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Divisa in:
- Biochimica descrittiva: studio e funzione della materia
- Dinamica: studio del metabolismo.
1. Sostanze
- Pure: elementi (porzione omogenea di elementi della stessa specie). In natura sono
109; 25 di essi sono essenziali per la vita. C,O,H,N corrispondono al 97% del corpo
umano.
- Composti (combinazione di due o più elementi)
ACQUA: 65-70% del corpo umano, nell’arco della vita la percentuale cambia (95/50%).
Solvente in cui hanno luogo la maggior parte delle reazioni chimiche: la forma delle molecole
e la loro funzione chimico-fisica cambia in base all’interazione con l’acqua. Molecola polare:
O è più elettronegativo, acquisisce carica -; H acquisisce carica +. Legame H: legame
debole e flessibile, più ci sono legami H più la molecola diventa forte.
- Glucidi
- Lipidi
- Proteine
- Acidi nucleici
- Vitamine: sono essenziali, quindi non siamo in grado di sintetizzarle (assunzione per
dieta); non sono presenti enzimi che sintetizzano le vitamine
Molecole biologiche: molecole complesse, che hanno una struttura organizzata e funzionale
→ la struttura influenza la funzione della molecola
GLUCIDI
(saccaridi o zuccheri)
Legame Ⲁ 1-4 glicosidico → gli enzimi Ⲁ-amilasi rompono il legame glicosidico e formano il
glucosio
Polisaccaridi: polimeri ad alto peso molecolare; in natura molti zuccheri sono presenti in
questa forma (differenza dagli oligo- per la quantità monomerica nella struttura);
differiscono per:
- tipologia
- lunghezza catena
- tipo di legame glicosidico
- grado di ramificazione
Glicosaminoglicano → lineari;
- capacità idrodinamica (legano con l’acqua - una sorta di spugna)
funzioni:
- ammortizzatore biologico
- lubrificante
LIPIDI
Hanno un ruolo energetico; hanno un potenziale energetico che è 6 volte maggiore di quello
del Glicogeno. Non sono mai polimeri, non hanno una crescita strutturale (puzzle).
Presentano una grande varietà strutturale più ampia delle altre classi di biomolecole e le
funzioni biologiche sono diverse.
Classificazione funzionale:
Sono acidi monocarbossilici (un gruppo COOH) con Esteri del glicerolo (trialcol 3 OH)
una catena idrocarburica (C+H), composta da un che lega acidi grassi.
numero pari di atomi di C (da C4 a C36), questo Il legame estere è costituito dal
perché la catena per problemi metabolici e strutturali gruppo alcolico OH + gruppo
si basano su un sistema di coppia. acido.
[Nel campo biomedico C14 e C20 sono i più importanti; per la salute ɷ3-6-9]
Punto di vista chimico strutturale: il doppio legame crea un punto di distorsione nella catena
→ punto di flessibilità
Gli acidi grassi insaturi presenti in natura sono nella configurazione CIS; se il doppio
legame va incontro a fermentazione o idrogenazione la configurazione passa da cis a
TRANS (che gli fa perdere le caratteristiche di flessibilità).
Lipidi strutturale
FOSFOLIPIDI STEROLI
FUNZIONE PROTEINA
Strutturale collagene
Trasporto emoglobina
Ormonale insulina
Difesa immunoglobuline
Recettoriale Rodopsina
Contrattile miosina
In ogni cellula vi sono decine di migliaia di proteine diverse, e ognuna codifica da uno
specifico gene (sequenza di Dna in grado di codificare per un prodotto proteico (polipeptide)
→ un gene, una proteina)
Stereoisomeria:
- L-amminoacido (gruppo amminico a sx) → amminoacidi più presenti nella specie
umana
- D-amminoacido (gruppo amminico a dx)
Gli amminoacidi legandosi tra loro formano peptidi, oligopeptidi, polipeptidi (o proteine) → la
differenza sta nell’organizzazione strutturale, nella struttura nativa
Legame peptidico → legame covalente forte che si forma tra il gruppo carbossilico e
amminico, eliminando una molecola di acqua
2 amminoacidi dipeptide
3 tripeptide
10 oligopeptide
>10 polipeptide
la proteina deve avere almeno tre LIVELLI STRUTTURALI, alcune presentano un ulteriore
livello:
- legame peptidico
- legame H
- Mioglobina
- Emoglobina
Quando passo dalla struttura primaria alla secondaria si ha un ripiegamento → Folding
Ripiegamento (Folding) → meccanismo molecolare attraverso cui le proteine ottengono la
loro struttura tridimensionale; da una struttura lineare a una tridimensionale
Denaturazione → processo inverso del Folding; per via di un’azione termica la proteina
perde la sua struttura tridimensionale (le sue attività biologiche) e diventa lineare
Gruppo prostetico:
- se sono glucidi: glicoproteine
- lipidi: glicolipidi
- acidi nucleici: nucleo prostetici
- gruppo eme: emoproteine
Mioglobina Emoglobina
Anemia Falciforme → scoperta da Pauling, patologia che muta l'organismo, uno degli ammin. presenti. Da Hba
diventa Hbs e questo fa cambiare la morfologia dell'eritrocita, diventa a forma di falce. Le emoglobine si indicano
tra di loro in modo da formare un filamento all'interno dell'eritrocita e fa cambiare appunto la sua morfologia
ENZIMI
Sono dei catalizzatori biologici proteici, sono in grado di aumentare la velocità di una
reazione senza subire trasformazioni durante tale processo.
