Variants of Concern VOC Technical Briefing 16.en - It

Varianti SARS-CoV-2 preoccupanti e
varianti sotto inchiesta in Inghilterra
Briefing tecnico 16
18 giugno 2021
Questo briefing fornisce un aggiornamento sui precedenti briefing fino all'11 giugno 2021
Varianti SARS-CoV-2 preoccupanti e varianti sotto inchiesta
Contenuti
Sommario................................................. ................................................................. .......................... 3
Informazioni pubblicate sulle varianti .................................................. ...................................... 4
Parte 1: Panoramica sulla sorveglianza .................................................. ................................................. 5
Varianti sotto sorveglianza .................................................. .............................................. 5

Prevalenza variante .................................................. ................................................................. ....... 15
Tassi di attacco secondari .................................................. ................................................................. 20
Sorveglianza delle reinfezioni .................................................................. ............................................. 28
Monitoraggio di coorte SARS-CoV-2 Immunità e valutazione della reinfezione (lo studio SIREN)
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
Varianti legate a sospetti focolai di SARS-CoV-2 .......................................... ........... 35

Parte 2: Sorveglianza Delta (B.1.617.2)................................... .......................................... 43
Gravità ................................................... ................................................................. ...................... 43
Monitoraggio dell'efficacia del vaccino .................................................. ................................. 44
Sorveglianza tramite dati genomici .................................................. ................................. 46
Sorveglianza attraverso il rilevamento del gene S .................................................. ............................. 53
Delta con K417N ................................................................... ................................................................. .......... 65
Fonti e ringraziamenti ............................................................... ................................... 69
2
Sommario
Ci sono 4 varianti attuali di preoccupazione e 8 varianti in esame (Tabella 1).
Questo rapporto è stato pubblicato per continuare a condividere la sorveglianza dettagliata di Delta
(VOC21APR-02, B.1.617.2). Viene pubblicato un rapporto separato che copre i nostri dati di routine su
tutte le altre varianti preoccupanti e sulle varianti oggetto di indagine. Questi ulteriori briefing tecnici
specialistici rappresentano i primi dati e analisi su una variante emergente e i risultati hanno un alto
livello di incertezza.
I principali cambiamenti e risultati di questa settimana sono:
• combinando genotipizzazione e sequenziamento, oltre l'80% dei casi in Inghilterra ora

ha intrapreso un test variante test
• i dati più recenti mostrano che la variante Delta comprende il 91% dei casi
sequenziati
• i decessi sono ora presentati per quei casi che hanno completato il periodo di follow-up di
28 giorni: il tasso di mortalità del caso grezzo rimane attualmente inferiore per Delta
rispetto ad altre varianti; tuttavia, la mortalità è un indicatore ritardato, il che significa che
il numero di casi che hanno completato 28 giorni di follow-up è molto basso, quindi è
troppo presto per fornire una valutazione formale della mortalità del caso di Delta,
stratificata per età, rispetto ad altre varianti
• i tassi di attacco secondario rimangono più alti per Delta rispetto ad Alpha: nelle ultime settimane è stata
osservata una piccola riduzione dei tassi di attacco secondario per Delta
• le prove attuali suggeriscono che l'efficacia del vaccino contro l'ospedalizzazione è
mantenuta per Delta
• le impostazioni più comuni per le esposizioni segnalate erano le impostazioni educative, per
entrambe le varianti Alpha e Delta - nell'ultima settimana presentata, le impostazioni di
ospitalità erano una proporzione maggiore di tutte le esposizioni comuni riportate da casi
con varianti sia Alpha che Delta e la proporzione di esposizioni comuni anche in relazione ai
viaggi è aumentato
Il valutazione del rischio per Delta è pubblicato separatamente ed è stato aggiornato questa settimana.
Poiché Delta è ora la variante dominante nel Regno Unito, i dati epidemiologici nel rapporto di
sorveglianza settimanale è anche rilevante ed è disponibile.
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Informazioni pubblicate sulle varianti

Il pagina di raccolta fornisce contenuti sulle varianti, incluso il prior briefing tecnici.
Le definizioni per le varianti di interesse, le varianti oggetto di indagine e i segnali nel monitoraggio
sono dettagliate in presentazione tecnica 8. I dati sulle varianti non dettagliati qui sono pubblicati nel
aggiornamento dei dati della variante. Varianti di valutazione del rischio sono disponibili in
precedenza briefing tecnici. Il 5 marzo 2021 è stato creato un archivio contenente le definizioni
genomiche aggiornate per tutte le varianti di interesse (VOC) e le varianti in fase di indagine (VUI)
curate da Public Health England. L'archivio è accessibile suGitHub.
La nomenclatura dell'OMS al 31 maggio 2021 è incorporata. Viene fornita una tabella che incorpora le
designazioni dell'OMS e del Regno Unito e i lignaggi Pango (Tabella 1); in seguito si fa riferimento alle varianti
utilizzando la loro designazione dell'OMS, laddove esiste, e la designazione del Regno Unito, laddove non esiste.
Il briefing tecnico 16 include diagnosi di varianti effettuate sia mediante il sequenziamento dell'intero genoma che
mediante un test PCR di genotipizzazione, compresa la categorizzazione dei risultati delle varianti confermate e
probabili e un algoritmo decisionale basato su regole (RBDA) per identificare i profili di varianti e mutazioni (VAM) dal
genotipo profili di mutazione del saggio. La genotipizzazione viene utilizzata per identificare le varianti Alpha, Beta,
Delta e Gamma; gli obiettivi sono stati aggiornati a metà maggio 2021 per dare priorità all'identificazione accurata di
Delta rispetto ad Alpha.
4
Parte 1: Panoramica sulla sorveglianza
Varianti sotto sorveglianza

La tabella 1 mostra le attuali varianti preoccupanti (VOC) e le varianti oggetto di indagine (VUI). La Figura 1
mostra la proporzione di casi sequenziati nel tempo. L'epidemiologia riassuntiva su ciascuna variante è
mostrata nella Tabella 4,anche i numeri dei casi vengono aggiornati in linea.
Le tabelle 5 e 6 mostrano i dati di ospedalizzazione e morte. La Figura 2 mostra casi cumulativi di
varianti nel tempo.
Tabella 1. Discendenza e denominazione della variante al 14 giugno 2021 (provvisoriamente estinta

varianti rimosse)
Salute mondiale Lignaggio Designazione Stato
Organizzazione
nomenclatura
dal 14 giugno
2021
Alfa B.1.1.7 VOC-20DEC-01 VOC
Beta B.1.351 VOC-20DEC-02 VOC
Gamma P.1 VOC-21GEN-02 VOC
Delta B.1.617.2, AY.1 VOC
VOC-21APR-02
e AY.2
Zeta P.2 VUI-21GEN-01 VUI

Eta B.1.525 VUI-21FEB-03 VUI
B.1.1.318 VUI-21FEB-04 VUI
Theta P.3 VUI-21MAR-02 VUI
Kappa B.1.617.1 VUI-21APR-01 VUI
B.1.617.3 VUI-21APR-03 VUI
AV.1 VUI-21 MAGGIO-01 VUI
C.36.3 VUI-21 MAGGIO-02 VUI
B.1.1.7 con VOC-21FEB-02 * Monitoraggio
E484K
Epsilon B.1.427/B.1.429 Monitoraggio
5
Salute mondiale Lignaggio Designazione Stato

Organizzazione
nomenclatura
dal 14 giugno
2021
B.1.1.7 con Monitoraggio
S494P
A.27 Monitoraggio
Iota B.1.526 Monitoraggio

Q677H
B.1.620 Monitoraggio
B.1.214.2 Monitoraggio

L452Q e F490S
R.1 Monitoraggio

N501T e
E484Q
B.1.621 Monitoraggio
B.1 con Monitoraggio

214insQAS
AT.1 Monitoraggio
Lignaggio A con Monitoraggio

R346K, T478R
e E484K
Lambda^ C.37 Monitoraggio
* VOC-21FEB-02 (B.1.1.7 con E484K). Questo specifico clade di B.1.1.7 con E484K non è stato rilevato
in Inghilterra dal 1 marzo 2021. Esiste una trasmissione apparente al di fuori del Regno Unito sulla
base di dati di sequenza internazionali. Non è più incluso nell'aggiornamento dei dati ma continua il
monitoraggio dei dati internazionali.
^ Designato come variante di interesse dall'OMS, 14 giugno 2021.
6
Copertura del sequenziamento
Figura 1. Copertura del sequenziamento: percentuale di casi di SARS-CoV-2 sequenziati o genotipizzati nel tempo a partire dal 14 giugno
2021. (Trova i dati accessibili utilizzati in questo grafico in dati sottostanti)
7
Numero di casi VOC e VUI, proporzione, decessi e tasso di mortalità dei casi
La tabella 2 mostra il numero di casi e decessi associati a ciascuna variante di preoccupazione e variante oggetto di indagine e la
proporzione di casi sequenziati totali rappresentati da ciascuna variante. Le tabelle 3 e 4 mostrano il numero di casi noti per essere infetti da
varianti di preoccupazione/varianti in esame che hanno visitato un dipartimento di emergenza del SSN, il numero di ricoveri e il numero di
deceduti in qualsiasi contesto (nota che i dati sono mostrati dal 1 febbraio 2021 in poi per consentire il confronto). La Figura 2 mostra il
numero cumulativo di casi per variante indicizzato per giorni dal quinto caso segnalato.
Tabella 2. Numero di casi confermati (sequenziamento) e probabili (genotipizzazione) per variante al 14 giugno 2021
casi Deceduti
Probabile
Confermato Totale con 28 tra i casi di fatalità
(genotipizzazione) Astuccio
Variante (sequenziamento) Astuccio Caso di decessi fatalità giorno quelli con tra quelli con
Astuccio Proporzione*
numero del caso numero Seguire Follow-up di 28 giorni Follow-up
numero*
su di 28 giorni
Alfa 218.332 5.689 224.021 77,9% 4.259 1,9% (da 1,8 a 2,0%) 217,228 4.252 2,0% (da 1,9 a 2,0%)
Beta 871 55 926 0,3% 13 1,4% (da 0,7 a 2,4%) 858 13 1,5% (da 0,8 a 2,6%)
Delta 31,132 29,523 60.655 21,1% 73 0,1% (da 0,1 a 0,2%) 5.762 17 0,3% (da 0,2 a 0,5%)
Eta 441 0 441 0,2% 12 2,7% (da 1,4 a 4,7%) 428 12 2,8% (da 1,5 a 4,8%)
Gamma 170 42 212 0,1% 0 0,0% (da 0,0 a 1,7%) 155 0 0,0% (da 0,0 a 2,4%)
Kappa 422 0 422 0,1% 1 0,2% (da 0,0 a 1,3%) 404 1 0,2% (da 0,0 a 1,4%)
0,0% (da 0,0 a 0,0% (da 0,0 a

