Biosintesi delle proteine

Le proteine sono catene polipeptidiche formate da1specifica sequenza di aa uniti fra loro mediante legame peptidico
fra il gruppo -COOH di1aa e il gruppo -NH2 dellaa successivo, sintetizzate sulla base dellinfo genica scritta nel
DNA sottoforma di sequenze dei4nucleotidi che compongono la molecola; pertanto la sequenza di nucleotidi del
DNA determina lordine degli aa e quindi la struttura primaria della proteina. Qst propriet del DNA detta
codificazione. In particolare,la biosintesi delle proteine rappresenta lultimo dei 3 processi del metabolismo
informazionale: la replicazione, in cui il DNA funge da stampo x la sintesi di1nuova molecola di DNA, consente la
perpetuazione dellinfo genica; la trascrizione, in cui il DNA funge da stampo x la sintesi di1molecola di RNA; la
traduzione, in cui lmRNA veicola qst info dal DNA ai ribosomi, siti a livello dei quali funge da stampo x la sintesi
della proteina. In particolare la sequenza specifica di3nucleotidi, cio1tripletta, definita codone, a codificare
x1determinato aa. Poich i nucleotidi sono 4 e i codoni sono formati da 3 basi, ci saranno 64 combinazioni possibili;
in realt x gli aa sono20, quindi ogni aa pu essere codificatoda+di1codone: qst fenomeno detto degenerazione del
codice genetico. Delle 64 triplette, 61 sono codoni di senso, cio codificano x1determinato aa ,e 3 (UAA-UAG-UGA)
sono codoni non senso che non codificano x alcun aa, bens rappresentano segnali di terminazione della traduzione
dellmRNA. I principali protagonisti di tale processo sono ribosomi, mRNA e molecole di aminoacil-tRNA, vale a
dire che i vari aa liberi nel citoplasma riconoscono il loro tRNA corrispondente che li veicola ai ribosomi.
I tRNA sono molecole lunghe tra i 75-85nucleotidi a singolo filamento che a tratti si ripiegano a formare zone a
doppia elica mediante legami a H tra basi complementari, e zone ad ansa dove invece non possibile formare la
doppia elica. Ne deriva1struttura a trifoglio dove distinguiamo diversi bracci: braccio accettore, cosiddetto perch il
sito in cui si lega laa(allA della sequenza terminale CCA dellestremit 3); tale processo detto aminoacilazione ed
catalizzato da enzimi aminoacil-tRNA-sintetasi che catalizzano il legame estereo tra il gruppo COOH dellaa e il
2OH o 3OH dellA terminale. Qst enzimi sono dotati di1elevata specificit di substrato poich devono assegnare il
giusto aa al proprio tRNA; quindi abbiamo20tipi di enzimi, 1 x ogni aa. Braccio dellanticodone:opposto
allaccettore, presenta1zona che non pu organizzarsi a doppia elica (ansa dellanticodone); riconosce 1 codone del
messaggero specificante 1 determinato aa con cui forma legami a H x complementariet delle basi. A livello
dellanticodone sono x possibili anche degli appaiamenti non canonici a causa di1non perfetto allineamento tra
lmRNA e il tRNA(vacillamento): qst x non significa che verr legato1aa sbagliato perch cmq il vacillamento si
evoluto contemporaneamente al codice genetico, x cui si vanno a riconoscere gli stessi codoni. X es. x lAla ci
sono4codoni che x vengono riconosciuti da soli 2 anticodoni. Lappaiamento no canonico si pu verificare anche x
la presenza di inosina nellanticodone: linosina 1base azotata modificata che deriva dalla deaminazione della G e
che pu appaiarsi non solo con lA ma anche con la C e lU; in qst modo solo con 1tRNA vengono riconosciuti i
3codono x lIle. Pertanto come se il vacillamento si fosse evoluto x ridurre il numero di tRNA rispetto ai codoni.
Infine abbiamo altri2bracci:braccio D e braccioTC che rappresentano i siti di riconoscimento rispettivamente
dellenzima specifico che attiva laa e del ribosoma.
La traduzione pu essere divisa in 3 fasi: inizio, allungamento, terminazione, ciascuna delle quali vede lintervento di
specifici fattori che coadiuvano il processo. Inizio: il legame dellmRNA al primo aminoacil-tRNA richiede
lintervento di3fattori di inizio(IF) e subunit ribosomali 40S libere: infatti i ribosomi 80S non impegnati nella sintesi
proteica sono dissociati nelle 2 subunit ad opera di IF1 e IF3; IF2, legando GTP, fornisce energia necessaria x il
legame della subunit 40S contemporaneamente sia con lmRNA che con il primo tRNA. LmRNA presenta al 5 la
struttura cap, formata da1molecola di7-metil-guanosil-trifosfato, che segnala qual lestremit 5 del messaggero e
che il sito primario x il legame della subunit< ,40S, del ribosoma che scivola lungo lmRNA fino ad incontrare la
sequenza di Kozak, sovrapposta al codone di inizio della traduzione, la tripletta AUG, che codifica x 1 N-formilmetionina, che perci il primo aa incorporato nella catena polipeptidica, che x viene poi asportato da1enzima
specifico poco dopo linizio della sintesi proteica, in modo che qualsiasi aa, a seconda del tipo di proteina, pu
trovarsi in posizione iniziale, cio aminoterminale(lallungamento della catena avviene dallestremit N-terminale a
quella C-terminale). Quindi contemporaneamente al legame tra il ribosoma e il messaggero, si lega anche il tRNA
che porta qst aa, venendosi cos a formare il complesso di pre-inizio, in cui aumenta laffinit della subunit
ribosomale 40S con quella 60S che perci vi si lega formando il complesso di inizio.