- La vita delle cellule dipende dall'esistenza di catalizzatori efficaci e specifici
- Tutte le reazioni che avvengono nella cellula sono catalizzate da enzimi
- Tutti gli enzimi sono proteine
Catalisi → è necessaria per permettere alle reazioni biologiche di procedere ad una velocità
compatibile con la vita
Funzioni:
Gli enzimi intracellulari sono 6262, questi catalizzato per 6262 reazioni
Una cellula è definita malata quando le risposte agli stress interni ed esterni sono assenti o errate
VITAMINE
sostanza essenziale in quanto il nostro corpo non è in grado di sintetizzarle, deve introdurre
tramite la dieta. “Vitamina” è un termine che fu coniato da Funk nel 1911
- è una sostanza eterogenea; appartengono a diverse classi di natura chimica
- sono sostanze prive di contenuto energetico proprio
- sono sostanze attive a piccole dosi
Si distinguono in:
LIPOSOLUBILI IDROSOLUBILI
Ognuna svolge una funzione diversa e sono tutti coenzimi, sostanze che
hanno struttura diversa cooperano con gli enzimi, insieme alle
proteine
A-D-E-K B-C
Attivazione & Accumulo: si, nel fegato Attivazione & Accumulo: no, non hanno
bisogno sono già attive
VITAMINE LIPOSOLUBILI
Vitamina A (Retinolo) → studiata per i tumori intestinali e bronchiali; può essere assunta in
due forme:
- Retinoidi: vitamina A preformata (latticini, pesce, carne e fegato)
- Carotenoidi: precursori vitamina A (frutta e verdura colorata - 𝛽carotene
ruolo:
- visione crepuscolare → i fotorecettori (bastoncelli) deputati alla visione notturna sono
ricchi di una proteina: Rodopsina (opsina + 11-cis retinale)
- crescita e differenziamento degli epiteli
ruolo:
- regolazione del metabolismo del Ca e P
- aumento dell’assorbimento intestinale di Ca trasportato da proteine
- Aumento della mobilizzazione ossea di Ca
- Aumento del riassorbimento renale di Ca
Vitamina E (ⲁtocaferolo) → molto diffusa nei frutti oleosi (olive, arachidi e mais), nei cereali,
noci e verdure a foglie verdi
ruolo:
- è un potente ossidante liposolubile in grado di svolgere l’azione protettiva sulle
membrane cellulari
ruolo:
- facilita la coagulazione del sangue; stimola il fegato a produrre delle proteine, i fattori
della coagulazione
VITAMINE IDROSOLUBILI
Gli elettroni vengono tolti ai nutrienti, vengono ceduti a questi trasportatori e andranno a
finire all’ossigeno: accettatore di elettroni → meccanismo della catena di trasporto di
elettroni.
VITAMINA C (acido ascorbico) → Protegge dalle malattie virali o batteriche; ha il ruolo di:
antiossidante idrosolubile
BIOENERGETICA
Tutte le attività cellulari richiedono energia. Le cellule hanno sviluppato dei meccanismi ad
alta efficienza per riuscire ad accoppiare l’energia che deriva dal catabolismo dei nutrienti
con l’energia utilizzata per i processi cellulari.
- In fisica l’energia è la capacità di compiere lavoro.
- In chimica e biochimica l’energia è quella capacità di produrre un cambiamento.
