e la sua sconfitta da parte dell'ammiraglio inglese Horatio Nelson, nel marzo 1799 si formò una nuova coalizione contro la Francia, composta dalla sempre presente Inghilterra, dalla Russia e dall'Austria. Il generale dall'esercito Russo, Suvarov riuscì in poco tempo a penetrare in Germania, sconfiggendo le truppe francesi di Moreau, e tra aprile e maggio dello stesso anno entrò in Lombardia e in Piemonte. Gli invasori non trovarono molta resistenza da parte delle nuove repubbliche, dove erano in corso scontri e ribellioni contro i giacobini. Nelle repubbliche centro-settentrionali infatti, i russi instaurarono in poco tempo gli antichi governi, aiutati appunto da quegli italiani che in un primo momento avevano accolto i francesi con entusiasmo, ma che successivamente si erano resi conto della politica anticattolica e del regime di requisizioni e ruberie che avevano imposto. I giacobini assieme ai repubblicani italiani furono così isolati. Stessa fine toccò alla repubblica Partenopea che cadde nel giugno del 1799, dopo che masse di contadini capeggiati dal cardinale Fabrizio Ruffo, fondarono l'esercito della Santa Fede ed entrarono a Napoli massacrando chiunque si venisse a trovare sulla loro strada. In poco tempo furono condannati a morte un centinaio di repubblicani e fu re instaurata la monarchia dei Borbone. Nel corso del 1799 crollarono tutte le repubbliche italiane, poiché i francesi non erano riusciti a capire la potenza distruttiva che poteva scaturire dal malcontento creato nei contadini.