BIOLOGIA MOLECOLARE DNA

Posso comprendere la struttura del Dna considerando le sue parti e le molecole che lo compongono.
Ho tre parti i fosfati e gli zuccheri altamente solubili in acqua e le basi azotate che sono solubili a seconda
della soluzione in cui sono immersi. Bisogna inoltre considerare come l’acqua sia importante per
determinare la struttura e la forma della molecola stessa. L’ insieme di fosfati, zuccheri e basi azotate è
detto nucleotide ed è la ripetizione base degli acidi nucleici. Conoscendo la chimica di base posso
determinare una struttura di base iniziale per fare considerazioni:

Da questo posso chiedermi come mai l’acqua non ha accesso alla parte centrale della struttura e come mai
non trovo buchi nella struttura che possono permettere alla stessa acqua di introdursi: inizialmente parto
da una struttura a scala semplice come quella mostrata nella figura sopra, per evitare di dare spazio
all’acqua inclino la struttura ed ottengo quella che è una rotazione detta a scala inclinata creando un angolo
di trenta gradi che non varia la struttura generale della catena ma permette solo che essa si inclini.
Questo permette alla scala di risparmiare spazio ed alle basi di impilarsi una sull’altra. Per ottenere una
struttura che sia piu simile possibile alla realta ho anche un secondo movimento che è quello di twist che
permette alla struttura di avvitarsi lungo un asse centrale senza alterare la distanza tra i fosfati. Si osserva
una distanza di 3,3° dal precedente fosfato che garantisce una ripetizione di circa 11 residui per giro
completo dell’elica. La distanza radiale da centro dell’elica al P di turno è di nove A. Attraverso calcoli e
variazioni abbastanza semplici di tali parametri posso ottenere una rotazione variabile con 10 10,5 11 e 12
residui per giro di elica che vanno a definire le catene B e A e Z.

A questo punto dobbiamo capire come l’acqua non sia presente nell’elica, quali sono i parametri che
determinano la doppia elica e quali sono i metodi per capire se essa è destrorsa o sinistrorsa.

Il modello piu’ conosciuto è il DNA B che ha3,3 a di separazione tra le basi e 6 tra i P in questa struttura le
basi azotate riempiono la parte centrale della molecola.

Da studi sulla struttura posso osservare le regole di appaiamento di CHargaff: la prima dice che una
molecola di DNA a doppio filamento in tutti gli organismi viventi mostra un rapporto del tipo nA=nT e
nG=nC la relazione conferma le relazioni di appaiamento dal punto di vista chimico che vennero formulate
da Watson e Crick.
La seconda regola invece sostiene che anche sul singolo filamento di una molecola di Dna il numero A è
simile al numero T ed il numero di C è simile al numero di G.

Quindi, dicevamo, accenno flash alla struttura. Il DNA è una doppia elica ad avvolgimento destrorso costituita da due
filamenti con orientamento antiparallelo. Questi filamenti sono a loro volta composti dal legame in successione casuale
di quattro nucleotidi*: adenina (A), timina (T), guanina (G) e citosina (C). A e G, chimicamente delle purine, si appaiano
rispettivamente alle pirimidine T e C. Questo appaiamento avviene tra le basi presenti in due filamenti diversi della
doppia elica e si concretizza mediante la formazione di 2 o 3 legami idrogeno (a seconda che il legame sia A-T o G-C).
Un’ultima cosina che ci servirà per dopo: la doppia elica di DNA presenta due solchi di ampiezza differente disposti uno
opposto all’altro. Ok, possiamo cominciare.
*un nucleotide è una molecola composta da uno zucchero pentoso, una base azotata e un gruppo fosfato
Perchè il DNA è una doppia elica?
Sì insomma, non ci credo che non vi siete mai chiesti per quale motivo il DNA assuma proprio la forma di una doppia
elica e non rimanga invece “stirato”, senza avvolgersi in nessunissimo modo. In teoria le interazioni tra le basi si
verificherebbero ugualmente, quindi perchè complicare le cose?

