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GLI ENZIMI

Gli enzimi rappresentano la classe di proteina più numerosa. Queste macromolecole


possiedono la specifica funzione di rendere più veloci le innumerevoli reazioni
chimiche che si sviluppano all’interno o all’esterno delle cellule dell’organismo,
senza consumarsi o alterarsi in modo irreversibile nel corso delle stesse; vengono
infatti definiti catalizzatori biologici.
Essi sono costituiti da proteine globulari idrosolubili e possono essere costituiti da
una sola catena polipeptidica o da più catene unite fra loro da legami deboli. Alcuni
enzimi sono proteine semplici, altri, invece, sono proteine coniugate (lipoproteine,
glicoproteine, metalloproteine).
Le principali caratteristiche degli enzimi sono le seguenti:
 Devono essere efficaci anche se in piccola quantità.
 Alla fine della reazione non devono risultare modificati e, quindi, devono
essere pronti per essere riutilizzati.
 Non devono influenzare l’equilibrio di una reazione chimica reversibile. La loro
funzione è quella di rendere più veloce (talora fino a 1016 volte) il processo in
entrambe le direzioni, modificando il tempo necessario per il raggiungimento
dell’equilibrio chimico. La reazione enzimatica che coinvolge un enzima e un
solo substrato può essere così schematizzata:
E + S ES → EP → E + P
Il ruolo dell’enzima è quello di facilitare una reazione attraverso l’interazione
tra il substrato (o i substrati) e il proprio sito attivo (la parte di enzima in cui
avvengono le reazioni). Avvenuta la reazione, il prodotto è allontanato
dall’enzima, che rimane disponibile per iniziarne una nuova. L’enzima quindi
non è consumato durante la reazione. Come tutti i catalizzatori, gli enzimi
riducono l’energia di attivazione ∆G# di una reazione.
 Devono mostrare un certo grado di specificità, a volte assoluta, altre volte
relativa. Gli enzimi, infatti, possono catalizzare una reazione o pochissime
reazioni simili, poichè il sito attivo interagisce con in reagenti in modo
stereospecifico.
Alcune indispensabili definizioni sono le seguenti:
 Le molecole che si legano all’enzima, delle quali l’enzima catalizza la
trasformazione, sono generalmente di natura organica e vengono detti
substrati, prima della reazione, e prodotti, dopo la trasformazione.
 Il sito attivo è l’area sulla superficie dell’enzima dove si lega il substrato per
effettuare la catalisi a prodotto. Questa zona, spesso paragonata ad una tasca,
è in genere di dimensioni assai limitate.
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 Alcuni enzimi vengono detti zimogeni o proenzimi in quanto sintetizzati dalla
cellula in forma inattiva e successivamente trasportati nei distretti dove
devono agire. Qui vengono modificati chimicamente e trasformati nelle forme
attive. E’ questo il caso di numerosi enzimi digestivi.
 Una Unità Internazionale (UI) di enzima è definita come la quantità di enzima
che catalizza la conversione di 1 mole (10-6 moli) di substrato a prodotto in
un minuto, a 25 °C e a pH ottimale per quell’enzima.
 Si definisce attività specifica di un enzima il numero UI di enzima per
milligrammo di proteina (UI/mg), esprime cioè la concentrazione (purezza) di
un enzima in un campione. L’attività enzimatica è legata alla conformazione
tridimensionale della molecola. Questo elemento è confermato dal fatto che
gli agenti che alterano la conformazione spaziale dell’enzima, ne modificano
anche l’attività catalitica.
 La velocità della reazione catalizata dall’enzima, infine, corrisponde al
numero di moli di prodotto che si formano nell’unità di tempo, cioè in un
secondo.
 L’efficienza catalitica di un enzima è misurata dal suo numero di turnover o
attività molecolare che esprime il numero di molecole di substrato di cui una
molecola di enzima catalizza la trasformazione nei prodotti nell’unità di
tempo e in condizioni di reazioni ottimali.
Tutti gli enzimi sono costituiti da una o più proteine globulari ad alta massa
molecolare. Talvolta, esse svolgono la loro attività tal quali, come il lisozima,
contenuto nelle lacrime, che agisce da disinfettante, idrolizzando il legame
glicosidico della parte polisaccaridica della parete cellulare di certi batteri
uccidendoli.
Nel caso in cui gli enzimi siano proteine coniugate, la parte proteica del complesso
viene detta apoenzima, mentre quella non proteica (molecole, ioni organici o
inorganici) si dice cofattore. L’insieme dell’apoenzima e del cofattore viene detto
oloenzima. Il cofattore è indispensabile affinchè l’enzima possa svolgere la sua
funzione catalitica. In genere i cofattori sono strettamente legati alla componente
proteica, da cui non si distaccano nè durante la reazione, nè durante le fasi
intercorrenti tra una reazione e l’altra. I legami che uniscono la componente
proteica ed il cofattore sono di tipo covalente o di coordinazione. I cofattori possono
essere di natura inorganica o organica. Quelli inorganici comprendono ioni come: K+,
Se2-, Fe2+; Mg2+, Ni2+, Zn2+, i cofattori organici, detti anche coenzimi, comprendono
invece gruppi molecolari di varia natura frequentemente di derivazione vitaminica,
come: NAD+, NADP+, FAD, FMN, CoA. Il cofattore è detto anche gruppo prostetico
quando risulta legato in modo assai stabile, in genere con legami covalenti,
all’apoenzima.

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SITO ATTIVO

Le dimensioni della molecola enzimatica (E) sono normalmente molto superiori a


quelle della molecola del substrato (S). L’enzima ha, in media, una massa molecolare
di almeno alcune migliaia di Dalton, mentre quello del substrato è dell’ordine di
alcune centinaia.

Il rapporto tridimensionale lascia intendere che solo alcune regioni dell’enzima sono
direttamente interessate all’attività catalitica: queste regioni, dette siti attivi o siti
catalitici, sono quasi sempre una ripiegatura o tasca della superficie della proteina
enzimatica. La loro forma è determinata dalla struttura terziaria della proteina. I
residui amminoacilici presenti, sporgenti all’interno del sito attivo, sono
prevalentemente apolari; in questo modo si creano le premesse per l’espulsione
della maggior parte delle molecole di acqua dalla cavità, in modo da consentire una
maggior concentrazione del substrato nel sito attivo. Nel sito attivo sono tuttavia
presenti alcuni residui amminoacilici responsabili della vera e propria attività
catalitica e, fra questi, gruppi ossidrilici, sulfidrilici, amminici, carbossilici o gruppi
capaci di dare ponti a idrogeno. In conclusione la maggior parte degli amminoacidi
degli enzimi non entrano in contatto con il substrato; essi hanno tuttavia un ruolo
importantissimo: costituiscono l’impalcatura adatta per favorire il reciproco
orientamento enzima-substrato, tanto necessario ad una buona catalisi, quanto la
reciproca vicinanza.

