AMR One Health, Roma Novembre, 2019

Il ciclo dell’antibiotico resistenza

Gianluca Corno……..
Cosa sappiamo, cosa non sappiamo ancora e cosa
dovremmo sapere sul ciclo delle resistenze…
Quali antibiotici consumiamo?
…

Qual è la loro persistenza in ambiente?

Alcune molecole sono altamente labili e sono distrutte dagli agenti

atmosferici (radiazione, temperatura, stress ossidativi) o da interazioni
ecologiche (consumo) o chimiche nel giro di poche ore.

Sono attendibili come indicatori di contaminazione?

Dipende, ma in generale relativamente poco.

Spesso la presenza di resistenze in ambiente, o sui prodotti alimentari
non è concomitante alla presenza dell’antibiotico che la provocherebbe.

Cos’altro possiamo utilizzare per valutare una contaminazione da AB?

C. Manaia, Trends Microbiol 2016
I batteri resistenti, o i geni che conferiscono una determinata resistenza,
che chiameremo quindi DETERMINANTI DI ANTIBIOTICO RESISTENZA.
Cosa sappiamo, cosa non sappiamo ancora e cosa
dovremmo sapere sul ciclo delle resistenze…
Primo passo: il rilascio dei determinanti di resistenza (batteri e geni) in ambiente

Si producono resistenze attraverso l’utilizzo di antibiotici. Le principali fonti di rilascio di resistenze sono:

Impianti di trattamento dei reflui (specialmente quando convogliano acque

ospedaliere e di grandi aree urbane)

Scarichi di impianti zootecnici, inclusi i terreni coltivati sui quali vengono utilizzati
come fertilizzanti

Aree industriali (specialmente quando relative ad aziende farmaceutiche)

Mercati pubblici

Prodotti alimentari (se derivati da animali trattati con antibiotici)

Stazioni, aeroporti, mezzi di trasporto di massa

Cosa sappiamo, cosa non sappiamo ancora e cosa
dovremmo sapere sul ciclo delle resistenze…
Secondo passo:
Si possono quantificare le contaminazioni da sorgenti diffuse (terreni agricoli e aree urbane)?

Sì. Anche piogge moderate causano nei fiumi un immediato aumento di geni di resistenza nelle comunità
microbiche, che finisce con l’evento di piena.

Questa forma di inquinamento,

ad oggi, non è quantificata.
Sono stati prodotti solo modelli
e simulazioni, particolarmente
allarmanti.
Cosa sappiamo, cosa non sappiamo ancora e cosa
dovremmo sapere sul ciclo delle resistenze…
Terzo passo:
Si possono quantificare le contaminazioni da sorgenti puntiformi (impianti di trattamento dei reflui)?

Sì. Negli impianti di trattamento (depuratori) i batteri sono abbattuti per il 90-99.5% a seconda
dell’efficienza dell’impianto. Purtroppo la mancanza di specificità dei sistemi di disinfezione tende a
selezionare a favore dei batteri più adattabili, che purtroppo sono anche quelli maggiori portatori di
antibiotico resistenze.

Non solo, l’utilizzo di metalli per abbattere i

nutrienti (fosforo, parametro di legge) provoca un
fenomeno chiamato CO-SELEZIONE per cui i batteri
presenti nel refluo sviluppando una resistenza al
metallo (fattore di stress) ne acquisiscono anche
altre ad antibiotici, che sono localizzate su parti
contigue di DNA e si co-trasferiscono anche in
assenza di stress specifico!
 Cosa sappiamo, cosa non sappiamo ancora e cosa
dovremmo sapere sul ciclo delle resistenze…
Quarto passo:
Cosa succede ad un determinante di resistenza quando arriva in ambiente?

Quando un batterio riesce a passare attraverso un impianto di

trattamento è sicuramente debilitato, e si trova ad affrontare
un ecosistema nuovo, con comunità residenti più o meno stabili
e variabili molto diverse (e.g. predazione) ne determinano il
fato…

The Bray Curtis value refers to the difference in weighted composition between the resistome at the beginning and at the end of the experiment. Higher BC values represent high variability.
Cosa sappiamo, cosa non sappiamo ancora e cosa
dovremmo sapere sul ciclo delle resistenze…
Quarto passo:
Cosa succede ad un determinante di resistenza quando arriva in ambiente?
Anche utilizzando i migliori sistemi di trattamento possibili
l’impatto delle acque reflue su una comunità naturale è molto
forte e tende a selezionare ceppi batterici particolarmente
problematici…

Sphyngobacterium
Microbacterium
Mucilagini Ferruginibacter Duganella
bacter Acinetobacter
Luteolibacter Plancto
mycetes

Cyano Verrucomicrobium
bacterium Flavobacterium
Acidovorax
Acidovorax Pseudomonas
Acidovorax
Actinobacterium
Reyranella
Pseudarcicella
Neisseria
Novosphingobium Polynucleo
bacter
Limnohabitans Dechloromonas
Methyloph.

