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Stefano Pavan
DiS.S.P.A
E-mail: stefano.pavan@uniba.it
Legge di Hardy-Weinberg
Si assuma una popolazione diploide che si riproduca sessualmente
attraverso generazioni discrete e in cui i genitori muoiano dopo la
riproduzione
• Mutazione
• Migrazione
• Deriva genetica
• Selezione
Unioni non casuali
f(AA)=(1-F)p2+Fp=p2+F(p-p2)=p2+Fp(1-p) =p2+Fpq
f(aa)= q2+Fpq
f(Aa)=1-f(AA)-f(aa)=2(1-F)pq
Effetto dell’inbreeding continuato
• Alla seconda generazione di autofecondazione si ha che Ft= ½(1+Ft-1), ossia del prodotto
tra: 1) la probabilità ½ che i due alleli di un individuo nella generazione t derivano dalla
replicazione dello stesso allele presente nella generazione t-1; 2) la probabilità ½Ft-1 che
i due alleli di un individuo nella generazione t derivano da alleli diversi nella generazione
t-1, ma a loro volta i.b.d. perché provengono dallo stesso allele presente nella
generazione t-2
• Assumiamo una popolazione S0 che non sia il risultato di inbreeding (es. una popolazione
di ibridi F1 derivante da incrocio tra linee pure). Per quanto detto, alla prima
generazione di autofecondazione (S1), FS1=½. Dopo due generazioni di autofecondazione,
FS2=½(1+½)=¾, dopo 3 generazioni FS3=7/8, e cosi via, fino a tendere come detto a F*=1.
100
80
omozigoti (%)
Individui
60 N° di
( )
1
geni (n) n
40 2
2m - 1
5 2m
20 10
100
0
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
N° di generazioni segreganti (m)
[F2]
Incremento dell’omozigosi dovuto all’inbreeding
Quantificare l’incremento dell’omozigosi: popolazioni con una
certa quota di random mating
3. Cloni
• Le costituzioni di tipo (1), (2) e (3) richiedono costi minimi di ottenimento in specie
coltivate prevalentemente autogame, prevalentemente allogame e a propagazione
vegetativa, rispettivamente (hanno una struttura genetica simile a quella di popolazioni
naturali)
• Le costituzioni di tipo (4) richiedono costi maggiori: per specie allogame è necessario
forzare il sistema riproduttivo verso l’autofecondazione; per specie autogame e
allogame è necessario applicare strategie per effettuare incroci controllati su larga
scala. Vantaggi, come si dirà, sono lo sfruttamento dell’eterosi e, per il costitutore,
l’impossibilità di riutilizzare il seme
Metodi di Miglioramento genetico
• Classificazione 1
• Metodi per specie autogame
• Metodi per specie allogame
• Metodi per specie a propagazione vegetativa
• Classificazione 2
• Metodi per la costituzione di varietà omozigoti
• Metodi per la costituzione di varietà a libera impollinazione
• Metodi per la costituzione di varietà ibride
• Metodi per la costituzione di varietà clonali
Metodi di miglioramento genetico per la costituzione di varietà omozigoti
• Pedigree
• Selezione massale • Popolazione riunita
• Selezione per linea pura • SSD
• Reincrocio
Selezione massale
Considerazioni sulla selezione massale 1
• Le varietà che derivano da selezione massale sono un miscuglio di linee pure più
o meno omogenee per una serie di caratteristiche distintive
• In pratica, la selezione massale viene operata per scartare piante con difetti
evidenti da ecotipi o varietà locali, senza compromettere le caratteristiche di
adattabilità delle stesse all’ambiente…
• Le varietà ottenute per selezione massale non si ritrovano per colture
economicamente importanti
Base teorica della selezione per linea pura: esperimenti di Johannsen
Selezione per linea pura
Considerazioni sulla selezione per linea pura
INCROCIO
REINCROCIO PEDIGREE
POPOLAZIONE RIUNITA
S.S.D.
