La duplicazione (o replicazione) è il meccanismo attraverso cui il DNA produce una

copia di sé. Ogni volta che una cellula si divide, l'intero genoma deve essere duplicato
per poter essere trasmesso (tramite mitosi o meiosi) alle cellule figlie. Il meccanismo
della replicazione è complesso e richiede l'intervento di numerosi fattori.

Fasi della duplicazione

1. La duplicazione inizia in un ben preciso punto della molecola del DNA, detto punto
di origine della replicazione, caratterizzato da una sequenza di nucleotidi che
contengono molte basi AT ( adenina-timina sono più semplici da avere l’aperura in
quanto sono legate da solo due ponti idrogeno.)

2. Nei procarioti, in corrispondenza di questa regione del DNA si legano circa 20

proteine, dette DNA-A. In seguito a ciò, il DNA si avvolge attorno a queste, formando
un anello (loop), con conseguente apertura della doppia elica, per un breve tratto.
Negli eucarioti, il processo di inizio è più articolato e vede coinvolto un complesso di
riconoscimento del punto di origine chiamato ORC (Origin Recognition Complex)
ossia un complesso che va a riconoscere il sito di apertura ed una serie di altre
proteine. ORC funge da impalcatura sulla quale si costruisce il “castello” di proteine
necessarie per replicare il DNA, prime fra tutte l’elicasi MCM, un enzima in grado di
“srotolare” e aprire la doppia elica di DNA.

3. Sulla zona di apertura della doppia elica (chiamata bolla di duplicazione) si

innescano, da una parte e dall’altra, una molecola di elicasi, un enzima che separa i
filamenti del DNA mediante rottura dei legami di idrogeno tra le basi azotate AT.
L’enzima, per poter svolgere questa funzione, ha bisogno di energia e la ricava
dall’idrolisi dell’ATP, la molecola energetica per eccellenza nella cellula.

All’interno delle cellule eucariotiche, i punti di origine sono circa 20-80, distanzianti
da varie basi tra loro, mentre nei procarioti ne abbiamo soltanto uno. (Il motivo di
questa differenza è principalmente per il numero di basi azotate che devono essere
replicate.)

4. L’elicasi, una volta aperta la bolla di replicazione, ha il compito di continuare tale

apertura, in modo che il filamento originario (filamento MASTER) possa diventare
substrato degli enzimi replicativi e quindi possa avvenire la sintesi del nuovo dna.
Man mano che la bolla si apre, dobbiamo immaginare che vi siano delle basi azotate
che restano fluttuanti e che tenderebbero a riunirsi tra loro e riformare la doppia
elica. Intervengono allora delle proteine, dette SSB proteins (single strend binding
proteins), ossia proteine che vanno a legare si legano al singolo filamento e
respingendosi tra loro impediscono alla doppia elica di richiudersi.
(Se l’elicasi continua ad andare avanti e se si è formato un groviglio nell’elica,
cercando di aprirla l’elicasi non fa altro che aumentare la tensione meccanica
rischiando di rompere la molecola. Allora per risolvere il problema interviene un
enzima che si chiama topoisomerasi. Invece quello che abbiamo definito come
“groviglio”, correttamente si definisce superavvolgimento.)

5. La sintesi dei nuovi filamenti avviene grazie all’intervento delle DNA polimerasi:
Questo enzima sintetizza il nuovo filamento di DNA in direzione 5’-3’, ovvero
posiziona un nucleotide in modo che si attacchi a un nucleotide già posizionato, che
ha l’estremità sul 3’ libera. Quindi si posizionerà a livello di un 3’ libero e li andrà ad
attaccare nuovi nucleotidi. Chiaramente se sintetizza in direzione 5’-3’ e dato che i
filamenti devono essere antiparalleli, sulla catena che funge da stampo leggerà i
nucleotidi dal 3’ al 5’.

La polimerasi quindi legge il nucleotide sulla catena stampo e posiziona il

complementare andando a formare dei legami fosfodiestere fra il nucleotide già
presente sulla catena e quello che deve aggiungere. (Ti ricordo che il legame si va a
formare fra lo zucchero e il fosfato.)

La DNA polimerasi, però ha una duplice funzione: infatti può capitare che sbagli a
posizionare un nucleotide per discolpare l’enzima, capita che posizioni un nucleotide
errato perché inseguito a certi processi il “nucleotide stampo” può essere mutato,
allora può fare un’attività di correzione di bozze (la cosiddetta attività di
proofreading), ovvero può tornare indietro e sostituire il nucleotide che ha inserito in
modo errato. Quest’attività si chiama esonucleasica.

