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AMINOÁCIDOS E PEPTÍDEOS

Karla Andrade de Oliveira


AMINOÁCIDOS
 São as unidades monoméricas das proteínas.
 Conjunto de 20 aminoácidos (comuns) covalentemente
ligados:

ENZIMAS HORMÔNIOS ANTICORPOS ANTIBIÓTICOS


TRANSPORTADORES FIBRAS MUSCULARES

 Cada aminoácido possui diferentes propriedades


químicas.
 Sequência linear: - estrutura da proteína;
- atividade biológica da proteína.
AMINOÁCIDOS:ESTRUTURA
 Aminoácidos constituintes de proteínas: αAminoácidos.
Características estruturais comuns

Características distintas:
 GRUPO R: -estrutura
- tamanho
-carga elétrica
- solubilidade em água
AMINOÁCIDOS:ESTRUTURA
 Carbono α: centro quiral- 4 grupos diferentes

 Arranjo tetraédrico: 2 arranjos espaciais-2 estereoisômeros

 Imagens especulares não superponíveis: enantiômeros


AMINOÁCIDOS:NOMENCLATURA
 Configuração absoluta: sistema D,L.
 Baseada na configuração absoluta do gliceraldeído: Fischer
(1891).

 Obs: D e L não se refere às propriedades opticas de desvio do


plano da luz polarizada para direita ou para esquerda.
 Aminóacidos em proteínas são L estereoisômeros, com
algumas exceções (peptídeos de parede celular e peptídeos
antibióticos).
AMINOÁCIDOS:CLASSIFICAÇÃO
 Aminoácidos são classificados pelo seu grupo R.
 5 grupos: polaridade e solubilidade em água em pH 7.0.
1- Grupo R não-polar e alifático:
AMINOÁCIDOS:CLASSIFICAÇÃO
Alanina,valina, leucina e isoleucina:
Interações hidrofóbicas .
AMINOÁCIDOS:CLASSIFICAÇÃO
Metionina: grupo tioeter não polar.
AMINOÁCIDOS:CLASSIFICAÇÃO
 Glicina: menor grupo R.
Não contribui para formação de interações hidrofóbicas.
AMINOÁCIDOS:CLASSIFICAÇÃO
 Prolina: grupo R com estrutura cíclica.
Diminui a flexibilidade estrutural da proteína.

Glicina e prolina: encontrados em voltas na estrutura


da proteína.
AMINOÁCIDOS:CLASSIFICAÇÃO
2- Grupo R Aromático:

Relativamente apolares.
Tirosina e triptofano: mais polares
Formam interações hidrofóbicas.
AMINOÁCIDOS:CLASSIFICAÇÃO
Tirosina e triptofano:
Lei de Lambert-Beer

A=ecl
AMINOÁCIDOS:CLASSIFICAÇÃO
3-Grupo R Polar, não carregado: grupo R mais solúvel em
água.
AMINOÁCIDOS:CLASSIFICAÇÃO
Cistina

Ponte
Dissulfeto

.
AMINOÁCIDOS:CLASSIFICAÇÃO
4- Grupo R carregado positivamente (pH 7,0)
AMINOÁCIDOS:CLASSIFICAÇÃO
5- Grupo R carregado negativamente (pH 7,0)
AMINOÁCIDOS INCOMUNS
• Criados por modificações de aminoácidos comuns
incorporados às proteínas.

Ex: Colágeno
AMINOÁCIDOS INCOMUNS

Ex: Miosina_ proteína contrátil do músculo


AMINOÁCIDOS INCOMUNS

Ex: Protrombina

Ex: Elastina
AMINOÁCIDOS NÃO PROTÉICOS

Ciclo da Uréia e biossíntese de arginina


AMINOÁCIDOS: Ácido ou Base
Em soluções aquosas (pH 7,0) : íon dipolar
Ex: alanina

Ácido diprótico

 Variação de carga líquida: variação da estrutura das proteínas: variação da função da


proteína.
 Conceitos que são princípioss básicos para técnicas de manipulação de proteínas.
 Baseado no comportamento àcido-básico AA podem ser utilizados como tampões.
CURVA DE TITULAÇÃO

• Titulação ácido-base: adição ou remoção gradual de prótons.

