LEZIONE N.

1
“
Alcuni meccanismi di modificazione dei genomi batterici
 Dimostrazione della trasformazione
Trasformazione di un ceppo avirulento di Streptococcus pneumoniae in
uno virulento.Avery, MacLeod and McCarty 1944
Dimostrazione della trasformazione da parte del
DNA
Ricombinazione omologa in batteri
Gregorio Mendel
Dal modello di struttura del DNA ( Watson biologo e Crick fisico)
discende la più forte metafora della Genetica del “900, formulata da
F.Crick e diventata il paradigma della “Biologia meccanica” moderna
Alcune conformazioni del DNA
Denaturazione del DNA
3 Main Components in Eukaryotic Genomes
 DNA ripetuto
• DNA moderatamente ripetuto
– rRNA, tRNA e geni per gli istoni
– Grandi famiglie di geni duplicati
– Elementi mobili
• “Simple-sequence DNA”
– Piccole sequenze ripetute in tandem
“Simple sequence repeats” (SSR)
• Ripetizioni in tandem di un k-mero
• Ripetizioni da 1 a13 basi – microsatelliti

• Da 14 – 500 basi – minisatelliti

• Coprono il 3% del genoma

• Used in mapping
 Elementi mobili
• Si spostano nei genomi
• Costituiscono gran parte del DNA
moderatamente ripetuto negli eucarioti
– Le 50000 copie del LINE L1 costituiscono da
sole il ~5% del DNA umano
– Le sequenze Alu costituiscono il ~5% del
DNA umano (>500,000 copies)
 LINE

• LINE1 – attivo
• Line2 – inattivo
• Line 3 – inattivo
• Molte sequenze non attive troncate
• Presenti in zone ricche in AT
 Gli elementi Alu
• Derivano tutti da una sequenza ancestrale detta
7SL
• Hanno estremità 3’ diverse dai LINE
• Unici SINE attivi nel genoma umano
• Elementi mobili presenti nelle zone ricche di geni e
in GC
• Sono seguiti da sequenze a bassa complessità
Tuttavia sono possibili anche forti riarrangiamenti genomici intra-
specifici dovuti a trasposoni e altri processi di “genome
shuffling”.Anche in questi casi , ci sono zone più o meno “fragili”e i
trasposoni si attivano in caso di stress.
I geni dei procarioti sono continui,hanno sequenze
brevi di inizio e di fine e trascrivono solo un RNA
per gene . Sono quindi simili a quanto descritto nel
“dogma”
I geni degli eucarioti sono costituiti da una serie di moduli
regolatori e da altri codificanti
Enhancers tessuto 
specifici 

Attacco alla Gene per sno-

RNA Promotori
matrice
nucleare
Exon 2 Exon 1

Silencer Terminator
Exon 3

Exon 4
Attacco alla matrice nucleare
Più geni sono spesso aggregati in “loci”che
tendono ad essere co-regolati

Zone di controllo

Gene 1 Gene 2 Gene 3 Gene 4

I genomi degli eucarioti sono drasticamante diversi da
quelli dei procarioti e permettono una grande plasticità
epigenetica dovuta ad una serie di processi fissatisi
durante la evoluzione, generatori di plasticità di
regolazione e “ambiguità”dei geni.

IL GENOMA UMANO

3.5 Gb. SNO RNA

“Solo”24000 geni SN RNA
Oltre 100.000 proteine si-RNA
1.5% del DNA codificante sh-RNA
45% del DNA trasposoni ds-RNA
63% del DNA trascritto
72% dei trascritti S/AS
10% Pseudo RNA
20000 pseudogeni
Esperimento di Meselson e Stahl
I dati della centrifugazione analitica in gradiente
di cloruro di Cesio

Density after 1 generation = ?

Density after 2 generations = ?

La sintesi nella elica ritardata
Ci vuole un primer di
RNA per inziare la
sintesi. Il primer é
sintetizzato dalla RNA
primasi.
Poi interviene la DNA
polimerasi III che
allunga i promers di RNA
con DNA

I frammenti vengono
collegati da una DNA
ligasi
 La macchina replicativa

La primasi sintetizza i primers La topoisomerasi svolge il DNA La

elicasi e le proteine che si legano al DNA a singola elica mantengono
aperte le due eliche
 Replicazione bi-direzionale
La sintesi di DNA avviene per repliconi che
consistono in una origine di replicazione e due
forche di replicazione divergenti

Movimento Movimento
della forca della forca
La replicazione di cromosomi circolari

• La replicazione
inizia da una singola
origine ed é bi-
direzionale
La forma intermedia
si dice “a theta”
La replicazione a “circolo rotante” ( Rolling
circle )
In questo tipo di replicazione
una elica resta circolare e
funziona da “templato”per una
sintesi continua
Un taglio libera la estremità 5’
della elica che funziona da
templato per la sintesi
discontinua
Spesso la sintesi continua
oltre ad una sola unità ed il
risultato é un “ multimero di
copie “testa-coda” del genoma
Le copie vengono tagliate e
circolarizzate una ad una
Amplificazione
di sequenze
specifiche di
DNA
LA TRASCRIZIONE
A signal reception chain
Some DNA conformations
cAMP-proteina-DNA
Lac repressor
Struttura di membrana con recettori
Signaling pathways affect chromatin structure
and recruitment of coactivators

HAT
OPEN

CLOSED
HDAC
La dimerizzazione del recettore lo attiva

“RTK”
 La attivazione permette il legame di altre
proteine a fare un complesso

GDP Ras

GRB2 lega pTyr (SH2) e porta Sos (via SH3) a legarsi al substrato (Ras)
RAS adesso é attivato
 La attivazione di Ras determina la sua associazione con
GTP(1), l’attacco di RAF alla membrana (2), la fosforilazione
di MEK da parte di RAF(3-5) , la fosforilazione della
MAPkinasi da parte di MEK(6)
Le proteine MAP ed ERK hanno una serie di
funzioni nella regolazione