NUCLEOLO

Il nucleolo è l'unico corpo nucleare visibile al microscopio ottico ed è sprovvisto di membrana.

La maggior parte delle cellule contiene un singolo nucleolo, sebbene in alcuni casi siano visibili
più nucleoli. Sia le dimensioni sia il numero di nucleoli sono correlati con l'attività trascrizionale
e, conseguentemente, traduzionale delle cellule. ( Gli ovociti ad esempio ne hanno tanti).
Il nucleolo è presente durante le fasi G1, S e G2 del ciclo cellulare e scompare durante la
mitosi, momento in cui la cellula interrompe la sintesi proteica. Ricompare quando la cellula ha
completato la divisione cellulare e riprende la sua attività di sintesi. Al microscopio elettronico a
trasmissione, l'unico sufficientemente potente, i nucleoli appaiono con i contenuti definiti, in cui
è possibile distinguere tre regioni distinte:
Il CENTRO FIBRILLARE è una zona di natura fibrillare costituita da porzioni di DNA che vengono
trascritte in RNA ribosomiale e dunque è cromatina poco condensata.
La COMPONENTE FIBRILLARE DENSA, è una zona più chiara al microscopio che circonda il
centro fibrillare e che rappresenta il prodotto della trascrizione dunque c'è l' RNA ribosomiale
neosintetizzato in particolare il precursore 45S e proteine coinvolte nel processo di maturazione
La COMPONENTE GRANULARE invece comprende subunità ribosomiali in vari stadi di
assemblaggio che in questa zona raggiungono la completa maturazione

Nel nucleolo in definitiva gli rRNA neosintetizzati si associano alle proteine ribosomiali che
sono sintetizzate nel citoplasma e importate poi nel nucleo a livello nucleolare. Dal nucleolo le
singole subunità ribosomiali, prodotte a livello della componente granulare e arricchite di RNA
ribosomiale e di proteine ribosomiali, sono esportate nel citoplasma attraverso i prori nucleari.
Ecco perchè possiamo affernare che il nucleolo è la SEDE DI SINTESI DEI RIBOSOMI.

SINTESI RNA RIBOSOMIALI

I ribosomi sia quelli eucariotici che procariotici sono costutuiti da due subunità. Se prendiamo
un ribosona eucariotico e lo mettiamo in centrifugazione vediamo che ha un coefficiente di
sedimentazione pari a 80S. Il coefficiente di sedimentazione è un numero adimensionale che
misura il rapporto tra la velocità di sedimentazione di un corpo ideale (sfera) e quella del
corpo in esame, a parità di condizioni di riferimento. In alcuni casi è espresso come unità di
misura denominata svedberg.  Se separiamo le due subunità otteniamo
SUBUNITÀ MAGGIORE da 60S, in essa ci sono 3 molecole di RNA ribosomiale: 28 S/ 5.8 S / 5
S a cui si aggiungono 49 proteine ribosomiali. Di queste tre molecole di rRNA solo la 5 S non è
sintetizzata nel nucleolo bensí nel nucleo.
SUBUNITÀ MINORE da 40S costituita da una sola molecola di RNA ribosomiale 18 S a cui si
aggiungono 33 proteine ribosomiali.
Le due subunità si assembleranno tra loro a formare il ribosoma completo solo una volta giunti
nel citoplasma ed entrati in contatto col RNA messaggero.
Il DNA non guida direttamente la sintesi delle proteine, ma funge da organizzatore del processo,
delegando i vari compiti a un gruppo di esecutori: diversi tipi di molecole di RNA. La cellula
eucariotica esprime le sue istruzioni attraverso la trascrizione,che avviene nel nucleo, e la
traduzione che avviene nel citoplasma mentre nel caso dei batteri j processi sono combinati e
avvengono in simultanea
Si definisce ESPRESSIONE GENICA il processo mediante cui l'informazione genetica fluisce dal
DNA all'RNA (trascrizione) e dall'RNA alle proteine (traduzione). Il principio della direzionalità
del flusso informazionale del DNA all'RNA alle proteine è noto come DOGMA CENTRALE DELLA
BIOLOGIA MOLECOLARE.