Theta 7 0 7 0,0% 0 5 0
41,0%) 52,2%)
8
casi Deceduti
Probabile
Confermato Totale con 28 tra i casi di fatalità
(genotipizzazione) Astuccio
Variante (sequenziamento) Astuccio Caso di decessi fatalità giorno quelli con tra quelli con
Astuccio Proporzione*
numero del caso numero Seguire Follow-up di 28 giorni Follow-up
numero*
su di 28 giorni
COV- 2,2% (da 0,1 a 2,3% (da 0,1 a

45 0 45 0,0% 1 44 1
21 FEBBRAIO-02 11,8%) 12,0%)
VUI- 0,0% (da 0,0 a 0,0% (da 0,0 a

13 0 13 0,0% 0 12 0
21 aprile-03 24,7%) 26,5%)
VUI-21 FEB-
79 0 79 0,0% 2 2,5% (da 0,3 a 8,8%) 78 1 1,3% (da 0,0 a 6,9%)
01
VUI-21 FEB-
266 0 266 0,1% 1 0,4% (da 0,0 a 2,1%) 229 1 0,4% (da 0,0 a 2,4%)
04
VUI- 0,0% (da 0,0 a 0,0% (da 0,0 a

2 0 2 0,0% 0 2 0
21 MAR-01 84,2%) 84,2%)
VUI-
166 0 166 0,1% 1 0,6% (da 0,0 a 3,3%) 111 0 0,0% (da 0,0 a 3,3%)
21 MAGGIO-01
VUI-
126 0 126 0,0% 0 0,0% (da 0,0 a 2,9%) 111 0 0,0% (da 0,0 a 3,3%)
21 MAGGIO-02
1,9% (da 0,0 a

Zeta 54 0 54 0,0% 1 1,9% (da 0,0 a 9,9%) 53 1
10,1%)
* La genotipizzazione viene utilizzata per identificare le varianti Alpha, Beta, Delta e Gamma; gli obiettivi sono stati aggiornati a metà maggio 2021 per dare priorità
all'identificazione accurata di Delta rispetto ad Alpha
9
Tabella 3. Partecipazione alle cure di emergenza e decessi tra tutti i casi di COVID-19 (sequenziamento e genotipizzazione) in Inghilterra,
Dal 1 febbraio 2021 al 14 giugno 2021
Casi in cui
Casi in cui presentazione a
presentazione a Risultato pronto soccorso
Casi con an Casi con an A&E ha provocato durante la notte

Visita di pronto soccorso§
Visita di pronto soccorso§ durante la notte ricoverato
casi Casi con (escluso
(compresi i casi ricoverato ammissione§
dal 1 campione casi con
Variante con lo stesso ammissione§ (Compreso Morti^
febbraio data nel passato lo stesso
Specimen e campione e (esclusi i casi casi con il
2021¥ 28 giorni*
presenze presenze con lo stesso stesso
date)‡ date) campione e campione e
ammissione ammissione
date)‡ date)
no % no % no % no % no % no %
Alfa 148,513 5,584 3.8 7.929 5.3 10.228 6.9 2.929 1.9 4.447 3.0 1,614 1.1
Beta 721 56 7.8 37 5.1 47 6.5 12 1.7 23 3.2 8 1.1
Gamma 212 51 24.1 8 3.8 8 3.8 1 0,5 1 0,5 0 N/A
Delta 60.624 53.177 87.7 1.555 2.6 2.176 3.6 488 0.8 806 1.3 73 0.1
Zeta 24 0 NA 1 4.2 1 4.2 1 4.2 1 4.2 0 N/A
Eta 387 9 2.3 15 3.9 20 5.2 6 1.6 9 2.3 6 1.6

VUI-
259 30 11,6 7 2.7 11 4.2 1 0,4 3 1.2 1 0,4
21FEB-04
Theta 7 1 14.3 1 14.3 1 14.3 0 N/A 0 N/A 0 N/A
Kappa 422 11 2.6 14 3.3 15 3.6 3 0,7 4 1.0 1 0.2
10
Casi in cui
Casi in cui presentazione a
presentazione a Risultato pronto soccorso
Casi con an Casi con an A&E ha provocato durante la notte

Visita di pronto soccorso§
Visita di pronto soccorso§ durante la notte ricoverato
casi Casi con (escluso
(compresi i casi ricoverato ammissione§
dal 1 campione casi con
Variante con lo stesso ammissione§ (Compreso Morti^
febbraio data nel passato lo stesso
Specimen e campione e (esclusi i casi casi con il
2021¥ 28 giorni*
presenze presenze con lo stesso stesso
date)‡ date) campione e campione e
ammissione ammissione
date)‡ date)
no % no % no % no % no % no %
VUI-
13 0 N/A 0 N/A 0 N/A 0 N/A 0 N/A 0 N/A
21 aprile-03
VUI-
166 45 27.2 1 0.6 2 1.2 0 N/A 1 0.6 1 0.6
21 MAGGIO-01
VUI-
126 11 8.7 6 4.8 7 5.6 2 1.6 2 1.6 0 N/A
21 MAGGIO-02
11
Tabella 4. Partecipazione alle cure di emergenza e decessi per stato vaccinale tra i casi confermati Delta (sequenziamento e
genotipizzazione) in Inghilterra, dal 1 febbraio 2021 al 14 giugno 2021.
Casi con
<21 giorni ≥21 giorni ≥14 giorni
campione
Totale Non collegato Non vaccinato inviare inviare inviare
data nel passato
dose 1 dose 1 dose 2
28 giorni*
Casi Delta dal 1 febbraio 2021 ¥ 60.624 53.177 7.461 35.521 4.094 9.461 4.087
Casi con visita di pronto soccorso§ (esclusi i casi
con lo stesso campione e le stesse date di
presenza)‡ 1.555 N/A 14 1.038 116 285 102
Casi con visita di pronto soccorso§ (compresi i
casi con lo stesso campione e le stesse date di
presenza) 2.176 N/A 24 1.446 155 378 173
Casi in cui la presentazione al pronto soccorso ha
comportato un ricovero ospedaliero notturno§
(esclusi i casi con lo stesso esemplare e
date di ricovero)‡ 488 N/A 7 324 30 87 40
Casi in cui la presentazione al pronto soccorso ha
comportato un ricovero ospedaliero notturno§
(compresi i casi con lo stesso modello e
date di ammissione) 806 N/A 10 527 50 135 84
Morti^ 73 N/A 2 34 1 10 26
Fonti di dati: presenze in pronto soccorso e ricoveri da Emergency Care Dataset (ECDS), decessi da serie di dati sui decessi giornalieri PHE (morti entro 28 giorni)
12
¥ I casi senza data dei campioni e sequenze non collegate (campioni sequenziati che non possono essere abbinati a individui) sono esclusi da questa tabella.
* I casi vengono valutati per qualsiasi intervento in pronto soccorso entro 28 giorni dalla data del campione positivo. I casi ancora sottoposti a un periodo di 28 giorni possono avere una
frequenza di cure di emergenza segnalata in un secondo momento.
§ Almeno 1 presenza o ammissione entro 28 giorni dalla data del campione positivo
‡ Sono esclusi i casi in cui la data del campione è la stessa della visita del pronto soccorso per aiutare a rimuovere i casi rilevati tramite test di routine in
strutture sanitarie la cui causa principale di partecipazione non è COVID-19. Ciò sottostima il numero di persone in ospedale con COVID-19, ma include solo
coloro che sono risultati positivi prima del giorno della visita di pronto soccorso. Alcuni dei casi rilevati il giorno del ricovero potrebbero aver assistito a una
diagnosi non correlata al COVID-19.
^ ̂Decessi totali in qualsiasi contesto (indipendentemente dallo stato di ospedalizzazione) entro 28 giorni dalla data del campione positivo.
13
Figura 2. Casi cumulativi in Inghilterra di varianti indicizzati per giorni dal quinto segnalato, dati al 14 giugno 2021
(Trova i dati accessibili utilizzati in questo grafico in dati sottostanti). La Figura 2 mostra la rapida identificazione dei casi Delta in un breve
periodo di tempo.
14
Prevalenza variante
La prevalenza di diverse varianti tra tutti i casi sequenziati è presentata in Figura
3, suddiviso per regione nella Figura 4 e per stato di viaggio nella Figura 5. I cambiamenti nell'uso della
genotipizzazione nel tempo dovrebbero essere considerati quando si interpreta la prevalenza che incorpora i
genotipi. La categoria "Altro" nelle Figure da 3 a 5 include genomi la cui qualità è insufficiente per determinare lo
stato della variante e genomi che non soddisfano l'attuale definizione per qualsiasi variante designata oggetto di
indagine o variante di interesse. Il set di dati totale utilizzato per questa valutazione include test e
sequenziamento migliorati da persone che hanno viaggiato e test e sequenziamento delle sovratensioni nelle
aree in cui è scoppiata l'epidemia. I numeri di sequenza e la copertura diminuiscono nell'ultima settimana
mostrata a causa in parte del tempo di ritardo del sequenziamento e sono ancora in corso di produzione nuove
sequenze relative alle date dei campioni in quella settimana. Il
dati supplementari per le cifre sono disponibili.
15
Figura 3. Prevalenza variante per tutti i casi sequenziati disponibili in Inghilterra dal 1 febbraio 2021 al 14 giugno 2021
(esclusi 48 casi in cui la data del campione era sconosciuta). (Trova i dati accessibili utilizzati in questo grafico indati sottostanti).
16
Figura 4. Prevalenza delle varianti dal 1 febbraio 2021 al 14 giugno 2021 per regione per tutti i casi sequenziati in Inghilterra
(esclusi 744 casi in cui la regione o la data del campione erano sconosciute). (Trova i dati accessibili utilizzati in questo grafico in
dati sottostanti).
17
Figura 5. Prevalenza delle varianti nel tempo: tutti i casi sequenziati in Inghilterra, suddivisi per stato di viaggio al 14 giugno 2021 (esclusi 428
casi in cui la data del campione o lo stato del viaggio sono sconosciuti). Dati sulle varianti legate ai viaggi disponibili solo fino al 7 giugno 2021. (Trova
i dati accessibili utilizzati in questo grafico indati sottostanti).
18
Lo stato del viaggio viene assegnato in base a un intervallo di ≤ 14 giorni tra la data di arrivo e la data del
campione positivo. I viaggiatori derivano dalla corrispondenza con i moduli di localizzazione dei passeggeri, il
tracciamento dei contatti, gli arrivi internazionali e i dati del sondaggio HPT locale. Laddove non è stata trovata
alcuna corrispondenza con questi set di dati, gli individui vengono classificati come non associati a viaggi. Lo
stato di viaggio è stato assegnato sulla base della storia del viaggio dell'individuo, non del contatto con un
viaggiatore. L'area in grigio mostra le settimane in cui i dati della sequenza si stanno ancora accumulando,
quindi è meno probabile che le proporzioni riflettano accuratamente la prevalenza. Il numero totale di casi di
sequenziamento in ogni settimana è mostrato nelle barre sottostanti, suddiviso per stato di viaggio. (Trova i dati
accessibili utilizzati in questo grafico indati sottostanti).
19
Tassi di attacco secondario

