AA 2008-2009

BIOCHIMICA

Introduzione al metabolismo (2)

Maria Pompeiano

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 Stato stazionario
• Gli organismi viventi sono sistemi aperti, che
introducono continuamente energia
• Non sono all’equilibrio.Tendono a mantenere
uno stato stazionario
• Stato stazionario: tutti i flussi nel sistema sono
costanti → il sistema non cambia nel tempo. In
una via metabolica, la velocità è uguale nelle
varie reazioni → gli intermedi rimangono a
concentrazione costante
• E’ stato di mostrato che lo stato stazionario in un
sistema aperto è lo stato di massima efficienza
termodinamica (massimo lavoro per una data
spesa energetica)
• Lo stato stazionario nei sistemi aperti è uno
stato stabile, come lo stato di equilibrio nei
sistemi chiusi

• In una via metabolica, le reazioni reversibili

avvengono in condizioni vicine all’equilibrio. Per
loro, cioè, il prodotto della concentrazione dei
prodotti /il prodotto della concentrazione dei
reagenti ≈ Keq → ∆G ≈ 0
• Gli enzimi che catalizzano le reazioni reversibili
sono molto attivi (sono abbondanti o sono molto
efficienti)
• La velocità di tali reazioni è quindi controllata
efficientemente dalle concentrazioni di reagenti
e prodotti
• Le reazioni irreversibili invece lavorano in
condizioni ben lontane dall’equilibrio
• Gli enzimi che catalizzano queste reazioni non
sono molto attivi (sono poco abbondanti o non
sono molto efficienti). Funzionano vicino alla
saturazione
• Se per es. aumenta il substrato, questi enzimi
non sono in grado di aumentare la loro velocità
• La velocità in queste reazioni cambia solo se
cambia l’attività dell’enzima
• La velocità di una via metabolica viene
quindi determinata dall’attività degli enzimi
irreversibili (rate-limiting)

• Gli enzimi irreversibili sono il bersaglio

della regolazione metabolica
Le vie metaboliche sono regolate
• Le vie metaboliche devono essere controllate in maniera
tale da:
- provvedere i prodotti alla velocità richiesta dalle
necessità momentanee dell’organismo (l’offerta deve
soddisfare la domanda)
- mantenere la concentrazione pressochè costante
(stazionaria) degli intermedi (omeostasi)

• Il flusso attraverso una via metabolica, cioè la sua

velocità, deve quindi poter cambiare senza cambiare
la concentrazione degli intermedi (mantenendo
l’omeostasi)
• Si ottiene questo regolando gli enzimi irreversibili
 E’ importante mantenere
l’omeostasi
• L’omeostasi si mantiene, in un sistema aperto,
con lo stato stazionario, che è quello
termodinamicamente più efficiente, come è stato
dimostrato
• Molti intermedi partecipano in più di una via
metabolica: se la loro concentrazione cambia si
può alterare un equilibrio delicato
• Grossi cambiamenti nella concentrazione degli
intermedi può avere effetti deleteri sulle
proprietà osmotiche della cellula
 Sistemi di controllo
• Meccanismi di controllo a breve termine (entrano in
azione nel giro di sec o min):
Controllo allosterico: molti enzimi sono controllati da
effettori che sono spesso substrati, prodotti, coenzimi
della via metabolica e non necessariamente dell’enzima
in questione (regolazione a feedback). Permette anche
di mantenere l’omeostasi
Modificazioni covalenti dell’enzima: mediante
fosforilazione/defosforilazione o altre modificazioni
covalenti che sono a loro volta soggette a controllo

• Meccanismo di controllo a lungo termine (entra in

azione nel giro di ore o giorni negli organismi
pluricellulari):
Controllo genetico: la concentrazione dell’enzima può
variare in seguito a variazioni dell’espressione genica
 Controllo allosterico
• Substrati
• Prodotti
• Segnali di ricchezza metabolica:
citrato
acetilCoA
[ATP]/[ADP]
[NADH]/[NAD+]
 Fosforilazione
• La fosforilazione di enzimi/proteine avviene su Ser/Thr o
Tyr da parte di Serina/Treonina chinasi o Tirosina
chinasi (si formano esteri fosforici, a bassa energia)
• Avviene a spese di ATP ed è esoergonica. Esoergonica
è pure la loro idrolisi (la fosforilazione è facilmente
reversibile)
• Tali protein chinasi hanno un ruolo fondamentale nel
controllo delle vie metaboliche
• Sono implicate in vie di trasduzione del segnale tramite
le quali molti ormoni (inclusi insulina e glucagone),
neurotrasmettitori, fattori di crescita e tossine
influenzano la funzione delle loro cellule bersaglio
• Si predice che 581 proteine umane (~ 1.7% dei
geni umani) siano proteine chinasi
• Questo è in accordo con l’osservazione che ~
30% delle proteine nelle cellule di mammifero
siano fosforilate
• Oltre a fosforilare proteine bersaglio, molte
protein chinasi sono a loro volta fosfoproteine,
quindi soggette a controllo mediante
fosforilazione/defosforilazione
REAZIONI DI OSSIDORIDUZIONE

