Con lo studio della genetica negli ultimi anni sono emerse una serie di diverse

applicazioni.
importante distinguere:
1) ci che ha un suffisso oma, ovvero la totalit del materiale biologico preso in
considerazione, quindi ad esempio genoma: totalit del materiale genetico oppure
proteoma: totalit delle proteine codificate dal nostro codice genetico.
2)ci che ha un suffisso omico, ovvero tutta una serie di sostantivi legati ad una
ricerca che mira ad una comprensione delle cose nel loro insieme e non prese
singolarmente: si rimanda in questo caso a discipline quali la proteomica che riguarda
lo studio delle proteine nella loro totalit, la genomica che riguarda lo studio del
genoma e cos via. Possiamo dire quindi che ci che -omico si occupa dello studio
degli -oma.
QUANTO DNA? Le dimensioni del genoma aploide variano nei diversi esseri viventi.
Facendo riferimento alla tabella della diapositiva 4 possiamo notare come i Mammiferi,
classe cui apparteniamo noi umani, nonostante abbiamo una dimensione del genoma
nella media, ci che ci rende pi sviluppati da un punto di vista di complessit rispetto
ad altre classi di esseri viventi il numero di tipi cellulari che con quel genoma siamo
in grado di produrre. Vediamo infatti che siamo in testa alla classifica.
Dunque possiamo dire che la complessit non legata semplicemente al numero di
coppie di nucleotidi di cui composto il nostro genoma, piuttosto al modo in cui
questo genoma viene sfruttato.
Ovviamente maggiore il numero di kb del nostro genoma, maggiori sono i geni che
codifichiamo. Nella slide 6 notiamo come 23 possediamo 23 mila geni, in numero
uguale a quelli del topo; tuttavia siamo completamente diversi da un piccolo topolino
e questo perch possediamo un sistema di regolazione dell espressione di geni che
assolutamente pi complesso e sviluppato. Sono le propriet emergenti che ci rendono
diversi dal topo. L idea di propriet emergente non difficile da comprendere. La
maggior parte di ci che utilizziamo funziona sullabase di propriet emergenti. Ad
esempio un televisore, se lo scomponiamo nelle sue parti elementari pu avere molte
cose in comune con altri strumenti, tuttavia ha una funzione, dopo che le sue parti
sono state assemblate, che differente da quella di qualsiasi altro strumento
elettronico. Per studiare le propriet emergenti serve proprio un approccio OLISTICO,
che guarda nell insieme tutti gli elementi che costituiscono un pathway biochimico, e
quindi uno studio -omico!.
Grazie al sequenziamento del genoma umano siamo stati in grado di conoscere
simultaneamente tutti i geni dell uomo. A partire da ci di conseguenza siamo in
grado anche di ottenere quello che un panorama trascrizionale, ovvero il
trascrittoma di un individuo.
Se ad esempio voglio studiare come un fattore di crescita influenza la trascrizione,
sono in grado di farlo in maniera globale: estraggo l RNA prima, e dopo la
stimolazione. Dopo valuter le differenze. Il panorama trascrizionale, ovvero un grafico
che mi dice quali geni sono attivi nella trascrizione di specifiche proteine in seguito ad
una stimolazione il trascrittoma. Questo grafico rappresentato nella slide 14, ed
quello con i quadratini colorati in azzurro o blu.

A partire da ci siamo stati in grado di identificare quali geni sono pi frequentemente

modificati ad esempio quando vi l insorgenza di particolari patologie come ad
esempio quelle tumorali. Ovviamente ogni tumore ha una sua caratteristica
molecolare ben precisa a tal punto che per tumori che generalmente chiamiamo
linfoma e altri come leucemia, possiamo distinguere sulla base della loro
espressione genica (all interno del dna delle cellule malate) 51 tipi di linfomi e 38 tipi
di leucemie.
Con l obiettivo di caratterizzare molecolarmente tutti i tipi di tumori, fino ad oggi sono
stati sequenziati circa 30 mila genomi di cancro.
Perch sequenziare il genoma del cancro? Abbiamo detto che l analisi del trascrittoma
permette di valutare il livello di espressione genica in una cellua e quindi valutare
quali geni sono espressi (quindi che proteine sono tradotte) e quanto.
Paragonando un tessuto normale ad uno sano possiamo renderci conto delle differenze
che a livello molecolare e quindi di trascrizione esistono tra i due tessuti.
Di conseguenza possiamo utilizzare queste tecniche per valutare quali sono i marker
migliori per eventuali terapie, che diventeranno terapie specifiche e mirate per quel
particolare tipo di malattia che esprime quel particolare trascrittoma. In pratica si
confronta quali proteine che nella cellula normale non lo sono, sono espresse nella
cellula tumorale e di conseguenza tra queste proteine si cerca di individuare un valido
target terapeutico, con la fabbricazione di farmaci diretti contro quella particolare
proteina, la cui espressione pu essere la causa del tumore.
Esistono delle proteine tessuto specifiche la cui espressione ci permette di identificare
il tipo di malattia di fronte a cui ci troviamo e contro cui dobbiamo agire.