Fig 1: L’enzima è almeno 10 volte maggiore del substrato.

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NOMENCLATURA E CLASSIFICAZIONE
I primi enzimi scoperti (pepsina, tripsina, chimotripsina) furono principalmente di
tipo digestivo, ma non furono loro assegnati dei nomi relativi alla funzione svolta. I
nomi erano tutti accomunati dal suffisso –ina, che stava a significare che queste
molecole erano di natura proteica. In seguito la nomenclatura degli enzimi assunse il
suffisso –asi, che seguiva il nome del substrato al quale l’enzima si legava e dal quale
catalizzava un certo tipo di reazione (per esempio maltasi, lattasi). Questa
nomenclatura, però, non diceva nulla sul tipo di reazione catalizzata e non risultava
sempre soddisfacente a livello internazionale, infatti più enzimi possono reagire
sullo stesso substrato e quindi si dava adito al alcuni equivoci.
Per questo motivo, e anche perchè il numero degli enzimi scoperti continuava ad
aumentare, nel 1961 la Commissione per gli Enzimi CE della IUB (International Union
of Biochemistry) propose un sistema di nomenclatura e classificazione basato sul
tipo di reazione catalizzata e sul nome del substrato a cui ciascun enzima si legava.
Questo nuovo sistema raggruppa gli enzimi in 6 classi principali. A loro volta le classi
sono sottoclassi a seconda del tipo di reazione catalizzata; le sottoclassi sono poi
divise in sotto-sottoclassi che a loro volta comprendono i singoli enzimi. In tal modo
ogni enzima è indicato con un nome sistematico identificato dalla reazione da esso
catalizzata e da un numero di classificazione di 4 cifre, solitamente usato nelle
pubblicazioni scientifiche di carattere internazionale. La prima identifica la classe, la
seconda indica la sottoclasse, la terza è la sotto-sottoclasse, mentre la quarta cifra è
un numero progressivo assegnato a ciascun enzima nelle sotto-sottoclassi.

Fig 2: Nomenclatura aggiornata per un enzima.

Le 6 classi principali in cui si raggruppano gli enzimi sono:


Ossidoriduttasi: catalizzano reazioni di ossidoriduzione agendo su gruppi diversi. In
alcune situazioni sono denominate ossidasi, in altre deidrogenasi (lattato
deidrogenasi, citocromoossidasi).

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Transferasi: catalizzano il trasferimento di un gruppo da una molecola ad un’altra.
Importanti sono le chinasi in quanto trasferiscono un gruppo fosfato da una
molecola ad un’altra (fosfotransferasi, fosfofruttocinasi).
Idrolasi: catalizzano la rottura di legami ad opera di acqua (amilasi, lipasi, proteasi).
Liasi: catalizzano l’addizione di gruppi a doppi legami o, nel caso contrario,
l’eliminazione di un gruppo per formare doppi legami (tiolasi).
Isomerasi: catalizzano l’isomerizzazione, quindi l’interconversione fra due molecole
(fosfoglucoisomerasi).
Ligasi: catalizzano la formazione di legami, accoppiati all’idrolisi di ATP
(piruvatocarbossilasi, DNAligasi, AcetilcoenzimaAsintetasi).
Per memorizzare le varie classi in cui vengono suddivisi gli enzimi è sufficiente
ricordare un acronimo: O.T.I.L.IS.LIG
Questa sigla è data appunto dalle iniziali delle classi enzimatiche unite fra di loro e
cioè:
O: ossidoriduttasi
T: transferasi
I: idrolasi
L: liasi
IS: isomerasi
LIG: ligasi
LA REAZIONE ENZIMATICA
Gli enzimi possiedono cinque caratteristiche fondamentali:
 aumentano la velocità delle reazioni;
 non alterano l’equilibrio delle reazioni;
 sono inalterati alla fine delle reazioni;
 agiscono a piccole concentrazioni;
 sono altamente specifici.
Quando il substrato (S) si trasforma in prodotto (P), l’equilibrio chimico della
reazione è determinato dalle leggi della termodinamica ed è rappresentato dal
rapporto tra la velocità della reazione all’andata e quella al ritorno. Dunque, in
presenza dell’enzima, la velocità di trasformazione sono accelerate, ma l’equilibrio
non viene alterato e la catalisi enzimatica funziona come quella inorganica in
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presenza di un catalizzatore, cioè entrambe aumentano la velocità abbassando
l’energia di attivazione. In questo modo aumenta di molto il numero di molecole di
reagenti che, in ogni istante, possiedono una quantità di energia sufficiente a
superare la barriera dell’energia di attivazione trasformandosi in prodotto.
Il presupposto perchè una reazione avvenga è che le molecole dei reagenti si
scontrino fra loro, ma gli urti debbono essere efficaci, cioè l’energia deve essere
sufficientemente elevata per far sì che i reagenti si trasfomino in prodotti. Lo stesso
risultato potrebbe avvenire anche aumentando la temperatura di reazione, vale a
dire l’energia cinetica delle molecole, ma si comprende come questo parametro sia
di difficile variazione negli organismi viventi, specialmente in quelli omeotermi, in
cui l’aumento di temperatura potrebbe portare alla morte della cellula o
dell’individuo nel suo complesso.
Le cellule ricorrono quindi agli enzimi, catalizzatori organici che permettono il
raggiungimento dello stesso risultato cambiando la via della reazione stessa.
L’enzima (E), in presenza del substrato (S), si lega con esso (ES), lo modifica nel
prodotto (EP) e successivamente si libera dal prodotto (E + P):
E + S ES → EP → E + P
Quando il substrato si lega al sito attivo, la restante parte della molecola del
substrato viene orientata correttamente in modo tale che gli urti siano utili alla
sua trasformazione in prodotto.

Fig 3: Diagramma della coordinata di una reazione chimica confrontata con la stessa catalizzata.

