APPUNTI

Noi sappiamo che all’interno delle cellule ci sono le proteine (protos, di

primaria import), ma per anni si pensava che tutte le funzioni dell’organism
fossero dovute alle proteine, e questa è una visione parziale, perche le
proteine sono fondamentali ma pur essendolo non sono sufficienti da sole a
spiegare la molteplicità ed efficiente di tutte le attività cellulari. Si è anche
scoperto che il proteoma occupa il 4% dello spazio genomico, e che gran parte
è fatta dal non coding rna. È quindi comprensibile che sia stata sviluppata la
presenza dei ncRNA (espressa di merda).

Long non coding possono avere le sequenze segnale che induce la trascrizione
se seguita da adeguate sequenze codificanti. Al di là che codifichino o no
hanno ruoli molto importanti a livello della biologia cellulare perchcé facendo
parte dell’interattoma regolano positivamente e negativamente funzioni
importanti per il ciclo cellulare e la manifestazione del fenotipo dell’organismo.

Small rna: lunghezza<200 nucleotidi a singolo filamento

Long ncRNA: lunghezza >= 200

In entrambe le categorie possono essere presenti circRNA (circolari) a singolo

filamento.. quello che ci interessa è come queste possono essere coinvolte
nelle funzioni cellulari e come eventuali mutazioni affliggono l’organismo e in
che misura perché in medicina ci interessano le patologier. In questo senso, va
osservato il genoma.

Gli small rna sono microRNA e piui(?)RNA

Nel lncRNA comprendono trna , rrna (housekeeping), smallnuclear, sno (?),

altri non coding rna pur sempre superiore a 200 nucleotidi, fino alle migliaia di
basi.

Molto spesso la mutazione si manifesta come neoplasia. O meglio, la neoplasia

presenta sempre mutazioni. Questo può essere dovuto a una predisposizione
alla neoplasia. Cio viene detectato grazie a una batteria di marcatori che
possono evidenziare anomalie.
I mirna sono endogeni (sintetizzati dal nostro dna) di 22-28 nucleot. Hanno un
ruolo importante nell’espressione perché bloccano l’espr di certi geni e
alterrano il fenot di cellule che le hanno. A seconda dell’interazione tra mirna e
mrna è completa si ha il blocco della traduzione e la degradazione dell rna
messaggero bersaglio e questo causa una differenza tra genoma e
trascrittoma. Forse più dei lncrna, i mirna sono conservati. Tanto più la
funzione e la struttura sono correlate, tanto meno soggetto a mutazioni (ed
evoluzione) è quel componente. Così come i geni possono essere classificati
come housekeepers o luxury perché naturalmente l’espressione è diversa nelle
diverse cellule e ogni microrna è peculiare ma che sto dicendo

In molti casi questi geni possono essere presenti nelle regioni intergeniche e la
loro espressione sarà autonoma rispetto al resto del genoma per la presenza di
segnali propri. Spesso questi geni sono organizzati in clusters (gruppi di geni
localizzati nella stessa regione genomica e possibilmente la stessa ansa di
cromatina), e nel momento in cui si apre l’ansa di cromatina che li comprende
sono tutti espressi. Un unico mirna può avere come bersaglio più geni (se
questi hanno tutti la stessa sequenza bersaglio) o lo stesso mirna può avere
come bersaglio più di un mrna, ci devessere la corrispondenza sequenza sid
(del mirna) - sequenza sul bersaglio.

Secondo i dati sperimentali, i microrna nell’uomo riconoscono almeno un terzo

di tutti i geni, ma i dati più recenti dimostrano che il numero sia addirittura
maggiore “fino ai 3/4 per quello che so io”.

Così come il trascritto primario che diventa mrna, anche i mirna sono soggetti a
rielaborazione in qualche modo paragonabile ad esso, seppure non siano
coinvolte le stesse molecole. Le tappe sono simili, per cui il gene codificante
mirna deve essere decondensato, trascritto con la logica di sempre (filamento
stampo) nel nucleoplasma, subiscono un primo livello di maturaz e poi
trasportato nel citoplasma. Non appena inizia la trascr le molecole della
rielaborazione intervengono a permetterne la maturazione.

Il primo fenom che succede è il cropping del cappuccio (e della regione 5’ che
contiene) e della coda poli a (e estrem 3’). La molecola è disposta a doppio
filamento (senza necessaria corrispondenza di basi) e va nel citoplasma dove
va incontro al dicing (enzima?) e si produce il doppio filamento viene
selezionato il segmento più termoinstabile tra i due che viene inserito nel
complesso che interagirà con l’rna messaggero. Una volta identificato nella sua
instabilità termica il segm che verrà messo nella ribonucleoprot che regolerà
l’espressione, avverrà la separaz dei due filamenti.

Il seed (no sid) è il tratto del mirna che interagisce con l’mrna per modularne la
funz

I meccanismi di funz sono repressione dell’espr e l’idrolisi dell’mrna bersaglio.

