ENZIMI

- ENERGIA DI ATTIVAZIONE E STATO METASTABILE

- ENZIMI COME CATALIZZATORI BIOLOGICI
- CINETICA ENZIMATICA
- REGOLAZIONE ENZIMATICA
PRIMA CHE POSSA AVVENIRE UNA REAZIONE CHIMICA, BISOGNA SUPERARE LA BARRIERA
DELL’ENERGIA DI ATTIVAZIONE EA
STATO DI TRANSIZIONE
È necessario che i reagenti raggiungano uno stadio
chimico intermedio, detto stato di transizione, la cui
energia libera è più elevata di quella dei reagenti

La velocità effettiva di una reazione è sempre

Per ogni reazione vi è una specifica energia di attivazione EA à proporzionale al numero di molecole che hanno un
quantità minima di energia che due molecole devono possedere contenuto energetico uguale o superiore a EA
prima che una loro collisione dia luogo a una reazione

STATO METASTABILE
Uno stato in cui le molecole sono
termodinamicamente instabili, ma non hanno
sufficiente energia per superare la barriera di
attivazione
I CATALIZZATORI PERMETTONO IL SUPERAMENTO DELLA BARRIERA DELL’ENERGIA DI ATTIVAZIONE

L’energia di attivazione è una barriera che deve essere superata per permettere alle reazioni di procedere velocità ragionevoli
Si può aumentare il contenuto energetico del sistema mediante
ABBASSANDO LA RICHIESTA DI ENERGIA DI ATTIVAZIONE IMMISSIONE DI CALORE
Compito dei catalizzatori Incompatibile con la vita, poiché la
garantendo così una quantità elevata di temperatura corporea è relativamente costante
molecole che abbia sufficiente energia
per andare incontro alla reazione
Proprietà catalizzatori à ENZIMI
1. Un catalizzatore aumenta la velocità di una reazione
abbassando la richiesta di attivazione
2. Un catalizzatore agisce fornendo complessi transitori e
reversibili con le molecole di substrato, legandosi ad
essere per facilitare l’interazione
3. Un catalizzatore cambia solo la velocità non può rendere
spontanea una reazione che non lo è
 SITO ATTIVO

Ogni enzima contiene un corredo di aminoacidi, che formano il sito attivo, dove si lega il
substrato e avviene l’evento catalitico

È un incavo o una tasca con proprietà chimiche e strutturali tali che il

substrato (o i substrati) vi s’inseriscono con alta specificità.

Solo pochi aminoacidi sono implicati nei siti attivi:

– cisteina – istidina – serina – aspartato – glutammato –lisina

Alcuni enzimi contengono specifici cofattori non proteici localizzati nel sito attivo e
indispensabili per l’attività catalitica à GRUPPI PROSTERICI
In genere sono: – ioni metallici – piccole molecole organiche à conosciute come COENZIMI
(derivati da vitamine)

Contrariamente ai substrati i coenzimi non vengono irreversibilmente alterati

dalle razioni in cui sono coinvolti. Vengono “riciclati” per prendere parte a
molteplici reazioni.
 SPECIFICITA’ ENZIMATICA
La capacità degli enzimi di discriminare tra molecole molto simili
Non tutti gli enzimi sono così specifici:

alcuni accettano un certo numero di altri accettano un intero gruppo di

substrati strettamente correlati substrati, a condizione che questi abbiano
specifiche caratteristiche comuni

SPECIFICITA’ DI GRUPPO
Si ritrova spesso nella sintesi o
degradazione di polimeri
 SENSIBILITA’ DELL’ENZIMA A:

TEMPERATURA pH ALTRI FATTORI

Questa dipendenza dalla
Dipendenza dovuto a uno o - Quando l’energia è abbondante
temperatura non riguarda
più aminoacidi carichi nel sito l’ATP inibisce gli enzimi
mammiferi o uccelli, ma insetti,
attivo o/e substrato. - Quando le scorte di energia sono
vermi, batteri, alghe, piante
basse l’AMP attiva gli enzimi
Un eccessivo calore può Cambiamenti estremi nel valore di - Molti enzimi son sensibili alla
provocare una denaturazione pH alterano la struttura terziaria concentrazione di ioni disciolti
del sito attivo e quindi dell’enzima e la sua attività (forza ionica)
dell’attività enzimatica
 LEGAME DEL SUBSTRATO
1. Il contatto iniziale tra il sito attivo di un enzima e una molecola di potenziale substrato dipende dalla loro collisione.
2. Una volta nel sito attivo, le molecole di substrato sono legate alla superficie dell’enzima
3. Il legame del substrato coinvolge legami idrogeno o legami ionici (o entrambi) con aminoacidi carichi o polari
4. La forza de legame enzima-molecola di substrato è debole e perciò facilmente reversibile

MECCANISMI DELLA CATALISI ENZIMATICA

MODELLO CHIAVE SERRATURA

contatto rigido fra Enzima e Substrato
Tale adattamento non consentirebbe
una reazione reversibile essendo il
Prodotto diverso dal Substrato

MODELLO ADATTAMENTO INDOTTO

La vicinanza del Substrato o del Prodotto
all’Enzima provoca modificazioni della
conformazione del sito attivo dell’Enzima
Migliore combinazione Enzima-Substrato e
Enzima-Prodotto
 ATTIVAZIONE DEL SUBSTRATO
Il ruolo del sito attivo non è solo quello di riconoscere e legare l’opportuno substrato, ma anche quello di
attivare il substrato, esponendolo nell’ambiente chimico idoneo per la catalisi

Una reazione catalizzata da un enzima può implicare una o più modalità di ATTIVAZIONE DEL SUBSTRATO:

Il cambiamento della conformazione dell’enzima causa un adattamento enzima-

DISTORSIONE DEL LEGAME substrato e distorce uno o più legami del substrato, indebolendoli e rendendoli
più suscettibili all’attacco catalitico

L’enzima può accettare/donare protoni per aumentare la reattività del substrato.

TRASFERIMENTO DEI PROTONI
Questo spiega l’importanza di aminoacidi carichi nella chimica del sito attivo

L’enzima può accettare/donare elettroni, formando legami covalenti temporanei

TRASFERIMENTO DEGLI ELETTRONI
tra enzima e il suo substrato
 S à arachidi
v à velocità per sgusciarle

LA VELOCITA’ DI REAZIONE INIZIALE [v] CAMBIA A SECONDA DALLA CONCENTRAZIONE DI SUBSTRATO [S]

- A bassa concentrazione di substrato S, un raddoppio di S produrrà un raddoppio di v

- Ma all’aumentare di S, ciascun ulteriore incremento di substrato determinerà solo un piccolo
incremento della velocità di reazione v
- Quando S diventerà molto grande, v potrà solo aumentare in misura minima fino a raggiungere il
suo massimo valore à Vmax

Vmax dipende dal numero di molecole di enzima e può pertanto essere aumentato
solo aggiungendo una quantità maggiore di enzima.

Quando l’aggiunta di concentrazioni via via crescendo non produce più incremento
della velocità di reazione si dice che la reazione è giunta a saturazione

Vmax è proporzionale alla quantità di enzima presente

Km à è la concentrazione di substrato che produce esattamente

una velocità pari alla metà della velocita massima Vmax
 CONCENTRAZIONE DI SUBSTRATO MOLTO BASSA
S < Km
- Il valore di S diventa trascurabile rispetto alla costante Km
- La velocità di reazione iniziale è circa proporzionale alla concentrazione di substrato

CONCENTRAZIONE DI SUBSTRATO MOLTO ALTA

S > Km
- Il valore di Km diventa trascurabile rispetto a S
- La velocità di reazione catalizzata da un enzima diventa indipendente dalla variazione
di S e pertanto può essere considerata costante, un valore prossimo a Vmax