Una caratteristica comune degli enzimi è la capacità di agire efficacemente anche a


modeste concentrazioni. Aumentando la concentrazione enzimatica, aumenta la
quantità di prodotto ottenuto nello stesso periodo di tempo.
Un ulteriore aspetto caratterizzante l’attività enzimatica è la specificità: ogni enzima
è in grado di agire solo su un determinato substrato (specificità di substrato) e non
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su altri. La specificità enzimatica è assoluta se l’enzima è attivo su un unico
substrato, mentre è relativa se l’enzima è attivo su substrati che presentano un
certo grado di somiglianza molecolare. Gli enzimi sono in grado di riconoscere solo
un particolare isomero tra quelli di una molecola (per esempio α-glucosio o il β-
glucosio). Gli enzimi, hanno inoltre, una specificità di reazione, infatti, una volta
legati al substrato possono catalizzarne solo un tipo di trasformazione (per esempio
solo l’idrolisi o solo l’isomerizzazione di un substrato).

MODELLI INTERPRETATIVI DELL’INTERAZIONE ENZIMA-SUBSTRATO


Per spiegare la specificità del meccanismo con cui avviene il riconoscimento tra il
substrato e il sito attivo sono stati formulati due modelli.
Modello chiave-serratura (Modello di Fischer 1894)
L’enzima ed il substrato possiedono tra loro una forma complementare che ne
permette l’incastro perfetto. Questo modello, denominato anche come chiave-
serratura, spiega in modo soddisfacente la specificità della reazione enzimatica, ma
non permette di spiegare in modo adeguato la dinamica della reazione, in
particolare il meccansismo che consente la conversione del substrato nel prodotto
della reazione.

Fig 4: Enzima e substrato hanno strutture complementari già prima di interagire.

Modello dell’adattamento indotto (Modello di Koshland 1958)


Secondo il modello dell’adattamento indotto, i siti attivi contenuti in una struttura
relativamente flessibile, quali sono gli enzimi, sarebbero in grado di rimodellarsi in
relazione alla presenza o meno del substrato. Quindi il substrato non si legherebbe
ad un sito attivo rigido, ma produrrebbe un rimodellamento dello stesso, tale da
formare legame più stabili e portare efficacemente a termine il processo catalitico.

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Fig 5: L’inserimento del substrato nel sito attivo dell’enzima lo rende complementare al substrato stesso.

CINETICA ENZIMATICA
Le basi della cinetica enzimatica furono poste dalla teoria di Michaelis e Menten, che
elaborarono un modello che, se pure semplificato rispetto alla complessa realtà dei
fenomeni cellulari, risulta idoneo per interpretare le caratteristiche fondamentali
delle reazioni enzimatiche.
L’enzima E reagisce dapprima con il substrato S, per dare il complesso ES, secondo
una reazione reversibile:
E + S ES
In cui:
k1 = costante specifica di velocità della reazione diretta.
k-1 = costante specifica di velocità della reazione inversa.
Il complesso ES si decompone, trasformandosi nei prodotti finali P e liberando
l’enzima nella sua forma primitiva E: si trascura in questo caso la reazione inversa,
che avviene con velocità minima, essendo minima la quantità di prodotto nello
stadio iniziale:
ES → E + P
In cui:
k2 = costante specifica di velocità della decomposizione del complesso ES.
Il processo globale consiste quindi di due reazioni consecutive, per la prima delle
quali esiste uno stato di equilibrio:
E + S ES → E + P

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Durante la reazione, la concentrazione del prodotto intermedio ES raggiunge un
valore costante (ipotesi dello stato stazionario): è quindi tale valore che determina
la velocità di formazione dei prodotti finali.
Esaminiamo nel dettaglio l’intero processo. La formazione del complesso ES avviene
secondo la reazione diretta, e la sua velocità di formazione sarà:
E + S ES
vformazione = k1 E S
il complesso ES a sua volta si dissocia secondo la reazione inversa e si trasforma nel
prodotto, pertanto la velocità di dissociazione sarà:
vdissociazione = k-1 ES + k2 ES = (k-1 + k2) ES
In condizioni stazionarie, la velocità di formazione di ES uguaglia la velocità di
decomposizione:
k1 E S = (k-1 + k2) ES
poichè E rappresenta la concentrazione dell’enzima libero, ed ES la
concentrazione dell’enzima combinato, la loro somma darà la concentrazione totale
dell’enzima E0:
E + ES = E0
Da cui:
E = E0 - ES
Sostituendo nell’espressione precedente si avrà:
k1 (E0 - ES) S = (k-1 + k2) ES
da cui:
k1 E0 S - k1 ES S = (k-1 + k2) ES
k1 ES S + (k-1 + k2) ES = k1 E0 S
raccogliendo e ricavando ES si ha:

Si è quindi ottenuto la concentrazione di ES in funzione delle concentrazioni del


substrato e dell’enzima totale, e delle costanti di velocità. Quindi la velocità di
formazione del prodotto sarà:

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Dividendo numeratore e denominatore di tale rapporto per k1, si ha:

Il rapporto viene indicato con KM (Costante di Michaelis-Menten) e la seguente


rappresenta l’equazione di Michaelis-Menten.

Tale equazione permette di calcolare la velocità iniziale della reazione in funzione


della concentrazione di substrato S (per una data concentrazione di enzima E0): in
un grafico tale funzione ha l’andamento di una iperbole, come indicato in figura:

Fig 6: Velocità di reazione enzimatica in fuznione della concentrazione di substrato.

Da tale figura si può osservare che:


 per basse concentrazioni di S, la reazione è praticamente del primo ordine, in
quanto la velocità cresce in modo proporzionale all’aumento di S (essendo
l’enzima ancora in forte eccesso rispetto al substrato, la sua concentrazione si
può considerare costante);
 per alte concentrazioni di S, la velocità tende ad un massimo (vmax) che indica
la completa combinazione dell’enzima con il substrato: un ulteriore aumento
della concentrazione di questo, non modifica più la velocità di reazione
(reazione di ordine zero); tale valore massimo è solo proprozionale alla
concentrazione massima dell’enzima (quindi E0):
vmax = k2 E0
(come si può anche dedurre matematicamente dall’equazione di M-M, in cui, se S
assume valori molto alti, KM diventa trascurabile rispetto a S, e il rapporto si riduce
appunto a k2 E0.

