DEGRADAZIONE DELLE PROTEINE

L’ingresso delle proteine derivanti

dalla dieta nello stomaco stimola la
mucosa gastrica a secernere l’ormone
GASTRINA, che a sua volta stimola la
secrezione di HCl, e di PEPSINOGENO

La proteolisi dei peptidi ottenuti continua

nell’intestino tenue per azione di enzimi
secreti dal Pancreas (tripsinogeno, chimo-
tripsinogeno e procarbossipeptidasi A e B)

La sintesi di enzimi come precursori inattivi

(zimogeni) protegge le cellule esocrine da
un attacco proteolitico.
 STRUTTURA GENERALE E
STEREOISOMERIA DEGLI a-AMMINOACIDI
 OMOCISTEINA/METIONINA
L’omocisteina è un aminoacido non proteico prodotto dal metabolismo della metionina,
un’aminoacido solforato essenziale che viene introdotto nel nostro organismo con la dieta.
Attraverso la via della ri-metilazione, l’omocisteina può essere ri-metilata a metionina.
La metionina è il precursore della SAM (S-adenosyl Metionina).

4 1

Coenzima B12

2
3
Anche se a livello cellulare tutti i 20 aminoacidi devono essere
contemporaneamente presenti, solo 9 devono essere
introdotti con gli alimenti in quanto l’organismo non è in grado
di sintetizzarli. Questi nove aminoacidi vengono definiti
AMINOACIDI ESSENZIALI (valina, isoleucina, leucina,
lisina, metionina, fenilalanina, treonina, triptofano e istidina).

t
 FORMAZIONE DEL LEGAME
PEPTIDICO (CARBOAMMIDICO)

I PEPTIDI SONO CATENE

DI AMMINOACIDI
 Funzione di L-Aminoacidi

Sintesi Proteine

Precursori di neurotrasmettitori (Fenil-Alanina------dopamina)

(Triptofano--------Serotonina)
(Acido Glutammico-----GABA)

Neurotrasmettitori (Glicina, Glutammato, Aspartato)

Sintesi Vitamina PP (Triptofano)

Gluconeogenesi

Funzione Catabolica Energetica (nel digiuno prolungato)

Sintesi Ormoni (Tirosina-----Ormoni Tiroidei)

 Folding Proteico

Il ripiegamento di una proteina (protein folding) è un

processo molecolare reversibile attraverso il quale le
proteine pervengono alla loro struttura tridimensionale
stabile. Il ripiegamento avviene sia contemporaneamente alla
sintesi proteica che alla fine di questa.

Questo ripiegamento dipende dalla presenza di particolari

aminoacidi idrofobici e polari. In vivo, il folding può essere
guidato da proteine note come chaperonine, che si legano
temporaneamente a proteine di nuova formazione.

Un’alterazione del folding porta ad una proteina anomala con

caratteristiche biologiche e chimico fisiche diverse. Il
misfolding proteico si traduce in una proteina inattiva o poco
solubile che porta all’aggregazione di questa (Alzheimer o
anemia falciforme).
Gli aminoacidi endogeni ed esogeni che non vengono
utilizzati per la biosintesi delle proteine, dei
neurotrasmettitori o di ormoni NON possono
essere immagazzinati. Per essere catabolizzati a
scopo energetico devono perdere innanzitutto il
gruppo amminico attraverso un processo di
transaminazione.
STRUTTURA DELLE PROTEINE: I, II, III, IV

La perdita della struttura tridimensionale è detta denaturazione.

Il ripiegamento di alcune proteine è un processo assistito.

L’avvolgimento della proteina richiede la presenza di alcune proteine
note come chaperones molecolari
 Struttura primaria

E' data dalla sequenza e dal tipo di amminoacido nella sua catena.
Le sequenze amminoacidiche delle proteine di un individuo sono
depositate in codice, nei geni (tratti del suo DNA).
Il legame che unisce i vari amminoacidi è detto peptidico ed avviene
fra il gruppo carbossilico di un amminoacido e quello amminino
dell'amminoacido successivo.

AA AA
AA AA
AA
AA
 Struttura secondaria

E' la struttura tridimensionale singola e ben determinata in cui si trova un

segmento polipeptidico della proteina.
Le principali strutture secondarie sono:
- a elica,
- foglietto b,
- ripiegamento b
- l'elica del collageno.

a elica: i piani dei legami peptidici sono piegati secondo angoli di 80° e si
avvolgono in senso destrogiro attorno ad un asse ideale.
L'a elica è stabilizzata da legami H tra l'O del gruppo -CO- di un
amminoacido e l'H del gruppo -NH- dell'amminoacido sottostante (4 aa più
avanti). Alcune proteine fibrose con particolari proprietà meccaniche sono
costituite da più a eliche che si attorcigliano insieme a formare una specie di
corda molto lunga ove i singoli filamenti sono tenuti insieme da ponti H
stabilitisi fra catene parallele (a-cheratina di capelli ed unghie).