Beh, una ragione c’è ed è anche abbastanza semplice, ma per comprenderla dovete rispolverare uno dei concetti
fondamentali della chimica, ovvero il legame che sussiste tra la conformazione di una molecola e la stabilità energetica
della stessa. Una qualsiasi molecola può assumere ipoteticamente molteplici conformazioni, tuttavia la conformazione in
cui passa la maggior parte del tempo, e quindi la più comune, è quella energeticamente più stabile.

L’errore che spesso si commette è quello di attribuire la stabilità del DNA esclusivamente alla presenza dei legami
idrogeno che, sebbene stabilizzino effettivamente la molecola, non sono le uniche forze in gioco e nemmeno le più
importanti.

Le basi azotate (che, come abbiamo detto, fanno parte dei nucleotidi) hanno una struttura planare e sono insolubili in
acqua, pertanto se fossero liberamente esposte al solvente l’energia libera della molecola sarebbe altissima. Di
conseguenza, per minimizzare l’energia, le basi azotate si dispongono all’interno della stuttura e si impacchettano il più
possibile tra di loro instaurando delle interazioni idrofobiche che stabilizzano notevolmente la doppia elica. Necessità e
allo stesso tempo conseguenza di tali interazioni è la vicinanza delle basi azotate sul piano verticale, vicinanza che non
può essere ottenuta a meno di una distorsione da una forma lineare ad una elicale. Assumendo una forma ad elica,
quindi, le basi si avvicinano abbastanza da poter interagire e stabilizzare l’intera molecola. Un altro punto a favore di una
tale vicinanza è l’impossibilità di interazione con sostanze lipidiche esterne che potrebbe far collassare l’intera struttura.
Perché i due filamenti sono antiparalleli?
Come sapete bene i due filamenti costituenti la doppia elica hanno polarità opposta, ovvero se uno ha un orientamento
5′ -> 3′, l’altro ha orientamento 3′ -> 5′. Anche in questo caso il motivo di una tale disposizione è la stabilità:
l’antiparallellismo dei filamenti rende più stabile la molecola rispetto al parallelismo. Per capire il perchè vi consiglio
vivamente di guardare la figura (Figura 1).
Normalmente, con una disposizione antiparallela, la coppia di basi A-T forma due legami idrogeno (1. tra il gruppo
amminico in posizione 6 di A e il carbonile in posizione 4 di T; 2. tra l’azoto in posizione 1 di A e il gruppo amminico in
posizione 3 di T) e la coppia G-C ne forma tre (1. tra il carbonile in posizione 6 di G e il gruppo amminico in posizione 4
di C; 2. tra il gruppo amminico in posizione 1 di A e l’azoto in posizione 3 di C; 3. tra il gruppo amminico in posizione 2 di
A e il carbonile in posizione 2 di C).
Se i filamenti fossero disposti parallelamente sia la coppia A-T che la coppia G-C potrebbero formare al massimo un
legame idrogeno e ciò renderebbe la molecola più instabile rispetto alla situazione precedente.

Figura 1. In alto, legami idrogeno possibili tra le basi se i filamenti fossero disposti con orientamento parallelo. In basso,
legami idrogeno che si instaurano tra le basi nell’effettiva configurazione dei filamenti antiparallela.

Perchè i due solchi hanno differente ampiezza?

Il risultato della struttura a doppia elica del DNA è la presenza di due solchi lungo tutto il polimero, e fin qui tutto a posto.
Tuttavia per capire perché i due solchi abbiano differente ampiezza e non siano invece uguali devo spiegarvi
qualcosina…
La differente ampiezza dei due solchi è conseguenza diretta dell’attacco asimmetrico delle basi azotate all’impalcatura
zucchero-fosfato. In altre parole, l’angolo che la base azotata forma con il legame glicosidico è maggiore di 180° da un
lato e minore di 180° dal lato opposto (per semplicità si può anche considerare l’angolo formato dai due legami
glicosidici, è la stessa cosa). Quando le basi si impilano l’una sull’altra il risultato è proprio la formazione di un solco
maggiore dalla parte dell’angolo più ampio, e di un solco minore dalla parte opposta.

