Gli amminoacidi: composti che contengono

un gruppo amminico ed uno carbossilico

carbonio α

catena laterale

Gli amminoacidi che costituiscono le proteine sono tutti

α-amminoacidi
 Ciò che differenzia gli amminoacidi è la
catena laterale: alcuni hanno una catena
neutra e poco polare…
…altri hanno una catena laterale polare, ma
non carica…
…altri ancora hanno una catena laterale
contenente gruppi carichi…

+
H
 …infine, alcuni amminoacidi hanno una
catena laterale contenente anelli aromatici.
In quasi tutti gli amminoacidi proteici, il
carbonio alfa è chirale

Possibili stereoisomeri di un amminoacido generico

Tutti gli amminoacidi proteici chirali sono L-amminoacidi

 Ionizzazione degli amminoacidi: potere
tampone, carica netta e punto isoelettrico

Curve di titolazione di glicina e istidina

 Aminoacidi: abbreviazioni

Aminoacido Abbreviazione Abbreviazione

a 3 lettere a 1 lettera

Glicina Gly G
Alanina Ala A
Valina Val V
Leucina Leu L
Isoleucina Ile I
Metionina Met M
Fenilalanina Phe F
Tirosina Tyr Y
Triptofano Trp W
Serina Ser S
Treonina Thr T
Cisteina Cys C
Prolina Pro P
Istidina His H
Arginina Arg R
Lisina Lys K
Ac. Aspartico Asp D
Ac. Glutammico Glu E
Asparagina Asn N
Glutammina Gln Q
 Gli aminoacidi si uniscono in catene
formando legami peptidici

Oligopeptidi: catene brevi (fino a 10-20 aa)

Polipeptidi: catene più lunghe
Le proteine sono polipeptidi (in genere, >40-60
aa)

La sequenza proteica si legge nella direzione

NH2
COOH
I gruppi O-C-N-Cα α del legame peptidico
giacciono sullo stesso piano
(Pauling e coll., fine degli anni ’30)

Il legame C-N ha un carattere di parziale

doppio legame.

Per motivi sterici i due Cα si trovano

quasi sempre in configurazione trans.
 Orientamenti reciproci di due legami
peptidici adiacenti: angoli φ (phi) e ψ (psi)
(

Φ,ψ = 0°, 0° Φ,ψ = 180°,180°

φ ψ
φ ψ
Non tutte le combinazioni di phi e psi
sono consentite:
(Ramachandran, anni ‘60)
Grafico di Ramachandran
per l’alanina (e per la maggior
parte degli amminoacidi)

Grafico di Ramachandran
per la glicina

Grafico di Ramachandran
per la prolina
 Struttura tridimensionale delle proteine:
Interazioni non-covalenti tra gli aminoacidi
 La struttura secondaria delle proteine
è dettata da legami H tra i gruppi peptidici

L’alfa-elica (Pauling, 1951) è una struttura

secondaria canonica, stabilizzata da
legame H tra aminoacidi che distano di
quattro posizioni
NH3-term

Legame
idrogeno

COOH-
term
 L’alfa-elica: caratteristiche

ϕ ≈ -60°
ψ ≈ -50°
-Destrogira
-Catene laterali esterne
-Diametro ≈ 6 Å
-Passo: 5.4 Å /giro
-3.6 aa/giro

L’α
α-elica vista dall’alto Rappresentazioni schematiche
Alfa-elica: l’importanza
della sequenza primaria

Non tutti gli aa hanno

la stessa tendenza a
formare eliche…

Le catene laterali
possono determinare
Interazioni elica-elica

L’α
α-elica; rappresentazione
‘a ruota’
 In alcune proteine, l’unica stuttura
secondaria regolare è l’alfa elica

Mioglobina
 Il foglietto beta: un’altra struttura
secondaria canonica, stabilizzata da legami
H tra aminoacidi anche molto distanti

Nel foglietto, i singoli tratti di catena assumono una

conformazione a zig-zag (filamento beta)

ϕ ≈ -140° ψ ≈ +130°

Rappresentazione schematica
di un filamento beta
Il foglietto beta può essere costituito da
filamenti paralleli o antiparalleli
Il foglietto beta può essere costituito da
filamenti paralleli o antiparalleli

Filamenti paralleli

Filamenti antiparalleli
 In alcune proteine, l’unica stuttura
secondaria regolare è il foglietto beta

Connettivina

Avidina
(una proteina
che lega la
Biotina)
Comunque, la maggior parte delle
proteine contengono
sia eliche che foglietti

Trioso-fosfato isomerasi (un enzima con una

classica struttura a barile alfa-beta)
 Cosa tiene insieme la struttura
terziaria delle proteine?