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Perciò l’equazione di M-M diventa :

La costante KM può essere definita nel modo seguente: se si considera la velocità di


reazione corrispondente alla metà di quella massima, cioè:

e si sostituisce nella nuova equazione di M-M, si ottiene:


KM = S
Cioè la costante di Michaelis-Menten KM coincide numericamente con la
concentrazione di substrato S necessaria per raggiungere una velocità di reazione
uguale alla metà di quella massima.
La KM è caratteristica di ogni enzima, e indica l’affinità dell’enzima per il suo
substrato: più bassa è KM e più bassa è la concentrazione di S che permette di
ottenere la metà del vmax, il che indica che enzima e substrato hanno grande
tendenza a reagire; viceversa, un valore alto di KM significa che occorre alta
concentrazione di substrato per raggiungere la metà della velocità massima (E ed S
hanno poca tendenza a reagire).
Riassumendo:
bassa KM = alta affinità enzima – substrato
alta KM = bassa affinità enzima - substrato
L’equazione di Michaelis-Menten si può tradurre graficamente in un altro modo che
risulta di utile applicazione: se si inverte l’equazione si ottiene:

Portando in grafico 1/v in funzione di 1/S (grafico dei doppi reciproci), tale
funzione è rappresentata da una retta, in cui l’intercetta sull’asse delle ascisse è data
da -1/KM , quella sulle ordinate da 1/vmax, e la pendenza della retta è data da KM/vmax.
Tale grafico permette di ricavare facilmente le grandezze che compaiono
nell’equazione di M-M.

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Fig 7: Equazione di Michaelis – Menten nel grafico dei doppi reciproci.

FATTORI CHE INFLUENZANO LE CINETICA ENZIMATICA


Le reazioni catalizzate dagli enzimi sono influenzate in modo positivo da tutta una
serie di fattori come:
 concentrazione del substrato;
 concentrazione dell’enzima;
 concentrazione dei cofattori;
 temperatura e pH.
Effetto della concentrazione di substrato

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In presenza di una definita quantità dell’enzima, la massima velocità di una reazione
enzimatica è determinata aggiungendo crescenti concentrazioni del substrato e
determinando di volta in volta la velocità della reazione prodotta. Osservando il
grafico dell’equazione di M-M si può evidenziare che:
 per basse concentrazioni di substato (rispetto alla concentrazione
dell’enzima), l’aumento della sua concentrazione produce un proporzionale
aumento della velocità della reazione;
 per elevate concentrazioni del substrato (rispetto alla concentrazione
dell’enzima), all’aumento della concentrazione del substrato la crescita della
velocità della reazione si riduce progressivamente fino al punto in cui, per
qualsiasi concentrazione del substrato, la velocità della reazione si mantiene
costante (vmax).
In pratica nella situazione in cui il numero delle molecole enzimatiche impiegato è
limitato, l’aumento della concentrazione del substrato è seguito, da una progressiva
crescita delle molecole del prodotto, ma quando la maggior parte delle molecole
dell’enzima è impiegata nel legame con il substrato (ES), l’aumento della
concentrazione del substrato di qualsiasi entità non modifica in modo significativo la
velocità della reazione, che non può superare un valore limite (vmax). Alla velocità
massima, tutti i siti attivi dell’enzima sono saturati dal substrato. La velocità
massima è indicativa dell’efficienza catalitica e proporzionale al numero di turnover.

Effetto della concentrazione dell’enzima


Come è stato indicato in precedenza, nel caso in cui vi sia un eccesso di substrato, la
velocità di una reazione enzimatica tende ad un valore massimo che non può essere
superato. In questa situazione l’aumento della velocità della reazione è possibile
solo aumentando la concentrazione dell’enzima. Se la concentrazione enzimatica
viene raddoppiata, la velocità della reazione si raddoppia, e così via. Pertanto si può
affermare che, nel caso di un eccesso di substrato, all’aumento della concentrazione
enzimatica corrisponde un proporzionale aumento della velocità della reazione
enzimatica.
Riportando l’attività enzimatica cioè l’andamento della velocità di una reazione
enzimatica in funzione della concentrazione dell’enzima si osserva una
proporzionalità diretta fra queste due grandezze (per piccole valori della
concentrazione di enzima essa è lineare).
Per valutare la quantità di enzima presente in qualsiasi materiale cellulare occorre
confrontare la sua attività con quella di un materiale a contenuto noto dello stesso
enzima e con il quale sia stata ricavata la curva standard.
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Fig 8: Dipendenza della velocità di reazione dalla concentrazione di enzima.

Effetto della concentrazione dei cofattori


Quando gli enzimi sono proteine coniugate per svolgere la loro attività biologica,
necessitano di ioni o molecole più o meno complesse, anche di natura organica, che
si leghino covalentemente con l’apoenzima per formare l’oloenzima. I cofattori
dunque possono essere ioni metallici, per esempio Ca, Mg, Mn, Zn, Cu, a volte
indicati con il nome generico di attivatori. Essi hanno un importante ruolo in quanto
permettono alla proteina di assumere una configurazione terziaria adatta alla
funzione che deve svolgere, cioè alla combinazione con il substrato. Per esempio,
tutti gli enzimi che utilizzano ATP necessitano della presenza degli ioni Mg2+, mentre
le carbossipeptidasi necessitano della presenza di Zn2+. I cofattori in definitiva
possono contribuire all’attività di un enzima facendo parte del sito attivo o
formando un ponte fra il substrato e l’enzima, come succede nel caso degli ioni
metallici.
Altre volte, invece, il legame con la proteina viene fatto da una molecola organica
anche molto complessa. In questo caso si parla di coenzimi. Anch’essi si legano
covalentemente alla proteina e ne costituiscono il gruppo prostetico, ma,
diversamente dal caso precedente, i coenzimi si modificano nel corso della reazione,
perchè fungono da trasportatori o da intermedi. Essi possono, infatti, legare ioni
idrogeno o elettroni, oppure gruppi chimici necessari nel corso della reazione
enzimatica. Mentre gli enzimi, quindi, non necessitano di essere rigenerati, in
quanto non si modificano, i coenzimi, invece, debbono essere ricostituiti mediante
reazioni inverse a quelle che hanno portato la loro modificazione. Un’altra
differenza tra coenzimi ed enzimi è che quest’ultimi sono altemamente specifici,
mentre i primi vengono utilizzati in una serie abbastanza varia e diversificata di
reazioni catalizzate dagli enzimi.
Alcuni coenzimi derivano dalle vitamine idrosolubili, composti organici necessari in
piccole quantità all’organismo, che è incapace di sintetizzarli ed è perciò dipendente
dalla loro presenza negli alimenti o dalla produzione da parte della flora batterica
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intestinale simbionte. Alcuni esempi, fra i più importanti, potrebbero essere quelli
relativi alal vitamina B2, riboflavina, che è un precursone del FAD, coenzima di alcuni
enzimi che catalizzano le reazioni di deidrogenazione, in cui due atomi di idrogeno
sono trasferiti al FAD che si riduce a FADH2. In modo analogo agisce il NAD, coenzima
di altre deidrogenasi, derivante da un’altra vitamina, la nicotinamide, detta anche
vitamina PP o niacina, che si riduce trasformandosi in NADH + H+.
Da quanto detto sopra risulta chiaro che, in mancanza di cofattori o di coenzimi, la
reazione enzimatica non può avvenire correttamente; ecco spiegata l’importanza
già illustrata di molti ioni metallici e delle vitamine, che condizionano il perfetto
funzionamento dei vari metabolismi.
Effetto del pH
La struttura di tutte le proteine e quindi degli enzimi è condizionata dal pH. Esso
influisce sulla geometria del sito attivo, sulle cariche elettriche presenti e sui
possibili legami di tipo covalente che si possono formare tra l’enzima e il substrato. Il
pH, inoltre, agisce sul grado di dissociazione degli eventuali gruppi acidi o basici
presenti nelle molecole del substrato e dell’enzima che si debbono ionizzare in un
modo ben definito per potersi combinare fra loro.

