Epigenetica nella regolazione dellespressione genica

Argomenti della lezione: Che cosa lepigenetica Modelli di regolazione epigenetica Alterazioni di regolazione epigenetica
N O

NH2 CH3 N H H

Tutti uguali, Tutti diversi

Le cellule di uno stesso individuo:

-stesso genoma -differenti fenotipi -differenti profili di espressione

Espressione Cellulo/tessuto-specifica: -stimoli esterni -ambiente -fattori di trascrizione -EPIGENO !

Che cosa l EPIGENETIC !

- Col termine di "Epi#enetica si indicano modificazioni del $N e della cromatina che influenzano il #enoma e lespressione #enica senza alterare il $N stesso - %epi#enoma decide che #ene de&e essere '(N) oppure '(**) in una sin#ola cellula+ determinando un se#nale di espressione #enica, - %epi#enoma puo essere ereditato da #enerazioni di cellule+ sal&ando lo stesso pro#ramma #enico o puo cambiare -plasticit. dellepi#enoma/

STESSO GENOMA, DIFFERENTE EPIGENOMA T4E P4ICIP %I IN*(40 5I(NI EPIGENETIC6E

%&

ETIL!'IONE (EL (N!

ETILO !

etilazione delle citosine del (N! 0odificazione co&alente del $N in cui $N -1meth2ltransferasi trasferisce un 0e #ruppo da 3-adenos2lmethionine alla posizione C1 di citosina, %a metilazione del $N a&&iene ai CpG nucleotidi con un ruolo importante nell espressione #enica e silenziamento di elementi ripetuti

"#$ "#$ "#$

"#$"#

2) Genomic Imprinting
"E una re#olazione epi#enetica del dosa##io #enico, "E mantenuto in parte da re#ioni di&ersamente metilate e ripro#rammate normalmente nella linea #erminale,

"Imprinted #enes : 789 in "clusters le#ati fisicamente 4e#olazione coordinata in specifici domini cromosomici

"entri di controllo Imprinting (ICs or ICCs) esistono e sono richiesti per il controllo regionale dell imprinting

Perch avviene?
Si deve trovare un equilibrio. Esempio: Padre promuove la crescita fetale Madre - controlla la crescita fetale Meccanismo di Di esa

Patolo#ie della re#olazione da imprintin#

!a sindrome "rader#$illi e %ngelman sono eccellente dellimprinting come malattia.

un

esempio

Entrambe sono il risultato di una dele&ione (nella maggior parte dei casi) nella stessa area del cromosoma '(.) "$S * la sindrome che si instaura se ereditata dal padre+ %S se ereditata dalla madre

$& odificazioni della "romatina

odificazioni istonic)e cetilazione+ metilazione+ fosforilazione etc sono importanti nella re#olazione trascrizionale e molti sono mantenuti stabilmente durante la di&isione cellulare anche se il meccanismo di :uesta specifica ereditabilit. non ancora ben compreso, %e proteine che mediano :ueste modificazioni sono spesso in complesso con :uelle che re#olano la metilazione del $N

Codice istonico o Signal transduction? Lenigma.

Categorie delle modificazioni covalenti

Modificazioni: Arg: Mono- & Di-metilazione His: Lys: Fosforilazione (H4) Acetilazione Mono-, Di-, & Tri-metilazione !i"#itinazione $#moilazione

$er%T&r: Fosforilazione

Modificazioni post-Traslazionali sugli istoni H3 and H4

Demetilasi istoniche
Arginina Deiminazione: 'atalizzata da (AD ((rotein Arginine Deiminases) )is#lta in citr#llina e metil-ammonio Demetilazione: 'atalizzata da L$D (Lysine-s*ecific Demet&ylases)

etilazione del (N!

Nei vertebrati la metilazione interessa solamente la Citosina sul dinucleotide CpG : lenzima citosina metiltransferasi aggiunge un gruppo metile al C della citosina:il risultato ! la -metilcitosina"
NH2 N O N H H H N O N H NH2 CH3 H

Citosina

Metil-citosina

etilazione del (N!

