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La chimica della vita la chimica di C, H, O, N Il grafico riporta labbondanza relativa degli elementi* chimici presenti nella crosta terrestre

e in confronto agli organismi viventi. Labbondanza relativa espressa come percentuale del numero totale di atomi presenti.

*Elemento: sostanza pura che contiene un solo tipo di atomi


2.Atomi e legami
Alberts et al. Essenz Biol Mol Cell. Zanichelli 2005

La tavola periodica degli elementi (di Mendelejev)

99% del totale degli atomi nel corpo umano

0.9% del totale

Necessari in tracce

In orizzontale (Periodi): elementi ordinati per numero atomico crescente (a dx quelli che hanno livello energetico esterno completo)
2.Atomi e In verticaleMol (Gruppi): gli elementi di ciascun legami hanno propriet simili gruppo Alberts et al. Essenz Biol
Cell. Zanichelli 2005

Le particelle elementari che costituiscono latomo


E: Elettroni

n: Neutroni p: Protoni: il numero di protoni definisce il numero atomico Il numero di protoni + il numero di neutroni definisce il numero di massa

In ogni atomo allo stato fondamentale, il numero dei protoni (ognuno dotato di carica +) uguale al numero degli elettroni (ognuno dotato di carica -), cosicch la carica elettrica netta 2.Atomi e legami 3 dellatomo pari a 0.

Gli isotopi Gli isotopi di un elemento hanno - uguale numero atomico (numero di protoni) - diverso numero di massa (perch hanno un diverso numero di neutroni). Poich le propriet chimiche (capacit di formare legami ) sono in relazione al numero di e- (= al numero dei protoni), i diversi isotopi di ogni elemento hanno identiche propriet chimiche. Alcuni isotopi sono radioattivi

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Purves et al. Biologia. Zanichelli 2006

Gli orbitali atomici Esistono regioni dello spazio intorno al nucleo dove pi probabile trovare gli elettroni. Queste regioni sono chiamate orbitali e sono definite da un preciso livello energetico. Quanto pi un orbitale lontano dal nucleo, tanto pi elevato il suo livello energetico Un livello energetico pu essere costituito da uno o pi orbitali

1 livello energetico: orbitale 1s (2 elettroni)

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2 livello energetico: orbitali 2s, 2px, 2 py, 2 pz (8 elettroni)

Notare che il singolo orbitale 2s pi i tre orbitali 2p formano un guscio di valenza completo contenente otto elettroni.
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1 livello energetico Stabile con 2 elettroni

2 livello energetico Stabile con 8 elettroni

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3 livello energetico Stabile con 8 elettroni

E cos via, con il crescere del numero atomico e quindi degli elettroni, fino a 7 livelli energetici

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Livello esterno completo


2 10 18

1 s2 2s2 2p6 3s2 3p6

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Gli atomi tendono a completare il livello energetico pi esterno

Livello energetico crescente Livello energetico crescente

Gli elementi con strati esterni incompleti sono chimicamente reattivi


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Gli elementi con strati esterni completi sono chimicamente inerti


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La tendenza a formare legami covalenti


= elettroni che appartengono ad u n livello energetico incompleto, che tende a completare lottetto mettendo in compartecipazione i propri elettroni con quelli di un altro atomo, e quindi a formare LEGAMI COVALENTI = elettroni che appartengono ad u n livello energetico completo, che non tende a formare LEGAMI COVALENTI: gli atomi di questo 12 elemento sono STABILI

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Elemento Numero Livello atomico H C 1 6 1 1 2 2s N 7 1 2 2s O 8 1


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Assetto elettronico

Legami covalenti possibili 1 4

1s 1s 2 px 2 py 2 pz

1s 2p 2p 2p x y z 2
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1s 2 py 2 pz 2s

Il legame covalente si forma se gli atomi sono posti alla giusta distanza

Il legame covalente pu interessare sia atomi uguali (H2) che diversi fra loro (H2O).