Però c’è un problema: la DNA polimerasi non può iniziare ad attaccare nucleotidi da
zero, deve attaccarsi a una sequenza già sintetizzata. Perché?

Pensiamo per assurdo che la polimerasi inizi da zero, mette il primo nucleotide e se
questo fosse sbagliato con la sua attività esonucleasica lo può togliere, ma così
rimarrebbe senza nulla in mano. Allora dovrebbe iniziare usando un enzima che non
abbia un’attività esonucleasica.

Esiste pertanto un enzima chiamato DNA primasi che, legato all’elicasi ed attivato da
quest’ultima, sintetizza un piccolo frammento di RNA (primer), lungo 7-10
nucleotidi. Il primer ha un terminale 3-OH che serve da innesco alla DNA-polimerasi,
per agganciarsi e copiare il filamento del DNA.

In questo processo però si viene a creare un problema: la DNA polimerasi sintetizza

in direzione 5’-3’, per tanto solo una delle due polimerasi seguirà la direzione di
apertura della molecola, ovvero la direzione dell’elicasi, l’altra polimerasi dovendo
sempre sintetizzare in 5’-3’ dovrà andare nella direzione opposta all’elicasi.

La DNA polimerasi che segue l’elicasi può sintetizzare senza problemi dato che segue
l’elicasi sintetizzerà in modo continuo e veloce. (filamento veloce o leading strand.)

L’altra polimerasi ha però dei problemi, innanzitutto andando in direzione opposta

all’elicasi è in ritardo: partendo da un punto va nella direzione opposta rispetto alla
forcella di replicazione, quindi poi dovrà tornare indietro e sintetizzare il tratto di
DNA che si è lasciata indietro. (filamento lento “lagging strend”) Ogni volta che va a
ritroso la DNA polimerasi non trova un nucleotide con un estremo 3’ a cui agganciarsi
per polimerizzare, allora dovrà necessariamente intervenire la DNA primasi, che ogni
volta dovrà sintetizzare un primer.

Pertanto, la DNA polimerasi che va in direzione opposta rispetto all’elicasi

sintetizzerà in modo discontinuo e porta alla formazione di piccole catene di DNA
dette frammenti di Okazaki.

8. Inoltre, le due DNA-polimerasi III si muovono nella stessa direzione (assieme alla
elicasi). Per cui, la sintesi contemporanea dei due filamenti, in direzione 5’3’, può
avvenire solo grazie alla ormazione di un’ansa (loop) da parte del filamento lagging.
Un complesso proteico (clamp = morsetto, fascetta) interviene per stabilizzare il
legame della DNA-Polimerasi III col filamento del DNA. Ci sono due clamp diversi,
uno per la DNA-Polimerasi III del filamento leading ed uno per quella del filamento
lagging. Entrambi sono tenuti assieme da una proteina di sostegno (clamp loader =
caricatore di morsetti) ed è questo il motivo principale per il quale le due DNA-
Polimerasi si muovono nella stessa direzione.

Successivamente, i primer di RNA vengono eliminati e sostituiti da frammenti di DNA

ad opera della DNA polimerasi I che, come la Polimerasi III, si muove indirezione 5’3’
(e solo in questa) ed ha bisogno di un aggancio 3’-OH per poter operare.

Il primer dell’estremità 5’ non può essere sostituito dalla DNA-polimerasi I perché

non avrebbe nessun aggancio 3’OH su cui innestarsi. Pertanto, in questo caso si
verifica una duplice eventualità.

Nelle cellule somatiche, esso non viene sostituito da un equivalente frammento di

DNA, per cui il DNA neo-sintetizzato si accorcia di un po’;

Nelle cellule germinali, invece, il primer in posizione 5’-terminale viene sostituito

dalla Telomerasi.(un enzima che Al suo interno contiene uno stampo di RNA che serve
a prolungare la catena di DNA, su questo stampo agisce infatti una specifica DNA
polimerasi.

Tutto questo spiega perché nelle cellule somatiche i telomeri si accorciano ad ogni
replicazione mentre nelle cellule germinali no (... in quanto le prime non sono dotate
dell’enzima telomerasi mentre quelle germinali ne sono provviste).

Infine, i neo-filamenti di DNA vengono saldati tra loro dalla ligasi.

Tre importanti caratteristiche del processo di duplicazione del DNA sono le seguenti:

-È un processo bidirezionale (cioè avviene in entrambe le direzioni);

-È un processo di tipo semiconservativo (cioè, le molecole "figlie" consistono ognuna

di un filamento

di DNA della molecola "madre" e di un filamento di nuova sintesi);

-È un processo estremamente preciso (la DNA-polimerasi fa un errore ogni miliardo

di basi intetizzate).