TRASCRIZIONE

La sintesi di RNA consiste nel copiare l'informazione contenuta in un tratto del DNA in un altro
acido nucleico, l'RNA. Questo processo è definito trascrizione perché l'informazione, pur
essendo trasferita da un tipo di acido nucleico a un altro, rimane scritto nello stesso "linguaggio"
di base, quello dei nucleotidi; il segmento di DNA che è trascritto in una molecola di RNA è
definito unità di trascrizione . Sono trascritti tre principali tipi di molecole di RNA in base al
tipo di enzima RNA polimerasi che che catalizza la trascruzione del RNA a partire dal filamento
stampo del DNA:
● L RNA MESSAGGERO (mRNA) consiste in un singolo filamento non avvolto, che contiene
l'informazione per la sintesi di una proteina: esso trasporta un messaggio genetico dal DNA al
ribosoma, il "macchinario" cellulare dove avviene la sintesi pro teica; è l'unico RNA a essere
tradotto in proteine; costituisce <10% dell'RNA cellulare totale.
●L'RNA TRANSFER (tRNA), consiste in un singolo filamento che si ripiega su se stesso a
formare una struttura secondaria a trifoglio per assumere poi una struttura tridimensionale
specifica a forma di L capovolta. I RNA fungono da intermediari, o meglio "traduttori", in grado
di tradurre la sequenza di basi dell'MRNA e trasportare l'appropriato amminoacido al ribosoma.
Ogni TRNA lega esclusivamente uno specifico amminoacido; dal momento che esistono più tipi
di molecole di tRNA di quanti siano gli amminoacidi naturali, molti amminoacidi sono trasportati
da due o più tipi diversi di tRNA. Il tRNA costituisce circa il 10-20% dell'RNA cellulare totale.
●L'RNA RIBOSOMIALE (rRNA) si trova in forma globulare ed è una componente essenziale della
struttura dei ribosomi; è la forma più stabile di RNA e costituisce circa il 70-80% dell'RNA
celulare totale.
Vediamo ora come avviene la trascrizione...
La trascrizione produce un filamento di RNA, il trascritto, complementare a uno dei filamenti
del DNA (filamento stampo) che è quelle che viene letto. Le molecole di RNA prodotte dalla
trascrizione sono molto più corte delle molecole di DNA, derivando dalla copiatura di regioni
molto limitate.
In generale, il processo avviene con modalità analoghe nelle cellule procariotiche e in quelle
eucariotiche, benché alcuni aspetti della trascrizione differiscano nei due tipi di cellule. Nei
procarioti è presente una sola RNA polimerasi. Negli eucarioti, la maggior parte degli RNA è
sintetizzata da una delle tre RNA polimerasi nucleari, le quali differiscono per i tipi di RNA che
sintetizzano:
●la RNA polimerasi I, localizzata nel nucleolo, catalizza la sintesi di vari tipi di molecole di
rRNA( 28S /18S / 5.8S ).
●la RNA polimerasi II catalizza la sintesi degli mRNA che codificano le proteine e dei
miRNA( RNA mitocondriale);
●la RNA polimerasi III catalizza la sintesi dei tRNA e di una delle molecole di rRNA ( quella 5S ).
● RNA polimerasi mitocondriali
● RNA polimerasi cloroplastica