Foglietto b o struttura a foglio pieghettato: con catene più distese, angoli di

legame di 120°. Due o più catene polipeptidiche o altrettanti tratti di una
stessa catena sono di fianco e la stabilizzazione è data da ponti H fra i -CO-
di una catena e gli -NH- di quella adiacente.
STRUTTURE SECONDARIE PIU’ RAPPRESENTATE NELLE PROTEINE
 DENATURAZIONE PROTEICA

Per effetto del calore, degli acidi, dello stiramento meccanico le

proteine perdono tutte le loro strutture escluso la primaria

Con la cottura si ha denaturazione e le

proteine diventano più digeribili
 Struttura terziaria

E' un'ulteriore organizzazione tridimensionale compatta

della molecola che riguarda soprattutto le proteine
globulari (enzimi, ormoni, recettori, ecc.).
Non è una struttura ben definita, ma scaturisce dalle
reciproche disposizioni spaziali dei tratti ad a-elica,
a lamina b, ecc

E' stabilizzata da una serie di legami che possono essere:

- legami covalenti: ponti di S fra cisteine non adiacenti e
spesso distanti;
- legami ionici: tra gruppi carichi negativamente e
positivamente degli R;
- legami ad H sia tra i -CO- e gli -NH- dei legami
peptidici che tra i gruppi polari delle catene lineari;
- legami idrofobi ossia interazioni tra R apolari tendenti a
formare zone in cui restano escluse le molecole di acqua.
 Struttura quaternaria

E' data dall'associazione mediante legami covalenti di più catene

polipeptidiche uguali o diverse che presentano già le precedenti
strutture. Aumentando la complessità della molecola, aumenta le
sue proprietà biologiche.

Es. emoglobina costituita da 2 catene a e 2 catene b di 141 e 146

aa rispettivamente.
 Proteine globulari e fibrose
Le proteine possono essere classificate in due gruppi
principali: proteine globulari e fibrose.

Proteine globulari
• Le catene polipeptidiche sono ripiegate ed assumono
forma compatta, sferica o globulare.
• Contengono più tipi di struttura secondaria.
• Le proteine globulari comprendono : enzimi, proteine di
trasporto (p.es. albumina, emoglobina), proteine
regolatrici, immunoglobuline, etc.
 Proteine Fibrose
• Hanno catene polipeptidiche disposte in lunghi fasci
o in foglietti.
• In genere presentano un unico tipo di struttura
secondaria.
• Sono insolubili in H2O per la presenza di elevate [ ]
di AA idrofobici.
• Le catene polipeptidiche si associano in complessi
sopramolecolari in modo da nascondere al solvente
le superfici idrofobiche.
• Sono adatte a ruoli strutturali (p.es. a-cheratina,
collageno).
 Le Proteine Fibrose

• Cheratine e collageni
hanno strutture ad
elica,
• Le sete hanno
struttura foglietto
beta

Gruppi apolari e ponti

disolfuro tendono a
conferire rigidità e
insolubilità alle
proteine fibrose.
La permanente è un’operazione di ingegneria biochimica
 L’IPOTESI DI CRICK SULLA PRESENZA DI UN
ADATTATORE (tRNA) DURANTE LA TRADUZIONE

Tradurre la sequenza delle basi di un RNA

messaggero (mRNA) nella sequenza di
amminoacidi di una proteina è come tradurre
la pagina di un libro in un’altra lingua.

L’RNA transfer (tRNA) adattatore

“traduce” la sequenza nucleotidica del
mRNA nella sequenza amminoacidica della
catena polipeptidica.
 STRUTTURA A TRIFOGLIO DEL tRNA

1) STELO ACCETTORE AMMINOACIDO

Trasporta un amminoacido specifico legato mediante un
legame estere tra il gruppo carbossilico (COOH)
dell’amminoacido ed il gruppo ossidrilico (OH) del
residuo dell’ADENOSINA presente in posizione 3’ del tRNA.

2) ANSA D e T
contribuiscono alle importanti interazioni
che influenzano il ripiegamento del tRNA.

3) ANSA ANTICODONE
I tRNA riconoscono i codoni tramite l’appaiamento
di basi tra il codone del mRNA e la tripletta del
tRNA chiamata anticodone.
 “DIZIONARIO” CODONI-AMMINOACIDI

UAA,UAG,UGA
CODONI DI TERMINAZIONE
segnalano la Fine della sintesi della catena
polipeptidica e Non codificano nessun AA.