Ogni reazione chimica utilizza l’energia. Le due principali forme sono:
Energia cinetica: associata al movimento Energia termica: movimento casuale delle
di ioni, atomi, molecole. molecole
Energia potenziale: energia che la materia possiede in virtù della sua struttura e della
posizione nello spazio
Energia chimica: (arrangiamento strutturale del nucleo e degli elettroni negli atomi)
La bioenergetica è una branca della biochimica che studia le trasduzioni energetiche nei
sistemi biologici. Tutte le trasduzioni che avvengono in natura seguono le leggi della
termodinamica.
I lipidi danno a parità di peso più energia libera dei glucidi e proteine: più un substrato è
ridotto maggiore è la quantità di energia che può liberare. Hanno un maggiore numero di
elettroni.
- Il carbonio è presente nel corpo umano in diversi stati di ossidazione, dipendenti
dall’atomo a cui è legato. Quando C forma dei legami con un altro composto, questa
condivisione di elettroni non è paritetica, ma gli elettroni appartengono all’atomo più
elettronegativo. I legami presenti nei lipidi sono C-C; C-H, dove gli elettroni condivisi
appartengono più a C: Per questo C ha più elettroni da poter cedere.
- Il C di CO2 forma due doppi legami con O, non ha nessun elettrone da cedere, per
questo è un prodotto di scarto del corpo.
- I nutrienti sono più o meno ricchi di elettroni, attraverso il catabolismo gli elettroni
vengono staccati (a coppie- trasferimento bielettronico) e ceduti a trasportatori mobili
di elettroni: NAD e FAD.
- Gli elettroni finiscono sull’O, attraverso la fosforilazione ossidativa per formare ATP.
ATP (adenosin trifosfato): Formato da una base azotata (adenina), uno zucchero a 5 atomi
di C (ribosio) e 3 atomi di P.
- Intermedio chimico in grado di accoppiare i processi ossidativi, esoergonici che
producono energia con il lavoro cellulare (catabolismo), endoergonico che consuma
energia (anabolismo).
- Moneta di scambio dell’energia libera, usata dalle cellule per le trasduzioni
energetiche.
- È presente in tutte le forme di vita conosciute.
- La velocità media di sintesi di ATP è pari a 10(21) molecole/secondo.
- Un uomo medio sintetizza e consuma di media 60/70 kg di ATP.
- La quantità di ATP totale nel corpo umano è di 100g
È composto da:
1. Adenina: base azotata purinica
2. Ribosio (monosaccaride pentoso) → + adenina: adenosina
3. Fosfato (3 legami)
Ciclo ATP-ADP:
1. Fosforilazione a livello del substrato: produce piccole quantità di ATP (<5%), non
richiede O né membrane biologiche. Consiste nel trasferimento enzimatico
(creatin-fosfochinasi) di un legame fosforico ad alta energia, da un substrato all’ADP
con formazione di ATP. Piccole quantità di energia ad altissima velocità.
Logica della compartimentalizzazione: la cellula ha una logica: i cicli catabolici sono nel
mitocondrio, quelli anabolici nel citoplasma (tranne glicolisi). Avviene:
Anatomia del mitocondrio: centrale con due membrane, una esterna (molto permeabile) e
una interna (altamente permeabile): ricca di proteine (per trasporto), frastagliata per
aumentare la superficie e lunghezza degli scambi. All’interno abbiamo la matrice
mitocondriale, dove ci sono tutti gli enzimi per le sue attività.
Il metabolismo opera attraverso una serie di reazioni catalizzate da enzimi che costituiscono
le vie metaboliche. (Le reazioni da sole avrebbero tempi non compatibili con la vita).
L’enzima accelera una reazione termodinamicamente favorita.
Le vie metaboliche possono essere:
1. lineari
2. ramificate
3. cicliche (Krebs e Urea): inizia e finisce con lo stesso composto
Le vie anaboliche sono generalmente convergenti (da tanti composti a uno), quelle
cataboliche divergenti (da un composto a tanti).
CATABOLISMO
Avviene in tre fasi:
1. Digestione dei nutrienti (degradazione): da molecole di grandi dimensioni
otteniamo molecole elementari (polisaccaridi → glucosio; proteine → amminoacidi;
trigliceridi → acidi grassi).
2. Le molecole vengono convertite in un composto a 2 C (8 elettroni): acetil CoA
(CH3COH).
3. Ciclo di Krebs (ciclo dell’acido citrico): ha lo scopo di ridistribuire gli 8 elettroni,
cedendoli ai trasportatori mobili di elettroni: 3 NADH, 1 FADH2.
