PALERMOSCIENZA e s p e r i e n z a i nS e g n a

Palermo, 23/02/2009

Mariano Venanzi
venanzi@uniroma2.it
 Primo Levi
La Chiave a Stella
Einaudi, 1978, p. 151

"...è più ragionevole arrivarci a poco per volta, mon-

tando prima due pezzi soli, poi il terzo e così via.
Non abbiamo quelle pinzette che sovente ci capita di
sognare di notte, come uno che ha sete sogna le sor-
genti, e che ci permetterebbero di prendere un seg-
mento, di tenerlo ben stretto e diritto, e di incollarlo
nel verso giusto sul segmento che è già montato. Se
quelle pinzette le avessimo (e non è detto che un
giorno non le avremo) saremmo già riusciti a fare
delle cose graziose che fin adesso le ha fatte solo il
Padreterno, per esempio montare non dico un
ranocchio o una libellula, ma almeno un microbo o il
semino di una muffa".

PALERMOSCIENZA e s p e r i e n z a i nS e g n a
Corral quantistici: atomi di Ferro su Cu(111) (r=7.3 nm)
Scanning Tunneling  Microscopy
  effetto tunnel elettronico
  

  Atomic Force Microscopy
 interazioni elettroniche deboli

      Single Molecule Detection
Rivelazione ottica e manipolazione di singole molecole 
L’STM ha permesso non solo di vedere singole molecole 
,  ma  anche  di  toccare  e  spostare  singoli  atomi  o  di 
sentire le loro vibrazioni.
Da questo punto di vista, l’STM può essere considerato 
come gli occhi, le mani e le orecchie dei ricercatori. 
Uno  strumento  unico  capace  di  connettere  il  mondo 
macroscopico  dei  nostri  sensi  al  mondo  nanometrico 
degli atomi e delle molecole.
Saw­Wai Hla, Ohio University

PALERMOSCIENZA e s p e r i e n z a i nS e g n a
 Immagine STM ad alta risoluzione di DNA su mica

Nella posizione della freccia il DNA ha una larghezza di 3nm e una

altezza di 0.65 nm.
Parametri di tunneling: -1.9V, 0.3 pA.
PALERMOSCIENZA e s p e r i e n z a i nS e g n a
Citocromo c su Au(111)

Electron Transfer Protein

26nmx26nm 10nmx10nm
PALERMOSCIENZA e s p e r i e n z a i nS e g n a
Imaging di biomolecole in condizioni
fisiologiche

DNA Complessi DNA­proteina
 2 µ x2 µ
PALERMOSCIENZA e s p e r i e n z a i nS e g n a
“Impara ad usare la forza”
PALERMOSCIENZA e s p e r i e n z a i nS e g n a
PALERMOSCIENZA e s p e r i e n z a i nS e g n a
Spettroscopia di singola molecola
 Lampadine molecolari

Fluorescenza di singole 
molecole di flavoenzima. 
Ogni segnale luminoso 
rappresenta una molecola 
del cofattore flavina 
legata all’enzima.

La  reazione  enzimatica  di  ogni  singolo  addotto 

enzima/cofattore puo’ essere seguita in tempo reale
PALERMOSCIENZA e s p e r i e n z a i nS e g n a
Biomolecole legate a sferette di polistirene o di silice (≈1µm)
PALERMOSCIENZA e s p e r i e n z a i nS e g n a
 top-down
Fotolitografia
Microstampaggio

nanoclusters

0.1nm 1nm 10nm 100nm 1µm 10 µm

bottom-up biomolecole
Sintesi organica
Self-assembly

PALERMOSCIENZA e s p e r i e n z a i nS e g n a
 A parete singola

Grafite
parzialmente
arrotolata
Multi-parete
PALERMOSCIENZA e s p e r i e n z a i nS e g n a
 •Vettori di farmaci