Le RNA polimerasi richiedono il DNA come stampo e presentano molte somiglianze con le
DNA polimerasi. Come le DNA polimerasi, le RNA polimerasi leggono il filamento stampo di
DNA in direzione 3'-5' ed effettuano la sintesi in direzione 5'- 3 : ne consegue che il filamenti
di RNA in trascrizione sarà complenentare e antiparallelo al filamenti di DNA letto. Quindi,
durante la trascrizione, le RNA polimerasi dall'estremità 5 'della molecola di RNA da sintetizzare
proseguono aggiungendo con legami covalenti nuovi nucleotidi all'estremità 3' finché la
molecola non è completa.
Il filamento di RNA che sarà sintetizzato, a trascrizione ultimata, sarà più corto del filamento di
DNA stampo complementare perché quest'ultimo viene sì letto a partire dall'estremità 5 tuttavia
la traduzione comincia a partire dal sito di inizio di una specifica sequenza di DNA chiamata
promotore, il quale indica all'RNA polimerasi non solo dove iniziare la trascruzione ma anche
quale dei due filamenti di DNA deve essere il filamento stampo. Inoltre ik promotore non viene
trascritto.
Negli eucarioti sono presenti tre classi di promotori, una per ciascun tipo di RNA polimerasi.
Molti promotori relativi alla RNA polimerasi II contengono una breve sequenza nucleotidica
detta TATA box poichè costituita dall'alternanza delle basi timina e adenina.
Le RNA polimerasi eucariotiche però non riconoscono direttamente la sequenza del promotore
perciò un gruppo di proteine chiamato fattori generali di trascrizione si piazzano sul
promotore, posizionano correttanente l'enzima polimerasi, aprono la doppia elica del DNA
esponendo il filamento stampo e attivano l'enzima che comincia a trascrivere. Una volta assorta
la loro funzione questi fattori generali di trascrizione non occorrono più percui si staccano pronti
ad essere riutilizzati in futuro, mentre l'enzima polimerasi prosegue la lettura del filamento
stampo.
L'allungamento dell'RNA prosegue fino a che l' RNA polimerasi riconosce una sequenza di
arresto che determina il distacco il distacco dell'RNA polimerasi sia dal DNA stampo sia
dall'RNA neo sintetizzato anche chiamato TRASCRITTO PRIMARIO.
Il fatto che solo un filamento di una regione codificante del DNA venga trascritto non
significa che lo stesso filamento funga da stampo per tutta la lunghezza della molecola di
DNA. Un determinato filamento può fungere da filamento trascritto (stampo) per alcuni geni
e da filamento non trascritto (non stampo) per altri. Un singolo gene può essere trascritto
simultaneamente da più molecole di RNA polimerasi che si susseguono sul filamento stampo.
Tutti i trascritti primari eucariotici sono modificati subito dopo la trascrizione, mentre sono
ancora nel nucleo.
Il termine maturazione dell'RNA indica tutte le modificazioni chimiche che avvengono
durante o al termine della trascrizione (definite in questo ultimo caso come modificazioni
post-trascrizionali), necessarie per produrre un RNA funzionale da un trascritto primario. La
maturazione, di solito, implica la rimozione di regioni del trascritto primario e, spesso, l'aggiunta
e/o la modificazione chimica di alcuni nucleotidi. I trascritti primari subiscono modificazioni
diverse secondo il tipo di RNA che deve essere prodotto.

MATURAZIONE mRNA
Il trascritto primario dell'mRNA, detto mRNA precursore o pre-mRNA, è modificato a entrambe
le estremità. Questa attività di maturazione e modificazione post-trascrizionale è necessaria
per produrre un mRNA maturo idoneo e essere trasportato nel citoplasma e tradotto. Il
processo di modificazione inizia durante la trascrizione, quando il pre-mRNA è lungo circa
20-30 nucleotidi. Innanzitutto, enzimi specifici aggiungono un cappuccio di 7-metilguanosina
all'estremità 5 ' della catena di pre-mRNA nascente. Il cappuccio serve per proteggere da alcuni
enzimi, dà stabilita all' mRNA, funge da etichetta di riconoscimento per le esportine, serve a
posizionare bene l'RNA messaggero a livello dei ribosomi una volta nel citoplasma.
Una seconda modifica al pre-mRNA eucariotico è la poliadenilazione all'estremità 3 'della
molecola. Vicino all'estremità 3 'di ciascun pre-MRNA si trova infatti una sequenza di basi
(segnale di poliadenilazione, AAUAAA) che serve da segnale per l'aggiunta di una coda di
50-250 nucleotidi di adenina, detta coda di poli (A) (o coda poliadenilata). Anche la coda
di poli (A) ha svolto diverse funzioni: facilita l'esportazione dal nucleo dell'mRNA maturo e dà
stabilità all'mRNA. Più la coda poliadenilata è lunga più la molocola è stabile.
La modificazione più eclatante che subiscono i pre-mRNA eucariotici è dovuta
all'organizzazione dei geni eucariotici. Infatti, da quasi tutti i geni di DNA eucarotici vengono
trascritte sequenze codificanti dette ESONI, interrotte da sequenze non codificanti dette
INTRONI. Gli esoni dunque sono sequenze di mRNA che potranno codificare proteine durante la
traduzione, gli introni al contrario rimarranno inattivi.
In definitiva possiamo affermare che, affinché il pre-mRNA diventi un mRNA maturo
(funzionale) è necessario non solo che venga munito del cappuccio di 7-metilguanosina al 5
'e della coda di poli (A) al 3', ma anche che siano rimossi gli introni e che siano legati insieme
gli esoni per formare un mRNA continuo che codifica la proteina. Questo processo è chiamato
SPLICING (o taglio e ricucitura) dell'RNA. Il trascritto primario di un gene eucariotico può
subire processi di splicing differenti, generando molecole di mRNA diverse. Questo splicing
ALTERNATIVO permette di ottenere da 2-3 a oltre 100 mRNA differenti, e quindi altrettanti
polipeptidi, a partire dallo stesso gene. Esso consiste nel cambiare l'ordine degli esoni del
trascritto primario o lasciando inseriti alcuni introni che si comporteranno da esoni.

