La necessit di un approccio informatico alla ricerca nel settore biomedico deriva dalla esplosione di informazioni biologiche generate dalla

comunit scientifica

BIOINFORMATICA Disciplina situata allinterfaccia tra informatica e scienze biologiche che applica algoritmi informatici per la risoluzione di problemi biologici

Banche dati Strumenti informatici

Banche dati
Raccolgono informazioni e dati derivanti dalla letteratura e da analisi effettuate sia in laboratorio ( in vivo e in vitro) sia attraverso lapplicazione di analisi bioinformatiche ( in silico )

Questa quantit enorme di informazioni conservata e resa disponibile per lintera comunit scientifica da tre organismi principali

NCBI = National Center for Biotechnology Information http://www.ncbi.nlm.nih.gov EMBL = European Molecular Biology Laboratory http://www.embl-heidelberg.de KEGG =Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.jp/kegg/

creano Database di pubblico accesso diffondono informazioni biomediche sviluppano software per lanalisi di dati

Banche dati di sequenze nucleotidiche

GenBank database http://www.psc.edu/general/software/packages/ge nbank/genbank.php EMBL datalibrary http://www.ebi.ac.uk/embl/ DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/searches-e.html

>> Consente di ricercare e consultare pubblicazioni scientifiche di carattere biomedico >> Contiene circa 16 milioni di citazioni di articoli scientifici dagli anni '50 del Novecento ad oggi >> Il database di riferimento MEDLINE ed ENTREZ il software che permette laccesso a questo database

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/

Come restringere il campo

>> Operatori booleani: operatori logici utilizzati per stabilire una particolare relazione tra i termini da ricercare. AND recupera documenti che contengono entrambi i termini; OR recupera documenti che contengono almeno uno dei due termini, oppure entrambi; NOT recupera documenti che contengono solo il primo dei due termini, escludendo il secondo o i documenti in cui ci sia compresenza dei due.
Esempi: - digestive system AND liver: i documenti contengono contemporaneamente digestive system e liver; - digestive system OR liver: i documenti contengono o digestive system, o liver, oppure entrambi; - digestive system NOT liver: i documenti contengono solo digestive system, escludendo quelli in cui presente anche liver.

Come restringere il campo

>> Limits la data di pubblicazione degli articoli e/o la data di ingresso delle citazioni nellarchivio; il gruppo uomo/animale; il sesso; la lingua; il tipo di pubblicazione; l'et del gruppo oggetto di uno studio >> TAG - liver [au]: si recuperano citazioni di articoli scritti da Liver; - liver [ti]: si recuperano citazioni di articoli il cui titolo contiene la parola liver; - liver [so]: si recuperano citazioni di articoli pubblicati su riviste che contengono la parola liver nel titolo.

>> un catalogo comprendente informazioni e referenze relative a geni umani e malattie genetiche
>> Contiene numerosi link a MEDLINE, dati di sequenza, dati SNP

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM

>> Contiene le seguenti classi di variazioni genetiche umane SNP ripetizioni microsatelliti polimorfismi costituiti da piccole inserzioni/delezioni

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/

Ensembl

>> database che riporta le sequenze di genomi di numerosi organismi e gli SNP contenuti in queste sequenze

http://www.ensembl.org/index.html

>> Scopo: sviluppare una mappa aplotipica del genoma umano

>> indica le regioni che hanno set di SNP strettamente associati gli aplotipi in queste regioni i tag SNP

http://www.hapmap.org/

>> Consente di analizzare lomologia esistente tra una sequenza di interesse e le sequenze presenti in specifici database

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

>> Database di geni umani che fornisce informazioni genomiche, trascrittomiche, proteomiche, genetiche e funzionali su tutti i geni noti e predetti

http://www.genecards.org/

Banche dati di sequenze proteiche

TrEMBL datalibrary http://www.ebi.ac.uk/trembl/ SWISSPROT database http://www.ebi.ac.uk/swissprot/