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Metodi di Miglioramento genetico

Stefano Pavan
DiS.S.P.A
E-mail: stefano.pavan@uniba.it
Legge di Hardy-Weinberg
Si assuma una popolazione diploide che si riproduca sessualmente
attraverso generazioni discrete e in cui i genitori muoiano dopo la
riproduzione

Siano p la frequenza di A, e q la frequenza di a

Le frequenze genotipiche derivano dallo sviluppo del quadrato del


binomio (p+q)2 . Quindi rimangono costanti nelle generazioni successive
Relazione tra frequenze geniche e genotipiche all’equilibrio
Significato della legge di Hardy-Weinberg

I meccanismi di eredità mendeliana non comporta evoluzione (cambiamento nel


tempo delle caratteristiche di una popolazione), che invece deriva dai processi
di:

•  Unione non casuale

•  Mutazione

•  Migrazione

•  Deriva genetica

•  Selezione
Unioni non casuali

•  L’inbreeding è un tipo di unione non casuale, dovuta ad una frequenza di unioni


tra individui imparentati superiore a quella dovuta ad eventi casuali

•  L’inbreeding è legato al concetto di identità per discendenza (i.b.d.), ossia la


probabilità due varianti genetiche (es. alleli) derivino (=coalescano) dalla
stessa variante ancestrale
Unioni (non) casuali e probabilità di i.b.d.

•  Probabilità di i.b.d. (popolazione ideale di Wright-Fisher composta da N


individui diploidi ed ermafroditi, chiusa, di dimensione costante, in cui vi sia
random mating e vi sia assenza di selezione sugli alleli) = (1/4N2)2N = 1/2N

•  L’inbreeding aumenta la probabiltà di i.b.d. rispetto al random mating


(pensate se tutti gli individui in figura si autofecondassero, la probabilità di
i.b.d nella generazione successiva sarebbe 1/2). Di conseguenza aumenta la
probabilità di omozigosi
Unioni non casuali e coefficiente di inbreeding
Il coefficiente di inbreeding F di una popolazione è definito come la probabilità
che due varianti (es. alleli) di un individuo preso a caso nella popolazione siano
i.b.d. a causa di inbreeding, cioè in eccesso rispetto al valore atteso dovuto a
random mating. Definito F, dopo una generazione di inbreeding si ha che:

f(AA)=(1-F)p2+Fp=p2+F(p-p2)=p2+Fp(1-p) =p2+Fpq
f(aa)= q2+Fpq
f(Aa)=1-f(AA)-f(aa)=2(1-F)pq
Effetto dell’inbreeding continuato

•  Alla seconda generazione di autofecondazione si ha che Ft= ½(1+Ft-1), ossia del prodotto
tra: 1) la probabilità ½ che i due alleli di un individuo nella generazione t derivano dalla
replicazione dello stesso allele presente nella generazione t-1; 2) la probabilità ½Ft-1 che
i due alleli di un individuo nella generazione t derivano da alleli diversi nella generazione
t-1, ma a loro volta i.b.d. perché provengono dallo stesso allele presente nella
generazione t-2

•  Diverse generazioni di autofecondazione (o comunque di inbreeding) in assenza di


random mating fanno in modo che F tenda ad un valore di equilibrio F*=1. Poiché
f(Aa)=2(1-F)pq, si ha che la quota di eterozigosi nella popolazione tende a 0
Quantificare l’incremento dell’omozigosi: popolazioni autogame

•  Assumiamo una popolazione S0 che non sia il risultato di inbreeding (es. una popolazione
di ibridi F1 derivante da incrocio tra linee pure). Per quanto detto, alla prima
generazione di autofecondazione (S1), FS1=½. Dopo due generazioni di autofecondazione,
FS2=½(1+½)=¾, dopo 3 generazioni FS3=7/8, e cosi via, fino a tendere come detto a F*=1.

•  Considerato che f(Aa)=2(1-F)pq, si ha il risultato che la quota di eterozigosi si dimezza


ad ogni generazione di autofecondazione. Le popolazioni naturali di specie autogame sono
un insieme di differenti linee pure
Incremento dell’omozigosi in popolazioni autogame
Considerato un genotipo eterozigote per n coppie alleliche, ed m generazioni di
autofecondazione

100

80
omozigoti (%)
Individui

60 N° di

( )
1
geni (n) n
40 2
2m - 1
5 2m
20 10
100
0
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
N° di generazioni segreganti (m)
[F2]
Incremento dell’omozigosi dovuto all’inbreeding
Quantificare l’incremento dell’omozigosi: popolazioni con una
certa quota di random mating

•  Sia S la probabilità che uno zigote derivi da autofecondazione (ed 1-S


conseguentemente la probabilità che derivi da random mating)

•  Sia F il coefficiente di inbreeding ad una data generazione. Nella generazione


successiva, si ha che F’=S/2(1+F). Di conseguenza il cambiamento del coefficiente di
inbreeding ΔF=S/2-(1-S/2)F

•  Il coefficiente di inbreeding tende ad un equilibrio in cui F’=F=F*(coefficiente di


inbreeding all’equilibrio), e dunque ΔF=0. Riarrangiando l’equazione precedente per ΔF=0
si ha che F*=S/(2-S). Si noti che, in caso di autofecondazione stretta (S=1), F*=1, così
come visto in precedenza

