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BIOCHIMICA GENERALE: PROGRAMMA

STRUTTURE DELLE PROTEINE


Livelli strutturali: primario, secondario, terziario e quaternario. Struttura secondaria in α-elica. Struttura secondaria a foglietto
β. Struttura terziaria e forze che la stabilizzano. Struttura quaternaria. TEST CHIMICA E PROPEDEUTICA BIOCHIMICA - DIC 2016
EMOGLOBINA E TRASPORTO DELL'OSSIGENO
Strutture della mioglobina e emoglobina. Gruppo eme. Hb nella conformazione tesa e rilassata. Curve di dissociazione
ossigeno-Hb e ossigeno-Mb. Concetto di cooperatività e allosterismo. Modulazione dell’affinità per l’ossigeno: effetto Bohr,
pCO2, e 2,3-DPG.

ENZIMI E CINETICA ENZIMATICA


Nomenclatura e classificazione degli enzimi. Velocità di reazione. Concetto di energia di attivazione e funzione di un
catalizzatore. Interazione enzima-substrato. Modello cinetico di Michaelis-Menten. Inibitori competitivi e non competitivi.
Regolazione allosterica e covalente dell'attività enzimatica.
COENZIMI UTILIZZATI NELLE REAZIONI METABOLICHE
Struttura chimica e basi strutturali della funzione coenzimatica dei seguenti coenzimi: acido lipoico; NAD e NADP, coenzima A,
coenzimi FAD e FMN. Vitamine: distribuzione e fabbisogno delle corrispondenti vitamine.

BIOENERGETICA E OSSIDAZIONI BIOLOGICHE


La termodinamica delle reazioni biologiche: energia libera e spontaneità delle reazioni. ATP come trasportatore di energia:
reazioni chimiche accoppiate. Il metabolismo cellulare: reazioni di ossidazione e degradazione, reazioni di biosintesi.
FOSFORILAZIONE OSSIDATIVA
Struttura del mitocondrio. I trasportatori di elettroni della catena respiratoria. Caduta dei potenziali di ossidazione lungo la
catena di trasporto degli elettroni. Fosforilazione ossidativa. Il sistema enzimatico per la produzione di ATP. Il meccanismo
della fosforilazione ossidativa: l'accoppiamento chemiosmotico. Sistemi navetta malato-aspartato e G-3P. Regolazione della
fosforilazione ossidativa.
La vita dipende dall'esistenza di potenti e specifici
catalizzatori: gli enzimi. Ogni reazione biochimica è
catalizzata da un enzima.
■ Tutti gli enzimi noti sono proteine. Molti
richiedono coenzimi o cofattori per la loro funzione
catalitica.
■ Gli enzimi sono classificati in base al tipo di
reazione che catalizzano.
Le reazioni catalizzate
da enzimi sono
caratterizzate
dalla formazione di un
complesso tra il
substrato e l'enzima
(complesso ES).
Il legame del substrato
avviene nel sito attivo
dell’enzima. Avvenuta la
reazione, il prodotto
viene allontanato
dall'enzima, che rimane
disponibile per iniziarne
una nuova
La funzione degli enzimi e
altri catalizzatori consiste nel
ridurre
l'energia di attivazione DG‡
di una reazione,
aumentandone la velocità

L’energia liberata nelle


interazioni sito attivo-
substrato compensa e di
….la struttura dell’enzima si fatto riduce l’energia di
adatta a quella del substrato attivazione della reazione
e viceversa…

L'equilibrio della reazione non è influenzato


dall'enzima
Tutte le
molecole di
enzima

La metà delle
complessano il Cinetica di Michaelis-
substrato S.
molecole di enzima
sono legate al
La velocità Menten
dipende dalla
substrato S: la
velocità = ½ Vmax
concentrazione All’aumentare di [S],
dell’enzima
l’attività enzimatica (ad
una data concentrazione
di enzima) aumenta in
maniera iperbolica per
Solo una parte avvicinarsi alla Vmax
delle molecole
di enzima sono caratteristica, in cui
legate al
substrato S sostanzialmente tutto
l'enzima è complessato
con il substrato
• La maggior parte degli enzimi di una data via metabolica
obbedisce alla cinetica di Michaelis-Menten descritta

• Ciascuna via, però, include uno o più ENZIMI


REGOLATORI che hanno un notevole effetto sulla
velocità dell’intera sequenza di reazioni. L’attività
catalitica di questi enzimi regolatori aumenta o
diminuisce in risposta a determinati segnali molecolari:
essi sono gli ENZIMI ALLOSTERICI

• La modulazione della velocità della reazione catalizzata


da enzima allosterico (reazione limitante) influisce
sulla velocità dell’intera via metabolica, permette alla
cellula di adeguarsi alle richieste di energia e di
biomolecole necessarie.
■ In biochimica la REGOLAZIONE ALLOSTERICA è la
regolazione di un enzima mediata da una molecola detta
EFFETTORE che svolge tale funzione legandosi al SITO
ALLOSTERICO. Un enzima dotato di siti allosterici è detto
ENZIMA ALLOSTERICO

L'attività degli enzimi allosterici viene regolata dal legame


reversibile di un effettore specifico ad un sito di
regolazione. Effettori (o modulatori) possono essere il
substrato stesso o altro metabolita, e l'effetto può essere
inibitorio o stimolatorio: INIBITORI E ATTIVATORI
ALLOSTERICI