-È un processo rapido.

Introduzione Trascrizione

Il rapporto tra la molecola informazionale, il DNA, e le molecole funzionali, gli enzimi

e le proteine, è stato chiarito e ha portato gli scienziati ha formulare il dogma centrale
della biologia: esso afferma che, in tutte le cellule, l’informazione passa in un solo
senso, dai geni alle proteine. Per fare ciò le cellule possiedono dei meccanismi
molecolari in grado di leggere le informazioni contenute nelle sequenze di basi del
DNA e di trasformarle nelle sequenze di amminoacidi che formano le proteine. Ciò
avviene grazie a due processi fondamentali.

1. La trascrizione, che avviene nel nucleo della cellula, consiste nella produzione di
RNA a partire dal tratto di DNA corrispondente.

2. La traduzione, che avviene nel citoplasma, consiste nella produzione di sequenze

di amminoacidi a partire dal trascritto di RNA. I polimeri di amminoacidi costituiscono
le catene polipeptidiche che formano le proteine. Le informazioni contenute nei geni
escono dal nucleo della cellula sotto forma di molecole di RNA, passando dai pori
nucleari. La traduzione e la sintesi delle proteine avvengono nel citoplasma in
prossimità dei ribosomi, organuli cellulari costituiti anch’essi da RNA e proteine. Il
dogma centrale ha una sola parziale eccezione che non riguarda però gli esseri
viventi, ma i virus, che sono parassiti intracellulari in grado di riprodursi solamente
sfruttando cellule ospiti. Alcuni tipi di virus sono infatti in grado di promuovere una
trascrizione inversa, ovvero sintetizzare il DNA a partire dall’RNA.

Struttura e funzione dell’RNA

Gli acidi nucleici, DNA e RNA, sono polimeri molto simili tra loro: le differenze nella
loro struttura sono poche ma sostanziali. La prima differenza è che lo zucchero che
si alterna ai gruppi fosfato per costituire il filamento polinucleotidico nell’RNA è il
ribosio, mentre nel DNA è presente il desossiribosio. La seconda differenza è
costituita da una delle quattro basi azotate. Tre di queste, adenina (A), guanina (G) e
citosina (C) sono presenti in entrambi gli acidi nucleici, la quarta invece è diversa:
l’RNA presenta l’uracile (U) che sostituisce la timina (T) del DNA. La terza differenza
riguarda la struttura della catena polinucleotidica che nell’RNA, salvo alcune rare
eccezioni, presenta un filamento singolo.

Trascrizione

Il Dna contiene le istruzione per il funzionamento cellulare organizzate in GENI, ossia

specifiche sequenze di Nucleotidi. In un gene è contenuta l’informazione che serve
a sintetizzare un POLIPEPTIDE. Uno o più polipeptide formano una proteina. Il tramite
tra gene e polipeptide è l’RNA, una molecola a singolo filamento ottenuta dal Dna
con un processo di trascrizione.

Esistono diverse tipologie di Rna che possono essere trascritte a partire dal Dna:

1. L’RNA messaggero (abbreviato in mRNA) è la molecola che svolge la funzione di

intermediario tra DNA e proteine. La maggioranza dei geni viene trascritta in RNA
messaggero e le informazioni che contengono sotto forma di sequenza di basi
azotate sono utilizzate per sintetizzare una catena polipeptidica. Nelle cellule
eucariotiche l’mRNA è responsabile del trasporto delle informazioni dall’interno del
nucleo, dove avviene la trascrizione, al citoplasma, dove avviene la sintesi proteica.

2. L’RNA ribosomiale (rRNA) svolge principalmente una funzione strutturale. Le

molecole di rRNA infatti non vengono tradotte in proteine, ma costituiscono i
ribosomi, gli organuli cellulari in cui avviene la sintesi proteica. L’RNA ribosomiale è
il tipo di RNA più abbondante nella cellula.

3. L’RNA di trasporto o RNA transfer (tRNA) assume importanza nella fase di

traduzione, durante la quale il tRNA svolge il ruolo di «interprete» molecolare in grado
di tradurre il linguaggio delle basi nel linguaggio degli amminoacidi.
E poi abbiamo le SnRNA(small nuclear rna) e miRna (micro Rna) sono due categorie
di Rna molto piccole che svolgono un ruolo fondamentale di meccanismi di
regolazione dell’espressione genica all’interno delle cellule.

