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BIOCHIMICA LEZIONE 1

Biochimica, la parola è divisa in due, chimica biologica o biologia chimica, è una diciplina che studia
la trasformazione delle molecole in macromolecole e viceversa, delle macromolecole in molecole
semplici.
Gli esseri viventi hanno in comune la stessa materia vivente biologica, stesse macromolecole, se
guardate un vegetale come ad esempio un fiore, ha carboidrati, proteine e lipidi, gli stessi elementi
che troverete analizzando un animale. Siamo accomunati dalle stesse macromolecole, la differenza
sta nei dettagli.
La materia morta non cambia, a differenza della materia vivente che evolve, per esempio, che cosa
è cambiato da quando sei feto fino all’età adulta, cosa è successo alla materia, le macromolecole
cambiano nel tempo, quando le macromolecole si modificano cambia lo stato di vita, sono reazioni
biochimiche. Il tempo è un fattore che consente all’organismo di maturare certe reazioni.

Il sistema vivente è quello che interagisce con l’ambiente in cui si trova, un essere vivente vive in
funzione del suo ambiente, l’ambiente definisce chi sono. Gli esseri viventi si adattano all’ambiente,
l’adattamento è una cosa intrinseca nel vivente.
Gli effetti adattativi sono dovuti alla reazioni biochimiche, al metabolismo, un essere vivente
prende energia e da energia. Per qualsiasi attività il corpo umano ha bisogno di energia, noi
produciamo energia consumandola sul posto, non la possiamo conservare, la differenza tra noi è la
capacità di come produrre e come consumare. La capacità nostra è quella di sintetizzare energia,
tutti gli esseri viventi ne sono capaci, estraiamo la nostra energia da quello che mangiamo.
Le differenze tra di noi stanno nel fenotipo, che esteriormente sono ad esempio il colore degli occhi,
della pelle, dei capelli ed altre caratteristiche esteriori (Da wikipedida: Per fenotipo si intende
l'insieme di tutte le caratteristiche manifestate da un organismo vivente, quindi la sua morfologia, il
suo sviluppo, le sue proprietà biochimiche e fisiologiche comprensive del comportamento.)
Se ci togliessimo la pelle non ci sarebbero differenze tra noi, il nostro corpo è formato da apparati,
come ad esempio l’apparato cardio vascolare, digerente ecc.. questi apparati non sono messi li
casualmente, come in una macchina tutti i componenti sono inseriti per ottimizzare gli spazi.

Gli apparati sono formati da organi, i quali sono formati dai tessuti, i singoli tessuti sono formati da
cellule.
Il corpo umano è una macchina perfetta, non è un caso che i robot vengono costruiti ispirandosi a
noi.
Le macromolecole sono formate da elementi semplici, ad esempio il glucosio sono 6 atomi di
carbonio, 12 di idrogeno e 6 di ossigeno.
Gli elementi sono diversi tra di loro, per esempio l’idrogeno ha una massa atomica di 1 il carbonio
di 12.
A noi non interessano tutti e 103 gli elementi, solo quelli che costituiscono la materia vivente.

Tra tutti i 92 elementi presenti naturalmente, solo una piccola parte forma la quasi totalità della
crosta terrestre, e solo alcuni tra questa piccola parte, e nemmeno i più comuni, sono stati scelti
dalla natura per formare gli esseri viventi. Il motivo di questa scelta è, come prevedibile, dovuto alle
caratteristiche di questi elementi.
In particolare solo 6 elementi formano la quasi totalità delle molecole degli esseri viventi: carbonio,
idrogeno, ossigeno, azoto, fosforo e zolfo.
Fonte Wikipedia
Percentuali riferite a un adulto di 70kg, possiamo suddividerle in 3 parti: macrocostituenti ovvero
ossigeno, carbonio, idrogeno, azoto che rappresentano il 96,54% del peso corporeo, i
microcostituenti sono ferro, zinco, rame, manganese, cobalto, sono tutti metalli pesanti, anche se
in grandi quantità sono tossici, il nostro corpo li necessita in piccole quantità. Per esempio senza il
cobalto non avrei la vitamina B12, fondamentale per il cervello, fegato e reni. Senza gli Ioni
essenziali non c’è scambio, non c’è osmosi. Se guardate la pelle di un giovane è idratata, ovvero
trattiene l’acqua, per trattenere l’acqua si gioca coi principi di osmolarità, aggiungendo minerali,
perché col passaggio dei minerali passa anche l’acqua.
Per trasportare la materia ho bisogno di un trasportatore, ovvero dell’acqua, grazie alle sue
caratteristiche chimico-fisiche può trasportare sali minerali, per esempio in essa ci possiamo
sciogliere il sale, come anche gli zuccheri. Le macromolecole possono stare dentro l’acqua, sia
dentro le cellule sia fuori, come ad esempio il sangue, che ha una componente di acqua.
Con questo schema vuole trasmetterci il messaggio dell’importanza del fluido dell’acqua, il nostro
corpo per il 60% è formato da acqua. La nostra pelle è soffice perché è ricca d’acqua.
L’acqua è così importante per noi che abbiamo un fabbisogno quotidiano di almeno 2 litri di acqua
al giorno.