•  L’equilibrio di Sewall Wright è tale per cui: f(AA)=p2+F*pq; f(Aa)=2(1-F*)pq;


f(aa)=q2+F*pq

•  Per F=0, l’equilibrio di Sewall-Wright si riduce alle condizioni di equilibrio di Hardy-


Weinberg
Struttura genetica di popolazioni naturali di specie coltivate

•  Popolazioni naturali di specie prevalentemente autogame sono assimilabili ad


un insieme di differenti linee pure

•  Popolazioni naturali di specie prevalentemente allogame sono composte da


diversi individui eterozigoti che si interincrociano liberamente (possibilità di
equilibrio H. W.)

•  Popolazioni naturali di specie che si propagano per via vegetativa sono


normalmente multiclonali
Tipi di costituzione varietale
1.  Linee pure

2.  Popolazioni a libero interincrocio

3.  Cloni

4.  Ibridi F1 (a partire da parentali omozigoti)

5.  Altro (varietà multilinea, apomittiche, ibridi dall’incrocio di cloni o popolazioni)

•  Le costituzioni di tipo (1), (2) e (3) richiedono costi minimi di ottenimento in specie
coltivate prevalentemente autogame, prevalentemente allogame e a propagazione
vegetativa, rispettivamente (hanno una struttura genetica simile a quella di popolazioni
naturali)

•  Le costituzioni di tipo (4) richiedono costi maggiori: per specie allogame è necessario
forzare il sistema riproduttivo verso l’autofecondazione; per specie autogame e
allogame è necessario applicare strategie per effettuare incroci controllati su larga
scala. Vantaggi, come si dirà, sono lo sfruttamento dell’eterosi e, per il costitutore,
l’impossibilità di riutilizzare il seme
Metodi di Miglioramento genetico

• Sarebbe più opportuno parlare di schemi di selezione che permettono,


partendo dalla disponibilità di variabilità genetica, di arrivare alla
costituzione varietale

• Classificazione 1
•  Metodi per specie autogame
•  Metodi per specie allogame
•  Metodi per specie a propagazione vegetativa

• Classificazione 2
•  Metodi per la costituzione di varietà omozigoti
•  Metodi per la costituzione di varietà a libera impollinazione
•  Metodi per la costituzione di varietà ibride
•  Metodi per la costituzione di varietà clonali
Metodi di miglioramento genetico per la costituzione di varietà omozigoti

Base: disponibilità di popolazioni geneticamente variabili

da popolazioni Metodi di da popolazioni


naturali miglioramento per la derivanti
(es.ecotipi, varietà locali) costituzione di varietà da incrocio
omozigoti

• Pedigree
• Selezione massale • Popolazione riunita
• Selezione per linea pura • SSD
• Reincrocio
Selezione massale
Considerazioni sulla selezione massale 1

• Le varietà che derivano da selezione massale sono un miscuglio di linee pure più
o meno omogenee per una serie di caratteristiche distintive

• In pratica, la selezione massale viene operata per scartare piante con difetti
evidenti da ecotipi o varietà locali, senza compromettere le caratteristiche di
adattabilità delle stesse all’ambiente…

• …oppure per selezionare, nell’ambito di un ecotipo o varietà locale, i genotipi più


adatti ad un nuovo areale di coltivazione

• Le varietà ottenute per selezione massale non si ritrovano per colture
economicamente importanti
Base teorica della selezione per linea pura: esperimenti di Johannsen
Selezione per linea pura
Considerazioni sulla selezione per linea pura

•  Vantaggi: rapida; relativamente poco costosa; conduce a cultivar uniformi;


applicabile per caratteri a bassa ereditabilità (selezione sulla base della
media di linee omozigoti)

•  Svantaggi: bassa adattabilità delle cultivar in relazione all’uniformità


genetica, necessità che il genotipo ideale sia già presente nella popolazione
Metodi a partire da popolazioni artificiali da incrocio
Comunemente uno dei due parentali è costituito da una varietà di pregio. L’altro
parentale è scelto sulla base di uno o più caratteristiche su cui il primo
parentale è deficitario

INCROCIO

Caratteri semplici Caratteri poligenici

REINCROCIO PEDIGREE
POPOLAZIONE RIUNITA
S.S.D.
Reincrocio per trasferire un allele dominante
Reincrocio per trasferire un allele dominante
Reincrocio per trasferire un allele recessivo
Considerazioni sul metodo del reincrocio
•  Viene applicato quando si vuole migliorare una varietà coltivata per caratteri
ad eredità semplice (qualitativi, es. resistenza a malattie).

•  Il parentale ricorrente è molto spesso una varietà di pregio; il parentale


donatore è un genotipo che presenta una caratteristica interessante, ma in
generale scadente da un punto di vista agronomico (es. una specie selvatica).

