LEZIONE 3 BIOCHIMICA

In questa lezione parleremo degli ENZIMI. Nell’ultima lezione abbiamo parlato del metabolismo.

METABOLISMO: L’insieme di tutte le reazioni che avvengono nelle nostre cellule. Queste reazioni
possono essere:

- reazioni di sintesi che sono anaboliche dove andiamo a costruire le nostre molecole (proteine,
grassi, glucosio…);

- reazioni di degradazione che sono cataboliche e corrispondono all’opposto delle reazioni di

sintesi, queste ci consentono di degradare le sostanze superflue all’organismo quindi prodotti di
rifiuti e cosa più importante degradiamo ciò che mangiamo. Normalmente noi mangiamo per
apportare energia e nutrienti al nostro corpo. Infatti, c’è una differenza tra nutrienti e alimenti.
Per esempio, mangiamo la pasta che è un alimento, all’interno della pasta abbiamo i carboidrati,
l’amido quindi noi è l’amido che digeriamo e dall’amido introduciamo il glucosio (C6H12O6) che
entra nelle nostre cellule. Questo glucosio che noi facciamo entrare lo catalizziamo, cioè lo
ossidiamo fino a che lo scheletro carbonioso diventi CO2 (anidride carbonica) che viene poi espulsa
dal nostro corpo.
OSSIDAZIONE: Reazioni nelle quali si verifica una perdita di elettroni da parte di una specie chimica.
Tali elettroni vengono ceduti ad un’altra specie chimica che acquistando gli elettroni si riduce.
Quindi si ossida la specie chimica che perde gli elettroni. La specie chimica che si ossida è detta
anche riducente in quanto induce la riduzione di un’altra specie chimica.

Quindi noi introduciamo l’ossigeno, perché per ossidare questi nutrienti che sono entrati abbiamo
bisogno di ossigeno (siamo organismi aerobi, non possiamo fare il metabolismo senza ossigeno).
Perché ci serve ossidare le sostanze? Perché rompendo i legami chimici noi ricaviamo energia dalla
rottura dei legami chimici che poi convertiamo in altri tipi di energia che serve a compiere un
lavoro (ENERGIA LIBERA).
ENERGIA LIBERA: La cellula ha bisogno di energia per diverse motivazioni, per sintetizzare molecole,
per la contrazione muscolare, etc. Questa energia libera viene incamerata in una molecola
chiamata ATP. L’ATP (adenosina trifosfato) è un nucleotide (molecola costituita da una base
azotata, uno zucchero che è il ribosio e un gruppo fosfato) costituito da 3 gruppi fosfato, che
quando si scinde in ADP (cioè in adenosina difosfato con due gruppi fosfato) e libera uno dei suoi
fosfati o in AMP (cioè in adenosina monofosfato con un gruppo fosfato) e libera due dei suoi
gruppi fosfati, va anche a liberare una certa quantità di energia utilizzata per diversi scopi ( fare la
sintesi proteica, per fare reazioni che richiedono energia, per la contrazione muscolare, per
trasportare le molecole contro gradiente di concentrazione, per mantenere un potenziale di
membrana. Quest’ultimo viene regolato tramite la pompa sodio-potassio ATP-asi. Per far sì che la
cellula abbia un potenziale di membrana il sodio deve essere mandato fuori perché nell’ambiente
extra-cellulare c’è più sodio che nell’ambiente intra-cellulare quindi il sodio tenderebbe ad
entrare, infatti con gradiente di concentrazione tenderebbe a passare da una zona più concentrata
ad una zona meno concentrata. Il potassio invece tenderebbe ad uscire perché è più concentrato
dentro che fuori. Allora per mantenere le concentrazioni di sodio basse dentro e alte fuori e quelle
di potassio alte dentro e basse fuori la cellula consuma energia. Infatti, vediamo che si parla di
pompa sodio-potassio ATP-asi. Asi è il suffisso di un enzima. La cellula rompendo l’ATP con cui
ricava energia con cui può pompare fuori il sodio che entra e pompare dentro il potassio che
invece tende ad uscire.

A questo punto possiamo capire che le migliaia di reazioni che avvengono negli organismi viventi si
verificano in condizioni estremamente blande (leggere). Perché leggere? Noi nelle nostre cellule
abbiamo delle condizioni che non devono essere drastiche, ad esempio, per quanto riguarda la
temperatura che non deve essere elevata (circa 36-36,5 °) si parla di una condizione blanda.
In queste situazioni dove la temperatura è bassa, il ph è moderato alcune reazioni che in vitro (non
nella cellula, in una provetta ad esempio) normalmente per farle avvenire molto velocemente si
gioca sul parametro temperatura perché la temperatura è uno degli elementi che possono
accelerare le reazioni. Ma all’interno della cellula dove noi non possiamo giocare sulla
temperatura dato che la temperatura si deve mantenere stabile nella cellula, ci sono alcune
reazioni che devono avvenire in millisecondi quindi per accelerarle senza modificare la
temperatura andiamo ad utilizzare delle strutture che si chiamano ENZIMI. Questi funzionano da
catalizzatori. Il termine catalizzatore significa appunto acceleratore. In definitiva gli enzimi presenti
nel nostro corpo sono delle molecole organiche che sono in grado di velocizzare processi che
altrimenti avverrebbero a velocità che non sarebbero utili all’economia cellulare.
ENZIMI: sono delle proteine che funzionano da catalizzatori. Le proteine come sappiamo sono dei
polimeri di amminoacidi (che sono delle molecole costituite da un gruppo amminico e un gruppo
carbossilico legati ad un carbonio α a cui è legato anche un atomo di idrogeno e la quarta valenza
è una catena laterale). Abbiamo circa 20 amminoacidi che si uniscono tramite dei legami peptidici
che si stabiliscono tra un gruppo carbossilico di un amminoacido che reagisce con il gruppo
amminico dell’altro amminoacido liberando una molecola di acqua, questo legame peptidico è di
tipo covalente (mette in comune una coppia di elettroni) quindi è un legame forte. È importante
che tale legame sia forte in quanto il legame covalente è quello che costituisce lo scheletro di
questo polimero. Se si rompe questo legame gli amminoacidi si separano e la proteina non esiste
più. Per costruire una proteina dobbiamo partire da un numero di amminoacidi superiore a 50
perché una proteina per poter svolgere una funzione complessa deve avere una sua struttura
terziaria. Le proteine che hanno una struttura terziaria sono quelle che si avvolgono su sé stesse
costruendo un avvolgimento tridimensionale, tant’è vero che noi le chiamiamo “proteine
globulari”, che hanno una struttura che sembra sferica. Quindi ci rendiamo conto che per
costruire questa struttura abbiamo bisogno di un certo numero di amminoacidi che, come
abbiamo detto, dovrebbe essere superiore a 50.
Le proteine svolgono una serie di funzioni:
- enzimatica, senza gli enzimi non ci potrebbe essere la vita perché le reazioni pur potendo
svolgersi ugualmente per la termodinamica si svolgerebbero in tempi lunghissimi;
-di protezione, come gli anticorpi;
-di trasporto, utili quindi per trasportare l’ossigeno come l’emoglobina;
-di deposito, come la ferritina;
-ormonale, come l’insulina;
Perché un enzima possa svolgere la sua funzione deve mantenere integra la sua conformazione
nativa (la sua struttura). Quando una proteina viene sintetizzata (sintetizzare significa unire un
amminoacido all’altro) questa subito si avvolge in senso tridimensionale, quindi assume una sua
specifica conformazione alla quale corrisponderà una determinata funzione. Quindi se la
conformazione nativa per qualche motivo viene perduta (per una mutazione, per una patologia,
per un effetto qualsiasi) significa che quella proteina non funziona più. C’è una conformazione
univoca per ogni specifica funzione.

