Barnabei Remo

Dirigente Biologo

A.S.L. n. 1 Avezzano, Sulmona, LAquila Ospedale Civile S. Salvatore U.O. Medicina di Laboratorio

Lezioni di microbiologia aa 2012-2013

Microbiologia: definizione
Il termine microbiologia deriva dal greco mm = 10-3 m che significa piccolo m = 10-6 m nm = 10- 9 m - che significa vita = 10-10 m - che significa studio Ed lo studio dei microgranismi, che sono organismi microscopici*, unicellulari, talvolta riuniti in cluster di cellule ma non organizzati in tessuti . * cio al di sotto del potere risolutivo dell occhio
umano in quanto le loro dimensione sono di 1 10 .

Posizione dei Protisti nel mondo vivente

Homo sapiens

piante eucarioti animali

alghe

funghi
lieviti

protozoi
Muffe mucillaginose

Potere risolutivo dellocchio umano: circa 0,2 mm

eucarioti

PROTISTI SUPERIORI
vero nucleo-non organizzati in tessuti

alghe batteri archeobatteri azzurre procarioti

PROTISTI INFERIORI o MONERA
privi d membrana nucleare

Microbiologia: studia i batteri, i lieviti e organismi non strettamente classificabili come viventi: virus e prioni PRoteinaceus Infective ONly element pirivi di acidi nucleici

Genoma batterico (E. coli): 5 x 106 paia di basi unico filamento di DNA lungo 1,3 mm

Organismo umano: 100 trilioni di cellule DNA = 20x distanza Terra-Sole-Terra Diametro nucleo = circa 5

DNA codificante = 2.5-3 % (1.5% ??) 3 x 109 bp 30.000/40.000 geni 100.000 proteine 99.9 99.5% identico in ciascun individuo 0.1-0.5% (13-15.000.000 basi) determina variabilit (1-5 nt ogni 1.000)

Microbiologia: studia batteri, lieviti, virus, prioni.

Lieviti: microscopia ottica a fresco Batteri Escherichia coli 1 di lunghezza batterio presente nellintestino umano-microscopia elettronica

HBV- particella di Dane 42 nm -ME

Prioni particelle infettive solamente proteiche in CJD

Biomassa totale dei viventi: 560 bilioni di tonnellate di Carbonio

1200 1000 800 600 400 200 0 uomo
Biomasse umide espresse in milioni di tonnellate

4-6 x 1030 cellule

piante

Euphausia procarioti superba

Specie animale pi diffusa - 0,66 % della biomassa totale della terra

Spugna da cucina: batteri e lieviti al M.E. 10.000 microrganismi ogni 6 cm di tessuto.

Quanti sono? Il suolo stesso un organismo vivente:

In circa 10 grammi il numero pu superare 9 miliardi.

Batteri

Numericamente pi abbondanti: 106-108 per grammo Maggior numero Gram-positivi Biomassa 50% biomassa totale Gram + Gram -

Funghi microscopici

Alghe
Protozoi
1% dei microrganismi

Ecologia delle popolazioni microbiche del suolo

Microrganismi del suolo:

Chi sono?
Quanti sono? Dove vivono? Come vivono? Cosa fanno?

Batteri

Maggioritari Antibiotici Micorrize Fotosintesi Predatori

Attinomiceti
Funghi Alghe

Protozoi

Breve storia dell Microbiologia Europa XVII secolo

generazione spontanea

Gli organismi viventi nascono da altri a loro simili, creati inizialmente da Dio (Genesi), ma i viventi inferiori (dai topi in gi) possono anche formarsi da fango, materiale in putrefazione

UN PO DI STORIA
Antoni Van Leeuwenhoek 1632- 1723
Athanasius Kircher 1602 - 1680 Primo micobiologo sperimentale della storia-con le osservazioni al microscopio fu il primo a ipotizzare la eziologia battrica della peste Francesco Redi 1626 1698 Confut la teoria della generazione spontanea dimostrando che i vermi della carne in putrefazione sono stadi larvali di mosche Franois Appert Applic gli studi di Spallanzani ideando la conservazione in scatola dei cibi. Luis Pasteur 1822-1895 Con i suoi studi sconfisse definitivamente la teoria della generazione spontanea Robert Koch 1843-1910 Riusc per la prima volta ad osservare i microrganismi, grazie a un primo microscopio rudimentale