Se la complementarietà è perfetta si ha l’idrolisi, altrimenti viene bloccata la
traduzione, ma dopo il distacco del mirna è possibile che la traduz riprenda. Il
mirna può anche migliorare l’espressione se va a bloccare un repressore, ma
ancora non è stato dimostrato. Ma di solito è repressorio. Però si può supporre
che attuando un meccanismo repressore su un gene già represso, lo si attivi.
Ma tutto supposizione.

Il bersaglio prediletto sono le prot nucleari o i recettori di superficie (presenza

elevata), poi le molecole coinvolte nella trasmissione del segnale e in ultimo i
ligandi extramembrana.

La regolazione quindi dipende da fattori di trascr (sist 1) e non coding rna (sist
2). Entrambi i sistemi però cooperano, non sono vie parallele, seppur con
differenze dovute alle modalità di funzionamento diverse tra acidi nucleici
(mirna) e proteine (fatt di trascr).

In molti casi i geni codificanti mirna si trovano nei siti fragili dei cromosomi
(come quello del cromosoma x, che comporta una una mancata colorazione e
un distacco del braccio lungo. Causa ritardo mentale, x-linked, riscontrabile in
centri di cura per i ritardi mentali (centro oasi di troina) dove i pazienti
vengono monitorati e curati). È stata disegnata una mappa che dimostra la
posiz genomica di siti fragili e che può portare a una correlazione con la sintesi
di mirna.

I siti fragili appaiono come zona decondensata e decolorata (non reagisce al

colorante “ghimsa”). La sua decondensazione può inficiarne l’espressione,
anche se non sono presenti mutazioni di basi. Con studi di microsc elettronica e
dimostrazioni in vivo è stato dimostrato che essi persistono anche in vivo.
Caratterizzare i mirna permette di caratterizzare anche le patologie provocate
da anomalie che coinvolgono i mirna che le riguardano.

Oltre alla PCR, esiste la realtime PCR, una tec che consente di verific la qtà di
prodotto amplific in tempo reale. Si basa sull’uso di primers adeguati e
l’aggiunta di una sonda che riconosce il tratto amplif e contiene un reporter
che viene liberato quando viene duplicata la regione di dna a cui la sonda è
attaccata. Per la sua posiz, la sonda è soggetta a idrolisi quando il tratto è
amplificato,per questo viene liberato il reporter.

I mirna si possono usare come biomarcatori. La prima applicaz di qst logica è

stata lo studio delle neoplasie con l’obbiett di evidenziare il genotipo
neoplastico prima che si manifestasse il fenotipo neoplastico. In italia siamo
all’avanguardia per diagnosi e cura delle neoplasie al seno.

Ci sono diverse possibilità per farla: una è seguire popolaz di pazienti in prosp
potenzialmente interessati al progetto per monitorare l’insorgere di neoplasie.
Farlo con interventi è invasivo quindi si sono cercate vie alternative meno
invasive e altrettanto credibili, obbiettivo non ancora raggiunto. I mirna si
prestano molto bene a ciò ( in prospettiva). Solo che nei liquidi circolanti
attorno è difficile detectare quelli mutati neoplastici.

[ipotosi monoclonale del tumore, nel senso che deriva tutto da una cellula
neoplastica staminale toti/pluripotente da cui deriva tutta la discendenza, con
la sequenza originaria con probabili mutazioni. Diverse neoplasie hanno diversi
profili proteomici, genomici e trascrittomici. Vale per le neoplasie liquide come
quelle solide. Paolo Croce è un ricercatore che si è speso molto in tal senso]

Questo tipo di risultato ci permette di identificare anche i bersagli targettati dal

mirna, a seconda della maggiore o minore quantita di mirna circolante. Quindi
tracciarli ci fa avere una visione precisa della neoplasia studiata sia terapeutic
che tecn. Infatti croce ha detto che si possono distinguere le cellule della
linfocito leucemia cronica dalle cellule non mutate con questo.

Un aspetto importante è che i mirna sono particolarmente stabili , non sono

molto soggette a degradazione, la spiegazione può essere multipla. Sono ben
protetti dalle rna-asi che si trovano all’interno di esosomi (membrane che
proteggono i mirna stessi). Pazienti di carcinoma colo-rettale hanno profili
molto differenti da quelli di individui che non hanno la stessa patologie. c’è da
dire anche che le coorti sono molto differenti anche tra pazienti sani per cui ci
si va coi piedi di piombo, per questo i pazienti vanno analizzati con cura.

Gli rna non cod circolanti del circolo ematico sono il prodotto della secrezione
di cellule neoplastiche (penso nel caso in cui il carcinoma ci sia) e la secrezione
comporta la produzione di esosomi da parte della cellula. A livello molecolare
possiamo utilizzare diverse tecniche per detectare le neoplasie quindi i sistemi
sanitari devono fare molta attenzione alle popolazioni che devono esaminare.
Quindi TEMPESTI-VI-TA’. EDDAIDAIDAI