Ricorda:

E’ una piccola porzione di Dna quella che è codificante ossia quella dà origine
prettamente a dei polipeptidi. Perché gran parte dl nostro dna è caratterizzato dalla
presenza di sequenze non codificanti altamente ripetute oppure sequenze
fondamentali nella regolazione dell’espressione genica (sequenze regolatorie)
oppure dalla presenza di geni che non sono più funzionali (pseudo geni)

Inoltre abbiamo visto che diverse sequenze codificanti, non codificano per vere e
proprie proteine ma si fermano a Rna come rna trasfer, ribosomiale, miRna o SnRna.
E anche i trascritti primari, gli Mrna, vanno incontro ad un processo di maturazione,
per cui quello che viene tradotto in proteina è proprio una piccola quantità.
Ricordiamo che gli Mrna andranno incontro a un meccanismo, chiamato SPLICING
attraverso cui verranno eliminate le porzioni non codificanti chiamati introni e invece
quelle codificanti, chiamate esoni, si saldano tra loro e poi andranno incontro a un
altro meccanismo di maturazione per cui le estremità dei messaggeri vengono
eliminate. E alla fine resta una piccola quantità che viene tradotta in proteina.

La trascrizione negli eucarioti

La trascrizione è un processo che consente alla cellula di risparmiare molto “spazio”

ed energia. Il genoma è un complesso che contiene tantissime informazioni, e non
tutte si impiegano nello stesso momento, in ogni tipo cellulare. Ogni cellula del corpo
contiene le stesse informazioni genetiche. Una cellula del fegato conterrà le stesse
informazioni di una cellula dei polmoni, la differenza sta in come queste informazioni
si utilizzano. La trascrizione serve proprio a questo, ad esprimere in modo
differenziale le informazioni, a seconda del destino che la cellula dovrà avere.

La complessità di questo meccanismo sta nella regolazione della trascrizione. In

questo processo intervengono numerosi fattori trascrizionali che “indicano” alla RNA
polimerasi cosa trascrivere. Si può immaginare il genoma come un database di
informazioni, e solo quelle che sono utili verranno selezionate, e quindi trascritte.

Negli Eucarioti, la trascrizione avviene nel nucleo e l’attività trascrizionale è svolta

prettamente dall’enzima Rna polimerasi.

1. La trascrizione ha inizio quando l’enzima RNA polimerasi si attacca ad un punto

preciso, detto promotore (o primer) della molecola di DNA. Per ciascun gene esiste
un promotore, cioè una sequenza di basi che fornisce una serie di importanti
informazioni quali il punto da cui iniziare la trascrizione, quale dei due filamenti del
DNA deve essere trascritto e in quale direzione procedere.

Il promotore basale è composto da una sequenza fondamentale chiamata TATABOX,

ricca di Adenina e Timina, e subito dopo abbiamo un’altra sequenza chiamata BRE ed
è fondamentale per legare un fattore trascrizionale (TFIIB)

Oltre al promotore vero e proprio, promotore basale, possiamo avere altre sequenze
fondamentali per la regolazione dell’espressione genica tali sequenze costituiscono
cosiddetto promotore prossimale, ad esempio la sequenza CCAAT box è importante
perché determina l’efficienza del promotore stesso cioè quanto velocemnete e quanto
efficientemente il gene debba essere trascritto. In aggiunta possiamo avere ulteriori
sequenze regolatorie, in genere posizionate anche a distanze molto lunghe rispetto
all’inizio della trascrizione stessa. Tali sequenze regolatorie possono essere degli
stimolatori o silenziatori dell’attività trascrizionale stessa (enhancers e silencers). A
queste sequenze però si devono legare delle proteine di regolazione, che a loro volta
devono prendere contatto con i fattori trascrizionali che a loro volta interagiscono
con le sequenze del promotore. Tutto ciò induce a un grosso ripiegamento del Dna
che va a formare una struttura a cappio che deve consentire alle proteine che si
piazzeranno sugli Enhancers e si piazzeranno sul promotore prossimale e basale di
prendere contatto tra di loro.

Il primo passaggio della trascrizione consiste nella formazione del complesso chiuso,
cioè nell’organizzazione dei fattori generali di trascrizione e dell’enzima Rna
polimerasi. (enzima che catalizza la sintesi dell’rna) Uno dei fattori del complesso,
che ha attività elicasica, idrolizzando ATP svolge il DNA, esponendo il filamento
stampo che dovrà essere trascritto. Si crea quindi il complesso aperto. A questo punto
l’Rna polimerasi inizia ad unire i nucleotidi formando un filamento di Rna. Viene
aggiunto un nucleotide alla volta usando uno dei due filamenti della doppia elica di
Dna come stampo. Il criterio di scelta del nucleotide è l’appaiamento delle basi
azotate; una base PURINICA si appaia sempre con un base PIRIMIDINICA.

