LA CHIMICA DELLA CELLULA

Nel XIX sec. si pensava che gli animali contenessero una forza vitale cui dovevano la loro peculiarit. Oggi sappiamo che in un organismo vivente nulla contraddice le leggi della chimica e della fisica.

Nella chimica della cellula: - Sono molto abbondanti i composti del carbonio - Quasi tutte le reazioni avvengono in fase acquosa - Tutti gli organismi sono sistemi chimici complessi - Vi sono molecole polimeriche enormi formate da tante subunit concatenate - Vi sono reazioni altamente controllate

La struttura dellatomo
La particella pi piccola di un elemento che ne conservi le propriet distintive. Le caratteristiche delle sostanze dipendono da quali atomi sono presenti e da come sono raggruppati a formare le molecole.

La struttura dellatomo
Carichi Carico + Composto da protoni (+) e neutroni

I neutroni sono particelle subatomiche prive di carica, contribuiscono alla stabilit del nucleo, ma non alterano le propriet dellatomo

Un protone ha carica = e contraria a quella di un elettrone. un ATOMO e NEUTRO elettricamente, il numero di elettroni uguale a quello dei protoni

A seconda del numero di neutroni un elemento pu esistere in diverse forme chimicamente identiche ma fisicamente distinguibili, gli isotopi. Ogni isotopo ha lo stesso numero di protoni ma un numero diverso di neutroni. Carbonio 12 (6 protoni, 6 neutroni) Carbonio 14 (6 protoni, 8 neutroni)

La struttura dellatomo
Numero atomico = numero dei protoni nucleari Massa atomica= numero dei protoni+neutroni

La massa di un atomo o di una molecola si esprime in Dalton, unit di massa atomica circa uguale alla massa di un atomo di idrogeno. Gli atomi sono molto piccoli, carbonio 0,2nm di diametro.

I protone o un neutrone hanno massa di circa 1/(6x1023) grammi. Lidrogeno ha un solo protone con massa atomica 1, per cui un grammo di idrogeno contiene 6x1023 atomi. Carbonio ha 6 protoni con massa atomica di 12, per cui 12 grammi di carbonio contengono 6x1023 atomi. 6x1023 il numero di Avogadro, fattore di scala che descrive la relazione tra le quantit che si usano nella vita e il numero dei singoli atomi o molecole che le compongono.

In natura esistono 92 elementi ma solo 4 costituiscono il 96,5% della massa dei viventi: C, O, H, N

Gli elettroni
Gli atomi si uniscono a formare le molecole per ricollocamenti degli elettroni. I protoni ed i neutroni rimangono strettamente associati tra loro nel nucleo. Gli elettroni si muovono di continuo intorno al nucleo. Gli elettroni possono esistere solo in certi stati discreti di moto (orbite) e il numero di elettroni che si pu sistemare in una data orbita (strato o guscio elettronico) strettamente limitato

Gli elettroni
Gli elettroni che sono pi vicini al nucleo di carica positiva sono maggiormente attratti ed occupano lo strato interno che pu contenere al massimo 2 elettroni. Il secondo strato pi distante dal nucleo e i suoi elettroni risentono meno dellattrazione nucleare, pu contenere fino a 8 elettroni. Il terzo strato pu contenere fino a 8 elettroni. Il quarto ed il quinto fino a 18 elettroni. La disposizione degli elettroni pi stabile quanto pi essi risentono dellattrazione nucleare, occupando lo strato pi interno possibile.

Gli elettroni
Gli atomi con il guscio esterno tutto occupato da elettroni sono stabili.

Gli atomi con un guscio esterno incompleto hanno forte tendenza ad interagire con altri atomi, in modo da guadagnare o perdere elettroni per completare lo strato pi esterno. Lo scambio di elettroni si pu realizzare trasferendoli da un atomo allaltro (legame ionico) o mediante condivisione di elettroni (legame covalente).

I legami ionici
Tipico tra atomi che hanno solo uno o due elettroni nel loro strato pi esterno e quelli cui mancano solo uno o due elettroni per completare lo strato esterno.

In forza delle loro cariche opposte Na+ e Cl- si attraggono e li unisce un legame ionico. Le sostanza tenute insieme da legami ionici puri sono dette Sali. I legami ionici sono un tipo di attrazione elettrostatica, forza attrattiva che si stabilisce tra due atomi di carica opposta. Gli ioni interagiscono con lacqua (polare), i sali sono idrosolubili, si dissociano nei singoli ioni ciascuno avvolto da un alone di molecole di acqua.

I legami ionici
Interazioni fra componenti cariche-ioni

I legami covalenti
Una molecola un aggregato di atomi tenuti insieme da legami covalenti, in cui gli elettroni vengono condivisi tra gli atomi.

I legami covalenti
Un legame covalente caratterizzato da una distanza di legame e da una forza di legame, definita come la quantit di energia necessaria per romperlo, espressa in Kcal/mole o KJoule/mole. (mole= X grammi di una sostanza, X la massa molecolare, una mole contiene 6x1023molecole di sostanza, 1 mole di carbonio ha massa di 12 g). Una Kilocaloria la quantit necessaria per innalzare di un grado la temperatura di 1L di acqua.

