CROMOSOMA Y

cromosomi Y di un ampio numero di maschi sardi, utilizzando un pannello di polimorfismi a

singolo nucleotide (SNPs) neutrali e di short tandem repeats 13 (STRs), altres noti come
microsatelliti, dislocati nella porzione non ricombinante, oggi definita porzione specifica del
maschio (MSY), di tale cromosoma. Infatti, questo cromosoma per il 95% della sua lunghezza non
d luogo a fenomeni di ricombinazione con il suo omologo, il cromosoma X. L'assenza di
ricombinazione contribuisce a trasformare il cromosoma Y in un vero e proprio superlocus genetico,
capace di riflettere la storia dei maschi, conservando cos una traccia del cammino evolutivo
percorso dalla nostra specie dalle origini fino ad oggi. Inoltre, il suo stato aploide, la sua assenza
nelle femmine e la sua trasmissione paterlineare hanno importanti conseguenze nella genetica di
popolazione. Per queste caratteristiche il cromosoma Y si configura come il sistema pi sensibile
alla deriva genica la quale, di per s, rappresenta unulteriore fonte di variabilit. 14 I marcatori
testati sono assai utili ai fini delle analisi comparative poich essi non sono esplicitamente attaccati
dalle forze evoluzionistiche legate alla risposta immune contro gli agenti patogeni. La natura non
ricombinante di questa porzione del cromosoma Y, cos come la disponibilit di un orologio
molecolare affidabile, tarato su tassi di mutazione definiti degli STRs, conduce ad una
ricostruzione cronologica della genealogia degli aplotipi Y, quando questi differenti tipi di marcatori
vengano analizzati congiuntamente [12-15]. Alcuni lavori, basati sullo studio di questo cromosoma,
hanno riportato un certo grado di micro-eterogeneit nella popolazione sarda, soprattutto in
conseguenza del confronto tra aree ad estensione piuttosto limitata e villaggi isolati [16-19].

Aplotipo
Il termine deriva dal greco haplos che in parole composte dotte o scientifiche
significa singolo o semplice. Combinazione di varianti alleliche lungo un
cromosoma o segmento cromosomico contenente loci in linkage
disequilibrium, cio strettamente associati tra loro. L'associazione statistica
tra loci si manifesta in assenza di ricombinazione tra i loci stessi. Per quanto
riguarda gli autosomi (cromosomi non sessuali) e le regioni
pseudoautosomiche dei cromosomi sessuali questo pu essere dovuto alla
vicinanza fisica tra i loci considerati e all'assenza di hot-spot di ricombinazione
tra loro.
Invece gli alleli della regione non ricombinante del cromosoma Y (NRY) sono
sempre associati a formare aplotipi, cos come gli alleli del genoma
mitocondriale (mtDNA). Infatti queste due porzioni del genoma non
ricombinano, essendo ereditate con modalit uniparentali, paterna la prima,
materna la seconda.
Aplotipi differenti sono generati da un aplotipo ancestrale per effetto della
mutazione ai singoli loci. I prodotti di questo meccanismo evolutivo possono
essere correlati attraverso la filogenesi fino a desumere la forma ancestrale
dell'aplotipo. Spesso, quando la risoluzione molecolare di un aplotipo molto
elevata, pu essere utile raggruppare filogeneticamente aplotipi diversi sulla
base di un comune progenitore definendo cos un aplogruppo.
Applicazioni della tipizzazione aplotipica

L'analisi degli aplotipi in linkage disequilibrium costituisce uno strumento

importante per il mappaggio genetico ad alta risoluzione. Gruppi di aplotipi
tra loro affini evolutivamente costituiscono aplogruppi. Gli aplogruppi della
regione non ricombinante del cromosoma Y (NRY) e quelli del DNA
mitocondriale (mtDNA) sono particolarmente significativi in studi di filogenesi,
tassonomia ed evoluzione.
La conoscenza degli aplotipi HLA coinvolta nel rigetto dei trapianti e nella
valutazione del rischio genetico di suscettibilit ad alcune patologie
autoimmuni (diabete, celiachia).