L’attività catalitica dipende dall’integrità della conformazione nativa, se si altera questa

conformazione, ad esempio, tramite la denaturazione (tramite la temperatura elevata che
incrementa l’energia cinetica delle molecole e quindi la proteina si rovina. Possiamo fare un
esempio con l’uovo, quando facciamo l’uovo sodo il bianco dell’uovo, l’albume, non è nient’altro
che una proteina ossia “l’albumina”. Quella proteina che normalmente nella cellula uovo ad una
temperatura costante ha una consistenza che non è solida se lo mettiamo a 100° diventa solido,
quindi l’albumina si denatura. Un altro evento che può denaturare una proteina è la variazione di
ph perché può modificare le cariche della proteina. Noi sappiamo che le cariche della proteina si
trovano nella catena laterale (abbiamo detto che esistono degli amminoacidi che hanno una
catena laterale polare carica, alcuni ce l’hanno carica negativamente come l’acido glutammico,
altri ce l’hanno carica positivamente perché hanno dei gruppi amminici in più che sono basici
come l’arginina). E perché le cariche sono importanti quando la proteina si avvolge su sé stessa?
Perché le molecole cariche possono stabilire tra di loro interazioni elettrostatiche (come quelle
che avvengono tra ioni di carica opposta) che sono importanti. Se noi modifichiamo il ph andiamo
a modificare la carica della proteina in quanto il ph cos’è?
PH: si tratta di una scala di misurazione utilizzata per esprimere il carattere acido o basico delle
soluzioni. Un ph inferiore a 7 indica una soluzione acida, un ph superiore a 7 indica una soluzione
basica. Se il numero di H+ e quelli di OH- si equivalgono la soluzione è neutra. Se prevalgono gli ioni
OH- la soluzione è basica. Se prevalgono gli ioni H + la soluzione è acida.

Quindi tutte le reazioni chimiche sono catalizzate da enzimi. Gli enzimi vanno a velocizzare le
reazioni. Ci sono enzimi che accelerano le reazioni di diversi ordini di grandezza. Una reazione che
avverrebbe ad una velocità 1 adesso in presenza dell’enzima avviene ad una velocità di 1x107-
1x1014.
Qui vediamo un grafico che presenta sulle ordinate l’ammontare del prodotto formato. In una
reazione noi facciamo reagire quelli che chiamiamo substrati della reazione, questi substrati una
volta che è avvenuta la reazione vengono convertiti in prodotti. Quindi noi possiamo misurare la
velocità di un’enzima andando a quantizzare il prodotto che si è formato, cioè noi misuriamo come
varia nel tempo (che troviamo sulle ascisse) il prodotto che si forma. Nel grafico notiamo che
mettiamo insieme due reagenti e man mano che avanza il tempo i reagenti vengono convertiti in
prodotto. Allora vediamo due rette una con l’enzima e una senza, la velocità di quella con l’enzima
è ovviamente nettamente maggiore.
Molti enzimi per poter funzionare oltre ad aver bisogno dei loro amminoacidi che li compongono
utilizzano anche dei cofattori (molecole che aiutano l’enzima nella loro azione).

I cofattori sono gruppi chimici addizionali. Il cofattore può essere:

-uno o più ioni inorganici ( Fe ferro, Mg magnesio, Mn manganese, Zn zinco). Lo ione ferro ad
esempio si trova nell’emoglobina. Lo ione ferro si presenta in due stati di ossidazione ossia 2+
(ferroso) e 3+ (ferrico). Siccome il ferro è un metallo le proteine che contengono ioni ferro o ioni
magnesio o ioni manganese o ioni zinco vengono chiamate “metallo proteine”.

-molecole organiche complesse( le molecole organiche rispetto alle molecole inorganiche

contengono carbonio) che possono essere legate covalentemente o non covalentemente. Quindi il
legame tra la molecola organica e l’enzima può essere:

 un legame covalente e quindi un legame forte (GRUPPO PROSTETICO)

 un legame debole quindi non covalente (COENZIMA)

COENZIMI
Vediamo nella foto un enzima o meglio un “oloenzima” (un tutt’uno) che per poter funzionare ha
bisogno sia della parte proteica (cioè i suoi amminoacidi) che del coenzima che non è proteico. La
parte proteica di un oloenzima è detta “apoenzima” che si unisce al “coenzima” non proteico.

Il coenzima può essere sia inorganico che organico, può essere uno ione metallico opuure la
componente organica. Alcune molecole organiche complesse che sono necessarie agli enzimi per
funzionare sono le vitamine. Le vitamine che noi dobbiamo prendere ogni giorno tramite
l’alimentazione perché nel nostro corpo non possiamo sintetizzarle (le troiamo solo nel regno
vegetale o i batteri per la B12) sono indispensabili, non possiamo vivere senza le vitamine. La
funzione delle vitamine è quella di agire come coenzimi cioè come componente aggiuntiva a molti
enzimi i quali non utilizzano soltanto la loro porzione proteica ma utilizzano anche la porzione non
proteica.

Da ricordare è il fatto che tutti gli enzimi sono stati classificati in base alle reazioni che catalizzano.
Volendo fare un esempio abbiamo:
- gli “ossidoriduttasi” che trasferiscono elettroni;
- i “transferasi” che trasferiscono gruppi;

-gli “idrolasi” che intervengono in reazioni di idrolisi (reazioni in cui un legame viene rotto
inserendo l’acqua). Per esempio esistono enzimi che sono in grado di rompere il legame peptidico
delle proteine, per rompere questo legame andiamo ad inserire acqua. Gli enzimi idrolasi sono ad
esempio gli enzimi digestivi. Quando noi mangiamo ad esempio le proteine noi facciamo una
digestione delle proteine perché la proteina è una struttura troppo complessa per poter entrare
cosi com’è nella cellula.
-i “liasi”
-gli “isomerasi”
-i “ligasi”
Gli enzimi sono dei catalizzatori, quindi aumentano la velocità della reazione senza modificare gli equilibri.
Questo è importante perché se A va verso B loro accelerano A verso B. dunque, esistono anche reazioni
reversibili in cui B può andare verso A, però ci sono delle reazioni in cui non è possibile che B vada verso A,
per cui anche se mettessimo l’enzima B non andrà mai verso A, poiché B non può cambiare l’equilibrio ma
può solo accelerare quella reazione rispettando gli equilibri.

dal grafico possiamo vedere che sulle

ordinate c’è l’energia libera.

