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Struttura covalente di una catena desossiribonucleotidica (DNA)

covalente di una catena desossiribonucleotidica (DNA) desossiribonucleotide Struttura 1aria 5’-ACGT-3’
covalente di una catena desossiribonucleotidica (DNA) desossiribonucleotide Struttura 1aria 5’-ACGT-3’

desossiribonucleotide

Struttura 1aria

5’-ACGT-3’

5’-pApCpGpTOH-3

A C G T H H H H P
A
C
G
T
H
H
H
H
P

OH

Evidenze sperimentali che hanno portato alla struttura a doppia elica del DNA

DATI BIOFISICI: densità del DNA in una fibra

numero di filamenti e distanza tra i nucleotidi

PROFILI DI DIFFRAZIONE AI RAGGI X: natura elicoidale della struttura

dimensioni principali all’interno dell’elica (altezza, passo, etc)

REGOLE DI CHARGAFF:

la composizioni in basi del DNA varia da una specie all’altra

il DNA purificato da diversi tessuti della stessa specie ha la stessa composizione in basi

la composizione in basi del DNA di una specie non varia al variare dell’età o del suo stato nutrizionale o dell’ambiente circostante

in tutti i DNA analizzati, indipendentemente dalla specie, A = T, G = C e quindi (A + G) = (T + C)

regole di appaiamento delle basi

Struttura del DNA

-elica destrorsa catene antiparallele catene complementari

stabilizzata da: legami a H interazioni da impilamento interazioni elettrostatiche

5’

3’

solco minore o solco o 5’ 3’
solco
minore
o
solco
o
5’
3’

secondario

maggiore

principale

da impilamento interazioni elettrostatiche 5’ 3’ solco minore o solco o 5’ 3’ secondario maggiore principale
I solchi “maggiore” e “minore” nelle interazioni DNA-proteine i solchi forniscono informazioni di tipo chimico

I solchi “maggiore” e “minore” nelle interazioni DNA-proteine

i solchi forniscono informazioni di tipo chimico

Le basi azotate possono ruotare all’esterno della doppia elica

Le basi azotate possono ruotare all’esterno della doppia elica

Il DNA è una molecola “flessibile”

Il DNA è una molecola “flessibile”

Forme alternative della doppia elica

Forme alternative della doppia elica
Forme alternative della doppia elica

Strutture secondarie insolite del DNA

strutture “sequenza-specifiche”

Strutture secondarie insolite del DNA strutture “sequenza-specifiche” Struttura a forcina Struttura cruciforme
Strutture secondarie insolite del DNA strutture “sequenza-specifiche” Struttura a forcina Struttura cruciforme

Struttura a forcina

Struttura cruciforme
Struttura cruciforme

Strutture secondarie insolite del DNA

strutture “sequenza-specifiche”

Struttura scivolata
Struttura scivolata

Strutture secondarie insolite del DNA

strutture “sequenza-specifiche”

Struttura a “tripla elica”

insolite del DNA strutture “sequenza-specifiche” Struttura a “tripla elica” (o DNA H) Coppie di basi di

(o DNA H)

Coppie di basi di Hoogsteen
Coppie di basi
di Hoogsteen

Strutture secondarie insolite del DNA

strutture “sequenza-specifiche”

Struttura a “quartetti di G”

Strutture secondarie insolite del DNA strutture “sequenza-specifiche” Struttura a “quartetti di G”

Strutture secondarie insolite del DNA

strutture “sequenza-specifiche”

DNA curvo

Coppia Coppia A:T A:T Coppia Coppia A:T C:G Coppia Coppia A:T A:T Coppia A:T Coppia
Coppia
Coppia
A:T
A:T
Coppia
Coppia
A:T
C:G
Coppia
Coppia
A:T
A:T
Coppia
A:T
Coppia
C:G
Trascrizione del DNA
Trascrizione del DNA

Il DNA può subire una

“denaturazione”

(processo reversibile)

dei due filamenti

Replicazione del DNA

del DNA Il DNA può subire una “denaturazione” (processo reversibile) dei due filamenti Replicazione del DNA

La denaturazione e la rinaturazione del DNA

La denaturazione e la rinaturazione del DNA

Spettro di assorbimento del DNA

ssDNA dsDNA
ssDNA
dsDNA

Effetto

IPERCROMICO

1 0 OD

.