Polimorfismo
a singolo nucleotide
Un polimorfismo a singolo nucleotide (spesso definito in inglese Single
Nucleotide Polymorphism o SNP, pronunciato snip) un polimorfismo (cio
una variazione a livello di una sequenza di acidi nucleici) che si presenta tra
individui della stessa specie, caratterizzata da una differenza a carico di un
unico nucleotide.
Ad esempio, se le sequenze individuate in due pazienti sono AAGCCTA e
AAGCTTA, presente un SNP che differenzia i due alleli C e T.
Frequenza degli SNPs
All'interno di una popolazione possibile determinare una minor frequenza
allelica, il rapporto tra la frequenza della variante pi rara e quella pi
comune di un determinato SNP. Solitamente si guarda con maggiore
attenzione a SNPs aventi minor frequenza allelica minore all'1%, trascurando
nelle analisi la maggior parte degli SNPs che, anche per il loro elevatissimo
numero, risultano poco maneggevoli. importante notare che possono
esistere variazioni notevoli tra popolazioni umane. Uno SNP molto comune in
determinato gruppo etnico pu dunque essere molto raro in un'altra
popolazione.
Gli SNPs possono presentarsi all'interno di una sequenza codificante di un
gene, all'interno di una regione intronica o in una regione intergenica. Gli
SNPs all'interno di un gene, in ogni caso, non necessariamente modificano la
sequenza aminoacidica codificata, dal momento che il codice genetico
degenerato. Uno SNP che genera in tutte le sue forme lo stesso peptide
detto sinonimo (synonymous); in caso contrario detto non-sinonimo (nonsynonymous). Gli SNPs che non si trovano in una sequenza codificante
possono, in ogni caso, presentare sequenze negative sullo splicing o sul
legame dei fattori di trascrizione.
Gli SNPs costituiscono il 90% di tutte le variazioni genetiche umane. SNPs con
minor frequenza allelica pari a circa l'1% sono presenti ogni circa 100-300
paia di basi lungo l'intero genoma. In media, due SNPs su tre vedono una
variazione tra citosina e timina.
Potenzialit degli SNPs
Lo studio degli SNPs molto utile poich variazioni anche di singoli nucleotidi
possono influenzare lo sviluppo delle patologie o la risposta ai patogeni, agli

agenti chimici, ai farmaci. Per tale motivo gli SNPs possono avere una grande
importanza nello sviluppo di nuovi farmaci e nella diagnostica, in quanto
consentono di conoscere l'effetto che pu avere un farmaco su un individuo
ancor prima della somministrazione, attraverso uno screening degli SNPs
presenti nel gene responsabile della metabolizzazione del farmaco stesso;
queste sono le basi della farmacogenomica. Dal momento che gli SNPs sono
perlopi ereditati di generazione in generazione, essi vengono utilizzati in
alcuni studi genetici.
Individuazione degli SNPs
Un metodo utile per individuare gli SNPs la valutazione dei
cosiddetti restriction fragment length polymorphisms (polimorfismi di
lunghezza dei frammenti di restrizione, o RFLP). Se un allele contiene un sito
di riconoscimento per un enzima di restrizione e un altro no, la digestione dei
due alleli generer due frammenti di dimensione differente. In realt oggi gli
SNPs sono studiati principalmente attraverso i microarrays, che permettono
l'analisi simultanea di centinaia di diversi SNPs e una veloce analisi elaborata
da un computer.