NUMERO DI TURNOVER à Kcat

È possibile usare Vmax il numero di turnover, che esprime la velocità con la quale una
singola molecola di enzima, quando lavora alla sua velocità massima, trasforma le
molecole di substrato in prodotto.
 GLI INIBITORI ENZIMATICI AGISCONO IN MODO REVERSIBILE O IRREVERSIBILE
Gli enzimi sono influenzati da:
- Farmaci
- Tossine
- Una classe di regolatori à EFFETTORI ALLOSTERICI

Queste sostanze hanno un effetto inibitorio sull’attività enzimatica e riducono la

velocità della reazione con il substrato o bloccano completamente la reazione

L’inibizione dell’attività enzimatica è importante perché:

- Svolge un ruolo di controllo
- Saggia l’ambiente e risponde alle condizioni cellulari
- Fondamentale sul meccanismo d’azione di farmaci e veleni

Gli inibitori particolarmente importanti sono: Questi composti assomigliano sufficientemente al substrato
- Analoghi del substrato reale e allo stato di transizione da legarsi al sito attivo, ma
- Analoghi dello stato di transizione non possono essere convertiti in un prodotto funzionale.
 INIBITORE IRREVERSIBILE INIBITORE REVERSIBILE

- si lega all’enzima in modo covalente,

- Si lega a un enzima in modo non covalente
determinando la perdita dell’attività - Si lega in forma dissociabile, cosicché le
catalitica.
forme legate e libere dell’inibitore siano in
- sono tossici per le cellule
equilibro tra loro
- Esempi: ioni di metalli pesanti / gas
nervini / alcuni insetticidi
- Alcuni possono essere usati a scopi Le due forme comuni di inibitore reversibile sono
terapeutici, come l’aspirina.
INIBITORI COMPETITIVI INIBITORI NON COMPETITIVI

- Si lega al sito attivo dell’enzima e - Si lega alla superficie dell’enzima

pertanto compete direttamente
con le molecole di substrato per lo
stesso sito attivo dell’enzima
- ciò riduce l’attività dell’enzima, in
quanto molte delle molecole di
enzima sono bloccate dal legame
con l’inibitore e non possono
pertanto legare il substrato
in un punto diverso dal sito attivo
- Non blocca, quindi, direttamente
il legame del substrato, ma
inibisce l’attività enzimatica
indirettamente, producendo un
cambiamento nella
conformazione della proteina, che
può inibire o ridurre l’attività
enzimatica
 REGOLAZIONE ENZIMATICA
REGOLAZIONE A LIVELLO DI SUBSTRATO
la regolazione che dipende direttamente dalle interazioni dei substrati e dei prodotti con l’enzima
Importante meccanismo di controllo nelle cellule, ma non sufficiente per tutte le reazioni.

Gli enzimi delle vie metaboliche sono regolati anche da altri meccanismi, quali la
REGOLAZIONE ALLOSTERICA e la MODIFICAZIONE COVALENTE
Questi meccanismi consentono alle cellule di attivare o inattivare gli enzimi o di
regolare la loro velocità di reazione

GLI ENZIMI ALLOSERICI SONO REGOLATI DA MOLECOLE DIVERSE DAI REAGENTI E DAI PRODOTTI

REGOLAZIONE ALLOSTERICA
consente di adeguare le velocità delle reazioni catalizzate da un enzima alle esigenze cellulari

INIBIZIONE A FEEDBACK REGOLAZIONE ALLOSTERICA

 L’interesse della cellula è che le vie metaboliche non funzionino alla loro velocità massima e
INIBIZIONE A FEEDBACK neppure a una velocità costante, bensì a una velocità commisurata all’esigenza cellulare di P
( o da prodotto finale)
Tale regolazione è possibile perché il prodotto P è un inibitore specifico dell’enzima
E1, che catalizza la prima reazione della sequenza

