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COOH
H2N H
R
carbonio alfa
catena laterale
Gly, G Ala, A
Pro, P, Val, V,
Phe, F
Leu, L Ile, I
Trp, W Met, M
Amminoacidi con gruppi R polari
Ser, S
Thr, T Cys, C
Tyr, Y Asn, N
Gln, Q
Amminoacidi con gruppi R acidi Amminoacidi con gruppi R basici
Asp, D
Acido aspartico Acido Glutamico
Glu, E
Lys, K His, H
Stereochimica Arg, R
N O
NH
OH
H3C H
O NH2
Amminoacidi non comuni
PROPRIETA’ FISICHE
• Quando un amminoacido (sale con PF: 200°C) viene
sciolto in H2O diventa uno ione dipolare
(zwitterione) che può agire sia come acido
(donatore di protoni) che come base (accettore di
protoni): il gruppo carbossilico forma lo ione
negativo carbossilato (-COO-) mentre il gruppo
amminico viene protonato (-NH3+)
pK1 pK2
a-amminoacido 3 lettere 1 lettera pkR gruppo R Pi %
-COOH -NH3+
H -2
-OOC-CH -C-COO-
2 -1 pK3
-1
NH3+
pK2
pK3 = 9.8 0
H pK1
+1
-OOC-CH -C-COO-
2 -2 [OH]
NH2
Istidina
STRUTTURA PROTEINE
AMMINOACIDO
C-TERMINALE
O O O R1
R R1
OH + OH -H2O R
N
OH
NH2 N H2N H O
H H
AMMINOACIDO LEGAME
N-TERMINALE PEPTIDICO
2-7 aa = oligopeptide
8-49 aa = peptide
> 50 aa = proteina
2° aa 4° aa
+ H 3N
1° aa 3° aa 5° aa
Caratteristiche di un legame peptidico
1. Inerte
2. Planare per permettere la coniugazione
3. Rotazione impedita attorno al legame
ammidico, trans
4. Rotazione dei gruppi R e R’ legati al
legame ammidico relativamente libera
infatti non tutti gli angoli di rotazione
sono permessi a causa degli ingombri
sterici delle diverse catene laterali e dello
scheletro stesso.
Combinazioni possibili con 20 aa
202 = 400 dipeptidi diversi 203 = 8000 tripeptidi diversi
Una proteina contenente una copia di ognuno dei 20 aa potra’
avere circa 20!=20x19x18x17…= 2 x 1018 diverse sequenze
O H O CH3 O
H3N+ N H N
N H N H O-
H O O
HO
OH
Seril-glicil-tirosil-alanil-leucina (Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu)
PROTEINE
PROTEINA M.M. AA SUBUNITA’
INSULINA 5733 51 2
1.Cromatografia per
esclusione molecolare
(gel filtrazione)
2.Cromatografia per
affinità
3.Cromatografia a
scambio ionico
4.Elettroforesi
CROMATOGRAFIA A SCAMBIO IONICO
Si usa una resina anionica
come fase stazionaria;
le proteine senza carica o
con carica netta negativa
passano attraverso la
colonna;
le proteine con carica netta
positiva si legano alla resina
spostando gli ioni sodio;
alla fine si aggiunge un
eccesso di ioni Na+ che
permettono il distacco e
l’uscita delle proteine;
la purificazione è scarsa
CROMATOGRAFIA AD ESCLUSIONE MOLECOLARE
O O O-
COOH Calore
2 O + H2N H N + CO2 +4H2O + RCOH
15 min
R
O O O
Azzurro/violetto e giallo
Struttura primaria: sequenza degli
amminoacidi legati tra loro da
legami covalenti peptidico
Struttura secondaria: disposizione
regolare e ricorrente in una
dimensione dello spazio della
catena peptidica per mezzo di
legami a idrogeno
Struttura terzaria: descrive tutte le
curve e i ripiegamenti
tridimensionali dovuti
principalmente a legami secondari
Struttura quaternaria: unione di
piu’ catene proteiche dette
subunita’
STRUTTURA PRIMARIA
Ordine con cui gli
amminoacidi si susseguono
nella catena polipeptidica
Tale ordine non è casuale,
ma è rigorosamente
immutabile per ogni
particolare proteina di un
organismo.