la termodinamica dice che le molecole

possono passare da uno stato
iniziale(cerchio verde) a uno stato finale
(cerchio blu). Lo stato iniziale sono i
substrati, lo stato finale saranno i prodotti.
Le molecole si trovano in uno stato iniziale
di energia libera, cioè contengono una
certa quantità di energia libera.
Normalmente la termodinamica dice che le
reazioni spontanee, ossia quelle che
avvengono in natura, sono quelle che
avvengono con una diminuzione di energia libera. Ricapitolando, per far in modo che la reazione avvenga
spontaneamente, la quantità di energia libera dei prodotti deve essere più bassa di quelle dei reagenti, per
cui ci deve essere una differente energia tra lo stato iniziale e lo stato finale. C’è un delta G, nelle reazioni
spontanee il delta g sarà negativo, poiché se facciamo la differenza di energia, noi liberiamo quest’energia e
quindi i prodotti hanno un livello di energia libera più basso dei substrati. Il delta g è quello che è
controllato dalla termodinamica per cui l’enzima non cambia la differenza di energia perché i substrati
arriveranno ai prodotti, ma affinchè le molecole di substrato possano reagire tra loro devono superare una
barriera energetica che prende il nome di (il cerchio rosso rappresenta questa barriera) ENERGIA DI
ATTIVAZIONE.
Se notiamo sopra al cerchio verde sopra la g c’è un asterisco, mentre nel cerchio blu no.

qui possiamo notare i substrati, poi abbiamo la

molecola di A più la molecola di B che devono arrivare ai
prodotti, ma non è che ci arrivano normalmente. Se noi
mettiamo A e B insieme per poter reagire devono
collidere fra di loro, devono urtare. Ora se A e B hanno
un’energia sufficiente che gli consente di superare
questa barriera energetica, loro vanno verso i prodotti,
ma se non hanno quest’energia, ma hanno degli urti,
non ce la fanno ad arrivare e ritornano un’altra volta
indietro. Per poter superare la barriera energetica, non
tutte le molecole la superano spontaneamente, poche
la superano rispetto ad altre. Ecco perché la trasformazione del substrato in prodotto che puo' avvenire
perché questa è una reazione spontanea perché il prodotto ha un’energia libera inferiore a quella dei
substrati però questa reazione avverrà in un tempo sconosciuto, perché dopo gli urti qualche molecola
supera la barriera, qualche altra torna indietro e cosi via, allora la reazione avverrà nel tempo ma avverrà in
tempi lunghissimi. Dunque, tra A e B esiste una barriera energetica, detta energia di attivazione che
corrisponde all’energia necessaria per le trasformazioni che sono richieste affinchè la reazione possa
procedere in una delle due direzioni.

in foto abbiamo un
ulteriore grafico che
spiega quello che
abbiamo detto prima,
quindi parliamo di una
reazione non
catalizzata. Perché le
reazioni possano
avvenire, le due
molecole che
interagiscono tra di loro
per trasformarsi in un
prodotto A+B deve
diventare C+D che non è la stessa cosa di A+B, quindi che cosa significa che gli urti tra le molecole
modificano le molecole, in maniera tale da modificare il prodotto. Quindi, una reazione chimica avviene
perché una certa frazione di molecole di reagente possiede in un dato istante abbastanza energia per
raggiungere una condizione attivata a più alto contenuto energetico detta STATO DI TRANSIZIONE, è uno
strato intermedio. Se l’energia dello stato di transizione è sufficiente a superare questa “montagnella”(vedi
cerchio su grafico), allora le molecole vanno verso il prodotto e diventano C+D, se l’energia non è
sufficiente ritornano di nuovo nello stato iniziale, quindi la reazione non avviene. Alcune ce l’hanno e quindi
raggiungono lo stato di transizione, altre non lo raggiungono. Quindi per velocizzare questa reazione che
bisogna fare, cioè per fare in modo che più molecole di substrato raggiungano lo stato di transizione?
Bisogna fare in modo che questa barriera diventi più bassa perché se abbassiamo la barriera verso il basso,
il numero di molecole che potranno attraversare sarà maggiore, quindi la reazione sarà più veloce, perché
più molecole di substrato nell’unità di tempo diventeranno molecole di prodotto. (sul grafico vedi barriera
in verticale contenuta nel cerchio) questa barriera si chiama barriera di energia di attivazione. ( se
ritorniamo sul grafico n2, il delta g asteriscato rappresenta la cima della montagna ). Quindi se abbassiamo
l’energia di attivazione, un gran numero di molecole di substrato raggiungeranno quello che è lo stato di
transizione, per cui un maggior numero di molecole attraverserà la barriera, un maggior numero di
prodotto si formerà nell’unità di tempo. Quindi l’enzima agisce sull’energia di attivazione, non agisce
sull’energia libera, che è sempre la stessa, perché le molecole dallo stato iniziale raggiungeranno lo stato
finale, per cui la differenza di energia libera sarà sempre la stessa, quella che cambia è l’energia di
attivazione in presenza dell’enzima.
 in questo grafico vediamo la reazione non catalizzata e la
reazione catalizzata. Dal grafico notiamo che il delta g della reazione non è cambiato perché per la
termodinamica l’equilibrio della reazione non cambia, poichè va da a+b e deve arrivare a c+d. quindi
l’equilibrio non cambia, ma può cambiare il tempo in cui ci arriva, basta che noi abbassiamo la barriera di
energia di attivazione e la convertiamo da un’energia di attivazione più alta a una più bassa, in maniera tale
che lo stato di transizione che prima si trovava a questo livello energetico (vedi cerchio foto) adesso si
troverà a un livello energetico più basso e quindi negli urti tra a e b ci sarà più probabilità che anche
quell’urto con meno energia farà superare la barriera energetica per andare dall’altra parte. Allora che cosa
fa un enzima? Che po è quello che fanno tutti i catalizzatori, perché non tutti i catalizzatori sono enzimi, ma
possono essere anche molecole inorganiche, quindi per far avvenire una reazione possiamo mettere anche
il nichel, il platino che fanno da catalizzatori, in generale: CONCETTO DI CATALIZZATORE: un catalizzatore
velocizza. Come fa a velocizzare? Abbassa l’energia di attivazione. Come fa? Mentre un catalizzatore
inorganico la abbassa in un certo modo, l’enzima lo abbassa in un altro modo. Quindi la differenza tra il
livello di energia dello stato basale e lo stato di transizione viene chiamato ENERGIA DI ATTIVAZIONE. Noi
abbiamo preso in esame tre livelli energetici: lo stato basale, ossia le molecole che sono dentro la cellula, lo
stato finale, se le molecole hanno reagito spontaneamente e hanno formato i prodotti, la termodinamica ci
dice che i prodotti hanno un livello di energia libera più basso di quello dei substrati. La differenza fra il
livello del substrato e quello del prodotto viene detto energia libera della reazione, che è negativa, poiché il
prodotto ce ne ha di meno rispetto a un substrato. Il terzo stato in cui si possono trovare le molecole è
quello di transizione, che è cosi detto poiché è uno stato intermedio, che non è più quello iniziale ma non è
ancora quello finale, può andare verso quello iniziale o verso quello finale ma dipende dal livello
energetico. Allora le molecole che hanno raggiunto lo stato di transizione andranno verso lo stato finale, se
lo stato di transizione è a un livello energetico molto alto, il numero di molecole che lo hanno raggiunto
sarà statisticamente molto basso, perchè molte molecole ritornano indietro, quindi poche lo superano e
quindi la reazione sarà lenta. Ma se abbassiamo lo stato di transizione, cioè abbassiamo il livello energetico
che le molecole devono raggiungere per andare verso lo stato finale, quindi abbassiamo quella che
chiamiamo energia di attivazione, molte più molecole passeranno dallo stato iniziale a quello finale, quindi
la reazione sarà più veloce.
 qua si vede ancora meglio. Abbiamo visto lo
stato di transizione di una reazione non
catalizzata. Il cerchio rosso in foto rappresenta
la barriera energetica che si chiama energia di
attivazione dei substrati, che appartiene alla
reazione non catalizzata. Quella in rosa è
l’energia di attivazione della stessa reazione in
presenza dell’enzima, perché l’enzima,
essendo un catalizzatore, ha abbassato questa
barriera energetica, per cui la freccia rosa in
foto rappresenta la barriera energetica della
reazione catalizzata. Quella che non cambia
mai è il cambiamento energetico complessivo, perché anche in un tempo molto lontano a+b diventeranno
c+d, perché c+d ha un livello di energia libera più basso di a+b, quindi spontaneamente a+b in tempi
lunghissimi diventeranno c+d. Affinchè sia possibile la vita, ci siamo evoluti e abbiamo fatto in modo che un
organismo per poter vivere ha bisogno che le reazioni avvengano in tempi brevi e non lunghissimi, per cui si
sono creati dei catalizzatori organici che stanno nelle nostre cellule, ossia le proteine che ci facciamo da
soli. Il codice delle proteine sta scritto nel nostro dna. Quindi noi ci siamo fatti gli strumenti per poter
vivere, perché senza gli enzimi non potremmo vivere, in quanto le reazioni non avverrebbero. Quindi,
ripetendo, gli enzimi svolgono la loro funzione come catalizzatori diminuendo l’energia di attivazione
necessaria affinchè una reazione possa avvenire velocemente. Quindi che cosa fa questo catalizzatore? Il
catalizzatore deve stabilizzare lo stato di transizione creando dei legami con i substrati. Immaginiamo che i
substrati hanno fatto l’urto, affinchè possano diventare prodotti dagli urti devono avvenire delle reazioni
chimiche, se non c’è l’enzima, l’urto fa in modo che queste trasformazioni avvengano ma non c’è l’energia
sufficiente, allora l’enzima stabilizza lo stato di transizione, altrimenti le molecole ricadono verso il basso. E
come lo stabilizza? Come se lo irrigidisse formando legami con i substrati. Quindi in presenza dell’enzima, i
substrati interagendo con alcuni gruppi chimici dell’enzima, sono aiutati a fare in modo che le loro
interazioni portino a delle trasformazioni utili. Immaginiamo che le molecole devono stabilire tra loro un
legame covalente, un legame a idrogeno, allora l’enzima è come se creasse una tasca dove le molecole del
substrato si vanno a mettere in modo che stanno vicine e sono aiutate dai gruppi dell’enzima a formare
delle interazioni tra di loro, quindi lo stato di transizione che prima non era stabile, per cui a e b si
staccavano, adesso diventa stabile e quindi può avvenire la catalisi, cioè si stabilizza lo stato di transizione e
i reagenti reagiscono a dare i prodotti. Quindi, ricordiamo che gli enzimi sonno catalizzatori quindi
somigliano anche ai catalizzatori inorganici. Per alcune proprietà essendo dei catalizzatori fanno delle cose
specifiche, tutti i catalizzatori accelerano le reazioni, abbassano l’energia di attivazione, non alterano
l’equilibrio delle reazioni, questo lo fanno sia i catalizzatori inorganici che quelli organici. A differenza di altri
catalizzatori, gli enzimi presentano: un potere catalitico che è molte volte maggiore