REGOLAZIONE ALLOSTERICA Tutti gli enzimi sottoposti a regolazione allosterica possono esistere in due stati diversi

INIBITORE ALLOSTERICO ATTIVATORE ALLOSTERICO

L’affinità con il substrato è scarsa è scarsa o Ha un alta affinità per il substrato e si
nulla e si traduce in attività catalitica scarsa o traduce in un’elevata attività
nulla e sono detti ENZIMI ALLOSTERICI

EFFETTORE ALLOSTERICO
Il fatto che sia preferita la forma attiva o inattiva di un enzima allosterico dipende
dalla concentrazione cellulare della sostanza regolatoria, detta effettore allosterico
Un effettore allosterico è una piccola molecola organica che regola l’attività di un enzima, di cui non è
né il substrato né il prodotto immediato.

l’effettore si lega all’enzima, in quanto sulla superficie dell’enzima è presente un sito allosterico (o
regolatorio) diverso dal sito attivo, dove avviene l’evento catalitico. Alcuni enzimi allosterici hanno siti
allosterici multipli, ciascuno in grado di riconoscere un effettore diverso.

I siti attivi e i siti allosterici si trovano su subunità diverse

della proteina, dette rispettivamente

SUBUNITA’ CATALITICHE SUBUNITA’ REGOLATORIE

Nella foto C Nella foto R

 GLI ENZIMI ALLOSTERICI MOSTRANO INTERAZIONI COOPERATIVE TRA LE SUBUNITA’
COPERATIVITA’
Quando i siti catalitici multipli sull’enzima si legano alle molecole di substrato, l’enzima va incontro a
cambiamenti conformazionali che influenzano l’attività dei rimanenti siti per il substrato

COPERATIVITA’ POSITIVA COPERATIVITA’ NEGATIVA

Il legame di una molecola di substrato a una subunità Il legame di una molecola di substrato a una
aumenta l’affinità delle altre subunità catalitiche per il subunità catalitica riduce l’affinitià delle altre
substrato subunità catalitiche per il substrato.

Es: emoglobina La coperatività negativa determina un

Quando una subunità di emoglobina si lega all’ossigeno, rallentamento dell’attività catalitica di un enzima
aumenta il legame dell’ossigeno alle altre subunità e quindi questa stessa attività catalitica aumenta
più lentamente del previsto.
La coperatività positiva determina il fatto che l’attività
catalitica di un enzima aumenti più velocemente del
normale all’aumentare della concentrazione di substrato

Ciò consente alle cellule di produrre enzimi che sono più sensibili
o meno sensibili ai cambiamenti di concentrazione di substrato
 GLI ENZIMI POSSONO ESSERE REGOLATI ANCHE MEDIANTE L’AGGIUNTA
O LA RIMOZIONE DI GRUPPI CHIMICI
Ovvero, controllo mediante modificazione covalente
L’attività di un enzima è influenzata dall’aggiunta o dalla rimozione di specifici gruppi chimici, tramite legame covalente.
L’effetto di questa modificazione è di attivare o disattivare l’enzima o di aumentarne o diminuirne l’attività.

FOSFORILIAZIONE / DEFOSFORILIAZIONE TAGLIO PROTEOLITICO

Si basa sull’aggiunta reversibile di gruppi fosfato (PO43–). Rimozione irreversibile di una parte della
- L’aggiunta di gruppi fosfato è detta fosforiliazione e catena polipeptidica a opera di un enzima
avviene per trasferimento del gruppo fosfato proteolitico (che degrada proteine).
dall’ATP al gruppo ossidrilico (OH) di una serins,
treonina, tirosina di una proteina.
Gli enzimi che catalizzano la fosforiliazione di altri
enzimi o di altre proteine sono detti protein chinasi.

- La rimozione di un gruppo fosfato è detta

defosforiliazione e comporta la rimozione di un
gruppo fosfato da una proteina fosforiliata ed è
catalizzata da enzimi detti protein fosfatasi.