Una caratteristica importante della molecola d’acqua è la capacità di dissociarsi, ovvero di dividersi
e formare due ioni OH- e H+ e H+ è il più importante, logaritmo in base 10 dell’H+ è quello che si
chiama pH, è importante per i muscoli, per esempio chi fa sport produce acido lattico, che non è
altro che la produzione di ioni H+, quando vi è la produzione di H+ significa che il pH va giù, più va giù
più ci affatichiamo facilmente. Le patologie possono essere causate anche dal pH, per esempio il
tumore vive e cresce in un ambiente acido.
Il testo di questa pagina è preso da wikipedia perché il prof praticamente non dice quasi nulla su
questa parte.

L'espressione equilibrio acido-base, in biologia, indica l'insieme dei processi fisiologici che
l'organismo mette in atto per mantenere al suo interno un livello di acidità compatibile con lo
svolgimento delle principali funzioni metaboliche. Grazie a questi processi, il pH del sangue è
normalmente mantenuto su valori compresi tra 7,35 e 7,45.
Molte reazioni chimiche sono influenzate dall'acidità della soluzione in cui esse avvengono. Affinché
una reazione possa avvenire, o possa avvenire con una determinata velocità si deve controllare il pH
al quale la reazione avviene. Tale controllo è esercitato dalle soluzioni tampone che hanno la
caratteristica di opporsi a drastiche variazioni di pH dopo l'aggiunta o la rimozione di piccole
quantità ioni H+ o OH-. Le reazioni biochimiche sono particolarmente sensibili al pH infatti le
molecole biologiche contengono gruppi di atomi che possono caricarsi o essere neutri in funzione del
pH e ciò ha effetto sull'attività biologica della molecola. Negli organismi pluricellulari il fluido
all’interno della cellula e i fluidi che circondano le cellule hanno un pH caratteristico e praticamente
costante che viene mantenuto da sistemi tampone biologici come il sistema diidrogeno fosfato e il
sistema acido carbonico.
Gli acidi (secondo la definizione di Arrhenius) sono sostanze che liberano ioni H+ quando sono in
soluzione acquosa. Le basi, invece, sono sostanze che liberano ioni OH-. Il grado di acidità si misura
tramite il pH, su una scala che va da 0 a 14.
L’acqua ha delle caratteristiche molto importanti, mantiene per esempio la nostra temperatura,
vincolandola. È di facile conduttività elettrica, quindi è utile per le trasmissioni nervose.

Se vogliamo congelare l’acqua dobbiamo scendere sotto 0 gradi centigradi, è una temperatura però
compatibile con la vita, perché la nostra temperatura è sempre costante, sia che fuori faccia freddo
o che faccia caldo.

Come si evince dall’immagine per fare bollire il sangue servono 100°C, ma grazie al nostro corpo ed
ai suoi sistemi di regolazione non ci arriveremo mai a 100°C, il nostro corpo tende a mantenere una
temperatura di 37°C.

Le molecole che possono somigliare all’acqua sono dei fluidi e hanno una forma simile ad essa, ma
sono incompatibili con la vita.
Grazie alla pompa sodio potassio è quella che mantiene la vita cellulare, a un grande scienziato fu
chiesto dove è concentrata la vita delle celulle, lui rispose “nella pompa sodio potassio”, perché è
quella che misura la quantità dell’acqua, del sodio e del potassio che dovrebbero entrare. Che
mantengono la vitalità e la forma delle cellule.
Le forme delle cellule non sono casuali, ogni forma cellulare è funzionale, per esempio il neurone
ha una forma strana, funzionale alla comunicazione. Il globulo rosso ad esempio ha quella forma per
poter rotolare e passare nei vasi e capillari per portare ossigeno.
I sistemi tampone sono quesi sistemi che devono togliere l’acidità, quando c’è acidità pensate ai
protoni H+, per esempio l’acidità di stomaco è dovuta a tanti di questi protoni, perché purtroppo o
per fortuna, il nostro stomaco produce una quantità enorme di HCL (acido cloridrico) che ci protegge
quando mangiamo cibi con una forte carica batterica.

L’acidità che noi produciamo, come già detto l’acido lattico, viene riassorbita grazie ai sistemi
tampone, come per esempio i tamponi salini che ci permettono di far ritornare il pH normale.

Le proteine sono importanti perché le troviamo ovunque, le troviamo per esempio nello scheletro,
gli anticorpi sono proteine, inoltre hanno una funzione di trasportatori, per proteggere delle
sostanze che vanno trasportare la proteina assume la forma di un “pacchetto”.

Gli enzimi sono delle proteine che hanno la capacità di trasformare una molecola in un’altra
molecola.