Le sequenze CpG sono sotto-rappresentate nel genoma (probabilmente per la tendenza della 5-metilcitosina a venire deaminata e mutata in T)

ma abbondanti nelle regioni promotrici dei geni

Fasi di metilazione:
# Metilazione differenziale de novo $%nmt3a e %nmt3b&' # Mantenimento della metilazione e trasmissione alle cellule figlie $%nmt)&" # %emetilazione $natura sconosciuta( per ora( delle demetilasi&'

La metilazione regolata durante lo sviluppo:

Le principali funzioni della metilazione sono collegate alla repressione della trascrizione: Difesa contro i trasposoni: la metilazione e fondamentale per mantenere silenti i genomi dei trasposoni e dei retrotrasposoni Regolazione genica: la metilazione contribuisce a stabilire e mantenere uno stato trascrizionalmente inattivo (eterocromatina)

etilazione e regolazione genica:

; $nmt metilano il $N ; Il $N metilato le#ato da proteine che le#ano il metile -0eCP<+ 0=$>-?/ ; @ueste a loro &olta sono in #rado di reclutare di&ersi 6$ C -A repressione della trascrizione

Effetti della CpG metilazione sullespressione #enica

CpG Non metilate CpG 0etilate

Gene A

Gene B

Gene C

Gene D

OFF

ON
mRNA

ON
mRNA

OFF

3e:uenze di e&enti che colle#ano la confi#urazione della cromatina e la repressione trascrizionale da metilazione del $N etilazione istonica (eacetilazione e*g*: #$m-+, istonica
DNMT1 DNMT3a DNMT3b

Istone Modif.
MBD1 MBD2 CH3 CH3 CH3CH 3 MBD4

Istone Modif.
MeCP2 CH3CH3 CH3 Kaiso CHCH 3 CH3 3

CH3

(N T

#(!"

Patterns di

etilazione del (N! nel Genoma

Geni autosomici

-Imprinted genes

0osaicismo epi#enetico nellin&ecchiamento

0osaicismo epi#enetico nellin&ecchiamento

Sia ipo- che iper-metilazione sono stati associati allinvecchiamento cellulare: perdita generica di metilazione, ipermetilazione di geni specifici

Epi#enetica B malattia

+gger et al, -at#re, .//4

0etilazione+ re#olazione #enica e cancro: Il pattern di metilazione dei geni alterato nelle cellule tumorali, e metilazione alle isole CpG di certi geni associata al loro silenziamento specifico
il promotore del gene RAR
RB1, INK 4a, INK4b, p14 ARF APC, LKB1/STK11, RASSF1 DAPK, caspase-8 MGMT, BRCA1, MLH1 GSTP1 ER, PR, RAR E-cadherin, VHL

Ciclo cellulare Signal transduction Apoptosi riparo del DNA Metabolismo di carcinogeni Risposta ormonale Metastasi

E le modificazioni della cromatina !

Uno squilibrio nellacetilazione e della metilazione degli istoni pu causare alterazioni della struttura della cromatina con regolazione aberrante di geni coinvolti nel controllo del ciclo cellulare, del differenziamento e/o dellapoptosi
Vediamo qualche esempio:

!cetilazione a.errante nel cancro: coinvolgimento delle #!T-#(!"

