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ENZIMI

CINETICA ENZIMATICA
Cosa sono gli Enzimi ?
Biocatalizzatori estremamente efficaci
aumentano la velocit di reazione di 5/17 ordini
di grandezza
Tutte le reazioni biochimiche sono catalizzate da
enzimi
Sono proteine globulari con masse molecolari
elevate 12000/1000000
La loro attivit catalitica dipende dalla
conformazione proteica nativa
Continuano ad essere attivi anche quando
estratti dalla loro sede originale
Gli Enzimi spesso sono inattivi senza la pre-

senza di altre particelle dette Cofattori:

ioni metallici

molecole organiche o metalloorganiche chiamate


coenzimi ( NAD + , FAD, ATP, CoASH )

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Classificazioni degli Enzimi

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Le dimensioni della molecola enzimatica

( E ) sono normalmente superiori a quelle

della molecola del substrato ( S ).

L' Enzima ha in media un peso molecolare

di alcune migliaia di Dalton, mentre quello

del Substrato dell' ordine di alcune

centinaia .
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Sito attivo
Piccola regione dellenzima detta tasca a cui si
lega il substrato attraverso interazioni deboli
formando il complesso ES

La necessit di creare numerose interazioni


uno dei motivi per cui gli enzimi hanno
dimensioni cos grandi

Lenergia necessaria ad abbassare lEa e


aumentare la velocit di reazione proviene dalle
interazioni E-S
Specificit degli enzimi
Capacit di un enzima di discriminare tra
parecchi substrati in competizione con il
sito attivo

dovuta alla necessit di formare


numerose interazioni tra E ed S

E+S ES E+ P
Riconoscimento E S secondo il semplice
modello chiave serratura di Fischer
Cinetica
enzimatica
LEGGE DI MICHAELIS-MENTEN
Importanza della cinetica enzimatica

Legge di Michaelis-Menten
descrive la dipendenza iperbolica velocit enzimatica vs..
concentrazione del
substrato
Permette di determinare due parametri Vmax Km

Studia la dipendenza della velocit iniziale dalla


concentrazione di substrato per una reazione catalizzata
da un enzima con un solo substrato
Equazione di Michaelis-Menten
Esprime la relazione
Vmax S
quantitativa tra la
v
velocit iniziale vo e le
[S], di una data K m S
quantit di E 0.4

Velocit di reazione (s )
Vmax

-1
Iperbole rettangolare 0.3

Allaumentare di [S] si 0.2


raggiunge una Vmax, 1/2Vmax

tutti i siti attivi sono 0.1

saturi 0.0
0 Km 1000 2000 3000 4000

Concentrazione del substrato (M)


Affinit dellenzima e Km
Km costante di Michaelis indica la [S] alla quale
la velocit di reazione met della velocit
massima ottenibile

Bassi valori di Km elevata affinit dellenzima


per il substrato, quindi si ipotizza una elevata
velocit di formazione del prodotto

Km caratteristico di ogni enzima per un dato


substrato
Determinazione sperimentale dei parametri
dell'equazione:

Se determinare sperimentalmente i valori di Vo e Km per una reazione


enzimatica possiamo determinare la velocita' iniziale V0 della reazione a
differenti concentrazioni di substrato [S]. L'equazione di Michaelis-
Menten puo' essere linearizzata facendo il reciproco di entrambi i
termini:
1 1 K 1
si ottiene = + M
V0 VMAX VMAX [S]

Questa relazione e' nota come equazione di Lineweaver-Burk. Possiamo


portare in grafico 1/V0 contro 1/[S], per una data concentrazione di enzima.
Molti enzimi catalizzano reazioni a
due o pi substrati
La legge di Michaelis-Menten stata
studiata per reazioni catalizzate da un
enzima con un solo substrato

Tuttavia in molte reazioni enzimatiche


partecipano due substrati ma possono
essere studiate con la stesso metodo
Attivit enzimatica: la velocit massima di
reazione dellenzima quando opera alle
condizioni sperimentali date

Fattori che influenzano lattivit enzimatica:

concentrazione dellenzima

concentrazione del substrato

pH dellambiente di reazione

temperatura

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Attivit enzimatica influenzata dal
pH
Ogni enzima ha un pH ottimale in cui
lattivit massima
Le catene laterali degli aa possono
svolgere funzioni critiche nel sito attivo che
dipendono dal loro stato di ionizzazione
Es. rimozione di un protone da un residuo
di His potrebbe eliminare una interazione
ionica essenziale
Attivit enzimatica e Temperatura:

- Come in tutte le trasformazioni chimiche un


aumento di temperatura determina un aumento
della velocit (aumento della agitazione termina,
aumento degli urti efficaci);

- Esiste tuttavia una temperatura limite che


corrisponde alla denaturazione dellenzima

- Tale temperatura pi bassa rispetto alle


normali reazioni organche

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INIBIZIONE ENZIMATICA

INIBITORE: molecole che interferiscono con la


catalisi rallentando o bloccando le reazioni
catalizzate da enzimi

INIBIZIONE IRREVERSIBILE
Si combinano o distruggono un gruppo
funzionale dellenzima, generalmente con
formazione di un legame covalente

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Chimotripsina inattivata dal DIFP, per esterificazione del
residuo di serina-195
INIBIZIONE COMPETITIVA
Linibitore compete con il
substrato per lo stesso
sito attivo formando un
complesso catalitico EI
che non subisce catalisi
La Km apparente
aumenta
Vmax costante
Linibitore ha una
struttura simile al
substrato
Es di inibizione competitiva
Trasformazione del succinato a fumarato ad opera della
succinato deidrogenasi, tappa 6 del ciclo di Krebs

Struttura quaternaria della succinato deidrogenasi


O

C
H 2C OH

C
HO O Il malonato ha una catena di 3 atomi di carbonio
Mentre il succinato di 4
Inibizione competitiva:
A: retta del reciproco della velocit iniziale di reazione in
funzione di 1/S in assenza di inibitore, B e C in presenza di
concentrazioni crescenti di I

1/V0
C
B
A

1/Vmax

-1/Km
1/S
INIBIZIONE INCOMPETITIVA
Linibitore si lega ad
un sito diverso da
quello del substrato
presente nel
complesso ES
Vmax risulta diminuita
e di conseguenza
anche la Km
apparente
INIBIZIONE MISTA
Linibitore misto si lega ad
un sito diverso dal sito
attivo del substrato, ma si
lega sia a E che a ES
Un caso speciale di
inibizione mista e
linibizione NON
COMPETITIVA con KI e
KI uguali, Vmax diminuire
mentre Km rimane
costante
Inibizione non competitiva:
A: retta del reciproco della velocit iniziale di reazione in
funzione di 1/S in assenza di inibitore, B e C in presenza di
concentrazioni crescenti di I

1/V0
C
B
A

1/Vmax

-1/Km
1/S