I mattoncini che compongono le proteine sono diversi tra di loro, talvolta possono essere uguali uno
accanto all’altro, talvolta sono diversi, questi mattoncini sono gli amminoacidi.
Dal punto di vista molecolare biochimico come è fatto un amminoacido? È formato da un carbonio
alpha (carbonio α) al quale sono legati due gruppi funzionali.
È importante sapere almeno 4 gruppi funzionali:

 Gruppo carbossilico che fa parte degli acidi carbossilici, la cui formula è –COOH (carbonio
legato a doppio legame con l’ossigeno e legato col gruppo OH). Essendo il carbonio a 4 legami
dovrebbe legarsi a un gruppo R. Gruppo carbossilico ha la funzione acida.

 Gruppo idrossilico o meglio ancora il gruppo alcolico, la cui formula è –OH, gli alcol li
chiamiamo alcol perché hanno un gruppo H. Gruppo alcolico ha la funzione alcolica.
 Gruppo aldeidico la cui formula è -CHO. C al centro legato due volte con l’ossigeno, idrogeno
ed il gruppo R. Gruppo aldeidico perché ha la forma degli aldeidi, basti pensare alla
gliceraldeide.

 Gruppo chetonico la cui formula è R-CO-R', un carbonio che è legato all’ossigeno da un


doppio legame e i gruppi R a destra e sinistra.

Le cellule e le molecole hanno un linguaggio universale, quando si mangia e avviene la digestione le


molecole del cibo viaggiano nel sangue, arrivano al tessuto come per esempio un muscolo, ma il
tessuto muscolare come può riconoscere le proteine, i glucidi ecc..? Ci vuole un linguaggio.

La cellula non riconosce il carboidrato o la proteina, non lo vede, la cellula comunica con dei recettori
che conoscono i gruppi funzionali, in questo modo possono riconoscere le molecole.

Il gruppo funzionale è la parte con la quale le molecole comunicano, per esempio il glucosio ha due
gruppi funzionali, funzione aldeidica ed alcolica.
Per esempio per dire che è un acido organico dovremmo avere un gruppo carbossilico, per dire che
è un alcol dovremmo avere un gruppo H. Grazie a queste identificazioni le cellule le riconosce.

L’amminoacido è una molecola formata da un carbonio alpha al centro e due gruppi funzionali.
Gruppo funzionale COOH, funzione carbossilica, poi aggiungiamo il quinto gruppo funzionale a
quelli detti in precedenza che è il gruppo amminico, la cui formula è -NH2, è il gruppo caratteristico
delle ammine.
Quando ci sono questi gruppi funzioniali uno accanto all’altro, la cellula sa che quello è un
amminoacido.

Gli amminoacidi proteici sono 20, in realtà nella natura esistono circa 200 amminoacidi, ma noi ne
utilizziamo solo 20 per sintetizzare le proteine.

Le proteine sono sintetizzate dai singoli geni, per esempio le proteine formano il colore dell’iride,
abbiamo 37 proteine che si incastrano tra di loro per far uscire un determinato colore. Per esempio
tra mamma e papà il figlio avrà il colore degli occhi mixato, si chiama coespressione genica. Le
proteine cambiano da un individuo all’altro, il tasso di diversità dentro una popolazione è circa l’1%.
Per esempio le mie proteine non sono migliori di quelle degli altri e viceversa, non esiste
l’espressione “meglio di” esiste l’espressione “diversa”, perché quelle proteine contengono un tasso
di aminoacidi diverso tra di loro e quel tasso di diversità è dell’1%.
Tra un individue ed un altro, sulla stessa proteina sana c’è una differenza dell’1%. La selezione
naturale cerca di migliorare la qualità di quella proteina, quindi cambia ogni tanto qualche
amminoacido per perfezionare le funzionalità.
Gli amminoacidi li possiamo suddividere in diverse classi, abbiamo aminoacidi non polari, polari,
con carica elettrica positiva e negativa.

Gli aminoacidi non polari se vengono messi dentro l’acqua o dentro il sangue non perderanno mai
una carica.
Se la R dell’amminoacido diventa H allora abbiamo la Glicina, l’amminoacido più semplice, se io
cambio H in CH3 diventerà Alanina e così via. La Valina ad esempio è un amminoacido ramificato,
anche la Leucina e l’Isoleucina sono amminoacidi ramificati. La Fenilialanina con anello benzenico,
il Triptofano è molto richiesto dal cervello, la Metionina è il primo amminoacido ad essere aggiunto
con la sintesi proteica, la Metionina la dobbiamo apportare perché non siamo in grado di
sintetizzarla, come anche la Prolina.
Gli amminoacidi a carica elettrica (Amminoacidi con gruppo R polare): Serina, Treonina, Cisteina,
Asparagina, Glutammina, Tirosina.
Catena laterale acida: acido aspartico e acido glutamico.
Polare e non polare, il polare significa che è un amminoacido che può cambiare carica e quindi che
può essere solubile. Gli amminoacidi non polari possono stare accanto ai lipidi, mentre quelli polari
possono essere disciolti nell’acqua, quindi possono stare sia nel citoplasma che nella matrice
extracellulare.