Lazzaro Spallanzani 1729 1799 Studi leffetto della sterilizzazione e la conservazione degli infusi in contenitori sigillati

Studi e dimostr la relazione tra microrganismi e malattie- tubercolos carbonchio

J.-B. van Helmont Ortus medicinae 1667 topi da panni sporchi di sudore e chicchi di grano

F. Redi Esperienze intorno alla generazione degli insetti 1668 mosche da anguillette dArno, taglio di vitella etc.?

Antoni van Leeuwenhoek (16321723) inventa il microscopio Fino a 300 ingrandimenti animalculae

Microorganismi da brodo di carne o infusioni di erbe ?

John Needham (1713-1781) S Ebollizione breve di brodo con raffreddamento in contenitori scoperti forza vegetativa che produce generazione spontanea

Lazzaro Spallanzani (1729-1799) No se bolli unora e sigilli bene

Il dibattito continua e si conclude

Felix Pouchet (1800-1872), nel 1858 esperimenti con infusioni di fieno: si formano microorganismi

Louis Pasteur (1829-1895), ripete gli esperimenti e nel 1862: dimostra che non si formano, se

Il mondo dei microrganismi

Charles Darwin (1809-1882) Lorigine delle specie 1859

Vi qualcosa di grandioso in questa concezione della vita, con i suoi diversi poteri impressi (dal Creatore) in poche forme, in una forma sola; e nel fatto che,.,da un cos semplice inizio innumerevoli forme, bellissime e meravigliose, si sono evolute e continuano ad evolversi.

Lettera a un amico

1871

Ma anche se (e quale grosso se!) noi potessimo concepire che in qualche piccolo stagno, in presenza di ogni sorta di sali di ammonio e di fosforo, di luce, calore, elettricit, etc,si sia venuto a formare un composto proteico, pronto a subire ulteriori pi complesse trasformazioni, al giorno doggi tale materiale verrebbe immediatamente divorato o assorbito, il che non sarebbe potuto accadere prima che esseri viventi facessero la loro comparsa.

Aleksandr Oparin (1894-1980)

Una lunga evoluzione chimica della materia, dai composti semplici presenti inizialmente, ha portato ai composti organici e quindi ai viventi primitivi (prima pubblicazione 1924, trad. inglese 1938)

John Haldane (1892-1964)

-Nellatmosfera primitiva sintesi di piccole molecole organiche -brodo (zuppa) primordiale nel quale si formano molecole pi complesse -da assemblaggio casuale la prima cellula (breve articolo 1929)

 Latmosfera primordiale probabilmente conteneva H2O, CO, CO2, N2, e forse anche CH4 eNH3 (ambiente fortemente riduttivo), mentre lossigeno era scarso o assente. Lattivit vulcanica e le radiazioni ultraviolette dovevano essere molto intense.

Figura 32.1A

Esperimento di Stanley Miller 1953 - allievo del premio Nobel H. C. Urey che aveva ipotizzato la atmosfera riducente
simulazione sistema atmosfera/oceanosulla Terra primitiva

Dopo una settimana: numerosi composti organici, tra i quali alcuni amminoacidi
Glicina Alanina

Esperimento di Joan Or 1960 Formazione di adenina da cianuro di ammonio in acqua a 90 C, per qualche giorno (simulazione)