questa reazione fa reagire l’acqua e l’anidride carbonica per dare lo

ione bicarbonato + H+. questa è una reazione che avviene nei nostri
globuli rossi. Questa è una reazione reversibile, perché secondo il
principio di Le Chatelier, e aumenta HCO3- ovviamente reagirà con H+
e la reazione torna indietro fino a raggiungere l’equilibrio. Supponiamo
che la velocità spontanea di questa reazione sia uguale a 1, in assenza
dell’enzima, in presenza dell’enzima questa reazione avrà velocità di 10 alla 7, quindi è stata molto
accelerata.

Altra caratteristica che presentano solo gli enzimi, oltre al fatto che hanno un enorme potere catalitico,
hanno un’elevata specificità, cioè riconoscono i substrati che devono accogliere, ossia sono specifici, non
catalizzano a caso, infatti abbiamo potuto classificare gli enzimi a seconda del tipo di reazione che
catalizzano. Inoltre, gli enzimi possono essere regolati, cioè questa reazione che deve avvenire in un
determinato momento, quindi se in quel momento non deve avvenire c’è la possibilità di bloccare
temporaneamente l’enzima, cioè di farlo essere meno attivo o più attivo, quindi la possibilità di essere
attivato o disattivato a seconda della situazione e questo è possibile solo per gli enzimi, non per i
catalizzatori inorganici, i quali catalizzano la reazione in un determinato modo e in maniera aspecifica.

questo in giallo supponiamo che sia l’enzima, quindi una struttura grossomodo
globulare, poichè un enzima deve avere almeno una struttura terziaria, alcuni
anche una struttura quaternaria (quella stessa proteina ha un insieme di
catene polipeptidiche, ossia di amminoacidi). Dell’intera parte dell’enzima, un
piccola parte che di solito è una fenditura, prende il nome di sito attivo, cioè è
una zona dove si andrà a posizionare il substrato. Questa zona è
complementare con il sito attivo. Se il substrato si può andare a posizionare in
questa zona, gli amminoacidi della proteina che si trovano in questa zona
hanno la capacità di interagire con i gruppi chimici del substrato, altrimenti il substrato non potrebbe
formare legami con questa zona. Il substrato si lega a una regione specifica detta sito attivo. Il sito attivo è
come se avesse due porzioni: il sito di legame, cioè la zona che posiziona correttamente i substrati, allora lo
orienta in maniera tale che si formano dei legami tra substrato e sito di legame. I legami si devono formare
perché il nostro scopo è quello di stabilizzare lo stato di transizione., dopo che si è stabilizzato lo stato di
transizione avviene la reazione. L’altra porzione del sito attivo, cioè il sito catalitico, dove avviene la vera e
propria reazione, cioè la catalisi.

immaginiamo che questo è l’enzima e sta arrivando la

molecola del substrato (cerchio sulla foto) e entra….

il sito attivo è già pronto per accogliere il substrato. In

un determinato sito attivo entrerà un substrato che si
può adattare a questa fenditura, altrimenti non passa.
Non solo si può adattare ma può stabilire dei legami
con gli amminoacidi del substrato, in maniera tale che
resti incastrato là dentro e le molecole possono reagire
tra loro.
Esistono due tipi di modello:
il primo è quello chiave-serratura, cioè il sito attivo dell’enzima ha una forma complementare a quella del
substrato

considerando la forma del substrato, visto che deve entrare nel

sito attivo dell’enzima, il sito attivo deve essere fatto
esattamente come il substrato, in effetti questo non è il modello
giusto. Quello gusto è…

il secondo modello è il modello di adattamento indotto, cioè il sito attivo dell’enzima ha una forma
complementare a quella del substrato solo dopo che questo si è legato
grossomodo è complementare, non è drasticamente
complementare, perché altrimenti ci potrebbe entrare solo una
specifica forma, ma siccome l’enzima può accogliere una miriade
di molecole del substrato che sono simili fra loro, supponiamo un
enzima che deve catalizzare una reazione di ossidoriduzione, deve
accogliere una certa quantità di enzimi che si somigliano, allora
quando il substrato entra e si avvicina, l’enzima si adatta a quel
substrato e si forma il complesso enzima-substrato.