Reincrocio per trasferire un allele dominante
Reincrocio per trasferire un allele dominante
Reincrocio per trasferire un allele recessivo
Considerazioni sul metodo del reincrocio
• Viene applicato quando si vuole migliorare una varietà coltivata per caratteri
ad eredità semplice (qualitativi, es. resistenza a malattie).
Donor Commercial
variety Variety
Resistance X
Gene
New Variety
Metodo pedigree
Metodo pedigree
• Si selezionano 1000-2000 piante delle circa 10000-20000 piante F2 allevate in modo
spaziato. Da ciascuna pianta selezionata, si raccoglie il seme e si costituisce una
progenie-fila di 30-40 individui F3 allevati spaziati
• Si seleziona, in F3, per pianta singola e (in misura minore) in base alle caratteristiche
medie della progenie fila. Da ciascuna pianta si costituiscono progenie fila F4 allevate
spaziate
• Si seleziona, in F4, per pianta singola e (in misura maggiore) in base alle caratteristiche
medie della progenie fila. Da ciascuna pianta si costituiscono progenie fila F5 allevate
spaziate
• Dalla F6 in poi si semina alle comuni densità e si seleziona solo in base alla performance
media della linea. Circa 100 linee sono valutate in F7
• Vantaggi:
• Le note pedigree riportano informazioni circa le caratteristiche
fenotipiche della genealogia. Ciò aiuta ad effettuare scelte (es. valutare
una linea anche in base alle caratteristiche parentali, oppure portare
avanti linee migliori di diversa discendenza, in modo da esplorare più
variabilità genetica)
• Svantaggi:
• Lungo
• Laborioso (selezione in ogni generazione)
• Selezione su piante singole ed eterozigoti, dunque inefficiente per
caratteri quantitativi
• Selezione su piante spaziate non rispecchia le reali situazioni di campo
• Compilare le note pedigree ha un costo importante
Metodo bulk
Considerazioni sul metodo bulk
• I prodotti dell’incrocio iniziale vengono allevati insieme per 5-7 generazioni, in modo da
ottenere un’ampia popolazione di linee pure all’interno delle quali iniziare il lavoro di
selezione
• Si seleziona in base alla media delle linee e si allestiscono linee F9, seminate secondo le
normali densità di semina
• Vantaggi:
• Relativamente al metodo pedigree, più semplice e meno costoso (assenza
di note e mancanza di selezione nelle prime generazioni)
• Rispetto al pedigree, la selezione su pianta singola è rimandata a
materiale omozigote
• Ottimale quando si seleziona per adattabilità all’ambiente
• Svantaggi:
• Lungo
• Fitness vs valore agronomico
Metodo SSD
Considerazioni sul metodo SSD
• Si raccolgono 1-2 semi da ogni individuo F2 (100000-200000 piante)
• Vantaggi:
• Relativamente al metodo pedigree, più semplice e meno costoso (assenza
di note e mancanza di selezione nelle prime generazioni)
• Rispetto al pedigree, la selezione su pianta singola è rimandata a
materiale omozigote
• Molto breve (3-4 generazioni in un anno)
• Ottimale quando l’adattabilità ambientale è in contrasto con il valore
agronomico
• Svantaggi:
• Non è ideale per selezionare caratteristiche di adattabilità all’ambiente
• Considerare un solo seme per pianta può causare perdita di variabilità
favorevole per effetto della segregazione
Metodi di Miglioramento genetico per la costituzione di
popolazioni migliorate a libera impollinazione
• I primi prevedono una selezione di individui sulla base della semplice ispezione
del fenotipo degli stessi (buona per caratteri ad alta h2N (>50%))
• I secondi prevedono che la selezione avvenga sulla base del fenotipo della
progenie, valutato in apposite prove
Metodi di selezione fenotipica
Sono semplici, e possono permettere rapidi miglioramenti in specie minori per
cui scarso è stato il lavoro di selezione, o in specie di nuova introduzione in un