Questa sezione include tassi di attacco secondari per casi di viaggiatori e non viaggiatori e
tassi di contatto familiari separati, inclusa una nuova analisi dei tassi per contatti familiari e
non di casi di non viaggiatori nel tempo per le varianti Delta e Alpha.
I tassi di attacco secondario si basano su test positivi tra i contatti nominati a NHS Test and Trace da
un caso originale identificato con una variante di preoccupazione confermata o probabile o una
variante oggetto di indagine. I casi varianti sono identificati utilizzando risultati confermati
(sequenziamento) al 7 giugno 2021 integrati con risultati probabili (genotipizzazione) all'8 giugno
2021 ed escludono i risultati LQ-HRG.
I tassi di attacco secondari sono mostrati per i casi con e senza storia di viaggio. In contesti non di
viaggio, sono inclusi solo i contatti stretti (membri della famiglia, contatto faccia a faccia, persone
entro 1 metro dal caso per 1 minuto o più, o persone entro 2 metri per 15 minuti) nominati dal caso
originale. Nelle impostazioni di viaggio, i contatti segnalati non sono limitati solo ai contatti stretti
nominati dal caso (ad esempio, possono includere contatti su un aereo collegati da ulteriori sforzi di
tracciamento dei contatti), portando a una probabile deflazione dei tassi di attacco secondario tra i
viaggiatori rispetto ai non -i viaggiatori. Inoltre, le persone di recente ritorno dall'estero sono
soggette a misure di quarantena più severe e possono moderare il loro comportamento nei confronti
dei contatti. L'anamnesi del viaggio indica, ma non conferma, dove si è verificata l'infezione del caso
originale.
La tabella 8 mostra i tassi di attacco secondari per Delta rispetto alle altre varianti B.1.617 e Alpha. Il
periodo di studio per i tassi di attacco secondario è stato limitato al periodo dal 29 marzo 2021 al 25
maggio 2021, per catturare le recenti restrizioni sociali e i livelli di vaccinazione. In questo periodo
più breve si osserva una riduzione del tasso di attacco secondario per i casi non di viaggio con Alpha
rispetto alla tabella 8 che copre dal 5 gennaio 2021 al 25 maggio 2021.
I tassi di attacco secondario per i contatti di casi con Delta e nessuna cronologia di viaggio sono superiori a
quelli per i contatti di casi con Alpha e nessuna cronologia di viaggio: 11,4% (95% CI 11,1% a
11,7%) rispetto all'8,0% (IC 95% da 7,8% a 8,1%). Le stime dei tassi di attacco secondario per i contatti
di coloro che hanno viaggiato con varianti di interesse o varianti oggetto di indagine erano tutte
considerevolmente inferiori a quelle che non hanno viaggiato, a causa della differenza nella
definizione del contatto. I tassi di attacco secondario per i contatti dei casi di viaggio con Delta erano
superiori a quelli dei casi di viaggio con Alpha.
La tabella 9 mostra i tassi di attacco secondario per le varianti (escluse le varianti del ceppo
B.1.617, ovvero Delta, Kappa, VUI-21APR-03) per il periodo dal 5 gennaio 2021 al 25 maggio
2021. I tassi di attacco secondario per i contatti di casi non di viaggio con VUI-21MAY-01 sono stati
inferiori rispetto ai contatti di casi di non viaggio con Alpha in questo periodo. Tutti gli altri tassi di
attacco secondario per i contatti di casi non di viaggio con le restanti varianti di preoccupazione o
20
oggetto di indagine non sono significativamente differenti da Alpha. Le stime dei tassi di attacco
secondario per i contatti di coloro che hanno viaggiato con varianti di interesse o varianti oggetto di
indagine erano tutte considerevolmente inferiori a quelle che non hanno viaggiato, a causa della
differenza nella definizione del contatto.
La tabella 10 mostra i tassi di attacco secondario tra i contatti familiari e non familiari di casi
non di viaggio con Delta e Alpha. Il periodo di studio per i tassi di attacco secondario è stato
limitato al periodo dal 29 marzo 2021 al 25 maggio 2021 come in Tabella in
8. I tassi di attacco secondario sono più elevati tra i contatti familiari rispetto ai contatti non familiari di casi
non di viaggio con entrambe le varianti e superiori per i contatti di casi non di viaggio con Delta rispetto ad
Alpha; questo è coerente con la tabella 8.
La Figura 6 mostra i tassi di attacco secondario tra i contatti familiari e non familiari di casi non
di viaggio con Delta e Alpha nel tempo per il periodo dal 29 marzo 2021 al 23 maggio 2021, con
intervalli di confidenza del 95%. La stima del tasso di attacco secondario per i contatti familiari
dei casi con Delta è diminuita nelle ultime 4 settimane di segnalazione, da
Dal 16,8% (IC 95% dal 15,1% al 18,7%) per gli eventi di esposizione nella settimana che iniziano il 26 aprile
2021 all'11,8% (dal 95% 11,3% al 12,3%) per gli eventi di esposizione nella settimana che iniziano il 17
maggio 2021. Nel periodo presentato, attacco secondario le tariffe per i contatti sia domestici che non
familiari dei casi con Delta rimangono più elevate rispetto ad Alpha (o altri casi). Un picco nei tassi di
attacco secondario da casi con Delta è stato osservato nei contatti sia domestici che non domestici esposti
durante la settimana che inizia il 26 aprile 2021, mentre i tassi di attacco secondario da casi con Alpha sono
rimasti stabili rispetto alle settimane precedenti e successive.
21
Tabella 5. Tassi di attacco secondario per Kappa, Delta e VUI-21APR-03 (B.1.617.3), presentato con Alpha, tempo limitato per il
confronto
(dal 29 marzo 2021 al 25 maggio 2021, dati varianti al 7 giugno 2021, dati di tracciamento dei contatti al 15 giugno 2021)
Variante casi in Casi in quelli Proporzione casi Case Tasso di attacco secondario Tasso di attacco secondario
quelli che che non hanno quella tra i contatti dei casi che tra i contatti di casi che
hanno viaggiato viaggiato o hanno viaggiato hanno viaggiato (95% non hanno viaggiato o
(% con sconosciuto (% CI) [casi secondari/ sconosciuti (95%
contatti) con contatti) contatti] CI) [secondario
casi/contatti]
lpha 2.070 (70,0% 38.284 (82,5% 1,5% (da 1,3% a 1,6%) 8,0% (dal 7,8% all'8,1%)
5,1%
con contatti) con contatti) [516/35,092] [8.102/101.787]
Kappa 186 (76,3% con 136 (79,4% con 2,0% (da 1,6% a 2,5%) 10,7% (dal 7,8% al 14,5%)
57,8%
contatti) contatti) [62/3.107] [36/336]
Delta 724 (69,8% con 15.394 (84,3% 2,3% (dal 2,0% al 2,5%) 11,4% (dall'11,1% all'11,7%)
4,5%
contatti) con contatti) [268/11.910] [5.118/44.745]
VUI-21APR-03 6 (16,7% con 5 (100.0% con
54,5% Non disponibile [0/201] Non disponibile [1/12]
contatti) contatti)
I tassi di attacco secondario sono contrassegnati come "Non disponibile" quando il conteggio dei contatti è inferiore a 50 o il conteggio dei casi esposti è inferiore a
20. I casi legati ai viaggi per i tassi di attacco secondario sono identificati positivamente nei dati di test e traccia del NHS utilizzando più fonti PHE. Un caso è
considerato collegato al viaggio se EpiCell o le squadre di protezione della salute hanno trovato prove di viaggi internazionali, il loro record di test e
tracciamento NHS menziona un evento associato a viaggi internazionali, il record di test e traccia NHS è stato creato dopo la notifica tramite IHR NFP, i loro
contatti sono stati tracciati dal team internazionale di tracciamento dei contatti o sono stati contrassegnati per la tracciabilità dei contatti prioritari in NHS
Test and Trace per motivi di viaggio. Alcuni casi legati al viaggio potrebbero non essere rilevati da questi metodi e verrebbero contrassegnati come non
collegati al viaggio o sconosciuti.
22
I tassi di attacco secondari da NHS Test and Trace dovrebbero generalmente essere considerati limiti inferiori a causa
della natura del tracciamento e del test dei contatti. I dati forniti sono per il periodo fino al 25 maggio 2021 al fine di
consentire il tempo necessario affinché i contatti diventino casi, quindi i conteggi dei casi sono inferiori rispetto ad altre
fonti. I risultati probabili (di genotipizzazione) sono inclusi, i risultati genomici di bassa qualità non lo sono.
23
Tabella 6. Tassi di attacco secondario per tutte le varianti (escluse le varianti B.1.617)
(dal 5 gennaio 2021 al 25 maggio 2021, dati delle varianti al 7 giugno 2021, dati di tracciamento dei contatti al 15 giugno 2021)
Variante casi in Casi in quelli Astuccio Tasso di attacco secondario Attacco Secondario
quelli che che non hanno proporzione tra contatti di casi Vota
hanno viaggiato viaggiato o che ha che hanno viaggiato (95% CI) tra i contatti di
(con contatti) sconosciuto (con viaggiato [casi/contatti secondari] casi che hanno
contatti) non viaggiato o
sconosciuto (95%
CI) [secondario
casi/contatti]
Alfa 4.264 (76,8% 179.563 (75,0% 1,6% (1,5% - 1,7%) 9,7% (9,6% - 9,8%)
2,3%
con contatti) con contatti) [1.243/78.032] [37.109/383.194]
Beta 315 (72,1% 392 (67,3% con 2,1% (1,8% - 2,5%) 8,8% (7,1% - 10,9%)
44,6%
con contatti) contatti) [109/5.171] [77/874]
Zeta 4 (75,0% con 29 (79,3% con 8,2% (3,6% - 17,8%)