(il filamento del Dna che funge da stampo viene chiamato filamento senso, l’altro
filamento della doppia elica viene chiamato NON senso. )

Osservando più nel dettaglio notiamo che, in basso vi è il Dna con la catena di
zuccheri e le basi azotate, in alto abbiamo l’Rna in formazione; l’Uracile si appaia
all’ADENINA (prente sul filamento del dna) e la Citosina alla Guanina (la guanina
presente sul filamento del Dna). Uracile e Citosina vengono legati tra loro in
corrispondenza dei rispettivi zuccheri e così i nucleotidi via via aggiunti. Il carbonio
in posizione 3’ si lega al Carbonio in posizione 5’ del nucleotide successivo liberando
acqua e Pirofosfato (due gruppi fosfato)

Durante la fase di allungamento l’Rna polimerasi si muove lungo il filamento di Dna

svolgendo la doppia elica e riavvolgendola dietro di sé. (Quando la catena di Rna
raggiunge la lunghezza di circa 20 nucleotidi, la sua estremità 5’ viene modificata
chimicamente attraverso un processo detto CAPPING.)

La fase finale della trascrizione è detta Terminazione e si verifica quando l’Rna

polimerasi scorrendo sul filamento di Dna incontra delle sequenze di arresto o
terminatrici. A questo punto il filamento di Rna viene rilasciato e la polimerasi si
dissocia dal Dna. Il filamento di Rna va incontro a maturazione, ossia subisce alcune
modifiche che lo trasformano in Rna messaggero.

L’mRNA appena trascritto è chiamato trascritto primario. Ci sono tre processi che
intervengono nella maturazione: splicing, capping e aggiunta della coda di poliA.

Capping: all’estremetà 5’ è stato aggiunto un cappuccio ossia un nucleotide

modificato nel alla base azotata guanina è legato un gruppo metile (CH3)

Coda di poliA: al termine della trascrizione anche l’estremità 3’ del filamento di Rna
viene modificata attraverso la poliadelinazione. Questa modificazione consiste nella
sintesi di una catena lunga circa 200 nucleotidi contenenti la base adenina. Tutte le
adenina vengono aggiunte dalla poli A polimerasi che aggiunge nucleotidi senza
bisogno di uno stampo. La coda poli A conferisce stabilità alla molecola di Rna in
particolare nell’ambiente citoplasmatico dove l’Rna si traferirà per partecipare alla
traduzione.

Splicing (saldatura): elimina le porzioni non codificanti (introni) e produce mRNA

maturo, che consiste in una sequenza continua di esoni e sarà trasportato nel
citoplasma per essere tradotto in proteine.

Approfondimento Splicing

La rimozione degli introni e la giustapposizione degli esoni avviene attraverso un

processo definito splicing dell’RNA, in cui intervengono particolari
ribonucleoproteine nucleari (cioè molecole fatte di RNA e proteine) chiamate snRNP,
che in inglese si pronuncia «snurp».

Esistono diversi tipi di snRNP, che raggiungono il pre-mRNA mentre viene trascritto
e si legano ad esso riconoscendo particolari sequenze poste al confine tra introni ed
esoni. Queste sequenze sono chiamate sequenze consenso e sono brevi tratti di DNA
che compaiono, con poche differenze, in molti geni diversi. Una snRNP contiene una
sequenza di basi complementare alla sequenza consenso presente all’estremità 5'
del confine tra esone e introne, e si lega al pre-mRNA per complementarietà delle
basi; un’altra snRNP si lega al pre-mRNA presso l’estremità 3' dello stesso confine.

A questo punto, usando energia fornita dall’ATP, si aggiungono alcune proteine e si

forma un voluminoso complesso RNA-proteine, definito spliceosoma. Questo
complesso taglia il pre-mRNA, elimina gli introni e ricuce tra loro le estremità degli
esoni, producendo l’mRNA maturo.

Dopo essere stato rielaborato, l’mRNA maturo lascia il nucleo attraverso i pori
nucleari.