•  Di solito si fanno 6-7 reincroci

•  Per caratteri recessivi, ad ogni reincrocio deve seguire un ciclo di


autofecondazione

•  Problema derivante dall’associazione del gene favorevole con geni sfavorevoli


(fenomeno del linkage drag)
Linkage drag

Donor Commercial
variety Variety

Resistance X
Gene

New Variety
Metodo pedigree
Metodo pedigree
•  Si selezionano 1000-2000 piante delle circa 10000-20000 piante F2 allevate in modo
spaziato. Da ciascuna pianta selezionata, si raccoglie il seme e si costituisce una
progenie-fila di 30-40 individui F3 allevati spaziati

•  Si seleziona, in F3, per pianta singola e (in misura minore) in base alle caratteristiche
medie della progenie fila. Da ciascuna pianta si costituiscono progenie fila F4 allevate
spaziate

•  Si seleziona, in F4, per pianta singola e (in misura maggiore) in base alle caratteristiche
medie della progenie fila. Da ciascuna pianta si costituiscono progenie fila F5 allevate
spaziate

•  Si seleziona in F5 come in F4. Si selezionano circa 200 famiglie F5 (o linee, perché


altamente omozigoti)

•  Dalla F6 in poi si semina alle comuni densità e si seleziona solo in base alla performance
media della linea. Circa 100 linee sono valutate in F7

•  F8-F10: prove agronomiche con le varietà in commercio in più località

•  Nelle prime generazioni segreganti (F2 ed F3) si seleziona prevalentemente per


caratteri qualitativi. Nelle generazioni successive si seleziona per caratteri quantitativi
Considerazioni sul metodo pedigree

•  Vantaggi:
•  Le note pedigree riportano informazioni circa le caratteristiche
fenotipiche della genealogia. Ciò aiuta ad effettuare scelte (es. valutare
una linea anche in base alle caratteristiche parentali, oppure portare
avanti linee migliori di diversa discendenza, in modo da esplorare più
variabilità genetica)

•  Svantaggi:
•  Lungo
•  Laborioso (selezione in ogni generazione)
•  Selezione su piante singole ed eterozigoti, dunque inefficiente per
caratteri quantitativi
•  Selezione su piante spaziate non rispecchia le reali situazioni di campo
•  Compilare le note pedigree ha un costo importante
Metodo bulk
Considerazioni sul metodo bulk

•  I prodotti dell’incrocio iniziale vengono allevati insieme per 5-7 generazioni, in modo da
ottenere un’ampia popolazione di linee pure all’interno delle quali iniziare il lavoro di
selezione

•  La popolazione F2 è molto grande (100000-200000 individui) e seminata secondo


normali densità, non dovendosi effettuare selezione antropica. Alla fine del ciclo il
seme viene raccolto in massa (bulk) e si estrae un campione casuale di 100000-200000
semi

•  In F3-F6 si procede come in F2

•  In F7 si seleziona per piante singole, seminate in maniera spaziata, e si allestiscono


linee F8 seminate spaziate

•  Si seleziona in base alla media delle linee e si allestiscono linee F9, seminate secondo le
normali densità di semina

•  Dalla F9 alla F12 si allestiscono prove replicate in più ambienti


Considerazioni sul metodo bulk

•  Vantaggi:
•  Relativamente al metodo pedigree, più semplice e meno costoso (assenza
di note e mancanza di selezione nelle prime generazioni)
•  Rispetto al pedigree, la selezione su pianta singola è rimandata a
materiale omozigote
•  Ottimale quando si seleziona per adattabilità all’ambiente

•  Svantaggi:
•  Lungo
•  Fitness vs valore agronomico
Metodo SSD
Considerazioni sul metodo SSD
•  Si raccolgono 1-2 semi da ogni individuo F2 (100000-200000 piante)

•  Si ripete l’operazione fino alla F5-F6.

•  Il trattamento delle altre generazioni è simile a quello visto per il metodo


bulk

•  Come per la popolazione riunita, si seleziona su molte più piante rispetto al


pedigree

•  Come per la popolazione riunita, si seleziona su piante omozigoti, e dunque si


minimizza il disturbo dovuto ad effetti di dominanza. Questo è un vantaggio
rispetto al pedigree
Considerazioni sul metodo SSD

•  Vantaggi:
•  Relativamente al metodo pedigree, più semplice e meno costoso (assenza
di note e mancanza di selezione nelle prime generazioni)
•  Rispetto al pedigree, la selezione su pianta singola è rimandata a
materiale omozigote
•  Molto breve (3-4 generazioni in un anno)
•  Ottimale quando l’adattabilità ambientale è in contrasto con il valore
agronomico

•  Svantaggi:
•  Non è ideale per selezionare caratteristiche di adattabilità all’ambiente
•  Considerare un solo seme per pianta può causare perdita di variabilità
favorevole per effetto della segregazione
Metodi di Miglioramento genetico per la costituzione di
popolazioni migliorate a libera impollinazione

•  A fini didattici, essi possono essere divisi in fenotipici e genotipici.

