Struttura

Struttura a doppia elica del DNA. Sono messi in evidenza gli accoppiamenti tra le quattro basi azotate.

Il DNA è un lungo polimero costituito da unità ripetute di nucleotidi.[22][23] La catena del DNA è larga
tra i 22 ed i 26 Ångström (da 2,2 a 2,6 nanometri) ed ogni unità nucleotidica è lunga 3,3 Ångstrom (0,33
nanometri).[24] Sebbene ogni unità occupi uno spazio decisamente ridotto, la lunghezza dei polimeri di
DNA può essere sorprendentemente elevata, dal momento che ogni filamento può contenere diversi
milioni di nucleotidi. Ad esempio, il più grande cromosoma umano (il cromosoma 1) contiene quasi 250
milioni di paia di basi.[25]

Negli organismi viventi, il DNA non è quasi mai presente sotto forma di singolo filamento, ma come una
coppia di filamenti saldamente associati tra loro.[13][26] Essi si intrecciano tra loro a formare una
struttura definita doppia elica. Ogni nucleotide è costituito da uno scheletro laterale, che ne permette il
legame covalente con i nucleotidi adiacenti, e da una base azotata, che instaura legami idrogeno con la
corrispondente base azotata presente sul filamento opposto. Il composto formato da una base azotata
legata allo zucchero è definito nucleoside; un nucleotide è invece un nucleoside a cui sono legati uno o
più gruppi fosfato.[27]

La struttura laterale del DNA è composta da unità ripetute ed alternate di gruppi fosfato e di 2-
deossiribosio,[28] uno zucchero pentoso (a cinque atomi di carbonio) che si lega ai fosfati adiacenti
attraverso legami fosfodiesterici presso il terzo ed il quinto carbonio; in pratica, ogni molecola di fosfato
forma un ponte molecolare collegando, attraverso legami fosfodiesterici, il carbonio in posizione 3′ di
una molecola di deossiribosio con quello in posizione 5′ dello zucchero successivo. Conseguenza di
questi legami asimmetrici è che ogni filamento di DNA ha un senso, determinato dalla direzione dei
legami fosfodiesterici. Le basi azotate, invece, si uniscono in posizione 1' dello zucchero desossiribosio
con legami N-glicosidici. In una doppia elica, il senso di un filamento è opposto a quello del filamento
complementare. Per tale motivo, i due filamenti che costituiscono una doppia elica sono detti
antiparalleli. Le estremità asimmetriche di un filamento di DNA sono definite estremità 5′ (cinque primo)
ed estremità 3′ (tre primo). La principale differenza tra il DNA e l'RNA è lo zucchero pentoso utilizzato:
l'RNA, infatti, utilizza il ribosio.[26]

La doppia elica del DNA è stabilizzata dai legami idrogeno che si instaurano tra le basi azotate presenti
sui due filamenti.[29] Le quattro basi che sono presenti nel DNA sono l'adenina (abbreviata con la lettera
A), la citosina (C), la guanina (G) e la timina (T). Tutte e quattro le basi hanno struttura eterociclica, ma
adenina e guanina sono, dal punto di vista strutturale, derivate della purina, e pertanto dette basi
puriniche, mentre citosina e timina sono correlate alla pirimidina e dette basi pirimidiniche.[26] Esiste
una quinta base, di tipo pirimidinico, chiamata uracile (U), ma essa non è di norma presente nelle catene
di DNA. L'uracile è altresì presente nei filamenti di RNA al posto della timina, dalla quale si differenzia per
la mancanza di un gruppo metile. L'uracile è presente nel DNA solo come prodotto della degradazione
della citosina. Solo nel batteriofago PBS1 tale base può essere utilizzata all'interno del DNA.[30] Al
contrario, è molto più frequente individuare la timina all'interno di molecole di RNA, a causa della
metilazione enzimatica di diversi uracili. Questo evento avviene solitamente a carico di RNA con funzione
strutturale o enzimatica (rRNA e tRNA).[31]

La doppia elica è una spirale destrorsa. Con l'avvitarsi su sé stessi dei due filamenti, restano esposti dei
solchi tra i diversi gruppi fosfato. Il solco maggiore è largo 22 Å, mentre il solco minore è largo 12 Å.[32]
La differente ampiezza dei due solchi si traduce concretamente in una differente accessibilità delle basi, a
seconda che si trovino nel solco maggiore o minore. Proteine che legano il DNA, come i fattori di
trascrizione, dunque, solitamente prendono contatto con le basi presenti nel solco maggiore.[33][34]

Appaiamento delle basi

In alto, un appaiamento GC, caratterizzato da tre legami idrogeno. In basso, un appaiamento AT con due
legami idrogeno.