Ricapitoliamo:
Abbiamo ragionato sul meccanismo attraverso il quale il gene,
dna, trascrive la sua informazione in un Rna che per i geni
strutturali abbiamo chiamato Rna messaggero e quest’ultimo
andrà a dirigire la sintesi di una proteina.
Le informazioni presenti nell’Mrna sono rappresentate da una
sequenza di basi. (basi azotate complementari allo stampo
genico del Dna. L’Rna messaggero è stato costruito secondo la
legge della complementarietà sul filamento stampo del Dna
quindi è un filamento polinucleotidico. La sua informazione è
rappresentata da una sequenza di basi azotate.)
Come fa la cellula a tradurle in una sequenza di amminoacidi?
Da un’informazione che è scritta sotto forma di una sequenza
di basi azotate, questa info deve essere decodificata in
amminoacidi che si devono legare insieme per costruire una
proteina. Sono un’informazione e un risultato scritti in una
lingua diversa. L'Rna messaggero è scritto sotto forma di
sequenza di nucleotidi che devono specificare molecole
diverse; gli amminoacidi.
Nel successivo processo di traduzione l'informazione
dell'mRNA viene trasformata in una sequenza di amminoacidi
cioè una catena polipeptidica. La traduzione di sequenze di
nucleotidi dell'RNA in catene polipeptidiche avviene attraverso
il codice genetico. (Cosa si intende per codice genetico? E’ un
sistema interpretativo, attraverso il quale l’informazione
scritta nell’Mrna, sottoforma di sequenza di base azotate, può
specificare i diversi amminoacidi che devono comporre la
proteina. Quindi è un sistema di decodificazione. )
Nella molecole di mRna la sequenza dei nucleotidi viene
decodificata per gruppi di tre nucleotidi, detti codoni. Ogni
codone o tripletta specifica un amminoacido. Il codice genetico
è rappresentato da 64 triplette di basi azotate (64 combinazioni
prendendo le basi azotate tre a tre) chiamate codoni.
Il codice genetico è RIDONDANTE in quanto il numero di
combinazioni possibili utilizzando, tre a tre, quattro basi
azotate porta a un numero di combinazioni superiore al
numero degli amminoacidi. Equivale a dire che più triplette
diverse specificano lo stesso amminoacido.
Nella realtà però non tutte le 64 triplette specificano
amminoacidi. Inoltre in un rna messaggero esistono dei
codoni, chiamati nonsenso o di stop, che non corrispondono ad
alcun amminoacido: tre codoni (UAA, UAG e UGA) indicano
infatti la fine del messaggio stabilendo la conclusione della
sintesi della catena polipeptidica . (Quindi non sono più 64, ma
solo 61 specificano amminoacidi)
Nella sintesi proteica la lettura dei codoni avviene in
successione, senza pause, a partire da un codone d’inizio
(AUG), che codifica l’amminoacido metionina. Tutti gli rna
messaggeri di tutte le cellule sia procariotiche che eucariote
iniziano la traduzione a partire dallo stesso identico codone di
inizio AUG (ADENINA, URACILE, GUANINA)
Ricorda che AUG nei procarioti specifica l’amminoacido formil
metionina.
Ciò significa che tutte le proteine, durante la loro traduzione o
sintesi, iniziano con lo stesso amminoacido, la METIONINA.
(Ma successivamente, in un momento successivo al
completamento della traduzione, la proteina subisce ulteriori
modificazioni, chiamate post traduzionali, e in molte proteine
viene eliminata la metionina iniziale.)
L’importanza del codone d’inizio:
L’rna messaggero non viene tradotto una volta sola per
produrre una molecola di quella proteina. Un mrna rende più
efficiente l’espressione di un gene traducendo più volte lo
stesso messaggio e quindi producendo più copie della stessa
proteina. Quindi uno stesso messaggio deve essere tradotto più
volte per produrre più molecole della stessa proteina. In
conclusione sia nelle cellule procariotiche che nelle eucariote il
processo della traduzione inizia a partire da un unico codone
AUG.
Dunque abbiamo detto che:
L'mRNA ha il compito di trasportare l'informazione genetica
dal nucleo della cellula al citoplasma ed è costituito da una
sequenza di triplette di basi dette codoni che codificano per un
particolare aminoacido o che costituiscono il segnale di inizio o
di fine di una catena polipeptidica. Ogni mRNA che corrisponde
a un gene presenta un codone di inizio, una parte codificante il
polipeptide e un codone di stop.
Altre molecole che svolgono un ruolo FONDAMENTALE sono
Le molecole di rRNA di trasporto (tRNA) che, da nucleo
passano al citoplasma, hanno il compito di interpretare il
messaggio genetico traducendo i codoni di tre basi della mRNA
in specifici amminoacidi. (Rappresentano dunque un
collegamento tra la sequenza di basi azotate dei codoni
codificanti contenuti nel mrna e gli amminoacidi che sono
liberi nel pool amminoacidico)
1. Ogni molecola di tRNA presenta una caratteristica
struttura a trifoglio risultante dall’appaiamento di basi
complementari tra diverse regioni della molecola. La
struttura a trifoglio comprende uno stelo, formato dalle
due estremità 3’ e 5’ della molecola, su cui si legherà
l’amminoacido specifico ( grazie all'intervento di specifici
enzimi e all'utilizzo di energia contenuta nell'ATP), e tre
anse. Di queste, quella centrale opposta allo stelo contiene
l’anticodone, cioè la sequenza di tre nucleotidi che
riconosce, per appaiamento di basi, il codone sull’mRNA.
Inoltre l’estremità 3’ sopravanza l’estremità 5’, in quanto
sono indicati gli ultimi tre nucleotidi CCA che è uguale in
tutte le molecole di Trna ed è il sito d’attacco
dell’amminoacido. Tutti i tRNA sono piccole molecole
costituite da una sequenza di 75-90 nucleotidi. Il numero
 di molecole di trna diverse, con un diverso anticodone, è
48 nella specie umana. Più di un amminoacido riesce a
legarsi alla stessa molecola di tRna.