HAT (Istone acetiltransferasi):
Geni codificanti per diverse HAT si trovano traslocati, amplificati, sovraespressi e/o mutati in diversi tumori Mutazioni missenso o associate a p300 tronca NON FUNZIONALE si trovano associate a tumori del colon/retto e gastrici Gli individui con mutazione che inattiva lattivit HAT di CBP -> aumentato rischio di tumori perdita di eterozigosi attorno al locus di CBP associata a carcinomi epatocellulari. Traslocazioni di p300 e CBP risultanti in fusioni in frame con diversi geni -> associate a diversi tumori ematologici

Limportanza delle acetilasi degli istoni: CBP/p300

#(!" e cancro
HDAC (istone deacetilasi): Linfoma non-Hodgkin: il repressore trascrizionale LAZ3 anormalmente sovraespresso e causa repressione trascrizionale aberrante (HDAC dipendente) con conseguente trasformazione tumorale La leucemia acuta mieloide M2 associata con t(8;21) che genera una proteina di fusione AML1/ETO che agisce come un potente repressore trascrizionale dominante tramite reclutamento di HDAC

Esempio dellaberrante reclutamento di HDAC da parte di PML-RAR e di PLZF-RAR nella leucemia promielocitica acuta

Leucemia acuta promielocitica (APL): PML-RAR, loncoproteina generata da una fusione per traslocazione cromosomica del gene codificante lattivatore trascrizionale RAR con il dominio di repressione del gene *M+ , reprime i geni normalmente attivati da RAR mediante metilazione e reclutamento di un co-repressore contenente attivit HDAC

Genetica
Mutazione
OFF

Epigenetica
Rimodellamento della cromatina HDAC
promotore

** *** Gene
Delezione

OFF

Gene

Metilazione del DNA

OFF OFF
DNA metilato promotore

Gene

Gene

Terapia genica

Terapia epigenetica

Concetto generale della terapia epigenetica

HDAC )Fs
promotore

OFF
Geni tumor suppressor : R ! RAR" #nibitori del ciclo cellulare : p$%

&erdita della funzione di soppressione tumorale HDAC

HDAC inibitore

HA) )Fs
promotore

ON
Gene ersaglio

Ri"espressione di geni tumor suppressor bersaglio ' ac(uisizione della funzione di soppressione tumorale

Terapia epi#enetica : ria:uisizione di funzione #enica

Gene 7unzione silenziato E/ /!/16 L#% P%34IN+ 5a P%54!/7 /ecettore E6 /etinoic receptor - ismatc) repair /egolazione del ciclo Ini.izione ( 6 Evidenze /iac0uisizione di espressione e -signaling 7unzione Tumor suppressor riac0uisita "orrezione del difetto /iac0uisizione del /1 c)ec2point /ia0uisizione della normale distri.uzione cellulare di ( 6

Ini.itori delle #(!": una nuova terapia anti-cancro

Questi inibitori causano arresto del ciclo cellulare, differenziamento apoptosi (documentati in tutti i tipi cellulari trasformati)

Noti Geni bersaglio: CDKN1A (p21/WAF1), TRAIL/TNFR10, CDKN2A (p16)

"ooperativit8 tra modulatori dellazione epigenetica

5-aza-2-desossicitidina -> ipometilazione e riattivazione di tumor soppressors silenziati Pu cooperare con inibitori delle HDAC quali TSA, SAHA con potenziale riduzione delle dosi richieste e della tossicit, e minori possibilit di insorgenza di meccanismi di resistenza

nalo#hi Ipometilanti della Citosina

Nuovi modulatori sono rappresentati da inibitori enzimatici delle DNMT.

/icapitolando9
1. Lepigenetica regola lespressione genica non alterando il DNA (sequenza) 2. Esistono molteplici tipi di regolazione come
La metilazione del DNA Limprinting genomico Le modificazioni istoniche

3. Meccanismi di alterazione epigenetica sono alla base di molteplici patologie fra cui le neoplasie 4. Si puo riprogrammare lepigenoma cellulare con modulatori epigenetici

%etture a##iunti&e 3u siti internet di interesse

Modificazioni della cromatina e metilazione del DNA www.epitron.eu http://www.epigenome-noe.net

www.geneimprint.com www.geneimprint.com/articles/pdf/reikwalterrev.pdf ,Prader-Willi syndrome - www.geneclinics.org/profiles/pws/ ,Angelman syndrome - www.geneclinics.org/profiles/angelman/