•  I primi prevedono una selezione di individui sulla base della semplice ispezione
del fenotipo degli stessi (buona per caratteri ad alta h2N (>50%))

•  I secondi prevedono che la selezione avvenga sulla base del fenotipo della
progenie, valutato in apposite prove
Metodi di selezione fenotipica
Sono semplici, e possono permettere rapidi miglioramenti in specie minori per
cui scarso è stato il lavoro di selezione, o in specie di nuova introduzione in un
nuovo areale di coltivazione. Possono altresì essere messi in atto non per
costituire direttamente una varietà, ma per costituire popolazioni di base
migliorate da cui partire con ulteriori metodi di miglioramento genetico

•  Selezione massale per via materna

•  Selezione massale per via materna e paterna

•  Selezione ricorrente semplice


Selezione massale per via materna
•  Si raccolgono i semi dagli individui migliori da una popolazione di partenza (es.
ecotipo, varietà locale, F2)

•  Tale seme, opportunamente mescolato, darà origine ad una popolazione


migliorata per frequenze geniche e genotipiche (materiale di base per
ulteriori programmi di miglioramento genetico) o alla varietà commerciale

•  La selezione è basata esclusivamente sul valore della pianta portaseme,


pertanto si parla di selezione per via materna
Selezione massale o per via materna
Considerazioni sulla selezione massale per via materna e paterna
•  Rappresenta un miglioramento della selezione massale per via materna

•  In pratica, si procede all’estirpazione delle piante non interessanti (oppure


alla propagazione clonale di quelle interessanti) e si lascia avvenire l’incrocio
solo tra piante fenotipicamente superiori

•  In questo modo, il polline, e non solo le cellule uovo, deriva da piante


agronomicamente valide
Schema di selezione massale per via materna e paterna
Selezione ricorrente
•  E’ in pratica, rappresentato da più cicli di selezione massale ripetuti a partire
da una popolazione di partenza

•  Come gli altri metodi, può essere condotta per produrre una popolazione di
base per ulteriori programmi di miglioramento genetico o per ottenere
varietà migliorate
Selezione ricorrente semplice
Selezione genotipica
•  Le piante vengono selezionate sulla base di del valore della loro progenie
(circa 50 individui)

•  I test di progenie (progeny test) possono essere atti valutare l’attitudine alla
combinazione generale (ACG) o l’attitudine alla combinazione specifica (ACS)

•  I test per l’ACG permettono di ottenere indicazioni sul comportamento medio


di un genotipo nelle sue combinazioni ibride. Un individuo con elevata ACG
fornisce buone combinazioni ibride qualunque sia il genotipo con il quale viene
incrociato.

•  I test per l’ACS permettono di ottenere indicazioni sul comportamento di un


genotipo quando incrociato con uno specifico genotipo

•  Si può verificare che un genotipo con bassa ACG si combini in modo eccellente
con un altro genotipo dimostrando di avere con quest’ultimo una elevata ACS

•  L’ACG è dovuta ad effetti genici additivi, l’ACS anche ad effetti di dominanza


Tipi di prove di progenie
•  Autofecondate

•  Open cross

•  Top cross

•  Poly-cross

•  Single cross
Prove di progenie da autofecondazione

Utile per stimare l’ACG, non l’ACS


Prove di progenie da autofecondazione

Utile per stimare l’ACG, non l’ACS


Prove di progenie da libera impollinazione (open-cross)

Permette di selezionare per l’ACG


Prove di progenie da libera impollinazione (open-cross)

Permette di selezionare per l’ACG


Prove di progenie top-cross

A seconda del tester, che può essere ad elevata o bassa variabilità genetica, si
potranno avere indicazioni e dunque selezionare in base all’ACG o ACS
Prove di progenie top-cross

A seconda del tester, che può essere ad elevata o bassa variabilità genetica, si
potranno avere indicazioni sull’ACG o ACS
Prove di progenie da polincrocio o poly-cross
Prove di progenie da polincrocio o poly-cross
Selezione basata su progenie da incrocio semplice (single cross)

Vengono effettuati tutti gli incroci possibili (escluse autofecondazioni e reciproci) tra
materiali in valutazione (linee inbred, cloni o altro)

Il valore della progenie dai singoli incroci stima l’ACG, quella media delle progenie
ottenute da un singolo genotipo stima l’ACS

Fornisce molte informazioni, ma è inattuabile quando i materiali da valutare sono molti. Il


numero di combinazioni ibride possibili è infatti n(n-1)/2
Selezione ricorrente per l’ACG e ACS
generale: progenie da pianta
selezionata x tester ad alta
variabilità (F2, varietà locale, etc.)

specifica: progenie da pianta


selezionata x tester a bassa
variabilità (linee inbred)

Come la selezione ricorrente


semplice, permette di ottenere
popolazioni migliorate per
successive operazioni di
miglioramento genetico oppure la
costituzione di varietà commerciali
Esempio di selezione ricorrente per l’ACG
Selezione ricorrente reciproca
Selezione ricorrente reciproca
Varietà sintetiche
•  Per varietà sintetica si intende la varietà ottenuta dall’interincrocio di
genotipi (linee inbred o cloni) selezionati sulla base di appropriate prove di
progenie

•  Sono generalmente costituite da specie per le quali il costo di produzione di


varietà ibride sarebbe molto elevato (es. foraggere)

•  Infatti, per alcune generazioni (2-5), le varietà sintetiche non subiscono


importanti variazioni per ciò che concerne frequenze geniche e genotipiche
(equilibrio Hardy-Weinberg). Ciò permette di riutilizzarne il seme.