MATURAZIONE rRNA

È stato visto che il DNA presenta una caratteristiche particolare: presenta i geni per l'RNA
espressi in tandem, cioè lo stesso gene presente in copie multiple messe in fila in maniera
regolare questo affinchè quel singolo tratto di DNA posso essere trascritto in più molecole di
RNA potendo di conseguenza avere più ribosomi. I cromosomi interfasici su cui ci sono questi
geni si assemblano a formare il centro fibrillare.
La sintesi dell' RNA ribosomiale avviene come segue...
C'è una porzione di DNA detta rDNA che viene trascritta a formare il trascritto primario che è il
pre-rRNA 45S. Per formarla si prende l' unità di trascrizione e viene trascritta in maniera fedele
mediante la RNA polimerasi I. Quando ciò avviene si forma una struttura notoriamente detta
albero di Natale: Questo viene diviso poi in RNA 32 S e in RNA 18S. Quest'ultimo viene lasciato
così com'è ed è giá pronta ad andare nel citoplasma per andare a costituire la subunità minore
del ribosoma.
Quellla da 32 S invece viene ulteriormente scissa in quella da 28S e 5.8S a cui si aggiungerà
nella componente granulare anche la 5S proveniente dal nucleo. Insieme formeranno la subunità
maggiore pronta ad andare anch'essa nel citoplasma e ad unirsi alla minore nel momento in cui
inizia la traduzione dell'mRNA.
MATURAZIONE tRNA

Il trascritto primario di una molecola di tRNA, o pre-tRNA, è più grande del tRNA maturo e tratti
del precursore devono essere rimossi; inoltre, numerose basi devono essere modificate. Le
principali modificazioni comprendono:
1. All'estremità 3' vengono tolte le ultime due basi UU e inserite le basi CCA.
2. Rimozione della sequenza leader all'estremità 5' che è quella formata completamente da G
U A (per intenderci la molecola matura di t RNA avrà come primo nucleotide all'estremità 5' il
nucleotide C che è anche il primo che si incontra a partire da 5')
3. La metilazione di basi e zuccheri, la formazione di basi insolite, come diidrouracile, ribotimina,
pseudouridina e inosina.
4. Escissione dell'introne.