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Atomo Elettroni Numero completo di spaiati (in elettroni nellorbitale esterno rosso)

H O N

1 2

2 8

H +H O +2H

H H H H

H2

N +3H
4 8
8-10

C +4H
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I puntini indicano gli elettroni di valenza, cio quelli che orbitano nel guscio pi esterno che tende a completarsi

OH O H H H H 2O H H N H N H H NH3 H H H H C HH C H H H 15 CH
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Quando pi atomi si uniscono con uno o pi legami covalenti mettendo in compartecipazione una o pi coppie di elettroni formano entit pi grandi Le molecole

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Si formano quindi degli orbitali molecolari di geometria specifica. Nel legame singolo tale geometria permette agli atomi interessati di ruotare attorno allasse del legame Metano CH4

Etano H3C-CH3
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Il legame doppio invece planare. Ci determina dei punti di rigidit in una molecola

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Attenzione Il capitolo introduzione nelle sue grandi linee potr essere oggetto di domanda desame

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Elettronegativit I nuclei di atomi di elementi diversi presentano diversa capacit di attrarre a s gli elettroni In una scala da 0.7 a 4, atomi molto elettronegativi sono F, Cl, Br, O, N Elementi mediamente elettronegativi sono C e H Elementi poco elettronegativi sono K, Na, Ca

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Composti polari

Se atomi di elementi diversi con diversa elettronegativit ( <1.7) impegnano i propri elettroni in un legame covalente, gli elettroni tenderanno a passare pi tempo nelle vicinanze del nucleo pi elettronegativo. Il legame sar covalente polare e la molecola (o il gruppo) sar polare + 2

Polare significa dotato2.Atomi e legami di una parziale carica elettrica

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La polarit di una porzione di molecola nasce anche dalla presenza di elettroni situati nel guscio energetico pi esterno (guscio di valenza) non impegnati in eventuali legami covalenti (come nel caso di N e O). Questi elettroni liberi genereranno una molecola nella quale i legami sono asimmetrici e quindi genereranno zone di parziale squilibrio elettrico.

Doppietti solitari

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Il legame a idrogeno

Lesistenza di composti polari il presupposto perch si formino interazioni elettrostatiche fra molecole diverse o porzioni di molecole diverse con parziali cariche elettriche di segno opposto.

+ -

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I legami (ponti) a H sono importantissimi in biologia perch se ne possono creare in numero elevato nelle macromolecole (proteine, DNA) e ne determinano la stabilizzazione.

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Le molecole polari e la loro solubilit in H2O

Tutte le molecole polari che, in quanto tali, sono capaci di formare legami H con lH2O, sono (per definizione) idrofiliche e, se a basso peso molecolare, solubili in essa

Infatti gli zuccheri, ricchi di gruppi ossidrile sono solubili in acqua (saccarosio) o idrofilici (amido, cellulosa)

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Il legame ionico Per la grande differenza di elettronegativit (>1.7) dei nuclei dei due elementi, nel sale marino (NaCl), il Cl che molto elettronegativo non si limiter a mettere in compartecipazione un elettrone con il Na per completare la configurazione elettronica dellorbitale pi esterno, ma glie lo strapper : Si forma un legame IONICO Il Cl strappa un e- al Na per completare il proprio guscio elettronico M (cfr dia 8) Il Na cede volentieri un e- al Cl perch cos si trova in una situazione energeticamente stabile, con il proprio guscio elettronico L completo (cfr dia 8)

Atomo di Na (11 protoni, 11 elettroni)

Atomo di Cl (17 protoni, 17 elettroni)

Esistono anche ioni bivalenti (Ca2+, Mg2+), trivalenti (Al3+) e ioni complessi (NH4+, NO32.Atomi e legami 26 SO42-)

Ne risulta che il Na presenta una carica netta + (catione) ed il Cl una carica netta (anione)

Ione Na+ (11 protoni, 10 elettroni)

Ione Cl- (17 protoni, 18 elettroni)

Il catione Na+ risulter attratto dallanione Cl- e former il sale NaCl nel quale gli ioni sono disposti in un reticolo cristallino

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Gli ioni e la loro solubilit in H2O

Lacqua, che un dipolo elettrico, interagisce con gli ioni e li solvata, schermandone le cariche. Gli ioni di carica opposta non si attirano pi e il reticolo cristallino del sale si scioglie in acqua.

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Le molecole apolari

Se invece sono impegnati nel legame covalente atomi di elementi uguali, o di elementi diversi con elettronegativit simile (C e H), o la molecola simmetrica (CO2), gli elettroni saranno equamente impegnati fra i due nuclei, ed il legame non sar sbilanciato dal punto di vista elettrico. la molecola (o il gruppo) sar apolare

H C H
Il legame tra C e H sostanzialmente apolare (Elettronegativit del C = 2,5; Elettronegativit 2.Atomi e legami dellH = 2,1)

H
Il legame tra C e O polare (EC = 2,5; EO = 3,5 ) , ma i due dipoli sono esattamente opposti e la molecola complessivamente 29 apolare.