• Molte reazioni di ossidazione coinvolgono

la rottura di legami C-H con la perdita
finale di 2 elettroni di legame dal C
(deidrogenazione)
• Questi e- (e, in parte, H+) sono trasferiti ad
un accettori come i coenzimi NAD+,
NADP+, FMN e FAD
• L’accettore finale degli e- è l’ossigeno
(catena respiratoria)
Coenzimi piridinici: NAD+ e NADP+

• La niacina è l’acido nicotinico e la niacinammide è la

nicotinammide, entrambi con funzione vitaminica (Vitamina B3 o
PP). Sono derivati della piridina
• L’acido nicotinico fu ottenuto nel 1873 per ossidazione della nicotina
con ac. nitrico. Il termine niacina fu coniato per distinguere tale
composto dalla nicotina (nicotinic acid vitamin)
• Si trova in: carni, fegato,
latte, grano, lievito
• Nel granturco è presente
ma non disponibile
• Può essere sintetizzata
dal fegato a partire da Trp
(60mgTrp→1mg niacina)
• (la niacina non è proprio
una vitamina!)
• Carenza: pellagra
(dermatite
fotosensibile,diarrea,
demenza). Associata a
carenze multivitaminiche
• Quando un substrato subisce una deidrogenazione
perdendo 2 atomi di H, i coenzimi NAD+ e NADP + ne
accettano uno ione idruro (:H, cioè 2e- ed un H+) mentre
il secondo H+ viene rilasciato

• NAD(P)+ + 2e- + 2 H+ → NAD(P)H + H+

• I coenzimi piridinici non sono legati all’enzima. Fungono
da vero e proprio substrato
• Nella cellula, [NAD+]>> [NADH]
• Il NAD+ tende ad essere ridotto nelle vie cataboliche
ossidative come la glicolisi (gliceraldeide 3-P deH, lattico
deH), ciclo di Krebs (isocitrico deH, α-chetoglutarico
deH, malico deH), β-ossidazione (acilCoA deH)
• Il NADH viene principalmente riossidato nella catena
respiratoria (vd. però lattico deH)
• Nella cellula, [NADP+]<<[NADPH]
• Il NADPH si forma principalmente nella via dei pentosi
(glucosio 6-fosfato deH, 6-fosfogluconico deH) e tende
ad essere ossidato nelle vie anaboliche riducenti, come
la sintesi degli ac. grassi e del colesterolo
Coenzimi flavinici: FMN e FAD
• Contengono
RIBOFLAVINA
(Vitamina B2)(E101):
• Ribitolo: derivato del
ribosio
• Flavina (da flavus=
giallo): molecola
eterociclica azotata
costituita da 3 anelli
condensati (7,8-
dimetil-isoalloxazina)
• La riboflavina si trova nel latte,
formaggio, fegato, uova,
verdure a foglia verde, legumi
(soia), lievito, mandorle
• E’ rapidamente distrutta
dall’esposizione alla luce
• Alte dosi: non è tossica se
presa oralmente (scarsamente
solubile→poco assorbita).
L’eccesso viene comunque
eliminato con le urine (colore
giallo brillante)
• Carenza: rara in forma isolata,
più comune in carenze
multivitaminiche
 Riduzione della flavina
• L’anello flavinico subisce riduzioni reversibili
• Può accettare 1 o 2 equivalenti riducenti
(ciascuno nella forma 1 e- ed 1 H+), questi ultimi
sequenzialmente o contemporaneamente
• Le forme ridotte dei coenzimi sono FMNH2 e
FADH2
• Nel caso di parziale riduzione, si forma un
radicale stabile semichinonico: FMNH• e FADH•
 Flavoproteine
• Sono enzimi che catalizzano reazioni di ossido-riduzione usando FMN/FAD
• FMN/FAD sono saldamente legati, talora covalentemente (gruppi prostetici)
• Si riossidano trasferendo gli equivalenti riducenti ad altro substrato
• Alcuni si riossidano nella catena respiratoria

• NADH deH (=complesso I) (→ CoQ)

• Glicerolo 3-fosfato deH (→complesso 3)
• AcilCoA deidrogenasi (deH) (→ CoQ)
• Succinato deH (→ CoQ)

• Diidrolipoil deH
• α-Amminoacido ossidasi
• Xantina ossidasi
• Glicolato ossidasi (piante; FMN)