Allungamento: Il ribosoma completo porta3siti di legame x i tRNA: il sito P(peptidico), il sito A(accettore), il sito
E(uscita). Qnd le 2 subunit ribosomali si associano, il codone di inizio AUG, con legato il proprio tRNA, si trova nel
sito P, mentre i siti A ed E sono vuoti. Il secondo tRNA carico viene guidato da 1 fattore di allungamento (EF) nel
sito A, in corrispondenza del quale sullmRNA c lo specifico codone cui adattare lanticodone. A qst punto si
verifica la formazione del legame peptidico tra i primi2aa, catalizzato dalla peptidil-transferasi che lega il gruppo
NH2 dellaa legato al tRNA presente nel sito A, al gruppo COOH dellaa legato al tRNA del sito P; in qst modo la
catena resta legata al tRNA del sito A, xci il tRNA del sito P, rimasto scarico, viene traslocato nel sito E, che il sito
di uscita. Il tRNA recante il peptide viene spostato nel sito P, in modo da rendere il sito A, cos vuoto, disponibile x
accogliere il successivo aminocil-tRNA. Nel frattempo il ribosoma si spostato lungo il messaggero di3nucleotidi,
andando ad esporre nel sito A il successivo codone. Non appena lestremit 5 dellmRNA contenente il segnale di
inizio AUG fuoriuscita dalla superficie del primo ribosoma, si forma subito il secondo complesso iniziatore e
quindi1secondo ribosoma inizia la traduzione. Pertanto lmRNA si trova combinato con1serie di
ribosomi(poliribosomi)che lo stanno traducendo e che scorronoda1estremit allaltra del messaggero come su1nastro.
Terminazione: Tale processo continua fino a che nel sito A non si viene a trovare1codone di stop, che nessun tRNA
riconosce e quindi nel sito A entra1proteina che il fattore di rilascio(RF) e la peptidil transferasi trasferisce la catena
polipeptidica ad1molecola di H2O determinandone il rilascio. In qst modo il complesso ribosomale diventa instabile
e si dissocia nelle2subunit di 40S e 60S. La subunit 40S pu poi dissociarsi dal messaggero e andare a
legarne1altro, oppure pu non dissociarsi e scivolare fino ad incontrare la successiva sequenza di Kozak e codone di
inizio e tradurre1altra proteina.
Meccanismi di controllo della biosintesi proteica
Si conoscono diversi meccanismi di regolazione del processo di traduzione dellmRNA, quali la presenza nel
citoplasma della forma mascherata dellmRNA, in cui cio risulta combinato con ribonucleoproteine ed cos
inaccessibile al processo di traduzione; modificazioni dellinterazione tra ribosoma e mRNA, conseguenti il fatto che
alcune proteine ribosomiche possono essere fosforilate in risposta a stimoli di vario genere, cos come anche il fattore
di inizio IF2 pu esistere in forma fosforilata, che x sembra essere meno attiva della forma non fosforilata,
determinando1rallentamento del tasso di traduzione dellmRNA. Un ulteriore livello di regolazione il controllo
post-traduzionale, in cui si assiste a modificazioni di vario genere a carico della catena polipeptidica che appena
sintetizzata ancora inattiva. Un primo evento cui si pu assistere il processo di folding, nel quale la proteina, x
svolgere la sua funzione, tende a ripiegarsi nello spazio in modo da formare il max numero di legami tra gli aa che
contribuiscono a stabilizzare la struttura fino a che la proteina raggiunge la giusta conformazione cui compete la max
funzionalit. Il processo di folding assistito da proteine cellulari dette chaperonine che facilitano e assicurano il
corretto ripiegamento delle catene polipeptidiche.
La proteina appena sintetizzata pu inoltre andare incontro a modificazioni chimiche per aggiunta di vari gruppi
molecolari, quali acetilazioni, metilazioni, fosforilazioni, nonch aggiunta di carboidrati o lipidi per formare
glicoproteine o lipoproteine.
Inoltre pu avvenire un rimodellamento del polipeptide da parte di enzimi proteolitici: noto infatti che alcune
proteine sono funzionalmente attive solo dopo rimozione ad opera delle proteasi di una parte della loro catena(es.
linsulina), oppure la catena polipeptidica pu essere tagliata dalle proteasi in pi punti rilasciando pi polipeptidi
dotati di attivit biologica differente.