•  Oltre tali generazioni, le sintetiche vano incontro ad un processo di


“ecotipizzazione”, a causa dell’ adattamento ambientale. Ciò comporta
generalmente un certo scadimento agronomico
Varietà sintetiche
•  I genotipi che danno origine alla sintetica costituiscono la generazione Syn0

•  Il seme della generazione Syn1 è troppo poco per essere commercializzato

•  Dunque le varietà sintetiche in commercio corrispondono generalmente alle


Syn2, Sy3 e Syn4

•  Per mantenere una sintetica, bisognerà mantenere gli individui Syn0. Inoltre
bisognerà mantenere costante l’ambiente di moltiplicazione per ciò che
concerne tecnica colturale. Infine, bisognerà favorire il libero incrocio tra gli
individui in moltiplicazione
Schema di ottenimento di una varietà sintetica
Stima del valore agronomico di varietà sintetiche
Nel 1922, Sewall-Wright propose una formula per prevedere la produttività
media di una fintetica prodotta a partire da linee inbred:

F2 =F1-[(F1-P)/n]

Dove F2 è la produzione media della sintetica in Syn1 e nelle altre generazioni


poste le condizioni di equilibrio HardY-Weinberg;

F1 è la produzione media delle varie combinazioni ibride;

P è la produzione media delle linee inbred

n è il numero di linee inbred

Dunque, per aumentare il valore di una sintetica, il breeder può utilizzare


linee inbred che producano ibridi più produttivi, utilizzare linee inbred più
produttive o aumentare il numero di linee inbred
Numero linee e Produzione t x ha

N° linee inbred Media Attesa in


delle F2
F1

2 6,59 4,41
3 6,3 5,14
4 6,33 5,35
5 6,18 5,41
6 6,02 5,41
7 5,85 5,33
8 5,70 5,26
9 5,59 5,20
10 5,39 5,04
Ibridi F1
•  Per varietà ibrida si intende comunemente la la generazione F1 ottenuta
dall’incrocio di due linee inbred (specie allogame) o due linee pure (specie
autogame) opportunamente selezionate sulla base di prove di progenie

•  Oggi, ibridi F1 sono prodotti un po’ per tutte le specie ad alto reddito, sia
autogame che allogame (incluse le ortive)

•  Vantaggi delle costituzioni ibride sono la loro uniformità (maggiore rispetto a


varietà in equilibrio H. W.), il maggiore sfruttamento dell’eterosi (vedi dopo),
e, per il costitutore, l’impossibilità di reimpiego del seme

•  Svantaggi: bisogna effettuare incroci controllati oppure sfruttare particolari


barriere riproduttive
Eterosi
•  L’eterosi (sinonimo vigore ibrido) è definita come l’incremento in dimensioni,
vigore fertilità e produttività (in generale, la performance) di un ibrido
rispetto alla media dei parentali

•  L’effetto eterotico è positivamente correlato al numero di loci eterozigoti


dell’ibrido e, dunque, generalmente si ha che esso aumenta all’aumentare della
distanza genetica tra i parentali

•  Perché l’effetto eterotico sia di interesse per il breeder, non basta che
l’ibrido abbia performance superiore alla media dei parentali, ma superiore al
migliore dei due parentali

•  L’effetto eterotico è maggiore nelle allogame, ma è stato dimostrato anche


per specie autogame come i frumenti o il pomodoro
Eterosi

B73

F1

H99
1 cm
Eterosi
Eterosi

Stime dell’eterosi negli ibridi F1 (in termini percentuali rispetto alla media
delle prestazioni parentali) per la produzione di seme.
Depressione da inbreeding in mais
Teorie per spiegare l’eterosi (e la depressione da inbreeding)
•  Secondo la teoria della dominanza, la depressione da inbreeding è
determinata da mutazioni recessive deleterie, che l’inbreeding stesso porta
in omozigosi. Particolari incroci tra parentali geneticamente diversi
minimizzano la percentuale di alleli deleteri allo stato omozigote, con
conseguente eterosi.

•  Ipotesi della sovradominanza: superiorità del valore genotipico degli


eterozigoti rispetto agli omozigoti

d AA Aa
aa
Teorie per spiegare l’eterosi (e la depressione da inbreeding)
•  Probabilmente, tutte e due le ipotesi sono veritiere. Infatti, specie autogame
sono meno soggette a depressione da inbreeding. Ciò è compatibile con il
fatto che mutazioni deleterie in specie autogame, a differenza che in specie
allogame, sono sottoposte all’azione della selezione e dunque eliminate.

•  In ogni modo, come detto in precedenza una certa eterosi è ottenibile anche
in specie autogame, tanto che per specie autogame di pregio è comune
produrre varietà ibride, il che indica fenomeni di sovradominanza.
Depressione da inbreeding e costituzione varietale
•  In specie allogame, la produzione dell’ibrido richiede la costituzione di linee
inbred attraverso ripetute autofecondazioni.