La maggior parte dei legami covalenti comporta la condivisione di due elettroni, ciascuno donato da uno dei partecipanti= legame singolo. In alcuni legami covalenti vengono condivisi pi di un paio di elettroni. Legame doppio= condivisione di 4 elettroni

Alcune molecole contengono atomi che condividono elettroni in modo da stabilire dei legami che hanno carattere intermedio tra i legami singoli e i doppi legami.

Per rompere un legame covalente necessaria energia (LEGAMI STABILI). Se il legame covalente tra due atomi dello stesso elemento la coppia di e- ugualmente distribuita. Altrimenti gli e- tendono a localizzarsi pi vicino allatomo che ha la maggiore forza di attrazione (ELETTRONEGATIVO) es. N e O. Il legame si definisce polare, in cui la carica positiva concentrata da una parte (polo+) e quella negativa dallaltra (polo-).

Molecole polari e non polari

Ossigeno forma legami covalenti con 2 atomi di H a dare H2O. Nella molecole di H2O i legami si dicono polarizzati: lossigeno attrae gli e- con maggiore forza degli atomi di Idrogeno. Lossigeno ha una carica parzialmente e idrogeno ha una carica parzialmente positiva. Le molecole come H2O si dicono POLARI. (ALTAMENTE REATTIVE) LE MOLECOLE BIOLOGICHE POLARI CONTENGONO N,O,S. Le altre molecole si dicono NON POLARI. (INERTI)

Lacqua
70% in peso della cellula. La maggior parte delle reazioni cellulari avviene in acqua. 2 atomi H sono legati ad O tramite legami covalenti fortemente polari

Lacqua
Quando la regione carica + di una molecola dacqua si trova vicino ad una carica di unaltra molecola di acqua, la reciproca attrazione elettrostatica pu dar luogo ad un legame Idrogeno. E un legame debole, si rompe facilmente per agitazione termica ed ha durata brevissima. Leffetto complessivo di molti legami deboli non trascurabile, ogni molecola di acqua pu formare 2 legami idrogeno con altre 2 molecole, si forma una rete di legami che si formano e si rompono. Sono legami deboli, ma additivi.

Il legame idrogeno
Il legame idrogeno si pu stabilire quando un H con carica+, trattenuto in un legame covalente polare, si trovi vicino ad un atomo carico (O,N) facente parte di unaltra molecola. Legami H possono anche essere presenti tra parti diverse di una stessa molecola voluminosa per stabilizzarla

Quando una molecola che contiene un legame covalente polare tra un H ed un altro atomo si scioglie in acqua, H ha ceduto in gran parte il suo elettrone allatomo a cui si legato e si presenta come un nucleo di H quasi nudo e carico + , un protone H+. Quando lacqua avvolge la molecola polare, il protone viene attratto dalla carica posta sullossigeno della molecola di acqua e si pu dissociare dallatomo a cui era legato per formare H3O+ (ione idronio)

Le sostanze che liberano protoni per dare H3O+ quando si sciolgono in acqua si chiamano acidi. Quanto pi la concentrazione di H3O+ aumenta, tanto pi acida la soluzione. La concentrazione di H3O+ viene espressa come scala logaritmica pH.

I legami NON covalenti

Caratterizzati da forze di attrazione fra atomi caratterizzati da carica opposta. Permettono interazioni fra molecole diverse. Sono legami deboli Utilizzati in interazioni dinamiche. Legami ionici Legami H Forze idrofobiche Attrazioni di Van der Waals

Interazioni idrofobiche
Interazioni idrofobiche: composti NON polari (IDROFOBICI) in acqua, tendono ad aggregarsi per minimizzare le interazioni con H2O.

Le forze di van der Waals

A distanza ravvicinata la repulsione tra due atomi enorme. Latomo pu essere visto come sfera di raggio fisso. La distanza di contatto tra due atomi non uniti a legami covalenti pari alla somma dei loro raggi (raggi di Van der waals). A distanza ravvicinata i due atomi mostrano debole tendenza a legarsi per fluttuazione di carica. Nelle molecole non polari vi possono essere asimmetrie transienti nella distribuzione di e- che danno luogo a separazioni momentanee della carica (dipolo). Se due molecole con dipoli transienti sono vicine vi saranno deboli forze attrattive.

Le molecole biologiche
Macromolecole: formano le strutture delle cellule e svolgono le attivit principali. Molecole di grandi dimensioni e altamente organizzate. Ne esistono 4 classi: carboidrati-proteine-acidi nucleici (polimeri) lipidi

Le molecole biologiche
Polimeri:molte unit sono prodotti attraverso lunione di unit pi piccole, i monomeri. I monomeri che costituiscono il polimero hanno strutture chimiche simili. Il modo in cui le macromolecole funzionano e interagiscono con altre molecole dipende dalle propriet dei gruppi chimici, i gruppi funzionali

I gruppi pi ricorrenti sono -CH3 metile -OH ossidrile -COOH carbossilico C=O carbonile -PO2-3 fosfato

Gli isomeri sono molecole che hanno la stessa formula chimica e numero di atomi, ma con una diversa disposizione. Isomeri di struttura differiscono nel modo in cui i loro atomi sono tenuti insieme Isomeri ottico caratterizzati dalla presenza di un atomo di carbonio che lega 4 diversi atomi o gruppi di atomi. Questo consente due diverse disposizioni di legame, ognuna limmagine speculare dellaltra.

