Barnabei Remo

Dirigente Biologo

A.S.L. n. 1 Avezzano, Sulmona, LAquila
Ospedale Civile S. Salvatore
U.O. Medicina di Laboratorio

Lezioni di microbiologia
aa 2012-2013

Microbiologia: definizione
Il termine microbiologia deriva dal greco
che significa piccolo
- che significa vita
- che significa studio
Ed lo studio dei microgranismi, che sono organismi
microscopici*, unicellulari, talvolta riuniti in cluster
di cellule ma non organizzati in tessuti .

* cio al di sotto del potere risolutivo dell occhio
umano in quanto le loro dimensione sono di 1 10 .
mm = 10
-3
m
m = 10
-6
m
nm = 10
- 9
m
= 10
-10
m
Microbiologia: studia i batteri, i lieviti e
organismi non strettamente
classificabili come viventi: virus e
prioni PRoteinaceus Infective ONly
element pirivi di acidi nucleici
piante
animali
funghi
Muffe
mucillaginose
protozoi
alghe
alghe
azzurre
batteri archeobatteri
PROTISTI SUPERIORI
vero nucleo-non organizzati in tessuti
PROTISTI INFERIORI
o MONERA
privi d membrana nucleare
Potere risolutivo
dellocchio umano:
circa 0,2 mm
Posizione dei Protisti nel mondo vivente
lieviti
eucarioti
eucarioti
procarioti
Homo sapiens
Genoma batterico (E. coli): 5 x
10
6
paia di basi unico filamento
di DNA lungo 1,3 mm
Organismo umano:
100 trilioni di cellule
DNA = 20x distanza Terra-Sole-Terra

Diametro nucleo = circa 5


DNA codificante = 2.5-3 % (1.5% ??)
3 x 10
9
bp

30.000/40.000 geni

100.000 proteine

99.9 99.5% identico in ciascun individuo

0.1-0.5% (13-15.000.000 basi) determina variabilit
(1-5 nt ogni 1.000)
Microbiologia: studia batteri, lieviti, virus, prioni.
Batteri
Escherichia coli 1 di lunghezza
batterio presente nellintestino
umano-microscopia elettronica
HBV- particella di
Dane 42 nm -ME
Prioni particelle
infettive
solamente
proteiche in CJD
Lieviti: microscopia
ottica a fresco
0
200
400
600
800
1000
1200
uomo piante Euphausia
superba
procarioti
Specie animale pi
diffusa - 0,66 % della
biomassa totale della
terra
Biomassa totale dei viventi: 560 bilioni di
tonnellate di Carbonio
Biomasse umide
espresse in milioni di
tonnellate
4-6 x 10
30
cellule
Spugna da cucina: batteri e lieviti al M.E. 10.000 microrganismi ogni
6 cm di tessuto.
Quanti sono?
Batteri
Biomassa 50% biomassa totale
Alghe
Protozoi
1% dei microrganismi
Il suolo stesso un organismo vivente:
In circa 10 grammi il numero
pu superare 9 miliardi.
Funghi
microscopici
Maggior numero Gram-positivi
Gram + Gram -
Numericamente pi abbondanti: 10
6
-10
8
per grammo
Ecologia delle popolazioni microbiche del suolo
Microrganismi del suolo:
Quanti sono? Dove vivono? Come vivono? Cosa fanno?
Batteri
Attinomiceti
Funghi
Alghe
Protozoi
Chi sono?
Maggioritari
Antibiotici
Micorrize
Fotosintesi
Predatori
Breve storia dell Microbiologia

Europa - XVII secolo
generazione spontanea

Gli organismi viventi nascono da altri a loro simili, creati
inizialmente da Dio (Genesi), ma i viventi inferiori (dai
topi in gi) possono anche formarsi da fango, materiale
in putrefazione