Il comportamento cinetico di enzimi allosterici spesso


riflette INTERAZIONI COOPERATIVE TRA SUBUNITÀ
ENZIMATICHE
• INTERAZIONI TRA
SUBUNITÀ DI UN
ENZIMA ALLOSTERICO

• INTERAZIONE CON IL
MODULATORE
POSITIVO
https://www.youtube.com/watch?v=JpzUO
PUgi60
■ In alcuni sistemi multi-enzimatici, gli enzimi regolatori sono
specificamente inibiti dai prodotti terminali della via metabolica,
se la concentrazione di questi ultimi è più elevata rispetto al
fabbisogno cellulare. Questo tipo di regolazione è detto inibizione
allosterica retroattiva (a feedback). L’aumento della
concentrazione del prodotto terminale rallenta la velocità
dell’intero processo.
I meccanismi di feedback negativo sono in grado di regolare
finemente l'attività degli enzimi in base alle necessità della cellula
■ Altri enzimi
regolatori sono
modulati da
MODIFICAZIONE
COVALENTE con uno
specifico gruppo
funzionale. La
fosforilazione di
specifici residui
amminoacidici è una
strategia molto
comune per regolare
l'attività enzimatica
Cofattore

COFATTORI: ione o molecola NON PROTEICA la cui


presenza è indispensabile perché l’enzima possa svolgere
la sua attività catalitica.

Tra i COFATTORI hanno rilevante importanza:


IONI di alcuni elementi metallici, in particolare Ca, Mg,
Mn, Zn, Cu (per es. tutti gli enzimi che utilizzano
ATP richiedono la presenza di ioni Mg2+)
COENZIMI
Cofattore

COFATTORI: ione o molecola NON PROTEICA la cui


presenza è indispensabile perché l’enzima possa svolgere
la sua attività catalitica.

Tra i COFATTORI hanno rilevante importanza:


IONI di alcuni elementi metallici, in particolare Ca, Mg,
Mn, Zn, Cu (per es. tutti gli enzimi che utilizzano
ATP richiedono la presenza di ioni Mg2+)
COENZIMI
COENZIMI
1) COENZIMI PIRIDINICI (NAD+ e NADP+)
Derivano dall’acido nicotinico e nicotinammide (vit. PP o B3).
Sono i COENZIMI DELLE DEIDROGENASI: reazioni di ossido-
riduzione

La loro riduzione avviene per trasferimento di uno ione idruro


(H + 1 el- = H-) dal substrato all’anello piridinico del coenzima,
con liberazione nel mezzo di un H+

Il loro LEGAME ALL’APOENZIMA È LABILE, infatti dopo aver


funzionato in un senso, si staccano e si legano ad un’altra
proteina funzionando in senso opposto

La ri-ossidazione del coenzima, di norma, avviene nella catena


respiratoria mitocondriale
H-
2) COENZIMI FLAVINICI (FMN e FAD)
Sono le forme coenzimatiche della riboflavina o vit. B2.
I coenzimi flavinici accettano 2H+ e 2e- (=2 atomi H) pertanto
le loro forma ridotte sono FMNH2 e FADH2
FMN e FAD sono strettamente legati ai propri apoenzimi con
un legame covalente
Vitamina
B2
3) Acido lipoico
Svolge una funzione ossidoriduttiva nei complessi enzimatici
deputati alla decarbossilazione ossidativa degli a-chetoacidi.
Oscillando tra la FORMA DISOLFURO E SULFIDRILICA, funge
da coenzima della DIIDROLIPOIL-TRANSACETILASI
(appartenente al complesso della piruvato deidrogenasi).
3) TIAMINA-PIROFOSFATO
Estere pirofosforico della vit. B1 (tiamina)
E’ il coenzima di enzimi che decarbossilano gli a-chetoacidi

4) Coenzima A
Deriva dall’acido pantotenico.
Partecipa in reazioni di trasporto di acili. Tale trasporto si
realizza per la formazione di tioesteri tra il -COOH dell’acido
ed il -SH del coenzima A.
Il legame C-S degli acil-CoA è ad alto contenuto energetico e
l’energia di idrolisi viene utilizzata per il trasferimento
dell’acile ad altri accettori
5) PIRIDOSSALFOSFATO (PLP)
Deriva dalla vit. B6.
E’ coenzima di enzimi che catalizzano una vasta gamma di
reazioni degli amminoacidi, quali la transaminazione

6) BIOTINA
E’ il coenzima di alcune LIGASI che utilizzano CO2 per formare
legami C-C, in reazioni in cui l’energia per la sintesi del legame
deriva dall’idrolisi dell’ATP.
La CO2 si fissa con legame covalente alla biotina, formando il
complesso “enzima-biotina- CO2”
Piridossalfosfato

Biotina
VITAMINE
Sono nutrienti essenziali (la sintesi endogena non è in grado di
fornire la quantità necessaria per la sopravvivenza o il
benessere dell’organismo)

Molte vitamine devono la loro importanza al fatto di essere


trasformate in coenzimi (non tutte le vitamine danno luogo a
coenzimi!)
Champe et al., Le basi della biochimica, Ed. Zanichelli
https://www.youtube.com/watch?v=yk14dO
OvwMk