Fig 9: a) La protonazione del carbossile rompe il legame ionico tra i due residui amminoacilici che contribuiscono
alla forma del sito attivo; b) La protonazione del carbossile impedisce il riconoscimento fra E ed S.

Per la maggior parte degli enzimi esiste un intervallo di valori di pH, in genere
abbastanza ristretto, in cui la loro efficienza è massima, detto pH ottimale. Il valore
del pH ottimale varia sensibilmente da enzima a enzima: la pepsina, agisce nello
stomaco in presenza dell’HCl e ha un pH ottimale di 1,5; gli enzimi intestinali, invece,
agiscono a un pH sensibilmente più elevato, come avviene per la tripsina, che ha un
pH ottimale di 7,9. Quando i valori di pH si discostano dal pH ottimale si giunge alla
denaturazione enzimatica con la perdita completa ed irreversibile della specifica
attività.
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Di solito, i grafici che rappresentano la dipendenza tra il pH e l’attività enzimatica
hanno una forma a campana: in alcuni casi, tuttavia, tale forma può variare
notevolmente.

Fig 10: Ruolo del pH sulla velocità della reazione enzimatica.

Si noti che il pH ottimale di un enzima non sempre coincide con quello del distretto
cellulare nel quale l’enzima si trova e la cellula può sfruttare il rapporto tra l’attività
dell’enzima e il pH presente per regolare l’azione enzimatica. È fondamentale per la
cellula poter regolare finemente l’attività degli enzimi, che vanno continuamente
attivati o spenti, come può succedere in caso di pericolo o di stress cellulare.
Effetto della temperatura
In generale l’aumento di temperatura di una reazione chimica aumenta l’energia
cinetica delle particelle. Un dato empirico dice che un aumento di 10 °C di
temperatura raddoppia la velocità di una normale reazione chimica di tipo
inorganico. Gli enzimi sono, però, proteine e, in quanto tali, sono sostanze
termolabili. La loro velocità di denaturazione termica, generalmente molto bassa a
0°C, raddoppia per ogni aumento di 10°C di temperatura. Molti sistemi di
conservazione dei cibi si basano sull’inattivazione del funzionamento degli enzimi,
ottenuta sottoponendo a elevate temperature per alcuni minuti il tessuto che
ospiterebbe la reazione. La denaturazione delle molecole enzimatiche porta alla loro
inattività come catalizzatori. La temperatura ha quindi due effetti opposti su una
reazione chimica: da un lato aumenta l’energia cinetica delle particelle aumentando
la velocità con cui reagiscono le molecole, in qualsiasi reazione chimica, anche
catalizzata da enzimi; dall’altro, tuttavia, l’aumento della temperatura favorisce la
denaturazione delle proteine riducendo la velocità della reazione.
Il grafico che relazione l’attività enzimatica con la temperatura ha forma di campana
e presenta un massimo di attività a temperature vicine a quelle corporee, mentre a
temperature superiori o inferiori i valori cadono rapidamente. A temperature
superiori, l’inattivazione è pressochè irreversibile perchè la proteina viene
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denaturata, mentre a basse temperature solitamente gli enzimi non vengono
denaturati e possono recuperare la loro attività catalitica quando la temperatura si
innalza nuovamente. E’ per questo che i ricercatori conservano a bassa temperatura
gli enzimi, le colture cellulari e anche i tessuti per i trapianti; per lo stesso motivo noi
conserviamo molte delle nostre sostanze alimentari nel frigorifero. In conclusione si
può affermare che in linea di massima a temperature superiori ai 56°C l’attività di un
enzima di solito si blocca in modo irreversibile.

Fig 11: Ruolo della temperatura sulla velocità di reazione enzimatica.

REGOLAZIONE DELL’ATTIVITA’ ENZIMATICA


Si è studiato come l’attività enzimatica possa essere regolata in modo passivo da
diversi fattori, come le concentrazioni di enzima e substrato, la presenza di cofattori,
la temperatura e il pH.
E’ molto importante, tuttavia, che gli enzimi siano cataliticamente attivi nel
momento e nel luogo giusto, quindi possono subire anche una regolazione attiva,
operata dalla cellula tramite strategie regolatorie anche molto diverse fra loro. La
modulazione di enzimi già presenti nell’ambiente cellulare viene considerata una
regolazione rapida.
Si propone una panoramica delle strategie di regolazione attiva rapida.

Effetto degli inibitori

L’inibizione enzimatica è un meccanismo regolatorio nel quale specifiche molecole o


ioni, detti appunto, inibitori, si legano all’enzima, provocando un rallentamento o
addirittura l’arresto della sua attività catalitica. Il meccanismo inibitorio può essere
classificato in due modi diversi, a seconda che si prenda in considerazione la
stabilità del legame enzima-inibitore o la posizione del relativo sito di legame.
17
Se si considera la stabilità del legame enzima-inibitore, si può suddividere
l’inibizione nel seguente modo:

inibizione irreversibile: le molecole dell’inibitore si legano irreversibilmente, con


legami covalenti, ai residui del sito attivo formando un composto stabile enzima-
inibitore (E-I), incapace di trasformarsi in prodotto; il substrato non può pertanto
interagire con l’enzima.

Il modello di tale situazione è il seguente:

E + I + S E-I + S

E-I E + P

Gli inibitori irreversibili spesso non mostrano specificità per un singolo enzima,
poichè si legano a residui amminoacidici determinati, ma presenti su diversi enzimi.

Per esempio, i gas nervini si combinano irreversibilmente con un residuo di serina nel
sito attivo dell’acetilcolinesterasi, enzima fondamentale per la trasmissione
sinaptica, che così viene inattivato, compromettendo la funzionalità del sistema
nervoso. La serina, però, è presente in numerosi altri enzimi, come la tripsina, la
chimotripsina o le esterasi, anch’essi soggetti all’azione di tali gas. Il gas nervino
diisopropilfluorofosfato (DPF) reagisce con i residui serinici dell’enzima
acetilcolinesterasi: l’enzima così trasformato non può più idrolizzare l’acetilcolina a
colina, reazione questa determinante per la trasmissione degli impulsi nervosi.

