sia la direzione di
trascrizione sia il filamento che va trascritto.
La RNA polimerasi presente nei batteri è di un tipo solo, costituita da due subunità alfa
identiche, due subunità beta quasi identiche (beta e beta1). Per riconoscere il promotore
necessita di un’altra subunità, la subunità sigma che favorisce quindi l’inizio della
trascrizione, ma abbandona il complesso subito dopo che sono stati trascritti i primi
nucleotidi. I promotori però non sono tutti uguali; una grossa parte è quella più comune
che viene riconosciuta dalla subunità sigma più frequente che è la sigma70. La sequenza
riconosciuta non è identica in tutti i promotori riconosciuti dalla sigma70, ma ammette
qualche piccola variazione.
[Gran parte dei dati di cui si parla sono stati ricavati dallo studio di Escherichia Coli, in
particolare del ceppo k12 che non è patogeno.]
Le sequenze riconosciute dal sigma70 sono un sottoinsieme delle sequenze del
promotore e non sono quindi tutte identiche, ma ne è stata ricostruita una sequenza ideale
andando a vedere nucleotide per nucleotide qual è il più frequente. Es. CG(G/A)...ecc.
Questa sequenza ideale si chiama sequenza consenso. Più una sequenza del promotore
riconosciuta da sigma (a -35 basi dall’inizio della trascrizione per un tratto di circa 10 basi)
si avvicina alla sequenza ideale, maggiore sarà la frequenza con cui verrà trascritto quel
tratto di DNA. La probabilità che l’RNA polimerasi si leghi a una sequenza promotore e
inizi a trascrivere è tanto maggiore quanto più il promotore ha una sequenza vicina a
quella “ideale” (maggiore probabilità di legame -> maggiore quantità di RNA -> maggiore
quantità di proteina).
Il batterio regola quindi la quantità di trascritto sulla base di quanto una sequenza è vicina
a quella ideale.

Nel promotore è presente poi un’altra sequenza a circa -10 in cui è abbondante la
presenza di T e A, che essendo legate da legami doppi e non tripli sono più facilmente
staccabili; infatti dopo 10/11 basi si apre la doppia elica e inizia la trascrizione.
Un altro tipo di regolazione della subunità sigma è regolata da segnali che possono
giungere da fuori -> sistema a due componenti.
I promotori sono quindi a monte dei geni che devono essere trascritti. Molti geni però sono
isolati, non sono raccolti in operoni, in gruppi. Questi ultimi sono geni policistronici, regolati
da un unico promotore, perchè appartengono ad una stessa via metabolica, quindi la
cellula vuole regolarli insieme (es. Se non ha tutti gli enzimi disponibili la via metabolica
non funziona!). Quindi tutti i geni che appartengono alla stessa via metabolica sono
raggruppati insieme a formare l’operone, che è sotto il controllo di un unico promotore.
Questo però riguarda solo un sottoinsieme di geni dei procarioti, perchè la maggior parte
sono isolati, esattamente come sono isolati quelli degli eucarioti. Ognuno ha quindi il suo
promotore e viene trascritto un unico gene. La parte che viene trascritta ha all’inizio come
un “codon di inizio” e termina in genere con due “codon di terminazione”. Abbiamo poi
regioni a monte della parte trascritta che vengono riconosciute dal ribosoma.
La maggiore regolazione genica dei procarioti è proprio la regolazione della trascrizione.

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