TRADUZIONE

La traduzione è quel processo che avviene nel citoplasma a livello dei ribosomi nel quale
l'informazione genetica custodita nell' RNA messaggero viene appuno tradotta in un linguaggio
nuovo, che è quello degli amminoacidi, mediante le capacità da interprete dell' RNA transfer.
Una volta che i tre RNA sono maturi si trovano tutti nel citoplasma. Quando l'mRNA è maturo
esso consente alle due subunità del ribosoma di unirsi. Il ribosoma completo si sposta
dall'estremità 5' all'estremità 3' dell' mRNA leggendo la sequenza nucleotidica. L'RNA
messaggero viene letto grazie al fatto che i suoi nucleotidi sono divisi in CODONI, ovvero
triplette di nucleotidi in cui sono presenti tre delle quattro possibili basi A,U,C,G. Queste quattro
basi si combinano a formare ben 64 possibili codoni differenti sebbene gli amminoacidi che
codificano sono in tutto 20 amminoacidi. In tal senso definiamo il codice genetico ridondante,
ovvero degenerato, proprio perchè uno stesso amminoacido può essere specificato da codoni
diversi, detti codoni sinonimi. Tali codoni sinonimi spesso differiscono per la terza base.
Questa ridondanza è detta appunto degenerazione del codice. Ad esempio CCU/ CCC/ CCA/
CCG codificano tutti per l'amminoacido prolina.
Il codice genetico tuttavia non è ambiguo, nel senso che un determinato codone codifica per
un amminoacido e uno soltanto. In più il codice genetico può essere definito universale perchè
nella quasi totalità delle specie, appartenenti a tutti i domini, gli amminoacidi sono codificati
dagli stessi codoni.
uno di questi codoni, il codone AUG, ha un duplice ruolo, in quanto specifica l'amminoacido
metionina (Met) ed è anche il CODONE DI INIZIO, cioè funziona come segnale di inizio della
traduzione per i ribosomi. Ci sono poi tre tre codoni, UAA/UAG e UGA, sono CODONI DI
STOP , poiché non specificano per alcun amminoacido ma sono segnali di terminazione della
traduzione e, quindi, della sintesi proteica.
I tRNA sono componenti fondamentali della traduzione poiché sono adattatori molecolari che
connettono gli amminoacidi e gli mRNA, dato che ciascun tRNA può legarsi con uno specifico
amminoacido e riconoscere sull'mRNA il codone corrisponde a quel determinato amminoacido.
Il riconoscimento del codone è possibile perché ciascun tRNA ha una sequenza di tre basi,
chiamata anticodone, che si associa mediante legami a idrogeno al codone complementare
sull'mRNA .
La traduzione dell'mRNA richiede che gli anticodoni dei tRNA siano legati mediante legami
idrogeno ai codoni complementari presenti sull'mRNA e che gli amminoacidi trasportati dai
tRNA siano legati insieme nell'ordine specificato dall'mRNA.
A ciò provvedono i ribosomi, che si attaccano all'estremità 5 'delI'mRNA e, scorrendo lungo
di esso, consente ai tRNA di legarsi in sequenza ai codoni dell'MRNA. In tale modo, gli
amminoacidi sono posizionati correttamente e legati con legami peptidici tra loro nella giusta
sequenza per formare la catena polipeptica e dunque la proteina finita.
le molecole di tRNA si ripiegano su sé stesse formando quattro regioni a doppia elica con
formazione di tre o più anse di nucleotidi, di cui la più importante ai fini traduzionali é l'ansa
dell'anticodone che contiene la tripletta dell'anticodone. È inoltre presente una tripletta CCA
all'estremità 3' della molecola (opposta a quella dell'anticodone), che costituisce il sito di
attacco per l'amminoacido specificato dal codone del messaggero.
La struttura che ne consegue è quella giá sopracita a trifoglio anche se in realtà il tRNA ripiega
ulteriormente in una struttura" terziaria "(o tridimensionale) compatta a L capovolta.
Affinché possa svolgere il proprio ruolo nella traduzione, la molecola di RNA deve essere
riconosciuta da una specifica amminoacil-tRNA sintetasi, che lega il corretto amminoacido e
deve essere riconosciuta dai ribosomi.
La struttura del ribosoma permette di mantenere nel corretto orientamento non solo lo stampo
di mRNA, ma anche le molecole di tRNA e la catena polipeptidica in corso di sintesi. La subnità
maggiore del ribosoma contiene una depressione sulla sua superficie su quale si adatta la
subinità minore. Le molecole di mRNA si inseriscono in una scanalatura che si forma fra le
superfici di contatto delle due subunità. Il ribosoma presenta, oltre a un sito di legame per
l'mRNA nella subunità minore, anche tre siti di legame per tRNA nella subunità maggiore:
Al SITO A, o sito amminoacilico, si lega l'amminoacil-tRNA che porta l'amminoacido successivo
da inserire nella catena polipeptidica.
Il SITO P, o sito peptidilico, è occupato dal RNA che porta la catena polipeptidica in
allungamento.
SITO E, o sito di uscita, è il sito in cui i tRNA che hanno rilasciato i loro amminoacidi alla catena
polipepidica in crescita lasciano il ribosoma.