Ponti H (ancora,
ma stavolta solo tra
catene laterali)

Interazioni tra gruppi

carichi (“ponti salini”)

Legami disolfuro
(covalenti, formati per
ossidazione di due
residui adiacenti di
cisteina, di solito si
trovano in proteine
extracitoplasmatiche)
Interazioni tra residui apolari e formazione
di un ‘nocciolo’ idrofobico

Effetto idrofobico: le
catene laterali apolari di
una proteina tendono a
stringersi le une alle
altre.

L’effetto rispecchia solo in minima parte una

attrazione reciproca, ed è dovuto principalmente ad
una repulsione da parte della ‘rete’ di legami
idrogeno formati dalle molecole del solvente (H2O).

Le regioni di proteina ricche in aa idrofobici possono

minimizzare i contatti con l’acqua riunendosi in un
nocciolo (‘core’) idrofobico lontano dalla superficie
della molecola.
Come si forma la struttura compatta di una
proteina? L’esperimento di Anfinsen

La ribonucleasi ritrova da sola la sua struttura

terziaria corretta.

Christian Anfinsen
 Perchè il folding spontaneo delle proteine
dovrebbe essere impossibile:
il paradosso di Levinthal
Proteina denaturata
(‘unfolded’):
10 possibili conformazioni
100
Proteina nativa: compatta,
unica struttura terziaria,
termodinamicamente stabile

1018 anni (esplorando

1014 conformazioni al
secondo)

In realtà, molte proteine impiegano solo frazioni di secondo per

‘foldarsi’…
 Come evitare il paradosso di Levinthal:
collasso idrofobico e intermedi di folding
 Nelle cellule, il folding dei polipeptidi
nascenti è aiutato anche da molecole note
come ‘chaperoni’
 Una catena polipeptidica lunga può
avvolgersi formando più domini
(regioni indipendenti dal punto di vista
strutturale e di folding)

Dominio di legame della

Gliceraldeide 3-fosfato)

Dominio di legame del

NAD

Gliceraldeide 3-fosfato deidrogenasi (un

enzima contenente due domini)
 Più proteine singole (‘monomeri’)
possono assemblarsi mediante
interazioni non-covalenti, formando
una struttura quaternaria

Monomero
Tetramero

Dimero di trioso fosfato isomerasi

 Spesso, la struttura quaternaria
mostra una disposizione simmetrica
dei monomeri

Struttura eptamerica
di una chaperonina
umana
 L’emoglobina (la proteina rossa del
sangue) è un tetramero formato da due
tipi distinti (ma simili) di subunità

α2
β1

β2
α1

Mioglobina Anello dell’eme

 La mioglobina è una globina
monomerica. Lega l’O2 grazie al suo
cofattore eme

(istidina prossimale)
 La mioglobina mostra una curva di
legame iperbolica per l’O2

YO2=frazione di
saturazione dell’eme

pO2
YO2=
pO2 + K

Una pO2= 3 torr è molto inferiore alla

pressione parziale di ossigeno atmosferica
 L’emoglobina (globina tetramerica)
mostra strutture quaternarie diverse in
presenza e in assenza di O2
Nell’emoglobina, il cambio di struttura
quaternaria comporta la formazione di
interazioni diverse all’interfaccia fra
subunità
 L’emoglobina mostra una curva di
legame cooperativa per l’O2

Legame cooperativo: significa che l’affinità per il ligando varia

in base alla concentrazione del ligando già legato.

La cooperatività è un caso speciale di allosteria. Il legame

cooperativo richiede che la macromolecola abbia più di un sito di
legame, dal momento che la cooperatività dipende proprio dalla
comunicazione diretta o indiretta tra questi siti.
Cooperatività e funzione fisiologica
dell’emoglobina
Due modelli classici per spiegare la
cooperatività dell’emoglobina

L
L
L L L L
L L L
L
L

Il modello sequenziale (KNF)

Il modello
concertato
(MWC)
L’affinità dell’emoglobina per l’ossigeno
dipende dal pH:
l’ “effetto Bohr”

H H
N N
+
H
N
+ N
H

CH2 CH2
pKa≈7
CH CH
L’effetto Bohr e la funzione fisiologica
dell’emoglobina
L’affinità dell’emoglobina per l’ossigeno è
regolata anche
dal 2,3-bisfosfoglicerato
Il 2,3-BPG si lega al centro del tetramero,
solo nella forma T

Stato R (ossi) Stato T (deossi)

L’emoglobina S: una forma patologica
di emoglobina

Anemia falciforme

Mutazione sulla catena

beta: Glu6->Val
 In individui eterozigoti, il gene per
l’emoglobina S sembra dare qualche
resistenza contro la malaria