The Central Dogma

Proposed by Francis Crick in 1958 to describe the flow 
of information in a cell.
DNA
Information stored in DNA is transferred
residue­by­residue to RNA which in turn transfers the 
information residue­by­residue to protein.

The Central Dogma was proposed by Crick to help  
scientists think about molecular biology.  It has 
RNA
undergone numerous revisions in the past 45 years.  

Protein

   
The Central Dogma

DNA deoxyribonucleic acid

RNA

Protein

   
 DNA

base: thymine
monophosphate (pyrimidine)

α sugar: 2’­deoxyribose

5’

4’ 1’
(5’ to 3’) 3’ 2’
3’ linkage

base:adenine
(purine)
5’ linkage

no 2’­hydroxyl
   
 DNA: terminology

base

sugar

nucleoside

base
phosphate(s)

sugar

   
nucleotides (nucleoside mono­, di­, and triphosphates)
 DNA: structure

1. DNA is double stranded
2. DNA strands are antiparallel
3. G­C pairs have 3 hydrogen bonds
4. A­T pairs have 2 hydrogen bonds
5. One strand is the complement of the other
6. Major and minor grooves present different
surfaces
7. Cellular DNA is almost exclusively B­DNA
8. B­DNA has ~10.5 bp/turn of the helix 

   
The Central Dogma

DNA

RNA ribonucleic acid

Protein

   
 RNA: terminology

Base Nucleoside (RNA) Deoxynucleoside (DNA)

base Adenine Adenosine Deoxyadenosine

Guanine Guanosine Deoxyguanosine

Cytosine Cytidine Deoxycytidine

Uracil Uridine (not usually found)

sugar
Thymine (not usually found) (Deoxy)thymidine

nucleoside

   
 RNA: Structure

1. RNA can be single or double stranded
2. G­C pairs have 3 hydrogen bonds
3. A­U pairs have 2 hydrogen bonds
4. Single­stranded, double­stranded, and loop RNA
present different surfaces 
   
The Central Dogma

DNA

RNA

Protein

   
 Protein

   
 20 amino acids
carboxyl group

amino group

   
 Peptide bond formation

   
 Protein structure

  α­helix   antiparallel β­sheet
The Central Dogma (gene)
ATGAGTAACGCG
TACTCATTGCGC
Replication
duplication of DNA using DNA as the template
ATGAGTAACGCG
DNA TACTCATTGCGC
+
(nontemplate, antisense) ATGAGTAACGCG
(template, sense) TACTCATTGCGC
Transcription
synthesis of RNA using DNA as the template

RNA (mRNA) AUGAGUAACGCG

codon
tRNA
ribosomes
Translation
(protein) MetSerAsnAla
synthesis of proteins using RNA as the template
Protein

   
The Central Dogma

Replication • DNA pol α and δ

   Repair and recombination  2.      DNA pol β and ε

DNA

1. RNA pol I­ribosomal RNA (rRNA)
Transcription 2. RNA pol II­messenger RNA (mRNA)
3. RNA pol III­5S rRNA, snRNA, tRNA

RNA processing 1. mRNA splicing
RNA
2. rRNA and tRNA processing
3. capping and polyadenylation

Translation

1. phosphorylation
Post­translational modification 2. methylation
Protein 3. ubiquitination
   
 Compartmentalization of processes
     (thus, transport is important)

replication

   
 Regulation occurs at each step of a process 

3. Initiation (starting)
­what is the signal that initiates the process?
­what are the factors involved in initiation (cis­and trans­acting)? 

2.    Elongation (continuation)
­how is the process maintained with high fidelity once initiated?
­what are the factors involved in elongation (cis­ and trans­acting)? 

3.    Termination (ending)
­what is the signal that stops the process?
­what are the factors involved in termination (cis­ and trans­acting)?

Other general regulatory considerations

3. How is the rate of a process regulated?
2.   How are the steps regulated in a cell, tissue, or gene­specific manner?
3. Stability of biomolecules
4. Cellular localization of biomolecules

   
Exceptions to the Central Dogma

Nobel Prizes Epigenetic marks, such as patterns of
DNA methylation, can be inherited and
provide information other than the DNA
sequence
DNA  

retroviruses use reverse transcriptase
mRNA introns (splicing) to replicate their genome
(Philip Sharp and Richard Roberts) (David Baltimore and Howard Temin)  

RNA editing (deamination of cytosine
to yield uracil in mRNA) RNA RNA viruses

RNA interference (RNAi) a mechanism
of post­transcriptional gene silencing 
utilizing double­stranded RNA Prions are heritable proteins responsible
for neurological infectious diseases
RNAs (ribozymes) can catalyze an (e.g. scrapie and mad cow)
enzymatic reaction         (Stanley Pruisner) 
(Thomas Cech and Sidney Altman) Protein

   
 Differences between eukaryotic and prokaryotic gene expression

1.  In eukaryotes, one mRNA = one protein. 
     (in bacteria, one mRNA can be polycistronic, or code for several proteins). 

2.  DNA in eukaryotes forms a stable, compacted complex with histones.  
     (in bacteria, the DNA is not in a permanently condensed state) 

3.  Eukaryotic DNA contains large regions of repetitive DNA.
     (in bacteria, DNA rarely contains any "extra" DNA) 

4.  Much of eukaryotic DNA does not code for proteins (~98% is non­coding in humans)
     (in bacteria, often more than 95% of the genome codes for proteins) 

5.  Sometimes, eukaryotes can use controlled gene rearrangement for increasing the
     number of specific genes.  
     (in bacteria, this happens rarely)

6.  Eukaryotic genes are split into exons and introns.
     (in bacteria, genes are almost never split) 

7.  In eukaryotes, mRNA is synthesized in the nucleus and then processed and
     exported to the cytoplasm.
     (in bacteria, transcription and translation can take place simultaneously off the
     same piece of DNA)