2. Sono necessari specifici enzimi che “caricano” a ciascun

tRna il giusto amminoacido. Esistono enzimi diversi in
forme diverse nel citoplasma accomunati sotto il nome di
Aminoacil-tRna sintetasi.

3. La prima fase della sintesi proteica comprende il legame

dell’amminoacido al suo corretto tRNA, con l’aiuto
dell’enzima amminoacil-tRNA-sintetasi. Il processo
avviene nel citosol e i tRNA vengono definiti carichi.
4. Esiste una forma di enzima per ogni tipo diverso di
amminoacido. L’enzima, in tutte le sue forme, prensenta
tre siti:1, 2 e 3. Al sito 2, in tuti gli enzimi, si lega sempre
una molecola di ATP perché il sito 2 ha un’alta specificità
a legare l’adenina dell’ adenosintrifosfato. Gli enzimi si
diversificano l’uno dall’altro per il sito 1 e 3.
5. Al sito 3 dell’enzima si va a legare uno specifico
amminoacido e quindi avremo forme diverse dell’enzima
che legheranno uno specifico amminoacido. POICHE’
ESISTONO 20 DIVERSI AMINOACIDI, IN CIASCUNA CELLULA SONO
PRESENTI 20 DIVERSE AMINOACIL-tRNA-SINTETASI. ( ad esempio il
glutamil trna sintetasi legherà la glutammina e così via..)

Quando un amminoacido che trova affinità per il sito 3 si lega alla molecola dell’enzima
che presenta tale affinità, l’amminoacido e l’atp si vengono a trovare abbastanza vicino
e a seguito dell’idrolisi dell’ atp con il distacco del pirofosfato, l’amminoacido viene a
trovarsi legato all’amp rimasto sul sito 2. (l’atp è adenosintrifosfato e quando si
staccano i due gruppi fosfato rimane AMP adenosinmonofosfato.

LA REAZIONE COMPLESSIVA CATALIZZATA DA UNA AMINOACIL-tRNASINTETASI E’:

AMINOACIDO+tRNA+ATP ——> AMINOACIL-tRNA+AMP+PP
A questo punto al sito 1 si lega una molecola di tRna, ma non una qualsiasi. Si lega la molecola
di trna la cui ansa laterale si combina con il sito 1 di quella specifica forma dell’enzima. Quando
una molecola di trna si lega al sito uno, si trovo in una posizione in cui la sua estremità 3’ che
ha i nucleotidi CCA e L’Adenina si viene a ritrovare vicino al sito 2 e quest’ultimo ha una forte
affinità per l’adenina.A questo punto L’adenina dell’estremità del trna si sustituisce all’amp
del sito 2 e riesce a legare l’amminoacido precedentemente legato dall’amp
La sintesi proteica può essere riassunta in 5 fasi: attivazione, fase di inizio, fase di
allungamento, fase di terminazione, fase di modificazione.
Fase di attivazione
La prima fase della sintesi proteica richiede l’attivazione degli amminoacidi ad opera
dell’enzima amminoacil-tRNA-sintetasi, che utilizzando ATP ( che si era legato al sito 2), lega
gli aminoacidi ai rispettivi trna. Il processo avviene nel citosol e i tRNA vengono definiti carichi.
La sintesi delle proteine avviene all’interno dei ribosomi. I ribosomi sono organuli cellulari,
privi di rivestimento membranoso, molto piccoli presenti sia nei procarioti sia negli eucarioti;
in questi ultimi, i ribosomi possono essere attaccati al reticolo endoplasmatico (quando
devono sintetizzare proteine che devono essere esportate al di fuori della cellula.) oppure
liberi nel citoplasma (quando devono sintetizzare proteine destinate a restare nella cellula)
Morfologia Ribosomi
Visto che i ribosomi sono costituiti prevalentemente da rna ribosomiale e hanno una funzione
catalitica sono anche detti Ribozimi. Sono formati da due subunità: subunità maggiore e
subunità minore, che si uniscono solo nel momento in cui parte la traduzione.
La conformazione della subunità maggiore presenta un’incavatura e viene chiamata “Cleft” è
l’incavo lungo il quale, durante la sintesi proteica, la proteina che man man viene sintetizzata
uscirà per poi scendere nel citoplasma. ( si capisce che è una proteina in quanto all’estremità
vi è il gruppo NH2, estremità ammino-terminale.
Dal punto di vista chimico, i ribosomi sono aggregati di proteine e molecole diverse, ma tutte
appartenenti al tipo di Rna che viene chiamato ribosomiale. Anche le proteine sono diverse
con ruoli diversi e sono prevalentemente basiche. Sono caratterizzate da un alto contenuto
in amminoacidi basici perché le due subunità dovendo andarsi a legare tra loro e con le
molecole di rRna, ci sarà una maggiore attrazione se le proteine hanno aminoacidi basici e
quindi facilitano l’interazione con le molecole di rRna che invece sono acide. Si legano
fortemente per andare a definire la struttura del ribosoma. Struttura sovramolecolare.
(le interazione tra le molecole sono singolarmente deboli ma tutte insieme sono tali da dare
stabilità.)