•  Nel corso di tali autofecondazioni si rende evidente il fenomeno della


depressione da inbreeding, ovvero lo scadimento della performance
agronomica man mano che si raggiungono livelli elevati di omozigosi

•  Alcune specie allogame (es. erba medica) risentono moltissimo della


depressione da inbreeding, tanto che l’autofecondazione è associata a ibridi
non vitali o sterili. Altre specie tollerano più autofecondazioni. Tra queste
mais, girasole e, soprattutto, Cucurbitaceae da orto.

•  Le varietà eterozigoti, e in particolare gli ibridi, sono le uniche in grado di


sfruttare il fenomeno eterotico
Gruppi e pattern eterotici
•  Gruppo eterotico: gruppo di individui che mostrano attitudine combinatoria
simile quando incrociati ad individui di altri gruppi

•  Un pattern eterotico è definito come una coppia specifica di gruppi eterotici


che esprimono un elevato livello di eterosi nei loro incroci

•  La conoscenza di gruppi e pattern eterotici è ovviamente importante al fine


di massimizzare le possibilità di costituire combinazioni ibride di successo

•  Poiché l’eterosi è legata all’eterozigosi, pattern eterotici sono generalmente


osservati all’aumentare della distanza genetica tra i parentali
Distanza genetica dei parentali e performance in melanzana
Definizione di gruppi eterotici
•  Marcatori molecolari

•  Prove di attitudine alla combinazione

•  Esempio di pattern eterotici: Minor, Major e Mediterraneo per la fava


Scelta dei parentali dell’ibrido
•  Gruppi e pattern eterotici

•  Caratteri qualitativi e performance produttiva

•  Prove di progenie. Se un parentale dell’ibrido è già noto (una linea di élite), si


testa direttamente l’ACS. Alternativamente, si testano prima l’ACG e quindi
l’ACS attraverso incroci diallelici
Produzione della semente ibrida
•  Sincronizzazione della fioritura dei parentali (semine scalari)

•  Adeguato rapporto file portaseme-impollinanti

•  Attenzione a contaminazioni ed eliminazione dei fuori tipo

•  Emasculazione manuale portaseme e incrocio controllato (pomodoro,


peperone, melanzana)

•  Sfruttamento monoicia (es. Cucurbitaceae)

•  Sfruttamento autoincompatibilità in associazione a metodi fisici o chimici in


grado di rompere tale barriera e assicurare il mantenimento delle linee
parentali (Brassicaceae)

•  Maschiosterilità (es. barbabietola, carota, cipolla)

•  Massime cure colturali e raccolta a maturità fisiologica


Produzione semente ibrida attraverso la demasculazione
Autoincompatibilità

•  Impossibilità di fecondazione a causa di incompatibilità genetica tra polline e


pistillo dello stesso individuo. Tale incompatibilità deriva dalla presenza di
loci di incompatibilità (S)

•  Oltre che impedire l’autofecondazione, l’autoincompatibilità impedisce


l’incrocio tra individui diversi portatori degli stessi alleli

•  Tipi di autoincompatibilità:
1.  Gametofitica: la fecondazione non avviene se il polline (gametofito,
numero cromosomico n) è portatore di un allele al locus S presente
nel corredo cromosomico 2n del pistillo
2.  Sporofitica: la presenza o meno di fecondazione dipende dai
genotipi del pistillo (2n) e della pianta madre del polline (anch’essa
2n). Evidentemente, in tal caso, i prodotti dei geni S si trovano sulla
superficie del granulo pollinico, derivata da tessuti sporofitici
Autoincompatibilità gametofitica

Es. ciliegio, mandorlo, susino, melo


Autoincompatibilità sporofitica
Maschiosterilità o femminasterilità

•  Mancanza della capacità funzionale


dell’androceo o gineceo

•  Risulta inevitabilmente in alloincrocio

•  Linee portasemi maschiosterili sono di


grande interesse per la produzione di
ibridi senza ricorrere all’incrocio manuale

•  Lo studio della femminasterilità potrebbe


avere un applicazione pratica nel
miglioramento genetico delle specie da
fiore (fioritura più prolungata)
Maschiosterilità genetica

Inconveniente: difficoltà nel mantenere la linea maschiosterile


Maschiosterilità citoplasmatica

• Controllata da geni mitocondriali

• Facile mantenere la linea maschiosterile

• C’è bisogno di impollinatori maschiofertili perchè gli ibridi producano seme


Maschiosterilità genetico-citoplasmatica

Geni ristoratori (R) nucleari


permettono di ripristinare la
fertilità in presenza di
citoplasma con geni di
maschiosterilità

Il mantenimento della linea


maschiosterile può essere
ottenuto per incrocio di questa
con genotipi (maschiofertili)
portanti citoplasma normale e
non dotati di geni ristoratori
(rr)

Si possono produrre ibridi


maschiofertili che possono
incrociarsi tra loro
Costituzione di varietà ibride di mais
•  I primi ibridi di mais, costituiti dall’incrocio di due linee inbred, non ottennero
un grande successo, a causa della scarsa produzione di seme dalla inbred
portaseme, la scarsa produzione di polline dalla inbred inpollinante, e il
modesto incremento di produttività

•  Pertanto, ebbero successo ibridi doppi (o a quattro vie), del tipo (AxB) x
(CxD). In questo modo, il portaseme e l’impollinante sono entrambi vigorosi, è
ciò permette di avere una quantità maggiore di seme.