12,1% Non disponibile [0/160]
contatti) contatti) [5/61]
Gamma 67 (67,2% con 89 (74,2% con 10,6% (7,2% - 15,4%)

42,9% 1,1% (0,6% - 2,1%) [9/806]
Eta 192 (70,3% 196 (73,0% con 1,2% (0,9% - 1,5%) 8,5% (6,1% - 11,7%)
49,5%
con contatti) contatti) [47/4.076] [32/377]
VUI-21FEB-04 98 (68,4% con 140 (78,6% con 0,5% (0,3% - 0,8%) 8,5% (6,0% - 12,0%)
41,2%
Theta 5 (40.0% con 1 (100.0% con

83,3% Non disponibile [0/5] Non disponibile [0/3]
contatti) contatti)
24
Variante casi in Casi in quelli Astuccio Tasso di attacco secondario Attacco Secondario
quelli che che non hanno proporzione tra contatti di casi Vota
hanno viaggiato viaggiato o che ha che hanno viaggiato (95% CI) tra i contatti di
(con contatti) sconosciuto (con viaggiato [casi/contatti secondari] casi che hanno
contatti) non viaggiato o
sconosciuto (95%
CI) [secondario
casi/contatti]
VUI-21 MAGGIO-01 2 (0.0% con 136 (84,6% con 5,8% (4,0% - 8,4%)
1,4% Non disponibile [0/0]
VUI-21 MAGGIO-02 61 (73,8% con 47 (80,9% con 0,9% (0,5% - 1,6%) 7,5% (3,8% - 14,1%)
56,5%
Nota la legenda della tabella 5. I dati forniti sono per il periodo fino al 25 maggio 2021 per consentire ai contatti di diventare casi, quindi i conteggi dei casi
sono inferiori rispetto ad altre fonti. I risultati probabili (PCR riflessa) sono inclusi, i risultati genomici di bassa qualità non lo sono.
25
Tabella 7. Tassi di attacco secondario per contatti familiari di casi non di viaggio di Alpha e Delta
(dal 29 marzo 2021 al 25 maggio 2021, dati varianti al 7 giugno 2021, dati di tracciamento dei contatti al 15 giugno 2021)
Variante Casi in coloro che non hanno Tasso di attacco secondario Tasso di attacco secondario
viaggiato o sconosciuti (con tra i contatti familiari di tra i contatti non domestici di casi
contatti familiari, con casi che non hanno viaggiato o che non hanno viaggiato o
contatti non familiari) sconosciuti (IC 95%) sconosciuti (95% CI)
[casi secondari/contatti] [casi secondari/contatti]
Alfa 38.284 (80,4% con nucleo familiare, 8,7% (8,5% - 8,9%) [7.264/83.150] 4,5% (4,2% - 4,8%) [838/18.637]
18,3% con non famiglie
contatti)
Delta 15.394 (82,3% con nucleo familiare, 12,4% (12,1% - 12,7%) 7,0% (6,4% - 7,5%) [552/7.941]
18,0% con persone non domestiche [4.566/36.804]
contatti)
Nota la legenda della tabella 5. I dati forniti sono per il periodo fino al 25 maggio 2021 per consentire ai contatti di diventare casi, quindi i conteggi dei casi
sono inferiori rispetto ad altre fonti. I risultati probabili (PCR riflessa) sono inclusi, i risultati genomici di bassa qualità non lo sono.
26
Figura 6. Tassi di attacco secondario tra contatti familiari e non familiari di casi non
di viaggio di Alpha, Delta e tutti gli altri, inclusi i casi non sequenziati, con intervalli
di confidenza del 95%
(dal 29 marzo 2021 al 23 maggio 2021, dati varianti al 7 giugno 2021, dati di tracciamento dei contatti al 15
giugno 2021). (Trova i dati accessibili utilizzati in questo grafico indati sottostanti).
Nota legenda dalla Tabella 5. I tassi di attacco secondario vengono soppressi quando il conteggio dei contatti è
inferiore a 50 o il conteggio dei casi esposti è inferiore a 20. I dati forniti sono per il periodo fino al 23 maggio
2021 per consentire il tempo necessario affinché i contatti diventino casi e si completino settimane da mostrare.
I risultati probabili (PCR riflessa) sono inclusi, i risultati genomici di bassa qualità non lo sono.
27
Sorveglianza delle reinfezioni

Il Programma di sorveglianza della reinfezione da COVID-19 mira a esaminare la durata
dell'immunità, la protezione contro la malattia clinica (malattia con sintomi) e la protezione
contro la malattia più grave. È anche importante capire se coloro che si reinfettano possono
trasmettere il virus ad altre persone.
La Figura 7 mostra il tasso settimanale di possibili reinfezioni da COVID-19 con il cumulo delle prime
infezioni che diventano idonee per la reinfezione e il totale dei primi positivi.
Gli individui che hanno 2 rilevamenti positivi (con PCR e/o dispositivi a flusso laterale a distanza di almeno 90
giorni l'uno dall'altro sono classificati come possibili casi di reinfezione. Una piccola percentuale di reinfezione è
stata sequenziata attraverso il sequenziamento nazionale standard di sorveglianza. La Tabella 8 mostra il
numero totale di sequenze disponibili dal primo e dal secondo episodio di infezione in possibili casi di
reinfezione, classificati per variante. La Figura 8 mostra il numero di diverse varianti identificate attraverso il
sequenziamento che sono possibili casi di reinfezione. I numeri di sequenza diminuiscono nelle ultime 2
settimane mostrate a causa in parte del tempo di ritardo del sequenziamento e sono ancora in produzione
nuove sequenze relative alle date di campionamento in quelle settimane.
Tabella 8. Numero di casi di reinfezione sequenziati e variante assegnata

(Dati al 14 giugno 2021). Questi numeri includono i casi in cui è disponibile una sequenza
sia per una prima che per una seconda reinfezione.
Variante Totale
Alfa 646
Beta 1
Zeta 0
VOC-21FEB-02 1
Eta 2
VUI-21FEB-04 2
Kappa 2
Delta 311
VUI-21APR-03 0
VUI-21 MAGGIO-01 2
VUI-21 MAGGIO-02 0
Totale sequenziato 1.260
28
Figura 7. Il tasso settimanale di possibili reinfezioni da COVID-19 con il cumulo delle prime infezioni che diventano eleggibili per la reinfezione e
il totale dei primi positivi (Inghilterra, settimana 2021-2022) (Trova i dati accessibili utilizzati in questo grafico in dati sottostanti).
1.4 4500000
4000000
1.2
Cumulo dei primi positivi che diventano idonei per la reinfezione

Cumulativo Prime infezioni
Tasso settimanale di possibili reinfezioni per 1000 prime infezioni
3500000
1
Tasso settimanale di
possibili reinfezioni 3000000
E primi positivi settimanali (x10)

0.8 Prime infezioni x10
2500000
0.6 2000000
1500000
0,4
1000000
0.2
500000
0 0
2020-05
2020-07
2020-09
2020-11
2020-13
2020-15
2020-17
2020-19
2020-21
2020-23
2020-25
2020-27
2020-29
2020-31
2020-33
2020-35
2020-37
2020-39
2020-41
2020-43
2020-45
2020-47
2020-49
2020-51
2021-01
2021-03
2021-05
2021-07
2021-09
2021-11
2021-13
2021-15
2021-17
2021-19
2021-21
anno-settimana
29
La Figura 10 mostra i tassi settimanali di possibili reinfezioni per 1000 prime infezioni sulla base di un
denominatore cumulativo derivato da individui totali con un primo risultato del test SARS-CoV-2 positivo in un
punto 13 settimane (91 giorni) prima del secondo risultato del test positivo insieme ( linea continua); il totale
cumulativo delle prime infezioni nell'area solida (asse Y destro); prime infezioni totali (linea marrone tratteggiata,
asse Y destro) per settimana di insorgenza (questi numeri sono amplificati x10 in modo che la linea possa essere
chiaramente vista). Le reinfezioni vengono identificate sulla base di 2 risultati sequenziali di rilevamento positivo
(con PCR o dispositivo a flusso laterale) a distanza di almeno 90 giorni.
30
Figura 8. Il numero di casi di reinfezione da tutte le fonti del campione, con il numero totale di casi di reinfezione
con sequenze e il numero di sequenze varianti nel tempo al 14 giugno 2021
(Trova i dati accessibili utilizzati in questo grafico in dati sottostanti). Questi numeri includono i casi in cui è disponibile una sequenza sia per una prima che
per una seconda reinfezione.
31
Monitoraggio di coorte SARS-CoV-2 Immunità e