Quindi diciamo che un enzima che fosse strettamente complementare al suo substrato, potrebbe essere un
cattivo enzima, mentre quello a cui potrebbe essere complementare non è il substrato ma è lo stato di
transizione, quello è un enzima che funziona bene. L’enzima non è che si deve adattare a a e b separati tra
loro , ma si deve adattare a a e b che stanno interagendo per poter bloccare lo stato di transizione,
stabilizzandolo, in maniera tale che possa avvenire la catalisi. Quindi allora non è complementare al
substrato, ma è complementare allo stato di transizione.

Questo è un esempio molto intuitivo.

Supponiamo che abbiamo un bambino con
la maglietta che è il substrato (prima foto),
poi abbiamo il prodotto, ossia il bambino
senza maglietta (ultima foto). La
termodinamica dice che il bambino prima
o poi facendo mille tentativi la maglietta
se la toglie infatti, il bambino senza la
maglietta è stato posto a un livello
energetico più basso del substrato, perché
la reazione è termodinamicamente possibile. Il bambino se la riesce a togliere subito la maglietta? Abbiamo
dei bambini che riescono a toglierla subito e altri che impiegano molto tempo. In questo caso l’enzima è la
mamma. Il bambino intuitivamente per togliersi la maglietta alza le braccia, la mamma quindi gli tiene le
braccia alte cioè forma il complesso enzima substrato, legando le braccia del bambino e stabilizza lo stato di
transizione, cioè il bambino con le braccia alzate. Quindi l’enzima stabilizza lo stato di transizione, ossia il
bambino resta con le braccia alzate, perché se le abbassa ritorna di nuovo con la maglietta. Quindi,
ricapitolando, l’enzima catalizza la reazione abbassando l’energia di attivazione, cioè stabilizzando lo stato
di transizione. Dunque, accoglie il substrato nel suo sito attivo che diventa complementare allo stato di
transizione stabilizzando lo stato di transizione e facendo in modo di velocizzare la reazione.
La CINETICA ENZIMATICA è quella che studia la velocità di reazione, quindi studia come fa l’enzima a
velocizzare la reazione, intendendo per velocità il numero di moli di prodotto che si formano nell’unità di
tempo. Ora, la cinetica di una reazione

noi abbiamo il substrato, rappresentato in ascisse, e in ordinate la

velocità. Dei cinetisti che si chiamano Michaelis e Menten hanno
studiato le reazioni enzimatiche e hanno visto che man mano che
aumenta la concentrazione del substrato aumenta la velocità di
reazione, cioè maggiore è la quantità di substrato, maggiore sarà la
quantità di prodotto che si formerà nell’unità di tempo. La velocità
la misuriamo come moli di substrato che vengono convertiti in
prodotto nell’unità di tempo. Loro notarono che la funzione è
un’iperbole, quindi se aumentiamo la quantità di substrato e
vediamo nel tempo quanto prodotto si forma, all’inizio l’iperbole
ha un andamento rettilineo, quindi c’è una proporzionalità fra la
quantità si substrato che aggiungiamo e la quantità di prodotto che formiamo, poi notiamo che non c’è più
proporzionalità, perchè l’iperbole inizia a piegare, cioè aggiungiamo substrato ma non c’è più
proporzionalità diretta fra il substrato aggiunto e il prodotto formato. L’ultima parte dell’iperbole è un
asintoto, cioè significa che raggiungerà il valore massimo in un tempo infinito, questo valore prende il nome
di velocità massima, quindi significa che arriverà un moment in cui aggiungiamo enzimi e avremo che la
velocità non cambia più, ossia oltre quel valore non potrà andare e cioè arriverà un momento di
saturazione. Questo ha fatto capire che esistevano gli enzimi. Perché la velocità non aumenta più man
mano che aggiungiamo substrato ? perché si è saturato il sito attivo. Quindi quando tutta la quantità
possibile di substrato è entrata nel sito attivo, la catalisi non procede più, in quanto raggiunge la velocità
massima. L’unico modo per far aumentare la velocità sarebbe aggiungere altri enzimi. Esiste una relazione
tra la velocità di un enzima e la concentrazione del substrato: quindi aumenta il substrato, aumenta la
velocità.. questa relazione è di tipo iperbolico. Viene definito K con M (vedi cerchio foto) o costante di
Michaelis- Menten.

La proporzionalità man mano diminuisce.

La relazione tra velocità iniziale e la concentrazione del substrato è espressa da un’equazione, ossia
l’EQUAZIONE DI MICHAELIS- MENTEN.
la velocità della reazione era uguale alla funzione di
un’iperbole, ossia era uguale alla velocità massima
moltiplicata per la concentrazione massima del
substrato fratto la concentrazione del substrato più K
con M.

Da questa equazione ricaviamo km, ossia la

concentrazione del substrato alla quale la velocità è ½
della velocità massima, ossia tutti gli enzimi hanno per quel substrato una km, ossia una concentrazione di
substrato a cui l’enzima funziona a metà della velocità massima. Quindi ogni enzima ha una certa km per
un substrato. Se il valore di km è basso, significa che quell’enzima per quel substrato ha una alta affinità,
perché significa che ci vuole poco substrato per ottenere la velocità semimassimale. Supponiamo che
abbiamo un enzima che funziona in presenza di due substrati, uno lo riconosce meglio e uno peggio.. come
facciamo a sapere quale riconosce meglio e quale peggio? Andiamo a vedere la km nei confronti del
substrato 1 e in quello del substrato 2, quindi quest’enzima, ad esempio, per il substrato 1 ha una km pari a
1 millimolare, significa che quest’enzima funziona a ½ della velocità massima. Per il substrato 2 ha una km
che è 10 millimolari, quindi per raggiungere la velocità semimassimale ha bisogno di 10 millimolare di
concentrazione del substrato, quindi significa che l’enzima funziona meglio con il substrato 1. Il valore km
sarà inversamente proporzionale all’affinità dell’enzima per quel substrato, quindi bassa km alta affinità ,
alta km bassa affinità. L’affinità maggiore è dunque quella con basso substrato, cioè bassa km, quindi..

Quindi km è un parametro cinetico molto importante perché caratterizza l’affinità di un enzima per quel
substrato. Quindi i parametri cinetici sono di due tipi: km che ci dice l’affinità e la velocità massima che ci
dice quanto un enzima sia efficiente nel catalizzare quella reazione.
Gli enzimi possono essere regolati , poiché la velocità delle reazioni cellulari dipende dagli enzimi, il
controllo della loro attività rappresenta il più importante fattore di regolazione del metabolismo.

Ma come vengono regolati gli enzimi?

O andando a regolare la quantità di un enzima che viene sintetizzato nella cellula , o andando a regolare la
sua attività. Quindi se la reazione deve avvenire lentamente nella cellula 2 sono i modi :

1) o viene sintetizzato meno enzima 2) o viene invece regolata la sua attività

la modulazione dell’attività può avvenire in 2 modi : mediante regolazione allosterica o mediante

regolazione covalente.