•  D’altra parte, non si tratta di ibridi F1 veri e propri e dunque sono piuttosto
eterogenei

•  Via via che si rendevano disponibili linee inbred più produttive, sono stati
costituiti dapprima ibridi a tre vie e finalmente ibridi semplici

•  Nei paesi ad agricoltura evoluta, gli ibridi semplici sono i più diffusi anche in
virtù di tecniche che permettono la semina di precisione, con conseguente
risparmio sul costo di acquisto della semente ibrida
Ibridi doppi nel mais
Ibridi a tre vie nel mais
Schemi per la costituzione di ibridi semplici di mais
•  I campi di moltiplicazione delle inbred e di produzione degli ibridi devono
essere isolati tra loro e da altre coltivazioni (per il mais circa 200m)

•  I campi di moltiplicazione delle inbred devono essere sottoposti a selezione


negativa dei fuori tipo

•  Nel campo di produzione dell’ibrido, il rapporto di file portaseme e file


dell’impollinante dipende essenzialmente dalla vigoria della inbred
impollinante. Linee inbred impollinanti vigorose permettono di avere in campo
un rapporto fila portaseme:fila impollinante anche di 3:1, e dunque produrre
più seme per unità di superficie

•  Utilizzo di linee maschiosterili


Schemi per la costituzione di ibridi semplici di mais
La costituzione degli ibridi di mais prevede le seguenti fasi:

•  Individuazione delle popolazioni da cui estrarre alcuni individui corrispondenti


all’ideotipo (circa 500). Questi saranno sottoposti ad autofecondazione
forzata e selezione per 5-7 generazioni. Alla fine si giungerà a 200-300 linee
inbred per ciascuna delle popolazioni scelte;

•  Le linee inbred migliori sono valutate prima in base all’ACG (prove di progenie
top-cross). Circa 20 linee inbred selezionate sono quindi valutate in base
all’ACS.

•  Selezionando 20 linee inbred sarà necessario valutare in campo [(20 x 19)/2


ibridi semplici

•  I campi di moltiplicazione delle inbred e di produzione degli ibridi devono


essere isolati da altre coltivazioni (per il mais circa 200m)
Campo di produzione di seme ibrido
Reincrocio in specie prevalentemente allogame
•  Il metodo non differisce concettualmente da quanto riportato per specie
autogame.

•  Per quanto riguarda varietà ibride, si tratta di introdurre uno o pochi geni di
interesse in linee inbred

•  Per quanto riguarda varietà in equilibrio Hardy Weinberg, il parentale


ricorrente deve essere rappresentato da un numero sufficiente di piante in
modo da non incorrere in depressione da inbreeding e mantenere inalterate
frequenze geniche e genotipiche.
Metodi per la costituzione di varietà clonali
Specie a propagazione vegetativa:

•  Annuali e, soprattutto, poliennali

•  Molte sono anche prevalentemente allogame (eterosi e depressione da


inbreeding)

•  Popolazioni naturali con struttura policlonale

•  Clone: popolazione costituita da piante originate da un unico capostipite


moltiplicato vegetativamente.
Metodi per la costituzione di varietà clonali
•  Selezione clonale
•  Ibridazione intra e interspecifica
Varietà clonali da ibridazione
Varietà clonali originate da ibridazione

•  Strategia molto utilizzata per specie ortive

•  La selezione si basa esclusivamente sul fenotipo ed è pertanto efficace


solo per caratteri ad elevata ereditabilità

•  Se il prodotto principale non è il seme o il frutto è più semplice inserire


l’ibridazione interspecifica nel programma di miglioramento genetico
(eventuali problemi di sterilita’ non compromettono il risultato)
Ibridi direttamente impiegati in coltivazione:es. tangelo

C. reticulata x C. paradisiaca
Ibridi direttamente impiegati in coltivazione:es. mapo

C. reticulata x C. grandis
Ibridi direttamente impiegati nella coltivazione
Selezione clonale

•  Valutazione fenotipica della popolazione di partenza

•  Selezione degli individui superiori

•  Propagazione vegetativa di tali individui


Problematiche  

Per piante presentanti un ciclo vitale lungo è necessario attendere anche 10-12
anni per ottenere i primi risultati (nelle piante arboree)
Selezione assistita da marcatori molecolari
Associazione

• Due loci (es. genici) sono associati se posizionati in prossimità sullo


stesso cromosoma

• Per effetto dell’associazione, i gameti prodotti dalla segregazione del


diibrido tendono ad avere combinazioni alleliche parentali, a meno di
eventi di ricombinazione
Associazione

• La probabilità di formazione di gameti ricombinanti dipende dalla


distanza fisica tra i loci

• Dunque, la frequenza di gameti ricombinanti può essere utilizzata


per effettuare una stima della distanza fisica tra due loci, detta
distanza genetica
Associazione

• L’unità di misura della distanza genetica è il centiMorgan (cM)

• 1 cM può essere interpretato come la distanza corrispondente


all’1% di gameti ricombinanti

• Se i loci sono molto lontani sullo stesso cromosoma, si dimostra che
la loro distanza tende a 50 cM
Associazione

•  Per calcolare la distanza genetica bisogna dunque determinare la


frequenza di gameti ricombinanti (r)

•  Non si può determinare direttamente il genotipo dei gameti!