Le macromolecole
Ogni polimero cresce per reazioni di condensazione

La reazione catalizzata da enzimi specifici che garantiscono la sintesi corretta. La maggior parte dei legami covalenti singoli consente rotazione, per cui una catena polimerica flessibile, sono permessi cambi conformazionali. I legami non covalenti deboli vincolano la struttura.

I carboidrati
Zuccheri semplici o polisaccaridi. Glucosio uno dei principali nutrienti della cellula. Polisaccaridi sono una forma di accumulo di zuccheri, componenti strutturali, processi di riconoscimento cellulare e adesione.

I monosaccaridi
Formula base (CH2O)n

Il glucosio si pu trasformare in uno zucchero diverso semplicemente modificando lorientazione di certi gruppi OH nella molecola

Ciascuno zucchero pu conformazioni speculari

assumere

due

Legame glicosidico

PRODOTTO E OLIGOSACCARIDE O POLISACCARIDE

Glucosio : demolito per liberare energia polimerizzato per immagazzinare energia

Funzioni zuccheri
Energia e metabolismo Strutturali (cellulosa) Legati a proteine per segnali e adesioni

I polisaccaridi
Glicogeno e amido, forme di accumulo dei carboidrati nelle cellule animali e vegetali. Costituiti da glucosio nella configurazione a. Legame principale 1 4. Esistono legami 1 6, creano ramificazioni (glicogeno e amilopectina) Amilosio una catena lineare La cellulosa costituita da glucosio in conformazione b, forma la parete della cellula vegetale.

Gli oligosaccaridi
Spesso legati a proteine (ripiegamento) Marcatori per trasporto proteico Marcatori della superficie cellulare

I LIPIDI

I LIPIDI
3 funzioni principali: - Accumulo energetico - Maggiori componenti delle membrane cellulari - Segnalazioni cellulari (ormoni-messaggeri)

Gli acidi grassi

Lipidi pi semplici: SATURI E INSATURI Molecole Anfipatiche

Grassi o triacilgliceroli
Idrofobici Fonte di energia

I fosfolipidi
Costituenti delle membrane cellulari MOLECOLE ANFIPATICHE

GLI ACIDI NUCLEICI

DNA e RNA: MOLECOLE INFORMAZIONALI DNA= acido desossiribonucleico RNA= acido ribonucleico (mRNA-tRNA-rRNA) Polimeri di NUCLEOTIDI (BASI+ZUCCHERI FOSFORILATI) Nucleosidi = anello azotato + zucchero a 5 carboni Nucleoside + gruppo fosfato= nucleotide

 Nucleotide= nucleoside+gruppi P al carbonio in posizione 5

La polimerizzazione dei nucleotidi

Legami FOSFODIESTERICI tra il P legato al 5 di un nucleotide e il gruppo OH legato al carbonio 3 dello zucchero di un altro nucleotide. Allestremit 5 del filamento c P, a quella 3 c OH. I polinucleotidi sono sintetizzati da 5 a 3

DNA
Molecola a doppio filamento con direzioni opposte (ANTIPARALLELI). I filamenti sono uniti dai legami H tra le basi complementari DNA e RNA sono capace di autoreplicazione

Funzioni nucleotidi
Struttura ACIDI NUCLEICI Costituente di ATP Trasportatori di energia o di gruppi reattivi Molecole segnale

LE PROTEINE
Eseguono i compiti portati dalle informazioni genetiche Polimeri di 20 amminoacidi diversi

4 categorie di amminoacidi
AA NON POLARI- non interagiscono con acqua

Le proteine si dispongono in conformazione 3D determinata dalla sequenza primaria. La struttura ripiegata detta conformazione. La proteina ha una conformazione stabile in cui ha la minima energia libera, ma pu avere differenti conformazioni. Le informazioni per il corretto ripiegamento sono contenute nella sequenza. Esistono proteine che aiutano nel ripiegamento, chaperones.

Struttura delle proteine

PRIMARIA: sequenza amminoacidica SECONDARIA: disposizione degli AA in regioni localizzate della proteina

a-elica
Una regione si avvolge su se stessa Legame H tra gruppo CO con NH di un altro legame peptidico

Foglietto b-pieghettato
2 porzioni di catena giacciono a fianco tenute insieme da legami H

Struttura terziaria
Ripiegamento della catena polipeptidica dovuto alle interazioni tra le catene laterali. Struttura compatte dette DOMINI

Struttura quaternaria
Interazioni tra catene polipeptidiche differenti

Dominio proteico parte di proteina che pu ripiegarsi indipendentemente in una struttura compatta e stabile. Vari domini hanno varie funzioni. Le proteine possono aggregarsi in filamenti strati o globuli