nuovo areale di coltivazione. Possono altresì essere messi in atto non per
costituire direttamente una varietà, ma per costituire popolazioni di base
migliorate da cui partire con ulteriori metodi di miglioramento genetico
• Come gli altri metodi, può essere condotta per produrre una popolazione di
base per ulteriori programmi di miglioramento genetico o per ottenere
varietà migliorate
Selezione ricorrente semplice
Selezione genotipica
• Le piante vengono selezionate sulla base di del valore della loro progenie
(circa 50 individui)
• I test di progenie (progeny test) possono essere atti valutare l’attitudine alla
combinazione generale (ACG) o l’attitudine alla combinazione specifica (ACS)
• Si può verificare che un genotipo con bassa ACG si combini in modo eccellente
con un altro genotipo dimostrando di avere con quest’ultimo una elevata ACS
• Open cross
• Top cross
• Poly-cross
• Single cross
Prove di progenie da autofecondazione
A seconda del tester, che può essere ad elevata o bassa variabilità genetica, si
potranno avere indicazioni e dunque selezionare in base all’ACG o ACS
Prove di progenie top-cross
A seconda del tester, che può essere ad elevata o bassa variabilità genetica, si
potranno avere indicazioni sull’ACG o ACS
Prove di progenie da polincrocio o poly-cross
Prove di progenie da polincrocio o poly-cross
Selezione basata su progenie da incrocio semplice (single cross)
Vengono effettuati tutti gli incroci possibili (escluse autofecondazioni e reciproci) tra
materiali in valutazione (linee inbred, cloni o altro)
Il valore della progenie dai singoli incroci stima l’ACG, quella media delle progenie
ottenute da un singolo genotipo stima l’ACS
• Per mantenere una sintetica, bisognerà mantenere gli individui Syn0. Inoltre
bisognerà mantenere costante l’ambiente di moltiplicazione per ciò che
concerne tecnica colturale. Infine, bisognerà favorire il libero incrocio tra gli
individui in moltiplicazione
Schema di ottenimento di una varietà sintetica
Stima del valore agronomico di varietà sintetiche
Nel 1922, Sewall-Wright propose una formula per prevedere la produttività
media di una fintetica prodotta a partire da linee inbred:
F2 =F1-[(F1-P)/n]
2 6,59 4,41
3 6,3 5,14
4 6,33 5,35
5 6,18 5,41
6 6,02 5,41
7 5,85 5,33
8 5,70 5,26
9 5,59 5,20
10 5,39 5,04
Ibridi F1
• Per varietà ibrida si intende comunemente la la generazione F1 ottenuta
dall’incrocio di due linee inbred (specie allogame) o due linee pure (specie
autogame) opportunamente selezionate sulla base di prove di progenie
• Oggi, ibridi F1 sono prodotti un po’ per tutte le specie ad alto reddito, sia
autogame che allogame (incluse le ortive)
• Perché l’effetto eterotico sia di interesse per il breeder, non basta che
l’ibrido abbia performance superiore alla media dei parentali, ma superiore al
migliore dei due parentali
B73
F1
H99
1 cm
Eterosi
Eterosi
Stime dell’eterosi negli ibridi F1 (in termini percentuali rispetto alla media
delle prestazioni parentali) per la produzione di seme.
Depressione da inbreeding in mais
Teorie per spiegare l’eterosi (e la depressione da inbreeding)
• Secondo la teoria della dominanza, la depressione da inbreeding è
determinata da mutazioni recessive deleterie, che l’inbreeding stesso porta
in omozigosi. Particolari incroci tra parentali geneticamente diversi
minimizzano la percentuale di alleli deleteri allo stato omozigote, con
conseguente eterosi.
d AA Aa
aa
Teorie per spiegare l’eterosi (e la depressione da inbreeding)
• Probabilmente, tutte e due le ipotesi sono veritiere. Infatti, specie autogame
sono meno soggette a depressione da inbreeding. Ciò è compatibile con il
fatto che mutazioni deleterie in specie autogame, a differenza che in specie
allogame, sono sottoposte all’azione della selezione e dunque eliminate.