Ogni proteina ha in ogni
individuo appartenente alla
stessa specie sempre la
stessa composizione in
amminoacidi, legati l'uno
all'altro sempre con lo
stesso ordine.
Struttura Primaria dell’insulina
ponti disolfurici
DETERMINAZIONE STRUTTURA PRIMARIA
Sanger
3) La proteina è tagliata in frammenti più piccoli: ognuno viene
separato e poi sequenziato con la degradazione di Edman;
Degradazione di Edman: rimozione di un amminoacido alla volta
dall’estremità N-terminale; dopo circa 40 cicli diventa difficile
determinare la sequenza amminoacidica. Infatti dopo un numero
elevato di cicli, gli effetti cumulativi di reazioni incomplete e di
reazioni secondarie del processo rendono impossibile una
identificazione certa dell’amminoacido rilasciato e quindi della
sequenza amminoacidica. Per tale motivo la proteina da
sequenziare è scissa in piccoli frammenti polipeptidici.
a) Rompere i legami disolfuro irreversibilmente
b) Effettuare diverse idrolisi parziali per via chimica, ma soprattutto
per via enzimatica utilizzando enzimi specifici che portano alla
formazione di frammenti peptidici piu’ piccoli:
Tripsina: Lys, Arg (lato C)
Chimotripsina: Phe, Tyr, Trp (lato C)
Bromuro di cianogeno: Met (lato C)
Pepsina: Phe, Tyr, Trp (lato N)
1. Il reagente di Edman,
fenilisotiocianato,
reagisce con il gruppo
amminico N-terminale
di un polipeptide in
condizioni blandamente
alcaline, per formare il
feniltiocarbamile
2. Tale addotto è
trattato con acido
trifluoroacetico anidro
(F3CCOOH), che libera
il residuo N-terminale
sotto forma di
derivato tiazolinonico,
senza idrolizzare gli altri
legami peptidici
Le principali strutture secondarie di una proteina
anse o ripegamenti
-foglietto I segmenti adiacenti
antiparallele parallele possono anche essere
lontani nella sequenza
amminoacidica
Le catene adiacenti
possono essere parallele
o antiparallele
I legami idrogeno si
formano tra catene
adiacenti
La conformazione beta si
estende a zig-zag invece
che a elica.
I gruppi R devono essere
abbastanza piccoli
(ingombro sterico).
Irregolarità nelle strutture -foglietto e a-elica
Labirinto
La chiave greca
:regolatrice, enzimatica
STRUTTURA TERZIARIA
E' la struttura tridimensionale della proteina ed è determinata
dall’interazione dei gruppi laterali della catena principale
mediante legami deboli (idrofobiche, idrogeno, dipolo) ma
anche forze elettrostatiche oppure covalenti come il ponte
disolfuro;
M2+
Proteine globulari di forma compatta, sferica, (struttura 2°
e 3°) solubili in acqua capaci di spostarsi nell'ambiente della
cellula (funzione catalica, trasporto, regolatrice, deposito)
Valori estremi di pH
alterano la carica
netta della proteina
Calore: vengono rotti i Solventi organici modificano modificandone i
legami piu’ deboli a 60°C le interazioni idrofobiche legami
STRUTTURA QUATERNARIA
1. La struttura quaternaria riguarda proteine costituite da più
catene polipeptidiche uguali oppure diverse; ogni catena è
chiamata subunità (2-12)
2. Le subunità sono tenute insieme da legami non covalenti (forze
elettrostatiche, legami a idrogeno e interazioni idrofobiche)
Strutture quaternarie simmetriche
SINTESI DI PEPTIDI E PICCOLE PROTEINE (100)
Ingegneria genetica