Gli Enzimi

I Catalizzatori delle reazioni biologiche

S.Miniato 2005

N2

CO2
H2 O NO2 CO CH

S.Miniato 2005

Il metabolismo
Le cellule compiono migliaia di reazioni chimiche (esoergoniche ed endoergoniche).
Linsieme di queste reazioni costituisce il metabolismo cellulare. Laccoppiamento energetico utilizza le reazioni esoergoniche per far avvenire le reazioni endoergoniche.

Le reazioni chimiche consentono di immagazzinare o di liberare energia

Le reazioni endoergoniche assorbono energia e danno origine a prodotti ricchi in energia potenziale (con un livello di energia chimica superiore a quella delle sostanze di partenza).
Prodotti Energia potenziale delle molecole

Energia assorbita Reagenti

Quantit di energia assorbita

Le reazioni esoergoniche liberano energia e danno origine a prodotti che contengono meno energia potenziale dei loro reagenti.

Reagenti Energia potenziale delle molecole

Energia liberata Prodotti

Quantit di energia liberata

Mappa metabolica

Tutte le reazioni che avvengono nelle cellule sono reazioni catalizzate I catalizzatori di tali reazioni prendono il nome di enzimi

Gli enzimi sono grosse molecole chiamate proteine

Le proteine vengono formate dentro la cellula unendo tra di loro molecole pi piccole, gli

amminoacidi

Mappa metabolica

una via metabolica

la glicolisi

la glicolisi

Caratteristiche degli enzimi Sono in grado di agire a concentrazioni molto basse

Non subiscono trasformazioni

Favoriscono il procedere della reazione fino al raggiungimento dello stato di equilibrio

Anche le reazioni di sintesi e di degradazione delle proteine richiedono la presenza di enzimi

enzimi
6 7 8 5 4 9 11 3 12 2 13 1

amminoacidi enzimi

proteina

Gli enzimi abbassano lenergia di attivazione

Gli enzimi accelerano le reazioni chimiche della cellula abbassando la richiesta energetica
Perch una reazione chimica inizi, i reagenti devono assorbire una quantit di energia chiamata energia di attivazione (EA).
Enzima Prodotti Contenitore 2 Barriera EA

Reagenti

Contenitore 1

Gli enzimi abbassano lenergia di attivazione

I substrati normalmente necessitano di una notevole quantit di energia (picco rosso) per giungere allo stato di transizione, e reagire per formare il prodotto. L'enzima crea un microambiente nel quale i substrati possono raggiungere lo stato di transizione (picco blu) pi basso, riducendo cos la quantit d'energia richiesta.
Essendo pi facile arrivare a uno stato energetico minore la reazione pu avere luogo pi frequentemente e la velocit di reazione sar maggiore.

Diagramma di una reazione catalitica che mostra l'energia richiesta a vari stadi lungo l'asse del tempo (coordinate di reazione).

Analogie

Enzima e Substrato

Termini:
Substrato : il reagente che si lega al sito attivo di un enzima
substrato Sito attivo

Sito attivo: la parte di enzima a cui si lega il substrato ed in cui avvengono le reazioni il sito attivo altamente specifico per un solo tipo di substrato

Complesso enzima-substrato
enzima
substrato
Complesso enzimasubstrato

Enzima & prodotti

la catalisi enzimatica
+
A+B CD

enzima
enzima

Complesso enzimasubstrato

Ingresso del substrato nel siti attivo

enzima
prodotti Complesso enzima-prodotti

enzima

Esempio di reazione catalizzata da un enzima

1 Enzima disponibile con il sito attivo vuoto Sito attivo Substrato (saccarosio) Il substrato 2 si lega allenzima che subisce un adattamento indotto Enzima (saccarasi)

Glucosio Fruttosio

H2O 4 I prodotti vengono liberati 3 Il substrato si scinde nei prodotti

Modello chiave-serratura

L'enzima ed il substrato possiedono una forma esattamente complementare che ne permette un incastro perfetto. Tale modello spesso definito come :

chiave-serratura

Modello dell adattamento indotto

Enzima e substrato si modificano a vicenda.

Si ritiene che la struttura

del sito attivo non sia rigida ma flessibile, e presenti una conformazione capace di adattarsi alla forma del substrato

Come risultato, il substrato non si lega semplicemente ad un sito attivo rigido, ma genera un rimodellamento del sito stesso, che lo porta ad un legame pi stabile in modo da portare correttamente a termine la sua attivit catalitica.

Modello dell adattamento indotto

L'enzima esochinasi un buon esempio del modello ad adattamento indotto: quando il glucosio si avvicina al sito attivo l'enzima cambia conformazione, avvolgendosi attorno al substrato

Lambiente cellulare influenza lattivit degli enzimi

La temperatura, la concentrazione dei sali e il pH influenzano lattivit enzimatica.

Per funzionare, alcuni enzimi richiedono molecole non proteiche chiamate cofattori. I cofattori possono essere: sostanze inorganiche, come gli ioni metallo, molecole organiche (in questo caso si chiamano coenzimi).

Inibizione enzimatica
Gli inibitori bloccano lazione degli enzimi
Una sostanza chimica che interferisce con lattivit di un enzima detta inibitore.
Lazione di un inibitore irreversibile se si formano legami covalenti tra inibitore ed enzima. reversibile quando si formano solo legami deboli (come il legame idrogeno).

Inibizione enzimatica
Gli inibitori competitivi occupano il sito attivo di un substrato. Gli inibitori non competitivi cambiano la funzione dellenzima modificando la sua forma.
Substrato Sito attivo

Enzima

Legame normale del substrato Inibitore competitivo Inibitore non competitivo

Figura 5.8

Inibitore enzimatico

Utilizzi degli inibitori

Gli inibitori sono spesso utilizzati come farmaci, ma possono agire anche come veri e propri veleni.
Un esempio di inibitore utilizzato come farmaco l'aspirina, che inibisce l'attivit delle ciclossigenasi COX-1 e COX-2, che producono le prostaglandine, mediatori dell'infiammazione, riducendo dunque la sensazione di dolore. Il cianuro invece un inibitore irreversibile che si combina con il rame ed il ferro presenti nel sito attivo dell'enzima citocromo c ossidasi, bloccando la catena di trasporto degli elettroni e, di conseguenza, la respirazione cellulare.

In conclusione

controllo metabolico = controllo cinetico

controllo cinetico = controllo enzimatico
gli enzimi = catalizzatori modulabili

gli enzimi = sensori molecolari con attivit catalitica