valutazione della reinfezione (lo studio SIREN)
Lo studio SIREN è una coorte di operatori sanitari del Servizio sanitario nazionale, inclusi 135 siti e
44.546 partecipanti in tutto il Regno Unito, 35.710* in Inghilterra, che rimangono sotto controllo
attivo con test PCR ogni 2 settimane per COVID-19 tramite PCR. Questa coorte aveva un'elevata
sieropositività al reclutamento (30% prima della seconda ondata) ed è ora altamente vaccinata (95%).
L'incidenza di nuove infezioni e potenziali reinfezioni in SIREN è monitorata e dovrebbe aumentare se
una nuova variante diventasse altamente prevalente e fosse in grado di sfuggire all'immunità
prevalentemente derivata dal vaccino. Durante il periodo in cui Delta è diventato prevalente, non vi è
stato alcun aumento dei partecipanti positivi alla PCR nella coorte SIREN in generale (Figura 9) e le
reinfezione rimangono a numeri molto bassi in individui precedentemente positivi alla PCR o
sieropositivi (Figura 9). Dei 20 partecipanti con una nuova PCR positiva dall'aprile 2021 nella coorte
SIREN complessiva, 13 (65%) si sono verificati 14 giorni o più dopo la loro seconda dose di vaccino. La
Figura 12 mostra la frequenza mensile di potenziali eventi di reinfezione all'interno di SIREN.
* Il numero esclude i partecipanti che si sono ritirati dallo studio e hanno chiesto la rimozione
dei loro dati e i partecipanti reclutati negli ospedali delle amministrazioni decentrate.
32
Figura 9. Positività alla PCR nello studio SIREN per tutte le regioni, Inghilterra (intervallo di prova quindicinale) Dati
fino al 13 giugno 2021
Le barre viola indicano i partecipanti sottoposti a test PCR entro il periodo (asse destro), la linea arancione indica i partecipanti con PCR positivo entro
periodo (per 1.000) (asse sinistro). (Trova i dati accessibili utilizzati in questo grafico indati sottostanti).
Totale
35 25000
30
I partecipanti hanno testato la PCR entro il periodo

20000
Partecipanti con test PCR positivo
25
entro il periodo (per 1.000)
15000
20
15
10000
10
5000
5
0 0
28 dicembre 11 gennaio 25 gennaio 08 feb 22 feb 08 mar 22 mar 05 aprile 19 aprile 03 maggio 17 maggio 31 maggio
14 giorni dall'inizio
* Contiene solo partecipanti con almeno 1 test PCR entro un determinato periodo; i partecipanti sono considerati positivi se almeno 1 test PCR entro un
determinato periodo è positivo. Le cifre non sono state limitate dallo stato anticorpale né dallo stato vaccinale; include solo partecipanti provenienti da
trust inglesi.
33
Figura 10. Frequenza mensile di potenziali eventi di reinfezione all'interno di SIREN. Dati fino al 6 giugno 2021
(Trova i dati accessibili utilizzati in questo grafico in dati sottostanti).
80
Numero di casi di reinfezione nel periodo
70
60
50
40
30
20
10
0
giu-20 lug-20 20 agosto Set-20 ott-20 20 novembre Dic-20 21 gennaio 21 febbraio Mar-21 Apr-21 maggio-21 21 giugno
mesi
Novemilaottocentotredici (31%) della coorte SIREN aveva evidenza di infezione precedente (precedentemente positiva alla PCR o positiva agli anticorpi) al
momento dell'arruolamento. Questo numero è aumentato durante il follow-up poiché i partecipanti si spostano dalla coorte negativa a quella positiva
dopo un'infezione primaria. Dal 18 giugno 2020 al 6 giugno 2021, in Inghilterra sono state identificate 241 potenziali reinfezione (linea blu). Si tratta di dati
provvisori in quanto potenziali casi di reinfezione segnalati sono oggetto di ulteriori indagini e alcuni potrebbero essere successivamente esclusi. Questo
numero è diminuito di un evento a dicembre (escluso) ed è aumentato di un evento ad aprile (segnalato retrospettivamente per sito) dall'ultimo rapporto.
Ci sono state 6 potenziali reinfezioni dall'aprile 2021, tutte avvenute almeno 14 giorni dopo che i partecipanti hanno ricevuto la loro seconda dose di
vaccino.
34
Varianti legate a sospetti focolai di SARS-

CoV-2
I dati su tutti i nuovi incidenti di infezione respiratoria acuta (ARI) segnalati alle squadre di
protezione sanitaria (HPT) e inseriti nel sistema di gestione dei casi e degli incidenti (CIMS) nella
settimana precedente sono pubblicati nel rapporto settimanale sulla sorveglianza dell'influenza/
COVID-19.
Qui presentiamo informazioni su un sottoinsieme di questi incidenti: quei sospetti cluster e

focolai di SARS-CoV-2 che hanno almeno una variante non alfa confermata di preoccupazione o
una variante oggetto di indagine identificata e collegata ad essi. Agli incidenti viene assegnato
un tipo di variante attraverso un processo automatizzato di collegamento dei dati che riunisce
dati sugli incidenti, dati sui casi e dati genomici. Questi sono dati sperimentali poiché la
metodologia è nuova e continuerà a subire ulteriori convalide e miglioramenti. Gli incidenti
correlati all'alfa non sono inclusi qui perché questi focolai non sono stati registrati in modo
equivalente durante il periodo in cui questo era il ceppo dominante e non è possibile effettuare
un confronto accurato.
A causa del predominio della variante Delta, tutti i focolai segnalati dalla settimana 20 in poi
possono essere attribuiti a Delta a meno che l'esito del sequenziamento non confermi il
contrario. La segnalazione del numero di focolai che hanno un caso di variante Delta collegato
confermato porterà quindi a una sottostima dell'onere totale dei focolai associati a Delta. Per
tracciare la variante Delta è meglio fare riferimento al numero totale di focolai impostando che
sono riportati nelrapporto settimanale sulla sorveglianza dell'influenza/COVID-19. In linea con il
nostro approccio alla segnalazione di epidemie di varianti Alpha, le epidemie relative a Delta
non saranno incluse nei successivi briefing tecnici sulle varianti di preoccupazione, tuttavia le
informazioni sulle varianti emergenti saranno incluse ove pertinente.
In questo briefing tecnico i dati sono presentati come un grafico (Figura 11) anziché 3 tabelle,
come sono stati presentati nei briefing tecnici 14 e 15. I dati ausiliari di questo grafico sono
disponibili in dati sottostanti.
È importante notare che c'è un intervallo di tempo dalla segnalazione del sospetto focolaio a PHE
all'esecuzione della genotipizzazione e del sequenziamento e all'identificazione di casi varianti, quindi i
dati sono provvisori e probabilmente cambieranno nei successivi briefing tecnici.
Notare che:
• un incidente è una registrazione amministrativa relativa a un ambiente piuttosto che una
classificazione epidemiologica e di conseguenza esistono incidenti complessi e multivarianti in un
determinato ambiente
35
• sono esclusi i focolai domestici e i gruppi che sono stati erroneamente classificati come
focolai legati alle impostazioni
• sospetti focolai Alpha e cluster sono esclusi
• gli incidenti rilevati sul CIMS rappresentano un sottoinsieme di tutti i cluster e le
epidemie in corso in Inghilterra: sono in atto una serie di accordi con le autorità locali e
altre parti interessate che supportano gli HPT, tuttavia, i dati potrebbero non essere
regolarmente documentati sul CIMS
36
Figura 11. Incidenti gestiti dalle squadre di protezione sanitaria che coinvolgono varianti SARS-CoV-2 per iso-settimana, per impostazione
dell'epidemia (dal 4 gennaio 2021 al 13 giugno 2021) (Trova i dati accessibili e ausiliari utilizzati in questo grafico in dati sottostanti).
37
I gruppi sospetti e le epidemie legate alle scuole primarie e secondarie (comprese le strutture
per bisogni educativi speciali (BES)) sono sottoposti a ulteriore convalida. I singoli incidenti e le
note sui casi vengono esaminati da un epidemiologo su base settimanale e viene valutata la
conformità ai criteri per un cluster o un'epidemia di SARS-CoV-2 confermato. Nell'ultimo periodo
di 4 settimane ci sono stati 181 focolai confermati di SARS-CoV-2 collegati a scuole primarie e
secondarie a cui è stato collegato almeno un caso variante. Questo rappresenta circa lo 0,8% di
tutte le scuole.
Per i motivi delineati, il rapporto di sorveglianza settimanale fornisce i dati ottimali per tenere traccia
del carico totale dei focolai Delta legati alle scuole e ad altri contesti. Questi dati non saranno inclusi
nei successivi briefing tecnici sulle varianti di preoccupazione, tuttavia le informazioni sulle varianti
emergenti legate alle impostazioni educative saranno incluse ove pertinente.
38
Figura 12. Numero di focolai o cluster confermati di SARS-CoV-2 nelle scuole primarie e secondarie (comprese le strutture per
bisogni educativi speciali) per tipo di variante identificata e settimana epidemiologica, dal 26 aprile al 13 giugno 2021
Questi dati sono provvisori, escludono focolai confermati di varianti alfa. I dati utilizzati nella Figura 12 sono dettagliati nella Tabella 9.
39
Tabella 9. Numero di focolai o cluster confermati di SARS-CoV-2 nelle scuole primarie e secondarie (comprese quelle speciali)
contesti dei bisogni educativi) per tipologia di variante individuata e settimana epidemiologica, dal 26 aprile al 13 giugno 2021
Questi dati sono provvisori, esclusa la variante Alpha.
Variante / Settimana 21-15 21-16 21-17 21-18 21-19 21-20 21-21 21-22 21-23 Totale
Beta 1 2 1 4
Gamma 2 1 3
Delta) 3 10 11 27 48 58 38 195
Eta 1 1
VUI-21FEB-04 1 1 2
Kappa 1 2 3
VUI-21 MAGGIO-01 1 1
multiplo 1 3 1 5
Nessuna variante/sconosciuto 3 8 19 36 39 25 38 33 37 238
Totale 4 9 24 51 50 52 94 91 77 452
40
Esposizioni comuni derivate dai dati di tracciamento dei contatti