Gli enzimi allosterici sono quelli che mediante il legame con una piccola proteina, cambiano la loro
conformazione e quindi possono diventare o più attivi o meno attivi, per esempio:

Questo è un esempio di un enzima allosterico che è stato attivato, l’enzima allosterico oltre il sito attivo
possiedono un altro sito che si chiama sito allosterico , in cui si può andare a posizionare una molecola, e il
legame di questa molecola a sito allosterico fa cambiare la conformazione dell’enzima rendendolo affine al
substrato. Questo enzima sarà stato attivato e quindi si parlerà di allosterismo positivo.

Ma ci possono essere casi in cui gli enzimi possono essere attivati con un meccanismo di allosterismo
negativo , cioe una molecola che si lega all’enzima e fa in modo che l’enzima in quel determinato momento
cambia conformazione e non riesce a legare il suo substrato e dunque la reazione non avviene.

E queste molecole che si legano all’enzima per attivarlo o per disattivarlo, devono essere molecole come
dei segnali che si accumulano nella cellula, l’ATP o altre che quando si accumulano è un segnale per andare
a disattivare un enzima che in quel momento non c’è bisogno di quella reazione.

Di solito gli enzimi allosterici hanno una cinetica che è diversa dalla cinetica iperbolica di michaelis-menten
che ha un andamento iperbolico,ma hanno un tipo di cinetica che è sigmoide.

Infatti vediamo che la curva è a forma di S.

Gli enzimi allosterici hanno sempre una struttura quaternaria , ossia che sono formate da più catene
polipeptidiche.
Un altro tipo di regolazione è quella COVALENTE ,significa che un enzima può essere attivato o disattivato
legando un gruppo mediante legame covalente , un tipico gruppo è quello FOSFATO. Dunque è possibile
che un enzima legandosi con un gruppo fosfato possa passare da uno stato che è meno attivo ad uno stato
che è più attivo. Quindi il legame covalente di questo fosfato renderà l’enzima più attivo, queste però sono
trasformazioni reversibili cioè nella cellula per alcuni enzimi gli viene legato un gruppo fosfato per renderlo
attivo, però al tempo stesso il gruppo fosfato può essere staccato e l’enzima ritorna di nuovo in uno stato
quiescente . Dunque diremo che un enzima può essere attivato o disattivato mediante modificazioni
covalenti reversibili cioè legando o staccando , cioè formando o rompendo un legame covalente fra
l’enzima ed un gruppo , che può essere il gruppo fosfato.

L’EMOGLOBINA
È una proteina fondamentale , la affrontiamo dopo gli enzimi perché ha un particolare tipo di cinetica, pur
non essendo un enzima , perché non catalizza reazioni, pero è una proteina che cineticamente si comporta
come gli enzimi allosterici.

C’è nell’evoluzione la vita degli organismi viventi è passata da uno stato di anaeoribiosi ad uno stato di
anabiosi, ciò significa che gli organismi viventi sono passati ad uno stato in cui vivevano in assenza di
osssigeno ,ad uno stato in cui devono vivevano in presenza di ossigeno. Quindi il passaggio è stata la tappa
fondamentale dell’evoluzione, ciò non significa che ancora oggi esistono degli organismi che vivono in
anaerobiosi, organismi unicellulari che hanno ancora una struttura antica, come i batteri che sono in grado
di viver anche in assenza di ossigeno. Ma gli organismi superiori vivono in presenza di questo.

Ma perché c’è stata quest’evoluzione?

Perchè in presenza di ossigeno si riesce a estrarre dal glucosio 15 volte più energia che in sua assenza.
L’ossigeno è un gas che nell’acqua, presente nelle nostre cellule, è scarsamente solubile. L’ossigeno noi lo
prendiamo dall’ambiente esterno…ma dove lo prendiamo? Con la respirazione, quindi l’ossigeno entra a
livello degli alveoli polmonari e poi deve arrivare a tutte le altre cellule, ma come ci arriva? che stanno
anche lontane fisicamente dagli alveoli. Ci arriva con il flusso sanguigno, quindi attraverso il sangue , ma se
dovesse viaggiare libero nel sangue avremo dei problemi ,perché l’ossigeno nell’ambiente acquoso ( il
sangue per il 70% è composto da acqua) non riuscirebbe ad essere solubile ecco perché sono state create
molecole che siano in grado di legare l’ossigeno, queste molecole sono delle proteine come l’EMOGLOBINA
(Hb) e la MIOGLOBINA(Mb). Una si chiama EMOglobina perché sta nel sangue nei globuli rossi ( che sono
rossi proprio perché c’è l’emoglobina), l’altra MIOglobina perché sta nella cellula muscolare. Entrambe
sono delle proteine che .oltre ad avere una parte proteica rappresentata dalla globina, hanno anche un
gruppo prostetico che è una struttura organica complessa ,che si chiama EME ed è quella che dà il colore
rosso all’emoglobina. Si sono sviluppate molecole che legano l’ossigeno, in questo modo l’ossigeno
anzicchè viaggiare libero nel sangue, viaggia legato nel sangue e nella cellula. Anche nella cellula poi
continua a viaggiare, e qui si deve legare nelle cellule muscolari alla mioglobina. Grazie all’emoglobina il
nostro sangue puo trasportare una quantità di ossigeno 70 volte superiore a quella che sarebbe possibile
se l’ossigeno fosse semplicemente disciolto nel plasma. Ergo senza emoglobina noi non possiamo veicolare
in ,maniera efficiente, efficace l’ossigeno a tutte le cellule del nostro corpo , e se l’ossigeno non arriva noi
possiamo fare la respirazione cellulare? Perché la respirazione cellulare non è solo l’atto respiratorio… noi
con l’atto respiratorio cosa facciamo? Con l’inspirazione introduciamo l’ossigeno e con l’espirazione
cacciamo l’anidride carbonica… a l’anidride carbonica che cos’è ? da dove viene furi? Non è altro che il
prodotto finale della respirazione però cellulare cioè noi tutte le molecole che introduciamo attraverso
l’alimentazione, le digeriamo , le trasformiamo in molecole semplici, queste entrano nelle cellule e nelle
cellule vengono sottoposte alle reazioni cataboliche che sono quelle in cui noi convertiamo molecole
complesse , il glucosio C6H12O6, alla fine di tutte le reazioni di ossidazioni il glucosio diventa CO2 . quando
noi degradiamo le proteine, le introduciamo sottoforma di amminoacidi nelle cellule e degradiamo lo
scheletro cabonioso delle proteine, che diventano ? diventano CO2 ; quando noi introduciamo i grassi , che
sono lunghe catene carboniose formate da i trigliceridi ,a loro volta formati da glicerolo e da acidi grassi
che sono la componente molto ricca di energia CH3CH2 preso X volte e lo degradiamo attraverso i processi
catabolici, cosa diventa alla fine? CO2