Ex. Titulação da glicina:

 2 estágios:
desprotonação de dois grupos ionizáveis.

 2 regiões tamponantes:
Em torno de pK1 e pK2

 pI:
Capacidade tamponante da glicina

pH= pK1=2,34
50% 50%

50% pH= pK2=9,6


50%
CURVA DE TITULAÇÃO

 pKa= pH no ponto médio da titulação.


 pKa= pH em que concentrações equimolares de espécies doadoras
e receptoras de prótons estão presentes.
 pKa= tendência de um grupo doar próton. Essa tendência diminui
10x à medida que o pKa aumenta em uma unidade.
 Poder tamponante: na região de pH do pKa.
 pI: A remoção do primeiro próton foi completa. Começa a remoção
do segundo.
 pI= pH em que a carga líquida da molécula é igual a ZERO.
 pK1 (COOHα) e pK2 (NH3+ α).
• pH abaixo do pI= carga líquida positiva: move para o polo negativo
em um campo elétrico.
• pH acima do pI= carga líquida negativa: move para o polo positivo
em um campo elétrico.
pH 1,0 pH 12,0

Quanto mais longe o pH da solução estiver do pI= maior a carga


líquida. Ex. Glicina pH 1,0 CL=+1
pH 2,34 CL=+0,5
CL?
pI?
CL :
pH 1,0
pH 1.82
pH 6,0
pH 9,17
pH 12
pI da histidina?
PEPTÍDEOS
• Polímeros de Aminoácidos.
• Dois ou três a milhares de aminoácidos ligados.
• Peso molecular abaixo de 10000 Da.
 A ligação peptídica é estável: hidrólise exergônica, porém com alta energia de
ativação; meia-vida: 7 anos em condições intracelulares.
PEPTÍDEOS: comportamento ácido-base

 Curvas de titulação características;


 pI característicos (*)
PEPTÍDEOS: funções
 Hormônios:
 Oxitocina: contrações uterinas (9 resíduos aa);
 Bradicinina: inibe a inflamação (9 resíduos aa);
 Insulina (duas cadeias polipeptídicas- 30 e 21 resíduos aa).
 Glucagon (29 resíduos aa)
 Antibióticos
PROTEÍNAS
ESTRUTURA E FUNÇÃO
PROTEÍNAS

Proteínas Multisubunidades: várias cadeias ligadas não covalentemente


Proteínas oligoméricas: subunidades idênticas (protômeros) ≠ insulina
Grupo Prostético: componente químico permanentemente ligado. Importante função para
a proteína.
PROTEÍNAS: ESTRUTURA

• 4 níveis de estrutura (hierarquia):

 ESTRUTURA PRIMÁRIA: descrição das ligações covalentes (ligações


peptídicas e pontes-dissulfeto)= sequência de aa.

 ESTRUTURA SECUNDÁRIA: arranjo estável de aa gerando padrões


estruturais recorrentes.

 ESTRUTURA TERCIÁRIA: descreve todos os aspectos da dobramento


tridimensional do polipeptídeo.

 ESTRUTURA QUATERNÁRIA: qdo uma proteína tem duas ou mais


subunidades, seu arranjo no espaço é referido como estrutura
quaternária.
PROTEÍNAS: DIVERSIDADE ESTRUTURAL

ENZIMA
ESTRUTURA PRIMÁRIA
HORMÔNIO
ESTRUTURA SECUNDÁRIA

ESTRUTURA TERCIÁRIA PROTEÍNA


ESTRUTURAL
ESTRUTURA QUATERNÁRIA

ANTICORPO

LISOZIMA
FIO DE CABELO (QUERATINA)
PROTEÍNAS: ESTRUTURA PRIMÁRIA

 Sequência de aa.
 Determina a estrutura tridimensional da proteína.
 Determina a função de uma proteína.