La Figura 13 mostra il numero di eventi di esposizione comuni segnalati a settimana, per impostazione,
dalla settimana che inizia il 21 aprile alla settimana del 26 maggio 2021. Questa cifra include solo le
esposizioni comuni segnalate durante il tracciamento dei contatti da casi che sono stati sequenziati e
confermati come Alpha o Delta variante. Le esposizioni comuni derivano dai dati di tracciamento dei
contatti e sono definite come luoghi specifici visitati fuori casa da almeno 2 casi durante il loro periodo
pre-sintomatico (da 2 a 7 giorni prima dell'insorgenza dei sintomi), nello stesso giorno o fino a 7 giorni di
distanza. Un singolo evento di esposizione comune rappresenta la visita di un caso in un giorno
particolare all'impostazione di esposizione comune.
Gli eventi di esposizione comuni possono rappresentare eventi di trasmissione tra casi noti ma anche da casi
sconosciuti. Tuttavia, possono anche rappresentare semplicemente luoghi visitati di frequente e quindi
dovrebbero essere interpretati con cautela. Le impostazioni visitate regolarmente (ad esempio la frequenza
quotidiana a scuola o sul posto di lavoro) possono essere migliorate nei dati man mano che vengono
conteggiate ciascuna delle visite separate. Si verificano meno esposizioni comuni quando le strutture sono
chiuse o limitate a causa di restrizioni, quindi dovrebbero essere interpretate nel contesto della politica
nazionale e di altri eventi come i periodi di vacanze scolastiche.
Le impostazioni più comuni per le esposizioni comuni sono state l'istruzione, per le varianti Alpha e
Delta, a parte la settimana più recente che inizia il 26 maggio (che include il fine settimana festivo e
l'inizio della settimana scolastica di metà semestre). Nell'ultima settimana presentata (dal 26 maggio
2021), le strutture di ospitalità erano una proporzione maggiore (circa il 20%) di tutte le esposizioni
comuni segnalate dai casi con entrambe le varianti Alpha e Delta, e anche la proporzione di esposizioni
comuni relative ai viaggi è aumentata notevolmente.
41
Figura 13. Numero settimanale e percentuale di eventi di esposizione comuni tra i casi sequenziati, per impostazione e variante dei
casi (solo per alfa e delta)
Eventi di esposizione comuni segnalati dalla settimana che inizia il 21 aprile 2021 alla settimana che inizia il 26 maggio 2021. Dati sulle varianti al 14 giugno
2021, dati di tracciabilità dei contatti al 16 giugno 2021. Numero di esposizioni comuni per settimana di dati etichettati. (Trova i dati accessibili utilizzati in
questo grafico indati sottostanti).
42
Parte 2: sorveglianza Delta (B.1.617.2)

Il lignaggio B.1.617.2 è stato portato a una variante di preoccupazione nel Regno Unito il 6 maggio 2021
(VOC-21APR-02). Questa variante è stata denominata Delta dall'OMS il 31 maggio 2021.
Gravità
Analisi complementari intraprese in Inghilterra e Scozia hanno rilevato un aumento del rischio di
ospedalizzazione nei casi che erano positivi al target del gene S (Scozia) o avevano un'infezione con
variante Delta confermata dalla sequenza (Inghilterra). Sono necessarie ulteriori analisi per ridurre
l'incertezza legata alla variazione del rischio e per esplorare più in dettaglio il legame con la vaccinazione.
Inghilterra
Nessun nuovo dato in questo rapporto.
Scozia
Nello studio Public Health Scotland/EAVE II, La regressione del rischio proporzionale di Cox è stata
utilizzata per stimare i fattori di rischio per il tempo dal test all'ospedalizzazione tra gli individui
risultati positivi. L'ospedalizzazione con COVID-19 è stata definita come qualsiasi ricovero entro 14
giorni da un test positivo o in cui si è verificato un test positivo entro 2 giorni dal ricovero. Il modello
è stato aggiustato per età e giorni dal 1 aprile 2021 come termini spline insieme al numero di
condizioni di comorbilità, genere e stato di vaccinazione. Lo stato vaccinale è stato determinato in
base ai dati del test PCR. Le persone che sono risultate positive dal 1 aprile 2021 in poi (fino al 14
giugno 2021) sono state incluse in questa analisi. C'è stato un aumento del rapporto di rischio di
ospedalizzazione per coloro che erano positivi al gene S rispetto a quelli con fallimento del target del
gene S (1,8, 95% da 1,4 a 2,3).
43
Monitoraggio dell'efficacia del vaccino

L'analisi dei dati dei test di routine fino all'11 giugno 2021, collegata al sequenziamento e allo stato
target del gene S, è stata utilizzata per stimare l'efficacia del vaccino contro la malattia sintomatica
utilizzando un disegno caso controllo negativo. Metodi e risultati dettagliati sono disponibili in
Efficacia dei vaccini COVID-19 contro la variante Delta. Dopo una singola dose c'è stata una
riduzione assoluta del 18% dell'efficacia del vaccino contro la malattia sintomatica con Delta rispetto
ad Alpha, ma solo una modesta riduzione dell'efficacia del vaccino dopo 2 dosi (Tabella 10).
Tabella 10. Efficacia del vaccino contro la malattia sintomatica per Alpha e Delta
varianti
Stato vaccinale Efficacia del vaccino (%)
Alfa Delta
Dose 1 49 (da 46 a 52) 31 (da 25 a 36)

Dose 2 88 (da 85 a 90) 80 (da 77 a 82)
L'efficacia del vaccino contro l'ospedalizzazione è stata stimata valutando i tassi di ospedalizzazione
tramite cure di emergenza tra i casi confermati sintomatici utilizzando l'analisi di sopravvivenza (
Stowe et al., 2021 prestampa). Questa analisi ha utilizzato i dati disponibili dal collegamento dei casi
sintomatici, dal 12 aprile al 4 giugno 2021. I rapporti di rischio per l'ospedalizzazione sono combinati
con gli odds ratio contro la malattia sintomatica dall'analisi del caso controllo negativo del test sopra
descritta per stimare l'efficacia del vaccino contro il ricovero. Metodi e risultati dettagliati sono
disponibili inStowe et al., 2021. Un'efficacia simile del vaccino contro il ricovero è stata osservata con
le varianti Alpha e Delta (Tabella 11).
Tabella 11. Efficacia del vaccino contro l'ospedalizzazione per le varianti Alpha e Delta
Stato vaccinale Efficacia del vaccino (%)
Alfa Delta
Dose 1 78 (da 65 a 86) 75 (da 57 a 85)

Dose 2 92 (da 78 a 97) 94 (da 85 a 98)
44
Sorveglianza internazionale
GISAID include dati sulle sequenze disponibili a livello internazionale. Al 14 giugno 2021, sono
state identificate sequenze da 61 paesi (escluso il Regno Unito) in)GISAID di Delta. In totale
9.810 sequenze da: Anguilla (1), Argentina (1), Aruba (3), Australia (164), Austria
(7), Bahrain (15), Bangladesh (47), Belgio (217), Brasile (3), Bulgaria (1), Canada (354), Cina (2),
Repubblica Ceca (13), Repubblica Democratica del Congo (6), Danimarca (94), Finlandia (2),
Francia (117), Georgia (4), Germania (692), Ghana (1), Grecia (4), Hong Kong
(3), India (3.813), Indonesia (40), Iran (9), Irlanda (141), Israele (37), Italia (143), Giappone
(178), Giordania (1), Lussemburgo (52), Malawi (5), Malesia (11), Malta (1), Messico (27),
Marocco (1), Nepal (45), Paesi Bassi (88), Nuovo Zelanda (13), Norvegia (68), Pakistan (5),
Polonia (63), Portogallo (91), Qatar (26), Reunion (2), Romania (5), Russia (166), Saint Martin
(1) , Singapore (242), Slovenia (4), Sud Africa (17), Corea del Sud (20), Spagna
(183), Sri Lanka (1), Svezia (36), Svizzera (86), Thailandia (88), Turchia (1), USA
(2.278), Uganda (3), Vietnam (68)
45
Sorveglianza tramite dati genomici

Tabella 12. Numero di casi confermati (sequenziamento) e probabili (genotipizzazione), per
regione di residenza al 14 giugno 2021
Confermato Probabile
Caso totale Proporzione di tutti
Regione (sequenziamento) (genotipizzazione) caso
numero casi1
numero del caso numero
Midlands Orientali 2.121 969 3.090 5,1%
Est dell'Inghilterra 2.694 831 3.525 5,8%
Londra 5,027 4.299 9.326 15,4%
Nord Est 720 1,894 2.614 4,3%
Nord Ovest 13.098 12,104 25.202 41,5%
Sud Est 2.982 2.500 5.482 9,0%
Sud Ovest 828 455 1.283 2,1%
Midlands Occidentali 2.085 2,202 4.287 7,1%
Yorkshire e
1.424 4.164 5,588 9,2%
Humber
Regione sconosciuta 153 105 258 0,4%
Totale 31,132 29,523 60.655 -
1 La genotipizzazione viene utilizzata per identificare le varianti Alpha, Beta, Delta e Gamma; gli obiettivi sono stati aggiornati a metà maggio
2021 per dare priorità all'identificazione accurata di Delta rispetto ad Alpha
46
Figura 14. Casi Delta confermati (sequenziamento) e probabili (genotipizzazione) per data del campione e metodo di rilevamento al 14
giugno 2021 (Trova i dati accessibili utilizzati in questo grafico in dati sottostanti)
47
Figura 15. Casi Delta confermati (sequenziamento) e probabili (genotipizzazione) per data del campione e regione di residenza al 14 giugno
2021 (Trova i dati accessibili utilizzati in questo grafico in dati sottostanti)
48
Figura 16. Piramide età-sesso dei casi Delta confermati (sequenziamento) e probabili (genotipizzazione) al 14 giugno 2021
(Trova i dati accessibili utilizzati in questo grafico in dati sottostanti)
49
Tabella 13. Ulteriori mutazioni di interesse rilevate nei genomi Delta nel Regno Unito, al 15 giugno 2021.
Numero di Numero di Numero di