Ogni tipo di base presente su un filamento forma un legame con la base posta sul filamento opposto.
Tale evento è noto come appaiamento complementare. Le basi puriniche formano legami idrogeno con
le basi pirimidiniche: A può legare solo T e G può legare solo C. L'associazione di due basi viene
comunemente chiamata paio di basi ed è l'unità di misura maggiormente utilizzata per definire la
lunghezza di una molecola di DNA. Dal momento che i legami idrogeno non sono covalenti, essi possono
esser rotti e riuniti in modo relativamente semplice, poiché questi sono legami ad alta energia. I due
filamenti possono essere allontanati tra loro, come avviene per una cerniera, sia dalle alte temperature
che da un'azione meccanica (come avviene durante la replicazione del DNA).[35] Conseguenza di questa
complementarità è che tutte le informazioni contenute nella doppia elica possono essere duplicate a
partire da entrambi i filamenti, evento fondamentale per una corretta replicazione del DNA.[22]

I due tipi di paia di basi formano un numero differente di legami idrogeno: A e T ne formano due, G e C
tre. Per tale motivo, la stabilità del legame GC è decisamente maggiore di quello AT. Di conseguenza, la
stabilità complessiva di una molecola di DNA è direttamente correlata alla frequenza di GC presenti nella
molecola stessa, nonché alla lunghezza dell'elica: una molecola di DNA è dunque tanto più stabile quanto
più contiene GC ed è lunga.[36] Un'altra conseguenza di tale evento è il fatto che le regioni di DNA che
devono essere separate facilmente contengono un'elevata concentrazione di A e T, come avviene ad
esempio per il Pribnow box dei promotori batterici, la cui sequenza è infatti TATAAT.[37]

In laboratorio, la stabilità dell'interazione tra filamenti è misurata attraverso la temperatura necessaria a

rompere tutti i legami idrogeno, chiamata temperatura di melting (o Tm). Quando tutti i legami idrogeno
sono rotti, i singoli filamenti si separano e possono assumere strutture molto variegate.[38]
La stabilizzazione della doppia elica, in ogni caso, non è dovuta ai soli legami idrogeno, ma anche ad
interazioni idrofobiche e di pi stacking.[39]

Senso e antisenso

Magnifying glass icon mgx2.svg Lo stesso argomento in dettaglio: Senso (biologia molecolare).

Struttura chimica del DNA. Le sequenze possono essere definite senso e non senso.

Una sequenza di DNA è definita senso se la sua sequenza è la stessa del relativo mRNA. La sequenza
posta sul filamento opposto è invece detta antisenso. Dal momento che le RNA polimerasi lavorano
producendo una copia complementare, il filamento necessario per la trascrizione è l'antisenso. Sia nei
procarioti che negli eucarioti vengono prodotte numerose molecole di RNA antisenso a partire dalle
sequenze senso. La funzione di questi RNA non codificanti non è stata ancora completamente chiarita.
[40] Si ritiene che gli RNA antisenso possano giocare un ruolo nella regolazione dell'espressione genica.
[41]

Esistono alcune sequenze di DNA, sia in procarioti che in eucarioti (ma soprattutto nei plasmidi e nei
virus) in cui la differenza tra sequenze senso ed antisenso è meno chiara, dal momento che le sequenze
di alcuni geni si sovrappongono tra loro.[42] In questi casi, dunque, alcune sequenze rivestono un doppio
compito: codificare una proteina se lette in direzione 5'→3′ su un filamento; codificarne un'altra se lette
sull'altro (sempre in direzione 5'→3′). Nei batteri, questa sovrapposizione genica è spesso coinvolta nella
regolazione della trascrizione,[43] mentre nei virus il fenomeno è dovuto alla necessità di contenere in
un piccolo genoma un'elevata quantità di informazioni.[44] Un altro modo di ridurre le dimensioni
genomiche è quello individuato da altri virus, che contengono molecole di DNA lineare o circolare a
singolo filamento