Alumna: Marta Marqus de Llano DNI: 44435697L

NOMBRE DEL MICROORGANISMO: Bifidobacterium animalis subsp. Lactis

AD011

Identificacin del gen asignado: BLA_0046 (642 bp)

Protena codificada: TetR-type transcriptional regulator (213

aminocidos)

Secuencia del gen en formato FASTA:

>bla:BLA_0046 no KO assigned | (GenBank) possible TetR-type
transcriptional regulator (N), complete genome
ATGCAGCCTTCCGTGGAGGAATCCGTGAACACACGCACACGCAAATCCCCGCAACAGCGTGAGGAGGAGA
TTCTCCGCGCCACCGTCAAACTCATCTCCCAACGGGGCTACAACGGCATCTCCCTGCGAGATGTCGCATC
CGAAGTGGGAATGACCCAGCAGGGCGTACTGCATTACGTGGGCAACAAGGCCGGATTGGCTGCGATGGTG
ATGAAGGAGTTCTACGACCCCACAAGCATGCCAGGGGACTTCCTTGCGAGCGGGCTGCCAGGCAGCGACC
GGGATGCGCCGCACTTCCCCGCCTACTTGCGCTATGTGGTGAGAGAGAACGCCAAGCGCCGCGATCTGGT
GCAGATGTTCGCCATTCTGCAGGCCGAGTCCATTGACCCGGATCACCCGGCCCACGACTATTTCGAGCAC
AGACCTGCAATCATCTGGCAGACGCTCAGCAACTACCAATGGAAACTTCCACCGCAGATCGGCACTTGGG
AGAACTTCAAGCCACTGCACCGCATGGCCCTCGAAGCAATGGACGGCATCCAATTGCGATGGCTGCGTTC
CGACCCGATTGACCTGTACGACGAATGGATCGCCTTCGAACGCATACTGTTCCCCTCGCCCGTTTGGGAC
AACTACCGGTAA

Secuencia la protena en formato FASTA:

>bla:BLA_0046 no KO assigned | (GenBank) possible TetR-type
transcriptional regulator (A)
MQPSVEESVNTRTRKSPQQREEEILRATVKLISQRGYNGISLRDVASEVGMTQQGVLHYVGNKAGLAAMV
MKEFYDPTSMPGDFLASGLPGSDRDAPHFPAYLRYVVRENAKRRDLVQMFAILQAESIDPDHPAHDYFEH
RPAIIWQTLSNYQWKLPPQIGTWENFKPLHRMALEAMDGIQLRWLRSDPIDLYDEWIAFERILFPSPVWD
NYR

ALINEAMIENTO DE LA SECUENCIA DE NUCLETIDOS CON LA PRIMERA SECUENCIA

QUE DA MENOS DEL 100% DE IDENTIDAD EN FASTA DE CIDOS NUCLEICOS:
>>EM_PRO:CP014241 CP014241.1 Bifidobacterium angulatum strain
GT102, complete genome. (2064639 nt)
rev-comp initn: 989 init1: 989 opt: 1112 Z-score: 1210.4 bits: 242.1 E(2688449): 2.8e-
60
banded Smith-Waterman score: 1112; 65.3% identity (65.3% similar) in 606 nt overlap
(642-40:29461-30063)

640 630 620

EMBOS- TTACCGGTAGTTGTCCCAAACGGGCGAGGG
: : ::::: :::::: ::::::: ::
EM_PRO ATTTGGGTCTTCGCGAATCTCCGGTCTTTGTCAGCGGTATCCGTCCCATTCGGGCGAAGG
29440 29450 29460 29470 29480 29490

610 600 590 580 570 560

EMBOS- GAACAGTATGCGTTCGAAGGCGATCCATTCGTCGTACAGGTCAAT---CGGGTCGGAACG
:::::: :: ::::: : :: :::::: ::: :::: :: :: ::: ::: ::
EM_PRO GAACAGCATCGCTTCGATGTCGGCCCATTCCTCGCACAGATCGATGGCCGGTTCG---CG
29500 29510 29520 29530 29540

550 540 530 520 510 500

EMBOS- CAGCCATCGCAATTGGATGCCGTCCATTGCTTCGAGGGCCATGCGGTGCAGTGGCTTGAA
:: :::::::::::: : ::::::::: :: : : ::: ::: :: :
EM_PRO CAACCATCGCAATTGCACGCCGTCCATGATCTCCATGCAGCGGCGCACCAGCGGGCGCAT
29550 29560 29570 29580 29590 29600

490 480 470 460 450 440

EMBOS- GTTCTCCCAAGTGCCGATCTGCGGTGGAAGTTTCCATTGGTAGTTGCTGAGCGTCTGCCA
:: :: ::: : ::::: :::: :: : ::::: : : : :: : : :::
EM_PRO GTCCTTCCATGAGCCGAATCGCGGCGGGATCTTCCAGTCGAATCCGCAGTAGTATTCCCA
29610 29620 29630 29640 29650 29660