→ Fosforilazione → ATP sintasi → sintesi ATP.
l’acetil CoA reagisce con l’acido ossalacetico (4C-starter) a formare l’acido citrico
(6C). Il ciclo termina con la riformazione dell’acido ossalacetico. Nel ciclo il composto
consumato è l’acetil CoA. I 2 atomi di C a cui abbiamo tolto gli elettroni verranno
eliminati tramite CO2. Per ogni molecola di ogni acetil CoA vengono prodotti 3 NADH
e 1 FADH2, inoltre 1 molecola di GTP che diventa ATP attraverso una fosforilazione
del substrato.
- Il ciclo di Krebs è la via metabolica centrale nell’ossidazione di glucidi, lipidi e
amminoacidi. L’acetil CoA è ossidato a H 2O e CO2.
- È una via anfibolica: partecipa sia a processi catabolici che anabolici. Gli 8 intermedi
sono finalizzati anche ad attivare alcuni composti anabolici (eme, glucosio, purine,
amminoacidi).
Da un lato estrae energia chimica, dall’altra fornisce precursori per numerose vie
anaboliche.
- È una via ciclica costituita da una serie di 8 reazioni
- Tutti gli enzimi sono localizzati nella matrice mitocondriale (tranne il complesso II,
“succinico deidrogenasi” nella membrana mitocondriale interna)
In ogni giro 2 atomi di C entrano come acetil CoA ed escono sotto forma di CO 2.
Per ogni molecola di acetil CoA → 9 molecole di ATP (+1 dalla fosforilazione a livello del
substrato), quindi 10 molecole di ATP
METABOLISMO GLUCIDICO
Nell’uomo il consumo giornaliero di glucosio è di 160 g, di cui 120 g consumati dal cervello.
Per facilitare l’entrata del glucosio nella cellula si ha bisogno di una diffusione facilitata
tramite trasportatore GLUT.
Appena entrato viene fosforilato (aggiunta di fosfato) → glucosio-6-fosfato. A seconda delle
esigenze della cellula può prendere varie vie metaboliche.
Via del pentoso fosfato via ossidativa utile per produrre altri metaboliti importanti per la
cellula
Glicogenolisi
GLICOLISI
Processo ossidativo, produce ATP tramite fosforilazione a livello del substrato. 10 enzimi
compartimentalizzati nel citoplasma, è indipendente dall’O. È una via rapida e può produrre
ATP a velocità 100 volte maggiore rispetto alla fosforilazione ossidativa mitocondriale.
Una molecola di glucosio è ossidata a 2 molecole di piruvato (C3). L’energia rilasciata è
immagazzinata in 2 ATP e 2 NADH. Il 3% dell’energia totale contenuta nel glucosio è
prodotta dalla glicolisi (poco ATP ad alta velocità). Il 97% del piruvato diventerà acetil CoA
(tramite piruvato deidrogenasi che trasforma un C3 in C2 e andrà nella fosforilazione
ossidativa).
2 fasi:
- Fase preparatoria di investimento energetico (prime 5 reazioni): 2 molecole di ATP
investite
- Fase del recupero energetico: si ottengono 4 molecole di ATP e 2 di NADH (quindi 5
molecole di ATP nella fosforilazione ossidativa).
GLICOGENOSINTESI
Glicogeno → omopolisaccaride altamente ramificato, polimero del glucosio, immagazzinato
sotto forma di granuli citosolici; può contenere fino a 120.000 molecole di glucosio.
È presente nel:
- Fegato (omeostasi glicemica)
- Muscolo (sintesi ATP)
GLICOGENOLISI
Lisi del glicogeno per ottenere glucosio; rimozione di una molecola di glucosio dal glicogeno
tramite rottura del legame alfa 1-4 glucosidico per fosforolisi → G1P. In questo modo ha una
produzione di glucosio più alta da spendere.
GLUCONEOGENESI
Genesi di nuovo glucosio, a partire da materiale non glucidico. Prodotto da fegato (e in parte
reni).
Alcuni tessuti richiedono un continuo apporto di glucosio; in mancanza di un apporto
alimentare di glucidi, il glicogeno epatico può soddisfare il bisogno di glucosio per 10-18 ore.
Quando il glicogeno epatico è in esaurimento il glucosio può essere prodotto da precursori
non glucidici:
- Piruvato (e intermedi della glicolisi e ciclo di Krebs)
- Lattato
- Glicerolo
- Amminoacidi (quelli non utilizzati per formare proteine)
1° via metabolica:
Per ogni molecola di glucosio si formano 32 molecole di ATP (4 dalla fosforilazione a livello
del substrato + 28 a livello mitocondriale)
3° via metabolica:
La glicolisi si ferma perché tutto il NAD+ si trasforma in NADH che non viene ossidato e si
accumula; la cellula non può più produrre ATP. In questo caso il passaggio di formazione del
piruvato a lattato attraverso la lattato deidrogenasi permette di ossidare il NADH
riformando NAD+ e rialimentando la glicolisi. Chiamata anche fermentazione lattacida.