Fig 12: Effetto del gas nervino sul sito attivo dell’acetilcolinesterasi.

Anche alcuni sali dell’arsenico, del piombo o del mercurio hanno un’azione tossica
ad ampio spettro, inibendo le capacità catalitiche di molti enzimi. Questi sali
agiscono legandosi covalentemente ai gruppi SH della cisteina e impedendo, in tal
modo, la formazione di ponti disolfuro, indispensabili per stabilizzare la
configurazione tridimensionale delle molecole enzimatiche.

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Inibizione reversibile: gli inibitori reversibili si legano agli enzimi con interazioni
deboli, come i legami ad idrogeno o le interazioni idrofobiche. Il legame tra la
proteina enzimatica e l’inibitore può rompersi, permettendo all’enzima di
riprendere la propria attività catalitica. Nell’inibizione reversibile il legame enzima-
inibitore può non avvenire sul sito attivo.

Un esempio di inibizione reversibile è l’aspirina (acido acetilsalicilico), che inibisce


temporaneamente l’enzima per la sintesi delle prostaglandine, composti che
partecipano al processo di insorgenza del dolore.

Se si considera il sito di legame dell’inibitore sull’enzima, si può classificare


l’inibizione nel seguente modo:

inibizione competitiva: in questo caso le molecole di substrato e di inibitore sono


strutturalmente simili e competono per legarsi reversibilmente al sito attivo
catalitico, secondo il modello:

La presenza di un inibitore competitivo diminuisce l’affinità dell’enzima per il


substrato, per cui aumenta la KM, ma non la vmax che può essere raggiunta
aumentando la concentrazione del substrato.

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Fig 13: Rappresentazione di inibizione reversibile competitiva.

Si nota che substrato ed inibitore competono per lo stesso sito attivo; quando
prevale la concentrazione del substrato (caso c), esso riesce a scacciare l’inibitore
dal sito attivo. In questo caso si osserva che la velocità di trasformazione del
substrato in prodotto aumenta con la concentrazione del substrato.

Gli inibitori competitivi comprendono molti farmaci come i sulfamidici


chemioterapici, antimicrobici ad azione batteriostatica, attivi sui gram + e sui gram -.
I sulfamidici possiedono una struttura molecolare analoga a quella dell’acido para-
amminobenzoico (PABA), impiegato in molti batteri nella sintesi dell’acido folico: un
coenzima fondamentale nella sintesi di amminoacidi, vitamine e acidi nucleici. Il
sulfamidici competono con il PABA se nei tessuti raggiungono una concentrazione
superiore ad esso, in quanto si incorporano al suo posto nell’enzima che catalizza la
formazione dell’acido folico e ne blocca la sintesi. Il sulfamidico si lega al sito attivo
dell’enzima inibendolo; la sintesi dell’acido folico, che è indispensabile al batterio per
sintetizzare il suo DNA, si arresta e il batterio non può più crescere. I sulfamidici
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sono ben tollerati dai mammiferi poichè in essi l’acido folico non è sintetizzato, ma
assunto direttamente con gli alimenti.

Inibizione non competitiva: in questo caso i siti dei legame dell’inibitore e del
substrato non coincidono ed entrambe le molecole possono legarsi
simultaneamente all’enzima, che vede ridotta sensibilmente la propria attività
catalitica. Il legame che l’inibitore stabilisce con l’enzima ne modifica la struttura
terziaria, per cui riduce l’affinità del substrato con il sito attivo e quindi l’efficienza
enzimatica. Questo tipo di inibizione agisce riducendo il numero di turnover degli
enzimi, ossia il numero di molecole di substrato che vengono trasformate in
prodotto nell’unità di tempo. Poichè è la funzionalità dell’enzima a essere
compromessa, e non la sua capacità di legarsi al substrato, l’inibizione non
competitiva non può essere vinta da un aumento della concentrazione di substrato.

Questo tipo di inibizione presenta le seguenti caratteristiche:

 la vmax raggiunta è inferiore a quella dell’enzima non inibito;


 l’inibizione aumenta con l’aumentare della concentrazion del substrato;
 la KM aumenta.

Fig 14: Rappresentazione di inibizione reversibile non competitiva.

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Per quanto riguarda l’inibizione non competitiva, l’esempio più importante è fornito
dagli enzimi allosterici, nei quali l’inibitore si lega su un sito diverso dal sito attivo,
detto sito allosterico.

Inibizione mista: questo meccanismo inibitorio è più complesso dei precedenti,


poichè l’inibitore altera contemporaneamente sia il legame del substrato con
l’enzima sia il numero di turnover.

Effetto di regolazione degli enzimi allosterici

Gli enzimi allosterici (dal greco allos, altro e steròs, sito) sono proteine dalla
complessa struttura quaternaria che, oltre al sito attivo , presentano altri siti
regolatori dell’attività enzimatica , detti appunto siti allosterici.

Si dicono effettori o modulatori le sostanze che vanno a legarsi sui siti allosterici per
modulare l’attività dell’enzima (attivazione o inibizione), modificando la
conformazione del sito attivo dell’enzima per il legame del substrato. Gli effettori
possono essere di vario tipo: molecole, ioni, i substrati stessi o i prodotti delle
reazioni catalitiche. Se gli enzimi allosterici sono regolati da modulatori diversi dal
substrato, si parla di enzimi ad effetto eterotropo, se invece il modulatore è il
substrato stesso si parla di enzimi ad effetto omotropo.

Due teorie cercano di spiegare tali comportamenti mediante modelli: il modello


Monod ed il modello Koshland.

Il modello Monod detto anche della modificazione concertata si fonda su alcune


ipotesi semplificative:

 gli enzimi allosterici sono formati da poche unità simmetriche e tale simmetria
deve sempre mantenersi;
 ogni subunità ospita un solo sito attivo catalitico;
 un cambiamento in una subunità comporta un identico e simultaneo
cambiamento nelle subunità simmetriche.

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Fig 15: a) Due subunità in forma tesa (T) ciè poco affini al substrato. b) Le stesse due subunità in forma rilasciata (R)
cioè molto affini al substrato.

L’entrata del substrato nel sito attivo catalitico di una subunità T (forma tesa, poco
affine al substrato), reso possibile dall’adattamento indotto, trasforma T in R (forma
rilasciata, molto affine al substrato) e lo stesso cambiamento avviene nella subunità
contigua ad esso associata, che pertanto ospita la seconda molecola di substrato più
agevolmente.