Ex.1: 25000 a 35000 proteínas:


 sequência única de aa;
 estrutura tridimensional única;
 função única.

Ex.2: doenças genéticas: proteínas defectivas.

Ex.3: proteínas similares de organismos diferentes: sequências similares


PROTEÍNAS: ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL

1. Estrutura tridimensional é determinada pela


sequência de AA (estrutura primária).
2. Função depende da estrutura .
3. Proteínas existem em uma ou em um pequeno
número de formas estruturais estáveis.
4. Interações não covalentes são as principais
forças a manterem a estrutura.
5. Padrões estruturais comuns ocorrem em todas
as proteínas.
PROTEÍNAS: ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL

 Possíveis conformações de uma proteína: estados estruturais que


ocorrem sem a quebra de ligações covalentes.

 Apenas algumas conformações são estáveis/predominantes em


condições biológicas.

 Variação de conformações: ligados a função de proteínas.


Ex.: hemoglobina, enzimas.

 Conformações predominantes em um dado conjunto de


condições: termodinamicamente mais estáveis: menor Energia
livre de Gibbs (∆G).

 Conformação nativa: conformação dobrada e funcional.


PROTEÍNAS: ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL
 Interações fracas estabilizam a conformação de uma
proteína.
Estado desenovelado X Conformação nativa

ENTROPIA Interações
hidrofobócias
Ligações de H com
solvente Ligações de H

Geralmente, conformações Interações iônicas


mais estáveis são as que
possuem maior número de
interações fracas. Pontes dissulfeto
PROTEÍNAS: ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL
Estrutura Secundária

 Conformação local de alguma parte de um polipeptídeo.


 Padrões regulares de dobramento.
ESTRUTURA SECUNDÁRIA
 α Hélice:
1- o esqueleto de carbono se enrola em torno de um eixo longitudinal,
com os grupos R voltados para fora da hélice;
2- a unidade repetitiva é uma volta da hélice (5,4 Å);
3- cada volta da hélice tem 3,6 resíduos de AA;
4- α hélice de proteínas giram para direita;
5- estabilizada por ligação de hidrogênio entre o H do grupo amino da
ligação peptídica com o O da carbonila do quarto aminoácido no
sentido aminoterminal da hélice.
6- cada ligação peptídica participa de ligações de H, exceto as das
extremidades da hélice.
7-as voltas são ligadas por 3 ou 4 ligações de H.
8- Interações entre cadeias laterais entre 3 ou 4 resíduos distantes:
pares iônicos, aminoácidos não polares.
Estabiliazam a estrutura: ligações de H, interações eletrostáticas, interações
hidofóbicas
ESTRUTURA SECUNDÁRIA

 Impedimentos para formação de αhélice:


1. Sequência de muitos Glu adjacentes
2. Sequência de muitos Arg e Lys adjacentes
3. Asp, Ser, Thr, Cys: volume e forma.
4. Presença de Pro e Gly.
N_Cα: não há rotação
Pequena e muito flexível
ESTRUTURA SECUNDÁRIA

 Impedimentos para formação de αhélice:


5. Presença de AA positivos próximos ao amino
terminal, e AA negativos próximos ao
carboxiterminal da hélice

A tendência de formação de αhélice é determinada


pela identidade e sequência dos resíduos de AA=
estrutura primária!!!
REPULSÃO ELETROSTÁTICA ENTRE AA SUCESSIVOS CARREGADOS

VOLUME DOS GRUPOS R ADJACENTES

INTERAÇÕES ENTRE GRUPOS R DE AA SEPARADOS POR 3 A 4 AA

OCORRÊNCIA DE PRO OU GLY

IDENTIDADE DO AA NO TERMINAL DA HÉLICE

A tendência de formação de αhélice é determinada pela


identidade e sequência dos resíduos de AA= estrutura primária!!!
ESTRUTURA SECUNDÁRIA

 Conformação β:
1. O esqueleto de C da cadeia é extendido em
zigzag.