LA REGOLAZIONE DELL ESPRESSIONE GENICA NEGLI EUCARIOTI.

Tra i meccanismi di regolazione genica troviamo quello dell inattivazione del
cromosoma X che avviene nelle cellule della donna quando l embrione allo stato di
blastocisti.
Dal momento che questo avviene dopo alcune divisioni cellulari, possiamo dire che le
donne sono dei mosaici genetici, ovvero contengono nel loro genoma cellule con una
differnte espressione genica: alcune non hanno l X inattivo e derivano dalle prime
cellule della blastocisti precedenti all inattivazione; le altre hanno LX inattivo e sono
tutte quelle successive all inattivazione.
Come avvengono queste modificazioni genetiche? Grazie ad un complesso che prende
il nome di complesso Risc o RSC che una grande proteina che accoglie al suo interno
una tasca in cui interna lizza la cromatina, rimodellandone la struttura. Vi sono dei
punti di ingresso nel compleso e dei punti di uscita.
Il complesso RSC costituito da una serie di domini, o di sub complessi che
condividono componenti del Core. In generale tutte queste componenti si occupano
del rimodellamento strutturale della cromatina, che corrisponde di conseguenza ad un
rimodellamento funzionale.
Nel caso di RISC, questo complesso come dice il nome stesso RNA-INDUCED
SILENCING COMPLEX Si occupa del silenzia mento di geni e pu arrivare addirittura,
come nel caso del cromosoma x all inattivazione di un intero cromosoma.

In particolare la composizione e il meccanismo di azione di RISC: (non credo sia necessario) Il

centro catalitico della RISC senza dubbio la proteina argonaute, che ha funzione di
RNAsi. Acquisizioni recenti confermano che di RISC faccia parte la proteina dicer,
coinvolta nella generazione delle brevi molecole di RNA (siRNA) che si associano al
complesso (a partire da pre-miRNA e da RNAds) e la double-stranded RNA binding
protein (o TRBP), una RNA-binding protein coinvolta nel legame vero e proprio con
queste molecole di acido ribonucleico[1].
Il singolo siRNA, in particolare, in grado di attivare RISC, attivandone anche il
meccanismo di ricerca di molecole complementari da degradare. Al complesso RISC,
infatti, si associa il filamento guida del siRNA. Il filamento non integrato, viene
degradato come fosse un substrato del complesso[2]. Tutte le molecole di mRNA
complementari al filamento guida, infatti, diventano substrato del RISC. Argonaute la
proteinacataliticamente attiva del complesso: essa infatti responsabile della
degradazione degli RNA bersaglio. Non ancora ben chiaro il meccanismo attraverso il
quale RISC sia in grado di associarsi agli mRNA presenti nella cellula. Si dimostrato in
ogni caso che talescreening non strettamente associato alla traduzione in proteina
della molecola di mRNA[3].
RISC presenta un ruolo centrale anche nel riciclo delle molecole di RNA, che vengono
riconvertite in singoli nucleotidi anche attraverso il complesso.
Un altro modo con cui pu avvenire la regolazione dell espressione genica sono le
MODIFICHE POST TRADUZIONALI (PTM) sugli istoni. La slide numero 27 riassume in un
elenco le diverse modifiche possibili.
(Ricordiamo che la cromatina condensata inattiva, ed etero cromatina; mentre la
cromatina non condensata attiva ed accessibile, ed l eucromatina.)
Tra le modifiche post trasduzionali sugli istoni abbiamo in primis le acetilazioni e le de
acetilazioni. Nella slide numero 30 vediamo il meccanismo d azione dell enzima
Istone acetiltransferasi (HAT). L enzima citato sotto l istone deacetilasi che svolge
esattamente il compito opposto rimuovendo un gruppo acetile.
Vi sono anche le metilazioni, grazie all enzima istone metiltransferasi, del quale il
meccanismo dazione rappresentato nella slide 31.
Vi sono vari domini dell istone metiltransferasi che svolgono differenti funzioni. In
particolare sono importanti i bromo domini che legano ACETIL LISINA.
Esistono anche dei cromo domini che si occupano invece del legame di TRIMETILLISINA.
Tra le proteine che si occupano della modificazione e del controllo del DNA vi sono le
proteine MHG che sono proteine del gruppo ad alta mobilit che controllano l
architettura del DNA. Insieme al DNA formano un complesso particolare che
ripiegato di 70 gradi verso la scanalatura maggiore.