=

50

µg

d DNA

s

1.0 OD = 40 µg ssDNA

Curva di denaturazione del DNA
Curva di denaturazione del DNA

La denaturazione del DNA dipende dal contenuto di (G+C) e dalla forza ionica

La denaturazione del DNA dipende dal contenuto di (G+C) e dalla forza ionica bassa forza ionica

bassa

forza ionica

alta

forza ionica

La denaturazione del DNA dipende dal contenuto di (G+C) e dalla forza ionica bassa forza ionica

La TOPOLOGIA del DNA

Il SUPERAVVOLGIMENTO è un fenomeno:

- INTRINSECO ALLA STRUTTURA

- UBIQUITARIO

- REGOLATO

Il SUPERAVVOLGIMENTO è un fenomeno: - INTRINSECO ALLA STRUTTURA - UBIQUITARIO - REGOLATO Il NUMERO DI

Il NUMERO DI LEGAME “Lk”

Il SUPERAVVOLGIMENTO è un fenomeno: - INTRINSECO ALLA STRUTTURA - UBIQUITARIO - REGOLATO Il NUMERO DI
Lk = 105 bp/10,5 bp/giro 105 bp Lk = 10 Lk = 8 Lk =
Lk = 105 bp/10,5 bp/giro 105 bp Lk = 10 Lk = 8 Lk =
Lk = 105 bp/10,5 bp/giro
Lk = 105 bp/10,5 bp/giro
105 bp Lk = 10 Lk = 8 Lk = 12
105 bp
Lk = 10
Lk = 8
Lk = 12

Superavvolgimento

plectonemico

Superavvolgimento toroidale o a spirale

Il SUPERAVVOLGIMENTO del DNA

avviene quando

il DNA è PARZIALMENTE DISAVVOLTO

Lk = Twist + Writhe

105 bp L = 10 Tw = 10 Wr = 0 L = 9 Tw
105 bp
L = 10
Tw = 10
Wr = 0
L = 9
Tw = 10
Wr = -1
L = 9
Tw = 9
Wr = 0

Il superavvolgimento esiste in natura e ha un significato in vivo

a. formazione della cromatina negli eucarioti

in natura e ha un significato in vivo a. formazione della cromatina negli eucarioti b. compattazione
in natura e ha un significato in vivo a. formazione della cromatina negli eucarioti b. compattazione
in natura e ha un significato in vivo a. formazione della cromatina negli eucarioti b. compattazione

b. compattazione del DNA batterico

in natura e ha un significato in vivo a. formazione della cromatina negli eucarioti b. compattazione
in natura e ha un significato in vivo a. formazione della cromatina negli eucarioti b. compattazione

c. separazione delle catene della doppia catena

c. separazione delle catene della doppia catena replicazione superavvolgimenti positivi trascrizione superavvolgimenti
replicazione superavvolgimenti positivi trascrizione
replicazione
superavvolgimenti positivi
trascrizione

superavvolgimenti positivi

superavvolgimenti negativi

DNA topoisomerasi (di E. coli e degli eucarioti)

DNA topoisomerasi di classe I

rilassano superavvolgimenti negativi e positivi

ATP-indipendente

DNA topoisomerasi di classe II

rilassano superavvolgimenti negativi e positivi

ATP-dipendente

(eccezione DNA GIRASI in E.coli)

di classe II rilassano superavvolgimenti negativi e positivi ATP-dipendente (eccezione DNA GIRASI in E.coli)
di classe II rilassano superavvolgimenti negativi e positivi ATP-dipendente (eccezione DNA GIRASI in E.coli)
di classe II rilassano superavvolgimenti negativi e positivi ATP-dipendente (eccezione DNA GIRASI in E.coli)
di classe II rilassano superavvolgimenti negativi e positivi ATP-dipendente (eccezione DNA GIRASI in E.coli)
di classe II rilassano superavvolgimenti negativi e positivi ATP-dipendente (eccezione DNA GIRASI in E.coli)
di classe II rilassano superavvolgimenti negativi e positivi ATP-dipendente (eccezione DNA GIRASI in E.coli)
di classe II rilassano superavvolgimenti negativi e positivi ATP-dipendente (eccezione DNA GIRASI in E.coli)
di classe II rilassano superavvolgimenti negativi e positivi ATP-dipendente (eccezione DNA GIRASI in E.coli)
di classe II rilassano superavvolgimenti negativi e positivi ATP-dipendente (eccezione DNA GIRASI in E.coli)

Meccanismo d’azione di una DNA topoisomerasi di classe I

Meccanismo d’azione di una DNA topoisomerasi di classe I
Meccanismo d’azione di una DNA topoisomerasi di classe I
Meccanismo d’azione di una DNA topoisomerasi di classe I

DNA topoisomeri

(separazione elettroforetica su gel di agarosio)

DNA topoisomeri (separazione elettroforetica su gel di agarosio)

Altre reazioni catalizzate dalle DNA topoisomerasi

Altre reazioni catalizzate dalle DNA topoisomerasi