430 420 410 400 390 380

EMBOS- GATGATTGCAGGTCTGTGCTCGAAATAGTCGTGGGCCGGGTGATCCGGGTCAATGGACTC
::: : : :::::: :::: : :: :: ::: :: : ::::: : :: ::
EM_PRO GATCGAGTCCTGCCTGTGCGCGAATTCCTCATGCAACGGATGCTGCGGGTTGAACGATTC
29670 29680 29690 29700 29710 29720

370 360 350 340 330 320

EMBOS- GGCCTGCAGAATGGCGAACATCTGCACCAGATCGCGGCGCTTGGCGTTCTCTCTCACCAC
: ::::::: :::: ::::: :::::::: ::: :::: :: :: : :::::
EM_PRO GACCTGCAGCATGGAGAACAGCTGCACCAACATGCGCCGCTGGGAATTGTACTGCACCAG
29730 29740 29750 29760 29770 29780

310 300 290 280 270 260

EMBOS- ATAGCGCAAGTAGGCGGGGAAGTGCGGCGCATCCCGGTCGCTGCCTGGCAGCCCGCTCGC
: : :::: ::: :::::::: :: ::: :: : ::::::: :::: ::::: ::
EM_PRO AAACCGCAGGTATGCGGGGAACAGCATCGCGCCCGGCCCGCTGCCGGGCATGCCGCTTGC
29790 29800 29810 29820 29830 29840

250 240 230 220 210 200

EMBOS- AAGGAAGTCCCCTGGCATGCTTGTGGGGTCGTAGAACTCCTTCATCACCATCGCAGCCAA
:::: ::: : :: ::: : :: :: :::: : :: ::::::::: ::
EM_PRO GCGGAAATCCTCGGGGTTGCCGGAGGCGTTGTAGTATTCGCGGTACACCATCGCCAGCAT
29850 29860 29870 29880 29890 29900

190 180 170 160 150 140

EMBOS- TCCGGCCTTGTTGCCCACGTAATGCAGTACGCCCTGCTGGGTCATTCCCACTTCGGATGC
: : ::: ::::::: :: :::: ::::: :::: :: :: ::::: ::: ::
EM_PRO ATTGTCTTTGCTGCCCACATACCGCAGCACGCCTTGCTTGGAGATGCCCACCTCGTCGGC
29910 29920 29930 29940 29950 29960

130 120 110 100 90 80

EMBOS- GACATCTCGCAGGGAGATGCCGTTGTAGCCCCGTTGGGAGATGAGTTTGACGGTGGCGCG
:: :: ::: ::::::::::::: : ::::: : : ::: :: ::: : ::::
EM_PRO CACGTCCTGCATGGAGATGCCGTTGAATCCCCGCTCGCCGATCAGCCGGACCGCGGCGTC
29970 29980 29990 30000 30010 30020

70 60 50 40 30 20
EMBOS- GAGAATCTCCTCCTCACGCTGTTGCGGGGATTTGCGTGTGCGTGTGTTCACGGATTCCTC
:: : ::::: :: : :: ::: : :::::
EM_PRO AAGGACCTCCTTGCGGCGTTCTTCCGGCGCCTTGCGAACACGCTTCGCCGTCTGTTCTTC
30030 30040 30050 30060 30070 30080

10
EMBOS- CACGGAAGGCTGCAT

EM_PRO TTTGCTCATATCCCCCGAGTCTATCGTGAGGGAAAGCAACGGGCCCAGCCCGCCCCGTAA
30090 30100 30110 30120 30130 30140
HOMOLOGAS DE LA SECUENCIA DE AMINOCIDOS CON OTRAS PROTENAS

Protena 1

Nombre de la protena y microorganismo: Transcriptional regulator,

TetR family OS=Bifidobacterium animalis subsp. lactis (strain BB-12)
Longitud de la protena: 213 aminocidos
Porcentaje de identidad con nuestra protena: 100%
N de acceso: D3R716

Protena 2

Nombre de la protena y microorganismo:

TetR-type transcriptional regulator OS=Bifidobacterium cuniculi
Longitud de la protena: 218 aminocidos
Porcentaje de identidad con nuestra protena: 56.8%
N de acceso: A0A087AYM4

Protena 3

Nombre de la protena y microorganismo: Transcriptional regulator,

TetR family OS=Bifidobacterium dentium ATCC 27679
Longitud de la protena: 232 aminocidos
Porcentaje de identidad con nuestra protena: 57.4%
N de acceso: E0Q515

Protena 4
Nombre de la protena y microorganismo: TetR-type transcriptional
regulator OS=Bifidobacterium saeculare DSM 6531
Longitud de la protena: 208 aminocidos
Porcentaje de identidad con nuestra protena: 58.6%
N de acceso: A0A087D0S1

SECUENCIA EN FORMATO FASTA PROTENAS 1 A 4:

>D3R7I6
MQPSVEESVNTRTRKSPQQREEEILRATVKLISQRGYNGISLRDVASEVGMTQQGVLHYV
GNKAGLAAMVMKEFYDPTSMPGDFLASGLPGSDRDAPHFPAYLRYVVRENAKRRDLVQMF
AILQAESIDPDHPAHDYFEHRPAIIWQTLSNYQWKLPPQIGTWENFKPLHRMALEAMDGI
QLRWLRSDPIDLYDEWIAFERILFPSPVWDNYR

>A0A087AYM4
MPSVRQLHLTSMVTKRVRKSPEERMREIEQATARLVAERGYNGISLKDVAEEVGMSQPGL
LHYVGNKEGLLSLLITDMYDAHGTPAEFMASGLPGSDPEAPLFPAYLRFLVRHNAAQRQM
VQLFLMLYIESVNPDHPLHDYYRNRPENIWEHYSRYPWRIPPQVGQWDPGMRPYVRRVIE
AMDGVQMRWLCLPPVDLYDEWLVFERMIFPSPIWDGYR

>E0Q515
MMCVSANGAVLAVGWMLVGRLGCMTGAGKKRVRKSPEERKAEIVAAAVKLIGEKGFYGTS
LKDIADEIGMSQPGLLHYIGNKENLLSMLVTDNYDAYGTPRDFMESGLPGSDPNGMSFPA
YLRFLVRYNAKRQSLLQLYMVLESEGFSPEHPLHDYFEERPNLVWEHYSEYQWNIPPEVG
GWRNMRPTVRMCLEAMDGIQLRWMRKPPIDLYDEWLLFEGIIFPSPVWDNYR

>A0A087D0S1
MVKQKRVRKTPEERMGEITRAAAKLISERGFNGISLKDVADEVGMSQPGLLHYIGNKDGL
LQLLITDVYDASGTPDDFLASGLPGSDPEAPLFPAYLRFLVRHNAARRMMVQLYMVLESE
AFNPEHPLYDYFRNRPLSAWDYYSRFSWSLPPEVGAWDETMMPVVRQCIEAMDGIQLRWL
REPPIDMYDEWLVFERMIFPSPVWDRYR
ALINEAMIENTO CLUSTAL OMEGA
D3R7I6 -------------------MQPSVEESVNTRTRKSPQQREEEILRATVKLISQRGYNGIS
E0Q515 MMCVSANGAVLAVGWMLVGRLGCMTGAGKKRVRKSPEERKAEIVAAAVKLIGEKGFYGTS
A0A087AYM4 ---------------MPSVRQLHLTSMVTKRVRKSPEERMREIEQATARLVAERGYNGIS
A0A087D0S1 -------------------------MVKQKRVRKTPEERMGEITRAAAKLISERGFNGIS
.*.**:*::* ** *:.:*:.::*: * *

D3R7I6 LRDVASEVGMTQQGVLHYVGNKAGLAAMVMKEFYDPTSMPGDFLASGLPGSDRDAPHFPA
E0Q515 LKDIADEIGMSQPGLLHYIGNKENLLSMLVTDNYDAYGTPRDFMESGLPGSDPNGMSFPA
A0A087AYM4 LKDVAEEVGMSQPGLLHYVGNKEGLLSLLITDMYDAHGTPAEFMASGLPGSDPEAPLFPA
A0A087D0S1 LKDVADEVGMSQPGLLHYIGNKDGLLQLLITDVYDASGTPDDFLASGLPGSDPEAPLFPA
*:*:*.*:**:* *:***:*** .* :::.: ** . * :*: ******* :. ***

D3R7I6 YLRYVVRENAKRRDLVQMFAILQAESIDPDHPAHDYFEHRPAIIWQTLSNYQWKLPPQIG
E0Q515 YLRFLVRYNAKRQSLLQLYMVLESEGFSPEHPLHDYFEERPNLVWEHYSEYQWNIPPEVG
A0A087AYM4 YLRFLVRHNAAQRQMVQLFLMLYIESVNPDHPLHDYYRNRPENIWEHYSRYPWRIPPQVG
A0A087D0S1 YLRFLVRHNAARRMMVQLYMVLESEAFNPEHPLYDYFRNRPLSAWDYYSRFSWSLPPEVG
***::** ** :: ::*:: :* *...*:** :**:..** *: *.: * :**::*

D3R7I6 TWE-NFKPLHRMALEAMDGIQLRWLRSDPIDLYDEWIAFERILFPSPVWDNYR
E0Q515 GWR-NMRPTVRMCLEAMDGIQLRWMRKPPIDLYDEWLLFEGIIFPSPVWDNYR
A0A087AYM4 QWDPGMRPYVRRVIEAMDGVQMRWLCLPPVDLYDEWLVFERMIFPSPIWDGYR
A0A087D0S1 AWDETMMPVVRQCIEAMDGIQLRWLREPPIDMYDEWLVFERMIFPSPVWDRYR
* : * * :*****:*:**: *:*:****: ** ::****:** **