Aplogruppi del cromosoma Y

Principali aplogruppi del cromosoma Y (lettere A-R)

correlati filogeneticamente in un albero. MRCA = Most Recent Common Ancestor

In Genetica umana, gli aplogruppi del cromosoma Y sono raggruppamenti di

combinazioni di marcatori (aplotipi) definiti dalle differenze nella regione nonricombinante del DNA del cromosoma Y (chiamato NRY da Non-Recombining Ychromosome). Queste differenze fanno riferimento a polimorfismi biallelici
(SNPs, Single Nucleotide Polymorphisms).
Il YCC (Y Chromosome Consortium) ha stabilito un sistema per definire gli aplogruppi
del cromosoma Y basato sulle lettere da A a R, con ulteriori divisioni usando numeri e
lettere in pedice.
Il cromosoma Y ancestrale (scherzosamente definito dagli studiosi "di Adamo")
quello appartenuto a un maschio teorico che rappresenta il pi recente progenitore
comune (MRCA Most Recent Common Ancestor) di tutti i maschi attuali lungo la
linea patrilineare, visto che il cromosoma Y unicamente trasmesso dal padre ai figli
maschi. La stima di quando questo individuo teorico sia vissuto varia a seconda degli
studi.
Aplogruppi A e B
In nessuna parte del mondo sono stati trovati lignaggi del cromosoma Y pi antichi di
200.000 anni. Gli aplogruppi A e B sono considerati i pi antichi e si trovano soltanto
nell'Africa Sub-Sahariana o in popolazioni con la stessa origine, come per esempio gli
Afroamericani portati oltreoceano con la tratta degli schiavi. Le frequenze pi
importanti di A si trovano tra i Boscimani, i Khung e i Sudanesi. Le frequenze pi
elevate di B tra i Pigmei Biaka e Mbuti. Come si evince dall'albero filogenetico degli
aplogruppi del cromosoma Y, tutta la diversit moderna si generata in Africa, per
cui le popolazioni contemporanee sono discendenti degli Africani che restarono in
Africa o di quelle popolazioni che emigrarono fuori dall'Africa per popolare il resto
dei continenti.
La prima biforcazione dal tipo ancestrale teorico (di Adamo) deriva dalla mutazione
M91 che definisce l'aplogruppo A (dal quale derivano A1, A2 e A3). Tutti gli altri
aplogruppi derivano da BR (noto anche come YxA, che significa: tutti i cromosomi Y
che non appartengono all'aplogruppo A). Aplogruppi C-R
Le mutazioni M168 e M294, assenti in A e B, definiscono tutti gli aplogruppi da C a R.
Queste mutazioni precedettero la migrazione fuori dall'Africa, essendo presenti sia in
Africa che al di fuori. Le mutazioni che caratterizzano DE (M145, M203) si
verificarono in Africa orientale pi di 60.000 anni fa e parteciparono alle grandi
migrazioni precoci, cosicch oggi si ritrovano solo tra Esquimesi e Amerindi.
L'aplogruppo E rimase originariamente in Africa e le sue pi alte frequenze si
riscontrano in Africa Sub-Sahariana occidentale (81%) e Etiopia (68%). Il sub-clade
E1a di origine africana e si disperse per tutto il Mediterraneo raggiungendo la
frequenza del 27% in Grecia. Anche E3b si trova nel sud-Europa. L'aplogruppo D si
trova soltanto in Asia, soprattutto nell'Himalaya e in Giappone, dove fu introdotto dai
primi colonizzatori.

Aplogruppi G-R (sub-clade di F)