• In ogni modo, come detto in precedenza una certa eterosi è ottenibile anche
in specie autogame, tanto che per specie autogame di pregio è comune
produrre varietà ibride, il che indica fenomeni di sovradominanza.
Depressione da inbreeding e costituzione varietale
• In specie allogame, la produzione dell’ibrido richiede la costituzione di linee
inbred attraverso ripetute autofecondazioni.
• Tipi di autoincompatibilità:
1. Gametofitica: la fecondazione non avviene se il polline (gametofito,
numero cromosomico n) è portatore di un allele al locus S presente
nel corredo cromosomico 2n del pistillo
2. Sporofitica: la presenza o meno di fecondazione dipende dai
genotipi del pistillo (2n) e della pianta madre del polline (anch’essa
2n). Evidentemente, in tal caso, i prodotti dei geni S si trovano sulla
superficie del granulo pollinico, derivata da tessuti sporofitici
Autoincompatibilità gametofitica
• Pertanto, ebbero successo ibridi doppi (o a quattro vie), del tipo (AxB) x
(CxD). In questo modo, il portaseme e l’impollinante sono entrambi vigorosi, è
ciò permette di avere una quantità maggiore di seme.
• D’altra parte, non si tratta di ibridi F1 veri e propri e dunque sono piuttosto
eterogenei
• Via via che si rendevano disponibili linee inbred più produttive, sono stati
costituiti dapprima ibridi a tre vie e finalmente ibridi semplici
• Nei paesi ad agricoltura evoluta, gli ibridi semplici sono i più diffusi anche in
virtù di tecniche che permettono la semina di precisione, con conseguente
risparmio sul costo di acquisto della semente ibrida
Ibridi doppi nel mais
Ibridi a tre vie nel mais
Schemi per la costituzione di ibridi semplici di mais
• I campi di moltiplicazione delle inbred e di produzione degli ibridi devono
essere isolati tra loro e da altre coltivazioni (per il mais circa 200m)
• Le linee inbred migliori sono valutate prima in base all’ACG (prove di progenie
top-cross). Circa 20 linee inbred selezionate sono quindi valutate in base
all’ACS.
• Per quanto riguarda varietà ibride, si tratta di introdurre uno o pochi geni di
interesse in linee inbred
C. reticulata x C. paradisiaca
Ibridi direttamente impiegati in coltivazione:es. mapo
C. reticulata x C. grandis
Ibridi direttamente impiegati nella coltivazione
Selezione clonale
Per piante presentanti un ciclo vitale lungo è necessario attendere anche 10-12
anni per ottenere i primi risultati (nelle piante arboree)
Selezione assistita da marcatori molecolari
Associazione
• Se i loci sono molto lontani sullo stesso cromosoma, si dimostra che
la loro distanza tende a 50 cM
Associazione
Donor Commercial
variety Variety
Resistance X
Gene
New Variety
Vantaggi della selezione assistita nel reincrocio
• Permette di evitare test fenotipici
• Training phase in cui si sviluppano formule per il calcolo del GEBV, sulla base
di dati fenotipici e genotipici
dove:
m0= media del carattere nella popolazione
h2= ereditabilità in senso stretto
yi= valore fenotipico dell’individuo i
• Nella GS, V(A) è scomposta nella varianza degli effetti di marcatori lungo tutto
il genoma, V(A1), V(A2)…V(AN), assumendo nessuna correlazione tra marcatori
dove:
Yi = valore fenotipico dell’individuo i
X1i =valore del marcatore dell’individuo 1 (valori 0 e 1)
ei= termine di errore (si assume distribuito normalmente con media 0)
Вo e В1 = parametri da stimare ad es. con il metodo dei minimi quadrati
Per M marcatori:
Correzioni al modello lineare
• Ridge regression
• Metodi bayesiani