LA METILAZIONE DEL DNA SPEGNE L ESPRESSIONE GENICA. Vedi slide 37. La

metilazione avviene grazie all enzima DNA metiltransferasi che diverso dall enzima

ISTONE metiltransferasi in quanto i due enzimi hanno target differenti (DNA E ISTONI).
Il meccanismo d azione dell enzima DNA metiltransferasi descritto nella slide 38 e il
suo scopo quello di spegnere l espressione genica.
L enzima con il ruolo opposto l enzima DNA demetilasi.
Nei vertebrati la metilazione interessa la citosina sul di nucleotide in cui la citosina
seguita da una GUANINA (CpG). L enzima aggiunge un gruppo metile al C5.
Le sequenze CpG sono sotto-rappresentate nel genoma (probabilmente per la
tendenza che la metilcitosina ha a venire deaminata e mutata in TIMINA), tuttavia
sono abbondanti nelle regioni dei promotori dei geni.
Le modifiche agli istoni e al dna tramite la metilazione sono modifiche epigenetiche,
ovvero che alterano l informazione genetica senza per alterare la normale sequenza
delle basi.
Perch la metilazione ereditabile e il suo schema viene mantenuto? Questo perch i
siti target della metilazione hanno una natura palindromica, quindi diciamo che la
metilazione pu essere mantenuta anche al momento della duplicazione del DNA e
quindi poi al momento della divisione cellulare, in quanto le due sequenze dei siti
metilati sono di fatto uguali ma di segno opposto. Ricorda il significato di
palindromico.

Slide 42 ribadisce il significato di imprinting e eredit citoplasmatica.

RIARRANGIAMENTO GENICO: quello che avviene ad esempio nei geni per catene
leggere e pesanti delle immunoglobuline. Nelle slide tratta dell organizzazione e
riarrangiamento della famiglia dei geni della catena leggera.All interno del gene per le
catene leggere esistono dei segmenti V, D, J ciascuno in pi forme. La ricombinazione
e il riarrangiamento che avviene a questo gene porta alla formazione di un
immunoglobulina che ha una sua diversit e specificit data proprio dalla selezione di
alcuni dei segmenti del gene. Alla FINE del riarrangiamento dei 30 segmenti V, 20 J e
15 D avremo un solo segmento per ciascuna categoria, tutti legati assieme a formare
un unico gene riarrangiato che andr poi a fondersi con il segmento C che determina
la parte costante delle immunoglobuline.
Il segmento V quello di variabilit, il segmento J di giunzione, il segmento D tipico
della catena pesante delle IG, mentre il segmento C quello della parte costante della
catena.
La fusione avviene grazie al taglio da parte di specifici enzimi che riconoscono dei siti
di EPTAMERI e NONAMERI a livello dei quali tagliano per poi permettere ai segmenti
del gene rimasti di fondersi tra loro, fino a costituire il gene completo.
(consiglio lettura da libro di patologia)

ORGANIZZAZIONE DEL GENOMA.

La complessit di un organismo aumenta con l aumentare del numero dei suoi geni e
non con la dimensione del suo genoma.
I geni degli r RNA e dei tRNA sono presenti in raggruppamenti.

I genomi eucaristici contengono segmenti di DNA ripetitivo.

Il DNA codificante per proteine solo l 1per cento.
CATENE DI GLOBINA: come con le immunoglobuline avviene qualcosa di simile con la
globina. I geni che codificano per le catene della globina si trovano su due cromosomi
differenti. Vedi immagine slide 58. Dai due cromosomi, per riarrangiamento genico,
quindi selezione di alcuni segmenti di gene, si formeranno diverse catene di globina
che andranno a fondersi tra loro a formare tetrameri composti da diverse catene.
Le catene da cui sono composti questi tetrameri sono differenti a seconda dell et
dell individuo, come mostrato nella slide 59. Ci dipende dall espressione di un
segmento genico piuttosto che dell altro, e ci dato proprio dal riarrangiamento
genico.

MALATTIE: MALATTIE CAUSATE DA TRINUCLEOTIDI RIPETUTI.

Le varie malattie sono elencate nella slide 62 e nella slide 61 spiega invece che il
motivo per cui si hanno queste ripetizioni dato dall espansione di nucleotidi, dovuti
a tentativi di riparazione del danno del dna nel caso in cui vi siano forcine o altre
strutture che inducono l avvio dei meccanismi di riparazione del DNA.
OPERONE LAC E TRP
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