UN PO DI STORIA
Primo micobiologo
sperimentale
della storia-con le osservazioni al microscopio fu il primo
a ipotizzare la eziologia battrica della peste
Athanasius Kircher 1602 - 1680
Luis Pasteur 1822-1895
Con i suoi studi sconfisse
definitivamente la teoria
della generazione spontanea
Robert Koch 1843-1910
Studi e dimostr la relazione
tra microrganismi e malattie- tubercolosi
carbonchio
Antoni Van Leeuwenhoek 1632- 1723
Riusc per la prima volta ad
osservare i microrganismi, grazie a
un primo microscopio rudimentale
Francesco Redi 1626 1698
Confut la teoria della
generazione spontanea
dimostrando che i vermi
della carne in putrefazione
sono stadi larvali di mosche
Lazzaro Spallanzani 1729 1799
Studi leffetto della
sterilizzazione e
la conservazione degli
infusi in contenitori
sigillati
Franois Appert
Applic gli studi di Spallanzani
ideando la conservazione in scatola
dei cibi.
J.-B. van Helmont
Ortus medicinae 1667
topi da panni sporchi di sudore e chicchi
di grano
F. Redi
Esperienze intorno alla
generazione degli insetti
1668
mosche da anguillette dArno,
taglio di vitella etc.?
Antoni van Leeuwenhoek (1632-
1723) inventa il microscopio
Fino a 300 ingrandimenti
animalculae
Microorganismi da brodo di carne o infusioni di erbe ?
John Needham (1713-1781) S
Ebollizione breve di brodo con
raffreddamento in contenitori scoperti
forza vegetativa che produce generazione
spontanea




Lazzaro Spallanzani (1729-1799) No
se bolli unora e sigilli bene
Il dibattito continua e si conclude
Felix Pouchet (1800-1872), nel 1858
esperimenti con infusioni di fieno:
si formano microorganismi
Louis Pasteur (1829-1895), ripete gli
esperimenti e nel 1862:
dimostra che non si formano, se

Il mondo dei microrganismi
Lorigine delle specie 1859
Vi qualcosa di grandioso in questa concezione della vita, con i suoi
diversi poteri impressi (dal Creatore) in poche forme, in una forma
sola; e nel fatto che,.,da un cos semplice inizio innumerevoli
forme, bellissime e meravigliose, si sono evolute e continuano ad
evolversi.

Lettera a un amico 1871
Ma anche se (e quale grosso se!) noi potessimo concepire che in
qualche piccolo stagno, in presenza di ogni sorta di sali di ammonio
e di fosforo, di luce, calore, elettricit, etc,si sia venuto a formare
un composto proteico, pronto a subire ulteriori pi complesse
trasformazioni, al giorno doggi tale materiale verrebbe
immediatamente divorato o assorbito, il che non sarebbe potuto
accadere prima che esseri viventi facessero la loro comparsa.

Charles Darwin (1809-1882)
Aleksandr Oparin (1894-1980)
Una lunga evoluzione chimica della materia, dai composti semplici
presenti inizialmente, ha portato ai composti organici e quindi ai
viventi primitivi (prima pubblicazione 1924, trad. inglese 1938)
John Haldane (1892-1964)
-Nellatmosfera primitiva sintesi di piccole molecole organiche
-brodo (zuppa) primordiale nel quale si formano molecole pi
complesse
-da assemblaggio casuale la prima cellula (breve articolo 1929)
Latmosfera primordiale probabilmente conteneva
H
2
O, CO, CO
2
, N
2
, e forse anche CH
4
eNH
3
(ambiente fortemente riduttivo), mentre lossigeno
era scarso o assente.
Lattivit vulcanica e le radiazioni ultraviolette
dovevano essere molto intense.
Figura 32.1A
Esperimento di Stanley Miller 1953 - allievo del premio
Nobel H. C. Urey che aveva ipotizzato la atmosfera riducente
simulazione sistema atmosfera/oceanosulla Terra primitiva
Dopo una settimana:
numerosi composti organici, tra i
quali alcuni amminoacidi
Glicina Alanina
Esperimento di Joan Or 1960
Formazione di adenina da cianuro di ammonio in acqua a
90 C, per qualche giorno (simulazione)
Il biochimico sovietico Alexander
Oparin 1894-1980) fu il primo a
ipotizzare che latmosfera
riducente entrando in soluzione
negli oceani primitivi caldi hot sup
avrebbe potato alla formazione di
molecole complesse in grado di
aggregarsi grazie aalla grande
quantit di energia disponibile e
alla presenza di catalizzatori
inorganici quali fanghi e argille. Le
macromolecole formatesi si
sarebbero aggregate in formazioni
sferoidali, i coacervati, che
sarebero rimasti isolati dalle acque
essendo di natura idrofobica, coe
le goccioline di olio rimangno
isolate nell acqua. I coacervati
continuando ad accumulare
macromolecole, crescevano e i
dividevano dopoaver vinto la
tesione superficiale
I coacervati
A) Le piogge danno origine al brodo
primordiale che contiene gli
elementi indispensabili alla vita
B) Nel brodo primordiale si
formano le prime molecole
proteiche
C) Dalle molecole proteiche si
formano i coacervati
D) Nei coacervati si formano gli acidi
nucleici che permettono a queste
strutture di riprodursi: nasce la cellula, il
primo essere vivente
Per la cellula eucariotica per la sintesi e attivit
di Acidi nucleici (DNA e RNA) sono necessarie
proteine (enzimi)
Ipotesi per cellula primitiva :
un solo acido nucleico capace di funzionare
anche come enzima
Mondo a RNA (1968)
Leslie Orgel
Francis Crick
Carl Woese
(Walter Gilbert)
Sintesi prebiotica di ribosio (RNA) pi
facile di quella di desossiribosio (DNA),
etc
Nel 1982 scoperti RNA che
agiscono come enzimi
Il mondo dei microrganismi
La Terra Primordiale
Il pi vecchio fossile data 3,6 miliardi di anni
(sedimento Australiano,gi complesso)
Sedimenti pi antichi
metamorfizzati,impossibile trovare traccia di
vita anche se ci fosse stata
3,4 miliardi di anni fa, Sud Africa, organismi
fotosintetici
Sviluppo rapidissimo
Formazione della Terra
Finestra di tempo
prebiogenetica
Bombardamento meteoritico
Evidenza vita cellulare
4,6*10
9
anni fa 4,0*10
9
3,6*10
9
3,4*10
9
anni fa