Figura 2. Solchi maggiore

e minore delle coppie A-T (a destra) e G-C (a sinistra).
Bene, penso di avere finito, almeno per ora. Vorrei solo ricordarvi che nonostante la conformazione del DNA appena
descritta sia la più comune è possibile riscontrare, in determinate delle condizioni, conformazioni non canoniche. Ma di
questo magari ne parliamo un’altra volta.

DIFFERENTI TIPI DI DOPPIA ELICA CAPITOLO TRE DEL CALLADINE

Le basi non si impilano direttamente ma trovo degli angoli di legame variabili che danno la rotazione della
molecola, trovo due livelli di fattori nella struttura del dna, quelli strutturali legati ai nucleotidi sono
riconducibili al primo ordine, quelli del secondo ordine richiamano riferimenti su come A) il procelle twist
impedisca legami con h2o, b) su come le basi sono impilate 1 sull’altra c) come le basi si uniscono per
formare differenti tipi di doppia elica. Abbiamo detto che le basi formano coppie ordinate e ripetutte che si
mettono al centro della elica lasciando gli zuccheri e i fosfati al di fuori e che ogni base gira rispetto alla
precedente con un angolo di 32 gradi. Questo determina una rotazione destrorsa dell’intera molecola
rappresentabile come un cavatappi. Tale rotazione viene detta di Twist tra le basi. Ora dato che le basi
ruotano rispetto a quelle messe sopra e sotto ci sono delle porzioni che non sono al momento isolate dal
contatto con h2o quindi devo trovare un modo per isolarle. Come risolvo? Potrei ruotarle in senso orario
lungo l’asse che punta il piano del foglio. Piu sensato sarebbe imporre un movimento che chiamo
PROPELLER TWIST a seconda delle basi presenti l’angolo di twist della doppia elica varia, variazione che
dipende anche dall’inclinazione delle basi stesse. Infatti il twist permette un ottimo appaiamento tra le basi
ma non è ottimale per un buon impilamento delle basi stesse e questa distorsione puo farci pensare che
riduca la superficie di sovrapposizione delle basi azotate con perdita della stabilita della molecola. Ci sono
delle distorsioni della struttura del Dna che contribuiscono ad una impilazione migliore tra queste c’è il
procelle twist detto distorsione pala ad elica.

Le basi azotate non sono disposte proprio sullo stesso piano ma in due piani diversi, l’entità della
distorsione piu variare a seconda del tipo di base che si sovrappongono in modo tale da sembrare un’ elica.
Tale rotazione permette una ottima sovrapposizione tra le basi azotate che si trovano al di sopra e al di
sotto nella doppia elica. Inoltre si puo notare che i legami H tra le due basi sono distorti ma rimangono
intatti e sono possibili anche legami H incrociati che stabilizzano la distorsione della pala ad elica.
In generale il procelle twist sara piu alto della media in regioni che contengono AT tipicamente dai 15-25
gradi ma piu basso nelle regioni che contengono gc 5 15
In pratica abbiamo bisogno di tre variabili per descrivere il movimento delle basi relativamente a quelle
vicino due di questi movimenti sono rotazioni uno è una traslazione. La prima rotazione o twist è lo stesso
angolo di cui parlavamo prima, con una rotazione stimata di 32 gradi
Corrisponde ad una rotazione della coppia di basi rispetto all’asse che passa verticalmente per il centro
della coppia stessa.coincide con una rotazione limitata alla coppia di basi che poi sommata crea un effetto
nella molecola.
Il secondo tipo di rotazione o roll descrive la rotazione delle basi lungo la loro asse longitudinalel’angolo di
roll puo variare da +20 a -10 nelle strutture comuni del DNA. Per convenzione dico che il roll è positivo se le
coppie di basi espongono verso il solco minore dell’elica
L’ultimo movimento concesso è lo slide ovvero lo scivolamento delle basi in modo che due coppie di basi
sovrapposte risultino con un asse diverso LO slide è positivo se la coppia di basi va oltre a sinistra rispetto a
quella inferiore, quando guardiamo il solco minore.Tipici valori di slide sono +3° fino a -2° nel Dna reale
cosa che puo’ essere variabile in condizioni particolari di soluzione.