•  In pratica, il genotipo dei gameti viene ricostruito


indirettamente attraverso l’analisi del fenotipo di una
popolazione segregante
Reincrocio

4 diversi fenotipi corrispondono a 4 diversi genotipi di


gameti! Facile calcolare la distanza genetica tra A e B
Altre popolazioni sperimentali

•  Il genotipo dei gameti può essere ricostruito anche per mezzo di


altri tipi di popolazioni sperimentali (es. F2)

•  In F2 non si può risalire così facilmente dall’esame del fenotipo al


genotipo dei gameti. Es. in caso di dominanza, il fenotipo AaBb è
uguale a quello di AABB, etc. e dunque il genotipo dei gameti
rimane indeterminato

•  Metodologia statistica più complessa (maximum likelihood) stima


r (opportuni software)
Mappatura genica

Una mappatura accurata porta alla formazione di un numero di gruppi


di associazione pari al numero cromosomico aploide
Sulla definizione di cM

•  Se la distanza in cM è espressa come percentuale di gameti ricombinanti,


le distanze genetiche non sono additive

•  Nelle mappe, la distanza genetica indica il numero medio di eventi di


ricombinazione tra due loci, tenendo conto di doppi crossing-over: in
questo modo, le distanze genetiche sono additive. Funzioni di mappa
convertono la stima dei gameti ricombinanti in distanza genetica
Funzioni di mappa
Selezione assistita da marcatori molecolari

• Cosi come i loci genici, anche i loci identificati da marcatori


molecolari possono essere associati

• I diversi marcatori molecolari possibili ad un locus polimorfico (es.


presenza e assenza di banda) corrispondono ai diversi alleli che
caratterizzano un locus genico
Selezione assistita da marcatori molecolari

•  Base: associazione genica tra un locus individuato da marcatori


molecolari e un locus genico che sottintende un carattere qualitativo o
quantitativo.

•  Conseguenza: associazione statistica, in una popolazione, tra un


marcatore presente ad un locus polimorfico e un effetto fenotipico
favorevole

•  Applicazione: possibilità di selezionare in base alla presenza di un


marcatore molecolare piuttosto che sull’effetto fenotipico, evitando gli
svantaggi associati alla selezione fenotipica
Utilizzo dei marcatori molecolari in Miglioramento genetico

•  Selezione assistita per caratteri qualitativi e quantitativi

•  Stabilire l’avvenuta ibridazione nella generazione F1

•  Stabilire la diversità genetica di parentali, al fine di massimizzare l’eterosi

•  Identificazione (e protezione) di genotipi


Linkage drag

Donor Commercial
variety Variety

Resistance X
Gene

New Variety
Vantaggi della selezione assistita nel reincrocio
•  Permette di evitare test fenotipici

•  Molto utile quando l’allele da introdurre è recessivo e si fa uso di marcatori


codominanti. Essi permettono infatti di distinguere gli omozigoti dominanti
dagli eterozigoti, e dunque si può evitare una generazione di
autofecondazione ad ogni generazione di reincrocio

•  Si può limitare di molto il linkage drag


Molecular markers for MAS at Di.S.S.P.A
MAS for er1 resistance
Functional markers for er1 resistance selection
Genomic selection
Selezione genomica (GS o GWS)
•  Conseguenza della disponibilità di piattaforme high-throughput per la
genotipizzazione (soprattutto SNPs)

•  Selezione non sulla base di particolari marcatori associati ad alleli di


interesse (MAS), ma sulla base della stima genomica del valore di breeding
(GEBV)

•  Training phase in cui si sviluppano formule per il calcolo del GEBV, sulla base
di dati fenotipici e genotipici

•  Breeding phase in cui si applicano i risultati della training phase sulla


popolazione in selezione
Genomic selection

Nakaya e Isobe, 2012


Breeding value (BV)

dove:
m0= media del carattere nella popolazione
h2= ereditabilità in senso stretto
yi= valore fenotipico dell’individuo i

• Nella GS, V(A) è scomposta nella varianza degli effetti di marcatori lungo tutto
il genoma, V(A1), V(A2)…V(AN), assumendo nessuna correlazione tra marcatori

• Dalla relazione tra marcatori e fenotipo nella training population si stimano yi e


V(A). Da questo si calcola il BV che, dato il modo con cui viene stimato, viene
detto GEBV
Modello lineare per la stima di yi nella training population

dove:
Yi = valore fenotipico dell’individuo i
X1i =valore del marcatore dell’individuo 1 (valori 0 e 1)
ei= termine di errore (si assume distribuito normalmente con media 0)
Вo e В1 = parametri da stimare ad es. con il metodo dei minimi quadrati

Nakaya e Isobe, 2012

Per M marcatori:
Correzioni al modello lineare

•  LASSO (least absolute shrinkage and selection operator)

•  Ridge regression

•  Metodi bayesiani