Polynucleobacter

T0 Community LW LW-HQWR LW-HQWR-AB

Cosa sappiamo, cosa non sappiamo ancora e cosa
dovremmo sapere sul ciclo delle resistenze…
Quinto passo:
Selezione di batteri alloctoni (patogeni?) e antibiotico resistenti in ambiente
Batteri alloctoni di origine antropogenica hanno la possibilità di sopravvivere in ambiente, negli organismi
e su substrati dove i fattori limitanti tipici dell’ambiente naturale hanno un impatto limitato.
Cosa sappiamo, cosa non sappiamo ancora e cosa
dovremmo sapere sul ciclo delle resistenze…
Sesto passo:
Geni di antibiotico resistenza di origine naturale o antropogenica?
Geni di resistenza ad antibiotici naturali sono naturalmente presenti nelle comunità naturali, mentre geni
di resistenza ad antibiotici sintetici o semi-sintetici sono chiara indicazione di contaminazione ambientale.

sul2
influenza
tetA

blaCTX-M

2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019

Cosa sappiamo, cosa non sappiamo ancora e cosa
dovremmo sapere sul ciclo delle resistenze…
Determinanti di antibiotico resistenza come indice di contaminazione da antibiotici
Le legislazioni nazionali e quella EU considerano varie molecole, tra cui gli antibiotici:

Watchlist 1 (prima stesura 2008, attiva nel 2015)

(articolo 8 ter della direttiva 2008/105/CE) include tra gli altri anche gli antibiotici macrolidi (Eritro-, Claritro- e Azitromicina)

Primi risultati a livello EU nel 2017 (l’Italia nella lista dei CEC ha analizzato, nei primi tre anni, farmaci, ormoni, pesticidi e protettivi solari)

Grossi problemi per via delle quantità limitate riscontrate e per mancata uniformità nei LOQ (limit of quantification) tra i vari stati

Aprile 2018 – Rapporto JRC e revisione della Watchlist (contestato)

Suggerito l’inserimento di Ciprofloxacina e Amoxicillina nella nuova Watchlist 2
(problema principale: tempi di degradazione rapidissimi)
courtesy Chiara Maggi e Giulio Sesta

Servono studi che correlino molecole e determinanti di resistenza, per poi passare
all’inserimento in Watchlist di batteri resistenti e/o geni di resistenza (o loro proxy)
Cosa sappiamo, cosa non sappiamo ancora e cosa
dovremmo sapere sul ciclo delle resistenze…
Settimo passo:
Resistenze ambientali solo per monitoring o rischio concreto per la salute?

Moltissimi casi di trasmissione

animale-uomo o colture-uomo
o colture-animale riportate del Aria-uomo in ambienti sovraffollati in Cina
Rapporto FAO-WHO 2019
Cosa sappiamo, cosa non sappiamo ancora e cosa
dovremmo sapere sul ciclo delle resistenze…
Concludendo, come è cambiata la percezione dell'AR in ambiente negli ultimi 50 anni?

1970-1990: AB e ARB non resistono/sopravvivono in ambiente, nessun problema

Persistent? Mobile ARGs?

1990-2010: AR e ARG sopravvivono in ambiente ma sono in batteri ABResistant?
ambientali non patogeni per l’uomo, quindi nessun problema N
Y Y
N Y
N
2010-oggi: ARB e ARG persistono in ambiente, dove Faecal N
bacterium N
possono stabilizzarsi e persistere anche in assenza
in water N Y
di stress diretto. Inoltre, anche i patogeni hanno la Y
Y N
possibilità di sopravvivere in ambiente e acquisire N
Pathogen? Y
resistenze. Y
Conoscere e gestire correttamente l'ambiente che
ci circonda è fondamentale nella lotta contro la
diffusione di resistenze di origine umana e per basso/assente ND moderato elevato massimo
prevenire un disastro annunciato.
The Microbial ecology Group (MEG)
at the CNR-ISE Verbania
Antonino Fiorentino
Gianluca
Corno
Andrea Di Cesare

Roberto Bertoni Paolo Colangelo

Cristiana Callieri Alejandro Martinez

Ester
Eckert

Diego Fontaneto
Grazie!
I am speaking to the students now: look, for the first
time, theory is there, methodology is in place, questions
are huge… this is the time to be a microbial ecologist!
Edward Osborne Wilson (2003)