• protein sensing

PALERMOSCIENZA e s p e r i e n z a i nS e g n a
K. A. Williams, P. T. M. Veenhuizen, B. G. de la Torre, R. Eritja and C.
Dekker Nature 420, 761(2002)
PALERMOSCIENZA e s p e r i e n z a i nS e g n a
 O
O O
O
O
O O
O
O
O O O NMe2
Me2N
O O O
O SO2
N N SO2 O
O NMe2 O
O Me2N SO2
N N N NS O
O O2 O

UV abs
O N N COOH
O2 Br Br O
O SN O
O NHO O N ON
Br Br O2S NMe2 O
O Me2N
O2S N N O
O O2S
O
O O
O
E O
Me2N
O O
NMe2
O
O

O O
O
O O
O
O

hν
hν’’
Emission 530 nm
Naph Dans Eosin Angew. Chem. Int. Ed. 2002, 41, 3595
Photosensitizer Rigid Electron Electron Dumb
and stopper spacer acceptor A2 acceptor A1 stopper
O
O
+
O
N + O
N O +
N +
N N O
N O O
II N
Ru O
N
N Electron donor O
N O
macrocycle

hν e-
R

P S A 2 A 1 T

hν
in t r in s ic e-
decay

Nanomotore artificiale
alimentato da luce solare
Balzani, Leon, Credi, Ferrer, Venturi, Flood, Stoddart, PNAS, Jan 23, 2006
Conversione della luce solare in energia meccanica

lunghezza: 6 nanometri
PALERMOSCIENZA e s p e r i e n z a i nS e g n a
Ovvero: parliamo un po’ del mio lavoro…..
Legame
Interazioni deboli Self-assembly
chimico
PALERMOSCIENZA e s p e r i e n z a i nS e g n a
Peptidi corti sono disordinati e mostrano
scarse proprietà di autoorganizzazione

Come risultato producono film disordinati

e poco compatti!

PALERMOSCIENZA e s p e r i e n z a i nS e g n a
Foldameri peptidici

S. H. Gellman,
Accounts of Chemical Research
1998, 31, 173.

PALERMOSCIENZA e s p e r i e n z a i nS e g n a
Amino acidi Cα,α tetrasostituiti
 S
Au
S
Aib-Aib-Aib-Ala-Trp-Ala-OtBu

 gruppo lipoico N-terminale (legame Au-S)

Struttura ad elica 310

Trp: un gruppo antenna che assorbe fortemente

nell’UV
 Superficie d’oro Modificata dal SAM peptidico

200nm·200nm
100nm·100nm

Large and flat terraces Buche del diametro di 20-50 Å e

(average roughness: 0.04nm) profonde 2.4 Å
PALERMOSCIENZA e s p e r i e n z a i nS e g n a
 Microelettrodo nudo

Undecanethiol
Corrente (A)

SAM

Peptide SAM

Potenziale vs Ag/AgCl (V)

0.5 mM di K3[Fe(CN)6], 1 M KCl, 50 mV/s.

Generazione di Fotocorrente

TEOA
(Donatore di
elettroni)

I – Fotoeccitazione
II
II – Trp*→ Au ET
I IV (Iniezione di carica)
III - TEOA→Trp+ ET
III IV – TEOA+ diffusione al catodo
 Au
MV2+ (accettore di elettroni)

Trp+./Trp*
-3.42 V
I – Fotoeccitazione II
(-) MV2+/MV+
I
II – Trp*→ MV2+ ET -0.66 V
Fermi hν
level III IV
III - Au→Trp ET
+

Au
IV – MV+ diffusione all’anodo (+) Trp+./Trp
+1.01 V
 Self-assembly

Favorevoli interazioni
elica-elica!

Z-Aib-Api(Pyr)-L-(αMe)Nva-Aib-L-(αMe)Nva -(αMe)Nva -Aib-

Api(Boc)-NHtBu
 Un interruttore molecolare
In metil viologeno:
 A λ=300 nm:
fotocorrente catodica
 A λ=340 nm:
Current (A)

fotocorrente anodica

Time(s)