Numero di
Amminoacido nucleotide Numero totale di sequenze sequenze sequenze
scollegato
modificare modificare sequenze (Regno Unito) dal 16 marzo al 15 dal 16 aprile al 15 dal 16 maggio al 15
sequenze
aprile 2021 maggio 2021 giugno 2021
P681R C23604G 44844 7353 251 5618 31622
L452R T22917G 43029 7159 251 5520 30099
G142D* G21987A 27424 4456 180 3314 19474
P251L C22314T 245 233 0 1 11
G446V G22899T 120 59 0 5 56
R158G A22034G 76 3 0 0 73
L452R G22918A 50 2 0 12 36
K417N G22813T 49 8 0 23 18
Q677H G23593T 22 0 4 5 13
R683Q G23610A 15 0 0 1 14
S255F C22326T 14 0 0 6 8
V503I G23069A 12 1 0 6 5
L244S T22293C 8 2 0 5 1
T716I C23709T 8 4 0 0 4
S477I G22992T 7 1 0 1 5
S494L C23043T 7 1 0 3 3
K444N G22894T 7 5 0 0 2
P384S C22712T 6 0 0 0 6
D215G A22206G 5 0 0 0 5
E484A A23013C 5 0 0 4 1
P681L C23604T 5 0 0 0 5
50
L18F C21614T 4 1 0 0 3
V483F G23009T 4 1 0 1 2
P479S C22997T 3 0 0 1 2
S494A T23042G 3 0 0 0 3
D405Y G22775T 3 2 0 0 1
R683L G23610T 3 0 0 1 2
E484Q G23012C 2 0 0 1 1
G142A G21987C 2 0 0 0 2
R346G A22598G 2 0 0 0 2
Q321L A22524T 2 2 0 0 0
A701V C23664T 2 1 0 1 0
51
Questi dati utilizzano i numeri dei genomi nel set di dati genomici nazionali piuttosto
che i numeri dei casi. Le sequenze non collegate si riferiscono a genomi che non sono
stati collegati a un risultato PCR primario nel database inglese e includono individui al di
fuori dell'Inghilterra. Sono in corso ulteriori indagini sui genomi K417N. * Si noti che
G142D si trova in una parte del genoma con copertura costantemente ridotta nella
variante Delta (a causa della delezione che definisce il lignaggio dalla posizione
22029-22035, che colpisce uno dei siti di primer PCR nel protocollo ARTIC v3). Sebbene
sia segnalato solo come rilevato nel ~60% delle sequenze, il restante 40% delle
sequenze sono quasi tutte "N" in quella posizione (il codice per "dati insufficienti"),
piuttosto che essere confermato "G" (l'allele di riferimento ).
52
Sorveglianza attraverso il rilevamento del gene S
Il target del gene S in un test a 3 target (S, N e ORF1ab) utilizzato in alcuni laboratori Lighthouse
non viene rilevato in Alpha. Tuttavia, questo gene S viene rilevato anche in Beta, Kappa, Delta,
VUI-21APR-03 (B.1.617.3) e altre varianti. I campioni con un gene S rilevabile (noto anche come
gene S positivo) sono definiti come quelli con valori di soglia del ciclo (CT) di ≤30 in tutti e 3 i
bersagli genici: S, N e ORF1ab.
Un gene S rilevabile in un campione SARS-CoV-2 positivo è stato stabilito come utile proxy per la
variante Delta in Inghilterra da metà maggio 2021. La proporzione di campioni Delta confermati tra
i positivi al gene S è stata superiore al 95% nella maggior parte dei casi. dati delle ultime 4
settimane (dall'11 maggio 2021).
Il numero e la proporzione di campioni positivi al gene S in Inghilterra (Figura 17 e Figura

18) è anch'esso in costante aumento da metà aprile, con 22.003 casi segnalati nella settimana a
partire dal 1° giugno; Il 96,2% di tutti i casi è stato testato con il test TaqPath e segnalato a PHE
quella settimana. Gli enti locali del Nord Ovest continuano a distinguersi per numero di positivi al
gene S (Figura 19). Le analisi del gene S qui presentate sono state ridotte dall'introduzione della
genotipizzazione.
53
Figura 17. Distribuzione settimanale delle varianti tra campioni SARS-CoV-2 positivi al gene S sequenziati
Le date del campione sono comprese tra il 5 gennaio 2021 e il 7 giugno 2021, dati al 15 giugno 2021. L'ombreggiatura grigia è stata applicata agli ultimi 14 giorni di dati
poiché questi sono interessati dal ritardo nella segnalazione. (Trova i dati accessibili utilizzati in questo grafico indati sottostanti).
54
Figura 18. Numero settimanale e percentuale di casi di COVID-19 del secondo pilastro dell'Inghilterra con SGTF e target del gene S
rilevabile tra quelli testati con il test TaqPath Date del campione dal 1 settembre 2020 al 14 giugno 2021, dati al 15 giugno
2021. (Trova i dati accessibili utilizzati in questo grafico in dati sottostanti).
55
Figura 19. Tassi di casi COVID-19 a 7 giorni per 100.000 abitanti rispetto alla proporzione di casi positivi al gene S tra quelli testati con il
test TaqPath, per autorità locale di livello superiore (UTLA) di residenza. Date campione tra il 5 giugno 2021 e l'11 giugno
2021, dati al 15 giugno 2021 (Tre ultimi giorni esclusi per ritardo nella segnalazione). Limitato alle UTLA con >20 casi testati sul
saggio TaqPath. (Trova i dati accessibili utilizzati in questo grafico indati sottostanti).
56
Tasso di crescita dei casi positivi e negativi del gene S1

Le figure 20, 21 e 22 mostrano il tasso di crescita e i tempi di raddoppio del gene S positivo (tutti e 3 i
target PCR positivi) e negativo (fallimento del target del gene S), prodotti adattando un modello additivo
generalizzato con un quasi-Poisson.
L'asse verticale sinistro nelle figure descrive i tassi di crescita giornalieri; e sull'asse verticale destro i
corrispondenti tempi di raddoppio giornalieri, ovvero il numero di giorni necessari affinché i casi
raddoppino a quel particolare tasso di crescita. Le linee tratteggiate rappresentano l'incertezza (95% CI),
che cresce quando il numero di punti dati utilizzati per la stima è minore. Si noti che, se un trend
epidemico cambia da crescita a declino, i tassi di crescita cambiano da positivo a negativo, mentre i tempi
di raddoppio si allungano sempre di più, attraversano l'infinito quando il trend è temporaneamente
piatto, e si trasformano in tempi di dimezzamento (ovvero numero di giorni necessari per dimezzare i
casi), rappresentati come tempi di raddoppio negativi.
1 Queste informazioni sono fornite dal Joint Biosecurity Center
57
Figura 20. Tasso di crescita e tempo di raddoppio dei casi positivi e negativi del gene S per
regione al 9 giugno 2021
58
I casi con gene S positivo (tutti e 3 i bersagli PCR positivi) sono aumentati da aprile in tutte le regioni. I
tempi di raddoppio regionale vanno da 3,5 giorni a 16 giorni; più breve nello Yorkshire e nell'Humber,
più lungo nell'est dell'Inghilterra, sebbene vi sia incertezza intorno a queste stime e la copertura dei
dati target della PCR sia bassa nello Yorkshire e nell'Humber, come indicato di seguito.
C'è una crescita molto rapida (tempi di raddoppio 6 giorni) nel gene S positivo nel Nord Ovest e nelle
Midlands Occidentali, dove la copertura dei dati target della PCR è buona. C'è anche una rapida crescita del
gene S positivo a Londra, nelle Midlands orientali e nel sud-est (tempi di raddoppio da 8 a 10 giorni). C'è
una rapida crescita del gene S positivo nel sud-ovest ma rallenta nel nord-est. La copertura dei dati target
della PCR è inferiore in queste regioni, come per lo Yorkshire e l'Humber, e presenta una certa variabilità.
Ciò può portare ad aumenti o diminuzioni artificiali dei tassi di crescita.
59
C'è un apparente rallentamento del declino e/o aumento della crescita nei casi con fallimento del bersaglio
del gene S in diverse regioni, ma l'incertezza è aumentata nelle stime più recenti e la variabilità nella
copertura dei dati dell'obiettivo della PCR, in particolare dove i numeri sono bassi, può portare a aumenti o
diminuzioni artificiali dei tassi di crescita. Trova i dati accessibili utilizzati in questo grafico in
dati sottostanti.
60
etnia al 9 giugno 2021
61
I casi con positività al gene S (oltre ai bersagli PCR N e Orf1a positivi) sono aumentati nel corso di
aprile e maggio. L'etnia bianca, i gruppi etnici multipli misti e le persone che preferiscono non
dichiarare la propria etnia con casi positivi al gene S sono in aumento (tempo di raddoppio
rispettivamente di 5 giorni, 7 giorni e 9 giorni). I tassi di crescita del gene S positivo sono rallentati
nella maggior parte degli altri gruppi etnici. Gli intervalli di confidenza sono ampi e i dati sugli obiettivi
della PCR sono variabili. (Trova i dati accessibili utilizzati in questo grafico indati sottostanti).
62
età al 9 giugno 2021.
(Trova i dati accessibili utilizzati in questo grafico in dati sottostanti).
63
I casi con gene S positivo (oltre ad altri bersagli della PCR) sono aumentati nel corso di aprile e
maggio in tutte le fasce d'età. La crescita è più rapida nelle fasce di età più giovani, con tempi di
raddoppio di circa una settimana in quelle di età inferiore ai 34 anni. La crescita è meno rapida nella
fascia di età più avanzata (85 anni e oltre), ma i tempi di raddoppio sono ancora intorno agli 11 giorni,
sebbene vi è ampia incertezza intorno a questa stima. Gli intervalli di confidenza sono ampi e i dati
sugli obiettivi della PCR sono variabili. (Trova i dati accessibili utilizzati in questo grafico indati
sottostanti
64
Delta con K417N