2. As cadeias em zigzag podem se extender


lado a lado: folha β= ligações de H entre
segmentos adjacentes da cadeia polipeptídica.

3. Grupos R para fora da estrutura


em zigzag em padrão alternado.

4. Paralelas ou antiparalelas.
5. Período de repetição: 6,5 ou 7 Å.
6. Gly e Ala: pequenos; permitem o contato entre as
cadeias em zig zag para formar a folha β pregueada.
ESTRUTURA SECUNDÁRIA

 Voltas β:
 são loops onde a cadeia polipeptídica muda de direção.
 Conectores que ligam sucessivos trechos de αhélice e folhas β.
 Volta 180˚ envolvendo 4 AA: ligação de H entre O do carbonil do
primeiro AA e o H do amino do quarto AA.
 Gly e Pro ocorrem frequentemente.
 Frequentemente encontradas na superfície da proteína.
ESTRUTURA TERCIÁRIA
 Arranjo tridimensional de todos os átomos da proteína.
 AA muito distantes na sequência da proteína e que
residem em diferentes tipos de estrutura secundária
podem interagir.
 Interações fracas e pontes dissulfeto entre segmentos da
cadeia polipeptídica.
ESTRUTURA QUATERNÁRIA

Proteínas com duas ou mais subunidades:


Arranjo de subunidades protéicas em complexos
tridimensionais.
ESTRUTURA QUATERNÁRIA

• Arranjo de múltiplas subunidades polipeptídicas: 2 a


cetenas de subunidades.

• Funções:
 Proteínas multisubunidades podem ter papéis
regulatórios: mudança na atividade de uma proteína pela
ligação de uma molécula regulatória ou substrato.
 Cada subunidade pode ser responsável por uma
determinada função: regulatória e catálise.
 Podem servir como papel estrutural.
 Podem ser sítio de reações multipassos.
PROTEÍNAS FIBROSAS

• Estrutura da proteína está relacionada a função biológica.

 São adaptadas para função estrutural.


 Fornece suporte, forma, proteção externa, força e
flexibilidade.
 Apresentam um único tipo de estrutura secundária.
 São insolúveis em água: mtos resíduos AA hidrofóbicos
no interior e superfície da proteína.
 Empacotamento de várias cadeias similares formando
complexos supramoleculares, enterrando os resíduos
hidrofóbicos.
PROTEÍNAS FIBROSAS
Secundária
 α-queratina: conferir força. Terciáira

• Cabelo, unhas, chifres, cascos...


Quaternária
• Estrutura secundária:
α-hélice.
• Pontes dissulfeto:
estabilizam a estrutura
quaternária e conferem força.
PROTEÍNAS FIBROSAS

 Colágeno: conferir força.


• Encontrado em tecido conjuntivo: tendões, cartilagem,
matriz orgânica dos ossos e córnea dos olhos.
• Estrutura secundária única: hélice voltada para esquerda
com 3 resíduos de AA por volta= cadeia α.
• Estrutura terciária: 3 cadeias α super-enroladas umas às
outras.
• Contém 34% Gly, 11% Ala e 21% Pro e 4-Hyp: pouco valor
nutricional.
• Sequência: repetição do tripeptídeo Gly-X-Y (X= Pro; Y=4-
Hyp). Gly: nas junções entre as cadeias α.
Pro e 4-Hyp: permitem as voltas da hélice.
Molécula de colágeno tripla-
Cadeia α
hélice: tropocolágeno