Quindi noi quella CO2 che eliminiamo non è altro che il prodotto della ossidazione dei nutrienti che
abbiamo introdotto attraverso l’alimentazione, e noi le ossidazioni le possiamo fare perché abbiamo
introdotto l’ossigeno, ergo senza ossigeno non si possono ossidare le molecole e ricavare energia dai
nutrienti sottoforma di ATP ,che servirà alla cellula per crearsi le sue molecole, per fare la contrazione
muscolare , per far funzionare le pompe che mantengono il potenziale elettrico attraverso l’impulso
nervoso e quello muscolare ecc. Quindi abbiamo bisogno di trasportare l’ossigeno, e per trasportarlo bene
lo dobbiamo legare a molecole trasportatrici ,perché sciolto nel sangue ne trasporteremmo una quantità
minore , bassissima. Quindi allora l’emoglobina trasporta l’ossigeno dai polmoni ai tessuti , nei tessuti,
soprattutto quello muscolare che è quello più abbondante, l’ossigeno viene incamerato nella mioglobina
che costituisce una riserva di ossigeno nel muscolo.
Questa è una foto microscopica dei globuli
rossi, hanno una forma particolare , a disco
biconcavo , non sono sferici ma sono fatti a
forma di disco biconcavo perché è la forma
che meglio si addice al globulo rosso per
adattarsi a grandi vasi o arterie come l’aorta,
per poi arrivare fino ai capillari che sono
quelli che bagnano direttamente le cellule ;
quindi sottoforma di disco biconcavo
l’eritrocita si adatta molto bene dal passare
dal grosso calibro (vena\arteria) al piccolo
calibro (capillari).

Gli eritrociti ( globuli rossi ) in un individuo normale sono circa 5 milioni per microlitro, un numero enorme.
L’emoglobina che noi possediamo si aggira intorno ai 15 x decilitro di sangue, circa 50 grammi di
emoglobina per una totalità 5L di sangue. Quando facciamo l’emocromo andiamo a vedere quanti globuli
rossi abbiamo, nei maschi devono essere intorno ai 5 milioni , 4,6\7 nella donna, al di sotto di questo valore
ci sono problemi di anemie emolitiche , come pure ci viene misurata la quantità di emoglobina , se ce ne
poca non va bene, perché poca emoglobina significa che i nostri processi respiratori non funzionano bene,
dato che poca emoglobina significa poca capacita di trasformare ossigeno a livello di tutte le cellule. Ora le
proteine in quanto tali non sono in grado di legare bene l’ossigeno, mentre l’ossigeno si lega molto bene ai
metalli di transizione,i metalli di transizione nel loro stato di ossidazione più basso, come per esempio il
ferro ferroso Fe2+ ,è quello che è in grado di legare reversibilmente l’ossigeno . Allora l’evoluzione che cosa
ha fatto…ha fatto queste proteine in una maniera che fossero dei buoni trasportatori o potessero ben
legare l‘ossigeno e quindi queste proteine possiedono oltre alla parte proteica, che è la globina , una parte
non proteica che si chiama EME.
 Qual è la differenza tra l’emoglobina e
la mioglobina che subito si nota…?
Che la mioglobina ha 1 sola catena
polipeptidica, l’emoglobina ha 4 catene
polipeptidiche , ognuna delle quali è
molto simile all’unica catena della
mioglobina. Ognuna di queste catene
possiede questo gruppo che si chama
EME, all’interno di questo c’è un atomo
di ferro ferroso Fe2+ ,perché
fisicamente l’ossigeno si va a legare al
ferro ferroso dell’EME che si trova nella
singola catena della mioglobina ed in
ognuna delle 4 catene dell’emoglobina.
Perché la mioglobina ha 1 sola catena e l’emoglobina ne ha 4 ? Perché la funzione della mioglobina e della
emoglobina è diversa : la mioglobina lega l’ossigeno e lo conserva, non è una molecola di trasporto la
mioglobina, ma è una molecola di deposito dell’ossigeno, dove all’occorrenza l’ossigeno sarà utilizzato nel
muscolo per ossidare il glicogeno che c’è nel muscolo , per far ricavare ATP per la contrazione muscolare.
Invece l’emoglobina stando nel sangue ha una funzione di trasporto dell’ossigeno, lo trasportano
dall’alveolo polmonare a tutte le cellule, incluse quelle muscolari, dove una parte l’ossigeno servirà per
tutte le reazioni, e una parte si andrà a depositare in particolar modo nel muscolo striato ma anche in
quello cardiaco dove deve avvenire la contrazione. Allora adesso vediamo perchè per poter trasportare
efficacemente ci vuole una proteina che ha 4 sub-unità , una struttura di tipo QUATERNARIA non perché ne
ha 4, ma perchè ha più di 1 catena polipeptidica. L’emoglobina ne ha 4.

Questa è la struttura della mioglobina, molto simile

ad ognuna delle 4 sub-unità dell’emoglobina;
queste 4 sub-unità sono uguali a 2 a 2, esistono
infatti 2 catene che vengono chiamate alfa1 e alfa2
e 2 catene che hanno una struttura primaria , ossia
che hanno una sequenza di amminoacidi
leggermente diversa. Significa che mentre la
struttura tridimensionale è praticamente identica,
la struttura primaria è un pò diversa, le catene Beta
hanno alcuni amminoacidi che non stanno nelle
catene alfa e viceversa. Però ognuna delle 4 catene
è molto simile all’unica catena della mioglobina.
Proprio perché alla fine la funzione è molto simile di
queste due proteine, mentre la mioglobina lo lega e lo conserva , l’emoglobina lo lega, pronta però a
cederlo quando attraverso la circolazione arriva a livello di tutte le cellule, dove l’ossigeno deve essere
ceduto; però come si vede in figura al centro, c’è il gruppo EME , la parte non proteica della proteina che
sta nella proteina che contiene al centro l’atomo di ferro ferroso a cui si andrà a legare fisicamente
l’ossigeno. Allora l’eme ovviamente dovrà stabilire dei legami con la proteina, ed è proprio il ferro che sta al
centro dell’eme che si andrà a legare sia ad un amminoacido della catena polipeptidica. sia agli anelli
dell’eme dove lui si trova posizionato, e sia un legame lo stabilirà con il ferro . E allora diremo che
l’emoglobina è una proteina tetramerica, ossia che ha 4 catene polipeptidiche, 2 catene alfa uguali e 2
catene beta uguali, come se fossero un dimero di diimeri. Le catene alfa sono di 141 amminoacidi mentre le
beta di 146 , in alcuni casi l’emoglobina al posto delle 2 catene beta possiede 2 catene gamma , significa
che esistono diversi tipi di emogobline, l’emoglobina adulta è detta emoglobina A che possiede 2 catene
alfa e 2 catene beta , l’emoglobina fetale (F) ha 2 catene alfa e 2 catene gamma, questo perché questa
deve avere un’affinità per l’ossigeno che deve essere superiore all’affinità superiore dell’emoglobina della
madre, perché non è che allo stato fetale noi ricaviamo ossigeno , non lo abbiamo l’alveolo polmonare
ancora, e quindi il feto riceve l’ossigeno direttamente dall’emoglobina della madre e in che modo lo può
ricevere? l’emoglobina fetale è in grado di strappare l’ossigeno all’emoglobina materna perché più affine
all’ossigeno, perché al posto delle catene beta possiede le catene gamma.

Questo sarebbe il nostro EME che sta in

ognuna delle 4 catene polipeptidiche
dell’emoglobina. Schematicamente è
fatto da questi 4 nuclei che si chiamano
nuclei pirrolici , ognuno dei quali ha 1
atomo di azoto che sono uniti da dei
ponti netinici , i nuclei pirrolici hanno
delle catene laterali che sono 8,
nell’emoglobina adulta e anche fetale
nei nuclei pirrolici ci sono 8 posizioni :
troviamo 4 gruppi metilici( in posizione
1,3,5,8), 2 gruppi ( in posizione 2,4) che
si chiamano vinilico , in posizione 6 , 7
c’è il gruppo propionico. Quando pi si
aggiunge il ferro al centro questo
diventa l’EME , cioè la ferro-protoporfirina 9.