Le molecole apolari e la loro solubilit in H2O

Le molecole apolari sono idrofobiche e non si sciolgono nellacqua ma anzi la respingono. In acqua formano emulsioni instabili, ma si sciolgono nei solventi apolari (smacchiatori).
Il petrolio una miscela di idrocarburi)

Le cere, che ricoprono lepidermide di molti frutti, sono miscugli di alcoli alifatici legati ad acidi grassi a lunga catena; sono quindi sostanze idrofobiche e idrorepellenti

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Le molecole anfipatiche

Esistono anche molecole che per una porzione sono polari e per una porzione sono apolari.

Polare Apolare Queste molecole hanno quindi una doppia affinit, sia per lacqua sia per solventi apolari. In acqua formano micelle, e sono adatte a stabilizzare le emulsioni (fosfolipidi: lecitina).

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Per la loro doppia simpatia, le molecole anfipatiche sono anche atte a formare, se disposte in doppio strato, strati di separazione fra due ambienti acquosi o a formare liposomi (acqua-doppio strato-acqua)

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Forza dei diversi tipi di legame chimico

Legami forti Covalente Ionico Legami deboli Idrogeno Interazioni dipolo-dipolo

Modalit di formazione
compartecipazione di coppie di eacquisto o perdita di un e- attrazione fra cariche elettriche intere di segno opposto

fra un atomo di H legato covalentemente ad un atomo molto elettronegativo ed un altro atomo elettronegativo

squilibri momentanei di cariche a livello di singole molecole: attrazione 2.Atomi e legami 33 *Unit di misura dellenergia: Joule (o calorie) rapportati alla quantit dimateria (mole); 1 cal=4.18 J momentanea

Interazioni di Van der Waals

I legami del carbonio Lassetto elettronico del C gli permette di formare legami singoli, doppi, tripli, formando molecole di grande versatilit.

Triplo legame HCN (acido cianidrico) Un altro caso quello di N2 (azoto molecolare)
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I gruppi funzionali della chimica organica Gruppi polari


alcoolico

aldeidico

chetonico

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Gruppi polari

carbossilico amminico sulfidrilico


disolfuro -S-S-

fosfato

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Gruppi apolari

Metile -CH3

Etile -CH2CH3

2.Atomi e legami

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Se un acido (R1COOH) reagisce con un alcool (R2 OH) con eliminazione di una molecola di H2O si forma un

ESTERE

Se un alcool (gruppo OH) reagisce con un altro alcool (gruppo OH) con eliminazione di una molecola di H2O si forma un

ETERE

Se un acido (R1COOH) reagisce con un altro acido (R2 COOH) con eliminazione di una molecola di H2O si forma una

ANIDRIDE
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ASIMMETRIA DEGLI ATOMI DI CARBONIO


Se un atomo di C legato a 4 sostituenti diversi, detto ASIMMETRICO

Molecole chirali: la radice chir (dal greco indica la mano (chiromante, ) chiropratico). Anche la mano destra e la sinistra sono una speculare allaltra, non sovrapponibili

2.Atomi e legami

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Isomeri ottici pur avendo la stessa formula bruta possono avere caratteristiche organolettiche del tutto diverse

Cumino

Aspartame: Dolcificante artificiale 2.Atomi e legami

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Le molecole e la loro massa molecolare

Qualche semplice concetto di chimica PESO MOLECOLARE = somma dei pesi atomici di tutti gli atomi che compongono una molecola H2O = H + H + O = 1 + 1 + 16 = 18 Glucosio C6H12O6 = (12 x 6) + (1 x 12) + (16 x 6) = 72 + 12 + 96 = 180 Saccarosio C12H22O11 = (12 x xxx) + (1 x xx) + (16 x xx) = xxx + xxx + 2.Atomi e legami 41 xx = 342

GRAMMOMOLECOLA o MOLE = quantit in g pari al PM di una sostanza 1 Mole di H2O=18 g; 1 Mole di saccarosio = 342 g 1 Mole di NaCl=58 g 1 mole di sostanza contiene sempre lo stesso numero di Avogadro di molecole (6 x 1023) Soluzione 1 M = 1 mole di soluto in 1000 ml di soluzione Molarit di una soluzione: peso del soluto (g)/peso molecolare del soluto stesso Concentrazione dellH2O pura in H2O (considerando una soluzione di H2O sciolta in H2O 1000 g di H2O/18 = 55.5 M

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