Fig 16: Schema interpretativo del modello Monod.

I modulatori positivi (P) inserendosi nei siti allosterici stabilizzano la forma rilasciata
sottraendola all’equilibrio e favorendo la trasformazione di T in R.

I modulatori negativi (N), analogamente, stabilizzano le forme tese, impedendo


l’entrata del substrato.

Fig 17: Modelli Monod: a) forma rilasciata stabilizzata da molulatori positivi; b) forma tesa stabilizzata da
modulatori negativi.

Il modello Koshland, detto anche della modificazione sequenziale, differisce dal


precedente solo in quanto prevede come possibile l’esistenza di forme ibride
intermedie RT; queste si formerebbero, a mano a mano che il substrato viene
fissato, con un passaggio graduale da una struttura all’altra.

In entrambi i modelli l’entrata di una prima molecola di substrato in una subunità


facilita l’entrata delle successive molecole nelle subunità vicine, ampliando l’effetto
iniziale in senso positivo. L’esistenza di un equilibrio tra le varie forme spiega inoltre,
come l’uscita del substrato amplifichi l’effetto in senso negativo: insomma si verifica
un vero e proprio effetto cooperativo fra le diverse subunità di questi enzimi a
struttura quaternaria, che vengono ad influenzarsi vicendevolmente.
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La relazione tra v0 e S degli enzimi allosterici non obbedisce alla cinetica di
Michaelis-Menten. Gli enzimi allosterici mostrano curve di saturazione con il
substrato con un andamento sigmoide invece che iperbolico, come si osserva negli
enzimi non regolatori. Dalla curva sigmoide di saturazione si può ricavare il valore di
S , corrispondente ad una v0 pari alla metà della velocità massima, ma non si può
equipararla alla KM, perchè l’enzima non segue la cinetica di Michaelis-Menten.
Viene allora usato il simbolo S0,5 o K0,5 per indicare la concentrazione del substrato
corrispondente alla metà dela velocità massima di una reazione catalizzata da un
enzima allosterico.

La cinetica sigmoide in genere riflette la presenza di interazioni cooperative fra le


subunità della proteina enzimatica. In altre parole, la variazione della struttura di
una subunità viene tradotta in variazioni strutturali delle subunità adiacenti.

Il legame del substrato all’enzima innesca la conversione del suo stato


conformazionale relativamente inattivo T nello stato più attivo R. Questi cambi
conformazionali spiegano la curva sigmoide, invece che iperbolica, della relazione
tra v0 e la concentrazione del substrato. In base alla cinetica sigmoide, piccole
variazioni della concentrazione di un modulatore possono essere associate ad ampie
variazioni dell’attività. Come appare nella figura sottostante, un aumento
relativamente contenuto di S nella parte ripida della curva provoca un aumento
corrispondentemente elevato di v0.

Per gli enzimi allosterici eterotropici, un attivatore può modificare la curva,


convertendo il suo andamento da sigmoide in uno quasi iperbolico, con una
diminuizione nel contempo del valore di K0,5, ma senza una variazione apprezzabile
di vmax. Ciò determina un aumento della velocità di reazione ad una data
concentrazione di substrato. Un modulatore negativo (inibitore) può rendere la
curva v0 in funzione di S ancora più sigmoide, con un aumento della K0,5.

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Fig 18: Curva della velocità in funzione della concentrazione del substrato per alcuni tipi di enzimi allosterico
rappresentativi. a) Curva sigmoide di un enzima omotropico, in cui il substrato funge anche da modulatore positivo.
b) Effetti del modulatore positivo e negativo su un enzima allosterico in cui varia K0,5 senza modificazioni di vmax.

Nella curva sigmoide si nota che:

 a basse concentrazioni di substrato la velocità di reazione cresce lentamente;


 per concentrazioni intermedie di substrato, ad un suo piccolo aumento
corrisponde un grande aumento della velocità di reazione;
 per concentrazioni molto elevate di substrato la velocità diventa costante ed
uguale a vmax.

Regolazione a feedback

Gli enzimi sono i responsabili principali del metabolismo cellulare, lavorando da soli
o a gruppi per portare a termine specifici processi metabolici. Quando più enzimi
lavorano in modo sequenziale, si possono creare delle catene di reazioni o vie
metaboliche, in cui il prodotto del primo enzima diventa substrato per il secondo e
così via. Ne risulta che in molti sistemi multienzimatici, i primi enzimi della catena
regolano l’intera via metabolica in funzione delle necessità cellulari. Tali enzimi
regolatori, quindi, aumentano o diminuiscono la loro velocità in risposta a
25
detrminati segnali, permettendo alla cellula di adeguarsi alle richieste di energia
(processi catabolici) o di biomolecole necessarie per al crescita e la riparazione
(processi anabolici). In genere, gli enzimi regolatori sono molto complessi, formati
da diverse subunità e spesso allosterici.

In presenza di reazioni concatenate, un tipo molto comune di regolazione


enzimatica è quella del feedback. Se il prodotto finale di una via metabolica è un
inibitore dell’enzima coinvolto nelle prime tappi della catena di reazioni, si ha una
regolazione a feedback negativo, se invece il prodotto agisce da attivatore, si parla
di feedback positivo.

Un esempio di feedback negativo è la sintesi in vitro dell’amminoacido isoleucina, la


cui presenza nel liquido di coltura inibisce un’ulteriore sintesi di questo amminoacidio
da parte dei microrganismi coinvolti. Un esempio più complesso di regolazione a
feedback è fornito dall’enzima allosterico fosfofruttochinasi, coinvolto nella terza
reazione della glicolisi, la via metabolica che porta alla produzione di energia
sottoforma di ATP a partire dall’AMP. Sia l’AMP sia l’ATP possiedono dei siti di
regolazione allosterica su questo particolare enzima regolatore, ma, mentre l’AMP è
un attivatore, l’ATP funge da inibitore, arrestando la catena di reazioni seguenti.
Tale regolazione trova significato nel fatto che , in presenza di alti livelli di ATP, non è
necessario per la cellula produrne di nuovo.

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Regolazione tramite modificazione covalente

In questa classe di enzimi regolatori l’attività catalitica è modulata da modificazioni


covalenti di uno o più residui amminoacidici della molecola enzimatica. Nelle
proteine sono state descritte più di 500 diverse modificazioni covalenti. Per
modificare le proteine vengono utilizzati gruppi fosfato che possono essere
aggiunti a residui di serina, treonina e tirosina. Questi gruppi vengono inseriti e
rimossi dagli enzimi regolatori ad opera di altri enzimi. Quando viene modificato un
residuo amminoacidico, l’enzima acquista così un nuovo amminoacido, con
proprietà diverse. L’introduzione di una carica può alterare le proprietà locali
dell’enzima e indurne un cambiamento di conformazione. L’introduzione di un
gruppo idrofobico può favorire l’associazione con una membrana.