Confere tensão e força


FIBRILAS DO COLÁGENO

Complexos supramoleculares
de moléculas de colágeno

Ligações covalente cruzadas


entre Lys, HyLys ou His
conferem força.
FIBROÍNA DA SEDA
PROTEÍNA GLOBULAR

 Diferentes segmentos de uma cadeia polipepítidica (ou


múltiplas cadeias) dobram-se uns sobre os outros.
 O dobramento fornece diversidade estrutural:
diversidade de funções.
 Enzimas, proteínas transportadoras, proteínas motoras,
proteínas regulatórias, imunoglobulinas...
 Ex. Mioglobina
PROTEÍNAS GLOBULARES
 Mioglobina (Mr 16.700).
• Estoque e difusão de moléculas de oxigênio no músculo.
• cadeia polipeptídica de 153 AA e um grupo heme.
• Estrutura terciária: 8 αhélices interrompidas por voltas (voltas
β).
• Gupros R hidrofóbicos no interior da proteína =interações
hidrofóbicas. Core hidrofóbico e compacto.
• Grupos R polares na superfície.
• Oxigênio é ligado ao grupo heme prostético:
 Oxigênio é pobremente solúvel em soluções aquosas;
 Necessidade de proteínas para transporte e armazenamento;
 Metais de transição (Fe e Cu): forte tendência a ligar oxigênio;
 Ferro livre promove formação de espécies reativas de oxigênio;
 Ferro é incorporado ao grupo prostético chamado heme.
PROTEÍNAS GLOBULARES

Heme livre X heme ligado a proteínas:


• Heme: anel protoporfirínico contendo ferro.
• Em uma cavidade inacessível a água.

 Evita conversão irreversível Fe⁺² Fe⁺³


 Regula acesso do Ferro do heme por outras moléculas (CO)
Cadeia respiratória bactericida Enzima pancreática

Grupos hidrofóbios: interior


Grupos polares : superfície
Estabiliazam as estruturas terciárias: interações hodrofóbicas, interações iônicas , ligações
de hidrogênio, ligaçoes covalentes (pontes dissulfeto)
ESTRUTURAS SUPERSECUNDÁRIA

• Também chamadas de Motivos.


• Arranjos estáveis de vários elementos de estrutura
secundária e as conexões entre elas.
• Aparecem como unidades repetitivas ou em
combinações na estrutura das proteínas.
Domínios
• Unidades globulares na estrutura da proteína.
• O domínio mantém sua estrutura mesmo qdo separados
do restante da cadeia.
• Diferentes domínios geralmente tem distintas funções:
ligação de pequenas molélulas ou interação com outras
proteínas.
HEMOGLOBINA
• Hemoglobina (Mr 64,500)
• Consiste de 2 cadeias α (141 AA) e 2 cadeias β(146
AA) arranjadas em pares, e 4 grupos heme.
Hemoglobina sofre mudança estrutural na ligação com
o oxigênio:

Baixa afinidade por oxigênio Alta afinidade por oxigênio


Hemoglobina liga ao oxigênio cooperativamente:

Ligações coopeerativas fazem a hemoglobina ser mais sensíveis à pequena diferença entre
as concentrações de Oxigênio entre pulmão e tecidos.
Possível pela estrutura tretamérica: proteína alostérica.
PROTEÍNAS MOTORAS
Principais proteínas do músculo: Actina e Miosina.
80% da massa protéica do músculo.
Filamentos grossos: arranjos de Miosina.
Filamentos finos: arranjos de filamentos de actina
(Actina F) assoaciados a Troponina e Tropomiosina.
Desnaturação

 Perda da conformação nativa


(estrutura tridimensional
funcional).

 FATORES:
1. Temperatura Rompimento
2. pH de
interações
BIBLIOGRAFIA

Bibliografia básica
 NELSON, D. L., COX, M. M. Lehninger:
princípios de Bioquímica. 6. ed. Porto Alegre:
Artmed, 2014. 1273p.

 BERG, J. M., TYMOCZKO, J. L., STRYER, L.


Bioquímica. 6. ed. Rio de Janeiro: Guanabara
Koogan, 2008. 1114p.

 VOET , D., VOET, J .G., Bioquímica. 4. ed.


Porto Alegre: Artmed, 2013. 1481p.