12/01/22

SP-18
Elegir un gen funcional en la secuencia del genoma del plásmido seleccionado (Investigación
formativa):
a) Diseñar oligonucleótidos para su amplificación mediante PCR.
b) Comprobar la identidad y orientación de la secuencia de los oligonucleótidos diseñados.

(1) Delimitar la región del gen funcional a amplificar

Klebsiella pneumoniae isolate INF321-sc-2280120 plasmid 4, complete sequence

NCBI Reference Sequence: NZ_LR890672.1
LOCUS NZ_LR890672 4518 bp DNA circular CON 03-NOV-2021
DEFINITION Klebsiella pneumoniae isolate INF321-sc-2280120 plasmid 4, complete
sequence.
ACCESSION NZ_LR890672
VERSION NZ_LR890672.1

FEATURES Location/Qualifiers
source 1..4518
/organism="Klebsiella pneumoniae"
/mol_type="genomic DNA"
/isolate="INF321-sc-2280120"
/db_xref="taxon:573"
/plasmid="4"
gene complement(630..1040)
/locus_tag="JMW44_RS26095"
/product="helix-turn-helix domain-containing protein"
/protein_id="WP_025714791.1"

gene complement(1040..1231)
/locus_tag="JMW44_RS26100"
/product="Rop family plasmid primer RNA-binding protein"
/protein_id="WP_025714792.1"

gene complement(1703..1894)
/locus_tag="JMW44_RS26105"
/product="Rop family plasmid primer RNA-binding protein"
/protein_id="WP_022631206.1"
gene 2294..3289
/locus_tag="JMW44_RS26110"
/product="hypothetical protein"
/protein_id="WP_201507411.1""
gene complement(3314..4231)
/locus_tag="JMW44_RS26115"
/product="replication initiation protein"
/protein_id="WP_193944603.1"

CONTIG join(LR890672.1:1..4518)
//

locus_tag="FQU82_RS00120"
product="MobA/MobL family protein"
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a) Diseñar oligonucleótidos para su amplificación mediante PCR.
Seleccionar desde posición 3100 4518

LOCUS NZ_LR890672 1419 bp DNA linear CON 03-NOV-2021

DEFINITION Klebsiella pneumoniae isolate INF321-sc-2280120 plasmid 4, complete
sequence.
ACCESSION NZ_LR890672 REGION: 3100..4518

FEATURES Location/Qualifiers

source 1..1419
/plasmid="4"

gene <1..190
/locus_tag="JMW44_RS26110"
/product="hypothetical protein"

gene complement(215..1132)
/locus_tag="JMW44_RS26115"
/product="replication initiation protein"

(2) Secuencia en formato fasta del gen funcional

b) Comprobar la identidad y orientación de la secuencia de los
oligonucleótidos diseñados con el templete (plasmido):
Número de acceso
Set de “primers” en formato fasta

TCCTTTTATTGTAATCCTTGCAGCAATACTTCTCATACCTGCTGCGTTAAAAATATTCTCACTAATAATT
AAAGCGGCACTAAATCTCTGGCTTGTTTTTTTAGAAAAAAGCTCAGAATCTATAAATAAATCTGAGAAGA
AAATAAAAATAGATGCAAAAATAGAAATGAGAGAGAAAAAAGATAAATAATAAAGTTGCCGGGGGGTTGG
TAAATTAACCCCCCGACTTCAACTTATAATAAAGACTTCTACTTATCCCCATAGAACACCACGGTTTACT
TTGCCTCTCACTTTGTGGGTTTATTTTCCTACCACCCCCTCTACTTCTCACCCCGCCTTTCTTTCCCCGT
TTAGATTGAATTTCAGGAGTATGGGTGGCTTTCACAAAATCCATAAATTGAGCTTCTGAAAATTTTGAGA
TGGTCCATTTAGCAATACTTTTTGCTATTCCATCCACCTCATTTTCATCCAGAGGCGCTGCAAACTGTAG
ATTATAGGCACTGGCACGTTCATAGCAGGCTTGCAGCCATTGGTCATACTCAGGCCAGCCCTGACGAATA
GCACGATATGCCCACTTACGGGTTCTGTCGAACAACGTACAGTTACGACCTAAACCGTAATCGGCAACGA
TCTCTTTGTCATTTGCGGCGCTCAGGTCGAGCGAGTCGGCCAGCCAGTCCAGCGTGTAGAGTTCCGGCTG
CCATACTGCAATTTTCCAGTGGTCGTGGTTCGGATTCTTGCAGATCAGCCCAGAATACCCCGCGTCGGCG
TCCAGTTTTTTACGCAGCGCGTTCTCCACGGCGGCGGCATAGCGCAGCGGCTTCATTTTTCCATCGGGGG
CAGTGCGAATTGACGTTTCCAGAGCGTACAGCAGGTGCGCGTGTCCGTTTTCCGGGTTGGTGATGGTCAG
CGTGGGCGCAGGCGCGTTCCGGTCGCTCCAGTCGATGGCGGCACCGGCACGATCGACATCGAAGCCCAGC
CAGAACATAGCGTGCGGCTGGTTGAACTGGATGTACTTCGCGAGTATCGCGCGCTCTTTCCCGGCGATGC
GCACACCGAAGTGTAAATCGTCCGAGAAGTACGGCTTGTGGGGGAGTCGTTCGTTAAAAAGTTCGAGTGC
AGTGTTACGCAATGTGCCCTGCGCTTATGGCGGGCTGTTGTCTGGCACGGTTCATGTGCTAATATCCTTC
TTAGGTTTCGACCTGGCCCTGGTTATCATGCGATCCGCCAAGATATGACATGATTTCCGGGGCTTTGTTT
TTTCTGGCCTTAACGTTACACCGTCTGACGACTTCTGTCGATCCCGCCGATATTTACCATAACATCCGTT
ATCAGCACCGCCTCAGGCGCCCTCAGCGCGTTTCTGACGGGAAACCGGCAAAACAGGCAGCAAACCACCC
GAAAACCCGCCAGAAACGC

>Primer_F
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TGCAGCAATACTTCTCATACCTG

>Primer_F
Length:   23 bp Tm:   60.0 °C GC:   39.1 %

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
 BLAST

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Explicacion :

 El tamaño del plásmido es de 4518 bp

 El gen que tiene a la proteína iniciadora de la replicación esta codificada en la banda negativa
 La posición del gen orf es de (3314…4231)
 La posición de la región que le corresponde al promotor de ese gen es ( 4231…4518)