Attraverso la scansione di routine della variazione in Delta è stato rilevato un piccolo numero di
sequenze che avevano acquisito la mutazione della proteina spike K417N.
Le informazioni suggeriscono che ci sono almeno 2 cladi separati di Delta con K417N.
Un clade è grande e distribuito a livello internazionale con la designazione del lignaggio PANGO
AY.1. Un secondo clade trovato nelle sequenze caricate suGISAID dagli USA, ora denominata AY.2.
Epidemiologia internazionale
Al 16 giugno 2021, sono stati identificati 161 genomi di Delta-AY.1 su GISAID. da Canada
(1), India (8), Giappone (15), Nepal (3), Polonia (9), Portogallo (22), Russia (1), Svizzera
(18), Turchia (1), USA (83) .
Epidemiologia
Ci sono attualmente 38 casi di Delta-AY.1 in Inghilterra (36 sequenziamento confermato e 2
genotipizzazione probabile). Sono stati rilevati casi in 6 diverse regioni dell'Inghilterra (Tabella
14, Figura 23). Delta-AY.2 non è stato rilevato in Inghilterra.
Delta con K417N può essere rilevato mediante analisi di genotipizzazione, il che significa che è possibile
intraprendere attività di identificazione e risposta rapida del caso. Fino a quando non sarà stata intrapresa la
caratterizzazione di laboratorio, le squadre di protezione sanitaria risponderanno con alta priorità alla ricerca
dei casi e alle misure di controllo per i casi di Delta con K417N. Sono ora in corso i test di neutralizzazione per
Delta-AY.1
65
Tabella 14. Numero di Delta-AY.1 . confermati (sequenziamento) e probabili (genotipizzazione)

casi, per regione di residenza al 14 giugno 2021
Confermato Probabile Proporzione

Caso totale
Regione Astuccio Astuccio di tutti
numero
numero numero casi1
Midlands Orientali 1 0 1 2,6%
Est dell'Inghilterra 0 0 0 0,0%
Londra 4 2 6 15,8%
Nord Est 0 0 0 0,0%
Nord Ovest 3 0 3 7,9%
Sud Est 15 0 15 39,5%
Sud Ovest 2 0 2 5,3%
Midlands Occidentali 10 0 10 26,3%
Yorkshire e Humber 0 0 0 0,0%
Regione sconosciuta 1 0 1 2,6%
Totale 36 2 38 -
1 La genotipizzazione viene utilizzata per identificare le varianti Alpha, Beta, Delta e Gamma; gli obiettivi sono stati aggiornati a metà maggio
2021 per dare priorità all'identificazione accurata di Delta rispetto ad Alpha
66
Figura 23. Casi Delta-AY.1 (sequenziamento confermato e probabile genotipizzazione) per regione di residenza e data del campione al 14 giugno
2021. La trama più grande include solo gli ultimi 60 giorni. (Trova i dati accessibili utilizzati in questo grafico indati sottostanti).
67
Figura 24. Piramide età-sesso dei casi Delta-AY.1 confermati (sequenziamento) e probabili (genotipizzazione) al 14 giugno 2021
68
Fonti e ringraziamenti
Origine dei dati

I dati utilizzati in questa indagine derivano dal set di dati COG-UK, dal PHE Second Generation
Surveillance System (SGSS), NHS Test and Trace, dal set di dati Secondary Uses Service (SUS),
dall'Emergency Care Data Set (ECDS) e dal caso PHE e sistema di gestione degli incidenti (CIMS). I dati
sui casi internazionali sono derivati dai rapporti in GISAID, dai media e dalle informazioni ricevute
tramite il punto focale nazionale del regolamento sanitario internazionale (IHRNFP) e il sistema di
allarme rapido e risposta (EWRS).
Repository di definizioni di casi genomici leggibili dall'uomo e dalla macchina

Un repository contenente le definizioni genomiche aggiornate per tutti i VOC e VUI, come curato da Public
Health England, è stato creato il 5 marzo 2021. È possibile accedere al repository su GitHub. Sono forniti al
fine di facilitare la chiamata standardizzata di VOC e VUI attraverso i siti di sequenziamento e le condotte
bioinformatiche e sono le stesse definizioni utilizzate internamente a Public Health England. I file di
definizione sono forniti in formato YAML, quindi sono compatibili con una vasta gamma di piattaforme di
calcolo. Il repository verrà aggiornato regolarmente. I profili genomici e biologici di VOC e VUI sono anche
dettagliati nella prima descrizione in precedenti tecnicibriefing.
Variant Technical Group

Autori di questo rapporto
Cellula genomica PHEHE
Squadra di sorveglianza delle epidemie PHE
Cellula di epidemiologia PHE
PHE Contact Tracing Data Team
PHE Health Protection Team Data Science
Team PHE Joint Modeling
NHS Test and Trace Joint Biosecurity Centre
Public Health Scotland e EAVE group
Contributi dei membri del Gruppo Tecnico Variante
Membri e collaboratori del gruppo tecnico variante Vari

Il PHE Variant Technical Group comprende membri e collaboratori delle seguenti organizzazioni:
Public Health England, Public Health Wales, Public Health Scotland, Public Health Agency Northern
Ireland, Department of Health and Social Care, Imperial College London, London School of
Hygiene and Tropical Medicina, Università di Birmingham, Università di Cambridge (inclusa la
MRC Biostatistics Unit), Università di Edimburgo, Università di Liverpool, Wellcome Sanger
Institute, NHS Test and Trace Joint Biosecurity Centre, Genotype to Phenotype Consortium, SPI-M
69
Ringraziamenti
Gli autori sono grati a quei team e gruppi che forniscono dati per queste analisi, tra cui:
Lighthouse Laboratories, NHS, COG-UK, Wellcome Sanger Institute, team di Health Protection
Data Science, Joint Biosecurity Center e Genotype to Phenotype Consortium.
70
Sito web: www.gov.uk/phe
Twitter: @PHE_uk
Facebook: www.facebook.com/PublicHealthEngland
Contatto: tutte le richieste devono essere indirizzate a phe.enquiries@phe.gov.uk
© Corona copyright 2021
Pubblicato: giugno 2021

Numero gateway PHE: GOV-8641
71

Variants of Concern VOC Technical Briefing 16.en - It

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Varianti SARS-CoV-2 preoccupanti e

varianti sotto inchiesta in Inghilterra

Sommario................................................. ................................................................. .......................... 3

Informazioni pubblicate sulle varianti .................................................. ...................................... 4

Parte 1: Panoramica sulla sorveglianza .................................................. ................................................. 5

Varianti sotto sorveglianza .................................................. .............................................. 5

Tassi di attacco secondari .................................................. ................................................................. 20

Sorveglianza delle reinfezioni .................................................................. ............................................. 28

Varianti legate a sospetti focolai di SARS-CoV-2 .......................................... ........... 35

Monitoraggio dell'efficacia del vaccino .................................................. ................................. 44

Sorveglianza tramite dati genomici .................................................. ................................. 46

Sorveglianza attraverso il rilevamento del gene S .................................................. ............................. 53

Delta con K417N ................................................................... ................................................................. .......... 65

Fonti e ringraziamenti ............................................................... ................................... 69

I principali cambiamenti e risultati di questa settimana sono:

• combinando genotipizzazione e sequenziamento, oltre l'80% dei casi in Inghilterra ora

Informazioni pubblicate sulle varianti

Parte 1: Panoramica sulla sorveglianza

Varianti sotto sorveglianza

Tabella 1. Discendenza e denominazione della variante al 14 giugno 2021 (provvisoriamente estinta

Zeta P.2 VUI-21GEN-01 VUI

Epsilon B.1.427/B.1.429 Monitoraggio

Salute mondiale Lignaggio Designazione Stato

Iota B.1.526 Monitoraggio

B.1.1.7 con Monitoraggio

B.1.1.1 con Monitoraggio

B.1.1.28 con Monitoraggio

B.1 con Monitoraggio

Lignaggio A con Monitoraggio

Copertura del sequenziamento

0,0% (da 0,0 a 0,0% (da 0,0 a

COV- 2,2% (da 0,1 a 2,3% (da 0,1 a

VUI- 0,0% (da 0,0 a 0,0% (da 0,0 a

VUI- 0,0% (da 0,0 a 0,0% (da 0,0 a

1,9% (da 0,0 a

Casi con an Casi con an A&E ha provocato durante la notte

Eta 387 9 2.3 15 3.9 20 5.2 6 1.6 9 2.3 6 1.6

Kappa 422 11 2.6 14 3.3 15 3.6 3 0,7 4 1.0 1 0.2

Casi con an Casi con an A&E ha provocato durante la notte

Tassi di attacco secondario

Zeta 4 (75,0% con 29 (79,3% con 8,2% (3,6% - 17,8%)

Gamma 67 (67,2% con 89 (74,2% con 10,6% (7,2% - 15,4%)

Theta 5 (40.0% con 1 (100.0% con

Sorveglianza delle reinfezioni

Tabella 8. Numero di casi di reinfezione sequenziati e variante assegnata

Cumulo dei primi positivi che diventano idonei per la reinfezione

E primi positivi settimanali (x10)

Monitoraggio di coorte SARS-CoV-2 Immunità e

I partecipanti hanno testato la PCR entro il periodo

Varianti legate a sospetti focolai di SARS-

Qui presentiamo informazioni su un sottoinsieme di questi incidenti: quei sospetti cluster e

Questi dati sono provvisori, esclusa la variante Alpha.

Esposizioni comuni derivate dai dati di tracciamento dei contatti

Parte 2: sorveglianza Delta (B.1.617.2)

Monitoraggio dell'efficacia del vaccino

Dose 1 49 (da 46 a 52) 31 (da 25 a 36)

Dose 1 78 (da 65 a 86) 75 (da 57 a 85)

Sorveglianza tramite dati genomici

Midlands Orientali 2.121 969 3.090 5,1%

Est dell'Inghilterra 2.694 831 3.525 5,8%

Londra 5,027 4.299 9.326 15,4%

Nord Est 720 1,894 2.614 4,3%

Nord Ovest 13.098 12,104 25.202 41,5%