I coacervati
Il biochimico sovietico Alexander Oparin 1894-1980) fu il primo a ipotizzare che latmosfera riducente entrando in soluzione negli oceani primitivi caldi hot sup avrebbe potato alla formazione di molecole complesse in grado di aggregarsi grazie aalla grande quantit di energia disponibile e alla presenza di catalizzatori inorganici quali fanghi e argille. Le macromolecole formatesi si sarebbero aggregate in formazioni sferoidali, i coacervati, che sarebero rimasti isolati dalle acque essendo di natura idrofobica, coe le goccioline di olio rimangno isolate nell acqua. I coacervati continuando ad accumulare macromolecole, crescevano e i dividevano dopoaver vinto la tesione superficiale

A) Le piogge danno origine al brodo primordiale che contiene gli elementi indispensabili alla vita

B) Nel brodo primordiale si formano le prime molecole proteiche

C) Dalle molecole proteiche si formano i coacervati

D) Nei coacervati si formano gli acidi nucleici che permettono a queste strutture di riprodursi: nasce la cellula, il primo essere vivente

Per la cellula eucariotica per la sintesi e attivit di Acidi nucleici (DNA e RNA) sono necessarie proteine (enzimi) Ipotesi per cellula primitiva : un solo acido nucleico capace di funzionare anche come enzima
Mondo a RNA (1968)
Sintesi prebiotica di ribosio (RNA) pi facile di quella di desossiribosio (DNA), etc

Leslie Orgel
Francis Crick Carl Woese (Walter Gilbert)

Nel 1982 scoperti RNA che agiscono come enzimi

Il mondo dei microrganismi

La Terra Primordiale
Bombardamento meteoritico Finestra di tempo prebiogenetica 4,6*109 anni fa 4,0*109 3,6*109 3,4*109 anni fa

Formazione della Terra

Evidenza vita cellulare

Batteri fotosintetici

Il pi vecchio fossile data 3,6 miliardi di anni (sedimento Australiano,gi complesso) Sedimenti pi antichi metamorfizzati,impossibile trovare traccia di vita anche se ci fosse stata 3,4 miliardi di anni fa, Sud Africa, organismi fotosintetici Sviluppo rapidissimo

i cianobatteri sono batteri fotosintetici che vivono solitari o formano colonie. Si sono formati nel Precambriano (3,4 miliardi di anni fa) probabilmente hanno creato latmosfera con O2

Gli eucarioti compaiono 1,4 miliardi di anni fa

Protisti inferiori

Protisti superiori

Gli archei o archeobatteri sono comuni negli ambienti estremi, come fanghi non ossigenati, laghi salati, sorgenti calde, sorgenti marine idrotermali e il sistema digerente di certi animali. Sono numerosi e abbondanti anche nelle acque oceaniche.

Thermus aquaticus: batterio termofilo scoperto nelle pozze di acqua calda del Parco Nazionale di Yellowstone (Wyoming U.S.A.). Possiede una DNA-polimerasi termostabile taq polimerase) usata nella reazione di P.C.R. K.B. Mullis 1985

Potere risolutivo:

Occhio umano: 0,2 mm

Microscopio ottico: 0,2 Microscopio elettronico: 10

SCALA DI GRANDEZZE
100 10 1 100m 10m 1m (nm)

1 cm

1 mm

Limite del microscopio ottico

Limite dellocchio umano

Limite del microscopio elettronico

Equivalente in

10.000

1000

100

10

0.1

0.01

0.001

0.0001

Ordine di grandezza

mosca (grossi insetti)

pulce (piccoli insetti)

paramecio

lieviti

batteri

grossi virus

piccoli virus

molecole

atomi

gl. rossi cellule sangue alghe microscopi che

Il microscopio ottico

NA = Apertura numerica

Endospora

A volte i batteri si presentano come spore: forme di resistenza allambiente sfavorevole di dimensioni ridotte.

TEM 34 000

Microscopia a fluorescenza

Microscopio elettronico: sfrutta come fascio di luce gli elettroni che hanno << alla luce visibile.

Identificazione microbica
Batteri Gram-negativi
Prove biochimiche: TSI agar Indolo e/o Mobilit in SIM agar

Gallerie API 20 E Gallerie API 20 NE Gallerie API NH

ELISA: ELISA:metodologia metodologia

ELISA: metodologia