La fosforilazione è un meccanismo post – traduzionale molto comune di regolazione


dell’attività enzimatica, infatti da un terzo a metà delle proteine di una cellula
eucariote è nello stato fosforilato. In genere, l’aggiunta di gruppi fosfato ad opera di
enzimi deputati, detti chinasi, stimola l’attività degli enzimi, mentre la loro
rimozione, attuata dalle fosfatasi, ne causa l’inibizione. La fosforilazione di un
enzima può modificare la sua efficienza catalitica anche alterando sua affinità per il
substrato.

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I sistemi di modificazione post – traduzionale sono coinvolti in un gran numero di
processi metabolici. In genere tra due vie metaboliche contrapposte è presente una
modalità di regolazione complementare. Un esempio di questo tipo è rappresentato
dalla regolazione della glicogenolisi e dalla glicogenosintesi; gli enzimi chiave
coinvolti in questa regolazione sono: la glicogeno – fosforilasi e la glicogeno –
sintasi. La glicogeno – fosforilasi (l’enzima chiave della glicogenolisi) è attivita dalla
fosforilazione, mentre è inattivata dalla fosforilazione. Al contrario la glicogeno -
sintasi (l’enzima chiave della glicogenosintesi) è attivata dalla defosforilazione ed
inattivata dalla fosforilazione.

Attivazione degli zimogeni

Un’altro tipo di regolazione è quella operata da enzimi inizialmente inattivi, chiamati


zimogeni o proenzimi, che per idrolisi di uno o più legami peptidici, cambiano la
propria struttura primaria, diventando biologicamente attivi; questo si verifica dopo
che essi sono stati rilasciati dalle cellule che li hanno prodotti. La trasformazione da
zimogeno ad enzima attivo è irreversibile; non si può ricostruire la proteina
riformando i legami peptidici, che si formano solo nella sintesi proteica.

La denominazione di tali enzimi è stata formulata assegnando un nome all’enzima


attivo e successivamente cambiandone la desinenza in –ogeno (pepsina →
pepsinogeno), oppure anteponendo il prefisso pro- (carbossipeptidasi →
procarbossipeptidasi). Analogamente si spiegano i nomi di tripsinogeno,
chimotripsinogeno, protrombina, proelastasi, prolipasi..

Appartengono a questa categoria le proteasi, enzimi della digestione, siano essi


endopeptidasi (idrolizzator di legami peptidici interni) come pepsina e chimotripsina
o esopeptidasi (idrolizzatori di legami peptidici terminali), come ad esempio la
carbossipeptidasi. I quattro zimogeni pancreatici sono: tripsinogeno,
chimotripsinogeno, proelastasi e carbossipeptidasi. Gli zimogeni sono sintetizzati in
cellule specializzate nel pancreas e in seguito liberati nell’intestino tenue per
svolgere le loro azioni digestive. Se le cellule li producessero in forma attiva,
rischierebbero l’autodigestione, poichè le sostanze di gran lunga più importanti nel
contesto cellulare sono proprio le proteine. Il tripsinogeno è costituito da una singola
catena polipeptidica (PM 24000) e viene attivato per taglio proteolitico dall’azione
dell’enterochinasi. Quest’ultimo enzima provoca la scissione del legame peptidico
tra una lisina e l’adiacente isoleucina nella molecola del tripsinogeno, causando il
rilascio della sequenza N terminale. L’isoleucina coinvolta nel taglio proteolitico
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diventa, quindi, l’AA N terminale. A seguito di tale processo, la molecola assume la
configurazion terziaria che la rende attiva e prende il nome di tripsina. Questa, poi,
induce la formazione di altra tripsina, agendo sempre sul tripsinogeno con un
meccanismo autocatalitico. Anche il chimotripsinogeno è costituito da una sola
catena polipeptidica (PM 24000) e può essere attivato dalla tripsina, sempre
mediante la rottura di un legame peptidico, questa volta tra arginina e isoleucina.
Come nel caso precedente, l’attivazione è accompagnata da modificazioni
conformazionali che si riflettono in una variazione di attività. Tripsina, chimotripsina,
carbossipeptidasi ed elastasi sono quindi prodotti inizialmente come zimogeni e poi
attivati mediante la rottura dei legami peptidici. Tutti questi enzimi sembrano venire
attivati inizialmente dalla tripsina, prodotta per azione dell’enterochinasi sul
tripsinogeno, evento cardine nell’attivazione del processo digestivo.

Anche la coagulazione del sangue avviene mediante un’attivazine a cascata di


zimogeni; il coagulo, infatti, si forma per mezzo di una serie di reazioni, in cui la
forma attivata di un fattore catalizza l’attivazione di quello successivo. Le numerose
tappe del sistema portano ad una grande amplificazione, consentendo una risposta
molto rapida al trauma. Per esempio, la protrombina si trasforma in trombina a
seguito del taglio proteolitico di una porzione della molecola. A sua volta, la
trombina attivata agisce sul fibrinogeno, tagliando quattro legami peptidici arginina
– glicina e trasformandolo in un monomero di fibrina, fattore centrale nella
formazione del coagulo.

Compartimentazione degli enzimi

Le strategie regolatorie fin qui descritte modificano l’attività enzimatica agendo, in


un modo o nell’altro, sul sito attivo della molecola. La cellula può tuttavia regolare
l’azione degli enzimi localizzandoli in specifici distretti cellulari, dove il rilascio del
substrato o l’uscita del prodotto possono essere controllati. Per svolgere la loro
funzione, poi, alcuni enzimi devono lavorare insieme, quindi la cellula li dispone
degli stessi compartimenti per assicurarne l’efficienza. La compartimentazione degli
enzimi, inoltre, garantisce anche che reazioni competitive possano avvenire
contemporaneamente all’interno della cellula. In molti casi, i compartimenti che
raccolgono determinati enzimi sono organuli cellulari come i mitocontri, i nuclei o i
lisosomi. Per esempio il ciclo di Krebs avviene nei mitocondri, mentre gli acidi grassi
vengono sintetizzati nel citoplasma, nel reticolo endoplasmatico e nell’apparato di
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Golgi, mentre sono degradati nel mitocondrio con la β – ossidazione per produrre
ATP.

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