Batteri fotosintetici
i cianobatteri sono batteri
fotosintetici che vivono solitari o
formano colonie. Si sono formati
nel Precambriano (3,4 miliardi di
anni fa) probabilmente hanno
creato latmosfera con O
2

Gli eucarioti compaiono 1,4
miliardi di anni fa
Protisti inferiori
Protisti superiori
Gli archei o archeobatteri sono comuni negli
ambienti estremi, come fanghi non ossigenati,
laghi salati, sorgenti calde, sorgenti marine
idrotermali e il sistema digerente di certi animali.
Sono numerosi e abbondanti anche nelle acque
oceaniche.
Thermus aquaticus: batterio termofilo
scoperto nelle pozze di acqua calda del
Parco Nazionale di Yellowstone (Wyoming
U.S.A.). Possiede una DNA-polimerasi
termostabile taq polimerase) usata
nella reazione di P.C.R. K.B. Mullis 1985
Potere risolutivo:
Occhio umano: 0,2 mm
Microscopio ottico: 0,2
Microscopio elettronico:
10
1 cm 1 mm 100 10

1

100m

10m

1m (nm)


Equivalente
in

10.000 1000 100 10 1 0.1 0.01 0.001 0.0001
Ordine
di grandezza
mosca
(grossi
insetti)






pulce
(piccoli
insetti)
paramecio lieviti






gl. rossi
cellule
sangue
alghe
microscopi
che

batteri grossi
virus
piccoli
virus
molecole atomi
L
i
m
i
t
e

d
e
l
l

o
c
c
h
i
o

u
m
a
n
o

L
i
m
i
t
e

d
e
l

m
i
c
r
o
s
c
o
p
i
o

e
l
e
t
t
r
o
n
i
c
o

L
i
m
i
t
e

d
e
l

m
i
c
r
o
s
c
o
p
i
o

o
t
t
i
c
o

SCALA DI GRANDEZZE
Il microscopio ottico
NA = Apertura
numerica
T
E
M

3
4

0
0
0

Endospora
A volte i batteri si presentano come spore: forme di
resistenza allambiente sfavorevole di dimensioni ridotte.
Microscopia a fluorescenza
Microscopio elettronico: sfrutta come fascio di luce gli elettroni
che hanno << alla luce visibile.
Gallerie API 20 E
Gallerie API 20 NE
Gallerie API NH
Prove biochimiche:
TSI agar
Indolo e/o
Mobilit in
SIM agar
Identificazione microbica
Batteri Gram-negativi
ELISA: metodologia
ELISA: metodologia
ELISA: metodologia