Struttura covalente di una catena desossiribonucleotidica (DNA)

desossiribonucleotide

Struttura 1aria
5-ACGT-3 5-pApCpGpTOH-3 A
H

C
H

G
H

T
H

OH P

Evidenze sperimentali che hanno portato alla struttura a doppia elica del DNA
DATI BIOFISICI: densit del DNA in una fibra numero di filamenti e distanza tra i nucleotidi PROFILI DI DIFFRAZIONE AI RAGGI X: natura elicoidale della struttura dimensioni principali allinterno dellelica (altezza, passo, etc) REGOLE DI CHARGAFF:
la composizioni in basi del DNA varia da una specie allaltra il DNA purificato da diversi tessuti della stessa specie ha la stessa composizione in basi la composizione in basi del DNA di una specie non varia al variare dellet o del suo stato nutrizionale o dellambiente circostante in tutti i DNA analizzati, indipendentemente dalla specie, A = T, G = C e quindi (A + G) = (T + C)

regole di appaiamento delle basi

Struttura del DNA

-elica destrorsa catene antiparallele catene complementari
5 3

stabilizzata da: legami a H interazioni da impilamento interazioni elettrostatiche

solco minore o secondario solco maggiore o principale

I solchi maggiore e minore nelle interazioni DNA-proteine

i solchi forniscono informazioni di tipo chimico

Le basi azotate possono ruotare allesterno della doppia elica

Il DNA una molecola flessibile

Forme alternative della doppia elica

Strutture secondarie insolite del DNA

strutture sequenza-specifiche

Struttura a forcina

Struttura cruciforme

Strutture secondarie insolite del DNA

strutture sequenza-specifiche

Struttura scivolata

Strutture secondarie insolite del DNA

strutture sequenza-specifiche
Struttura a tripla elica
(o DNA H)

Coppie di basi di Hoogsteen

Strutture secondarie insolite del DNA

strutture sequenza-specifiche

Struttura a quartetti di G

Strutture secondarie insolite del DNA

strutture sequenza-specifiche
DNA curvo

Coppia A:T

Coppia A:T Coppia C:G Coppia A:T Coppia A:T Coppia A:T

Coppia A:T Coppia C:G

Il DNA pu subire una

denaturazione
(processo reversibile)

dei due filamenti

Replicazione del DNA Trascrizione del DNA

La denaturazione e la rinaturazione del DNA

Spettro di assorbimento del DNA

ssDNA

Effetto IPERCROMICO 1.0 OD = 50 1.0 OD = 40 g dsDNA g ssDNA

dsDNA

Curva di denaturazione del DNA

La denaturazione del DNA dipende dal contenuto di (G+C) e dalla forza ionica
bassa forza ionica alta forza ionica

La TOPOLOGIA del DNA Il SUPERAVVOLGIMENTO un fenomeno:

- INTRINSECO ALLA STRUTTURA - UBIQUITARIO - REGOLATO
Il NUMERO DI LEGAME Lk

Lk = 105 bp/10,5 bp/giro

105 bp

Superavvolgimento plectonemico

Lk = 10

Lk = 8

Lk = 12 Superavvolgimento toroidale o a spirale

Il SUPERAVVOLGIMENTO

del DNA
avviene quando il DNA PARZIALMENTE DISAVVOLTO

105 bp

Lk = Twist + Writhe

L = 10 Tw = 10 Wr = 0 L = 9 Tw = 9 Wr = 0

L = 9 Tw = 10 Wr = -1

Il superavvolgimento esiste in natura e ha un significato in vivo

a. formazione della cromatina negli eucarioti

b. compattazione del DNA batterico

c. separazione delle catene della doppia catena

replicazione

superavvolgimenti positivi trascrizione

superavvolgimenti negativi

superavvolgimenti positivi

DNA topoisomerasi (di E. coli e degli eucarioti)

DNA topoisomerasi di classe I
rilassano superavvolgimenti negativi e positivi

ATP-indipendente

DNA topoisomerasi di classe II

rilassano superavvolgimenti negativi e positivi

ATP-dipendente
(eccezione

DNA GIRASI

in E.coli)

Meccanismo dazione di una DNA topoisomerasi di classe I

DNA topoisomeri

(separazione elettroforetica su gel di agarosio)

Altre reazioni catalizzate dalle DNA topoisomerasi