AUG
CODONE DI INIZIO
segnala l’Inizio della sintesi della catena
polipeptidica e, se posto all’interno della
catena, codifica per la Metionina.

Nota: ad un amminoacido corrispondono più codoni,

ma ciascun codone specifica un solo amminoacido!!!
I STADIO: ATTIVAZIONE DEGLI AMMINOACIDI e
CARICAMENTO SU tRNA SPECIFICI
1) Amminoacido + ATP Amminoacil-AMP + PPi
2) Amminoacil-AMP + tRNA Amminoacil-tRNA + AMP

AMMINOACIL-tRNA
SINTETASI
MECCANISMO D’AZIONE
E FORMAZIONE DI
AMMINOACIL tRNA
STRUTTURA GENERALE DEGLI
AMMINOACIL-tRNA

L’identità dell’amminoacido legato

al tRNA non viene controllata a
livello del ribosoma, quindi l’attacco
del corretto amminoacido a ciascun
tRNA è essenziale per la fedeltà
della sintesi proteica.
Ogni amminoacil-tRNA sintetasi è
altamente specifica per un dato
amminoacido. Alcune sintetasi
riconoscono i loro rispettivi tRNA
partner in base ai loro anticodoni ma
sono in grado di riconoscere anche
altri aspetti strutturali del tRNA.
 II STADIO: FORMAZIONE DEL COMPLESSO DI INZIO

30S

LA PRESENZA DI ALCUNE PROTEINE (IF1,IF2,IF3) è FONDAMENTALE

PER LA FORMAZIONE DEL COMPLESSO DI INIZIO

IL RIBOSOMA FUNZIONALE PRESENTA 3 SITI CHE LEGANO I tRNA:

Sito Amminoacilico o sito A
Sito Peptidilico o sito P
Sito di uscita o sito E

Il CODONE DI INIZIO NEL mRNA è AUG (METIONINA).

Il primo tRNA a legarsi al mRNA sarà il formilmetionil-tRNA
 III STADIO: ALLUNGAMENTO E
FORMAZIONE DEL LEGAME PEPTIDICO…

L’amminoacil-tRNA2 è trasportato nel sito A

associato ad una proteina chiamata fattore di
allungamento (EF), la cui attività è GTP dipendente.
Il GTP legato a EF è idrolizzato a GDP solo quando
si realizza la corretta associazione tra il complesso
EF-amminocil-tRNA ed il ribosoma.

Il gruppo amminico dell’amminoacido nel sito A

agisce da nucleofilo, spiazzando il tRNA nel sito P
per formare il legame peptidico.
L’attività enzimatica che catalizza la formazione del
legame peptidico è la peptidil trasferasi (rRNA).
 III STADIO: …TRASLOCAZIONE

Il RIBOSOMA si sposta di un codone verso la

terminazione 3’ del mRNA. Questo movimento
causa un movimento dell’anticodone del
peptidil-tRNA dal sito A al sito P, e sposta il
tRNA scarico dal sito P al sito E.
Questa traslocazione è favorita da un fattore di
allungamento detto EF-G o traslocasi.
Il GTP legato al EF-G fornisce l’energia per lo
spostamento del ribosoma sul mRNA.

Nota: I ribosomi eucariotici non hanno un sito E.

I tRNA scarichi sono espulsi direttamente dal sito P.
 IV STADIO: TERMINAZIONE

Come termina la sintesi di un polipeptide?

- Presenza di un codone di STOP

- Coinvolgimento di Fattori di Rilascio (RF)
- Idrolisi del legame tra il polipeptide ed il tRNA
- Dissociazione del ribosoma e dei suoi componenti

Nota: NON esistono tRNA con anticodoni

complementari ai codoni di STOP
 V STADIO: MODIFICAZIONI POST-TRADUZIONALI

ALCUNE PROTEINE APPENA SINTETIZZATE NON RAGGIUNGONO LA LORO

CONFORMAZIONE BIOLOGICAMENTE ATTIVA FINCHE’ NON SONO STATE
MODIFICATE E RIPIEGATE CORRETTAMENTE.
Ruolo delle Chaperons nel processo di assunzione
della conformazione attiva delle proteine
DESTINAZIONI FINALI DI UNA PROTEINA

VIA CITOPLASMATICA VIA SECRETORIA

I RIBOSOMI LEGATI AL RETICOLO ENDOPLASMATICO SINTETIZZANO
LE PROTEINE SECRETORIE E LE PROTEINE DI MEMBRANA