INIZIO
L’inizio della traduzione avviene quando l’rRNA che forma la subunità minore di un ribosoma
si lega ad una specifica sequenza dell’mRNA da tradurre. Nelle immediate vicinanze di questa
sequenza è presente la tripletta di basi AUG: a questo codone, il quale segnala l’inizio della
sintesi, si lega quindi il tRNA con l’anticodone (UAC) complementare alla tripletta AUG e che
trasporta l’amminoacido metionina. La fase iniziale della traduzione si completa a questo
punto con l’aggancio della subunità maggiore che permette il completamento del ribosoma.
Il primo amminoacido di ogni polipeptide è pertanto sempre la metionina, anche se in molte
proteine viene successivamente rimossa.
Quindi, dall’assemblaggio dei due complessi, nella subunità maggiore sono presenti due
“incavi” o siti: A, P
Sono due punti in cui le due subunità che si associano, non chiudono completamente l’ mRna
al loro interno, ma lasciano due “finestre”una chiamata,IL SITO P, in cui si affaccia al
citoplasma AUG legato alla sua molecola di trna complementare che a sua volta è attaccato
alla METIONINA. Attaccato al sito p, vi è il sito A in cui è esposto una successiva tripletta di
basi azotate ossia il secondo codone, che è pronto a legare il suo anticodone con il suo
amminoacido attaccato. Quindi nel sito A prende posto la seconda molecola di Trna in virtù
della complementarietà del codone.
ALLUNGAMENTO

Quando i due amminoacidi (situati nel sito A e P) vengono a trovarsi così vicini , si viene a
stabilire un legame peptidico quindi si inizia a formare la catena, il DIPEPTIDE (Metionina si
lega alla Prolina) L’enzima che promuove questa condensazione tra il COH della Metionina e
l’NH2 della prolina, ossia il legame peptidico, è un’enzima che appartiene al ribosoma.
Quindi i ribosomi intervengono non solo nella decodificazione, ma fornisce anche l’enzima
che interviene nel favorire dei legami peptidici tra gli amminoacidi che progressivamente
vengono portati sul ribosoma. Da un punto di vista chimico questo enzima non è una proteina
come la maggior parte degli enzimi, ma è una molecola di rna ribosomiale. Infatti il Ribosoma
viene chiamato anche ribozima.
Una volta formatosi il primo legame peptidico, la prima molecola di tRna che prima legava la
metionina, si stacca dalla metionina e quest’ultima resta attaccata alla prolina grazie al
legame peptidico. La molecola di trna iniziale, che aveva l’anticodone complementare a AUG,
priva del suo amminoacido si stacca dal codone AUG e viene rilasciata nel citoplasma. E’ una
molecola di trna che scarica e provederà il suo aminoacil trna sintetasi a ricaricarla con
un’altra metionina in modo da essere pronta a ripartecipare alla sintesi proteica.

Intanto il ribosoma scorre sempre in direzione 5’ e 3’ lungo il filamento di mrna e scorrendo,

la molecola di Trna che precedentemente si trovava nel sito A, si verrà a ritrovare al sito P.
L’avanzamento del ribosoma scopre un altro codone al sito A al quale si andrà a legare in
maniera complementare una terza molecola di trna che presenta l’anticodone
complementare. Si crea quindi un altro legame peptidico e la catena si allunga.