Dunque avremo 1,3,5,8 – tetrametil

2,4 -divinil

6,7 -dipropiomil-porfina
Il ferro forma 6 legami di coordinazione, che è un legame covalente di tipo dativo, in cui entrambi gli
elettroni vengono forniti da uno solo degli atomi legati , nel caso specifico il ferro forma 6 legami di cui 4 li
forma con i 4 azoti dei nuclei pirrolici , poi un 5 legame lo forma con un’amminoacido della proteina che è
un residuo di istidina, che si chiama ISTIDINA PROSSIMALE questo fa in modo che resti legato alla proteina ,
infine il 6 legame lo stabilisce con l’ossigeno.

È molto importante che il ferro legato all’eme sia ferro-ferroso perché se per qualche motivo , il ferro
diventa ferro-ferrico l’emoglobina non riesce più a legare l’ossigeno e quindi non funziona e si chiama
META-EMOGLOBINA , sappiate che una certa quantità della nostra emoglobina può essere meta-
emoglobina anche fisiologicamente , perché ci sono alcuni farmaci come l’asprina ecc. o alcune sostanze
come negli alimenti che vanno ad ossidare il ferro ferroso a ferro ferrico, noi però per fortuna abbiamo un
enzima che si chiama beta-emoglobina-reduttasi che va a riconvertire il ferro3+(ferro ossidato) in ferro2+
(ferro ridotto e quello in grado di legare reversibilmente l’ossigeno).

Come funziona l’emoglobina?

È una proteina allosterica, perché cosi come gli enzimi possono essere attivati o disattivati mediante il
legame con un effettore o modulatore , che si va a legare ad un sito della proteina che si chiama sito
allosterico e le fa cambiare la conformazione , per cui la proteina che era meno attiva, diventa più attiva. La
stessa cosa avviene con l’emoglobina, pur non essendo un enzima si comporta in questo caso come un
enzima allosterico, nel senso che l’emoglobina può oscillare in due conformazioni :
 sembrano identiche ma non lo sono, una
si chiama STATO T e l’altra STATO R, T sta
per teso che è una struttura molto più
compatta, più chiusa, più tesa ,che è
meno affine all’ossigeno, l’altro è lo stato
R , r sta per rilasciato che è uno stato in
cui la struttura della proteina è
leggermente più aperto, in cui l’ossigeno
si può legare, ricordiate nello stato t
l’ossigeno no si lega bene quindi viene
rilasciato, nello stato R , dove l’ossigeno si
può legare. Chi è che fa passare la
proteina dallo stato T allo stato R ? Una
serie di fattori , il primo è lo stesso
ossigeno, poi ce ne sono degli altri.

Abbiamo detto che entra l’ossigeno e si va a legare al ferro, quando succede ciò la configurazione
dell’orbitale esterno del ferro diventa più piccolo, il raggio atomico del ferro, questo è importante perché il
ferro che prima si trovava leggermente fuori dal piano dell’eme , entra nel piano dell’EME, siccome il ferro
a sua volta è legato all’istidina prossimale, succede che se la tira dietro . Tirandosela dietro, siccome
l’istidina fa parte della proteina, questa proteina cambia conformazione e passa dallo stato T allo stato R .
Questo avviene per ognuna delle sub-unità ,il cambio di conformazione di un sub-unità fa legare meglio
l’ossigeno alla seconda sub-unità, e lo fa legare ancora meglio alla terza, e poi ancora meglio alla quarta;
quindi succede che man mano che si lega , l’ossigeno aumenta l’affinità dell’emoglobina per l’ossigeno.
Quindi ecco questa è la cinetica che ci fa capire perché l’emoglobina è un buon trasportatore rispetto alla
mioglobina, che ha una sola sub-unità ed ha una tipica cinetica di Michaelis-Menten, una cinetica
iperbolica. Così come per gli enzimi , per i
trasportatori al posto di Km (kappa con emme),noi
possiamo usare un parametro che si chiama P50 , è
quel valore di pressione di ossigeno in cui il
trasportatore è saturato per metà, ha un valore di
pressione parziale di ossigeno che è uguale a 1 , quindi
significa che bastano piccolissimi valori di pressione
parziale di ossigeno , affinchè l’ossigeno sia legato alla
mioglobina; quindi significa che la mioglobina ha
un’elevatissima affinità per l’ossigeno e quindi
siccome ha un’elevatissima affinità, potrebbe fungere
da trasportatore? NO, perché i livelli di pressione
parziale dell’ossigeno a cui l’ossigeno deve essere
ceduto, cioè quello dei tessuti si aggira in questa zona
azzurra , dove il livello di pressione parziale
dell’ossigeno sta fra i 26 e i 40 millimetri di mercurio.
A questo livello di pressione parziale , osserviamo la
saturazione dell’emoglobina e quella della mioglobina,
mentre la mioglobina possiede ancora legato quasi
100% dell’ossigeno, l’emoglobina intorno ai 26
millimetri di mercurio ha già ceduto il 50% del suo
ossigeno, quindi la sua P50 è uguale a 26, làddove la P50 della mioglobina è uguale a 1 , analogamente a ciò
che abbiamo detto prima , più bassa è la P50 maggiore sarà l’affinità del trasportatore per l’ossigeno.
Quindi un trasportatore che deve trasportare bene non deve avere una P50 molto elevata, perché
altrimenti non cederebbe ossigeno, e infatti l’emoglobina rispetto alla mioglobina vediamo che ha
un’affinità per l’ossigeno che è 26 volte più bassa, quindi l’evoluzione ha scelto, ha selezionato
l’emoglobina come trasportatore e non la mioglobina, ha selezionato un trasportatore che avesse una
struttura quaternaria e si potesse comportare come una proteina allosterica. Infatti andando a vedere la
cinetica, vediamo che all’inizio a basse pressioni parziali di ossigeno, questo si lega molto poco mentre nella
mioglobina a basse pressioni parziali si lega molto di più, però man mano che si lega abbiamo detto è lo
stesso ossigeno ad indurre un cambio di conformazione dell’emoglobina che dallo stato T passa allo stato R.
La saturazione massima poi a livello dei polmoni sarà uguale sia per l’emoglobina che per la mioglobina.

La forma sigmoide della curva di saturazione indica che il legame dell’emoglobina con l’ossigeno è
cooperativo, quindi è importante perché la curva sigmoide ci dice che non c’è una sola sub-unità, ma ci
sono più sub-unità che hanno interagito insieme in maniera cooperativa , cioè il legame dell’ossigeno alla
prima sub-unità ha facilitato il legame dell’ossigeno alle altre sub-unità. La P50 mi dice la pressione parziale
alla quale il trasportatore è saturato di ossigeno per il 50% e ci fa capire quindi che l’emoglobina a livello di
pressione parziale di 26mm di mercurio , cede il 50% dell’ossigeno. Quindi + elevata è la pressione parziale
tanto + bassa è l’affinità del trasportatore per l’ossigeno che può essere facilmente ceduto.