Gli aplogruppi che discendono da F rappresentano il 90% della popolazione mondiale,
ma si distribuiscono quasi esclusivamente fuori dall'Africa sub-sahariana. I-J
corrisponde probabilmente a un'ondata migratoria dal Medio-Oriente o all'Asia
occidentale a partire da 45.000 anni fa, che si poi diffusa in Europa con l'uomo di
Cro-Magnon. L'aplogruppo G, originatosi anch'esso in Medio-Oriente, o nel Caucaso,
o forse pi a Est in Pakistan, intorno a 30.000 anni fa, secondo alcuni studi potrebbe
essersi diffuso in Europa nel Neolitico, oppure, vista la sua forte discontinuit, aver
raggiunto l'Europa gi nel Paleolitico. L'aplogruppo H si origin forse in India 3040.000 anni fa, dove persistette fino a ridiffondere in epoche storiche con i Gitani.
L'aplogruppo K si origin probabilmente nell'Asia sud-occidentale e da l si diffuse in
Africa, Eurasia, Australia e Sud-Pacifico.
Aplogruppo K (L-R)
L'aplogruppo L si trova principalmente nel sud dell'Asia. L'aplogruppo M
prevalente nelle isole Papua e Nuova Guinea. Gli aplogruppi N e O comparvero 3540.000 anni fa in Asia centrale. L'aplogruppo N si origin probabilmente in Mongolia
e si diffuse fino all'estremo Oriente e la Siberia come a ovest, essendo il gruppo pi
comune tra i popoli uralici. L'aplogruppo O si trova in estremo Oriente e Oceania.
L'aplogruppo P si trova soprattutto come sottotipi Q o R, raramente non differenziato.
Si evolse probabilmente nell'Asia centrale o nella regione di Altai. Anche l'aplogruppo
Q si origin nell'Asia centrale, migr verso est e raggiunse l'America del nord
attraverso lo stretto di Bering.
Aplogruppo I
L'aplogruppo I rappresenta circa un quinto dei cromosomi Y europei. quasi
esclusivo dell'Europa e pertanto si ritiene che si sia originato in quest'area prima
dell'ultima glaciazione. probabile che sia stato confinato nel rifugio balcanico
durante la glaciazione e che poi si sia ridiffuso verso nord con il ritiro dei ghiacciai.
Nonostante sia relativamente frequente negli Scandinavi, nei Sardi e nelle
popolazioni balcaniche, questi popoli presentano subcladi differenti dell'aplogruppo I.
Questo suggerisce che ognuna delle popolazioni ancestrali oggi dominata da un
particolare subclade che ha marcato una indipendente espansione della popolazione
lungo diversi percorsi migratori durante e immediatamente dopo la glaciazione.
I principali subcladi dell'aplogruppo I sono:
I1a (M253, M307, P30, P40) con le pi alte frequenze in Scandinavia, Islanda, e
Europa nord- orientale. Nelle Isole britanniche la mutazione I1a-M253 spesso usata
come marcatore delle invasioni vichinghe o anglosassoni.
I1b (S31) che include I1b1 (P37.2), la forma pi comune nei Balcani e in Sardegna
(dove rappresenta l'aplogruppo pi cospicuo nella variante I1b1b (M26)) e I1b2 che
raggiunge discrete frequenze lungo le coste nord-occidentali dell'Europa continentale

e in Sardegna. Dentro I1b2, si formato I-M284 in Europa nord-occidentale e Isole

Britanniche.
Aplogruppo R
Tutti gli aplotipi afferenti all'aplogruppo R condividono le mutazioni M207 (UTY2),
M306 (S1), S4, S8, S9 e possono essere suddivisi in due principali linee evolutive:
R1a e R1b.
La R1a potrebbe essersi originata nelle steppe euroasiatiche a nord del Mar Caspio e
del Mar Nero. associato alla cultura Kurgan, nota per la domesticazione del cavallo
(circa 5000 anni fa). Questa linea attualmente presente in Asia centrale e
occidentale, India, e nelle popolazioni slave dell'Europa orientale.
La linea R1b la pi comune nelle popolazioni europee. Nell' Irlanda occidentale
raggiunge una frequenza prossima al 100%. Si originata prima della fine dell'ultima
glaciazione e si concentrata nei rifugi del sud-Europa per poi riespandersi verso
nord con il progressivo mitigarsi del clima a partire da 14.000 anni fa.

Riepilogo delle mutazioni

che determinano i principali aplogruppi del cromosoma Y umano