METABOLISMO LIPIDICO
Gli AG sono immagazzinati sotto forma di trigliceridi, nei muscoli e tessuto adiposo;
Non abbiamo bisogno di un trasportatore, l’acido grasso entra nella membrana plasmatica
liberamente
[Es: l’acido palmitico (C16) va incontro a 7 cicli della sequenza ossidativa, generando 8 Acetil CoA + 7 NADH + 7
FADH2 → 108 ATP - 2 ATP spesi = 106 ATP]
Se l’amminoacido viene adibito all’utilizzo di ATP, può essere trasformato in acetil coa o
direttamente in glucosio.
DOMANDE CHIMICA
1. Quale dei seguenti composti (substrati) non può essere utilizzato per sintetizzare
ATP tramite la fosforilazione a livello del substrato?
● Succinil-Coenzima A
● Fosfoenolpiruvato
● Ribosio fosfato
● Fosfocreatina
● 1,3 difosfoglicerato
2. La vitamina A:
● Assunta a dosaggi elevati non ha effetti tossici
● È una vitamina idrosolubile
● È depositata nei muscoli
● È il precursore di diversi enzimi
● È fondamentale per il meccanismo della visione
12. Una proteina (per essere definita tale) deve possedere almeno:
● La struttura primaria
● Tre livelli strutturali (primaria, secondaria, terziaria)
● Quattro livelli strutturali
● Due livelli strutturali
● Dieci amminoacidi
18. I corpi chetonici si formano nei mitocondri epatici quando si verifica una carenza di:
● Bilirubina
● Colesterolo
● Ossigeno
● ATP
● Ossalacetato
20. Il numero di molecole di acetil-CoA prodotte dalla beta ossidazione degli acidi grassi
dipende dalla:
● P parziale di O
● Concentrazione plasmatica di glucosio
● Numero dei doppi legami presenti nell’acido grasso
● Concentrazione degli acidi grassi
● Lunghezza della catena carboniosa dell’acido grasso
23. La fosforilazione a livello del substrato è uno dei meccanismi generali con cui la
cellula produce ATP. Questo processo avviene:
● Nel ciclo dell’urea
● Nel ciclo del pentoso fosfato
● Nella Deaminazione ossidativa degli amminoacidi
● Nella glicolisi
● Nell’ossidazione degli acidi nucleici
25. L’acetil CoA è il composto centrale su cui convergono tutte le vie cataboliche. In quali
condizioni metaboliche l’acetil CoA può essere convertito a piruvato e quindi al
glucosio (in quali condizioni un acido grasso può essere convertito a glucosio)
● Sempre
● Durante un esercizio anaerobico massimale
● Mai
● In ipoglicemia
● Nel corso di un digiuno prolungato
26. Quale delle seguenti affermazioni riguardanti le proprietà degli enzimi è errata:
● Sono catabolizzatori biologici dotati di una grande specificità
● Sono sintetizzati a partire da vitamine idrosolubili
● Sono di natura proteica, particolarmente attivi in condizioni fisiologiche di reazione
(37 gradi, pH neutro, Pamtosferica)
● Sono dotati di un elevato potere catalitico
● Sono dotati della possibilità di regolazione
29. La via del pentoso fosfato è una via catabolica alternativa alla glicolisi. Il ruolo
biochimico di questa via è:
● Produzione glicerolo
● Produrre NADPH e ribosio
● Produrre NADPH e fruttosio
● Produrre glicogeno
● Produrre FADH2 e gliceraldeide
31. NADH E FADH2 sono coenzimi di natura vitaminica. Il loro ruolo biochimico è:
● Precursori delle basi puriniche e pirimidiniche
● Trasportatori di elettroni, utilizzati nella fosforilazione ossidativa
● Trasportatori di elettroni, utilizzati per sintetizzare polisaccaridi
● Precursori di ormoni steroidei
● Trasportatori di elettroni, utilizzati per sintetizzare trigliceridi
33. Il trasporto del glucosio all’interno della cellula muscolare è mediato dal trasportatore
GLUT4 ed è regolato da:
● Glucagone
● ATP
● Insulina e contrazione muscolare
● Ioni calcio
● Adrenalina
34. Gli acidi grassi sono la principale fonte di energia per tutti i tessuti tranne:
● Rene
● Fegato
● Globulo rosso
● Cuore
● ?